내용 참조
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[주 문] OO세무서장이 2024.12.23. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 경기도 수원시 장안구 OOO에 대한 용도변경 공사를 하면서 부담한 비용과 위 토지 및 건물의 양도소득세 신고 수수료 반영 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) (쟁점토지) 청구인이 쟁점토지의 취득가액을 해석례에 따라 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고한 것은 정당하다. (가) 청구인은 2014.4.2. 청구인이 대표(목사)로 재직하고 있는 대한예수교장로회 A교회에 쟁점토지를 증여를 원인으로 소유권이전등기한 후 2015.8.24. 합의해제를 원인으로 소유권이전등기를 말소하였고, 처분청은 2018.8.1. 청구인이 소유권이전등기의 말소를 통해 쟁점토지를 반환받은 것에 대하여 증여세를 결정․고지하였다. (나) 이에 청구인은 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 청구인이 제기한 조세심판 청구사건에서, 청구인이 쟁점토지를 증여로 취득한 것이 아니라 대물변제 형식으로 취득한 것으로 결정하였다.(조심 OOO, 2019.7.30.). (다) 양도가액 및 취득가액은 판결문상의 표시금액에 불구하고 객관적으로 확인된 실지거래가액에 의하는 것인바(서면4팀-OOO, 서면4팀-OOO, 서면4팀-OOO), 청구인은 쟁점토지의 취득과 관련하여 객관적으로 확인되는 실지거래가액이 없다고 보아 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 이를 부인한 처분은 신의성실원칙에 위배되는 것이다. (라) 설령 쟁점토지에 대하여 실지취득가액을 적용한다고 하더라도 쟁점토지와 관련된 양도비 등 OOO원을 필요경비에 반영하여야 하며, 청구인은 국세기본법제48조 제1항 제2호에 따른 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’에 해당하므로 가산세(일반과소신고가산세, 납부지연가산세)를 부과할 수 없다 할 것이다.
(2) (쟁점건물) 청구인은 쟁점건물을 근린생활시설로 신축하여 사용 승인받은 후 추가로 공사를 진행하여 쟁점건물 중 일부(지상 3층～지상 5층, 이하 “노유자시설”이라 한다)를 노유자시설로 용도변경하였는데, 처분청이 노유자시설에 대한 추가공사 비용을 고려하지 않은 채 쟁점건물의 실지취득가액을 산정한 것은 타당하지 않다. (가) 청구인은 쟁점건물 신축자금의 70%(OOO원)를 B으로부터 대출받으면서 B과 쟁점건물의 1층을 임대(보증금 OOO원)하는 계약(운영권 10년 보장)을 체결하였고, 쟁점건물의 2층을 병원(치과)에 임대하면서 지급받은 보증금 OOO원(월세 OOO원)으로 쟁점건물의 신축자금(OOO원)을 조달하였다. (나) 청구인은 2018.9.18. 쟁점건물을 사용승인받은 후, 2018년 10월경 건축사 C에게 설계를 의뢰하여 2018.12.3. 경기도 수원시에 용도변경허가를 신청하고 추가공사를 진행하여 ‘병실 10실(특별침실 포함), 물리치료실, 프로그램실, 휴게실, 목욕실, 간호사실, 주방 및 식당시설, 장애인시설’ 등을 설치하였으며 2019.5.23. 노인요양복지시설로 허가받아 2019.6.21. 쟁점건물 중 노유자시설을 소재지로 하여 A노인전문요양원을 운영(사용)하였다. (다) 청구인은 쟁점건물 중 노유자시설을 현장소장 D(배우자 E)에게 의뢰하여 추가공사를 진행하였고, D는 2020년 7월경 추가공사내역(OOO원)을 작성하여 청구인에게 팩스로 전송한 사실이 있으며, 청구인의 통장을 확인하면 아래 <표2>와 같이 지출된 내역(OOO원)이 확인되므로 그 금액이 D가 확인해 준 추가공사 내역과 상당 부분 유사하여 추가공사내역은 신빙성이 높은 문서라고 할 수 있다. <표2> 추가공사와 관련된 통장 출금액 내역 (단위: 원) OOO (라) 청구인은 경기도 수원시 F장(이하 “F”이라 한다)으로부터 쟁점건물에 대한 취득세 OOO원 중 일부(OOO원) 환급받았고, F이 취득세를 환급한 것은 노유자시설에 대한감면을 규정한 지방세특례제한법제20조에 따른 것으로 청구인은 노유자시설에 대한 추가공사와 노인복지시설 설치․운영에 관한 사실을 F으로부터 확인받은 것이다. (마) 위와 같은 사정을 감안하면 청구인은 쟁점건물 신축공사 외에도 추가공사를 하여 노유자시설을 취득하였으며 공사비와 관련하여 현장소장 D로부터 확인받은 금액 및 이와 관련된 출금액이 존재함에도 처분청은 이와 같은 사실을 전혀 반영하지 않았고, 이는 소득세법제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의 2 제1항 제1호에서 규정한 ‘실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증․기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’에 해당하므로 처분청이 확인한 쟁점건물의 취득가액은 실지거래가액으로 볼 수 없어 환산취득가액으로 결정하여야 한다.
