가공매입과 상계되는 가공매출이 발생하여 쟁점법인의 자산의 유출이 없었다는 청구주장에 일부 신빙성이 있어 보이므로 처분청이 쟁점 매입, 매출거래가 서로 대응되는 가공거래인지 여부를 관련된 회계처리 내용, 쟁점법인의 자금지출 내역 등을 조사하는 방법으로 재조사하는 것이 타당함
가공매입과 상계되는 가공매출이 발생하여 쟁점법인의 자산의 유출이 없었다는 청구주장에 일부 신빙성이 있어 보이므로 처분청이 쟁점 매입, 매출거래가 서로 대응되는 가공거래인지 여부를 관련된 회계처리 내용, 쟁점법인의 자금지출 내역 등을 조사하는 방법으로 재조사하는 것이 타당함
[주 문] OOO세무서장이 2019.5.13. 청구인에게 한 2009년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 주식회사 OOO이 주식회사 OOO으로부터 수취한 아래 <표6>의 매입세금계산서 관련 거래 중 OOO세무서장이 2012년 7월경 가공거래로 확정한 공급대가 OOO원의 거래가 아래 <표7>의 매출세금계산서와 서로 대응되는 가공거래인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
(1) 가공매입에 상응하는 가공매출이 발생하여 실질적인 자산의 유출이 없으므로 청구인에게 상여로 처분할 금액은 없다. (가) 쟁점법인은 쟁점매입거래에 대응하여 실물거래 없이 공급대가 합계 OOO원(이하 “쟁점매출액”이라 한다)의 매출세금계산서 17매(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고 이와 관련한 거래를 “쟁점매출거래”라 하며 “쟁점매입거래”와 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO(이하 거래처들을 “쟁점매출처”라 한다)에게 발급하고 쟁점법인의 2009사업연도 재무상태표에 각각 미지급금, 매출채권 등으로 계상하였다. 쟁점법인의 압수수색 및 상장폐지, 직권폐업의 과정에서 회계자료가 분실되어 관련 증빙의 제출이 어렵지만, 전자공시시스템상 2009사업연도 미지급금이 OOO원으로 확인되고 감사자료로 제출한 미지급금 잔액명세서에서도 쟁점매입금액을 포함한 미지급금이 OOO원으로 나타나며, 청구인이 이 사건조사 이후 신고대리 세무사로부터 입수한 쟁점법인 전자장부의 계정별 원장에서도 상기 금액이 미지급금으로 계상되어 있고 이에 대응하는 쟁점매출액이 외상매출금 계정에 계상되어 있는 사실 등이 확인되었다. 조사청은 전자장부와 외부공시 자료 등의 잔액이 상이함을 이유로 전자장부의 신빙성이 없다고 주장하나 그 차이는 청구법인이 외부에 공시하며 제거한 OOO원 때문으로 사실상 내용은 동일하다. (나) 쟁점매출이 가공매출이라는 사실이 아래와 같이 확인된다.
1. 쟁점매입세금계산서와 매출세금계산서, 거래명세표 등에 의하면 쟁점법인이 쟁점매입처로부터 매입한 상품의 품목·수량 등이 쟁점매출처에 판매한 상품의 품목·수량 등과 일치하는 것으로 확인되고, 해당 거래와 관련한 거래대금이 오간 사실이 없으며, 쟁점매입거래 외에는 쟁점매출처에 공급한 상품을 구매한 내역이 없다.
2. 거래명세표에 따르면 쟁점기간 중 쟁점매입처로부터 매입한 상품내역이 아래 <표2>와 같이 확인되는바 입·출고된 수량이 동일하여 2009년말 품목별 재고가 없음을 알 수 있다. OOO
3. 쟁점법인은 코스닥 상장 유지 심사를 앞두고 상장폐지를 면하기 위하여 매출액을 늘리려고 부득이하게 가공매입·매출을 발생시킨 것이다. 쟁점법인은 2009.3.24. 관리종목 지정사유가 발생하여 주권 매매정지를 당하였고, 연간 매출액이 OOO원에 미달할 경우 상장폐지될 수도 있었기 때문에 2009년 3분기 말 매출액이 OOO원인 상황에서 허위로 매입·매출을 계상하여 매출 규모를 늘렸으나, 결국 2010년 3월경 쟁점법인 전 대표이사의 횡령 및 배임 행위 등으로 2010.7.15. 상장폐지 되었고 2011.6.29. 직권 폐업되었다.
