조사청은 청구법인이 쟁점당초조사에 관한 소명을 하기 어려운 사정을 감안하여 1차․2차 세무조사 중지 및 조사기간의 연장을 한 것으로 보이고, 그 중지기간 동안 조사청이 세무조사를 하였다거나 조사기간을 잘못 계산하였다는 청구주장을 입증할 증빙자료가 제시되지 아니한 점에 비추어 볼 때 쟁점당초조사는 적법한 것으로 보는 것이 타당함
조사청은 청구법인이 쟁점당초조사에 관한 소명을 하기 어려운 사정을 감안하여 1차․2차 세무조사 중지 및 조사기간의 연장을 한 것으로 보이고, 그 중지기간 동안 조사청이 세무조사를 하였다거나 조사기간을 잘못 계산하였다는 청구주장을 입증할 증빙자료가 제시되지 아니한 점에 비추어 볼 때 쟁점당초조사는 적법한 것으로 보는 것이 타당함
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 심판청구는 부적법하다. 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 처분과 별개의 것이 아니라 그 변경에 해당하고 납세자에게 유리한 것이어서 그 경정처분으로 남아 있는 것의 위법을 다툴 경우 항고소송의 대상은 당초 부과처분 중 남은 부분일 뿐 그 경정처분이 항고소송의 대상이 아니고, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 하는 것이므로 국세기본법 제56조 제2항 ㆍ 제3항 본문에 따른 항고소송은 심판청구에 대한 결정통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하는바, 청구법인으로서는 선행심판 결정의 통지를 받은 날(2019.12.19.)부터 90일 이내에 행정소송을 제기하였어야 했음에도 ‘쟁점당초조사’를 이유로 하여 ‘선행심판 결정에 따른 재조사로 당초 처분을 감액경정한 이 건 처분’에 대하여 다시 심판청구를 제기한 것은 부적법하다.
(2) 쟁점당초조사의 조사기간의 중지ㆍ연장은 적법하다. 설령 청구주장이 본안심리의 대상이라 하더라도 ① 세무조사 관리지침 상 조사계획 수립시 조사대상 과세기간, 금융거래ㆍ거래처 현장확인, 중요조사 여부 등을 감안하여 조사기간의 기준일수를 초과부여할 수 있는바, 청구법인은 조사기간 설정 관리지침 상의 조사일수에 따라 쟁점당초조사의 기준일수를 67일으로 보았으나(청구법인은 공휴일을 기준일수에서 제외된 것으로 보았으나 그렇지 아니하다) 위 지침 상 해당 기준일수를 초과 부여할 수 있어서 조사관청은 2016.6.15. 세무조사 통지시부터 청구법인에게 쟁점당초조사의 기간을 69일로 설정ㆍ통지하였으므로 쟁점당초조사 기간을 67일로 본 청구주장은 사실과 다른 점, ② 1차ㆍ2차 세무조사 중지 및 조사기간 연장은 청구법인의 필요에 따라 시행되었던 점[청구법인은 조사청에게 쟁점당초조사의 초반인 2016.6.23. 총괄 임원(박ㅇㅇ 이사)의 사망에 따른 사후조치의 필요성으로 2016.7.5. 1차 세무조사의 중지를 요청하였고, 조사청이 2016.7.28. 청구법인에 대한 세무조사 재개통지에도 불구하고, 청구법인은 2016.8.2. 세무조사의 중지 필요성을 팩스로 송부한 후, 2016.8.8. 조사청에게 유선으로 위 사후조치의 계속 및 실무자의 퇴직을 이유로 ‘2016.8.8.’을 신청일로 하고 ‘2016.8.5.～2016.9.4.’를 그 기간으로 하여 2차 세무조사의 중지를 신청하여서, 조사청이 2016.8.12. 유선 및 2016.8.17. 우편으로 청구법인에게 2차 세무조사 중지를 통지한 것이다], ③ 조사청이 1차ㆍ2차 조사중지 기간 중 세무조사를 한 사실이 없는 점, ④ 선행심판청구에서 청구법인이 조사기간의 중지 및 연장에 관한 이견을 제기한 사실이 없는 점, ⑤ 조사청은 청구법인의 조사기간 연장신청이 없었더라도 쟁점당초조사 기간 중에 조사기간의 연장 및 조세범칙조사의 전환이 가능하였던 점, ⑥ 국세청 전산자료에 2016.10.17. 조사청의 납세자보호담당관이 조사기간 연장을 승인한 것으로 나타나므로 조사청의 세무조사 연장신청 결과통지 시행의 적법성에 의문을 제기한 청구주장이 이유 없는 점 등을 감안할 때, 조사청이 2차 세무조사 중지에 대한 적법한 통지 없이 세무조사를 진행하였다거나 조사기간의 계산이 잘못되었다는 청구법인의 주장은 이유 없다.