(3) (쟁점건물) 청구인에게는 쟁점건물의 실지거래가액을 확인할 수 없는 특별한 사정이 있으므로 쟁점건물에 대하여 환산취득가액을 적용하여야 한다. (가) 청구인은 노유자시설의 추가공사를 위해 2018년 11월 C 건축사에게 설계를 의뢰하였으나, 2019년 3월 C 건축사의 부득이한 사유(사망 1))로 공사 기간 중이었던 2019.4.10. G 건축사로 건축관계자를 변경하여야 하였다. (나) 또한 청구인은 공사 경험이 있었던 D에게 현장소장을 맡겨 추가공사를 진행하였고, 노유자시설이 완성된 2019.5.23. 이후 D에게 공사비내역을 여러 차례 요청하였으나 D는 이를 미루어 오다 2020년 7월경 추가공사내역(공급가액 OOO원 기재)을 팩스로 전송한 사실이 있으며, 청구인은 2022.9.5. 쟁점부동산 양도 후 양도소득세 신고를 위해 D로부터 객관적 증빙을 받으려 하였으나, 2022.4.25. D가 이미 사망하여 공사와 관련된 증빙자료를 제대로 받을 수 없는 사정이 있었다. (다) 청구인은 2024.12.23. 이 사건 처분 이후, 노유자시설에 대한 추가공사의 증빙자료를 확보하기 위해 2024.12.27. 경기도 수원시청 건축과에 정보공개를 청구하여 노유자시설에 대한 사용 허가를 받을 당시 공사계약서 및 내역서를 확인하려 했으나, 2025.1.2. 경기도 수원시청으로부터 ‘부존재 통지’(해당 정보가 생산ㆍ접수되지 않은 경우)를 받았다. (라) 이와 같은 사정들로 청구인은 2022.9.29. 쟁점부동산의 양도소득세 신고 시, 소득세법제97조 제1항에 규정한 ‘실지거래가액을 확인할 수 없는 경우’에 해당하여 환산취득가액을 적용하여 양도차익을 계산하였고, 소득세법제114조의2 제1항에 규정한 ‘신축하고 그 건물의 취득일부터 5년 이내에 해당 건물을 양도하는 경우’에 해당하여 환산취득가액 적용에 따른 가산세 OOO원을 양도소득 결정세액에 더하여 신고납부하였다. 2000.1.1. 시행 법률 제6051호 소득세법제100조(양도차익의 산정)의 개정취지는 ‘실가과세의 실효성을 확보하기 위하여 환산가액에 의해 과세할 수 있도록 하고, 취득가액의 경우는 그 가액의 파악이 용이하지 아니한 면이 있으므로 환산가액에 의해 신고 또는 결정․경정할 수 있도록 함’이라고 하고 있으므로, 청구인의 이 사건 양도소득세 신고는 개정취지에 부합한 정당한 신고이다. (마) 쟁점건물은 근린생활시설과 노유자시설인데 처분청은 근린생활시설 공사비만 취득가액으로 보았으므로 이 사건 처분은 경험칙에 비추어 보더라도 부당하다. 근린생활시설 자체를 노유자시설로 사용하는 것은 불가능하며, 노유자시설에 공사비가 발생한 것은 명백하고, 이와 관련된 공사비 등이 얼마인지 그 실지취득가액은 처분청이 입증하여야 한다. 설령 이 사건 추가공사 비용에 대한 입증책임이 청구인에게 있더라도 청구인이 확인한 금액은 적어도 OOO원이고, 이 금액은 양도 또는 사망을 예측하지 못한 상황에서 아무런 이해관계가 없는 현장소장이 생전에 확인해 준 금액이다. (바) 청구인은 현장소장이 사망하였고, 영수증을 수집ㆍ보관할 수 없었던 사정이 있었으며, 객관적인 감정도 허용되지 않아서 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 의 ‘실지거래가액의 확인을 위한 그 중요한 부분의 미비’의 사유로 환산취득가액을 적용한 것이다. 