4. 쟁점법인 전 직원 OOO, OOO이 실거래가 없었던 것으로 확인하였다. 이 사건 조사 당시 청구인은 관련 거래내용을 알지 못하여 당시 근무하였던 직원들의 확인에 따라 쟁점매입거래가 실거래라고 주장하였으나, 2019년 청구인에게 이 사건 종합소득세가 부과되고 당시 영업이사 OOO와 회계직원 OOO에게 다시 확인한 결과, 두 사람이 쟁점매입·매출거래는 실제 물건이 오고 간 사실은 없고 끼워 넣기 거래를 한 것으로 알고 있다고 진술한바 쟁점매출거래 또한 가공거래임을 알게 되었다.
5. 쟁점매출금액과 관련한 금융거래 내역이 아래 <표3>과 같고, 이 외에 대금수수 사실은 확인되지 않으며, 이 중 2010.2.10. 2건은 쟁점매출세금계산서를 실물거래에 따른 세금계산서로 위장하기 위한 순환 금융거래임을 알 수 있는바, 쟁점매입처에서 가공매입한 품목이 쟁점매출처에 공급한 품목과 일치하고 매출처에 송금한 금액이 쟁점법인으로 되돌아온 사실이 금융내역에서 확인되므로 쟁점매출세금계산서는 쟁점매입세금계산서에 대응되는 가공매출로 보는 것이 합리적이다. OOO (나) 조사청은 이 사건조사 과정에서 쟁점매입거래를 가공거래로 확정하였을 뿐 이에 대응되는 쟁점매출거래에 대한 가공 여부는 검토하지 않았다. 청구인은 이 사건조사 당시 쟁점매입거래에 대응하는 가공매출이 있음을 입증하기 위해 세금계산서, 거래명세표, 이체확인증, 미지급금 원장 등을 제시하였고 쟁점매입금액이 조사일 현재 회계장부상 미지급금으로 계상되어 사외로 유출되지 않았음을 설명하였으나, 조사청은 청구인에게 불이익이 없을 것이라고 설명하며 쟁점매입세금계산서만 가공세금계산서로 확정하고 이에 대응되는 매출은 확인도 없이 조사를 종결한 후 4년이 지난 2016년에서야 소득금액변동통지서를 청구인에게 발송하였다. (다) 쟁점매입금액은 사외로 유출되지 않았고 유출될 여지도 없다.
1. 조사청은 가공으로 계상된 쟁점매입금액이 사외로 유출된 것으로 보았으나, 쟁점법인이 국세를 체납하자 OOO세무서장은 쟁점법인의 매출채권과 금융계좌를 각 2010.4.28.과 2010.6.10. 압류한바 이후에는 법인자금의 인출이 불가능하여 쟁점매입금액이 사외로 유출될 여지가 없다.
2. 법인이 가공의 세금계산서에 의하여 비용을 과다계상하면서 그 상대계정으로 외상매입금 등의 채무를 계상한 경우, 채무로 계상된 당해 가공금액은 그 시점에 전액 사외로 유출되어 법인의 대표자 등에게 귀속된 것으로 보아야 할 것이나, 당해 채무가 장차 대표자 등에게 변제를 예정하지 아니한 명목만의 가공채무라는 등의 특별한 사정이 있으면 사외유출된 것으로 보지 아니하는 것인바OOO미지급금으로 계상된 쟁점매입금액을 상여로 소득처분한 것은 부당하고, 실질과세원칙에 비추어 법인세의 사업소득을 계산함에 있어 구체적인 세법적용의 기준이 되는 과세사실의 판단은 회사의 기장내용, 계정과목, 거래명의에 불구하고 그 거래의 실질내용을 기준으로 하여야 하는 것인바OOO, 쟁점매출금액은 익금불산입하지 아니하고 쟁점매입금액만을 손금불산입하여 소득처분한 처분은 위법하다OOO
(2) 조사청은 이 사건조사 및 법인세 경정을 하면서 세무조사결과 통지 또는 과세예고통지를 하지 않아 청구법인의 과세전적부심사의 기회를 박탈한바 이는 중대한 절차적 하자에 해당한다. (가) 조사청은 2012.7.9. 이 사건 관련법인에 대한 세무조사결과통지서를 조사 당시 대표이사 OOO이 아닌 청구인에게 발송하였는데 당시 청구인은 2010.10.15. 쟁점법인의 대표이사를 사임하고 2011.4.11.부터 주식회사 OOO에서 근무하던 중으로 쟁점법인과 무관한바 쟁점법인에게 적법하게 송달된 것으로 볼 수 없다. 상기 통지서는 2010.10.15.∼2016.12.5. 