청구법인은 2014사업연도 종료일 현재 관계기업에 해당되어 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 따른 중소기업 유예기간 적용 배제대상으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
청구법인은 2014사업연도 종료일 현재 관계기업에 해당되어 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 따른 중소기업 유예기간 적용 배제대상으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 조특법 시행령 제2조 제2항 단서의 중소기업 유예기간 배제 대상 중의 하나인 관계기업에 속하는 기업인지 여부는 직전 사업연도 말일을 기준으로 판단하는 것으로, 과세연도(2014) 직전 사업연도인 2013사업연도 말일에는 청구법인과 대상회사가 관계기업에 해당하지 않아 청구법인은 2014사업연도에 중소기업 유예기간 적용이 배제되지 않는다. (가) 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 중소기업의 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제2호에 적합한 기업 외의 기업에 해당되는 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있고, 중기법 시행령 제2조에서 ‘관계기업’이란 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계(이하 “지배종속관계”라 한다)에 있게 되는 경우 그 기업 집단을 말한다고 정의하면서, 같은 령 제3조의2 제1항에서 관계기업 여부는 ‘직전 사업연도 말일 현재’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있으며, 조특법령에서는 관계기업에 대하여 별도의 정의를 두고 있지 아니하다가 2014.3.14. 조특법 시행규칙의 개정(기획재정부령 제406호로 개정)으로 제2조 제8항에 관계기업에 속하는 기업인지의 판단을 ‘과세연도 종료일 현재’를 기준시점으로 한다는 규정을 신설하였다. (나) 이에 조특법 시행규칙 제2조 제8항이 신설되기 전에는 관계기업 해당 여부를 지배종속관계를 가지게 된 사유가 발생한 사업연도를 기준으로 할 것인지 또는 그 다음 사업연도부터 할 것인지가 문제되었으나, 법원은 ‘구 조특법 시행령 및 구 중기법 시행령 규정의 문언에 따르면 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 직전 사업연도 말일을 기준으로 하여야 하는 것이므로, 구 중기법 제3조의2에 따라 지배종속관계를 가지게 된 사유가 발생한 다음 연도부터 관계기업이 될 수 있고, 그 사유가 발생한 사업연도에는 관계기업이 될 수 없다’고 판시(대구지방법원 2015.9.9. 선고 2015구합21546 판결, 서울행정법원 2015.5.1. 선고 2014구합22038 판결)함으로써 구 조특법 시행령 및 구 중기법 시행령 규정 적용 하에서는 지배종속관계를 가지게 된 사유가 해당 사업연도의 직전 사업연도 말일에 존재하지 않았다면, 해당 사업연도는 관계기업이 되지 않는 것임을 밝혔다. (다) 그렇다면 청구법인은 조특법 시행규칙 제2조가 개정되기 전인 구 법령하에서는 2013사업연도 말일에는 대상회사 주식을 OOO주(28.25%)만 보유하고 있어 청구법인과 대상회사는 지배종속관계를 가지게 된 사유가 존재하지 않았으므로 중소기업 유예기간이 적용되어야 할 것이다.
(2) 관계기업에 속하는 기업인지의 판단을 과세연도 종료일 현재를 기준으로 하더라도 청구법인과 매출액이 없는 대상회사는 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 관계기업에 해당된다고 볼 수 없다. (가) 법 문언은 입법 취지와 목적, 개정 연혁, 해석으로 인해 초래되는 결과의 정합성 및 구체적 타당성에 비추어 해석하여야 하는바, 중소기업 유예기간 적용 배제대상을 규정한 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 규정은 기업 인수 등으로 기업 규모가 확대되고 그로 인하여 경쟁제한적이고 경제력이 집중되는 환경이 초래되는 경우에 유예기간을 배제시키기 위한 것으로 중소기업이 스스로 성장하여 중소기업에서 벗어난 상태이고 다른 관계기업이 있지만 그 관계기업이 기업 규모의 확대에 영향을 미치지 못하여 관계기업 매출액이 단독 매출액과 같거나 작은 경우에는 적용되지 않는다고 해석하여야 한다. (나) 조특법상 중소기업을 판정함에 있어서 사용되는 매출액은 기업회계기준에 따른 올바른 매출액을 의미하는 바, 대상회사의 기업회계기준에 따른 매출액은 OOO이므로 청구법인의 관계기업 매출액은 단독 매출액과 동일하고 대상회사는 청구법인의 규모 확대에 영향을 주지 못하였으므로 청구법인과 대상회사는 조특법 제2조 제2항 단서 규정이 적용되는 대상에 해당되지 않는다 할 것이다.
