2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점주식매수선택권은 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제20조 제1항 제3호가 정한 주식매수선택권에 해당하므로 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없으므로 쟁점자기주식처분이익 계산시 양도가액은 시가가 아닌 같은 법 시행령 제11조 제2호의2에 따라 자기주식을 양도한 대가로 봄이 타당하다. (가) 벤처기업법에 따라 부여한 쟁점주식매수선택권은 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호가 정한 주식매수선택권에 해당하므로 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호 단서에 따라 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다. 1) 법인세법 시행령제88조 제1항 제3호 단서는 같은 법 시행령 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권 행사 또는 지급에 따라 주식을 시가보다 저가로 양도하는 경우는 부당행위계산 부인대상에서 제외하도록 규정하고 있다. 2) 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권이란 “기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권으로 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10의 범위에서 부여·지급한 것”을 말하는바, 법인세법 시행령제88조 제1항 제3호 단서 규정의 취지는 법인과 특수관계인인 임직원간 관련 법령상 부여한 주식매수선택권에 따라 시가보다 낮게 주식을 교부하는 경우는 주식매수선택권의 어떤 유형도 불문하고 시가를 적용하지 않겠다는 것이다.
3. 쟁점주식매수선택권은 벤처기업인 청구법인이 벤처기업법 제16조의3 에 따라 정관에서 정한 바에 의하여 주주총회의 특별결의를 거쳐 발행주식총수의 100분의 10 이내의 범위에서 부여한 것으로서 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호에서 정한 주식매수선택권에 해당하므로 쟁점주식매수선택권은 부당행위계산부인 적용대상이 아니다.
4. 따라서 쟁점주식매수선택권에 대하여는 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없으므로 쟁점자기주식처분이익 계산시 그 양도가액을 행사가액이 아니라 시가를 적용할 수 없다. (나) 쟁점주식매수선택권의 행사에 따른 쟁점자기주식처분이익을 계산시 양도가액은 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 이상, 원칙대로 법인세법 시행령제11조 제2호의2에 따라 자기주식의 ‘양도금액’인 행사가액으로 봄이 타당하다. 1) 법인세법 시행령제11조는 익금의 범위에 관하여 규정하면서 제2호의2에서 자산의 하나인 ‘자기주식의 양도금액’을 수익으로 규정하고 있고, 이는 양도한 자산의 시가가 아니라 양도한 대가를 의미하는 것으로 봄이 타당하다.
2. 대법원은 주식의 포괄적 교환시 주식 양도차익 산정을 위한 실거래가액이란 일반적인 시가가 아닌 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 약정된 금액이라고 판시(대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결)한 바 있고, 소득세법제96조 제1항에서 자산의 양도가액을 당해 자산의 양도당시 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액이라고 규정하고 있는 점에 비추어 법인세법상의 익금에 산입하는 자산의 양도금액도 원칙적으로는 실지거래가액이라고 보아야 한다고 한 판례도 있다(OOO법원 2007.7.13. 선고 2007구합4735 판결 참조).
3. 처분청은 상법제340조의2 제1항 단서를 들어 차액정산형과 주식교부형 주식매수선택권이 실질은 동일하므로 해당 주식의 실질가액은 상법에 따라 주식매수선택권 행사일을 기준으로 평가해야 한다는 의견이나, 주식매수선택권 거래의 실질을 불문하고 법인세법상 익금의 범위에 관하여 규정이 ‘자기주식의 양도금액’이라고 명시하고 있으므로 이에 따라야 한다.
4. 처분청은 자기주식을 상여로 지급하는 경우 시가와 장부가액의 차액을 처분손익으로 인식한다는 유권해석(국세청 서면인터넷방문상담2팀-24, 2006.1.5. 등)을 근거로 쟁점주식매수선택권 행사거래도 동일하게 보아야 한다는 의견이나, 성과급으로 자기주식을 교부한 것과 주식매수선택권의 행사는 사실관계 및 적용 법령이 전혀 다르다.
