청구인이 쟁점토지를 공장용지로 개발하면서 우수관, 오폐수관, 수도관 등 기반시설 공사를 한 것으로 보이는 점, 청구인의 쟁점토지에 대한 취득세 등이 납부된 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 청구인의 쟁점토지에 대한 소득세법제97조 제1항 제2호에서 규정한 자본적 지출액 및 취득세 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 청구인이 부담한 것으로 확인되는 금액을 필요경비에 산입하여 각 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
청구인이 쟁점토지를 공장용지로 개발하면서 우수관, 오폐수관, 수도관 등 기반시설 공사를 한 것으로 보이는 점, 청구인의 쟁점토지에 대한 취득세 등이 납부된 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 청구인의 쟁점토지에 대한 소득세법제97조 제1항 제2호에서 규정한 자본적 지출액 및 취득세 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 청구인이 부담한 것으로 확인되는 금액을 필요경비에 산입하여 각 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2019.10.8. 청구인에게 한 2017년 귀속 종합소득세 OOO의 부과처분은 청구인이 OOO 외 15명과 함께 취득한 OOO 외 6필지 합계 73,790㎡에 대한 청구인의 자본적 지출액 및 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 쟁점토지를 2003년 10월경 매수한 뒤 2017년경 양도할 때까지 사업용으로 사용하고자 염전인 쟁점토지를 매립하는 등 실질적인 토목공사를 계속하여 진행하였는바, 쟁점토지는 소득세법제104조의3 제2항에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다. (가) 소득세법제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호에서는 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령으로 정하는 기간동안 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 규정하고 있고, 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제5호에서는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지의 경우 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행중인 토지는 그 기간동안 부득이한 사유에 해당하는 것으로 본다고 규정하고 있다. (나) 대법원은 ‘실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다’고 판결(대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결)하였고, 조세심판원은 ‘비사업용 토지 판정시 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있다’라고 판단(조심 2011중1240, 2012.4.25.)하였는바, 대법원 판례 및 조세심판원의 선결정례의 취지를 고려할 때 토지를 취득하자마자 즉시 사용할 수 없는 현실적인 제약이 있는 경우 이를 포함하여 실질적인 토목공사를 개시한 때를 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제5호의 ‘건설에 착공’한 시점으로 보아야 한다. (다) 청구인은 쟁점토지 취득과 동시에 건물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 토지 형질변경 등 실질적인 토목공사를 시작하였고, 쟁점토지를 양도할 때까지 쟁점토지상에 건물 신축을 위한 공사를 계속하여 진행하였다.
1. 청구인과 공동취득자는 토지거래허가구역 내 폐염전인 관계토지를 복토하는 조건으로 OOO시장으로부터 토지거래허가를 받아 관계토지를 취득하였고, 2004.4.25. 공동취득자와 청구인은 공동사업계약(이하 “쟁점공동사업계약”이라 한다)을 체결하여 관계토지에 도로개설 및 하수도 매설 등을 공동으로 수행하고 비용을 토지 소유면적에 따라 부담하기로 약정하였으며, 이후 청구인은 쟁점공동사업계약에 따라 2004.10.5. 청구인의 부담분에 대한 폐염전 매립공사 도급계약을 체결하고 쟁점토지에 대한 성토공사를 시작하였다.
2. 청구인은 2006.7.10. OOO시장으로부터 소매점 건축허가를 받아 2007.3.15. 소매점 건축을 위해 기원서와 도급계약을 체결하여 공사를 진행하였고, 2007.10.21. 소매점 건축 착공신고를 하였다.
3. 청구인은 당초 쟁점토지 취득의 목적인 공장용지 조성을 위해 2008.3.5. 기원서와 도로공사 계약을 체결하였고, 2010.4.12. OOO시장에 도로개설 개발행위 허가를 받았으며, 2013.1.29. 쟁점토지상에 도로를 개설하여 OOO시장에게 기부채납하였다.
4. 또한 청구인은 2011.3.31. 쟁점토지상에 건축물 터파기공사를 진행하였으나 인근 주민들의 민원으로 공사가 중단된 가운데 쟁점토지를 2017년 양도하였다. (라) 따라서 쟁점토지는 소득세법 시행령제168조의6 제1호의 각 목에 따른 기간기준에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는 토지라고 볼 수 있다.