(1) 청구법인은 관계기업에 속하는 기업인지의 판단을 직전사업연도 말일을 기준으로 해야 한다고 주장하나, 중소기업 해당여부는 조특법의 기준에 따라 판단하여야 한다. (가) 중기법은 중소기업으로 판단 후 대상회사를 지원·육성하고자 하는 목적으로 제정된 법규정인 반면, 조특법은 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 법규정으로 그 입법취지가 완전히 다르므로, 조특법을 해석함에 있어서 조특법에서 명확하게 중기법의 기준을 준용하라는 규정이 없는 한 조특법에서 세제혜택을 주고자 하는 대상의 기준, 즉 중소기업 해당여부는 조특법의 기준에 따라 판단하여야 한다(대법원 2015.4.23. 선고 2013두10458 판결, 같은 뜻임) (나) 중기법은 관계기업 판단시점 및 종업원수, 자기자본, 매출액 등을 직전 사업연도말을 기준으로 하고 있고, 조특법은 관계기업 판단시점에 대하여 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 조특법 시행규칙 제2호 제8항을 신설하여 과세연도 종료일 현재를 기준으로 하고 있는바, 이와 같이 중기법과 조특법에서 중소기업 판단기준 시점을 다르게 하는 것은 각 법의 취지에 부합한 정책을 시행하기 위한 것으로 당연한 논리이다. (다) 청구법인은 2014사업연도에 매출액이 OOO원 이상이 되어 중소기업을 졸업하고 유예기간이 적용되어야 하나 해당 사업연도에 대상회사의 출자지분 30% 이상을 소유하는 최다출자자에 해당되므로 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 독립성 요건을 갖추지 못하여 유예기간 적용이 배제된다. (2) 청구법인은 중소기업에 해당하는지 여부를 판정할 때에 청구법인의 관계기업이 매출액이 없는 등 사실상 경제적 가치가 없는 기업이어서 영향을 미치지 못하는 경우라면 그 관계기업의 존재는 중소기업 해당 여부 판단에서 제외해야 한다고 주장하나, 조특법에 그 관계기업의 매출액 등 재무상황이나 경제적 가치를 감안하여 어떠한 경우에는 중소기업에서 배제하는 사유에서 제외한다고 규정한 바 없고 청구법인이 피투자회사인 대상회사의 주식을 2014년 말 기준으로 30% 이상을 취득하여 보유한 최다출자자에 해당함이 분명하므로 청구법인과 대상회사는 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 관계기업에 해당한다.
1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “ 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우
3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위 하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ⑧ 영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다. 부칙 <제406호, 2014.3.14> 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제27조 제2항 제1호 각 목 외의 부분 전단, 같은 항 제2호 각 목 외의 부분 및 제27조의3의 개정규정은 2014년 7월 1일부터 시행한다. (3) 중소기업기본법 시행령(2013.10.16. 대통령령 제24799호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
3. “관계기업”이란 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제4조 에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상회사”라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업
1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원
2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족
1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우
4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제3조의3(중소기업 여부의 판단 및 적용기간) ① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다.
② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2002년 9월 반도체 관련 장비의 연구개발, 제작 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 조특법상 중소기업 기준을 충족하여 2013사업연도까지 중소기업에 대한 조세특례를 적용받아 왔다. (나) 청구법인은 2012년 12월 대상회사의 주식 OOO주(지분율 28.25%)를 OOO원에 취득하고 2013사업연도에 대상회사의 주식에 대한 평가손실을 아래와 같이 인식하였으며, 2014년 12월 대상회사의 주식 OOO주(61.9%)를 OOO원에 추가 취득하여 2014년말 현재 대상회사의 주식 총 OOO주를 보유(90.15%)하게 되었다. (다) 청구법인과 대상회사의 2012～2014사업연도 매출액 현황은 아래와 같은바, 청구법인은 2014사업연도에 매출액이 최초로 OOO원을 초과한 것으로 나타난다.
(2) 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 조특법 시행규칙을 개정하여 제2조에 제8항(영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다)을 신설(공포한 날부터 시행)하였는데, 2014년 개정세법 해설에 의하면, 그 개정취지를 ‘중소기업 판단시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 규정’한다고 기재되어 있다.
(3) 조특법 시행령 제2조 제2항에서 중소기업이 규모의 확대 등으로 조세특례가 적용되는 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 유예기간(사유 발생일이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도) 동안에는 중소기업으로 보도록 하면서, 그 단서에서 실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합한 기업외의 기업(관계기업 등)에 해당되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있고, 중소기업 중 소유와 경영의 실질적인 독립성이 없다고 보는 관계기업에 속하는 기업인지의 판단기준에 관하여, 중기법 시행령 제3조의2에서는 직전 사업연도 말일 현재를 기준으로 하도록 하고 있고, 조특법 시행규칙 제2조 제8항에서는 과세연도 종료일 현재를 기준으로 하도록 규정하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 확장해석과 유추해석은 허용되지 않고 법문대로 해석되어야 하는바, 조특법령상 중소기업 유예기간이 배제되는 관계기업을 판단함에 있어 조특법 시행규칙 제2조 제8항에서 과세연도 종료일 현재를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 이 건 법인세 과세연도인 2014사업연도 종료일 현재 대상법인의 주식을 30% 이상 보유하면서 최대출자자에 해당하여 청구법인과 대상회사는 관계기업에 해당하는 점, 중기법령은 중소기업을 육성하기 위하여, 조특법령은 법인세 등의 납세의무자에게 세제상의 혜택을 부여하기 위하여 그와 관련된 사항 등을 각 규정한 것이어서 두 법령 간의 목적과 규정이 상이하므로 이 건 법인세를 과세함에 있어서는 조특법령에 따른 기준으로 중소기업요건을 판단하는 것이 타당한 점, 관계기업이 되는 요건 중 출자 기준 규정 등 외에 종속기업의 매출액에 따라 관계기업에 해당되는지 여부를 판단한다는 규정이 달리 없어 대상회사가 과세연도 종료일 현재 매출액이 없다 하여 이를 관계기업에서 제외하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 2014사업연도 종료일 현재 관계기업에 해당되어 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에 따른 중소기업 유예기간 적용 배제대상으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.