5. 처분청이 제시한 조세심판원 선결정례인 조심 2020중2343, 2021.6.30.은 차액보상형 주식매수선택권에 관한 것으로서 자기주식 교부형 주식매수선택권과는 사실관계가 달라 원용할 수 없고, 납세의무자가 차액보상형 주식매수선택권에서 행사가액이 존재함에도 현금의 유입이 없다는 점을 들어 자기주식의 양도금액이 OOO원이라고 주장한 것에 대하여 판단한 것인바,법인세법상 자기주식의 양도금액에 대한 일반적인 법리판단으로 보기 어렵다. 그리고, 주식매수선택권 행사에 따라 자기주식이 교부되는 경우 법인세법 시행령제11조와 제19조에 그에 대한 익금과 손금에 대한 규정이 있음에도 이에 대한 명시적인 판단이 없었고, 상법과 기업회계기준 등은 법인세법에 규정이 없을 때 비로소 차용할 수 있는 것임에도 이에 대하여도 판단하지 아니하였다. 따라서 상기 조세심판원 선결정례를 이 건에 원용하는 것은 적절하지 않다.
6. 처분청은 청구주장대로 쟁점자기주식의 양도가액을 행사가액으로 할 경우, 당초 손금으로 인정한 인건비인 쟁점주식매수선택권의 행사차액에 대해서 손금으로 인정할 수 없다는 의견이나, 쟁점주식매수선택권 행사차액은 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호에 따라 손금에 산입하는 것이고, 자기주식의 처분에 따라 발생한 익금은 법인세법 시행령제11조 제2호의2에 따른 자기주식의 양도금액인바, 해당 익금과 손금의 범위에 대한 상기 법령에 따라야 한다.
7. 따라서 청구법인의 쟁점자기주식에 대한 양도금액은 이를 양도한 대가이므로 쟁점자기주식처분이익은 청구법인이 주식매수선택권을 행사한 직원들로부터 받은 행사가액을 기준으로 한 금액으로 계산함이 타당하다.
(2) 쟁점주식매수선택권의 행사는 이익잉여금처분에 따라 지급된 이익처분 성과급에 해당하지 아니하는바, 쟁점① 청구주장이 인용되지 않을 경우, 쟁점연구원성과급은 법인세법 시행령제20조 제1항과 무관하게 손금산입될 금액으로서 연구인력개발비 세액공제 적용대상 인건비에 해당하는 것으로 보아야 한다. (가) 조세특례제한법 시행령별표6에 따라 연구인력개발비 세액공제 적용대상 인건비에서 제외되는 법인세법 시행령제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등은 이익처분에 의한 것으로 한정되고, 쟁점주식매수선택권 행사차액은 이익잉여금처분계산서상 이익처분 항목에 해당하지 아니하므로 쟁점연구원성과급에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다.
1. 연구인력개발비 세액공제 대상에 포함되는 인건비 중 법인세법 시행령제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등을 제외하는 규정의 취지는 원칙적으로 손금산입이 되지 않는 이익처분 성과급에 대해 법인세법상 손금산입 특례를 적용하고, 이에 세액공제까지 적용하는 것은 과도한 조세지원으로 보아 배제한 것이다.
2. 처분청은 연구인력개발비 세액공제 대상인 인건비가 정기급여로 한정되었다는 의견이나, 2012년 기획재정부 간추린 개정세법해설서상 연구인력개발비 세액공제 비용 세액공제 대상 인건비에서 손금으로 인정되는 ‘이익처분 성과급 제외’라고 기재되어 있다. OOO
3. 기획재정부는 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에서 제외되는 법인세법 시행령제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등이란 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액에 한하여 제외하여야 한다고 해석한바 있다(OOO).
