조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점주택 양도가 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하는지 여부

사건번호 조심-2020-중-0697 선고일 2020.07.23

청구인이 20xx.xx.xx. 이전에 쟁점주택 중 국민주택 규모 이하의 주택을 5호 이상 임대한 사실이 확인되는지 여부 및 국민주택 규모 이하의 주택을 5호 이상 임대한 기간이 10년 이상임이 확인되는지 여부 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 관련 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨

OOO세무서장과 OOO2019.11.2. 및 2019.11.7. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO및 개인지방소득세 OOO부과처분은 청구인이 2016.5.26. 양도한 OOO토지 159.9㎡ 및 건물 449.07㎡가 조세특례제한법제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하는지 여부를 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1995.5.22. OOO토지 159.9㎡를 취득하여 1998.3.6. 위 토지에 지하 1층〜지상 3층 연면적 449.07㎡ 규모의 주택(이하 위 부수토지와 합하여 “쟁점주택”이라 한다)을 신축한 후, 2016.5.26. 이를 OOO에게 양도하였다.
  • 나. 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 청구인의 배우자인 OOO을 소유하고 있었고, 청구인은 쟁점주택 양도에 대하여 소득세법 시행령제155조 제1항에 따른 일시적 2주택에 해당된다고 보아 1세대 1주택 비과세를 적용하여 양도가액이 OOO초과하는 양도차익에 대하여 2016.7.12. 양도소득세 예정신고OOO를 하였다.
  • 다. 국세청장은 처분청에 대하여 2018.10.29.부터 2018.11.26.까지 기관운영감사를 실시한 결과, 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 일시적 2주택에 해당하지 아니하므로 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하도록 감사지적하였고, 이에 처분청은 2019.11.2. 및 2019.11.7. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO및 개인지방소득세 OOO각 경정·고지하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.1.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인의 쟁점주택 양도는 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하므로 양도소득세를 100% 감면하여야 한다.

(1) 쟁점주택의 일반건축물대장과 건축물 현황도에 의하면, 그 지하 2가구 건축물 합계 면적이 93.6㎡이므로 1가구당 면적은 46.8㎡이고, 1층도 2가구로서 1가구당 면적은 46.8㎡이며, 2층은 2가구 건축물 합계 면적이 114.2㎡로서 1가구당 면적은 57.1㎡이고, 3층은 1가구로서 건축물 면적이 114.2㎡인바, 쟁점주택은 1호 또는 1세대당 면적이 85㎡(25.7평) 이하인 국민주택 규모 이하의 주택이 6가구(3층 401호 제외)인 다가구주택임을 알 수 있다.

(2) 쟁점주택의 건축물 현황도를 보면, 지층부터 2층까지는 모두 2가구의 건물이 건축되어 있고, 각 가구마다 대칭적으로 방 3개와 거실이 있으며, 현관문이 각각 있고, 3층만 1가구임을 알 수 있다. 동 현황도상 쟁점주택 지층은 101호와 102호, 1층은 201호와 202호, 2층은 301호와 302호, 3층은 401호로 표시하였다.

(3) 청구인이 현재 보관하고 있어 제출한 쟁점주택의 전세계약서는 9개이고, 청구인은 각 임차인에 대한 호수별 거주현황을 메모하여 보관하고 있었으며 이 메모도 제출하였다. 쟁점주택 중 202호의 경우, 2013.10.3. OOO거주 이전까지 거주하였던 OOO체결한 전세계약서가 있었는데, 청구인이 현재까지 찾지 못하고 있고, 302호의 경우 OOO체결한 전세계약서를 현재까지 찾지 못하고 있다.

(4) 청구인은 법원의 명령에 의하지 않고는 쟁점주택의 임차인들의 주민등록표초본을 확보하여 제출할 수 없고, 청구인이 임차인들과 체결 하였던 쟁점주택의 임대차계약서 중 일부만 보관하고 있는 상황이다.

