조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2020-중-1063 선고일 2020.05.25

법령에 의한 사용제한시점은 도시개발구역 지정일이 아닌 환지예정지 지정일이므로 동 지정일부터 쟁점토지 양도일까지 법령에 의하여 사용이 제한되었다 하더라도 그 기간이 약 1년 10개월에 불과하고, 쟁점토지의 지목이 대지로 변경되었더라도 사업용 사용 기간기준인 3년 중 2년을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 비사업용 토지에서 제외된다고 보기는 어려움.

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1990.3.3. OOO토지 483.9㎡(당초 면적이 1,454㎡이었으나 도시개발에 의한 환지로 인하여 변경됨, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하여 2016.4.29. 주식회사 OOO에게 양도한 후 2016.6.27. 2016년 귀속 양도소득세 신고시 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하였다.
  • 나. 처분청은 2019.11.11.~2019.11.30. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 경작한 사실이 없을 뿐만 아니라 농지 본래 용도로의 사용이 제한된 것은 아니라서 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(10% 가산)을 적용하여 2020.1.13. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 1989.8.19. 건설부 고시 1989-471호로 도시지역 내 상업지역으로 지정된 쟁점토지를 1990.3.3. 상업용지로 사용하기 위하여 취득하였으나, 쟁점토지가 소재한 지역에 도로와 같은 기반시설이 갖추어지지 아니하여 건물을 신축할 수 없었고, 이후 동 지역이 2008.1.14. 도시개발구역으로 지정되어 2008.8.13. 지장물 보상계획이 공고되었으며, 2010.11.24. 도시개발사업 실시계획인가가 고시됨에 따라 쟁점토지에 건물을 신축할 수 없게 되었으므로 쟁점토지는 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 사업용 토지에 해당한다. 또한 농지의 경우 도시지역의 주거․상업․공업지역으로 편입된 후 2년이 지나면 자경 여부와 관계없이 비사업용 토지에 해당되는데, 이때 비사업용 토지에 해당하는지 여부는 농지가 아니라 나대지․잡종지 등의 기준에 의하여 판단하여야 하며, 쟁점토지는 도시개발구역으로 지정된 이후 재산세가 분리과세된 토지이므로 사업용 토지로 봄이 타당하다.
  • 나. 처분청 의견 구소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제8호에서 같은 법 제104조의3에 따른 비사업용 토지의 경우 세율을 중과하도록 규정하고, 제104조의3 제1항 제1호 나목에서 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 도시지역의 농지에 해당하는 토지를 비사업용 토지 중 하나로 규정하고 있는바, 청구인은 1992년부터 OOO부속병원에서 정신과 의사로 근무하다가 2002년 경기도 성남시 분당구에서 병원을 개업하여 쟁점토지를 직접 경작할 수 없었고, 쟁점토지 보유기간 동안 쟁점토지 소재지에 거주한 사실이 없으며, 쟁점토지는 지목이 ‘전’으로 청구인의 세무대리인은 청구인의 지인이 이를 농지로 사용하였다고 진술하였다. 한편 청구인은 상업용지로 사용하려고 쟁점토지를 취득하였다고 주장하나, 형질 변경 등 상업용지로 사용하려고 한 구체적인 사실을 입증하지 못할 뿐만 아니라 도시개발구역으로 지정된 경우에도 농지사용에 제한이 없고, 도시개발구역으로 지정되었다고 하여 개발행위가 원천적으로 봉쇄되었다고 인정할 수 없으며, 도시지역 농지로 비사업용 토지에 해당하는 토지가 도시개발구역으로 지정되어 도시지역으로 편입되었다는 이유로 비사업용 토지에 해당되지 아니한다고 보는 것은 농지에 대한 투기수요를 억제하려는 제도의 취지에 반하므로 도시개발구역으로 지정된 사실만으로 쟁점토지를 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보기는 어렵다. 또한 청구인은 쟁점토지가 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지이므로 비사업용 토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 는 농지, 임야, 목장용지 외의 토지 중 지방세법에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지를 비사업용 토지로 규정하고 있으므로 농지는 재산세 분리과세 여부와 무관하게 위 같은 항 각 호에 해당할 경우 비사업용 토지에 해당한다. 따라서 농지 해당 여부는 사실상 현황에 의하여 판단하여야 하고, 도시개발구역으로 지정되었다는 사정만으로 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보아 비사업용 토지에서 제외되거나 쟁점토지가 농지가 아닌 토지가 되어 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 가 적용되는 것으로 해석할 수는 없으므로 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
  • 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(지방자치법 제3조 제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  • 가. 지방세법 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
  • 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2016.12.5. 대통령령 제27653호로 개정되기 전의 것) 제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의7[토지지목의 판정] 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의8[농지의 범위 등] ① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 “농지”라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다. 제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

(3) 도시개발법 제9조[도시개발구역지정의 고시 등] ② 도시개발구역이 지정ㆍ고시된 경우 해당 도시개발구역은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역과 대통령령으로 정하는 지구단위계획구역으로 결정되어 고시된 것으로 본다. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제51조 제3항 에 따른 지구단위계획구역 및 같은 법 제37조 제1항 제8호에 따른 취락지구로 지정된 지역인 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. (4) 도시개발법 시행령 제16조[행위허가의 대상 등] ① 법 제9조 제5항에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.

