청구법인의 주된 사업은 검진 및 진료사업 등 의료·보건사업으로 학술활동은 수익사업을 영위하기 위한 부대사업에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인의 주된 사업인 검진·진료사업은 영리 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 증여세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
청구법인의 주된 사업은 검진 및 진료사업 등 의료·보건사업으로 학술활동은 수익사업을 영위하기 위한 부대사업에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인의 주된 사업인 검진·진료사업은 영리 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 이 건 증여세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO세무서장이 2019.11.1. 청구법인에게 한 2017.12.31. 증여분 증여세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의한 공익법인에 해당하지 않는다. 보건복지부가 발간한 ‘비영리 사단·재단법인 업무편람’에 따르면 공익법인을 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립되어 각종 세제상의 혜택을 얻고 공익적 견지에서 강화된 감독을 받는 법인으로 명시하고 있고, 국세청이 발간한 ‘공익법인 세무안내’ 책자에 따르면 법인세법상 비영리법인과 상증법상 공익법인은 별개의 개념으로 상증법상 공익법인이라 하더라도 공익법인 설립·운영에 관한 법률상 공익법인과는 구분되는 점을 명확히 하고 있는바, 청구법인은 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 허가받은 법인이 아니라 민법 제32조 및 보건복지부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙에 따라 설립된 재단법인으로 공익법인에 해당하지 않는다.
(2) 상증법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인으로서 상증법 시행령 제12조 각호에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 의미하는바, 청구법인이 영위하는 사업은 상증법 시행령 제12조 각호에 해당하지 않는다. (가) 법인세법 제1조 제2항 에 따르면 비영리법인이란 민법 제32조 에 따라 설립된 법인 등으로 반드시 사회 일반의 이익을 목적으로 하지 않아도 되나, 상증법상 공익법인은 상증법 시행령 제12조에 열거된 공익사업을 목적으로 하는 법인을 의미하는데, 처분청은 청구법인이 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체’에 해당하여 법인세법 시행령(2018.2.13, 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것으로 이하 “구 법인세법 시행령”이라 한다) 제36조 제1항 제1호 각목에 의한 당연 지정기부금단체에 해당하고, 상증법 시행령 제12조 제9호는 위의 지정기부금단체가 운영하는 고유목적사업을 공익사업으로 규정(다만 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외함)하고 있으므로 청구법인이 공익법인에 해당한다는 의견이나 이는 아래와 같은 이유로 부당하다.
1. 청구법인이 영위하는 사업은 공익성 있다고 보기 어렵다.
2. 청구법인의 활동은 학술연구용역 단체에 해당하지 않는다.
(3) 처분청의 의견은 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 청구법인이 공익법인 관련 의무를 계속하여 이행하였다고 하더라도 이를 근거로 공익법인에 해당한다고 볼 순 없다. 청구법인이 공익법인 관련 의무를 계속하여 이행한 것은 공익법인에 해당하는 것으로 오해하여 출연재산보고서 제출 및 결산서류 공시의무 등과 같은 납세협력의무, 지정기부금 영수증 발행, 외부회계감사 수감의무를 이행한 것일 뿐, 청구법인 스스로 공익법인이라는 사실을 인정하는 것은 아니고, 오히려 청구법인은 이 사건 처분을 계기로 자신이 상증법상 공익법인에 해당하지 않는다는 점을 알게 되어 이 건 과세의 부당함을 주장하고 있는 것이다. 설령 과거 청구법인이 공익법인의 납세협력의무를 이행하였다고 할지라도 이러한 행위 자체가 이 사건 처분의 근거가 될 수는 없다. (나) 청구법인은 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체’에 해당하지 않는다. 청구법인은 설립시 보건복지부로부터 허가를 받았으나, 학술연구단체로 허가된 것이 아니라 정관의 목적과 사업의 내용대로 국내 의과학의 발전과 질병의 예방으로 국민보건 향상 및 건강증진에 기여하기 위하여 목적사업인 연구개발과 진료사업 등을 허가한 것으로, 만일 체육활동 관련 사업을 위하여 정부로부터 허가를 받아 설립된 단체가 이후 허가받은 사업과 무관하게 학술연구 활동을 하게 된 경우 정부로부터 허가 받은 학술연구단체로 보아 지정기부금 단체 및 공익법인으로 분류하는 것이 타당한지 의문이다. (다) 처분청은 비록 청구법인의 부설 의료기관에서 하는 수익사업 규모가 크더라도 정관상 고유목적사업을 위하여 수익사업을 행할 수 있다고 규정하고 있는 등 공익법인의 전형적인 유형이라는 의견이나, 이러한 주장은 청구법인의 전체 조직과 사업내용 전반을 살펴 주된 사업이 학술연구 활동인지 여부를 판단하지 아니하고 오로지 학술연구 활동으로 볼 수 있는 여지가 있는지 확인한 후, 부대사업 정도밖에 되지 않는 활동을 근거로 공익법인에 해당한다고 잘못 판단한 것이고, 더불어 청구법인이 국책 연구과제 수행자로 선정되어 국가로부터 보조금을 지급받는 것은 공익법인 해당 여부와 무관한 것으로 해당 국책 연구과제 수행은 공익법인이나 비영리법인이 아니더라도 수행할 수 있음에도 이를 근거로 청구법인이 공익법인이라고 주장하는 것은 타당하지 않으며, 실제로 청구법인이 수행하는 국책 연구과제는 그와 관련한 재료비, 인건비 등의 비용을 보전받을 뿐, 이로 인하여 직접적인 수익이 발생한 사실이 없다.