(5) 청구인이 OOO세무서장에 쟁점주택의 임차인들의 거주 현황을 신고한 내용과 청구인의 관련 메모 등을 종합하여 알 수 있는 쟁점주택의 임대차 현황은 다음과 같다. (가) 2007년에 신고한 임차인 현황: 청구인이 2007.12.4. 작성한 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제신청서상 기재한 임차인은 OOO이다. 쟁점주택 중 202호의 경우 임차인 OOO거주하였으나, 청구인이 위 신청서에는 기재하지 않았다. (나) 2008년에 신고한 임차인 현황: 청구인이 2008.2.28. OOO세무서장에게 제출한 주택임대사업자 수입금액 검토표에 의하면, 쟁점주택의 당시 임차인이 OOO인 사실을 알 수 있다. (다) 2009년에 신고한 임차인 현황: 청구인이 2009.2.19. OOO세무서장에게 제출한 주택임대사업자 수입금액 검토표 등에 의하면, 쟁점주택의 당시 임차인이 OOO사실을 알 수 있고, 임대보증금은 101호 OOO이었다. (라) 2013년의 쟁점주택 임차인 현황: 청구인이 2008.9.22. 작성한 것으로 되어 있는 임대주택인 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제 신고서 및 2013년 종합부동산 과세대상 주택 명세의 하단에 수기로 기재한 내용을 보면, 2013년에 쟁점주택의 임차인은 OOO이었음을 알 수 있다. 쟁점주택의 임대보증금은 OOO이다. 위 임대주택인 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제 신고서를 2007년 양식을 사용하면서 좌측 상단에 2007년으로 인쇄되어 있는 부분을 2줄을 그어 지우고 2013년으로 수기로 기재하였고, 그 신고도 2013년에 한 것인데 실수로 사실과 다르게 2008.9.22.로 기재한 것이다. (마) 2014년의 쟁점주택 임차인 현황: 청구인은 2014년 종합부동산 과세대상 주택명세서상 물건소재지 옆에 수기로 OOO성명이 기재된 것을 제출하였다. (바) 2016년에 신고한 임차인 현황: 청구인이 2016.2.5. 작성한 주택임대사업자 수입금액 검토표를 보면, 청구인이 쟁점주택의 임차인으로 OOO이라고 신고한 것으로 나타나고, 임대보증금은 임차인별로 OOO되어 있다.

(6) 결론적으로 청구인은 1998.3.4. 쟁점주택을 신축하여 준공검사를 받아 취득하였고, 쟁점주택 중 101호, 102호, 201호, 202호, 301호, 302호는 모두 국민주택 규모 이하이며, 청구인이 위 6가구의 주택을 임차인들에게 10년 이상 임대하였으므로 조특법 제97조에 따라 쟁점주택에 대한 양도소득세는 전액 감면되어야 하므로 이 건 양도소득세 및 개인지방소득세 부과처분은 전부 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 조특법상 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정은 특혜조항이므로 엄격하게 적용하여야 한다.

(2) 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 요약하면 다음과 같다.

(3) 조특법 시행령 제97조 제4항에서 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면신청시 임대차계약서 사본 및 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본을 제출하여야 한다고 명시되어 있다.

(4) 쟁점주택에 대하여 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받으려면 이를 주장하는 청구인이 동 감면 요건을 충족함을 객관적으로 입증하여야 하나, 청구인이 제출한 자료에 의하면 2000.12.31. 이전에 5호 이상의 주택을 임대하였는지 여부와 임대를 개시한 5호 이상의 주택을 5년 또는 10년 이상 임대하였는지 여부(5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 않음)를 확인할 수 없으며, 청구인이 쟁점주택의 양도일 현재 임대하던 주택이 5호 이상인지 여부도 확인할 수 없다. (5) 따라서 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 주장하는 청구인에게 그 요건 충족에 대한 증명책임이 있으나, 청구인이 이를 입증할만한 법령상 소정의 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 위 감면요건을 충족한 것으로 인정되어야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구인의 쟁점주택 양도가 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하므로 양도소득세를 100% 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 시행령제4조 제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

2. 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점주택 취득(신축) 및 양도 현황, 이에 대한 양도소득세 신고 및 이 건 부과처분 내역은 전술한 처분개요와 같다.

(2) 청구인은 당초 과세전적부심사시에는 쟁점주택과 OOO를 함께 보유한 기간이 3년에 미달하는 것으로 보아 쟁점주택 양도에 대하여 일시적 2주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다고 주장하였으나, 과세전적부심사결과 이러한 주장이 불채택되었고, 이와 관련한 심판청구 주장은 없으며, 쟁점주택의 양도에 대하여 조특법 제97조에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면의 적용 여부만을 다투고 있다.

