쟁점농지에 대하여 「조세특례제한법」제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1999.1.28. 청구인의 부친인 OOO으로부터 OOO 임야 2,083㎡(이하 “증여받은 토지”라 한다)를 증여받은 후, 증여받은 토지를 2011.11.7., 2012.5.16., 2012.5.22., 2012.12.17.에 분할, 합병, 일부 지분의 교환, 지목변경 등을 거쳐 OOO 임야 1,309㎡ 중 지분 2,083분의 2,075(이하 “쟁점농지”라 한다)와 같은 동 OOO 대지 674㎡ 중 2,083분의 2,068(이하 이를 쟁점농지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 보유하였다. 이후 청구인은 2013.1.18. 위 OOO 대지 지상에 2층 단독주택 99.42㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 건축하였고, 2018.9.28. 쟁점토지와 쟁점건축물을 함께 OOO에게 OOO에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2018.11.26. 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 양도소득세 신고를 하면서 쟁점농지에 대하여조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면(이하 “자경농지감면”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 OOO을 신고‧납부하였다.
• 다. 처분청은 2020.2.24.부터 2020.3.14.까지 쟁점토지 및 쟁점건축물 에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점농지에 대한 자경농지감면을 부인하여 2020.6.4. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 경정‧고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.6.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지에서 농업을 주업으로 8년 이상 직접 자경하였고 쟁점농지는 양도일 현재 농지에 해당하여 자경농지감면 대상 토지에 해당함에도 이를 부인하여 과세한 처분은 부당하다.

(1) 청구인이 쟁점농지를 자경한 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 OOO에서 출생하여 초등학교부터 대학교까지 졸업하고 결혼후 1994년 OOO로 해외이민을 갔으나 1998년 귀국후 지인과의 학원사업을 동업하던 중 사기를 당하고 이혼으로 가족과 헤어진 후 방황하던 차에 2003년경 정신을 차리고 OOO 소재 임대아파트에 거주하며 의류사업(한복)을 하면서 틈틈이 공인중개사 공부를 하여 2007년 시험에 합격하였다. (나) 2007년 OOO 소재 상가에 OOO 사무실을 개업하였으나 영업악화로 경제적으로 어려운 사정에 봉착하였고, 2008년 초 모든 것을 내려놓고 농업에 종사할 것을 권유하는 부모님의 조언을 받아, 2008년 6월 농지원부를 신청하고, 퇴비‧비료‧농약구입 등 지원을 받기 위해 OOO조합원으로 가입하였으며 농업경영체 등록도 하였다. (다) 농사를 짓기는 하였으나 중개사사무실의 임차기간이 남아 있어 틈틈이 농한기 기간 중에 부업으로 한 중개업의 거래체결실적은 연간 5～6건에 불과하였고 이마저도 2010년 말 폐업하였다. (라) 이후 현금수입을 얻기 위하여 수확한 농산물을 OOO 등 로컬푸드에 입점‧판매하고자 하였으나, 생산량이 많지 않아 자격미달로 청구인이 직접 판매할 수 없어 한의원을 운영하는 동생에게 판매하여 용돈을 받아 사용하였고, 수확한 농작물은 대부분은 옥수수, 상추, 배추, 고추 등 채소로 부모님‧형제와 청구인이 직접 소비하였다. (마) 청구인은 생활비 마련을 위하여 보유한 건설관련 자격증을 시설물유지관리업을 주업으로 하는 OOO에 2011년부터 대여하여 이를 받아 생활하였고 아르바이트로 영어가 능통한 해외 이민경험을 활용하여 농한기에 지인들의 해외관광 가이드를 통해 얻은 수입을 생계에 보태었다.

(2) 쟁점농지는 양도일 현재 농지였다. (가) 청구인이 쟁점토지에 건설허가신고를 한 것은 쟁점토지 양수자가 쟁점토지에 다세대 주택건설이 합당한지를 확인하기 위한 절차에 따른 것으로 청구인은 건설허가 후에도 쟁점농지에서 채소 등을 경작하였다.

