연구ㆍ인력개발비세액공제의 대상이 되는 인건비는 자체연구개발을 위한 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비를 의미하므로 다른법인의 업무를 담당한 직원의 인건비에 대해 연구인력개발비세액공제를 부인하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
연구ㆍ인력개발비세액공제의 대상이 되는 인건비는 자체연구개발을 위한 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비를 의미하므로 다른법인의 업무를 담당한 직원의 인건비에 대해 연구인력개발비세액공제를 부인하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 청구법인은 2014.2.10. 컴퓨터시설유지관리 및 소프트웨어 개발 및 공급을 주된 사업목적으로 설립되어 프로그램 개발 및 관리업무를 위한 연구소를 설치하고 직원을 배치하였다. 청구법인은 조사청의 세무조사 당시 연구소의 위치 및 연구직원의 업무, 연구실적 등을 소명하였음에도 불구하고 조사청은 청구법인이 연구소를 운영하지 않았고, 연구전담 직원이 없었으며, 매출처의 요구로 개발한 프로그램을 공급하였다는 이유로 이 건 과세처분을 하였다.
(2) 청구법인이 인건비를 지급한 직원 중 조사청이 청구법인 관계사의 업무를 공통으로 담당하였다고 본 직원들은 청구법인의 경영관리 업무를 하였던 OOO(당시 직책은 이사), 청구법인의 회계업무를 담당하였던 OOO(당시 직책은 과장), 청구법인의 사업과 관련하여 동영상 편집 등 기술지원 및 디자인실을 총괄한 OOO(당시 직책은 실장)이나, 법인세법상 공동경비의 손금불산입 규정의 취지는 법인이 조세회피 목적으로 과다하거나 부당한 공동경비를 손금에 산입하는 것을 방지하기 위한 것인바, 청구법인은 타 법인과의 인위적인 비용 부담을 통해 조세를 회피할 이유가 없었고, 국세청 예규(서면2팀-1921 2005.11.28., 서면2팀-214 2016.1.25. 등)도 ‘어떤 법인의 직원이 특수관계 법인의 직원을 겸직하는 경우 동 직원의 급여 등은 부당행위계산 부인규정이 적용되는 경우를 제외하고, 양 법인에 기여하는 업무량의 정도 등에 따라 두 법인에서 급여 지급규정, 용역(고용)계약서상 약정의 내용, 재직기간 등에 의하여 합리적으로 배분된 금액을 해당 법인의 소득금액 계산시 손금에 산입할 수 있다’고 해석한 바 있다. 따라서 위 직원들은 청구법인의 사업과 관련된 업무를 수행하면서 거래처 등에 대한 유지보수 또는 그와 유사한 업무를 관계사와 상의하여 진행할 수 있는 것이고, 이러한 사실만으로 관계사의 업무를 수행한 것으로 보아 직원들의 인건비 중 일부분을 안분계산하여 청구법인의 인건비를 부인한 이 건 처분은 부당하다.
(3) 조사청은 청구법인 관계사인 OOO의 사업 분야 담당 직원이 수행한 업무는 청구법인의 업무가 아니라고 보았으나, OOO은 청구법인이 100% 지분을 보유한 자회사로서 당시 OOO이 어려운 상황에 처하여 이를 정리 및 매각하기 위하여 다각도로 노력하던 시점이었으므로 이에 대한 업무를 수행한 직원에게 청구법인이 급여를 지급한 것은 당연하다. 조사청은 청구법인의 관계사인 OOO 직원 5명이 OOO의 폐업으로 인한 회사정리업무를 담당하면서 OOO이 급여를 지급할 여력이 없게 되자 지주사인 청구법인의 직원으로 등재한 것이라는 의견이나, 위 직원 5명은 OOO을 사직하고 청구법인에서 OOO 정리 업무를 한 것이고, 청구법인이 100% 지분을 소유하고 있는 OOO 폐업 후 이에 대한 국세신고 업무 등 사후정리를 하지 않을 수 없는 상황에서 이를 청구법인의 업무가 아니라고 보아 직원에 대한 급여를 필요경비 부인한 이 건 과세처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 2014.8.7. OOO에 기업부설연구소를 등록하였으나, 연구소를 운영하거나 연구전담 직원을 배치한 사실이 없고, 매출처로부터 용역을 의뢰받아 프로그램을 개발하여 공급할 뿐 연구개발 업무를 수행한 사실이 없이 연구·인력개발비세액공제를 받아왔다. 청구법인 대표이사 OOO는 세무조사 당시 1차 문답에서 연구부서가 있었는지 잘 기억나지 않는다고 답변하였다가 2차 문답에서는 OOO 사무실을 사용하다가 OOO가 OOO 사무실 안쪽으로 이전(2016.4.6.)한 후에는 OOO 서버실 안쪽을 임차하였다고 진술하는 등 연구소가 있었는지 여부에 대해 명확한 답변을 하지 못하였다. OOO 직원배치도에 의하면 청구법인의 연구전담직원으로 신고된 OOO 차장은 디자인센터(웹2팀), OOO 차장은 기술지원파견으로 확인되고, 직원 OOO의 컴퓨터에 보관되어 있던 업무내역 자료에 의하면 핵심코어팀은 각종 콘텐츠 통합, 스트리밍솔루션 개선, 웹하드솔루션 제작, 덕플레이어 제작 및 고객응대 등의 업무를 담당하여 연구개발이 아닌 네트워크 유지보수에 관한 기술관리업무를 담당한 것으로 나타나는 점에서 청구법인은 기술연구소를 운영하거나 연구전담 요원을 배치한 사실이 없는 것으로 확인된다. 청구법인은 OOO와 OOO의 웹사이트 운영 및 서버관리를 전담하면서 관련 매출액이 전체 매출액의 95% 이상 차지하는 법인으로서 수시로 웹 화면 및 프로그램 업데이트 용역을 제공하고 정액의 수수료를 지급받는 등 거래처의 요청에 의해 별도의 수수료를 받고 프로그램 개발업무를 수행하고, 2015년 웹하드프레임웍솔루션 개발 OOO원, 2016년 OOO 시스템 개발 OOO원, OOO 개발 OOO원 등 합계 OOO원을 위 2개사에 매출하였을 뿐이므로 연구개발업무 수행을 통한 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다.
