[요지] 법인세법제19조는 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다”고 규정하면서 같은 법 기본통칙 21-0-1 제4호에 “세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 열거하고 있는 점, 청구법인의 쟁점거래 시 거래가격을 과소신고한 행위는 관련 법령 및 관세청의 ‘부가가치세법개정에 따른 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침 ’ 등을 감안할 때 동 법인의 단순착오이거나 그 귀책사유가 없는 경우에 해당하지 않는 점(조심 2016관279, 2017.2.7. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
[참조결정] 조심2016관0279 / 조심2017관004 / 조심2017관009
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점금액이 부가가치세 매입세액 불공제대상이라 하더라도, 쟁점제품의 매입과 관련하여 청구법인이 실제로 부담하였고 2015사업연도경 판매된 제품의 장부가액(취득가액)에 계상하였는바,법인세법상 손금에 해당되므로 처분청이 동 금액과 관련한 법인세 상당액의 환급을 구하는 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법․부당하다. (가)법인세법제19조 제1항에 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액은 법에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 손금으로 인정된다고 규정하고 있고 그 위임을 받아 같은 법 시행령 제19조 제2호는 그 중 하나로 “양도한 자산의 양도 당시 장부가액”을 열거하고 있다. 따라서 당해 법인이 제품을 매입한 후 이를 양도한 경우에는 그 양도가액을 익금으로, 양도 당시 장부가액을 손금으로 각각 반영하여야 한다. 법인세법상 손금의 정의에 부합함에도 손금에서 제외시키기 위하여는 동 금액의 지출 자체가 사회질서에 반하는 것으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이나 수익과 직접 관련된 비용에 해당하지 않아야 하는 것이다(대법원 2015.1.29. 선고 2014두4306 판결, 같은 뜻임). (나) 청구법인은 쟁점거래를 함에 있어 동종업계의 일반적․통상적 절차에 따라 적정이익률 등을 감안한 이전가격 조정(거래가격에서 종전 거래에서의 손실금액만큼을 할인)을 반영하다 보니 거래가격을 과소신고하였음을 확인하고 할인금액 상당액에 대한 쟁점세액을 수정신고ㆍ납부하였음에도 세관장들의 수정수입세금계산서 발급거부로 동 세액 상당액을 매입세액으로 공제받지 못하였고, 그 중 쟁점금액은법인세법제41조에 따라 2015사업연도경 판매한 제품의 장부가액(취득가액)에 반영하였다가 법인세 신고 시 세무조정을 통하여 손금불산입하였다. 법인세법상 부가가치세 매입세액을 손금불산입대상으로 규정하고 있는 취지는 해당 법인이 동 매입세액을 부가가치세 매입세액으로 공제를 받아 법인의 순자산을 감소시키지 않았기 때문이나, 이 건의 쟁점금액은 쟁점제품의 수입과 관련하여 실제로 부담한 부가가치세 매입세액임에도 세관장들의 수정수입세금계산서 발급거부로 매입세액 공제를 받지 못하여 결국 그의 순자산이 감소된 것이므로, 동 금액은법인세법상 손금으로 인정되어야 한다. (다) 법원은법인세법 시행령제22조 및법인세법 시행규칙제11조에서 규정하지 아니한 ‘폐업 시 잔존재화에 대해 부담한 매출세액’이 자산 취득 시 소요되는 기타 부대비용으로서 취득가액에 포함되어야 한다는 취지로 판시(대법원 2012.12.26. 선고 2012두12723 판결)하고 있고, 국세청 및 조세심판원도법인세법 시행령제22조 및법인세법 시행규칙제11조에서 규정한 부가가치세 외에 다음 부가가치세에 대해서도 사업자가 부담하였음을 이유로 해당 부가가치세액이 손금에 반영되어야 한다는 취지로 해석 또는 결정하고 있다.
(2) 쟁점금액은 청구법인의 귀책사유 없이 부담한 것으로법인세법상 손금으로 인정되어야 한다. (가) 사업자가 실제로 부담한 부가가치세액이지만,법인세법상 손금으로 인정하지 않는 것은 납세자에게 징벌적 성격으로 부과되는 부가가치세에 한정된다. 예를 들어,부가가치세법상 세금계산서 미수취ㆍ부실기재 등으로 인한 부가가치세 매입세액은 매입세액 불공제하면서법인세법상 손금으로도 인정되지 않는다. 이는 납세자가 관련 법령의 제반의무를 제대로 이행하지 아니한 데에 명백한 책임이 있는 경우에 징벌적 성격으로 이중적인 불이익을 가하겠다는 의미이다. (나) 통상적으로 수출입거래를 함에 있어 장래에 불확실한 변수들이 많아 계약 당시에는 거래단가를 확정하지 않는 것이 청구법인과 같은 동종업계의 일반적인 관행이고, 특히 수출자와 수입자 사이에 이익이 공유되는 등 특수관계가 있는 다국적 기업은 이전가격 정책(Transfer Pricing Policy)에 따라 각 법인별 적정이익률 등을 감안하여 사후적으로 이전가격을 조정하고 있다. (다) 이 건은 쟁점거래를 함에 있어 종전 거래에 대한 사후적인 이전가격 조정에 따라 할인금액만큼을 거래가격으로 과소신고한 사실을 확인하고 부가가치세 수정신고ㆍ납부를 하였으나 세관장들의 수정수입세금계산서 발급거부로 쟁점금액을 공제받지 못하였던 것으로,부가가치세법상 제반의무를 불이행한 것이 아니므로 청구법인에게 그 귀책사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 부가가치세 매입세액을 공제받지 못한 쟁점세액 중 이미 판매된 제품의 장부가액(취득가액)에 해당하는 쟁점금액을 손금불산입하는 것은 청구법인에게 가혹한 것일 뿐 아니라 헌법상 과잉금지의 원칙에 어긋난다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.
② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 1.관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경 정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우
2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가.통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약에 따른 관세협력 이사회나관세법에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
(2) 부가가치세법 시행령 제72조(수입세금계산서) ① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조 제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.
② 세관장은관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법 제28조 제2항, 제38조의2 제1항·제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다.
③ 제2항에도 불구하고 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고관세법에 따라 수정신고를 하는 경우에는 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급한다.
1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위
2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위
3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위
④ 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 1.관세법에 따른 품목분류의 사전심사에 따라 해당 물품에 적 용할 품목분류를 변경한 경우
2. 수입자의 귀책사유 없이관세법등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성·제출되었음이 확인된 경우
3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우
(3) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 따른 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다) 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액
(4) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.
2. 양도한 자산의 양도 당시의 장부가액 제22조(부가가치세 매입세액의 손금산입 등) ① 법 제21조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 경우의 세액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1.부가가치세법제39조 제1항 제5호에 따른 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출에 해당하는 것을 제외한다) 2.부가가치세법제39조 제1항 제6호에 따른 매입세액
3. 그 밖에 해당 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 기획재정부령으로 정하는 것
(5) 법인세법 시행규칙 제11조(부가가치세 매입세액의 손금산입) 영 제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다. 1.부가가치세법제36조 제1항부터 제3항까지의 규정에 의한 영 수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액
2. 부동산 임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액
(6) 관세법 제30조(과세가격 결정의 원칙) ① 수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각 호의 금액을 더하여 조정한 거래가격으로 한다. 다만, 다음 각 호의 금액을 더할 때에는 객관적이고 수량화할 수 있는 자료에 근거하여야 하며, 이러한 자료가 없는 경우에는 이 조에 규정된 방법으로 과세가격을 결정하지 아니하고 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다.
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 거래가격을 해당 물품의 과세가격으로 하지 아니하고 제31조부터 제35조까지에 규정된 방법으로 과세가격을 결정한다. 이 경우 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 판단하는 근거를 납세의무자에게 미리 서면으로 통보하여 의견을 제시할 기회를 주어야 한다.
1. 해당 물품의 처분 또는 사용에 제한이 있는 경우. 다만, 세관장이 제1항에 따른 거래가격에 실질적으로 영향을 미치지 아니한다고 인정하는 제한이 있는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
2. 해당 물품에 대한 거래의 성립 또는 가격의 결정이 금액으로 계산할 수 없는 조건 또는 사정에 따라 영향을 받은 경우
(1) 조사청은 2016.3.29. 청구법인에게 이 건과 관련한 관세조사결과내용을 통지하였고, 그 주요내용은 다음과 같다.
(2) OOO은 2013.7.26. ‘부가가치세법개정에 따른 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침’을 세관장들에게 시달하였고, 그 주요내용은 다음과 같다.
(3) 청구법인은법인세법 시행령제22조 및법인세법 시행규칙제11조에 열거된 부가가치세 매입세액 외에, 쟁점금액과 같이 매입세액이 불공제된 기타 다른 항목에 대해서도법인세법상 손금으로 인정되어야 한다고 주장하면서 세법학자인 OOO 교수의 세법강의 제13판(2015년판)의 938쪽을 제시하였다.
(4) 법인세법 기본통칙 21-0...1은 “다음 각 호의 손비는 각 사업연도의 소득금액 계산 상 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하면서 손금불산입 대상의 하나로 제4호에 “세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액”을 열거하고 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 사업과 관련한 비용으로 직접 지출된 것으로 동 금액만큼의 순자산이 감소되었고법인세법및 다른 법률에서 그 법인의 손금에서 제외한다고 명시되어 있지 아니하므로 동 금액은 청구법인의 손금산입대상이며, 쟁점거래 시 세관장들로부터 수정수입세금계산서를 교부받지 못한 귀책사유가 없음에도 동 금액을 손금으로 인정되지 아니할 경우 헌법 상 과잉금지의 원칙에 어긋난다고 주장하나,법인세법제19조는 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다”고 규정하면서 같은 법 기본통칙 21-0-1 제4호에 “세금계산서를 제출하지 아니함으로써 공제받지 못한 부가가치세 매입세액은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”고 열거하고 있는 점, 쟁점금액이법인세법제21조, 같은 법 시행령 제22조 및 같은 법 시행규칙 제11조에서 열거하고 있는 ‘부가가치세 매입세액의 손금산입 등’에 해당되지 아니하는 점, 청구법인의 쟁점거래 시 거래가격을 과소신고한 행위는 관련 법령 및 관세청의부가가치세법개정에 따른 수정수입세금계산서 발급에 관한 운영지침(2013.7.26.) 등을 감안할 때 동 법인의 단순착오이거나 그 귀책사유가 없는 경우에 해당하지 않는 점(조심 2016관279, 2017.2.7. 외 다수, 같은 뜻임), 달리 이 건 거부처분에 헌법이나 법률 위반의 사정은 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.