① 이 건 심판청구가 본안심리의 대상인지 여부
② 쟁점당초조사가 위법한 조사기간 연장 등에 따른 것이어서 이에 근거한 법인세의 부과 및 소득금액변동통지도 위법하다는 청구주장의 당부
⑤ 이 장의 규정에 따른 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분에 대해서는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 없다. 다만, 제65조 제1항 제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 해당 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있다. 부칙(법률 제14382호, 2016.12.20.) 제4조(재조사 결정에 관한 적용례) ① 제55조 제5항 단서, 제56조 제2항 단서 및 같은 조 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 심사청구, 심판청구 또는 행정소송을 제기하는 분부터 적용한다. 제56조(다른 법률과의 관계) ② 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문, 제2항 및 제3항에도 불구하고 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 대한 제65조 제1항 제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 그러하지 아니하다. 제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.
3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다. 제68조(청구기간) ② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다. 제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. (후단 생략) 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청) ② 사전통지를 받은 납세자가 천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 조사를 받기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무관서의 장에게 조사를 연기해 줄 것을 신청할 수 있다. 제81조의8(세무조사 기간) ① 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종 ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.
6. 세무조사 대상자가 세금탈루혐의에 대한 해명 등을 위하여 세무조사 기간의 연장을 신청한 경우로서 납세자보호관등이 이를 인정하는 경우
④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.
⑤ 세무공무원은 제4항에 따른 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다.
⑥ 세무공무원은 제4항에 따라 세무조사를 중지한 경우에는 그 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 한다. (단서 생략)
⑦ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제6항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다. (2) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정되기 전의 것) 제55조(불복) ⑤ 이 장의 규정에 따른 심사청구 또는 심판청구에 대한 처분에 대해서는 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 없다. 다만, 제65조 제1항 제3호 단서(제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 해당 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기할 수 있다. (3) 국세기본법 시행령 제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우
2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우
3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우 제63조의7(세무조사의 연기신청) ① 법 제81조의7 제2항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 화재, 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때
2. 납세자 또는 납세관리인의 질병, 장기출장 등으로 세무조사가 곤란하다고 판단될 때
3. 권한 있는 기관에 장부, 증거서류가 압수되거나 영치되었을 때
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있을 때 제63조의9(세무조사의 중지) 법 제81조의8 제4항에서 “납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우