더구나 위 금액으로 양도소득세를 계산하면, 쟁점건물 취득가액은 OOO원, 양도비 등은 OOO원으로 세액은 OOO원으로 계산되는데 환산취득가액으로 계산한 OOO원보다 오히려 세금을 덜 납부하는 것으로 환산취득가액을 적용한 게 청구인에게 오히려 불리한 것이다. 그럼에도 불구하고 처분청의 주장대로 실지취득가액으로 양도소득세를 계산해야 한다면 청구인이 이 사건 추가공사 비용이 있음을 명백히 입증한 이상 처분청에 입증책임이 전혀 없다고는 할 수 없다. <표3> 쟁점건물 환산취득가액 및 실지취득가액 계산 시 비교 (단위: 원) OOO * 이 사건 양도소득세 신고 ** 쟁점토지는 이 사건 양도소득세 신고와 변동사항 없는 조건으로 계산
(1) (쟁점토지) 청구인이 대물변제로 취득한 쟁점토지의 가액은 OOO원이다. (가) 조세심판원이 2019.7.30. 결정한 조심 OOO 사건의 결정서상, 청구인은 퇴직금 중간정산으로 쟁점토지를 취득하였고 그 산정내역(아래 <표6> 참조)이 확인되므로 해당 가액을 객관적인 가액으로 볼 수 없다는 청구주장은 조세심판원의 결정 내용과 상충된다. (나) 처분청은 쟁점부동산에 대해 실지취득가액으로 경정하면서 중개비 등을 양도비용으로 추인하여 양도소득세를 경정하였고, ‘가산세 감면의 정당한 사유’란 관련 법령에 따라 천재지변 등 이에 준하는 사유로 납세자가 세법에 따른 의무를 이행하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는 경우 또는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 것에 고의나 중과실이 없는 경우로 엄격하게 제한하고 있는바, 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고시 장부 등에 의하여 쟁점건물 및 쟁점부동산의 실제 취득가액이 확인됨에도 환산취득가액을 적용하였으므로 이는 가산세 감면에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.
(2) (쟁점건물) 청구인이 취득한 쟁점건물의 가액은 OOO이다. (가) 처분청은 감사청이 실시한 감사기간 중 F으로부터 공사계약서를 수집하였고, 청구인은 처분청이 수집한 공사계약의 내용과 같이 세금계산서를 수취하였다. 처분청은 위 사실을 확인하여 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원으로 보았다. (나) 쟁점건물은 2018.9.18. 근린생활시설로 사용승인되었고, 쟁점건물 중 지상 3층부터 지상 5층(노유자시설)까지는 2019.5.23. 노유자시설로 용도 변경되었으나, 위 용도변경에 관련된 비용(취․등록세 납부내역 OOO원 및 중개수수료, 과세전적부심사에서 반영됨) 등은 쟁점건물 신축 이후의 자본적 지출에 해당함에도 청구인은 노유자시설에 대한 적격증빙을 수취한 사실이 없고 공사관련자의 사망을 이유로 현금인출내역 외 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있으며, 이에 대한 입증책임은 청구인에게 있음에도 오히려 청구인은 처분청에서 이를 밝혀야 한다는 근거 없는 주장을 하고 있다.
