청구법인은 기업부설연구소를 설립·운영하면서 법인자금으로 법인의 인적·물적 시설을 이용하여 관련 연구개발 활동을 하고 있고, 연구개발비 세액 공제 등을 매년 받아오는 등 쟁점특허권을 청구법인의 기업부설연구소에서 연구·개발한 것으로 보이는 점, 청구법인의 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점특허권은 청구법인과 무관하게 AAA 개인의 노력으로 취득한 것이다. (가) 특허법 제33조 제1항 은 특허 관련 법령상 발명자로부터 승계받지 아니하는 한 법인은 특허 관련 거래를 소유할 수 없다고 규정하고 있는바, 청구법인이 AAA로부터 쟁점특허권을 승계받지 않았으므로 쟁점특허권의 소유권이 청구법인 소유라는 전제하에서 이루어진 이 건 처분은 위법하다(대법원 2012.12.27. 선고 2011도15093 판결 등 참조). (나) 쟁점특허권은 특허권 내용이 단순 구상으로 가능한 것인지 또는 실험이나 설비가 필요한지 여부, 회사에서 관련 연구실적이 확인되는지 여부, 대표자의 발명사실 입증 여부 등에 있어서 그 내용이 단순하여 다수의 실험이나 설비 등이 필요하지 않고 단순히 AAA의 구상에 기초한 아이디어로 출원한 것이라는 점에서 이전의 조세심판원 결정에서 대표이사가 특허권의 소유자임을 인정하지 않았던 결정례와는 차이가 있다. (다) AAA는 과거 반도체회사에서 근무한 경험을 바탕으로 다양한 아이디어로 반도체 공정 관련 장치 및 부품들의 개선과 관련한 특허 뿐 아니라 새로운 유형의 장치 관련 특허까지 출원하여 왔으며, 2011년 2월경 웨이퍼의 먼지를 제거할 수 있는 제품에 특허를 출원하고, 2011년 11월 경 특허권을 인정받았으며, 이 후 새로운 아이디어에 착안하거나 기존 출원 내용을 수정 또는 새로운 내용을 추가하는 방법으로 다수의 특허를 출원하였다. (라) 청구법인의 연구소는 과거부터 제품양산 또는 추가 업그레이드 관련 업무를 수행하였고, 쟁점특허권과 관련하여 출원 이후 양산을 위한 개발 업무를 수행하였으며, 쟁점특허권의 출원까지 특별한 기여를 한 사실이 없는 것에 반하여, AAA는 쟁점특허권과 관련한 출원 업무를 특허 대리인에게 위임하였으며, 그 비용을 직접 부담하였다. (마) 조사청은 청구법인이 2012년 AAA로부터 특허를 취득하였으므로 2015년 이후부터 AAA로부터 취득한 쟁점특허권도 이미 청구법인의 소유라고 보았으나, 2015년 이후 취득한 쟁점특허권은 2014년 하반기부터 생산된 OOO 모델과 관련한 것으로서 2012년 특허와는 전혀 다른 특허라고 할 것이다.
1. 2012년 청구법인이 AAA로부터 취득한 특허는 Side Storage의 모양에 에어커튼과 흡기부재가 부착하여 웨이퍼의 Fume을 제거할 수 있는 초기 개념에 대한 특허로서, 이러한 기초적인 특허만으로 실제 제품 생산 자체가 어려우며 다만 청구법인은 해당 특허를 기초로 특허 관련 연구가 아닌 제품 양산 관련 노력을 통해 OOO이라는 초창기 모델을 생산할 수 있었고, OOO의 경우 1대당 약 OOO원 정도에 2012년경부터 판매되었다.
2. 현재 청구법인의 주력 모델인 OOO은 청구법인이 2012년 AAA로부터 취득한 특허가 아닌 그 이후 출원된 특허를 기초로 하여 양산 개발되어 2014년 하반기부터 생산 및 판매되었고, 실제 OOO은 1대에 OOO원 정도의 가격으로 판매될 정도로 OOO과는 전혀 다른 제품이고 OOO에 사용된 특허도 기존 OOO의 특허와 다른 그 이후 출원된 다수의 특허이다.
