청구법인이 POS매출액의 일부를 매출누락한 것으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부 등

[주 문]

1. OOO세무서장이 2020.8.6. 청구법인에게 한 2015사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세 OOO 및 2015년 제1기부터 제2기까지의 부가가치세 OOO의 부과처분에 대한 청구는 이를 각하한다.

2. OOO세무서장이 2020.6.26. 청구법인에게 한 2015사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세 OOO의 부과처분은 청구법인의 대표이사인 OOO 계좌에서 OOO 계좌로 출금된 금액이 청구법인의 기계공구 등의 매입금액에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2014.11.1.부터 OOO에서 기계공구 및 일반철물 도소매업 등을 영위하는 법인사업자이다.
• 나. 처분청은 2020.2.6.부터 2020.2.25.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2015년부터 2017년까지 청구법인의 판매시점정보관리시스템(Point of Sales, 이하 “POS”라 한다)을 통해 확인되는 매출액(이하 “POS매출액”이라 한다)이 청구법인이 처분청에 신고한 매출액보다 많다는 사실을 확인하고, POS매출액과 신고 매출액의 차액OOO(이하 “쟁점 1차 매출누락액”이라 한다)을 매출누락으로 보아 2020.3.16. 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 경정‧고지하는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.
• 다. 청구법인은 2020.4.14. 청구법인 외 OOO의 기계공구 수리용역매출을 쟁점 1차 매출누락액에서 제외하여야 한다는 등의 이유로 과세전적부심사청구를 하였으나, 처분청은 이를 불채택결정하고 2020.6.26. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 외 OOO 및 2015년 제2기 부가가치세 외 OOO 합계 OOO을 경정‧고지(이하 “쟁점 1차 처분”이라 한다)하였다.
• 라. 한편, 처분청은 위 과세전적부심사청구 과정에서 확인된 ‘OOO의 배우자 OOO 명의 계좌에 입금된 OOO 중 청구법인의 대표이사 OOO 명의 계좌로의 입금액 OOO에서 부가가치세를 제외한 OOO’(이하 “쟁점 2차 매출누락액”이라 한다)을 청구법인의 매출누락으로 보아 2020.8.6. 청구법인에게 2015사업연도 외 법인세 OOO 및 2015년 제1기 부가가치세 외 OOO 합계 OOO을 경정‧고지(이하 “쟁점 2차 처분”이라 한다)하였다.
• 마. 청구법인은 쟁점 1차 처분에 불복하여 2020.9.11. 심판청구를 제기하였고, 쟁점 2차 처분에 불복하여 2020.11.5. 이의신청을 거쳐 2021.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점 1차 처분 관련 (가) POS매출액에는 아래와 같이 OOO의 매출액이 포함되어 있으므로 이를 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다. 1) OOO은 청구법인의 사업장 내에 별도로 구분된 수리실에서 주로 청구법인이 판매한 기계공구 등을 독립적으로 수리하는 미등록 사업자로서 청구법인 명의 카드단말기를 이용하여 수리용역대가를 수취하였으나 이는 청구법인의 매출액이 아니라 OOO의 매출액이므로 동 카드단말기 매출액 2015년 OOO, 2016년 OOO, 2017년 OOO, 합계 OOO(이하 “쟁점카드매출액”이라 한다)을 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다. 2) OOO이 청구법인과 별개로 고객들에게 수리용역 및 관련 물품을 공급하고 OOO의 배우자 OOO 명의 계좌로 입금받은 OOO(이하 “쟁점계좌입금액”이라 한다)을 