(1) 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체인 청구법인은 법인세법 시행령상 지정기부금단체로 보아야 하고, 상증법 시행령 제12조 제9호는 지정기부금단체가 운영하는 고유목적사업을 공익사업으로 규정하고 있는바, 청구법인은 공익법인에 해당한다. (가) 세법상 공익법인이란 법인세법상 비영리법인으로서 상증법 시행령 제12조 각호에 열거된 공익사업을 영위하는 법인을 말하는 것으로, 청구법인의 경우 ① 법인세법 제1조 제2호 가목의민법제32조에 따라 설립된 비영리법인으로 상증법 시행령 제12조 제9호에서 규정한 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 다목의 ②정부(보건복지부)로부터 허가 또는 인가를 받은 ③학술연구단체 즉, 당연지정기부금단체로서 고유목적사업을 영위하는 공익법인에 해당한다. (나) 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 다목 및 라목의 정부로부터 인허가를 받은 단체는 별도의 지정심사, 기획재정부 고시로 지정되지 않더라도 ‘당연지정 기부금단체’로 지정되는 것으로, 구 법인세법 시행령이 2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되면서 2018.2.13. 이후부터는 요건을 갖추어 주무관청의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하여 고시하는 법인이 지정기부금단체에 해당하는 것으로 개정되었으나, 부칙의 경과조치에 따라 시행일(2018.2.13.) 전에 허가받은 당연지정 기부금단체는 2020.12.31.까지 지정기부금단체로 보는 것이다.
(2) 정관상 설립목적 및 사업내용, 청구법인의 조직현황, 연구실적 및 학술발표 내용 등을 보면 청구법인은 학술활동을 실제 수행하는 학술연구단체임을 알 수 있다. (가) 청구법인이 공익법인에 해당하는지 살펴보면, ①청구법인은 민법 제32조 에 따라 설립된 법인으로서 법인세법상 비영리법인 요건에 충족하고, ②정부(보건복지부장관)로부터 허가를 받아 설립된 법인 요건도 충족하였으며, 마지막 요건인 ③학술연구단체에 해당하는 지 여부는 단체의 조직 및 실제 활동상황에 따라 사실판단할 사항인바OOO (나) 청구법인의 등기사항일부증명서 및 정관상 설립목적·사업내용을 살펴보면, 임상병리분야의 검사연구개발과 유전공학을 이용한 특수진단의 연구를 통하여 국내 의과학의 발전과 질병의 예방으로 국민보건향상 및 건강증진에 기여함을 목적으로 하고 있고, 청구법인의 홈페이지에는 연구 분야 및 학술발표 내역 등을 수행하는 연구소가 소개되어 있는데(상세내역은 <별첨2> 참조), 연구소는 R&D센터(생체분석연구팀ㆍ분자생물연구팀)와 유전체연구센터(유전체연구팀, 사업지원팀)으로 구성된 조직으로서 20여명의 전문 연구진들이 신규 진단검사 item을 개발하고 국고보조금을 지급받아 국가 연구과제를 수행하였으며, 그 외 다양한 연구 및 학술활동으로 과학저널 등에 매년 다수의 연구논문을 게재하는 등 설립 당시부터 현재까지 수탁검사 연구기관 인증·논문 등 꾸준히 연구 및 학술활동을 하고 있다는 사실이 확인된다.