1. 쟁점토지 양수자들은 쟁점토지에 다세대주택을 건설할 목적이었고 이러한 사업적 목적에 적합한지, 인허가가 가능한지를 타진한 후 매입하는 것이 관행이다. 쟁점토지의 경우에도 이러한 절차에 따라 형식상 2018.2.5. 쟁점토지외 4필지에 대하여 소유자인 청구인‧OOO과 시행예정자인 OOO가 공동으로 건축허가서를 OOO구청에 신청하여 2018.7.17. 이에 대한 허가를 통보받았다.

2. 이는 단지 토지가 다세대주택 건설을 위한 인허가가 가능한지를 타진하기 위하여 행정기관에 서류만 제출한 것으로 실제 건설에 착공을 하는 등의 토지의 형질을 변경하거나 건축행위를 한 것은 아니었고, 청구인은 쟁점농지를 잔금청산일까지 농지로 존치하며 채소등을 경작하였으며, 2019.7.3. 쟁점토지 지상에 건축을 위한 아무런 조치가 없어 OOO구청장으로부터 건축허가가 취소 처리된 것을 확인할 수 있다. (나) 처분청이 쟁점농지가 농지가 아니라고 제시한 사진은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

1. 처분청이 제시하는 하얀 경계울타리가 있는 사진은 2017년말 경의 사진으로 이 울타리는 쟁점토지 옆 유치원에서 설치한 것으로 농사에는 전혀 지장을 초래하지 않았으나 2018년초 청구인이 OOO시청에 이 울타리가 청구인의 토지 경계를 침범하였다고 민원을 제기하여 철거된 후 쟁점토지 양도일 현재에는 울타리가 없었다. 이후 유치원에서 공사업체에 먼지 등 민원을 제기하여 쟁점토지 주변으로 공사현장의 안전을 위하여 울타리를 설치하였다.

2. 우수관 또한 유치원에서 설치한 것으로 청구인의 토지를 침범하여 설치되었으나 이는 약 0.5평에 해당하는 면적으로 청구인이 농사를 짓는 데 방해가 되지 않았다.

3. 처분청이 제시하는 사진은 촬영일시‧범위에 따라 쟁점토지가 파종기 또는 생육상태에 따라 나대지처럼 보일 경우가 많으므로 사진판독은 이러한 주변 정황 및 계속적인 농지이용 실태 등을 간과하여 판단해서는 안된다. (다) 처분청이 제시한 공사착공 관련 자료는 다음과 같은 점에서 타당하지 않다.

1. 처분청은 쟁점토지 소재 다세대주택의 건설시공사인 OOO이 시행사인 대원에 교부한 2018년 2월 발행의 전자세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)와 용인시장이 공사와 관련하여 조회하여 통보한 내용을 통하여 쟁점토지 양도일 이전에 건축공사가 착공된 것으로 판단하고 있다.

2. 그러나, 쟁점세금계산서는 인근 OOO외 3필지 지상에 OOO이 2018.2.12. 착공신고후 공사한 내용에 대한 것으로 쟁점토지와 관련이 없다.

3. 쟁점토지는 맹지로 건설장비가 들어오려면 쟁점건축물을 허물지 않고는 들어올 수 없는 상황으로 쟁점건축물은 2019.2.12. 철거후 말소된 사실이 말소건축물 관리대장을 통하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점농지에서 8년 이상 직접 농사를 경작하였다. (가) 청구인이 8년 이상 농지소재지 또는 연접 지역에 거주한 사실에 대해서는 처분청과 다툼이 없다. (나) 청구인이 2008년부터 2018년까지 10년 이상 쟁점농지 소재지에 거주하며 직접 영농에 종사하였고 농업이 주업이었음이 주민등록초본, 농지원부, 농업경영체등록확인서 등을 통하여 확인된다. (다) 처분청이 청구인이 직접 농사를 경작하지 않았다고 제시하는 자료는 다음과 같은 이유로 타당하지 않다.

