쟁점주식의 취득가액을 과소하게 산정하는 등 당초 양도세를 과다하게 신고납부하였으므로 이를 환급하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 주권상장법인인 AAA㈜(이하 “AAA”이라 한다)의 발행주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 계속해서 양수도하고, 2019.8.31. 2019년 1월부터 6월까지의 기간 동안 쟁점주식 OOO주의 양도에 따른 양도소득세를 신고하면서 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 기재하여 양도소득세 과세표준을 OOO원을 산정한 후, 30%의 세율을 적용하여 2019년 상반기 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 2019년 상반기 귀속 양도소득세 예정신고시 취득가액을 OOO원 만큼 과소하게 산정하고, 세율을 잘못 적용하여 과다 신고납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라고 2020.2.26. 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 “청구인이 제출한 자료만으로는 2019년 상반기 중 양도한 쟁점주식의 취득내역이 불분명한 반면, 청구인은 2018년 이후 쟁점주식의 양도에 대하여 계속 선입선출법을 적용하여 양도소득세를 신고하여 왔으므로 당초 쟁점주식의 취득가액 산정내역이 타당”하다는 이유로 2020.5.1. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.7.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 제시한 “기간별 매매손익” 내역에 의해 실지거래가액에 의한 쟁점주식의 양도차익이 계산되므로 이에 근거하여 당초 과다하게 신고·납부한 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라고 경정청구한 것은 적법하다.

(1) 청구인은 당초 쟁점주식의 양도에 따른 양도소득세 예정신고시 업무미숙 및 세법지식의 부족으로 인하여 선입선출법으로 쟁점주식의 취득가액을 산정하였다.

(2) 그러나, BBB 주식회사(이하 “BBB”이라 한다)에서 발행한 “기간별 매매손익” 내역에 의해 청구인의 쟁점주식 취득일, 평균취득단가, 양도차익 등이 확인되므로 실지거래가액에 의해 양도차익을 다시 계산해야 한다.

(3) 또한, 청구인은 2019년 상반기에 양도한 쟁점주식을 1년 이상 보유한 경우가 대부분이었으므로 25%의 세율(과세표준 3억까지는 20%)을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 양도한 쟁점주식을 언제, 얼마에 취득하였는지가 불분명한바 선입선출법에 의해 쟁점주식의 취득가액을 산정한 당초 양도소득세 신고내용이 적정하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

(1) 청구인이 제출한 자료만으로는 양도한 쟁점주식의 취득가액, 취득일자 등 취득내역을 확인할 수 없다. 따라서, 소득세법 시행령제162조 제5항에 따라 청구인이 먼저 취득한 쟁점주식을 먼저 양도한 것으로 보아야 한다.

(2) 청구인의 세무대리인은 2018년부터 계속해서 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고시 선입선출법을 적용하여 취득가액을 산정하여 왔는바, 합리적인 이유없이 당초 신고한 쟁점주식의 취득가액이 잘못 산정되었다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 취득가액을 과소하게 산정하는 등 당초 양도소득세를 과다하게 신고·납부하였으므로 이를 환급하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식 등 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호 가목 및 나목에 따른 자산

• 가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 주식등

1. 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등: 양도소득 과세표준의 100분의 30

2. 1)에 해당하지 아니하는 주식등 제115조(주식등에 대한 장부의 비치ㆍ기록의무 및 기장 불성실가산세) ① 법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종목별로 구분하여 거래일자별 거래명세 등을 장부에 기록·관리하여야 하며 그 증명서류 등을 갖추어 두어야 한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자가 발행한 거래명세서를 갖추어 둔 경우에는 장부를 비치·기록한 것으로 본다.