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다. 3) 청구법인이 기계공구 등의 장비를 임대하고 받은 임대료 OOO(이하 “쟁점장비임대료”라 한다)은 OOO이 출장수리시 직접적으로 사용된 장비의 사용료를 고객들로부터 수령한 것으로, 청구법인이 약정에 의해 OOO으로부터 유지관리비 명목으로 쟁점장비임대료의 10%를 지급받은 사실이 있으나, 쟁점장비임대료의 90%에 상당하는 OOO은 OOO의 매출액에 해당한다. (나) 청구법인은 OOO으로부터 기계공구 등의 물품OOO(이하 “쟁점무자료매입액”이라 한다)을 무자료로 매입하고 OOO 명의 계좌에서 대금을 지급하였으므로 청구법인의 비용으로 처리하여야 한다. (2) 쟁점 2차 처분 관련 청구법인은 쟁점 1차 처분에 대해 과세전적부심사청구를 하면서 청구법인의 POS매출액에서 쟁점계좌입금액을 제외하여야 한다고 주장하였는데, 처분청은 쟁점계좌입금액이 POS매출액에 포함된 것으로 볼 수 없다고 판단하고, 오히려 쟁점계좌입금액 중 OOO 계좌로 입금된 OOO을 청구법인의 매출누락으로 보아 쟁점 2차 처분을 하였으나, 쟁점계좌입금액은 OOO이 고객들에게 수리용역을 제공하고 지급받은 대가이므로 청구법인에 매출액에 해당하지 아니할 뿐 아니라, OOO 계좌에 입금된 OOO은 OOO이 수리용역 제공에 필요한 물품을 청구법인에 구매대행 의뢰하고 그 물품대금으로 지급한 금액이다. 또한, 쟁점 2차 처분은 처분청의 당초 세무조사결과통지서에 전혀 언급된바 없으므로 명백한 근거과세 위반이고, 과세전적부심사 과정에서 제출된 청구법인의 자료를 자의적으로 해석하여 억지로 추가 과세한 것으로 중복조사금지 원칙에 위배되어 절차상의 하자가 있다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점 1차 처분 관련 (가) POS매출액에 포함된 OOO의 매출액을 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다. 1) 청구법인은 기계공구 등의 판매자로서 유‧무상 A/S에 대한 의무를 부담하여야 하므로 A/S 등 수리용역대가도 당연히 청구법인에 귀속되어야 하며, 독립된 사업장을 갖지 못하고 A/S 물품에 관한 소유권을 전혀 갖지 않은 OOO은 수리용역 사업의 주체가 될 수 없는바, 쟁점카드매출액 및 쟁점계좌입금액은 당연히 청구법인의 매출액에 포함되어야 한다. 그런데 쟁점카드매출액은 고객들이 카드로 수리용역대가를 결제할 때 자동으로 POS에 집계되므로 이미 POS매출액에 포함되어 있으나, 쟁점계좌입금액은 OOO이 POS와 무관하게 고객들로부터 수리용역대가를 별도로 지급받은 것이므로 쟁점계좌입금액 OOO 중 OOO 계좌에 입금된 OOO은 청구법인의 추가적인 매출누락으로 보아야 하고, 나머지 OOO은 청구법인의 손금인 동시에 OOO의 매출액으로 보아야 한다. 2) 청구법인이 장비 소유권을 가지고 있으므로 장비임대사업의 주체는 청구법인이고, 장비임대용역과 수리용역은 엄연히 별개인데도, 명확한 근거 없이 쟁점장비임대료가 OOO의 매출액이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. (나) 청구법인은 세무조사 당시 쟁점무자료매입액에 대해 전혀 언급하지 않다가 과세전적부심사에 이르러 OOO 계좌에서 출금된 내역만을 제출하였으므로 실제 매입여부를 확인할 수 있도록 재조사 결정을 하여야 한다. (2) 쟁점 2차 처분 관련 청구법인은 쟁점계좌입금액 중 OOO 계좌로 입금된 OOO을 물품구매 대행금액이라고 주장하나 이에 대한 구체적인 증빙이 없고, 쟁점계좌입금액은 POS에 집계되지 않은 금액이므로 OOO을 청구법인의 추가적인 매출누락으로 본 것은 정당하다. 또한, 처분청은 청구법인이 과세전적부심사 과정에서 자발적으로 제출한 금융자료를 근거로 과세하였으므로 중복조사에 해당하지 아니하고, 설령 청구주장대로 중복조사라 하더라도 쟁점계좌입금액은 국세기본법제81조의4 제2항 제1호에 따라 중복조사가 가능한 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당한다.