1. 처분청에서는 농지원부 기록변경사항에 따라 2012.4.7. 기록삭제 후 2013.2.26. 재등록된 기간 동안 농지원부가 없으므로 이 기간동안은 농사를 지을 수 없었던 것으로 보고 있으나, 기록이 삭제된 이유가 쟁점토지가 2012.5.3. OOO으로 등록전환 후 쟁점농지와 OOO(155㎡)으로 분할되는 과정에서 농지원부가 삭제기록된 것이다.

2. 처분청은 2008년 6월부터 2011년까지 비료‧종자 등 농자재를 구입한 매출명세표와 신용카드 내역이 청구인의 부모 명의로 되어 있음을 근거로 청구인이 경작하지 아니하였다는 의견이나 이는 다음과 같은 점에서 사실과 다르다.

• 가) 청구인의 부친은 1935년생으로 2008년도에 이미 74세에 고혈압 등으로 건강도 좋지 않으셨고 공무원으로 정년퇴직하여 영농에 직접 종사하기 어려웠지만 쟁점농지 등을 포함한 여러 농지가 있어 OOO조합원으로 등재되어 있으나, 2008년 중반부터 청구인이 직접 경작하였고, 2009년 하반기 청구인이 OOO조합원에 가입하기 이전에 부친명의로 농자재 등을 구입하기 시작하였으며, 그 이후에도 바쁜 농사철 청구인을 대신하여 모종 등을 일부 구입하게 되어 부친 명의의 영수증이 있는 것이다.
• 나) 모친의 경우 2008년도에 69세로 OOO에 계속 거주하며 차량도 없고 직접운전도 하지 못하는바 대중교통을 이용하여 1～2시간이 걸리는 쟁점농지를 직접 경작하는 것은 불가능하고, 2000년 초 오른손에 철심을 박았으며, 2015년 이전부터 허리 및 하지정맥류, 근막통증후군 등으로 이틀에 한 번씩 병원에 내원치료하는 등 건강이 좋지 않아 청구인 부재시 청구인을 대신하여 모종 및 농자재를 일부 구입한 사실은 있지만 영농에 종사할 수 없었다.

3. 처분청은 청구인이 2008년부터 2010년까지 부동산중개사 사무실을 운영하며 사무실 앞 ATM기에서 현금을 수차례 입금한 내역이 있고 2010년 입금액은 OOO에 달하는 등 청구인이 농사를 주된 생계로 삼지 않았다는 의견이나 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 않다.

• 가) 청구인이 공인중개사 사무실을 열었으나 주변에는 이미 13개 부동산중개사무소가 난립하여 중개업무 수수료로는 사무실 임대료도 제때 부담하기 어려웠다.
• 나) 2010년 입금액 중 2010.12.24. 입금된 OOO은 현재 OOO을 운영하고 있는 공인중개사 OOO에게 사무실 집기(에어컨, 책상)등을 양도하고 받은 권리금으로 사업소득과는 무관한 금액이다.

4. 청구인이 OOO으로부터 지급받은 근로소득은 실제 근무하지 않고 자격증을 대여한 대가로 받은 것이다.

• 가) 청구인은 건축 초급 경력을 보유한 건설기술자로 2012년 5월부터 2017년 3월까지 정장교가 운영하는 OOO에 자격증을 빌려주고 매월 일정금액을 수령하였다.
• 나) 이에 대하여 2017.4.21. OOO지원으로부터건설기술 진흥법위반으로 벌금 OOO을 선고(OOO지방법원 부천지원 2017.4.21. 선고 2017고약2469 판결)받은 바 있다.

5. 처분청은 청구인이 2011년 이후 매년 평균 6회, 50일 이상 필리핀에 출국한 내역이 출입국 기록상 확인되므로 쟁점농지를 경작하는 것은 어렵다는 의견이나 이는 청구인이 부업으로 2개월에 한번 정도 필리핀 여행 가이드를 한 것이다.