3. 따라서 청구법인이 2015년 이후 취득한 쟁점특허권은 2014년 하반기부터 생산된 OOO 모델과 관련된 것으로서 2012년 특허와 차이가 있으므로 청구법인이 AAA로부터 2012년 특허권 양도시 핵심 기술이 이미 이전된 것이라는 조사청의 의견은 타당하지 않다. (바) 조사청은 청구법인의 연구소에서 고액의 연구개발비를 인건비 등으로 지출하였다는 의견이나, 청구법인 소속 연구소의 2012년 및 2013년 인 력은 각 6명, 9명이었고, 인건비는 각 OOO원 및 OOO원 수준이었다는 점에 비추어 보면 연구소에서 다양한 실험 또는 설비를 통해 특허 관련 활동을 수행하였다고 보기 어렵다.
(2) 처분청은 2019년 3월경 2017년 거래와 관련하여 청구법인이 AAA로부터 지급받은 금액이 과다지급혐의가 있다고 하여 수정신고안내문을 발송하였고, 청구법인은 당초 취득가액 OOO원의 60%인 OOO원을 AAA의 기여분으로 보아 수정신고 하였음에도 조사청이 청구법인의 2017년 AAA의 기여분 60% 상당액을 부인한 것은 중복된 세무조사에 해당하여 위법하다. (가) 대법원은 2010년 자기주식 취득에 대한 해명자료를 요구하고 2013년 6월 경 다시 수정신고 및 과세자료 해명요구를 한 사안에 대하여 해명자료 제출안내를 통한 서면요구가 ‘세무조사’에 해당함을 전제로 판단한바 있다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두52552 판결 참조). (나) 처분청 담당자가 직접 청구법인과 접촉 및 유선협의를 통하여 2016년 거래에 대해 인정될 수 있는 부분에 대한 지침을 주었고, 청구법인은 이에 따라 수정신고를 하였으므로 처분청의 조사 등은 세무조사에 해당한다.
(1) 특허권의 발명자가 누구인지에 대한 입증책임은 청구법인에게 있는바, 쟁점특허권의 양도금액은 AAA가 청구법인의 연구소에서 연구개발한 결과물을 AAA 명의로 특허권을 등록한 후 이를 다시 청구법인이 취득하는 방법으로 청구법인의 자금을 부당하게 유출한 것으로 판단된다. (가) 판례에서는 ‘발명자’에 대하여 발명의 기술적 사상의 특징적 부분을 착상하고 착상을 구체화함에 관여할 것을 기준으로 보고 있는바, 쟁점특허권이 특허법 등에 의해 등록되었음에도 불구하고 ‘단순구상’에 불과한 아이디어라는 청구법인의 주장은 발명자의 요건과 충돌된다고 할 것이며, 출원시 발명자로 기재되어 있다고 하더라도, 실제 발명자로 추정되는 것은 아니라고 할 것이다. (나) 조사청의 세무조사 기간 중에 AAA는 쟁점특허권과 관련하여 착안한 아이디어를 시스템에 적용하는 과정인 초기 연구단계에서 아이디어를 제시하였고, 연구진들에게 개발지시를 하여 특허를 개발하였다고 진술하였으며, 법인 전환 이후에 제품 업그레이드는 연구소 직원들과의 회의와 연구를 통해 도출된 기술로서 쟁점특허권은 단순 아이디어만으로는 특허 출원이 되지 않으며 연구개발 과정이 필요하다고 진술하였다[AAA의 진술서(2019.11.11.)]. (다) 청구법인의 연구소는 전담 연구원을 두고 기업부설연구소를 승인받아, 법인자금으로 법인의 인적·물적 시설을 이용하여 관련 연구개발 활동을 하고 있고, 이에 따른 연구개발비 세액 공제 등을 매년 받고 있는 것을 확인할 수 있으며, 쟁점특허권은 발명진흥법 제2조 제1항 에 따라 직무발명에 의한 특허권으로 청구법인은 같은 법 제10조에 따라 무상으로 사용할 수 있음에도 불구하고 AAA에게 법인자금을 부당하게 유출하기 위해 쟁점특허권을 양수한 것으로 판단되며, 청구법인은 직무발명 예약승계 규정이 존재하지 않는 경우 법인은 종업원의 발명에 대해 소유권을 주장할 수 없음을 근거로 하여 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 위 규정은 사용자와 종업원과의 관계에서 특허권의 소유권 여부에 대하여 판단하는 규정으로 이 건 쟁점과 관련이 없다. (라) 2012년 AAA가 특허권 1차 양도시 퓸 제거장치(Fume Free)기술이 반영된 OOO 관련 핵심기술을 이미 청구법인에 이전하였고, 법인전환 이후 청구법인의 연구소 직원들이 고객사의 장비운영 과정에서 발견된 문제점, 새로운 아이디어, 반도체칩 생산기술발달에 따른 고객사의 요구 등을 반영하여 연구개발 과정을 거쳐 OOO 특허권을 