4. 조세심판원은 2012년∼2014년 주식매수선택권의 행사차액을 법인세법제20조에 따른 손금산입을 청구한 사건에 대하여 동 규정에서 이익처분이란 이익잉여금처분계산서에 처분항목으로 기재되어 주주총회의 승인을 얻어 지급되는 것이라고 설시한바 있다(조심 2019중1752, 2019.9.10., 조심 2018서4126, 2019.8.30. 참조).
5. 따라서 쟁점주식매수선택권 행사차액은 주식매수선택권 부여 및 행사하는 시점에 이익잉여금처분계산서상 처분항목으로 기재하여 주주총회의 승인을 얻어 지급되는 이익처분에 해당하지 아니하므로 기업부설연구소 직원에 대한 쟁점연구원성과급은 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아야 한다.
6. 처분청이 제시한 대법원 2017.9.21 선고 2015두60884 판결은 임원에게 지급한 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 실질적인 이익처분 여부를 판단하여야 한다고 판시한 것이고, 1인 주주라는 사정, 동종업계보다 급여에 현격한 차이가 나는 점, 세금 절감을 위해 급여를 높인다라는 주관적 의도가 보이는 점을 고려할 때 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하였다고 판시한 것이다.
7. 반면, 쟁점주식매수선택권은 기존 주주이거나 임원에 해당하지 아니하는 일반 직원에게 모두 부여한 것으로 동종업계와 비교하였을 때 주식매수선택권은 일반적으로 부여되는 경향이 있고, 그 금액 역시 타사와 비교하여 현저하다고 볼 수 없는 점, 쟁점주식매수선택권은 청구법인은 우수직원 이탈을 방지하기 위한 것일 뿐 법인의 소득이 감소시킬 주관적 의도가 존재하지 아니한다는 점에서 실질적인 이익처분으로 판단하는 것은 타당하지 않다. (나) 쟁점①의 청구주장이 인용되지 않는다면, 쟁점주식매수선택권을 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호에 해당하는 것으로 보지 않는 것인바, 쟁점연구원성과급은 동 조항과 무관하게 손금산입된 것으로 보아야 하므로 연구인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 포함되어야 한다.
1. 쟁점①의 청구주장은 쟁점주식매수선택권이 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호에서 규정된 주식매수선택권에 해당함을 전제로 주장하는 것인바, 이에 해당하지 않는다면 쟁점주식매수선택권은 처분청이 제시한 주식으로 성과급을 지급하는 일반적인 경우에 대한 유권해석(국세청 서면인터넷방문상담2팀-24, 2006.1.5. 등) 내용과 같이 종업원에게 성과급을 자기주식으로 지급한 경우에 해당하는 것으로 봄이 타당하다(이 경우에도 그 당시 시가와 장부가액의 차액인 자기주식처분이익은 익금에 산입되고, 이는 종업원의 근로소득에 해당함).
2. 위와 같은 전제하에서 쟁점연구원성과급은 이익처분 항목이 아닌 손금산입 대상인 일반 성과급에 해당하므로 연구인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 포함되어야 한다.