② 제1항에 따라 법인의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여 거래명세 등을 기장하지 아니하였거나 누락하였을 때에는 기장을 하지 아니한 소득금액 또는 누락한 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 금액(이하 이 조에서 "기장 불성실가산세"라 한다)을 산출세액에 더한다. 다만, 산출세액이 없을 때에는 그 거래금액의 1만분의 7에 해당하는 금액을 기장 불성실가산세로 한다. (2) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. 제178조(주식 등에 대한 장부의 기장 방법) 법 제115조 제1항에 따라 주식등의 거래명세를 장부에 기록ㆍ관리할 때에는 종목별로 구분하여 각각 별지에 기장하여야 하며, 각 종목별 기장에 있어서는 거래일자ㆍ거래수량ㆍ단가ㆍ취득가액 또는 양도가액ㆍ거래수수료ㆍ증권거래세 ㆍ농어촌특별세 등의 거래명세를 항목별로 빠짐없이 기장하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2019년 상반기에 BBB의 증권거래시스템을 이용하여 쟁점주식을 총 160여 차례 넘게 매도하였고, 세무대리인은 2019.8.31. 아래 <표1>과 같이 양도소득세 신고를 하였는데, 해당 신고내용은 청구인이 제출한 “2019년 상반기 주식장부”(아래 <표2> 참고)를 근거로 하였다. <표1> 청구인의 당초 양도소득세 신고내용 <표2> 청구인이 제출한 2019년 상반기 주식장부

(2) 청구인이 2020.2.26. 접수한 경정청구 내역은 아래 <표3>과 같고, 경정청구시 양도한 쟁점주식의 취득가액 등은 BBB에서 발행한 “기간별 매매손익”(아래 <표4> 참고)을 근거로 산정하였다. <표3> 양도소득세 경정청구 내역 <표4> 2019년 상반기 기간별 매매손익(BBB 발행자료) (가) 청구인은 위 <표4>의 실현손익 합계 OOO원을 근거로 아래와 같이 양도한 쟁점주식의 취득가액을 역산하였다고 주장한다. <참고> 쟁점주식의 취득가액 산정내역 (나) 청구인은 2019년 상반기에 양도한 쟁점주식을 취득일부터 1년 이상 보유하였으므로 당초 양도소득세 신고시 적용한 세율이 과다하다고 주장하나, 이에 대한 증빙자료는 제시하지 아니하였다.

(3) BBB에서 제시한 “기간별매매손익” 자료에 대한 설명내용은 다음과 같다.

(4) 처분청이 2020.5.1. 청구인의 경정청구에 대해 “기각(거부)”으로 통지하였으며, 거부통지 사유는 다음과 같다.

(5) 청구인의 2018년 상반기부터 2019년 하반기까지의 쟁점주식 양도에 대한 양도소득세 신고내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 2018년 상반기∼2019년 상반기 양도소득세 신고내용

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 소득세법제98조에서는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산할 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제5항에서는 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구인은 양도한 쟁점주식의 실지 취득가액이 확인된다고 주장하며 그 근거로 BBB이 발생한 기간별 매매손익을 제출하였으나, 해당 자료에는 양도한 쟁점주식의 취득내역이 표시되어 있지 아니하고, BBB은 단순 매매체결내역을 기초로 자료를 만들었기 때문에 참고 용도로만 활용하라고 명시하고 있는바 기간별 매매손익자료를 근거로 청구인이 양도한 쟁점주식의 취득시기 및 실지 취득가액을 산정하기 어려워 보이는 점, 청구인은 2019년 상반기 이전에 양도한 쟁점주식에 대해서도 계속적으로 선입선출법에 의해 취득가액을 산정하여 양도소득세를 신고하여 온 점, 청구인이 당초 양도소득세 신고시 제출한 2019년 상반기 주식장부에 동 기간 동안 양도한 쟁점주식의 개별 취득내역이 선입선출법에 의해 정리가 되어 있는 반면, 청구인은 해당 장부의 기재 내용이 사실과 다르다는 점을 구체적으로 입증할 수 있는 증빙을 제출하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 2019년 상반기에 양도한 쟁점주식의 취득가액을 선입선출법에 의하여 산정하여야 한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.