자산성이 없는 개발비였다면 이는 지출당시의 비용(손금)으로 처리되어야 하는 점 등에 비추어, 청구법인이 2018사업연도에 이익잉여금의 감소로 처리한 개발비는 각 지출한 날이 속하는 사업연도에 귀속되는 손금에 해당하는 것으로 봄이 타당한 것으로 판단되나, 재고자산 등의 오류는 그 특성상 전ㆍ후 사업연도에 영향을 미치므로 이에 대하여는 면밀한 추가 확인이 필요한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 주장하는 기타 회계처리 오류사항에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당할 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2020.4.17. 청구인에게 한 2014～2018사업연도 법인세에 대한 경정청구 거부처분은, 청구법인이 개발비 명목으로 지출한 금액을 지출당시의 손금으로 하고, 2018사업연도 법인세 신고내역과 이후 공시된 재무제표 간의 손익의 귀속시기 차이 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.
(1) 청구법인이 개발비 명목으로 지출한 금액은 기업회계는 물론, 세법상으로도 자산이 아닌 지출한 사업연도에 귀속되는 비용(손금)으로 인식하여야 하므로 각 사업연도별로 경정되어야 한다. (가) 2018년 회계감사에서 청구법인이 자산으로 회계 처리한 개발비는 일반적인 비용(개발활동비)에 불과함에도, 자산으로 잘못 계상하였다는 지적을 받고, 과거 재무제표를 수정하여 공시하였다. (나) 회계처리오류로 과다 계상된 2018사업연도 기초이익잉여금이 재무제표 수정에 따라 감소되었는데, 이는 오류수정에 따른 변화일 뿐, 2018사업연도에 인식할 손금과 무관하며, 손익의 귀속시기는 잉여금 증감과 무관하게 법인세법상 권리의무확정주의에 따라 과거 해당 금액이 지출된 사업연도의 손금이 되어야 한다.
(2) 개발비 외에 나머지 오류사항들은 당초 법인세신고 시 발생한 오류(대손충당금, 감가상각비, 자산의 취득원가, 지분법, 기말재고 산정 등)들이 회계감사 과정에서 확인된 사항들인바, 법인세법상 자산 및 손익 인식기준에 따라 적정하게 경정되어야 한다.
(3) 참고로, 청구법인은 ○○○○국세청이 통합조사대상으로 선정하여 향후 실지조사가 예정되어 있는바, 통합조사 착수 전에 경정청구에 대한 부분조사를 먼저 실시할 경우, 통합조사에 상당한 지장(중복조사 등)이 초래되는 측면도 고려할 필요가 있다.
(1) 청구법인이 제출한 자료 등의 주요내용은 다음과 같다. (가) 이 건 개발비는 국책사업과 관련하여 정부보조금과 함께 지출된 것으로, 지출액과 용처가 모두 검증되었고, 처분청도 개발비에 대한 연구인력개발비 세액공제를 인정한 바 있다. (나) 청구법인은 외부감사대상으로, 2017사업연도까지 OOO으로부터 감사를 받아오던 중, 상장예정법인에 해당되어 ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣에 따라 2018사업연도는 감사인으로 지정된 OOO으로부터 감사를 받게 되었고, 이 과정에서 회계처리 등에 대한 오류사항을 확인하였다. (다) OOO도 개발비 관련 회계처리에 대한 오류를 인정하여, 2019.8.13. 과거 재무제표를 수정하여 금융감독원 전자공시 사이트에 재공시하였는바, 수정된 감사보고서 중 개발비와 관련된 주요내용은 다음과 같다. (라) 청구법인은 2018사업연도 법인세를 신고한 후, 외부회계감사를 받고 감사보고서를 공시(2019.8.27.)하였는데, 이는 기 신고한 법인세 중 일부 계정(매출원가 등)에서 손익의 귀속과 관련된 오류가 확인되었다는 것으로, 그 내역은 아래 <표>와 같다.
(2) 이에 대하여 처분청이 제시한 자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 처분청이 경정청구를 거부한 주요근거는 다음과 같다. (나) 처분청은, 청구법인이 주장하는 재고자산의 오류는 단순오류로 보기 어렵다며, 최근 5개년 간 신고된 매출원가와 청구주장을 반영한 매출원가를 비교한 아래 <표>를 제시하였는바, 매출원가율 중 ①은 당초 신고된 매출원가를 기준으로 산출한 것이고, ②는 경정청구 시 제기한 주장을 반영하여 산출한 것이다.
