조세심판원 심판청구 종합소득세

대표자 명의로 등록된 쟁점특허권의 실질적 소유권이 쟁점법인에게 있는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

사건번호 조심-2020-중-8047 선고일 2021.03.15

대표이사가 쟁점법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점특허권을 발명하였다거나 쟁점법인과 청구인이 쟁점특허권을 공동 발명한 것으로 보기 어려우므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

--------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO에서 OOO 제조업 등을 영위하는 OOO(이하 “쟁점법인”라 한다)의 대표이사로 2000.11.15.부터 2018.9.7.까지 재직한바 있다.
  • 나. 쟁점법인은 2017년 당시 대표이사인 청구인으로부터 그의 명의로 된 ‘OOO’과 관련된 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득한 후, 청구인의 기타소득(필요경비 80% 적용)에 대한 원천세 OOO원을 징수․납부하였고, 2017사업연도 법인세 신고시 결산서상 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하고, 관련 감가상각비를 손금산입하였다.
  • 다. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.6.13.부터 2019.7.2.까지 처분청에 대한 업무감사를 실시한 결과, 쟁점특허권은 당초부터 연구전담부서를 통해 개발된 쟁점법인의 소유이므로 쟁점금액 상당의 가공자산을 계상하여 법인 자금이 사외유출된 것으로 보아 법인세를 경정하라고 처분지시하였고, 이에 따라 처분청은 쟁점특허권의 감가상각비로 계상한 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원을 손금불산입하고, 자산에 계상한 쟁점금액에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2020.1.10. 쟁점법인에게 법인세 2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원을 경정·고지하는 한편, 쟁점금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
  • 라. 쟁점법인은 2020.2.10. 쟁점금액을 기타소득이 아닌 근로소득(상여)으로 수정하여 OOO원을 추가로 원천징수하여 납부하였다(청구인은 기타소득으로 원천징수된 OOO원을 경정청구를 통해 환급받음).
  • 마. 청구인은 2020.5.8. 쟁점특허권의 실지소유권자는 청구인이므로 쟁점법인에게 이를 양도한 거래는 정상거래라고 주장하며 기 납부한 원천징수세액 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.7.14. 이를 거부하였다.
  • 바. 청구인은 이에 불복하여 2020.9.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 특허법제2조 제1항은 “‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다”고 정의하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 및 제2항에서 종업원 등의 직무발명에 관하여 규정함에 있어서 종업원 등을 발명자로 보면서 사용자등을 발명자로 인정하지 않고 있는바, 이러한 발명의 정의와 직무발명에 대한 규정 취지를 고려할 때, 같은 법 제33조 제1항에서 규정하고 있는 “발명을 한 자”는 창작행위에 현실로 가담한 자연인만을 가리키는 것으로 보아야 한다(특허법원 2003.7.11. 선고 2002허4811 판결). 즉, 특허권 등 관련 법령상 쟁점특허권에 대한 권리는 자연인으로서 실제로 발명 및 창작을 행한 청구인에게 원시적으로 귀속되므로, 사용자인 쟁점법인은 청구인으로부터 쟁점특허권에 대한 권리를 별도로 이전받지 않는 이상 그 소유권 또는 특허권을 가질 수 없고, 특허에 대한 ‘실질적 소유권’이라는 개념은 법령상의 근거가 존재하지 않으므로 실질적 소유권이 쟁점법인에 있는 것을 전제로 한 이 건 처분은 위법하다.

(2) 쟁점특허권은 화재가 확산되는 것을 지연시키는 OOO에 관한 것으로서, 청구인은 기존의 OOO이 화재시 고무나 실리콘 소재 패킹이 녹아 유독가스가 유입되는 문제를 해결하기 위하여 문틀과 도어가 음각면․돌출면으로 서로 맞물리고, 화재시 음각면․돌출면에 형성된 기밀수단이 열기로 휘어져 견고하게 접촉되도록 발명하였는바, 청구인의 연구노트에는 쟁점특허권에 관한 스케치, 규격에 관한 연구내용, 도면작성의 중요성과 어려움 등이 자필로 기재되어 있고, 특허출원을 위임받은 대리인이 특허출원에 앞서 청구인에 대하여 진행한 인터뷰 요약본에도 쟁점특허권의 연구목적과 내용, 기대효과에 관하여 자신의 표현으로 진술한 내용이 확인된다.

