토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인들은 2016.12.20. OOO을 사업장 소재지로 하여 OOO이라는 상호로 주택신축판매업을 공동으로 개업(청구인 OOO 지분 50%, 청구인 OOO 지분 50%, 2019.9.30. 폐업)하여 면세사업자로 등록하고, 2018.4.26. 동 사업장 소재지에 연면적 4,355.39㎡, 근린생활시설 4호, 다세대주택 8호, 오피스텔 32호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다)의 지하 3층, 지상 12층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여, 2018년 제1기∼제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점건물을 분양한 후, 쟁점오피스텔의 공급을 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 규정된 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급으로 보아 쟁점오피스텔 분양금액 OOO에 대한 부가가치세 신고를 이행하지 않았다.
• 나. 처분청은 2019년 9월 청구인들에게 쟁점오피스텔 공급에 대하여 부가가치세 신고를 누락한 사유에 대한 소명자료를 요청하였으나, 청구인들은 이를 소명하지 아니하였다.
• 다. 이에 처분청은 쟁점오피스텔은 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니한다고 보고, 청구인들이 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서 상의 수급인 OOO로부터 계산서 및 세금계산서를 수취한 사실이 없고 금융증빙도 확인되지 아니하자 위 계약서상 쟁점건물 건설비(=취득가액)을 부인하여, 부가가치세법 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조 제1, 2호에 따른 토지와 건물가액 계산 시 기준시가, 감정평가가액, 장부가액, 취득가액 비율을 적용할 수 없는 경우에 해당한다고 보아, 부가가치세법 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조 제3호에 근거하여 국세청장이 정하는 비율에 따라 쟁점오피스텔의 과세표준을 토지와 건물 공급분으로 안분하여 건물 공급분 과세표준을 OOO으로 확정하고, 2020.3.9. 청구인들에게 2018년 제1기 부가가치세 OOO, 2018년 제2기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2020.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 부가가치세법 시행령 제64조 제2호는 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가 및 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우 취득가액)에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다. 청구인들은 2018년 종합소득세 신고 시 사업소득을 단순경비율로 추계신고하여 장부가액은 해당사항이 없으나, 청구인들이 쟁점건물 신축 당시 체결한 토지 매매계약서에 의하면 토지 취득가액은 OOO, 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서에 의하면 건물 취득가액은 OOO이라는 사실이 확인되므로, 건물 공급분 부가가치세 과세표준은 쟁점오피스텔 분양금액을 위 토지 및 건물 취득가액에 기초하여 토지와 건물 공급분으로 안분하여 산출한 OOO이라고 보아야 한다.

(2) 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서는 청구인들이 스스로 소유권 보존등기와 관련하여 취득세 등 고지서를 발급받기 위하여 인·허가권자인 지방자치단체장에게 제출한 것이므로 신빙성이 있다 할 것이다. 또한 쟁점건물 전체의 건설비는 OOO인데, 이를 연면적 4,355.39㎡로 나누면 ㎡당 OOO으로 이는 국토교통부 고시 2017년 표준건축비 OOO, 2018년 표준건축비 OOO와 유사한 점에 비추어 보면, 민간건설공사 표준도급계약서 상에 기재된 건설비는 쟁점건물의 실제 취득가액이라고 보아야 한다. 따라서 처분청이 단지 청구인들이 쟁점건물 신축 당시 세금계산서나 대금지급내역 등 적격증빙을 갖추지 못하였다고 하여 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서 상에 기재된 쟁점건물 건설비(=취득가액)를 부정하는 것은 타당하지 않다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 민간건설공사 표준도급계약서상 수급자인 주식회사 OOO로부터 세금계산서, 영수증 등을 교부받은 사실도 없고, 대금지급내역 등 거래를 객관적으로 확인할 수 있는 구체적인 증빙도 제출하지 못하였다. 따라서 청구인들이 체결한 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서에 기재된 건설비를 실제 쟁점건물의 취득가액으로 보아 이를 기준으로 안분하여 계산할 수 없다.

(2) 따라서 청구인들에게는 기준시가 비율, 장부가액 비율, 감정평가가액 비율, 취득가액 비율을 모두 적용할 수 없으므로,부가가치세법 제29조 제9항, 같은 법 시행령 제64조 제3호 및 국세청 고시 제2018-36호(2018.8.24.)에 따라 국세청장이 정하는 비율에 따라 쟁점오피스텔의 과세표준을 건물 분과 토지 분으로 안분하여 건물 공급분 과세표준을 OOO으로 확정하여 한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

(3) 소득세법 제99조(기준시가의 산정) ① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시하는 가액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2016.12.20. OOO을 사업장 소재지로 하여 OOO이라는 상호로 주택신축판매업을 공동으로 개업(청구인 OOO 지분 50%, 청구인 OOO 지분 50%, 2019.9.30. 폐업)하여 면세사업자로 등록하였다.

(2) 청구인들은 2018.4.26. 동 사업장 소재지에 쟁점건물을 신축하여, 2018년 제1기∼제2기 부가가치세 과세기간 동안 분양한 후, 쟁점오피스텔의 공급을 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급으로 보아 분양금액 OOO에 대한 부가가치세 신고를 이행하지 않았다.

(3) 처분청은 쟁점오피스텔은 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하지 아니한다고 보고, 청구인들이 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서 상의 수급인 OOO로부터 계산서 또는 세금계산서를 수취한 사실이 없고 금융증빙도 확인되지 아니하자 위 계약서상 쟁점건물 건설비(=취득가액)을 부인하여, 2020.3.9. 기준시가, 감정평가가액, 장부가액, 취득가액 비율을 적용할 수 없는 경우에 해당한다고 보아 국세청장이 정하는 바에 따라 쟁점오피스텔의 과세표준을 건물 분과 토지 분으로 안분하여 이 건 처분을 하였다.

(4) 국세청 고시 제2018-36(2018.8.24.) 내용은 다음과 같다. OOO

(5) 청구인들은 부가가치세법상 쟁점오피스텔의 공급가액은 토지와 건물의 취득가액에 따라 안분하여야 한다고 주장하며 토지 매매계약서와 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서 등을 제출하였는데, 그 내용을 정리하면 아래와 같다. OOO

(6) 국세청 NTIS에 의하면 위 계약서상 수급인 OOO은 2017.12.14. 폐업 신고하였고 쟁점건물 신축 관련 매출세금계산서 및 계산서 발급 내역과 부가가치세·법인세 신고한 내역이 확인되지 아니하며, 청구인들 또한 이 건 심판청구에 이르기까지 주식회사 OOO로부터 수취한 계산서 또는 세금계산서, 금융증빙 등을 제출하지 못하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 토지 취득가액은 매매계약서에 의하여, 쟁점건물 취득가액은 민간건설공사 표준도급계약서에 의하여 확인되므로 부가가치세는 토지와 건물 취득가액에 비례하여 안분·계산하여야 한다고 주장한다. 그러나 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서에 의하면 쟁점건물 신축비용(=취득가액)이 OOO이라고 기재되어 있기는 하나, 청구인들은 쟁점건물 민간건설공사 표준도급계약서 상의 수급인 OOO로부터 세금계산서를 수취한 사실이 없고, 영수증, 계좌이체 내역 등 취득가액을 구체적으로 입증할만한 객관적인 증빙도 제시하지 못하고 있으므로, 위 계약서 상의 금액이 쟁점건물 취득가액에 해당한다는 청구인들의 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 국세청장이 정하는 바에 따라 쟁점오피스텔의 과세표준을 건물 분과 토지 분으로 안분하여 한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.