① 쟁점토지의 환산취득가액을 부인하고 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
② (예비적 청구) 쟁점토지에 대하여 실지취득가액을 적용한다고 하더라도 양도비용 등을 필요경비에 반영하여야 한다는 청구주장의 당부
③ (예비적 청구) 쟁점토지를 환산취득가액으로 신고한 것에 대하여 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
④ 쟁점건물의 신축공사비용만을 실지거래가액으로 하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
(1) 쟁점부동산에 대한 내용은 아래와 같다. (가) 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 처분청에 신고한 양도소득세 계산 내역과 처분청이 고지한 양도소득세 경정내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고 및 경정내역 (단위: 원) OOO * 소득세법제114조의2에 따라 환산취득가액 적용에 따른 가산세 (나) 쟁점건물의 건축물대장에 따르면, 쟁점 건물은 주식회사 H(이하 “H”라 한다)가 시공하여 2018.9.18. 지하 2층부터 지하 1층까지 주차장, 지상 1층부터 5층까지 근린생활시설로 사용승인 받았고, 2019.5.23. 3층부터 5층까지 노유자시설로 용도변경되었다. (다) 청구인의 사업자등록내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인의 사업자등록내역 OOO
(2) 쟁점토지에 대한 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점토지의 등기사항 전부 증명서에 따르면, 청구인은 2005.8.31. 쟁점토지를 매매로 취득하였다가 2014.4.2. 대한예수교장로회 A교회에 증여하여 쟁점토지의 소유권은 위 교회로 이전등기되었고, 위 소유권 이전등기는 2015.8.24. 합의해제를 원인으로 말소되었다. (나) 처분청은 청구인이 위 소유권이전등기 말소를 통해 쟁점토지를 반환받은 것에 대하여 증여세를 결정․고지하였고, 이에 청구인이 제기한 심판청구에서 우리 원은 청구인이 쟁점토지를 증여로 취득한 것이 아니라 대물변제형식으로 취득한 것으로 결정(조심 OOO, 2019.7.30.)하였으며, 그 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점토지에 대한 조세심판결정서 내용 OOO (다) 청구인은 쟁점토지의 실지거래가액이 불분명하여 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하면서 국세청이 해석한 사례(서면인터넷방문상담4팀-OOO, 2006.3.3., 서면인터넷방문상담4팀-OOO, 2004.10.15., 서면인터넷방문상담4팀-OOO, 2004.11.19.)를 제시하였다. (라) 청구인은 쟁점토지에 대한 양도비용 OOO원을 필요경비로 반영하여야 한다고 주장(예비적)하면서, 아래 <표7>과 같은 현금영수증을 제출하였고, 처분청은 쟁점부동산의 중개비용을 이미 양도비용으로 반영하여 이 건 양도소득세를 경정하였다는 의견이다. <표7> 청구인이 제출한 양도비용에 대한 증빙 OOO
(3) 쟁점건물 신축에 대한 내용은 아래와 같다. (가) 처분청은 ‘청구인이 쟁점건물에 대한 취득세등을 신고할 때 F에 제출한 자료’와 ‘청구인이 수취한 세금계산서 내역’, ‘청구인의 계좌내역’ 등을 근거로 쟁점건물의 신축가액(실지거래가액)을 아래 <표8>과 같이 OOO원으로 보았다. <표8> 쟁점건물 신축관련 공사비용 (단위: 원) OOO * F은 처분청의 요청에 따라 쟁점건물의 취득세 과세표준 산출근거 및 관련증빙을 제출함 **청구인의 계좌(신협 OOO)에서 2010.1.1.부터 2018.9.5.까지의 거래내역 (나) 처분청은 청구인이 부동산임대업과 관련하여 작성한 재무상태표를 제출하였고, 그 장부가액(2021.12.31. 기준, OOO원)과 ‘처분청이 경정한 쟁점건물의 신축비용’이 유사하여 쟁점건물의 신축비용(OOO원)을 실지거래가액으로 반영하여야 한다는 의견이다. (다) 청구인은 쟁점건물(근린생활시설) 신축 후 추가공사를 통하여 노유자시설을 용도 변경하였는데 특별한 사정으로 인해 추가공사에 대한 적격증빙을 수취하지 못하였고, 추가공사에 대한 비용을 반영하지 않아 쟁점건물의 실지거래가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.