• 가) 청구인은 부동산중개업, 여행가이드업, 자격증 대여 등을 하였으나 이를 정규수입으로 보기에는 그 수입액이 적고 부정기적이며 실질적으로 오랜 기간 지속적으로 하지도 못했다.
• 나) 청구인은 과거 20여년 전 6년간의 OOO 이민생활로 영어를 잘 하고, 해외사정을 이해하고 있어 가급적 농번기인 4월 중순～9월을 제외한 기간에 아르바이트로 지인들의 골프여행 및 가족동반 여행에 가이드를 한 사실이 있고 이러한 사실은 출입국사실증명으로 확인되는바, 농번기가 아닌 시기에 한 번 출국에 소요되는 일수가 7～10일 정도여서 자경에 미치는 영향은 극히 미미하였다.

6. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 양도한 2018년에 구입한 농자재는 청구인이 2017년 12월에 취득한 OOO 소재 토지(이하 “쟁점외토지“라 한다)에 사용한 것으로 쟁점농지에 사용하지 않았다는 의견이나 이 또한 사실과 다르다.

• 가) 쟁점외토지 중 OOO는 아버님 묘소 및 조부모님 묘소가 안장되어 있는 선산역할을 하는 토지로 구입‧이용되었고, 2018년 부친의 산소아래 공터 10여평을 개간하여 양파 등을 심고 있으나, 접근이 쉽지 않은 산속에 위치하고 있다.
• 나) 선산과 같이 매입하는 조건으로 매입한 쟁점외토지 중 OOO는 깊은 산속에 위치하여 한 번도 가본 적이 없으며 주변에는 소나무가 식재되어 있는 것으로 알고 있다.

7. 처분청은 세무조사시 청구인의 숙부와 전화통화 하여 쟁점농지에서 청구인의 모친이 경작하였다는 진술을 근거로 청구인이 직접 경작하지 아니하였다 하나 다음과 같은 점을 고려하여야 한다.

• 가) 청구인의 모친은 2018년 당시 79세로 건강상 영농은 어려웠지만 3형제중 제일 못나고 혼자 사는 청구인에게 가장 관심을 가졌으며 자주 아픈 몸을 이끌고 방문하시어 청구인의 만류에도 집안일을 해주시는 등 주변에서는 모자가 같이 있는 모습을 자주 보인바 있어 식당을 운영하시는 청구인의 숙부는 조사공무원이 바쁜 시간에 전화를 하자 생각 없이 모친과 함께 농사를 지었다고 전화로 답변하였다고 한다.
• 나) 모친과 함께 영농을 한 것이라면 멀리서 거주하는 노령의 건강이 불편한 어머니보다는 농지 소재지에 거주하는 젊고 건강하고 뚜렷한 소득원이 없는 청구인이 실질적으로 영농한 것으로 보는 것이 상식에 부합하는 판단일 것이고 이것이 실제 사실내용이다.

8. 쟁점농지는 공부상 임야로서 재산세는 임야‧종합합산 과세토지로 분류 과세되었으나, 재산세 납부는 청구인의 무지에 기인한 것으로 쟁점농지는 실제 농지로 청구인은 이에 대한 경정청구 여부를 검토하겠다.