1. 청구인은 쟁점토지 취득과 동시에 성토공사를 진행하였고, 쟁점토지상 터파기공사 중 인근 주민의 민원으로 건설이 중단된 상황에서 쟁점토지를 양도하였는바, 쟁점토지는 쟁점토지 취득일부터 양도일까지 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제5호에 따라 건설에 착공한 토지에 해당하였으므로 소득세법 시행령제168조의6 제1호의 각 목에 따른 기간기준에 따라 비사업용 토지에 해당되지 않는 토지에 해당한다.
2. 민원으로 인한 공사 중단기간을 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제5호 단서의 ‘부득이한 사유’에 해당하지 않는 것으로 보아도 쟁점토지는 취득일인 2003.10.20.부터 도로준공일인 2013.1.14.까지 기간동안 건설에 착공한 토지에 해당하고 청구인의 전체 쟁점토지 보유기간(170개월) 중 60% 이상(111개월, 약 65%)을 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 볼 수 있어 쟁점토지는 소득세법 시행령제168조의6 제1호의 다목에 따른 기간기준에 따라 비사업용 토지에 해당되지 않는 토지에 해당한다.
(2) 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다 하더라도 청구인은 아래 <표2>와 같이 쟁점토지에 각종 인․허가비용 및 공사비용을 지출하였으므로 이를 필요경비로 인정하여야 한다. OOO (가) 청구인은 관계토지가 토지거래허가구역 내 토지에 해당하여 2003.7.12. 시화공인중개사사무소의 기광서와 관계토지의 토지거래허가 및 쟁점토지로 분할하여 개인등기에 이르는 컨설팅에 관한 계약을 체결하고 OOO(이하 “쟁점①비용”이라 한다)을 지급하였다. 위 컨설팅 계약의 주요 내용은 토지거래허가에 필요한 자문비용, 공동취득자와 공동취득하는 관계토지의 취․등록세, 지적설계비용, 지적분할 대행비용, 측량비용 및 공유물분할등기 비용 등을 대납하는 것이고, 컨설팅 결과 청구인은 2003.8.28. 관계토지에 대한 토지거래허가를 받아 공동취득자와 관계토지를 취득하였으며, 이후 관계토지를 분할하여 쟁점토지를 취득하였는바, 쟁점①비용을 필요경비로 인정받아야 한다. (나) 청구인은 쟁점토지의 매립을 위해 2004.10.5. 기원서와 도급금액 OOO(이하 “쟁점②비용”이라 한다)의 매립공사 도급계약을 체결하였고, 폐염전인 쟁점토지를 매립하여 공장용지로 조성하고자 하였다. 이와 관련하여 청구인은 2006.10.27. OOO법원으로부터 쟁점토지에 대하여 2003.8.28.부터 2006.3.9.까지 OOO시장의 허가를 받지 아니하고 성토하여 토지형질을 변경한 사실에 관하여 벌금 OOO의 약식명령을 받았는바, 쟁점토지상에 매립공사가 이루어진 사실이 증명된다. 따라서 쟁점토지 매립공사 도급비용인 쟁점②비용을 필요경비로 인정받아야 한다. (다) 청구인은 쟁점토지를 추가적으로 성토하고 축대공사를 진행하기 위해 2007.3.15. 기원서와 도급금액 OOO(이하 “쟁점③비용”이라 한다)의 도급계약을 체결하였고, 쟁점토지의 경계측량 후 축대공사를 진행하여 쟁점토지의 부지를 정리한 뒤 소매점을 건축하고자 하였다. 따라서 쟁점토지 부지정리비용인 쟁점③비용을 필요경비로 인정받아야 한다. (라) 청구인과 공동취득자는 2008.6.30. 쟁점공동사업계약의 일환으로 관계토지의 공장용지개발허가를 위해 신성토목측량설계 OOO과 용역비용 OOO의 공장허가 대행용역 계약을 체결하였고, 관계토지에 대한 공장용지개발허가를 받았다. 청구인과 공동취득자가 지출한 용역비용 OOO 중 청구인 부담분 OOO(이하 “쟁점④비용”이라 한다)은 쟁점토지에 공장용지개발허가를 받기 위하여 지출한 용역비용으로서 필요경비에 해당한다. (마) OOO시장은 공장건축 허가를 위해 쟁점토지상에 도로 및 우수관 등을 설치하라고 요구하였고, 청구인은 OOO시장의 요구에 따라 도로 및 우수관 등 공장용지 기반시설 공사를 위해 2008.3.5. 