기간 동안 쟁점법인의 대표이사(쟁점법인은 2011년 6월경 직권폐업되었음)로 등재되었던 OOO에게 송달되어야 함에도 조사청이 기본적인 사실관계 확인조차 하지 않고 쟁점법인과 무관한 청구인에게 통지한 것이다. (나) 위와 같이 조사청이 쟁점법인과 아무런 관련이 없는 청구인에게 쟁점법인의 세무조사결과통지를 한바 쟁점법인은 과세전적부심사청구의 기회를 부여받지 못하였고, 세무조사결과를 통지받은 청구인이 관련 내용을 열람하고자 정보공개를 요구하였으나 정보공개청구 권리가 없다는 이유로 거부당하였다. (다) 국세기본법 제81조의15 제2항 및 같은 법 시행령 제63조의14 제2항에서 규정하고 있는 과세전적부심사 청구 제외대상을 제외하고는 세무조사결과통지 및 과세예고 통지를 하지 않아 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로 위법하다OOO
(1) 가공매입에 상응한 가공매출을 계상하여 쟁점금액이 사외로 유출된 사실이 없으므로 청구인에게 가공매입으로 인한 인정상여로 처분될 금액은 없다는 청구주장에 대한 반박 (가) 실물거래 없이 가공매입세금계산서를 교부받아 이를 손금에 산입한 경우에는 그와 같이 가공경비로 계상된 금액 전액이 사외 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 금액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 만한 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 할 것OOO인바, 청구인은 쟁점매입금액이 미지급금으로 계상되었고 금융감독원 전자공시시스템상 미지급금과 외부 감사자료인 미지급금 잔액명세서상 미지급금 잔액이 OOO원으로 일치하고 신고대리 세무사로부터 입수한 쟁점법인의 전자장부 상 미지급금도 이와 일치한다고 주장하지만, 전자장부상의 미지급금 잔액은 OOO원으로 다른 공시자료상 미지급금 잔액과 일치하지 않아 신빙성이 없고, 쟁점법인은 2011.6.29. 직권폐업되어 2010∼2011사업연도 법인세 신고를 하지 않았던바 2010년 이후 폐업 시까지 대금이 지급되었는지 여부와 쟁점매입처에 대한 미지급금이 존재하는지가 객관적으로 확인되지 않으며, 폐업 시까지 쟁점금액을 지급하지 않았다는 구체적인 증빙도 없다. (나) 쟁점매출이 쟁점매입거래와 대응하는 가공매출이라는 청구주장은 아래와 같이 이유 없다.
1. 청구인은 쟁점매출과 관련하여 거래대금 결제가 이루어지지 않았다고 주장하나, 쟁점매출처는 해당 가공거래와 관련한 과세자료 내역이나 부가가치세 및 법인세 경정내역이 전혀 없고, 쟁점법인은 2010∼2011사업연도 법인세 신고를 하지 않아 2010년 이후 폐업 시까지 외상매출금 계정에 대한 변동내역과 대금지급 여부가 확인되지 않는다.
2. 쟁점매입처로부터 매입한 품목이 쟁점매출처에 매출한 품목과 일치한다고 주장하나, 설령 거래명서서 등에서 상기 매입품목과 매출품목·수량이 일치하는 것으로 확인된다 하더라도 쟁점매출과 상응하는 다른 매입이 있었을 가능성도 배제할 수 없으므로 이것만으로는 쟁점매출액이 쟁점매입거래에 대응하는 가공매출로 단정하기 어렵다.
3. 쟁점법인은 코스닥 상장유지를 위한 심사에 대비하고자 매출을 늘려야만 하는 상황에서 부득이하게 가공으로 매입·매출을 하였다고 주장하나, 코스닥 상장규정 제38조 제1항 제3조에서는 상장법인이 최근 사업연도 매출액이 OOO원 미만인 경우 관리종목으로 지정하고 당해 법인의 상장을 폐지한다고 명시하고 있고, 쟁점법인의 2009사업연도 매출액은 OOO원으로 가공이라 주장하는 쟁점매출액을 차감하여도 충분히 상장을 유지할 수 있는 매출액 수준인바, 위와 같은 청주주장은 신빙성이 없다.