• 가) 재산세는 6.1. 현재 토지소유자에게 보통고지방법에 의하여 부과징수하는데 종합합산과세가 된 청구인의 경우 재산세 납부세액이 OOO 정도로 그 금액이 많지 않아 특별히 관심을 두지 않다가 이번에 청구인이 무지하여 재산세를 과다 납부한 사실을 알게 되었다.
• 나) 토지분 재산세는 과세대상 토지가 공부상의 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상 현황에 따라 부과하여야 하는바, 이는 지목, 지적, 토지이용상황 등은 과세기준일 현재 사실상의 현황에 따라 적용되어야 한다.
• 다) 쟁점농지는 농지원부에 기재되어 있는 엄연한 농지로 저율분리과세대상 토지에 해당하므로 지방자치단체를 상대로 ‘실질과세 원칙과 현황과세 적용’위반을 이유로 과다하게 납부한 재산세에 대한 경정청구 가능 여부를 검토하도록 하겠다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 당초 임야인 쟁점농지를 개발할 목적으로 건축허가, 산지전용허가, 개발행위허가 등을 취득하고 토목공사를 한 상태에서 쟁점농지를 양도하였으므로 쟁점농지는 양도 당시 농지에 해당하지 않고, 청구인의 부친 및 모친이 수취한 농자재 구매영수증, 청구인의 사업이력 및 해외출입국내역 등을 검토한 결과 청구인의 부모가 자경한 것이므로 자경농지감면을 부인하고 과세한 처분은 정당하다.

(1) 쟁점농지는 양도 당시 농지에 해당하지 않았다. (가) 청구인은 2018.8.17. 토지주들의 위임을 받아 매수자인 OOO이 매수목적에 부합하는지 확인을 위하여 건축허가를 신청한 것이라고 하나, OOO구청 건축허가과에 확인한 결과 청구인과 대원이 2018.2.5.에 건축허가, 개발행위, 산지전용허가를 신청하여 양도전인 2018.8.17. 이미 허가를 받았고, 이후 2018.9.5. OOO과 매매계약, 2018.9.28. 양도한 것으로 확인된다. (나) 건축허가서에는 공동주택(다세대주택-도시형생활주택 4동 16세대)을 건축할 목적으로 허가를 받은 것으로 확인되고, 허가와 관련하여 수지구청에서 회신 온 현장확인 사진에는 가설울타리를 설치하고 우수관 공사가 완료된 상태임이 확인된다. 또한, 허가신청서와 함께 청구인은 2018년 3월 인감증명서를 첨부하여 개발행위 등에 토지사용을 승낙한 내역도 확인된다. (다) 청구인과 대원이 2018년 2월 OOO에 OOO 다세대신축공사를 의뢰하여 가설울타리 설치, 철거공사, 토목공사를 진행한 사실이 OOO에서 수취한 쟁점세금계산서를 통하여 확인된다. (라) 청구인은 쟁점세금계산서가 쟁점토지와 관련된 것이 아니라 연접한 OOO외 2인 소유의 OOO외 3필지 관련 공사비용이라고 주장하나, 2020.5.22. OOO 건축과에서 회신 온 공문에 따르면, 쟁점농지도 2018.2.7.에 착공신고를 하고 2018.2.22.에 처리완료된 것으로 확인된다. (마) 청구인과 대원은 건축주로 2018.2.5. 건축허가를 신청하고 2018.2.7. 착공신고도 하여 허가 전 착공신고가 가능한지 여부를 OOO 건축과 주무관에게 확인한 결과, 관련부지는 다세대주택 A, B, C단지로 개발될 계획이었으며, 이중 OOO외 2인 소유의 OOO외 3필지(A단지)가 2016.11.21.에 건축허가가 난 상태로 쟁점농지가 포함된 B단지는 2018.2.5. 건축허가 신청과 2018.2.7. 착공신고가 함께 처리가 가능한 상태였다고 확인해 주었다. (바) 쟁점농지의 등기부등본 OOO에 2018.3.26. 채무자 OOO, 근저당권자 OOO으로 하여 채권최고액 OOO을 근저당설정한 사실이 있고, 청구인이 OOO의 채무에 쟁점농지를 담보로 제공한 것으로 확인되어 OOO이 수취한 세금계산서가 쟁점토지와도 관련이 있음을 알 수 있다. (사) 쟁점농지는 공부상 임야로 취득 당시부터 현재까지 재산세는 임야, 종합합산토지로 분류과세되었고, 2018.7.17. OOO 산림과에서 수지구청 건축허가과에 보낸 공문을 보면 용인시는 쟁점토지를 준보전산지로 산지전용을 허가한 사실이 확인된다. (아) 청구인이 제출한 양도 당시 농지 사진 상에는 2018년 2월 이후 설치된 울타리가 없으나, 2018년 2월 허가 신청 이후 용인시 수지구청에서 현장 확인한 사진에서는 유치원 건물 뒤편으로 가설울타리가 설치된 사실이 확인되어 청구인이 제출한 토지 사진은 양도 당시 농지 사진이 아님을 알 수 있다[사실관계 (5)(사) 참조]. (자) 쟁점농지의 2016년 다음 항공뷰 사진 및 2016년 9월 쟁점농지와 연접한 유치원 사이에 울타리를 설치한 시공업체의 블로그에서 확인한 쟁점농지 사진이 있다[사실관계 (5)(아) 참조]. (차) 2015년 쟁점토지와 연접한 유치원의 신축 공사 당시 쟁점농지 모습을 인터넷상 유치원 블로그에서 확인한 사진[사실관계 (5)(자), 검정색으로 표시된 부분]이 있다. (카) 쟁점농지와 연접한 유치원에서 2017년 드론으로 촬영한 사진으로 인근토지와 비교하여 농지가 아님이 확인된다[사실관계 (5)(차) 참조].