(3) 청구법인은 자신이 운영하는 부설 의료기관에서 발생하는 수익사업의 규모가 커서 공익성이 있다고 보기 어렵다고 주장하나, 청구법인 정관을 보면, 고유목적사업을 수행하기 위하여 수익사업을 행할 수 있고, 수익사업으로 생긴 수익은 목적사업에 사용하여야 하며, 매년 사업실적을 보건복지부장관에게 보고할 의무가 있고, 법인이 해산시 잔여재산을 국가 및 지방자치단체에 귀속하거나 설립목적이 유사한 비영리법인에 기증하도록 규정하고 있는 등 이는 기타사업으로 수익사업을 영위하는 공익법인의 전형적인 유형으로, 단지 수익사업의 규모가 크다는 이유로 고유목적사업의 공익성이 없다고 주장하는 것은 타당하지 않다.
(4) 청구법인은 공익법인의 납세협력의무를 이행해 오는 등 스스로 공익법인임을 인정하고 있었다. 청구법인이 2001.3.3. 공익법인으로 분류된 이후 현재까지 출연재산보고서 제출 및 결산서류 공시의무 등 공익법인의 납세협력의무를 이행해오다가 이 사건 처분에 이르러서야 공익법인이 아님을 주장하나, 처분일 수개월 전인 2019.3.27. 2018사업연도 외부회계감사 의무를 이미 이행한 점, 2009∼2012사업연도에 공익목적으로 지정기부금 영수증을 발행한 사실이 확인되는 점, 청구법인의 목적사업인 연구개발 및 국민보건사업 등과 관련하여 국고보조금을 지급받은 점 등에 비추어 보더라도 청구법인 스스로도 공익법인임을 인정하고 있었음을 알 수 있다.
1. 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업
2. 초・중등 교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 유아교육법에 따른 유치원을 설립・경영하는 사업
3. 사회복지사업법의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업
4. 의료법 또는 정신보건법의 규정에 의한 의료법인 또는 정신의료법인이 운영하는 사업
5. 공익법인의 설립・운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업
6. 예술 및 문화에 현저히 기여하는 사업중 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업으로서 관계행정기관의 장의 추천을 받아 기획재정부장관이 지정하는 사업
7. 공중위생 및 환경보호에 현저히 기여하는 사업으로서 영리를 목적으로 하지 아니하는 사업
8. 공원 기타 공중이 무료로 이용하는 시설을 운영하는 사업
9. 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체 등 및 소득세법 시행령 제80조 제1항 제5호 에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.
10. 법인세법 시행령 제36조 제1항 제2호 다목에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업. 다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업은 제외한다.
11. 제1호 내지 제5호・제7호 또는 제8호와 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업 (3) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제36조(지정기부금의 범위 등) ① 법 제24조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정기부금단체 등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간(이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한다.
(5) 민법 제32조(비영리법인의 설립과 허가) 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.
(6) 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제2조(적용 범위) 이 법은 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 "공익법인"이라 한다)에 대하여 적용한다.
(7) 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 시행령 제2조(정의) ①공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률(이하 "법"이라 한다) 제2조에서 "사회일반의 이익에 공여하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술ㆍ자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인"이라 함은 다음의 사업을 목적으로 하는 법인을 말한다.
1. 학자금ㆍ장학금 기타 명칭에 관계없이 학생등의 장학을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업ㆍ금전에 갈음한 물건ㆍ용역 또는 시설을 설치ㆍ운영 또는 제공하거나 지원하는 사업을 포함한다.
2. 연구비ㆍ연구조성비ㆍ장려금 기타 명칭에 관계없이 학문ㆍ과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 금전을 지급하거나 지원하는 사업ㆍ금전에 갈음한 물건ㆍ용역 또는 시설을 제공하는 사업을 포함한다.
3. 학문 또는 과학기술의 연구ㆍ조사ㆍ개발ㆍ보급을 목적으로 하는 사업 및 이들 사업을 지원하는 도서관ㆍ박물관ㆍ과학관 기타 이와 유사한 시설을 설치ㆍ운영하는 사업
4. 불행ㆍ재해 기타 사정으로 자활할 수 없는 자를 돕기 위한 모든 자선사업
5. 제1호 내지 제4호에 해당하는 사업의 유공자에 대한 시상을 행하는 사업
② 제1항의 법인에는 제1항 각 호의 사업과 그 이외의 사업을 함께 수행하는 법인을 포함한다.
(1) 청구법인은 민법 제32조 및 보건복지부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙에 의하여 보건복지부 장관의 허가를 받아 ‘서울의과학연구소’라는 명칭으로 1990.10.19. 설립되었고, 처분청이 2001.3.3. 직권으로 청구법인을 공익법인으로 정정한 이후 현재까지 국세통합정보시스템의 사업자기본정보상 공익법인으로 분류되어 있다.