(3) 설령 특허권 등의 법령에도 불구하고 특허에 대한 권리가 당초부터 쟁점법인에게 귀속될 수 있다고 보더라도, 청구인이 20여년간 방화문 관련 업종에 종사한 점(1994년 3월부터 1997년 7월까지 방화문 제조업을 영위하는OOO에 근무하다가 2000년 11월경 쟁점법인을 설립하여 대표이사로 근무함)과 수 건의 특허권 및 디자인권을 출원한 점 등을 고려할 때, 청구인이 쟁점법인으로부터 인력이나 시설을 제공받지 아니하고 쟁점특허권을 발명하였다는 것이 상식에 반하는 일이라고 보기 어렵다. 쟁점법인의 전담부서도 청구인과 마찬가지로 방화문 관련 연구개발을 한 것은 사실이나, 쟁점법인은 효율적인 생산에 초점을 둔 공정개선 또는 신소재개발을 위주로 연구를 한 반면, 청구인은 불량방화문의 문제를 개선하기 위하여 원재료 특성연구와 가공공정 변화에 따른 방화문 성능향상 개발을 위한 연구를 하였으므로 쟁점법인과 청구인의 연구개발은 그 분야나 범위가 뚜렷히 구분되고, 쟁점특허권의 시제품 제작, 디자인, 철골제작, 특허등록대행 수수료를 포함하여 연구개발에 필요한 부대비용을 청구인이 지출하였으며, 쟁점법인이 청구인에게 연구개발비를 지원한 사실이 없다.

(4) 처분청은 쟁점특허권이 청구인의 명의로 2016.8.19. 등록된 ‘OOO’ 특허권이 아니라 2016.8.2. 등록된 ‘OOO’ 특허권이고, 쟁점금액으로 평가된 감정평가서상 감정대상이 ‘OOO’ 특허권이라고 되어 있으므로 쟁점특허권이 감정평가 없이 임의 가액으로 거래되었다는 의견이나, 청구인은 OOO에 ‘OOO 특허권에 관하여 특허출원을 의뢰한바 있고, 2017.5.24. 쟁점법인과 양도계약을 체결하였는데, 동 계약서상 양도대상은 “OOO”이라고 기재되어 있으므로 청구인이 쟁점법인에 쟁점금액으로 매각한 쟁점특허권은 ‘OOO’ 특허권이 아니라 ‘OOO’ 특허권인 것으로 보아야 하고, 동 특허권은 쟁점금액의 가치를 가지는 것으로 평가되었다. 이처럼 감정평가법인에 의하여 쟁점특허권의 가치를 평가한 점, 쟁점법인을 2018년 인수한 OOO가 지정한 감정평가법인도 쟁점법인의 주요 자산인 쟁점특허권의 가치를 달리 평가하지 아니한 점, 쟁점법인은 2015사업연도 매출액은 OOO원, 당기순이익은 OOO원 정도였으나, 쟁점특허권을 취득한 후 이를 활용하여 매출액 및 당기순이익이 상승한 점 등을 고려하면, 쟁점특허권의 매각대금이 과도하게 산정되었다고 보기 어렵다. 만일, 청구인이 쟁점특허권 발명에 기여한 부분을 쟁점법인의 대표이사로서 직무수행의 일부로 보아야 한다면, 최소한 쟁점특허권은 쟁점법인과 청구인이 공동발명한 것으로 보아 쟁점금액의 50%는 정당한 거래가액으로 인정되어야 한다(조심 2010중471, 2011.6.23. 참조).

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점특허권 양도 당시 쟁점법인의 대표이사로서, 특수관계인과 함께 쟁점법인의 발행주식을 100% 소유하고 있었고, 쟁점법인은 2012.2.3. 연구전담부서를 설립하여 2012년부터 2016년까지 매년 OOO원 정도를 연구 및 인력개발비로 지출하면서 연구개발을 하였음에도 쟁점법인 명의로 특허권을 등록한 내역이 없으며, 쟁점법인은 2015년 9월경부터 OOO 등으로부터 쟁점특허권과 관련하여 컨설팅 등을 받으며 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수취한 것으로 나타난다.

(2) 대법원 판례(2014.11.13. 선고 2011다771313, 77320 판결)에 의하면, “특허법제33조 제1항 본문은 ‘발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다’고 규정하고 있는데, 같은 법 제2조 제1호는 ‘발명이란 자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제33조 제1항 본문에서 규정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시․부가․보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언․지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다”고 판시되어 있다. 청구인은 쟁점특허권과 관련하여 기술적인 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할 만한 증빙자료가 부족하고, 쟁점특허권 특성상 기술의 실현가능성․효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 화재에 대한 내화성, 기밀성 등의 실험에 따른 상당한 설비, 비용, 인원이 소요되는데, 진위여부를 떠나 청구인이 지출하였다고 주장하는 특허등록비용, 금형수수료 등의 지출내역만으로는 쟁점특허권의 개발을 청구인 혼자 하였다고 보기 어려우며, 쟁점특허권은 쟁점법인의 사업과 직접 연관이 있어 쟁점법인이 수많은 실험 및 시행착오를 거쳐 발명하였다고 보는 것이 합리적이고, 청구인이 특허권 창설에 기여하였다 할지라도 대표이사로서 직무수행의 일부로 보아야 한다.