(2) 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다고 볼 수 없다. (가) 청구인은 직접 농사를 지었다고 주장하나 양도소득세 신고 시 제출한 OOO으로부터 농기자재 구입한 내역 중 2011년 이전 자료가 없어 이전 자료를 요청하여 받은 매출명세표와 신용카드내역을 살펴보면 농지원부가 최초 작성된 2008.6.13.부터 2011년 말까지 비료 및 종자 등 농기자재 구입자가 청구인의 부친 OOO과 모친 성경자로 실제 자경을 한 사람이 청구인이 아님이 확인된다. (나) 청구인은 2008년부터 2010년말까지 OOO 아파트 단지 앞 하늘공인중개사를 운영하고 사무실 앞 은행 ATM기에서 중개수수료 수입으로 보이는 현금을 수차례 입금한 내역이 있고, 2010년 입금액은 OOO에 달하여 농사를 주된 생계로 삼지 않았다는 사실이 확인된다. 청구인은 OOO은 사무실을 정리하며 받은 권리금이라고 하나, OOO은 동 금액을 포함하지 않은 금액이다. (다) 농지원부 기록변경사항을 살펴보면 2012.4.7. 기록 삭제 후 2013.2.26. 재등록된 내용이 확인되고, 이 기간에는 산107번지 임야였던 토지를 4필지로 분할하여OOO소재 토지는 대지로 변경하고 주택 건축을 2012.4.20. 착공하여 2012.12.12. 사용 승인된 사실이 확인된다. 또한, 양도소득세신고서와 함께 제출한 OOO에서 받은 매출명세서에도 2012년 구입자료가 없고, 청구인이 제출한 신용카드 사용내역에도 농약, 비료 등의 구매 사실은 확인되지 아니한다. (라) 청구인은 2011년 이후 농사철 기간에 연6회, 연평균 50일 이상 OOO에 출국한 내역이 출입국기록상 확인이 되고, 청구인은 OOO에서 여행 가이드 일을 하기 위해 출국하였다고 진술하였다. (마) 청구인의 숙부 OOO과 세무조사 당시 통화한 내용에 따르면 청구인의 모친 성경자가 농사를 지었고 모친이 고령임에도 건강하여 현재 OOO에 취득한 토지도 자경 중이라고 진술하였다. 세무조사 당시 청구인과 모친 성OOO는 처분청을 방문하여 면담 당시 모친이 농사일을 하다가 손목과 허리를 다쳤을 정도로 농사일을 열심히 하였다고 진술하였다. (바) 청구인은 2018년도에도 농자재를 구입하여 농사를 지었다고 주장하나, 구입한 비료 등 농자재는 쟁점토지에 사용한 것이 아니고 2017년 12월에 취득한 쟁점외토지에 사용한 것으로 보이고, 이는 처분청 세무조사시 청구인에게 농지를 양도한 이후 농지원부를 폐쇄하여 농업을 생계로 하지 않음을 지적하자, 현재도 농사를 짓고 있다며 쟁점외토지 사진을 보여주어 알게 된 사실이다. (사) 청구인은 세무조사 시작 시점부터 계속하여 진술을 번복하였으며, 청구인의 숙부 OOO에게 확인한 결과 2016년 쟁점농지에 보이는 봉분은 청구인의 조부의 묘이고, 오래전부터 소유한 토지로 인근 지역에 친분 있는 이웃들이 정리 때문에 작성해준 경작확인서는 객관적이지 못한 자료로 자경의 근거로 될 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점농지에 대하여조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ①법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금”이란 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정 제4조에 따른 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지 등기사항 전부증명서상 표제부 및 OOO에 관한 사항 중 청구인의 취득, 양도, 처분청의 주장내용에 대한 사항은 다음<표1>～<표3>과 같다.