기원서와 도급금액 OOO(이하 “쟁점⑤비용”이라 한다)의 도로공사 도급계약을 체결하고 쟁점토지상에 도로를 건설하였는바, 쟁점⑤비용을 필요경비로 인정받아야 한다. (바) 관계토지에 공장설립허가를 획득하기 위해서는 사전환경성검토가 필요하여 청구인과 공동취득자는 2010.8.10. OOO와 공장부지 조성사업에 따른 사전환경성검토 용역을 위한 기술용역계약(계약비용 OOO)을 체결하여 사전환경성검토를 진행하였다. 청구인과 공동취득자는 2011.8.16. 사전환경성검토를 거쳐 관계토지에 대한 공장설립등의 승인을 받았는바, OOO은 관계토지의 필요경비이고, 이 중 청구인 부담분 OOO(이하 “쟁점⑥비용”이라 한다)을 쟁점토지와 관련된 필요경비로 인정받아야 한다. (사) 청구인은 2011.3.31. OOO와 근린시설 건축공사도급계약을 체결하여 계약금 OOO을 지급하고 전자세금계산서(공급가액 OOO)를 발급받았고, 2011.4.9. 잔금 OOO을 OOO에 지급하고 전자세금계산서(공급가액 OOO)를 발급받았다. 따라서 청구인이 OOO에 지급한 건축공사비 OOO(이하 “쟁점⑦비용”이라 하고, 쟁점①․②․③․④․⑤․⑥비용과 합하여 이하 “쟁점비용”이라 한다)을 필요경비로 인정받아야 한다. (아) 공동취득자 중 OOO가 쟁점②․③․⑤비용 중 OOO을 청구인 대신 지출하였고, 이후 2017.4.3. 청구인은 OOO에게 쟁점②․③․⑤비용을 OOO가 대납한 대가로 OOO을 수표로 지급하였는바, 쟁점②․③․⑤비용을 청구인이 실제 지출한 것으로 볼 수 있어 해당 비용도 필요경비로 인정받아야 한다.
(1) 청구인은 쟁점토지가 건설에 착공한 토지에 해당한다는 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하였으므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 판단한 처분청의 이 건 과세처분은 정당하다. (가) 소득세법제104조의3 제1항 제4호 나목은 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 대하여 지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상을 제외한 토지를 비사업용 토지로 본다고 규정하고 있다. 쟁점토지 관할 지방자치단체장인 OOO시장은 2009년부터 2017년까지 쟁점토지 전체를 종합합산대상토지로 과세하였는바, 쟁점토지는 해당기간동안 비사업용 토지에 해당하였다고 볼 수 있고, 소득세법 시행령제168조의6 제1호 각 목의 기간기준에 모두 해당하여 비사업용 토지에 해당한다. (나) 청구인은 쟁점토지를 취득하여 건설 공사에 착공하였으므로 소득세법 시행규칙제83조의5 제1항 제5호에 해당하여 비사업용 토지에 해당한다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.
1. 청구인이 제출한 계약서, 사실확인서만으로 쟁점토지가 건설에 착공한 토지에 해당하였다는 청구인의 주장을 인정하기 어렵고, 실제 공사를 진행하였다고 인정하여도 쟁점토지에 대한 복토 및 도로공사 등은 단지 건축물 건설을 위한 준비작업에 해당하여 토지에서 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우인 착공이 있었다고 볼 수 없다.
2. 청구인으로부터 쟁점토지를 매수한 매수인은 쟁점토지를 현 소유주에게 양도하고 쟁점토지를 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세관청에 양도소득세를 신고하였고, 쟁점토지의 현 소유주인 OOO는 2019.6.10. 쟁점토지상에 건축물을 착공한 것으로 확인된다.
3. 청구인이 쟁점토지를 소유하던 기간동안의 위성사진상 쟁점토지는 건축물이 착공되지 않은 채 나대지로 방치된 것으로 확인되어 건축물 건설을 위한 착공 사실이 확인되지 않는다.
