2016년 소기업 해당되었던 청구법인이 2018년 매출액 100억이상일 경우 중소기업 특별세액 감면 적용되지 않는다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO을 영위하는 법인으로, 2016.1.1. 현재 상시근로자 수가 50명 미만이고 매출액이 OOO 미만이어서 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 조세특례제한법 시행령제6조 제5항(이하 “종전규정”이라 한다)에 따르면 소기업에 해당하고, 청구법인의 2018사업연도 매출액은 OOO 이상이다.
• 나. 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고시 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 조세특례제한법 시행령제6조 제5항(이하 “개정규정”이라 한다)에 따르면 매출액이 OOO을 초과하여 소기업에 해당하지 아니하나, 조세특례제한법 시행령부칙(대통령령 제26959호, 2016.2.5.) 제22조(이하 “이 사건 부칙조항”이라 한다)에 따라 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업에 해당한다고 보아,조세특례제한법제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 규정(이하 “중소기업 특별세액감면규정”이라 한다)을 적용하여 감면세액 OOO을 신청하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 2018사업연도 매출액이 OOO 이상이므로, 청구법인이 개정규정에 따르면 소기업에 해당하지 아니하고 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하므로 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니하여, 2018사업연도 법인세 신고시 중소기업 특별세액감면규정 적용대상이 아니라고 보아, 2019.8.1. 중소기업 특별세액감면을 배제하여 청구법인에게 2018사업연도 법인세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2019.10.22. 이의신청을 거쳐 2020.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 건설업을 경영하는 청구법인은 2016.1.1. 현재 상시근로자 수가 50명 미만이고 매출액이 OOO 미만이어서 종전규정에 따른 소기업에 해당하여, 그 후 매출액의 증가에도 불구하고 이 사건 부칙조항에 따라 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업으로 보는 것이므로, 2018사업연도 법인세 신고시 중소기업 특별세액감면규정 적용대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2018사업연도에 개정규정에 따르면 소기업에 해당하지 아니하고, 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하여 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니하므로, 2018사업연도 법인세 신고시 중소기업 특별세액감면규정 적용대상에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 2016.1.1. 현재 소기업에 해당되었던 청구법인은 이 사건 부칙조항에 따라 2019사업연도까지 소기업으로 보는 것이므로 2018사업연도 매출액이 OOO 이상이더라도 중소기업 특별세액감면 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다.(단서 생략)

• 사. 건설업

• 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장: 100분의 10
• 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장: 100분의 20 (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다. 부칙 <대통령령 제26959호, 2016.2.5.> 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정되기 전의 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

2. 작물재배업·어업·축산업·광업·건설업·출판업·물류산업 또는 운수업중 여객운송업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 50명 미만일 것 (4) 중소기업기본법 시행령 별표 3 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준 (제8조 제1항 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준

F 평균매출액등 80억원 이하

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO으로, 2018사업연도 매출액은 OOO 이상이다.

(2) 청구법인은 2016.1.1. 현재 상시근로자 수가 50명 미만이고 매출액이 OOO 미만이어서 종전규정에 따른 소기업에 해당한다.

(3) 청구법인은 2018사업연도에 매출액이 OOO 이상이어서 개정규정에 따르면 소기업에 해당하지 아니하고, 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니한다.

(4) 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고시 개정규정에 따르면 소기업에 해당하지 아니하나, 이 사건 부칙조항에 따라 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업으로 보는 것이라고 보아, 중소기업 특별세액감면규정을 적용하여 감면세액 OOO을 신청하였다.

(5) 처분청은 청구법인이 2018사업연도에 개정규정에 따르면 소기업에 해당하지 아니하고 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하여 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니하므로, 2018사업연도 법인세 신고시 중소기업 특별세액감면규정 적용대상이 아니라고 보아, 2019.8.1. 중소기업 특별세액감면을 배제하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과하였다.

(6) 청구법인의 주장은 청구법인이 2016.1.1. 현재 종전규정에 따른 소기업에 해당하므로, 그 후 매출액의 증가에도 불구하고 이 사건 부칙조항에 따라 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업으로 간주된다는 것이다.

(7) 처분청의 의견은 청구법인이 2018사업연도에 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하고 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하므로 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니한다는 것이다.

(8) 기획재정부가 2016년 7월 발행한 ‘2015 간추린 개정세법’에 나타나는 개정규정 관련 내용은 아래와 같다.

6. 소기업 판단기준을 고용 친화적으로 개선(조특령 §6) 종 전 개 정

□ 중소기업 특별세액감면 적용시 소기업 기준(①, ② 모두 충족) ※ 소기업은 소득ㆍ법인세 10∼30% 감면 중기업은 소득ㆍ법인세 5∼15% 감면 업 종 인원기준 제조업 100명 미만 광업, 건설업 등 50명 미만 기타 10명 미만 ① 상시근로자 수 기준 ② 매출액 기준: 100억원 미만

□ 소기업 판단기준을 매출액 기준으로 일원화 * 중소기업기본법 시행령(’15.6.30. 개정, ’16.1.1. 시행)과 일치 <폐 지> 업 종 매출액 제조업, 전기ㆍ가스ㆍ수도사업 등 120억원 농업, 광업, 건설업 등 80억원 도ㆍ소매업, 출판업 등 50억원 전문ㆍ과학ㆍ기술서비스업 등 30억원 숙박ㆍ음식점업 등 10억원

○ 매출액 기준: 업종별 차등화

(1) 개정내용 (2) 개정이유

○ 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 소기업 기준을 개선

(3) 적용시기 및 적용례

○ ’16.1.1. 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용

(4) 경과조치

○ 종전 규정에 따라 소기업에 해당했던 기업이 동 개정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간 적용

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 같이 2018사업연도에 매출액이 증가하여 개정규정은 물론 종전규정에 따르더라도 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업은, 위 조세특례제한법 시행령제6조의 개정으로 인하여 소기업 해당 여부가 달라진 것은 아니어서 경과조치를 통하여 보호하고자 하는 기득권이나 신뢰가 없다 할 것이므로, 이 사건 부칙조항의 적용대상에 해당한다고 볼 수 없는 점, 결국 이 사건 부칙조항은, 만약 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 조세특례제한법 시행령제6조가 개정되지 아니하였다면 종전규정에 따라 계속 소기업에 해당하여 세액감면을 받을 수 있었는데 위 시행령의 개정으로 인하여 더 이상 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업을 그 적용대상으로 한다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 청구법인은 2018사업연도 매출액이 OOO 이상으로 개정규정은 물론 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 아니하므로, 이 사건 부칙조항의 적용대상에 포함되지 아니하여 중소기업 특별세액감면을 받을 수 없다고 판단된다(조심 2019부1702, 2019.8.9. 외 다수, 같은 뜻임, OOO고등법원 2019.10.11. 선고 2019누43261 판결 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.