출원한 것으로 AAA가 2015년 및 2017년 양도한 쟁점특허권은 당초부터 청구법인 소유의 특허권으로 판단된다. (마) AAA가 청구법인에 양도한 쟁점특허권은 개발에 다양한 실험이 필요하고, 상당한 설비 및 비용이 소요되는 것임에도 AAA의 개인적 지출 비용이 없는 점, 청구법인이 자체 연구전담 부서를 운영하면서 개발비 등 고액의 비용을 지출한 점, 청구법인은 AAA가 청구법인에 쟁점특허권을 양도하기 전까지 AAA에게 특허권 사용관련 대가를 지급하지 않은 점 등으로 보아 AAA 개인이 쟁점특허권을 출원했다고 보기 어렵다. (바) 2015년 회계 법인에서 특허권 평가 전 청구법인의 연구소장과 회계사가 보낸 이메일을 보면 회계사가 특허권 평가 관련 추가 자료를 요청하면서 ‘법인에서 해당 특허에 대한 진행 내역이 없어야 한다’는 내용을 보내는 등 청구법인에서 개발하여 출원한 특허권임에도 AAA 개인이 개발한 것으로 보이도록 한 정황이 확인된다.
(2) 처분청의 “해명자료 제출 및 수정신고 안내”는 세무조사로 볼 수 없다. 처분청은 해명자료 제출 안내를 통하여 청구법인의 2017년 거래와 관련하여 양도의 적정 여부를 확인하려 했었고, 1회에 한하여 청구법인에게 관련 자료의 제출을 요청하였던 점, 처분청이 자료제출 요청을 넘어 청구법인이나 관련 자들을 직접 접촉하여 질문하거나, 폭 넓은 조사를 하지 아니하였던 점에 비추어 해명자료 제출안내는 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 할 수 없으며, 청구법인이 중복조사에 대한 판례로 제시한 대법원 판례는 처분청의 해명안내 후 2차 세무조사와 4차 세무조사를 하여 중복조사로 판단한 것으로 이 건과 관련이 없다.
① 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 처분의 당부
② 중복세무조사라는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정
3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (2) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
(3) 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
(4) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.
2. "특허발명"이란 특허를 받은 발명을 말한다.
3. "실시"란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.
② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 제37조(특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등) ① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다.
② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다.
③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 특허권 양도계약서 등에 따르면, 청구법인은 2012.12.13, 2015.8.31, 2017.9.27. 3차례에 걸쳐 AAA의 명의로 등록된 특허권을 아래 <표1>과 같이 취득하였고, 2017년 거래분에 대하여 처분청의 수정신고 안내에 따라 2017년 특허권 취득가액 OOO원을 OOO원(AAA 기여도 60%)으로 수정신고한 것으로 나타난다. <표1> AAA의 특허권 소유내용 (단위: 백만원) OOO (나) 청구법인이 AAA로부터 양수받은 특허권 내역은 아래 <표2>와 같고, 청구법인이 등록한 특허 내역은 아래 <표3>과 같다. <표2> 청구법인이 AAA로부터 양수받은 특허 내역 OOO <표3> 청구법인이 등록한 특허 내역(일부에 한함) OOO (다) 청구법인은 취득한 쟁점특허권을 무형자산으로 계상하고 아래 <표4>와 같이 감가상각비를 계상하였다. <표4> 쟁점특허권 감가상각 내역 (단위: 백만원) OOO (라) 조사청이 쟁점특허권의 소유권이 청구법인에게 있다고 판단한 근거는 다음과 같다.