① 쟁점 2차 처분에 대한 심판청구의 본안심리 대상 여부

② 청구법인이 POS매출액의 일부를 매출누락한 것으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부

③ 공구 등 무자료 매입금액을 손금산입하여 달라는 청구주장의 당부

국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. 제61조(청구기간) ② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제7항에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난날부터 심사청구를 할 수 있다. 제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다. 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 처분청이 청구법인에게 한 쟁점 1차 처분 및 쟁점 2차 처분내역이 아래와 같다. <표1> 쟁점 1차 처분내역 <표2> 쟁점 2차 처분내역 (2) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 처분청은 아래 <표3>과 같이 쟁점 1차 매출누락액을 산출한 것으로 나타난다. <표3> 쟁점 1차 매출누락액 산출내역 (3) 청구법인은 OOO이 독립적으로 수리용역을 제공하면서, 용역대가를 청구법인 명의 카드단말기로 수령하였다고 주장하면서, 동 카드단말기에서 발생한 카드매출내역OOO, OOO이 사용하였다는 수리실 전경사진 및 OOO이 2020.9.10. 작성한 확인서를 제출하였다. <표4> OOO의 확인서 일부 (4) 청구법인은 쟁점 1차 처분에 대한 과세전적부심사 과정에서, POS매출액에 OOO의 매출액이 포함되어 있으므로 이를 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다고 주장하면서, OOO이 청구법인과 별개로 고객들에게 수리용역 및 관련 물품을 공급하고 OOO의 배우자 OOO 명의 계좌로 입금받았다는 금융거래내역을 제출하였으나, 처분청은 동 금융거래내역에 의해 확인되는 쟁점계좌입금액 OOO이 POS매출액에 포함되어 있지 아니한 것으로 보아 청구법인의 매출액에서 제외하지 아니하였고, 쟁점계좌입금액 중 청구법인 대표이사 OOO 명의 계좌로 입금된 OOO에서 부가가치세 상당액을 제외한 OOO을 쟁점 2차 매출누락액으로 본 것으로 나타난다. <표5> 처분청이 확인한 OOO 명의 계좌 금융거래 흐름도 (5) 청구법인이 2014.12.29. OOO과 작성한 ‘용역계약서’에 따르면, ‘물품판매와 관련된 영업 및 A/S용역’ 수익의 정산기준이 청구법인 25%, OOO 75%로 기재되어 있으나, 처분청이 2020.3.11. 청구법인 대표이사 OOO을 상대로 문답한 내용을 작성한 ‘문답서’에 따르면, OOO은 ‘용역계약서’가 지인의 조언에 의해 작성된 것이라고 답변하였다. <표6> 용역계약서 일부 <표7> OOO의 문답서 일부 (6) 청구법인은 OOO으로부터 기계공구 등의 물품을 무자료로 매입하였다고 주장하면서 OOO 계좌에서 OOO 계좌로 출금된 내역이 기재된 예금거래내역서OOO를 제출하였고, 처분청은 청구법인이 물품구입에 대한 구체적 내용 없이 계좌 출금내역만 제출하였으므로 금융조사 등을 통해 실제 물품 구입 여부를 확인할 수 있도록 재조사 결정을 하여달라는 의견을 제시하였다. <표8> OOO 계좌에서 OOO 계좌로 출금된 내역 (7) 처분청이 제출한 고지서 송달 증빙자료 및 이의신청서 사본 등 심리자료에 따르면, 청구인은 2020.8.6. 쟁점 2차 처분에 대한 고지서를 수령하고, 그 수령일로부터 91일이 되는 2020.11.5. 처분청에 방문하여 이의신청서를 접수한 것으로 나타난다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 직권으로 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법제55조 제1항, 제61조 제1항, 제66조 제1항 및 제6항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받는 날)부터 90일 이내에 이의신청을 제기할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제61조 제2항 및 제68조 제2항은 이의신청을 거친 후 심판청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점 2차 처분에 대한 납세고지서를 수령할 날인 2020.8.6.로부터 90일이 지난 2020.11.5.에 이의신청을 하였으므로 이 건 이의신청은 불복기간이 경과되어 부적법하고, 그 이의신청에 터 잡은 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거치지 아니하여 부적법한 청구로서 본안심리대상이 아닌 것으로 판단된다. (9) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO이 기계공구 등 수리업을 독립적으로 운영하는 별도 사업주체이므로 OOO의 매출액에 해당하는 쟁점카드매출액, 쟁점계좌입금액 및 쟁점장비임대료를 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 주장대로 쟁점카드매출액 및 쟁점장비임대료가 OOO의 매출액이라면 OOO이 수리용역 제공시부터 동 금액을 청구법인의 것과 구분하여 별도로 관리하거나 청구법인이 차후에 동 금액을 OOO에게 지급한 사실 등이 확인되어야 하고, 쟁점계좌입금액은 청구법인의 POS에 자동으로 집계되지 아니하므로 그 입금액이 POS매출액에 포함되었다는 사실이 확인되어야 함에도 청구법인이 이에 대해 입증하였다고 보기 어려운 점, OOO이 수리업 등을 영위하는 별도의 사업자로 처분청에 사업자등록을 하거나 부가가치세 등 관련 세금을 신고한 사실이 확인되지 않는바, OOO이 사용하는 수리실 전경사진 및 확인서만으로는 독립적인 사업주체로서의 지위가 확인되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점카드매출액, 쟁점계좌입금액 및 쟁점장비임대료를 청구법인의 매출액에서 제외하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (10) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO으로부터의 쟁점무자료매입액을 청구법인의 손금으로 보아 이 건 법인세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하는바, 청구법인이 제출한 OOO 계좌 예금거래내역서OOO에 따르면, 청구법인의 대표이사 OOO 계좌에서 OOO 계좌로 출금된 내역이 확인되고, 처분청도 금융조사 등을 통해 실제 기계공구 등의 무자료 매입 사실을 구체적으로 확인할 수 있도록 재조사 결정을 구한다는 의견을 제시하였으므로 처분청은 쟁점무자료매입액이 청구법인의 손금에 해당하는지 여부를 재조사함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법하거나 청구주장이 일부 이유 있으므 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.