(3) 청구인은 ‘OOO’이라는 명칭의 쟁점특허권을 2016.3.28. 출원하면서 같은 날 ‘OOO’ 이라는 명칭의 특허권을 같이 출원하여 2016.8.19. 등록하고 2017.5.30. 쟁점법인에 권리를 이전하였는 바, 청구인은 쟁점특허권을 공인된 감정평가사가 평가한 가액이나 법률에 따라 평가한 가액이 아닌 ‘OOO’ 이라는 명칭의 다른 특허권의 감정평가액으로 취득하였으므로 설령 쟁점특허권의 권리자가 청구인이라 하더라도 쟁점법인과 공정가액으로 거래한 것으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 대표자 명의로 등록된 쟁점특허권의 실질적 소유권이 쟁점법인에게 있는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2016.12.20. 법률 제14386호로 개정된 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 것) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(3) 상속세 및 증여세법(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정된 것) 제64조(무체재산권의 가액) 무체재산권(無體財産權)의 가액은 다음 각 호에 따른 금액 중 큰 금액으로 한다.

1. 재산의 취득 가액에서 취득한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상의 감가상각비를 뺀 금액

2. 장래의 경제적 이익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액

(4) 특허법(2016.12.2. 법률 제14371호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 OOO 설립되었고, 2017사업연도말 주주는 OOO으로 되어 있으며, 청구인은 설립시부터 2018.9.7.까지 쟁점법인의 대표이사로 재직하다가 청구인과 그 가족의 소유 주식을 OOO에 전부 양도한 것으로 나타난다. (나) OOO제조방법 및 OOO 관련 특허권의 등록내역 등은 OOO과 같다. <표1> ‘OOO제조방법’ 및 ‘OOO’ 관련 특허권 내역 (다) 조사청의 처분청 감사시 쟁점법인이 조사청에 제출한 청구인의 금융거래내역, 쟁점법인의 전표 등에 의하면, 쟁점법인은 ‘OOO’ 특허인수 명목으로 2017년 9월 쟁점금액을 개발비로 계상하면서, 쟁점금액 중 OOO원은 청구인에게 계좌이체하고, OOO원은 대표자 가지급금과 상계하였으며, 이와 관련하여 기타소득세 등 OOO원을 원천징수․납부한 것으로 나타난다. (라) 이와 별도로 처분청이 2020년 11월 쟁점법인 조사시 쟁점법인에서 제출한 양수도계약서 등에 의하면, 쟁점법인은 2016사업연도에 청구인에게 ‘OOO제조방법특허권’의 직무보상발명비 명목으로 청구인에게 OOO을 지급하고, 2017.8.31. 청구인과 OOO제조방법특허권 양수도계약서를 작성하여 이를 무상으로 양수한 것으로 나타난다. (마) 쟁점법인은 2012.2.3. 연구전담부서 설립 이후 아래 <표2>와 같이 연구 및 인력개발비를 지급하였으나, 쟁점법인 명의로 등록된 특허권 내역은 확인되지 아니한다. <표2> 연구 및 인력개발비 (단위: 천원) (바) 쟁점법인은 조사청의 처분청 감사시 청구인과 함께 연구활동을 하였다고 주장하며, 아래 <표3>과 같이 연구실적자료를 제출한바 있다. <표3> 연구실적자료 (사) 쟁점법인은 2015년 9월~2017년 9월 기간동안 특허권과 관련하여 OOO 등으로부터 감정평가 및 컨설팅을 받으면서 공급가액 OOO원의 세금계산서를 아래 <표4>와 같이 수취한 것으로 나타난다. <표4> 특허권 관련 세금계산서 내역 (단위: 원)

(2) 청구인이 제출한 증빙자료의 주요내용은OOO과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점특허권이 ‘OOO’이라는 명칭의 특허권을 의미하고, 동 특허권의 소유권은 등록자인 청구인에게 있으며, 처분청이 쟁점특허권의 실질적인 소유권자를 쟁점법인으로 보아 청구인의 양도행위를 부인한 것은 부당하다고 주장하나, 감정평가서와 계약서에 쟁점금액으로 평가되어 거래된 특허권이 ‘OOO’이라고 기재되어 있는 점을 고려하여 청구인의 주장대로 쟁점특허권이 ‘OOO’ 특허권을 의미한다고 본다 하더라도, 쟁점특허권은 성능과 안정성 등을 검증하기 위해 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하고, 거기에는 상당한 설비와 비용이 소요될 것으로 보임에도 청구인이 쟁점특허권을 개발하기 위한 개인적인 연구시설이나 실험기구 등을 갖춘 사실이 확인되지 않는 반면, 쟁점법인은 2012.2.3. 연구전담부서를 설립한 이래 매년 고액의 연구 및 인력개발비를 지출하고 있는 것으로 나타나는 점, 아이디어 노트와 특허출연료 등을 부담한 사실만으로는 청구인이 쟁점특허권을 발명하였다고 보기 어렵고, 쟁점특허권을 출원하기 약 2~3년 전에 지급된 인건비 등은 쟁점특허권과 관련된 비용인지 여부도 불분명한 것으로 보이는 점, 대표이사가 쟁점법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점특허권을 발명하였다거나 쟁점법인과 청구인이 쟁점특허권을 공동 발명한 것으로 보기 어려우므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)