(3) 이 건 심판청구에 앞선 이의신청(OOO 2020-제26호, 2020.6.17.)에서 이 건 개발비와 관련하여 연구인력개발비 세액공제 여부에 대한 재조사결정이 있었고, 이후 처분청은 재조사를 거쳐 연구인력개발비 세액공제를 인정하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 개발비와 관련된 회계처리 오류에 대하여 살피건대, 처분청은 개발비의 지출내역이 확인되지 않았을 뿐만 아니라, 설령 지출내역을 인정하더라도 이를 자산성 상실에 따른 일시적 상각으로 보아 감가상각 시부인을 적용하는 것이 타당하다는 의견이나, 청구법인이 개발비 명목으로 지출한 금액에 대하여 처분청 스스로가 재조사를 거쳐 연구인력개발비 세액공제를 인정한 이상 그에 따른 지출이 있었던 것으로 봄이 합리적이고, 특히 이러한 오류는 청구법인의 기업공개계획 등으로 관련 법령에 따라 지정된 감사인을 통해 확인된 점, ｢법인세법｣상 손익의 귀속시기는 권리의무확정주의에 따라 정해지는 것이므로, 설령 청구법인이 이를 자산으로 계상하였다 하더라도 애당초 자산성이 없는 개발비였다면 이는 지출당시의 비용(손금)으로 처리되어야 하는 점 등에 비추어, 청구법인이 2018사업연도에 이익잉여금의 감소로 처리한 개발비는 각 지출한 날이 속하는 사업연도에 귀속되는 손금에 해당하는 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다. (나) 다만, 재고자산 등 기타 손익의 귀속시기 관련 오류들에 대하여, 처분청은 청구법인이 스스로 결산을 확정한 후 법인세를 신고하였고, 재고자산 가액산정 등은 단순한 오류로 보기 어렵다는 등의 이유에서 이를 각 사업연도에 반영하기 어렵다는 의견이나, 당초 법인세를 신고한 후 그 신고내용에 오류가 확인되면 경정청구를 통해 이에 대한 수정이 가능하고, 기타 오류사항들도 청구법인이 임의로 이를 주장하는 것이 아니라 앞서 보았듯이 지정된 감사인이 실시한 감사과정에서 발견된 것들인 점, 다만 재고자산 등의 오류는 그 특성상 전․후 사업연도에 영향을 미치므로 이에 대하여는 면밀한 추가 확인이 필요한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 주장하는 기타 회계처리 오류사항에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당할 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 법인세법 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 “감가상각자산”이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2018.12.24>
④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 손비로 계상한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 감가상각비로 계상한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.
1. 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액
2. 감가상각자산에 대한 대통령령으로 정하는 자본적 지출에 해당하는 금액
⑤ 제1항에 따라 상각범위액을 초과하여 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 후의 사업연도에 대통령령으로 정하는 방법에 따라 손금에 산입한다. <신설 2018.12.24> 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다. <개정 2018. 12. 24.>
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액 제42조(자산ㆍ부채의 평가) ① 내국법인이 보유하는 자산과 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각은 제외하며, 이하 이 조에서 “평가”라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도와 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산과 부채의 장부가액은 평가 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2018. 12. 24.>
1. 보험업법이나 그 밖의 법률에 따른 유형자산 및 무형자산 등의 평가(장부가액을 증액한 경우만 해당한다)
2. 재고자산(在庫資産) 등 대통령령으로 정하는 자산과 부채의 평가
③ 제1항과 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다. <개정 2018. 12. 24.>
1. 재고자산으로서 파손ㆍ부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것
2. 유형자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것 제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 ｢조세특례제한법｣에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산
6. 개발비: 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년의 범위에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법 제31조(즉시상각의 의제) ⑦ 시설의 개체ㆍ기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.
⑧ 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우(법 제42조 제3항 제2호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 해당 금액을 감가상각비로서 손비로 계상한 것으로 보아 법 제23조 제1항을 적용한다. 제32조(상각부인액 등의 처리) ① 법 제23조 제5항에 따라 법인이 상각범위액을 초과해 손금에 산입하지 않는 금액(이하 이 조에서 “상각부인액”이라 한다)은 그 후의 사업연도에 해당 법인이 손비로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 이 조에서 "시인부족액"이라 한다)을 한도로 손금에 산입한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손비로 계상하지 않은 경우에도 상각범위액을 한도로 그 상각부인액을 손금에 산입한다.
② 시인부족액은 그 후 사업연도의 상각부인액에 이를 충당하지 못한다. 제78조(재고자산 등의 평가차손) ①법 제42조 제3항 제2호에서 “천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
3. 채굴예정량의 채진으로 인한 폐광(토지를 포함한 광업용 유형자산이 그 고유의 목적에 사용될 수 없는 경우를 포함한다)
(3) 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의11(통합조사의 원칙) ③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 “부분조사”라 한다)를 실시할 수 있다.
1. 제45조의2제3항, 소득세법 제156조의2제5항 및 제156조의6제5항, 법인세법 제98조의4제5항 및 제98조의6제5항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우 (4) 국세기본법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우
(5) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제11조(증권선물위원회에 의한 감사인 지정 등) ① 증권선물위원회는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사에 3개 사업연도의 범위에서 증권선물위원회가 지정하는 회계법인을 감사인으로 선임하거나 변경선임할 것을 요구할 수 있다.
12. 그 밖에 공정한 감사가 특히 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 회사 (6) 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 시행령 제14조(증권선물위원회의 감사인 지정을 받는 회사) ⑥ 법 제11조 제1항 제12호에서 “대통령령으로 정하는 회사”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.
1. 해당 사업연도 또는 다음 사업연도 중에 주권상장법인이 되려는 회사. 다만, 다음 각 목의 회사는 제외한다. (이하 생략)
결정 내용은 붙임과 같습니다.