4. 쟁점법인에 근무하였던 OOO, OOO이 실거래가 없었던 것으로 진술하였다고 주장하나, 청구인이 제출한 OOO과의 녹취록에는 시간이 지나 기억이 잘 나지 않는다는 내용과 거래단계 중간에 쟁점법인이 낀 것이라는 내용이 있지만, 해당 거래가 쟁점매입·매출거래인지와 기억이 정확한지 여부가 애매하다고 되어 있고, OOO와의 녹취록에도 ‘이미 10년 전 일이라 기억이 나지 않는다’, ‘가공거래가 있긴 했지만 어떤 것인지 정확하게 알 수 없어서 문서로 써줄 수 없다’라고 되어있는 등 이를 근거로 쟁점매출이 가공이라고 주장하는 것은 신빙성이 없다.
5. 쟁점매출거래를 실물 거래로 인정받기 위하여 쟁점법인의 직원의 계좌에서 쟁점매출처 중 주식회사 OOO의 직원 OOO의 계좌로 OOO원을 입금하였다가 해당 금액 중 OOO원을 상기 법인의 명의로 쟁점법인이 돌려받았다고 주장하나, 주식회사 OOO가 제출한 2009·2010년 귀속 근로소득지급명세서에는 OOO에 대한 근로소득지급 내역이 없어 OOO이 해당 법인의 직원이었는지 여부가 불분명하고, OOO의 계좌에서 주식회사 OOO의 계좌로 송금하였는지 역시 불분명하며, 설령 OOO이 OOO의 직원이라고 하더라도 쟁점매출금액 전체가 아닌 송금액 중 일부가 쟁점법인에게 입금된 사실만으로 이를 가공매출로 보기는 어렵고, 쟁점법인은 2010∼2011사업연도 법인세 신고를 하지 않아 2010 년 이후 폐업 시까지 외상매출금 계정의 변동 여부를 확인할 수 없다.
5. 청구인은 조사청에 쟁점매입거래와 쟁점매출거래의 관련성을 주장하였음에도 이에 대한 확인 없이 쟁점매입거래만 가공으로 확정하였다고 주장하나, 조사청은 쟁점매출거래를 가공거래로 볼 만한 특별한 사유·근거가 없어 이를 가공으로 확정하지 아니하였고, 조사 당시에는 실물거래 없이 세금계산서를 발급한 금액이 OOO원 이상인 경우 고발될 수 있는 상황을 우려하여 가공매출이 있다는 주장을 하지 않다가 상여로 소득처분이 되고 나서야 가공매출로 주장하는 것은 신의칙에 위반되며, 조사종결 이후 2016년에야 소득금액변동통지서를 발송한 것은 당초 2012.8.29. 청구인에게 소득금액변동통지서를 공시송달하였으나 청구인이 2016.9.5. 제기한 이의신청의 결과 적법하지 않은 송달로 취소되어 2016.12.20. 다시 발송하게 된 것이다.
6. 청구인은 쟁점법인이 국세체납으로 법인의 계좌가 압류된 2010.6.10. 이후에는 법인자금 인출이 불가능하여 미지급금으로 계상된 금액이 사외유출 될 여지가 없다고 주장하나, 쟁점법인의 사업용 계좌로 신고된 OOO은행 계좌가 압류되지 않는 등 쟁점법인의 모든 매출채권과 계좌가 압류된 것이 아니었던바 쟁점법인의 자금이 인출되었을 가능성은 충분하다.