(2) 쟁점농지 및 쟁점토지와 관련한 부동산매매계약서 상의 특약사항에는 근저당권 채무의 인수 및 말소 등에 대한 내용이 있다.

(3) 쟁점농지 보유기간 동안 청구인의 주민등록표(초본)상 주소 현황은 다음 <표4>와 같다.

(4) 청구인이 쟁점농지의 자경을 주장하며 제시하는 자료는 다음과 같다. (가) 청구인이 제시하는 농지원부상 쟁점농지의 구 지번인 산103번지의 농지원부는 다음 <표5>와 같이 2008.7.14. 등록되어 2011.12.2. 전입된 것으로 나타난다. 이와 더불어 처분청에서 제시하는 농지원부는 다음 <표6>과 같고, 두 농지원부에는 동일하게 쟁점외농지도 나타나 있다. (나) 청구인은 2009.11.12. 217좌(1좌당 OOO, 출자금액 OOO)를 출자한 OOO농업협동조합원의 조합원임을 증명하는 2020.3.31. 발행 조합원증명서와 최초등록일자 2013.6.4.인 쟁점농지에 대한 발행일 2018.10.19.인 농업경영체 등록확인서를 제시하고 있다. (다) OOO지방법원 OOO지원 2017.4.21.자 2017고약2469 약식명령서상 청구인과 관련된 범죄사실 내용은 다음과 같다. (라) 쟁점토지 주변 지적도 등본 및 청구인이 작성한 것으로 보이는 쟁점토지 관련 자료와 OOO이 2020.6.2. 확인한 청구인의 자경사실 확인서를 제시하고 있다. (마) 청구인이 국비 유기질비료 지원사업으로 쟁점농지 앞으로 2014년 56포, 2015년 98포, 2016년 78포, 2018년 37포를 지원받은 전산화면을 제시하고 있다. (바) 청구인은 2011.3.14. 가축분퇴비 45포 송장(비고란에 ‘청구인 부모’라는 기재가 있음)과 2015.2.24. 및 2018.2.26. 발행의 청구인 명의의 가축비료 거래명세표(송장), 2009년 모종 OOO 구입 영수증 및 2011년 모종구입 영수증 3매(각 매당 구입액 OOO), 청구인의 모친 성OOO가 서명한 신용카드 영수증 4매를 제출하였다.