(1) 쟁점자기주식의 양도가액은 익금산입 대상이고, 그 양도가액은 실질에 따라 주식매수선택권 행사일을 기준으로 평가한 행사차액에 상응하여 교부한 자기주식의 행사일 종가, 즉 시가로 함이 타당하다. (가) 법인세법제15조 및 같은 법 시행령 제11조 제2호의2에 따라 자기주식의 양도금액은 익금산입 대상이고, 그 양도한 자산의 장부가액은 법인세법제19조 및 같은 법 시행령 제19조 제2호에 따른 손금산입 대상이다. (나)상법제340조의2는 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다고 규정되어 있다. (다) 청구법인은 상법제340조의2 제1항 단서 규정은 ‘차액보상형’ 주식매수선택권에 대한 규정이므로 ‘자기주식교부형’ 주식매수선택권인 이 건과 사실관계가 달라 적용할 수 없다고 주장하나, 주식매수선택권은 임직원에게 부여하는 장기 인센티브제도이고, 위 양자 간에 이를 부여하는 방식과 권리행사시 행사가액 여부에 차이만 있을 뿐 자기주식 교부에 따른 회계처리 및 세무조정 방식은 동일하고, 그 거래의 실질도 동일하다. (라) 다만, 주식매수선택권 행사에 따른 신주발행은 자본거래에 해당하는 것이나, 주식매수선택권 행사에 따라 자기주식을 교부시 이는 유가증권을 매각하는 세무상 손익거래에 해당하므로 양자 간에는 회계처리 및 세무조정에 차이가 있는 것이다. (마) 기업회계기준상 주식매수선택권 부여 및 행사는 주식기준보상거래로 이는 주식기준보상약정에 따라 가득조건 충족시 기업이 임직원 등으로부터 용역을 제공받은 대가로서 기업이 임직원 등에게 결제할 의무가 생기는 거래이므로 청구법인은 임직원으로부터 쟁점주식매수선택권의 행사가액만을 수령한 것이 아니라 실제로는 계약기간 동안 임직원이 제공해온 용역의 대가를 함께 받은 것으로 보아야 한다. (바) 법인이 자기주식을 종업원에게 상여로 지급하는 경우, 근로소득에 대한 수입금액은 지급당시의 시가에 의해 계산하고, 시가는 상여금을 지급하는 날의 증권거래소 최종시세가액으로 하여야 하며, 상여금으로 지급한 자기주식의 장부가액과 시가와의 차이는 당해 법인의 각 사업연도 소득금액계산상 익금 또는 손금에 산입되어야 하는 것이다(국세청 법인46012-3446, 1994.12.17. 참조). (사) 조세심판원은 최근에 이 건과 유사한 ‘차액보상형 자기주식 교부방식’의 주식매수선택권 행사에 따른 자기주식처분손익 산정에 대하여 자기주식의 양도금액을 OOO원으로 보아야 한다는 청구주장을 배척하고, 법인세법상 자기주식의 양도금액은 익금대상으로서 해당 주식의 평가금액은 주식매수선택권 행사일 기준으로 평가한 행사차액에 상응하여 교부한 자기주식의 당시 시가(자기주식 수 × 행사일 종가)로 산정하는 것이 타당하다고 판단하여 기각하는 결정(조심 2020중2343, 2021.6.30. 참조)을 한 바 있다. (아) 만일, 쟁점자기주식 양도가액을 행사가액으로 할 경우, 당초 손금인 인건비로 인정한 쟁점주식매수선택권 행사당시의 시가와 행사가액 간의 차이인 행사차액을 손금으로 인정할 수 없다.
(2) 세법상 이익처분에 의한 성과급이란 형식상 이익처분이 아니라 실질적 이익처분을 말하는 것인바, 주식매수선택권 행사차액은 실질적으로 이익처분에 의한 성과급에 해당하는 것으로 봄이 타당하고, 주식매수선택권 행사에 대한 과도한 조세혜택을 축소하기 위하여2013.2.15. 조세특례제한법 시행령이 개정되어 주식매수선택권 행사에 따른 비용은 연구개발세액공제 적용대상 인건비에서 제외되었다. (가) 이익처분의 개념에 대하여 대법원은 임원의 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와 현저한 격차 유무 등 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수형식을 취한 것에 불과하다면 그 실질은 이익처분으로 보아야 한다는 실질설의 입장을 취하고 있다(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결 참조). 따라서 주식매수선택권 행사차액은 실질에 따라 이익처분에 의한 성과급으로 보아야 한다. (나) 또한, 과도한 조세지원을 축소하고자 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 조세특례제한법 시행령[별표6] 개정시 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 인건비에 법인세법 시행령제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등이 추가되었고, 그 취지가 과도한 조세지원을 축소하기 위해 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비를 정기급여로 한정한 것이다(아래의 국세청 2013년 개정세법 해설 참조). OOO