(2) 청구법인 소속 직원 중 청구법인의 7개 관계사 경영관리 업무를 하였던 OOO, 회계업무를 담당하였던 OOO, 동영상 편집 등에 대한 기술지원 및 디자인실을 총괄한 OOO은 관계사 업무를 공동으로 수행한 것으로 확인되어 공통인건비를 관계사 매출액 기준으로 안분계산하여 청구법인의 필요경비에서 부인한 것은 정당하다. OOO 경영지원이사는 세무조사 당시 청구법인의 7개 관계사의 경영관리 업무를 하였고, 2015.3.25. OOO 대표로 등재된 이후에도 그 이전과 동일하게 경영관리 업무를 담당하였다고 진술하여 7개 관계사의 업무를 공통으로 수행한 사실을 인정하였다. OOO 회계이사의 세무조사 당시 진술에 의하면 OOO 회계팀 차장은 청구법인의 지주사인 OOO 인사팀 소속으로서 청구법인과 OOO의 회계업무를 공통으로 담당하였음이 확인되어 위 2개사의 수입금액을 기준으로 안분계산하여 해당 급여에 대한 업무무관경비를 부인하였다. OOO 청구법인 인사팀 이사 및 대표이사 OOO의 세무조사 당시 진술에 의하면, OOO은 청구법인, OOO, OOO 3개사의 업무를 공통으로 수행한 것으로 확인되어 위 3개사의 수입금액을 기준으로 안분계산하여 해당 급여에 대한 업무무관경비를 부인하였다.
(3) 2015년말부터 청구법인 소속으로 등재된 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO은 실질적으로 OOO 소속으로 회사정리 업무를 담당하였으나 급여지급 여력이 없어 청구법인 소속으로 등재한 후 급여를 지급한 것으로서 이를 업무무관비용으로 보아 경비를 부인한 것은 정당하다.
① 쟁점연구․인력개발비 세액공제를 부인하여 과세한 처분의 당부
② 타 법인 공동운영에 따른 직원 인건비를 공동경비로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부
③ 쟁점급여를 업무무관비용으로 보아 과세한 처분의 당부
1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술 연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술 연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 (단서 생략) (2) 조세특례제한법 시행령(2014.1.14. 대통령령 제25079호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동
(3) 법인세법 제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 (4) 법인세법 시행령 제48조【공동경비의 손금불산입】① 법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액중 당해 법인이 출자한 금액의 비율
2. 기타의 경우에는 당해 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등의 직전사업연도의 매출액 총액에서 당해 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 재정경제부령이 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 재정경제부령이 정하는 기준에 의할 수 있다.