(5) 처분청이 과세근거로 제시하는 자료는 다음과 같다. (가) 국세청 전산망에 따른 청구인의 소득내역은 다음 <표7>과 같다. (나) 청구인의 2008부터 2018년까지 출입국 내역은 다음 <표8>과 같고, 출국지는 필리핀인 것으로 확인된다. (다) OOO구청장은 2018.8.17. 대원 앞으로 건축허가서를 교부하였다. (라) 청구인이 2018년 3월 작성하여 OOO구청장에게 제출하는 토지사용승낙서와 지상권자 OOO협동조합의 지상권 동의서가 있다. (마) OOO이 철거공사, 가설울타리 설치, 토목공사와 관련하여 공급받은 작성일자 2018.2.9., 2018.2.12., 2018.3.31.의 쟁점세금계산서가 있다. (바) OOO시장이 처분청에 회신한 건축허가․착공 관련 신청내용 회신에는 당초 OOO외 2인OOO이 2016.10.21. 건축허가를 신청하여 2016.10.22. 처리되었고, 2017.12.15. 건축주를 OOO으로 변경하는 건축주 변경신청을 하여 2018.1.9. 처리되었으며, 변경된 건축주인 OOO이 2018.2.7. 착공신고를 하여 2018.2.22. 처리한 것으로 나타나고, 쟁점토지가 포함된 다세대주택 단지 개발내용은 다음 <표9>와 같다. (사) 2018년 2월 OOO구청 현장확인 사진은 다음과 같다. (아) 2016년 다음 항공뷰 사진 및 2016년 9월 연접 유치원 울타리 시공업체의 블로그 사진은 다음과 같다. (자) 2015년 쟁점토지와 연접한 유치원의 신축 공사 당시 쟁점농지 모습을 인터넷 상 유치원 블로그에서 확인한 사진은 다음과 같다. (차) 쟁점농지와 연접한 유치원에서 2017년 드론으로 촬영한 사진은 다음과 같다. (카) 청구인이 운영한 중개사무소 OOO점앞 ATM기에 2010년 입금한 금액은 OOO이다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지를 8년 이상 직접 자경하여 자경농지감면 대상토지에 해당한다고 주장하나, 청구인이 제시하는 2009～2011년 사이 수령한 영수증 중 다수가 청구인의 부친 또는 모친 서명으로 되어 있어 이를 청구인이 직접 경작하였다는 증빙으로 인정하기에는 어려워 보이는 점, 청구인은 2008년부터 2018년까지 농번기‧농한기의 구분없이 연 평균 40일 가량을 해외에서 체류한 것으로 나타나는 반면, 해외여행 가이드로 비정기적으로 일한 것이라 주장하는 내용에 대한 증빙 자료(계좌거래내역 등)가 제시되고 있지 않은 점, 쟁점농지에는 2016.3.21. OOO농업협동조합이 지상권을 설정하여 쟁점농지 위 수목의 소유는 지상권자인 OOO월농업협동조합에게 귀속되었고 이후 쟁점농지 위 다세대주택 시공(준비)을 위한 일련의 과정[2017.9.21. 청구인이 소유한 일정 지분(8/2083)을 다세대주택 시행예정자인 대원에게 양도 → 2018.2.5. 쟁점토지에 대한 건축허가를 신청 → 2018.3.26. 다세대주택 시공사인 OOO이 OOO의 근저당 설정]에도 불구하고 이 기간 동안 청구인이 직접 쟁점농지를 경작하였음을 입증하는 구체적 증빙이 제시되지 않고 항공사진 등에서도 경작하고 있는 농지라는 사실을 확인하기 어려운 점, 청구인은 2018.2.5. 쟁점토지에 건축허가신청을 한 것으로 나타나고, 이에 대하여 쟁점토지 내 건축허가신청은 양수자들이 다세대주택을 건설할 목적에 적합한지 여부를 타진하기 위한 형식적인 것으로 매입 관행에 따른 것이라는 청구주장의 내용을 확인할 수 있는 특약사항 등의 조건이 쟁점토지 매매계약서 상에는 보이지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 제시하는 증빙만으로는 청구인이 쟁점농지를 8년 동안 직접 경작하였다고 인정하기는 어려우므로 처분청이 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고 이를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.