4. 또한 청구인은 2007년 부동산매매업(과세사업자)으로 사업자등록을 하였으나 2011년 6월경 폐업신고후 2011년 7월경 재차 부동산매매업(면세사업자)으로 사업자등록을 하였는바, 청구인의 주장대로 건축을 착공하여 건축물을 매매하고자 하였다면 과세사업자로 사업자등록을 하여야 하였음에도 면세사업자로 다시 사업자등록을 한 사실을 통해 청구인은 토지만을 매매하고자 하였음을 확인할 수 있다.
(2) 청구인은 쟁점비용을 쟁점토지와 관련된 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 당초 필요한 장부와 증빙서류가 미비하다는 사유로 단순경비율을 적용하여 2017년 귀속 종합소득세를 신고하였음에도 이 건 심판청구시 쟁점비용과 관련된 증빙자료를 제출하며 이를 필요경비로 인정해달라고 모순된 주장을 하는 점, 당초 이의신청 당시 제출하지 못하던 쟁점비용 관련 증빙자료를 심판청구시 제출하였는바, 해당 증빙자료가 사후에 작성되었다고 볼 수 있어 이를 신뢰할 수 있는 자료로 보기 어려운 점, 청구인이 지출하였다고 주장하는 쟁점비용과 관련된 객관적인 금융거래 증빙자료를 제출하지 못하는 점, 쟁점공동사업계약에 따라 공동취득자와 쟁점비용과 관련된 비용을 공동으로 지출하였다고 주장하나 이와 관련된 구체적인 비용 지출 정산내역을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.
① 쟁점토지를 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
② 청구인이 주장하는 필요경비를 인정할 수 있는지 여부
(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.
③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례) ① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제4호ㆍ제8호ㆍ제10호 또는 같은 조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.
2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액
② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부) ① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.
② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.
③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.
④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 OOO 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. 제160조(장부의 비치ㆍ기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.
② 업종ㆍ규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자가 대통령령으로 정하는 간편장부(이하 "간편장부"라 한다)를 갖춰 놓고 그 사업에 관한 거래 사실을 성실히 기재한 경우에는 제1항에 따른 장부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.
③ 제2항에 따른 대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자는 "간편장부대상자"라 하고, 간편장부대상자 외의 사업자는 "복식부기의무자"라 한다. (2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것) 제55조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.
2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다. 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구
5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례) ① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다.
② 법 제64조 제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.
1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비
2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액
3. 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 제143조(추계결정 및 경정) ③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다. 1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법
④ 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "단순경비율 적용대상자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다.
2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.
3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의2. 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의3. 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)
4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제168조의6(비사업용토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 제176조의2(추계결정 및 경정) ② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액 제208조(장부의 비치ㆍ기록) ⑤ 법 제160조 제2항 및 제3항에서 "대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제7호 에 따른 사업자는 제외한다.
2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.
1. 하천법ㆍ댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용
2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용
3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비
4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액
6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용 제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
(1) 청구인이 쟁점토지를 취득하여 양도한 것과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구인과 공동취득자는 2003.10.20. 취득가액 OOO으로 아래 <표3>과 같이 관계토지를 취득하였다. OOO (나) 이후 청구인은 <별지> 기재와 같이 관계토지를 분할하여 쟁점토지를 보유하였고, 2017년 중 다음과 같이 3차례에 걸쳐 쟁점토지를 타인에게 양도하였다.
1. 청구인은 2017.4.3. 쟁점토지 중 경OOO외 4필지를 양도가액 OOO으로 양도하였다. OOO
2. 청구인은 2017.6.13. 쟁점토지 중 OOO 제방 17㎡ 중 청구인 지분 43분의 2를 양도가액 OOO으로 양도하였다.
