쟁점퇴직연금보험료가 「조세특례제한법」에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고시 회사부담분 건강보험료, 고용보험료, 국민연금보험료, 확정기여형 퇴직연금보험료(이하 “쟁점퇴직연금보험료”라 한다)를 세액공제 대상에서 제외하고 신고하였다가, 2020.1.30. 해당 금액이 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점퇴직연금보험료에 대하여 조세특례제한법 시행령별표6에 따라 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에 해당하지 아니한다는 이유로 2020.4.28. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.12. 이의신청을 거쳐 2020.8.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 연구원들에게 지출한 쟁점퇴직연금보험료는 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 보험료 상당의 금원은 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 점, 쟁점퇴직연금보험료는 해당 사업연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 실제로 지출된 비용인 바, 적정한 기간손익 계산을 위해 비용을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리하는 점, 확정기여형 퇴직연금보험료는 퇴직을 원인으로 근로자에게 지급된 금원이 아니라 지출 시점에 이미 연구원에게 확정적으로 귀속되어 재직 중인 근로자에게 이미 지급된 금원에 해당하는 점 등을 종합하면 쟁점퇴직연금보험료는 소득세법상 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없으므로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 인건비로 보는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 확정기여형 퇴직연금제도는 근로자퇴직급여보장법에 따른 퇴직급여 제도로서, 사용자가 부담하는 퇴직연금보험료는 근로자의 퇴직소득을 구성하며 근로자의 현실적인 퇴직을 그 원인으로 하여 지급되는 금액인 바, 조세특례제한법 시행령 별표6에서 규정하는 인건비에 해당하는 일반적인 급여와는 다르며, 조세특례제한법 기본통칙(9-8...1 연구 및 인력개발비의 용의 정의 등)에서도 퇴직소득은 인건비에서 제외하고 있는 바, 쟁점퇴직연금보험료를 연구․인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점퇴직연금보험료가 조세특례제한법에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법 (2014.5.14. 법률 제12570호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액 <각 목 및 이하 생략> (2) 조세특례제한법 시행령(2014.11.4. 대통령령 제25677호로 개정된 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) ① 법 제10조 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 [별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등 <이하 생략>

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 온라인게임 및 소프트웨어 개발업을 영위하는 법인으로 1996.6.26. ㈜OOO 미디어연구소를 설립하여 OOO로부터 기업부설연구소로 인정받았으며, 2014사업연도에 ㈜OOO 미디어연구소 연구원들에 대하여 쟁점퇴직연금보험료를 지출하였다.

(2) 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청은 2020.4.28. 4대보험 회사부담분에 대하여는 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 인건비로 보아 세액공제액을 재산정하였으나, 쟁점퇴직연금보험료는 제외하여 아래의 <표>와 같이 경정청구 부분인용 통지를 하였다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점퇴직연금보험료가 조세특례제한법제10조 제1항에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령별표6의 제1호 가목 1) 괄호에서 인건비 중 소득세법제22조에 따른 퇴직소득, 같은 법 제29조 및 법인세법제33조에 따른 퇴직급여충당금을 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에서 제외하도록 규정하고 있고, 소득세법제22조 제1항 제2호에서 사용자부담금을 기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득을 퇴직소득으로 규정하고 있는 점, 근로자퇴직급여 보장법령상 근로자가 퇴직연금 적립금을 중도 인출할 수 있는 사유를 일정한 요건을 갖춘 주택구입 등으로 제한하고 있어 쟁점퇴직연금보험료는 원칙적으로 근로계약이 종료되는 때에 지급하는 퇴직급여의 성격이 있으므로 해당 과세연도의 연구․인력개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어려운 점, 확정기여형 퇴직연금을 근로자 퇴직시 일시금 형태로 수령하는 경우 퇴직소득으로 과세되고 연금 형태로 수령하는 경우에는 연금소득으로 과세되나, 이는 퇴직금을 재원으로 소득자 입장에서 운영방법에 따라 즉시과세 또는 과세이연 등으로 소득세법상 과세방법을 달리한 것일 뿐, 사용자가 부담한 동일한 퇴직급여에 대하여 소득자의 소득구분에 따라 조세특례제한법상 세액공제를 달리 적용할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점퇴직연금보험료를조세특례제한법제10조 제1항이 정한 연구․인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.