처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인이 비과세요건을 충족하지 못한다고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인이 비과세요건을 충족하지 못한다고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 처분청이 적용한 실지거래가액은 세법에 명시된 객관적인 증빙서류에 근거하고 있지 않다. 쟁 점임대주택은 조특법 제97조 제1항의주택법제2조 제6항에 따 른 국민주택으로서 임대개시일(2003.8.27.) 당시 기준시가는 OOO 으로 OOO을 초과하지 아니하고, OOO에 전세 임대한 사실이 나타나는바, 조특법 시행령 제97조 제2항에 따라 주택수를 계산할 때 제외되는 주택이다(소득세법 집행기준89-154-14에 따르더라도 쟁점임대주택은소득세법제97조의 장기임대주택으로 1세대 1주택 판정시 주택수에서 제외되는 주택임).
(2) 또한 관련 예규 및 선결정례(조심 2012전4122, 2012.12.11., 부동산거래-424, 2011.5.24. 및 부동산거래-1532, 2010.12.29., 같은 뜻임)에서도 임대개시일을 ‘실지 임대한 날’로 기산한다고 해석하고 있는바, 사업자등록 및 임대주택등록은 구비요건에 불과하므로 그 등록일을 임대개시일로 보는 것은 부당하다.
(3) 실무상 임대사업자등록 신청서 작성요령 및 유의사항에 “등록 당시 임차인이 있는 경우에 해당 임대주택등록일이 임대개시일이 됩니다.”라고 기재되어 있는바, 실지 임대일과 임대사업자등록신청서 상의 임대시작일은 전혀 별개의 사항으로 임대주택등록일이 실제 임대개시일이 아니다. 즉 구청의 임대사업자등록 신청요령에는 신청일을 임대시작일로 하여 임대사업자등록증에 표기하도록 하고 있고, 임차인이 있는 경우에도 신청일을 임대시작일로 하여 임대사업자등록증에 표기하고 있는바,국세기본법제14조에 의하여 실질내용에 따라 적용하여야 한다. (4) 소득세법 시행령제167조의3 제3항에는 “장기임대주택의 임대기간의 계산은 조특법 시행령 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.”고 규정하고 있는바, 임대를 개시한 것으로 본다는 것은 장기임대주택의 임대기간 계산방법일 뿐이고, 임대주택으로 등록한다는 것과 실제 임대개시일과는 관련이 없다. (5) 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택은 “소득세법제168조에 따른 사업자등록과민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택”으로 규정하고 있으나 여기에서 민간임대주택의 등록일이 실제 임대개시일은 아닌 것인바, 그 이유는 위와 같이 민간임대주택의 등록일은 임대사업자등록신청서의 신청일이고, 등록 당시 임차인이 있는 경우 해당 임대주택등록일이 임대개시일(임대사업자등록증에 임대시작일로 표기됨)이 되기 때문이다. 따라서 사실상 임대개시일이 2003.8.27.임에도 실제 임대개시일을 구청의 임대사업자 등록신청일인 2012.9.27.로 간주하는 것은 사실과 다른 것으로 이에 따른 양도소득세 과세처분은 부당하다.
(2) 청구인이 쟁점주택을 양도하면서 적용한 소득세법 시행령제155조 제20항은 장기임대주택을 보유한 거주자가 2년 이상 거주한 주택을 양도하는 경우 국내에 1 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항의 1세대 1주택 비과세규정을 적용한다는 특례조항이며 동 시행령이 적용되기 위해서는 쟁점임대주택이소득세법제167조의3 제1항 제2호에서 규정하는 장기임대주택에 해당하여야 한다. (3) 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에서 장기임대주택은 시·군‧구청 및 세무서 등록과 임대개시일 당시 기준시가 OOO을 초과하지 않을 것을 요건으로 하고 있는바, 쟁 점 임대주택은 임대개시일(2012.9.27.) 당시 기준시가가 OOO인 것으로 확인되므로 장기임대주택에 해당되지 아니한다. (4) 소득세법 시행령 제155조 제20항은 명백히 특혜규정으로 볼 수 있으며 감면규정이나 특혜규정은 조세법률주의상 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않으므로 임대개시일을 소득세법 시행령 제167조의10 제2항에서 준용하고 있는 제167조의3 제3항에 따라 청구인이 구청에 등록한 일자(2012.9.27.)로 보는 것은 조세법률주의에도 부합 하는 것이므로 쟁점임대주택을 주택수에 산입 하여 2018년 귀속 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1988.6.15. 쟁점주택을 OOO에 취득하여 거주하다가 2018.7.20. OOO에 양도한 후 2018.9.30. 양도당시 보유 및 임대하던 쟁점임대주택이 주택수 계산에서 제외되는 장기임대주택에 해당한다고 보아, 쟁점주택의 양도에 대하여 소득세법 시행령제160조의 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산방법에 따라 양도소득세를 신고·납부하였다. (나) 청구인은 2003.4.14. 쟁점임대주택을 취득한 후, 2012.9.20. OOO세무서에 부동산임대업(주거용)으로 사업자등록을 신청(개업일자 2012.1.10.)하여 사업자등록증을 발급받았고, 2012.9.27. OOO구청에민간임대주택에 관한 특별법제6조 및 같은 법 시행규칙 제3조 제3항에 따라 임대사업자등록을 하였는바, 동 임대사업자등록증에는 임대개시일이 2012.9.27.로 기재되어 있다. (다) OOO세무서장은 청구인이 양도 당시 보유 중이던 쟁점임대주택의 임대개시일을 2012.9.27.(청구인은 2003.8.27. 주장)로 보아 당시 공시가격이 OOO을 초과하여 소득세법 시행령제155조 제20항의 비과세요건을 충족하지 못하므로, 청구인이 조정지역 내 다주택 보유자에 해당한다고 보아 관할 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세하였다. (라) 청구인의 양도소득세 신고내용 및 처분청 경정내역은 아래와 같다. OOO (마) 쟁점임대주택은 청구인이 2003.4.24. 취득한 후 2009.2.3. 청구인 명의로 소유권보존 등기된 재건축아파트로서 청구인은 2008.10.24. OOO과 전세보증금 OOO으로 아파트 전세계약을 체결한 것으로 나타나며, 청구인은 실제 2003.8.27.부터 임대가 개시된 것이라고 주장하고 있다. 