3. 청구인은 2017.12.28. 쟁점토지 중 OOO외 5필지를 양도가액 OOO으로 양도하였다. OOO
(2) 청구인이 쟁점토지를 취득하여 공사를 진행하였다고 주장하며 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인과 공동취득자는 아래 <표4>와 같이 2004.4.25. 관계토지를 공장용지로 조성하는 공동사업을 추진하는 쟁점공동사업계약을 체결하였다. OOO (나) 청구인은 아래 <표5>와 같이 기원서OOO와 쟁점토지 매립공사 도급계약을 체결하고 매립공사를 진행하였고, 매립공사와 관련하여 OOO지방법원은 2006.10.27. 청구인이 OOO시장의 허가를 받지 않고 위 매립공사를 진행하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률위반한 것으로 보아 약식명령(2006고약31390, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률위반)으로 청구인에게 벌금 OOO을 부과하였다. OOO (다) 청구인은 쟁점토지에 대한 매립공사 이후 OOO시장에게 쟁점토지상에 제1종 근린생활시설(소매점)을 건축하는 건축허가를 신청하여 2006.7.10. OOO시장으로부터 건축허가를 받았고, 2007.3.15. 아래 <표6>과 같이 기원서OOO와 제1종 근린생활시설 공사를 위한 부지정리 공사 도급계약을 체결하였으며, 부지정리 공사 이후 제1종 근린생활시설을 건축하고자 OOO시장에게 2007.10.21. 착공신고(신고수리일 2007.10.26.)를 하였다. OOO (라) 이후 청구인과 공동취득자는 아래 <표7>과 같이 2008.6.30. OOO와 관계토지를 공장용지로 개발하기 위한 도급계약을 체결하였다. OOO (마) 한편 청구인은 아래 <표8>과 같이 2008.3.5. OOO와 쟁점토지상에 도로를 건설하는 도급계약을 체결하였고, OOO는 2009.10.28. OOO 주식회사와 관계토지 전체에 대한 도로 및 기반시설공사 도급계약을 체결하여 도로를 건설하였으며, 2013.1.14. 도로공사 준공하여 OOO시장에게 이를 기부채납하였다. OOO (바) OOO는 2010.4.12. OOO시장으로부터 관계토지 중 일부 구역에 대한 진입도로 부지조성 개발행위 허가를 득하였다. (사) 청구인과 공동사업계약을 체결한 공동취득자는 2010.8.10. 아래 <표10>과 같이 관계토지에 대한 사전환경성검토 용역계약을 체결하였다. OOO (아) 이후 청구인은 2011.3.31. 아래 <표11>과 같이 쟁점토지상에 건축물 터파기 공사를 진행하기 위하여 OOO와 건축공사 도급계약을 체결하였고, 공사 도중 쟁점토지 인근 주민의 민원으로 공사가 중단되었다고 주장하였으며, 청구인의 주장과 관련하여 OOO가 발급한 세금계산서 및 OOO이 작성한 사실확인서를 제출하였다. OOO
(3) 처분청은 쟁점토지가 건설에 착공된 토지에 해당하지 아니한다고 주장하며 다음과 같이 자료를 제출하였다. (가) 쟁점토지는 2004∼2008년 기간동안 종합합산대상토지 및 분리과세대상토지로 재산세가 과세되었고, 2009년 이후 쟁점토지를 양도할 때까지 종합합산대상토지로 재산세가 과세되었는바, 소득세법제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 종합합산대상토지인 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하며, 2004∼2008년 기간동안 쟁점토지 중 일부 필지가 분리과세대상토지에 해당하였다고 하여도 그 기간이 소득세법 시행령제168조의6 제1호 각 목에 해당하므로 비사업용 토지에 해당한다. (나) 2017년 쟁점토지 중 일부 필지OOO를 청구인으로부터 매수한 두병관은 2018.10.10. 위 토지를 양도하고 과세관청에 해당 토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 관련 양도소득세를 신고한 것으로 확인되었다. (다) 2010∼2017년 기간동안 쟁점토지 항공사진상 쟁점토지가 건설에 착공된 사실이 없는 것으로 확인되었고, 또한 2017년경 청구인으로부터 쟁점토지 중 일부 필지를 매수한 OOO가 쟁점토지상에 2019.6.10. 자원순환관련시설을 착공하여 2020.2.17. 사용승인을 받은 것으로 확인되었으므로 실제 쟁점토지상에 건설이 착공된 것은 청구인이 쟁점토지를 양도한 2017년 이후라고 볼 수 있다. (라) 청구인의 주장대로 건설에 착공하여 건축물을 매매하고자 하였다면 청구인은 과세사업자로 사업자등록을 하였어야 하나, 2007.12.1. 부동산매매업(과세사업자)으로 사업자등록을 하였다가 2011.6.28. 폐업신고를 하였고, 2011.7.1. 공장용지매매업(면세사업자)으로 다시 사업자등록을 하였으므로 이는 청구인이 건축물을 제외하고 토지만을 매매하고자 하였음을 인정한 것이라고 볼 수 있다.