1. 청구인은 아래 <표9>와 같이 쟁점건물의 신축자금을 조달하였다고 주장하면서 그 증빙을 제출하였다. <표9> 쟁점건물 신축자금 조달내역 (단위: 원) OOO
2. 청구인은 쟁점건물을 근린생활시설로 사용승인받은 후 쟁점건물 중 3층～5층을 노유자시설로 용도변경하기 위해 추가로 공사를 진행하였고 그 근거자료로 아래 <표10>과 같은 증빙을 제출하였으며, 그 중 현장소장이 진행한 추가 공사내역에 대한 증빙은 현장소장 의 사망으로 인하여 수취하지 못하였고, 해당 가액이 불분명함에도 처분청이 그 금액을 반영하지 않고 산정한 쟁점건물의 신축가액은 실지거래가액에 해당하지 않으므로 쟁점건물에 대하여 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장한다. <표10> 추가 공사(용도변경)과 관련하여 청구인이 제출한 서류 OOO 청구인은 A노인전문요양원이 노인장기요양보험법에 따라 장기요양기관으로 지정되어 소득세법에 따라 사업소득에서 제외되므로 용도변경에 따른 추가 공사비용을 장부에 작성하지 않았다고 함 <표11> 용도변경 전․후 평면설계도(발췌) OOO <표12> 추가공사내역 OOO <표13> 추가공사 대금과 관련한 계좌정리내역 (단위: 원) OOO <표14> 계좌상세내역 (단위: 원) OOO 청구인 계좌번호: 1번～49번 농협 OOO/ 50번 농협 OOO/ 51번～127번 농협 OOO/ 128번～212번 B OOO/ 213번～220번 북수원 OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 ‘쟁점토지를 취득하고 처분청으로부터 증여세가 부과된 사건’에 대한 조세심판원 결정서상 쟁점토지는 대물변제의 형식으로 취득한 것일 뿐 해당 가액이 객관적으로 확인된 것이 아니라고 주장하나, 청구인이 쟁점토지를 취득하고 위 취득에 대하여 처분청이 증여세를 부과한바, 위 부과처분에 대하여 청구인이 우리 원에 제기한 심판청구에 대한 결정서상 청구인은 쟁점토지를 퇴직금 중간정산의 명목으로 대한예수교장로회 A교회로부터 환원받아 취득한 것으로 보이고 그 금액의 산정내역이 구체적으로 나타나므로 해당 가액을 실지취득가액으로 보는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 양도소득세 경정․고지시 취․등록세 및 중개수수료 등을 양도비용으로 반영하였다는 의견이나, 청구인이 양도소득세 신고 수수료라고 주장하며 제출한 증빙은 2022.9.27. 및 2022.11.8. 이 건 심판청구 대리인이 발급한 현금영수증으로 쟁점부동산의 양도소득세 신고(2022.9.29.)와 관련된 수수료로 보이는 점, 처분청이 실지취득가액으로 경정․고지한 이 건 양도소득세를 계산할 때 위 가액을 양도비용으로 반영하였는지 불분명한 점 등에 비추어 처분청은 양도비용을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 국세청의 해석례에 따라 쟁점토지를 환산취득가액으로 신고하였으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인이 제출한 해석례는 다른 납세자가 상담한 국세청의 상담사례로 국세기본법제48조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항에 따른 가산세 감면대상으로 보기는 어려운 점, 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 당시 ‘쟁점토지를 퇴직금 중간정산 명목으로 환원받아 취득’한 것을 알고 있었을 것으로 보이는바, 청구인에게 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고의무를 탓할 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 용도변경한 노유자시설에 대한 추가공사비용이 쟁점건물의 실지취득가액에 반영되지 않아 그 가액이 불분명하므로 쟁점건물에 대하여 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 양도소득세 신고시 취득가액은 실지거래가액을 원칙으로 하되 예외적으로 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 환산취득가액을 적용할 수 있는 것으로, 청구인 스스로 지방자치단체장에게 제출한 쟁점건물 공사 관련 계약서, 매입세금계산서 수취 내역 등이 취득세 관련 공문과 그 첨부서류 등으로 대부분 확인된 것으로 조사된 바, 위 자료들의 신빙성을 쉽사리 부인하거나 쟁점건물의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 단정하기 어려워 보이는 점, 노유자시설은 쟁점건물을 근린생활시설로 사용승인받은 후 용도변경된 바, 그 추가공사비용은 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용 편의를 위하여 지출한 비용으로서 소득세법제97조 제1항 제1호의 취득가액이 아니라 제2호의 자본적 지출에 해당한다고 보아야 하고, 취득가액에 포함되는 일부 비용이 확인되지 않는다하여 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다만, 위 <표10>을 보면 청구인이 쟁점건물을 신축하여 사용승인받은 후 쟁점건물 중 3～5층을 노유자시설로 용도변경한 사실이 확인되는 점, 청구인은 이 건 심판청구에서 노유자시설에 대한 추가공사와 관련된 대금지급 등의 자료를 제출하였는데 그 내역이 신빙성 있어 보이는 반면, 처분청은 이를 구체적으로 검토한 사실이 없어 보이는 점 등에 비추어 청구인이 추가로 제출한 증빙을 토대로 노유자시설에 대한 추가 공사비용(자본적 지출)을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 대리인이 지역 건축사에게 문의한바 당시 돌연 사망한 것이라 전해 들었다고 함
결정 내용은 붙임과 같습니다.