1. 건축물의 건축 등: 건축법 제2조 제1항 제2호 에 따른 건축물(가설건축물을 포함한다)의 건축, 대수선(大修繕) 또는 용도 변경

2. 공작물의 설치: 인공을 가하여 제작한 시설물(건축법 제2조제1항 제2호 에 따른 건축물은 제외한다)의 설치

3. 토지의 형질변경: 절토ㆍ성토ㆍ정지ㆍ포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위, 토지의 굴착 또는 공유수면의 매립

4. 토석의 채취: 흙ㆍ모래ㆍ자갈ㆍ바위 등의 토석을 채취하는 행위. 다만, 토지의 형질 변경을 목적으로 하는 것은 제3호에 따른다.

5. 토지분할

6. 물건을 쌓아놓는 행위: 옮기기 쉽지 아니한 물건을 1개월 이상 쌓아놓는 행위

7. 죽목(竹木)의 벌채 및 식재(植栽)

③ 법 제9조 제6항 제2호에서 “그 밖에 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조 에 따른 개발행위허가의 대상이 아닌 것을 말한다.

1. 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치

2. 경작을 위한 토지의 형질변경

3. 도시개발구역의 개발에 지장을 주지 아니하고 자연경관을 훼손하지 아니하는 범위에서의 토석채취

4. 도시개발구역에 남겨두기로 결정된 대지에서 물건을 쌓아놓는 행위

5. 관상용 죽목의 임시 식재(경작지에서의 임시 식재는 제외한다)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 도시개발구역에 편입된 농지로서 사업용 토지에 해당한다고 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 일반누진세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였으나, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 아래 <표1>과 같이 이 건 양도소득세를 경정․고지하였다. <표1> 이 건 처분 내역 (금액: 원)

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1992년부터 OOO부속병원에서 정신과 의사로 재직하다가 2002년 정신과의원을 개업하여 현재 경기도 성남시 분당구 소재 OOO을 운영하고 있으며, 쟁점토지 취득 당시 서울특별시 강남구 압구정동 소재지에 거주하다가 1997.9.4. 경기도 성남시 분당구 소재지로 전입하였다가 2004년 국외로 이주한 후 2013년 귀국한 것으로 나타나고, 청구인이 쟁점토지 보유기간 동안 토지 소재지에 거주하거나 자경한 사실이 없다는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. (나) 쟁점토지는 1989.8.19. 경기도평택도시계획변경(재정비)결정(건설부고시 제1989-471호)으로 일반상업지역으로 지정된 후 2008.1.14. 도시개발구역으로 지정되었으며, 그 밖의 개발사업 진행현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 도시개발사업 진행현황 일자 사업내용 비 고 1989.8.19. 상업지역 지정 1990.3.3. 쟁점토지 취득 2008.1.14. 도시개발구역 지정고시 OOO 2010.11.24. 도시개발사업 실시계획인가 및 지형도면 고시(주거지역 편입) 개발행위 및 허가제한 미지정 2014.5.22. 환지계획 인가 2014.6.13. 환지예정지 지정고시 2016.4.29. 쟁점토지 양도 2017.12.15. 환지처분 공고 (다) 청구인이 제시한 재산세 정기과세내역서에 의하면 쟁점토지에 대한 재산세 과세현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 재산세 과세현황 (단위: ㎡) 구 분 지목 과세형태 공부 현황 2013년도분 답 답 분리과세 2014년도분 답 답 분리과세 2015년도분 대지 대지 분리과세

(3) 청구인은 쟁점토지가 속한 지역이 2008.1.4. 도시개발구역으로 지정됨에 따라 쟁점토지의 사용이 제한되었고, 2011.11.24. 도시개발법 제17조 및 제19조에 따라 공동주택용지로 전용되어 지방세법 제106조 제1항 제3호 에 의하여 분리과세대상 토지로서 재산세가 부과되었으므로 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정하는 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”로서 비사업용 토지에 해당되지 아니한다고 주장한다.

(4) 한편 처분청은 쟁점토지는 농지이므로 부득이한 사유가 없는 한 재촌 자경하지 아니하는 경우에는 본래의 용도인 농지로 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 볼 수 없으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다는 의견을 제시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지는 소득세법 제104조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정하는 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”로서 비사업용 토지에 해당되지 아니한다고 주장하나, 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 는 가목과 나목에서 재촌 자경하지 아니하는 농지와 도시지역 내 농지를 각각 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 부득이한 사유로 이에 해당하는 경우는 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항은 같은 법 제104조의3 제2항의 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우”에 대하여 토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 그 기간 동안 같은 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정한다고 규정하고 있는바, 쟁점토지는 농지이므로 부득이한 사유가 없는 한 재촌 자경하지 아니하는 경우에는 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목의 비사업용 토지로 보아야 하고, 도시개발구역으로 지정되더라도 도시개발법 제9조 제6호 및 같은 법 시행령 제16조 제3항에 의하여 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 행위는 허가 없이 가능하므로 쟁점토지를 본래의 용도인 농지로 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 보기 어려운 점, OOO명의로 2008.9.29. OOO에서의 경작행위 금지 공고가 있었으나, 이는 법적 근거 없는 조합 자체의 제한에 불과하고, 실제 법령에 의한 사용제한시점은 도시개발구역 지정일(2008.1.14.)이 아닌 환지예정지 지정일(2014.6.13.)이므로 동 지정일부터 쟁점토지 양도일(2016.4.29.)까지 법령에 의하여 사용이 제한되었다 하더라도 그 기간이 약 1년 10개월에 불과할 뿐만 아니라 쟁점토지의 지목이 대지로 변경되어 분리과세대상 토지로서 재산세가 부과되었다 하더라도 그 시기가 2015년이라서 사업용 사용 기간기준인 3년 중 2년을 충족하지 못하는 점 등에 비추어 쟁점토지를 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 비사업용 토지에서 제외된다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)