(4) 청구인은 쟁점비용을 필요경비로 인정받아야 한다고 주장하며 관련 증빙자료를 다음과 같이 제출하였다. (가) 청구인은 2003.7.12. 아래 <표14>와 같이 OOO와 관계토지에 대한 토지거래허가 및 분할과 관련된 컨설팅 계약을 체결하였고, 관계토지를 취득하고 취득과 관련된 지방세(취득세 및 등록세)를 납부하는 등 실제 쟁점①비용을 지출하였으므로 이를 필요경비로 인정받아야 한다고 주장하며 OOO와 체결한 <표14>의 컨설팅 계약서 및 지방세 납부확인서(청구인 및 공동취득자 납부세액 OOO, 납부일자 2003.10.14. 및 2003.11.27.)를 제출하였다. OOO (나) 청구인은 쟁점토지에 대한 매립공사를 진행하여 쟁점②비용을 지출하였다고 주장하며 아래 <표15>와 같이 OOO에게 매립공사용 재활용골재를 공급하였다고 주장하는 OOO 대표이사가 작성한 거래사실확인서와 아래 <표16>과 같이 OOO가 건축설계를 위탁한 OOO가 작성한 사실확인서를 제출하였다. OOO (다) 청구인은 쟁점③비용과 관련하여 쟁점토지상 소매점 건축을 위한 부지정리 공사비용을 <표6>의 도급계약서에 따라 OOO에게 지급하였으므로 쟁점③비용을 필요경비로 인정받아야 한다고 주장하였다. (라) 청구인은 OOO외 15인이 OOO와 체결한 <표7>의 공장용지 개발 도급계약에 따라 OOO가 OOO에게 OOO을 지급하였으므로 관계토지 중 쟁점토지 비율(관계토지 21,695평 중 쟁점토지 1,000평)에 따라 계산한 쟁점④비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하였고, OOO의 금융거래 증빙내역OOO을 제출하였다. (마) 청구인은 <표8>의 도로공사 계약에 따라 OOO에게 쟁점⑤비용을 지급하였고, 도로공사를 준공하여 OOO시장에게 도로를 기부채납하였으므로 쟁점⑤비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하였다. (바) 청구인은 OOO가 <표10>의 기술용역계약에 따라 OOO에게 OOO을 지급하였고, 관계토지 중 쟁점토지 비율(관계토지 21,695평 중 쟁점토지 1,000평)에 따라 계산한 쟁점⑥비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하였다. (사) 청구인은 쟁점⑦비용과 관련하여 <표11>의 건축공사 도급계약에 따라 OOO에게 계약금 OOO 지급하였고, 쟁점⑦비용과 관련하여 <표13>과 같이 OOO로부터 세금계산서를 수취하였으므로 쟁점⑦비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하였다. (아) <표4>의 공동사업계약을 체결한 OOO가 청구인을 대신하여 쟁점비용 중 쟁점②․③․⑤비용을 지출하였고, 이후 청구인은 2017.4.3. 쟁점②․③․⑤비용 대납금액 및 이자 등을 포함한 OOO을 OOO에게 수표로 지급하였으므로 쟁점②․③․⑤비용도 필요경비로 인정받아야 한다고 주장하였다.