(2) 처분청이 과세근거로 제시한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 설립목적 및 사업내용이 임상병리분야의 검사연구개발과 유전공학을 이용한 특수진단의 연구를 통하여 국내 의과학의 발전과 질병의 예방으로 국민보건향상 및 건강증진에 기여하는데 있음을 등기사항일부증명서 및 정관에 아래와 같이 명시하고 있다. (나) 청구법인은 2004년부터 공익법인의 출연재산보고서 제출 및 공익법인 결산서류 공시의무 등 공익법인의 납세협력의무를 계속 이행해 왔으나, 2017사업연도 결산서류에 대한 회계감사를 이행하지 않았고, 2018사업연도 회계감사는 이행하였다.(관련 자료 <별첨1> 참조) (다) 조사청의 공익법인 전산사후관리 혐의자료 검토내용에 의하면, 조사청은 청구법인이 ① 의과학연구, 특수검사분야 연구개발, 검진 및 진료 등을 목적으로 보건복지부장관의 설립허가를 받은 당연지정 기부금단체로 상증법 시행령 제12조의 공익법인에 해당하고, ② 2016사업연도 총 자산가액이OOO원으로 외부회계감사 대상OOO임에도 2017 사업연도분 외부회계감사를 이행하지 않은바, 상증법 제78조에 따른 가산세(외부회계감사 미이행 가산세) 적용 대상으로 보았다. (라) 조사청은 청구법인의 정관의 사업내용이 “고유목적 사업을 수행하기 위하여 수익사업을 행할 수 있다”라고 되어 있는바, 청구법인의 수익사업은 고유목적사업을 수행하기 위하여 수반되는 것에 불과하다는 의견이다. (마) 청구법인이 지정기부금 영수증 발행 이력이 국세통합정보시스템에서 아래 <표1>과 같이 확인되고, 연도별로 지급받은 보조금 내역이 아래 <표2>와 같이 확인된다. (바) 청구법인의 홈페이지에는 <별첨2>와 같이 청구법인의 연구소, 연구개발, 학술발표 현황 등을 공표하고 있다.
(3) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인이 수익사업을 영위하기 위하여 운영하고 있는 의료법상 의료기관 2곳의 현황은 아래 <표3>과 같고, 목적사업을 수행하는 청구법인의 연구소 조직구성은 아래 <표4>와 같다. (나) 청구법인의 최근 5년 평균 전체 인원 및 매출액 대비 고유목적사업에 해당하는 인원 및 지출액의 비율은 각 3.64% 및 1.14% 수준으로 극히 미미하다고 주장하며 아래 <표5>와 같이 최근 5년간 청구법인 목적사업의 인원 및 지출액 현황을 제시하였고, 이에 대하여 처분청은 수익사업의 규모는 공익법인을 판단하는 기준이 될 수 없고, 설령 수익사업의 규모가 크다고 하더라도 이는 공익법인의 일반적인 유형이며, 청구법인의 정관에 따르면 수익사업은 고유목적사업을 영위하기 위한 부대사업에 불과하다는 의견이다. (나) 청구법인의 학술발표 등의 실적은 청구법인의 수익사업과 관련하여 수탁기관으로 선정 시 유리하기 때문에 영위하는 것일 뿐, 이를 주된 목적으로 하는 것은 아니라고 주장하며 검체검사 수탁기관과 관련하여 심사기준 자료를 아래와 같이 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인은 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 다목의 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체에 해당하여 상증법 시행령 제12조 제9호 규정에 의하여 공익법인에 해당한다는 의견이나, 학술연구단체라 함은 그 규정의 취지에 비추어 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이므로, 학술의 연구와 발표가 부대사업의 하나에 불과한 경우는 같은 학술연구단체로 볼 수 없는바OOO 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인의 2014년∼2018년 기간 동안 목적사업 지출액은 매출액 대비 평균 1.14%에 불과하여 대부분의 매출액과 지출액은 의료·보건사업에서 발생하고 있고, 청구법인의 목적사업 조직의 인원은 전체 인원대비 3.64%에 불과한 것으로 나타나는바, 청구법인의 주된 사업은 검진 및 진료사업 등 의료·보건사업으로 학술연구 발표 등의 학술활동은 수익사업을 영위하기 위한 부대사업에 해당하는 것으로 보이는 점, 공익사업을 규정하고 있는 상증법 시행령 제12조 제9호의 단서는 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 주된 사업인 검진·진료사업은 영리 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인을 상증법상 공익법인으로 보기 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인을 상증법 시행령 제12조 제9호 규정에 의하여 공익법인에 해당하는 것으로 보아 이 건 증여세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.