(1) 국세청 통합전산망자료에 의하면 청구법인의 사업연도별 연구·인력개발비 세액공제, 공통인건비 등 손비 계상내역과 처분청의 연구·인력개발비 세액공제, 공통인건비 및 업무무관경비 부인 내역은 아래 <표1>·<표2>·<표3>과 같다. OOO OOO OOO
(2) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 아래와 같이 OOO에 연구전담부서 등록을 한 것으로 나타난다. OOO
(3) 처분청이 제시하는 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실관계가 확인된다. (가) 청구법인의 연구소 등록 업무 담당자 OOO가 제출한 문답서 내용은 아래와 같고, “청구법인은 OOO 사무실에 위치한 청구법인의 보안관제실을 연구소로 등록하였고 관계기관의 점검이 있을 경우 보안관제실에 컴퓨터를 급히 설치하고 직원이 동 장소에서 2～3일 근무하였다.”라는 취지로 진술한 것이 확인된다. OOO (나) 청구법인 대표이사 OOO가 제출한 문답서에 의하면, “연구부서가 있었는지 잘 기억나지 않는다.”, “OOO 사무실을 사용하다가 2016.4.6. OOO가 OOO 사무실로 이전한 이후 OOO의 서버실 일부를 임차하였다.” 등의 취지로 답변하였고, “청구법인의 업무는 OOO, OOO 등의 웹사이트 운영 및 서버관리이며 동 업체에 시스템 업데이트 용역을 수시로 제공하고 정액의 수수료를 받고 있으며, 동 업체의 요구로 개발업무를 진행하면 별도의 수수료를 받고 있다.”, “연구소가 참여하여 개발한 OOO, OOO 등을 거래처에 판매하였다.”라고 진술한 것이 확인된다. (다) OOO의 직원배치도에 의하면 연구소 직원으로 등록된 OOO는 디자인센터(웹2팀 차장) 소속, OOO은 기술지원파견 등으로 확인되고, 청구법인 과장 OOO(경영관리)의 컴퓨터에 보관된 ‘직원현황’ 자료에 의하면 OOO 외 4인은 DB/웹 개발2팀 소속으로 확인되고, OOO 등의 컴퓨터에 보관된 비상연락망 및 업무자료에 의하면 OOO, OOO 등은 핵심코어팀에서 콘텐츠 통합, 스트리밍솔루션 개선, 웹하드솔루션 및 덕플레이어 제작 및 고객응대 등의 업무를 담당한 것으로 확인된다.
(4) 처분청이 제시한 청구법인 소속 OOO 경영지원이사, OOO 회계이사, OOO 인사팀 이사 등의 문답서 내용은 아래와 같고, 처분청은 청구법인의 7개 관계사 경영관리 업무를 하였던 OOO, 회계업무를 담당하였던 OOO, 동영상 편집 등에 대한 기술지원 및 디자인실을 총괄한 OOO이 관계사의 업무를 공동으로 수행한 것으로 보아 공통인건비를 관계사 매출액 기준으로 안분하여 청구법인의 필요경비를 부인한 것으로 나타난다. OOO OOO
(5) 청구법인의 업무무관경비와 관련하여 조사청 이의결정서(2019중이333호, 2020.3.5.)에 나타나는 청구법인 대표이사 OOO, 이사 OOO, 회계이사 OOO, 이사 OOO, 이사 OOO 등의 문답서에 의하면 2015년 말부터 청구법인 직원으로 등재된 직원 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO은 OOO 직원으로서 동 회사를 정리하는 업무를 담당한 것으로 기술되어 있고, 국세통합전산망 자료에 의하면 청구법인이 이들의 급여를 지급한 것이 확인된다. OOO OOO
(6) 처분청은 OOO 직원전화·자리배치도, 청구법인 직원 OOO의 컴퓨터에 보관되어 있던 근로자 명부 및 직원 현황표, 청구법인 직원 비상연락망, 청구법인 직원 OOO의 컴퓨터에 보관되어 있던 핵심코어팀 업무내역 자료 등을 입증자료로 제시하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 컴퓨터시설관리 및 유지ㆍ보수를 위한 프로그램 개발을 위하여 실제로 연구소를 설치하고 운영하였으므로 연구·인력개발비 세액공제 부인은 부당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세 또는 비과세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바, 연구․인력개발비세액공제의 대상이 되는 인건비는 자체연구개발을 위한 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비를 의미함에도 청구법인 연구소 직원으로 등록된 직원 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO 등은 OOO에서 웹디자인 개발, 콘텐츠 통합, 스트리밍솔루션 개선, 웹하드솔루션 및 덕플레이어 제작 및 고객응대 등의 업무를 담당한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 위 직원들에 대한 인건비에 대하여 연구인력개발비세액공제를 부인하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 직원이 청구법인 관계사의 경영관리 및 회계업무를 수행한 사실만으로 이들에 대한 인건비를 관계사와의 공통인건비로 보아 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인 직원들이 제출한 문답서에 의하면 청구법인 소속 OOO는 청구법인의 7개 관계사 경영관리업무를, OOO은 3개 관계사의 회계업무를, OOO은 관계사의 동영상 편집 등에 대한 기술지원업무를 담당한 것으로 확인되고, 그 외에 청구법인이 제출한 증빙만으로는 해당 임직원들이 청구법인의 업무만을 수행하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 관계사 정리ㆍ매각 업무를 수행한 직원들의 인건비를 손금불산입한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인 직원들이 제출한 문답서에 의하면 2015년 말부터 청구법인 직원으로 등재된 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO은 OOO 소속으로서 동 회사를 정리하는 업무를 담당하였고, 청구법인이 이들에게 급여를 지급한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.