1. 조사청은 AAA가 개인사업자였던 2007.1.8. 부설연구소를 설립하여 플라즈마 관련 기술, 반도체 공정장비의 배출가스를 분석하여 공정상의 문제점 및 상태를 진단하는 개발 등을 하였고, 2011.8.1. 사업양수도에 따른 법인전환을 하면서 기존에 운영하던 개인사업에 관한 일체의 권리와 의무를 청구법인에 양도하였으며, 2011.2.7. 출원한 특허권 “퓸 제거장치 및 이를 이용한 반도체 제조장치”를 2012.12.13. 청구법인에 양도하였고, 이후 청구법인의 연구소에서 새로운 기능을 추가하여 기존 출원된 내용을 수정하는 방법으로 OOO의 업그레이드판인 OOO(청구법인 매출의 대부분을 차지) 특허를 출원한 것으로 판단하였으며, 이러한 사실은 아래와 같은 AAA의 진술에서도 나타난다. <AAA 진술서 일부 발췌> OOO
2. 청구법인은 2016년 OOO의 모델과 관련한 “OOO”에 대한 연구로 장영실상을 수상하였고, 장영실상 신청서에 청구법인의 연구소에서 자료수집·분석, 기초설계, 시제품 설계, 시제품 제작·테스트 등의 작업을 거쳐 개발한 것으로 확인되며, 청구법인 연구소 직원인 BBB의 진술서의 내용도 이와 같다. <BBB 진술서 일부 발췌> OOO
3. 2017년 청구법인과 AAA가 출원한 특허권은 “퓸제거장치” 관련 특허권으로 비슷한 시기에 출원한 특허권 4개는 청구법인이 출원하였고, 청구법인이 동일하거나 유사한 기술을 AAA가 9개의 특허권을 출원하여 청구법인에 이전한 것으로 확인된다.
4. 조사청은 AAA의 쟁점특허권 관련 개발기여도 확인을 위해 연구노트 및 비용부담에 대한 근거자료를 요청하였으나, 청구법인은 쟁점특허권의 성격이 단순 구상에 기초한 것으로 관련 특허출원 과정에서 대부분 특허대리인과의 협의 등에 의해 자료가 작성되었다고 주장하며 관련 자료를 제출하지 아니하였다.
5. 청구법인은 처분청의 수정신고 안내에 따라 2017년 취득가액 OOO원의 60%인 OOO원을 AAA의 기여분으로 보아 수정신고하였으나, 조사청의 청구법인에 대한 세무조사가 진행 중인 2019.11.27. 청구법인은 2018사업연도 법인세 수정신고를 하면서 2015년 및 2017년에 취득한 쟁점특허권에 대한 감가상각비 전액을 부인하는 소득금액 조정을 한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 대표이사 개인의 노력으로 쟁점특허권을 취득하였으므로 처분청의 과세가 부당하다고 주장하나, 청구법인은 대표이사인 AAA가 쟁점특허권을 연구․개발하였음을 입증할 수 있는 증거자료(쟁점특허권의 연구일지, 지출증빙 등)를 전혀 제시하지 않은 점, 청구법인은 기업부설연구소를 설립․운영하면서 법인자금으로 법인의 인적·물적 시설을 이용하여 관련 연구개발 활동을 하고 있고, 연구개발비 세액 공제 등을 매년 받아오는 등 쟁점특허권을 청구법인의 기업부설연구소에서 연구․개발한 것으로 보이는 점, 청구법인의 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2012년에 취득한 특허와 관련한 OOO 모델과 쟁점특허권과 관련된 OOO 모델은 전혀 다르다고 주장하나, AAA는 OOO이 OOO의 업그레이드라고 볼 수 있다고 진술한바 있고, 청구법인이 2016년 OOO 모델과 관련하여 장영실상을 수상하였으며, 이는 청구법인의 기업부설연구소에서 개발한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있는 것으로 보아 청구법인이 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득한 거래를 부당행위계산 부인하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 “해명자료 제출 및 수정신고 안내” 이후 실시된 조사청의 이 건 세무조사가 국세기본법 제81조의4 에서 규정하고 있는 중복조사에 해당한다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 기 신고한 신고서 등의 서류와 처분청이 보유한 내부자료를 기초하여 과세사실의 오류를 지적한 것으로 보이는 점, 처분청이 자료제출 요청을 넘어 청구법인이나 관련 자들을 접촉하여 질문하거나, 폭 넓은 조사를 하지 아니하였던 점, 처분청 담당자가 청구법인과 유선협의 등을 하였다는 것은 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하고, 포괄적인 질문검사권을 행사한 것이 아니라서 이를 세무조사로 보기 어려운 점 등에 비추어 중복조사에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2018서4038, 2018.12.19., 조심 2018중3799, 2018.12.20. 외 다수, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.