(5) 처분청은 쟁점비용과 관련된 청구인의 주장을 다음과 같이 반박하였다. (가) 쟁점①비용을 수취한 기광서는 공동취득자 중 기윤서의 친인척으로 2008년까지 간이과세자를 유지한 사업자로서 <표14>의 컨설팅 계약을 체결하기에 적합한 사업자로 보기 어렵고, 청구인은 당초 조사 당시 처분청의 자료제출 요구에도 쟁점①비용과 관련된 자료를 제출하지 아니하다가 이의신청시 <표14>의 컨설팅 계약서를 제출하였으므로 동 계약서를 사후적으로 작성된 것으로 볼 수 있어 객관적인 증빙자료로서 신뢰하기 어렵다. (나) 쟁점토지에 대한 매립공사, 부지정리공사 및 도로공사를 진행하였다고 주장하는 기원서는 공동취득자 중 기윤서의 친인척인 점, 청구인은 당초 조사 당시 처분청의 자료제출 요구에도 제출하지 아니하다가 이의신청 단계에서 <표5>․<표6>․<표8>의 계약서를 제출하였으므로 이를 객관적인 증빙자료로서 신뢰하기 어려운 점, 쟁점②․③․⑤비용 지출과 관련된 객관적인 금융증빙내역을 제출하지 못한 점, 한일중기는 2002.12.31. 폐업한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 쟁점②․③․⑤비용을 필요경비로 인정해달라는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. (다) 청구인은 OOO가 <표7>의 공장용지 개발 도급계약에 따라 OOO을 지출하였으므로 관계토지 중 쟁점토지의 비율에 따라 계산한 쟁점④비용을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 공동취득자인 OOO와 청구인간의 관련 비용을 정산한 상세 내역을 제출하지 못한 점, 청구인이 공동취득자 중 1인인 OOO에게 2017년 4월경 쟁점④비용과 관련한 금액을 지급하였다는 사실만으로는 실제 관련 비용을 정산한 것인지 불분명한 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. (라) 쟁점⑥비용과 관련하여 청구인은 당초 조사 당시 처분청의 자료제출 요구에도 제출하지 아니하다가 이 건 심판청구시 <표10>의 기술용역계약서를 제출하였으므로 해당 계약서를 신뢰하기 어려운 점, 공동취득자 중 OOO가 <표10>의 기술용역계약서의 계약의 당사자로 확인되고 실제 청구인이 주장하는 쟁점⑥비용을 OOO에게 지급한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. (마) 한편 처분청은 <표13>의 세금계산서에 따라 쟁점⑦비용을 필요경비에 산입하여 이 건 종합소득세 부과처분 중 일부 금액을 직권감액경정하였다. (바) 청구인은 OOO가 청구인을 대신하여 쟁점비용 중 쟁점②․③․⑤비용을 지출하였고, 이후 2017.4.3. 쟁점②․③․⑤비용과 관련된 금액 및 이자 등을 포함한 OOO을 OOO에게 수표로 지급하였으므로 쟁점②․③․⑤비용도 필요경비로 인정받아야 한다고 주장하였으나, 공동사업계약을 체결한 공동취득자 및 청구인 간의 정산내역 등이 확인되지 아니하므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지 토지형질 변경공사, 도로공사 및 부지정리공사 등을 진행하였으므로 쟁점토지가 취득시부터 건설에 착공한 토지에 해당하여 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 착공은 당해 토지에서 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고 착공에 필요한 준비작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어려우므로 청구인이 쟁점토지상에 도로공사, 토지 형질변경 등 공사를 하였다고 하여도 그러한 사실만으로 건설에 착공한 것으로 인정할 수 없는 점, 청구인은 쟁점토지 양도일 현재 건축허가에 따른 건축물 착공신고를 한 사실이 없는 점, 처분청이 제출한 자료에 따르면 쟁점토지를 매수한 두병관은 OOO에게 쟁점토지를 양도한 후 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 관련 양도소득세를 신고하였고, OOO으로부터 쟁점토지를 매수한 OOO가 2019.6.10. 쟁점토지상에 건축물착공신고를 한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 쟁점토지가 취득 당시부터 건설에 착공된 토지에 해당하였다는 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 기 인정한 필요경비 외에 청구인이 주장하는 필요경비 중 추가로 인정할 부분이 없다는 의견이나, 청구인이 폐염전이었던 쟁점토지를 취득하고 매립공사를 하여 형질변경을 한 사실은 인정되는 점, 관계토지의 공동취득자 중 OOO가 OOO에게 OOO을 지급한 사실은 확인되고, 이를 공장설립허가 대행용역대금으로 지급한 것이라는 청구주장에 신빙성이 없다고 보기는 어려운 점, 청구인이 쟁점토지를 공장용지로 개발하면서 우수관, 오폐수관, 수도관 등 기반시설 공사를 한 것으로 보이는 점, 청구인의 쟁점토지에 대한 취득세 등이 납부된 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 청구인의 쟁점토지에 대한 소득세법제97조 제1항 제2호에서 규정한 자본적 지출액 및 취득세 등을 재조사하고, 그 결과에 따라 청구인이 부담한 것으로 확인되는 금액을 필요경비에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2020서2414, 2021.4.3. 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.