(2) 세무조사결과통지 의무를 위반하여 쟁점법인의 과세전적부심사 권리를 침해하였고 이에 따른 처분 또한 절차적 하자로 위법하다는 청구주장은 이유 없다. (가) 이 사건조사 당시(조사기간 2012.4.20.∼2012.6.8.) 쟁점법인은 2011.6.29. 직권폐업되어 이미 폐업상태였고, 조사일 현재 쟁점법인의 대표자는 OOO으로 등재되어 있었으나 국세청 전산망에서 OOO이 주식회사 OOO의 근로자(재직기간: 2010.6.14.∼2012.6.30.)로 확인되는바, 조사청은 쟁점거래 당시 쟁점법인의 대표자였던 청구인을 대표자로 하여 조사를 진행하였고, 청구인 또한 쟁점법인의 대표자로 조사청을 내방하여 쟁점거래가 정상거래라고 주장하는 등 조사에 대응하였다. (나) 국세기본법 제81조의12 및 같은 법 시행령 제63조의13의 규정에 따르면 폐업한 경우에는 세무조사결과통지를 생략할 수 있는 점, 설령 과세전적부심사청구의 기회를 주지 않았다 할지라도 납세자의 권리의무에 직접 어떠한 영향을 끼치는 것은 아니고 사후적 구제절차인 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세의 적부에 대하여 불복할 수 있는 것인 점OOO 등에 비추어 청구인의 주장은 이유 없다.
① 가공매입과 상계되는 가공매출이 발생하여 쟁점법인의 실질적인 자산의 유출이 없었다는 청구주장의 당부
② 이 사건조사 결과를 쟁점법인과 무관한 청구인에게 통지한바, 이러한 절차상 하자로 인하여 위법한 법인세 경정에 근거한 소득처분 또한 위법하다는 청구주장의 당부
3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액
(2) 법인세법 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호내용 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
(4) 국세기본법(2013.2.15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것) 제81조의12(세무조사의 결과 통지) 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제81조의15(과세전적부심사) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 과세예고 통지 (5) 국세기본법 시행령(2014.2.21., 대통령령 제25201호로 개정되기 전의 것) 제63조의13(세무조사의 결과 통지) 법 제81조의12 단서에서 “폐업 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
2. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 제63조의14(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ① 법 제81조의15 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 것
2. 국세청장의 훈령ㆍ예규ㆍ고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 것
3. 세무서 또는 지방국세청에 대한 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우는 제외한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지에 관한 것
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 사항 중 과세전적부심사 청구금액이 10억원 이상인 것
② 법 제81조의15 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 과세예고 통지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지
2. 세무조사에서 확인된 해당 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지
3. 납세고지하려는 세액이 3백만원 이상인 과세예고 통지
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에서 다음의 사실이 확인된다 (가) 쟁점법인은 1992.5.21. 개업하여 제조·도소매/통신기자재·방송장비·컴퓨터 업종을 영위하다가 2011.6.29. 폐업하였고, 쟁점기간 중 대표이사는 청구인(재직기간: 2009.4.30.～2010.10.15.)이나 이 사건조사 당시의 대표자는 OOO(재직기간: 2010.10.15.∼2016.12.5.)으로 확인되며, 2012.7.9. 조사청은 이 사건 세무조사결과 통지서를 청구인에게 송달한 것으로 나타난다. (나) 쟁점법인의 2009년∼2010년 부가가치세 신고·납부현황은 아래 <표4>와 같다. OOO (다) 쟁점법인에 대한 조사종결보고서(2012.7.3.)