청구인이 일괄양도한 토지와 건물에 대한 가액의 구분을 처분청이 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 부동산임대업을 영위하는 사업자이고, 청구인이 소유하고 있던 OOO의 지상에 근린생활시설건물 645.84㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축(2019.12.12. 소유권보존등기)하여 2019.12.19. 김OOO에게 OOO에 일괄양도한 후, 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점건물의 공급가액을 OOO으로 하여 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하고 관련 매출세액을 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 일괄양도한 쟁점부동산의 각 자산별 가액을 기준시가에 의하여 안분계산한 금액과 쟁점세금계산서상 공급가액이 100분의 30 이상 차이가 있으므로 부가가치세법제29조 제9항 제2호에 따라 기준시가에 의하여 안분계산한 쟁점건물의 공급가액인 OOO 보다 청구인이 발행한 쟁점세금계산서상 쟁점건물의 공급가액이 과소한 것에 대하여 2020.6.8. 청구인에게 2019년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.8.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점건물 신축시 거래상대방으로부터 정상적으로 세금계산서를 발급받아 신고를 하였고, 동 세금계산서에 의하여 확인되는 신축가액이 OOO이므로 청구인이 쟁점거래처에 발행한 쟁점건물에 대한 쟁점세금계산서상 공급가액은 적정하다.

(2) 처분청의 의견에 따르면 쟁점건물의 신축가액이 OOO인데 비하여 쟁점거래처에 대한 공급가액이 OOO에 달하게 되는바, 이는 정당한 거래라 할 수 없다.

(3) 처분청은 청구인이 조세회피 목적으로 쟁점세금계산서상 공급가액을 임의로 과소하게 기재하였다고 주장하나, 부가가치세는 거래상대방으로부터 거래징수하는 세금이고, 매입자는 이를 공제받으므로 청구인에게 조세회피 목적이 있었다고 볼 수 없다.

• 나. 처분청 의견

(1) 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 자산별 가액을 임의로 구분하여 조세를 회피하는 사례를 방지하기 위하여 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 세법에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우 안분계산한 금액을 각 자산별 공급가액으로 하도록 2018년말에 관련 규정(부가가치세법제29조 제9항 제2호)이 개정되었고, 동 개정규정은 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용된다.

(2) 청구인이 쟁점세금계산서의 발행시 기재한 쟁점건물의 공급가액은 OOO인데, 이는 쟁점건물과 쟁점토지의 기준시가에 의하여 일괄양도가액을 안분계산한 쟁점건물의 가액인 OOO의 46.8%에 불과하므로 처분청이 상기 개정규정에 따라 청구인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 일괄양도한 토지와 건물에 대한 가액의 구분을 처분청이 기준시가에 의하여 안분계산하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액 (3) 소득세법 제99조【기준시가의 산정】① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물
• 라. 주택
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점건물을 2019.12.12. 신축(소유권보존등기)한 사실 및 쟁점부동산(쟁점토지 및 쟁점건물)을 김OOO에게 OOO 일괄양도(2019.8.7. 매매계약 체결, 2019.12.19. 소유권이전등기경료)한 사실 등은 처분개요에 전술한 바와 같다.

(2) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구인이 쟁점부동산을 일괄양도할 당시, 쟁점건물의 기준시가는 OOO이고, 쟁점토지의 기준시가는 OOO이며, 위 기준시가 비율로 청구인의 쟁점부동산 일괄양도가액을 안분계산하면 쟁점건물의 가액은 OOO이고, 쟁점토지의 가액은 OOO이다.

(3) 위와 같이 안분계산한 쟁점건물의 가액과 청구인이 쟁점거래처에 발행한 쟁점세금계산서상 쟁점건물의 공급가액(5억원)은 그 차이가부가가치세법제29조 제9항 제2호에서 규정하고 있는 기준인 30%를 넘는다.

(4) 청구인이 2019년에 쟁점건물 신축시 시공자인 OOO 주식회사로부터 발행받은 세금계산서상 공급가액의 합계액은 OOO이다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2019.12.19. OOO에 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물 중 쟁점건물에 해당하는 양도가액(공급가액)을 OOO으로 인정하여야 한다고 주장하나, 그러할 경우 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액의 구분과 위 일괄양도가액을 기준시가에 의하여 안분계산한 가액과의 차이가 30%를 초과하므로 처분청이 부가가치세법제29조 제9항 제2호에 따라 기준시가에 의하여 일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 중 쟁점건물의 공급가액을 구분하여 청구인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.