(3) 건축물대장에 의하면 쟁점주택은 1998.3.4. 신축하여 사용승인을 받은 지하1층 〜 지상3층에 연면적 449.07㎡의 규모인 7가구의 다가구주택인 것으로 나타나고, 각 층별 현황은 아래 <표>와 같다. <표> 건축물대장상 쟁점주택의 각 층별 현황

(4) 국세청 전산자료에 의하여 확인되는 쟁점주택 관련 청구인의 사업이력에 의하면, 청구인은 2007.5.22. 쟁점주택을 사업장으로 하고, 개업일자를 2007.5.22.로 하여 주택임대업(부가가치세 면세사업자)의 사업자등록을 하였다가 2016.5.25. 폐업한 것으로 나타난다.

(5) 청구인의 쟁점주택의 임대와 관련한 사업장현황신고서를 국세청 전산망에서 조회한 결과, 청구인은 2007년과 2008년 귀속분 사업장현황신고시에는 ‘주택임대사업자 수입금액 검토표’를 첨부하여 사업장현황신고를 하였으나, 그 이후인 2009년부터 2016년까지 귀속분 사업장현황신고시에는 ‘주택임대사업자 수입금액 검토표’를 첨부하지 않고 사업장현황신고를 한 것으로 나타나고, 2007년∼2016년 귀속분 월세 수입금액은 없는 것으로 신고한 것으로 나타난다.

(6) 청구인의 주민등록표(초본)에 의하면, 청구인은 1995.7.4. 쟁점주택으로 전입한 후 2004.12.28. 전출한 것으로 나타난다.

(7) 청구인이 제출한 증빙자료의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구인이 제출한 쟁점주택의 9개 임대차계약서의 내용은 다음과 같다. (단위: 원) (나) 청구인은 2007.12.4. 작성하여 종합부동산세 관할세무서에 제 출하였다는 임대주택(쟁점주택) 합산배제 신청서를 제출하였고, 그 기재 내용은 청구인이 주장하는 2007년 중 쟁점주택의 임차인 현황과 같다. (다) 청구인은 쟁점주택의 임차현황을 확인할 수 있는 자료로 2008.2.28. 및 2009.2.19. OOO세무서장에게 제출한 2007년 및 2008년 귀속 주택임대사업자 수입금액 검토표 를 제출하였다. (라) 청구인이 2013년 중 쟁점주택의 임차인 현황과 관련한 자료로 제출한 쟁점주택에 대한 종합부동산세 합산배제 신고서를 보면, 귀속 과세기간이 2007년으로 인쇄된 부분을 두 줄로 그어 지우지고 2013년으로 수기로 기재하였고, 그 신고일자도 2013년이 아니라 2008.9.22.로 기재되어 있다. (마) 청구인은 2013년 및 2014년 귀속 종합부동산세 과세대상인 쟁점주택의 명세를 제출하였고, 이는 임차현황을 신고하는 서면이 아니라 홈택스를 통하여 직접 조회하여 내려받을 수 있는 과세대상 주택의 물건소재지 및 과세분 면적, 공시가격 등이 인쇄된 명세서이며, 동 명세의 하단 등의 여백에 수기로 임차인들의 성명 등이 기재되어 있다. (바) 청구인이 2016.2.5. 관할세무서장에게 제출하였다는 2015년 귀속 주택임대사업자 수입금액 검토표를 보면, 청구인이 쟁점주택의 임차인이 OOO이라고 신고한 것으로 나타나고, 임대보증금은 임차인별로 OOO으로 기재되어 있다. (사) 청구인은 쟁점주택 중 102호, 202호, 302호의 2008년부터 2016년까지의 매월 전기 사용량 및 전기요금 내역을 제출하였다. (아) 청구인은 조세심판관회의에 출석하여 쟁점주택에 주소를 두고 거주하였던 임차인인 OOO주민등록초본을 추가로 제출하였다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조특법 제97조 제1항은 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고, 다만 민간임대주택에 관한 특별법또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으며, 조특법 제97조 제1항 제1호에는 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 주택이라고 규정되어 있다. (나) 청구인이 1998.3.6. 쟁점주택을 신축하여 취득한 후 2016.5.26. 양도시까지 약 18년간 보유한 점, 쟁점주택 총 7가구 중 1가구를 제외한 6가구가 국민주택 규모 이하인 점, 청구인이 일부이기는 하나 쟁점주택의 임대차 현황을 상당 부분 확인할 수 있는 증빙자료들을 제출하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구인이 2000.12.31. 이전에 쟁점주택 중 국민주택 규모 이하의 주택을 5호 이상 임대한 사실이 확인되는지 여부 및 국민주택 규모 이하의 주택을 5호 이상 임대한 기간이 10년 이상임이 확인되는지 여부 등을 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 관련 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)