의 주요 내용을 살펴보면, 조사청은 쟁점매입처에 대한 자료상 조사결과에 따라 파생된 과세자료(가공매입)에 근거하여 이 사건 조사에 착수하여 쟁점기간 쟁점매입처가 청구법인에게 발급한 공급대가 합계 OOO원의 세금계산서 중 금융거래가 수반된 OOO원은 정상거래로 보았으나 이를 제외한 쟁점매입금액을 가공거래로 확정하였고, 쟁점매입세금계산서에 대응하는 매출에 관한 조사내용은 나타나지 않으며, 쟁점매입처는 이에 대한 이의신청 및 불복제기를 하지 아니하였고, 청구인이 쟁점법인의 대표자로 조사청을 내방하여 조사받은 사실이 확인된다. (라) 쟁점매입·매출처와의 세금계산서 수수 내역, 거래명세표 등을 살펴보면, 국세통합전산망에서 확인되는 쟁점기간 쟁점매입·매출처로부터 세금계산서 수수 내역은 아래 <표5>와 같고, 그 세부내역은 <표6·7>과 같으며, 처분청은 쟁점세금계산서와 거래명세표 등에서 매입·매출 품목 및 수량이 아래 <표8>과 같이 동일한 것으로 확인하였으나, 거래명세표는 개인이 임의로 작성 가능한 자료이므로 신빙성이 없다는 의견이다. OOO (마) 청구인이 제출한 쟁점법인의 전자장부 계정별 원장(2009.1.1.∼2009.12.31.) 등의 자료를 살펴보면, 쟁점매입과 관련한 품목이 상품계정과목에 계상되어있고, 그 매입대금은 미지급금 계정에 쟁점매출금액은 외상매출금 계정에 계상되어 있으며, 쟁점법인의 2009년말 기준 매출채권 잔액은 아래 <표9>와 같이 전자장부와 외부 공시한 재무재표상 금액이 OOO원으로 일치하고 미지급금 잔액은 외부공시 자료가 전자장부보다 OOO원 많으나, 이는 외부감사 자료상 ‘(주)OOO(내부) OOO원’의 자료 1건이 더 기재되어 있기 때문인 것으로 나타난다. OOO (바) 잼점매입·매출세금계산서와 관련한 금융거래 내역이 아래 <표10>과 같아 쟁점매입과 관련한 송금내역은 없고, 쟁점매출액(공급대가 OOO원) 중 OOO원이 송금되었다가 같은 날 OOO원이 입금된 것으로 나타나며, 국세통합전산망에서 OOO은 2008년∼2010년 쟁점법인의 직원으로, OOO은 상기 금융거래 이후인 2011년부터 쟁점매출처 중 주식회사 OOO의 직원으로 확인된다. OOO (바) 청구인은 쟁점법인에서 근무하였던 OOO, OOO와의 통화내용(녹음일자: 2019.2.7.) 녹취록을 아래와 같이 제출하였다. OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점 매입에 대응되는 가공매출이 존재하여 이를 상계하면 쟁점법인의 실질적인 자산의 유출이 없었으므로 청구인에게 상여로 처분할 금액은 없다고 주장하나, 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 해당 법인의 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 소득세를 납부할 의무가 있다 할 것OOO인 점, 청구인은 이 사건 조사당시에는 쟁점매입세금계산서가 실물거래에 따른 정상적인 세금계산서라고 주장하다가 쟁점매입거래가 가공으로 확정되자 불복과정에서 이에 대응하는 가공매출이 존재한다고 주장하고 있는바 청구주장이 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점매입거래 외 쟁점매출거래와 상응하는 다른 매입이 있었을 가능성을 배제할 수 없는 점, 처분청이 제출한 심리자료에서 쟁점법인의 모든 매출채권과 모든 계좌를 압류한 것이 아니었던 것으로 나타나 법인자금의 인출 가능성을 배제하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분에 일견 타당한 측면이 있는 것으로 보인다. 다만, 조사청이 쟁점매입거래가 가공인지 여부만 조사·확정하였을 뿐 이에 상응하는 매출의 여부는 조사하지 않았던 점, 청구인이 제시한 거래명세표 등에 의하여 쟁점매입처에서 매입한 품목과 쟁점매출처에 매출한 품목·수량이 일치하고 2009년말 품목별 재고가 없는 것으로 나타나는 점, 쟁점법인의 전자장부 등에 2009년 제2기 쟁점매입처로부터의 매입금액 OOO원이 미지급금으로 계상되어 있고 쟁점매출금액도 외상매출금으로 계상되어 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점거래는 가공거래로 거래대금이 오고 간 사실이 없다는 청구주장이 신빙성이 있어 보이므로, 처분청이 쟁점매입·매출거래가 서로 대응되는 가공거래인지 여부를 관련된 회계처리 내용, 쟁점법인의 자금지출 내역 등을 조사하는 방법으로 재조사하여 그 결과에 따라 이 사건 종합소득세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인에 대한 이 사건조사의 결과를 청구인에게 통지한 절차상 하자로 인하여 이 사건 처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 구 국세기본법 시행령(2014.2.21., 대통령령 제25201호로 개정되기 전의 것) 제63조의 13항은 폐업한 경우를 세무조사의 결과통지의 예외로 규정하고 있고 쟁점법인은 이 사건조사 당시에 이미 폐업한 것으로 확인되는바 쟁점법인에게 세무조사결과를 통지하지 아니하였다고 하더라도 절차적인 하자가 존재하는 것으로 보기 어려운 점, 설령 세무조사결과를 통지를 하지 않아 쟁점법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 한 과세처분(법인세 경정)에 위법성이 있다고 하더라도, 쟁점법인과 무관한 청구인이 이를 다툴 당사자 적격이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
“결정내용은 붙임과 같습니다.”