한편, 쟁점임대주택의 세입자 OOO은 쟁점임대주택으로 2008.11.25. 전입한 내용이 주민등록사항에 의하여 확인된다. (바) 청구인은 2020.4.30. OOO세무서에 사업자등록한 사업장을 폐업한 후 2020.5.25. 같은 시 OOO세무서에 쟁점임대주택에 대한 부동산 임대(주택임대) 사업자등록을 새로 신청하면서 개업일자를 2008.12.13.자로 소급 기재하여 다시 사업자등록증을 발급받은 사실이 국세청통합전산망에 나타난다. (사) 청구인의 주소지 변경 이력은 아래와 같이 확인된다. OOO (아) 쟁점임대주택(전유면적 84.8㎡, 사용승인일 2008.9.30.)의 공동주택 기준시가 현황은 아래와 같이 나타난다. OOO (자) 청구인은 쟁점임대주택을 재건축하기 이전에 구주택(33동 404호)을 매입한 후 2003.8.27.부터 임대하였으므로 임대개시일 기준 쟁점임대주택의 기준시가가 OOO 이하로서 주택수에서 제외되는 장기임대주택 요건을 충족한 것이라고 주장하면서 이에 대한 증빙자료로 관련 임대차계약서 사본(임차인 OOO)을 제출하였다. (차) 쟁점임대주택을 재건축하기 전 구주택(33동 404호)의 2003.4.30. 기준 공동주택 가격은 OOO으로 나타나며, 이후 2003.12.1. OOO으로 최종 고시된 후 2004.3.16. 멸실된 사실이 나타난다.
(2) 청구인은 쟁점임대주택의 등기사항전부증명서, 부동산임대차계약서(2003.8.27. 당시), OOO구청장이 발급한 임대사업자등록증, 쟁점임대주택의 기준시가 자료(재건축 전 구주택 33동 404호), 임대사업자등록신청서 양식 등을 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인 은 관할 구청에 임대사업자로 등록한 날(2012.9.27.)이 임대사업자등록증의 임대개시일(임대시작일)로 기재되었을 뿐이고, 실제의 임대개시일은 2003.8.27.인바, 쟁점임대주택의 2003.8.27. 당시 기준시가는 OOO 이하로서 장기임대주택 요건을 충족함에도 처분청이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 소득세법 시행령제155조 제20항에 의하면 제167조의3 제1항 제2호 가목에 따른 장기임대주택(적용요건: 5년 이상 임대, 임대개시일 당시 기준시가 OOO 이하)과 거주주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우 제154조 제1항을 적용함에 있어 1세대 1주택으로 본다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령제167조의3 제3항에서 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조특법 시행령 제97조의 규정을 준용한다고 하면서 이 경우 “사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.”고 규정하고 있다. 따라서 청구인이 2012.9.20. OOO세무서에 부동산임대업(주거용)으로 사업자등록을 신청(개업일자 2012.1.10.)하고 2012.9.27. OOO구청에 임대사업자등록을 함에 따라 쟁점임대주택의 임대개시일은 2012.9.27.이라고 보 아야 할 것인바, 쟁점임대주택은 임대개시일 현재 기준시가가 OOO으로 OOO을 초과하여 장기임대주택의 적용요건을 충족하지 못하므로 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 청구인이 비과세요건을 충족하지 못한다고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법 제89조 (비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택 에 해당하는 주택 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.
② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다. 제155조(1세대 1주택의 특례) 20 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는영유아보육법제13조 제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. (이하 생략) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제4항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주 택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법제5조에 따른 임대사업자 등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다. 가.민간임대주택에 관한 특별법제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택 으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료 등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료 등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료 등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료 등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.
3. 조세특례제한법 제97조·제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택 8의2. 1세대의 구성원이영유아보육법제13조 제1항에 따라 특별자치도지사·시장·군수·구청장의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)
③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택
(3) 조세특례제한법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 소득세법제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.
③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.
1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것
(5) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택
결정 내용은 붙임과 같습니다.