(1) 쟁점당초조사와 관련한 심리자료를 보면 아래와 같은 사실관계 등이 나타난다. (가) 청구법인 명의의 부고(2016.6.23. 작성된 것으로 보이는 것), 사무처리 위임약정서(2016.7.8. 청구법인과 노무사 간에 작성된 것) 및 청구법인 소속 직원의 사직서(2016.7.21. 제출된 것)를 보면, 2016.6.23. 청구법인의 소속 임원(경영지원부 이사 박ㅇㅇ)의 사망으로 2016.7.8. 청구법인과 노무사 간의 관련 사무처리에 관한 약정을 체결하고 2016.7.21. 청구법인 소속 경리부 직원(조ㅇㅇ)이 사직서를 제출한 것으로 나타나고, 처분청은 이를 근거로 청구법인이 쟁점당초조사에 대한 대응이 어려워서 세무조사의 중지 및 기간연장을 신청하였다는 의견이다. (나) 청구법인의 신청서, 조사청의 통지문과 송달증빙 및 재개통지 공문을 보면, ① 2016.7.28.(시행일) 조사청이 청구법인에게 2016.8.5.자로 1차 조사중지기간의 만료에 따라 자동으로 세무조사가 재개된다는 통지를 하였고, ② 2016.8.8. 청구법인이 ‘소속 임원 (박ㅇㅇ)의 사망에 따른 사후조치 및 재무담당 실무자의 퇴사로 소명에 상당한 기일이 소요된다’는 이유로 신청기간을 ‘2016.8.5. ∼2016.9.4.’로 하여 2차 세무조사의 중지신청을 하자, 조사청이 2016.8.12.(시행일이고 송달일은 2016.8.17.) 2회에 걸쳐 청구법인에게 그 승인의 결과통지 및 2016.9.5.(시행일) 청구법인에게 같은 날부터 2차 조사중지기간의 만료에 따라 자동으로 세무조사가 재개된다는 통지를 각각 한 것으로 나타나며, 조사청이 2차 세무조사 중지 기간 중 세무조사를 하였음을 입증할 증빙자료는 제출되지 아니하였다. (다) 청구법인의 신청서, 조사청의 통지문과 서식(조사사무처리 규정에 따른 세무조사 중지ㆍ연장 신청결과 통지에 대한 것) 및 수령증을 보면, 청구법인이 2016.10.10.(모사전송된 것으로 보이는 신청서의 상단에 해당 일자 기재) 조사청에게 ‘소명자료 준비에 상당한 시일이 소요된다’는 이유로 신청기간을 ‘2016.10.23.∼ 2016.10.31.’로 하여 세무조사 연장신청을 하자, 조사청은 2016.10.20. (청구법인의 대표이사 구OOO가 그 수령을 확인한 날) 청구법인에게 그 승인의 결과통지를 하였으나, 청구법인은 위 결과통지가 조사사무처리 규정에 따른 서식과 달라서(하단에 시행일, 결재자 등이 없다는 것) 적법하게 시행된 것인지 불분명하다고 주장한다. (라) 조사유형전환 통지 공문 및 수령확인서를 보면, 조사청은 2016.10.24.(청구법인의 대표이사인 구OOO가 그 수령을 확인한 날) 청구법인에게 조사유형(일반조사 → 조세범칙조사), 조사기간 (2016.6.17.∼2016.10.31. → 2016.6.17.∼2016.11.30.), 조사대상 기간 (2012∼2014사업연도 → 2011∼2015사업연도)을 각 전환 또는 확대한 것으로 나타난다. (마) 세무조사 관리지침의 일부로 보이는 문서 및 관련 별표를 보면, 과세관청은 조사기간 설정기준표에 따라 조사기간을 설정하되 조사대상 과세기간, 금융거래ㆍ거래처 현장확인, 중요조사 여부 등을 감안하여 그 기준일수의 초과부여가 가능하고, 청구법인의 수입금액에 따른 조사기간 기준일은 67일인 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 아래와 같은 사유로 이 건 심판청구는 본안심리의 대상에 해당하는 것으로 판단된다. 1) 국세기본법 제55조 제5항 단서에서 같은 법 제65조 제1항 제3호 단서 및 제81조에 따라 심판청구의 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대하여 그 재조사 결정을 한 재결청에 대하여 심판청구를 제기할 수 있도록 규정하고 있고, 2016.12.20. 법률 제14382호로 개정된 같은 법 부칙 제4조에서 해당 개정으로 신설된 위 단서 조항이 그 개정법률의 시행일인 2017.1.1. 이후 심판청구를 제기하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인은 선행 심판청구의 재조사 결정에도 불구하고 위 단서 조항에 따라 그 재조사 결정에 따른 처분청의 처분(당초 처분의 경정)에 대하여 행정소송을 제기하는 대신에 다시 심판청구를 제기할 수 있는 것으로 봄이 타당하다.
2. 선행 심판청구에서 다툰 쟁점이 아니라 하더라도 그것이 과세처분의 정당성을 뒷받침하는 사유나 사실관계에 관한 것인 이상 재결청으로 하여금 자유롭게 새로운 판단자료로 삼을 수 있다고 보아야 하고, 재조사 결정에 따른 처분청 처분에 대한 심판청구의 청구대상은 선행 심판결정에서 확정한 부분을 제외한 나머지이자 재조사 경정으로 결정되어 납세자에게 기대이익이 남아 있는 부분(재조사 경정 후에 감액될 수 있는 남은 세액)이라 할 것이므로 총액주의의 입장에서 볼 때 당초 심판결정시 확정된 부분에 대한 청구가 아닌 한 새로운 주장도 가능한 것인바, 설령 청구법인이 재조사 결정에 따른 처분에 대한 이 건 심판청구시 선행 심판청구에서 주장하지 아니하였던 새로운 주장을 하였다 하더라도 본안 심리의 대상으로 봄이 타당하다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점당초 조사에 위법한 조사기간의 중지ㆍ연장이 포함되어 있다는 사유로 쟁점당초조사에 근거한 이 건 과세처분이 위법하다고 주장하나, 조사청은 청구법인이 쟁점당초조사에 관한 소명을 하기 어려운 사정(총괄임원의 사망 및 담당직원의 사임)을 감안하여 1차ㆍ2차 세무조사 중지 및 조사기간의 연장을 한 것으로 보이고, 그 중지 기간 동안 조사청이 세무조사를 하였다거나 조사기간을 잘못 계산하였다는 청구주장을 입증할 증빙자료가 제시되지 아니한 점에 비추어 볼 때, 쟁점당초조사는 적법한 것으로 보는 것이 타당하므로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 이유 없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같 이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.