쟁점설비의 사용이 면세전용에 해당하는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 의료폐기물 처리용역(면세사업)을 주업으로 하는 회사로서 2014년에 사업장 고정설비(이하 “쟁점설비”라 한다)를 재증축하면서 해당 시설투자와 관련하여 수취한 매입세금계산서OOO 가운데 폐기물소각로시설 공사비용OOO을 제외한 나머지 공사비용 OOO에 대하여 부가가치세 매입세액OOO을 공제받았다.
• 나. 처분청은 2020.6.10.부터 2020.7.24. 기간동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점설비의 대부분은 의료폐기물처리용역(면세사업)에 사용되고 있는 것을 확인하고, 2015년 제1기에 쟁점설비의 대부분을 면세사업에 전용한 것으로 보아 2020.7.2. 청구법인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 OOO에서 1996.11.14. 개업하여 폐기물처리업을 영위하다가 2011년 3월에 회생절차개시결정이 있었으나, 2011년 4월에 회생절차폐지결정이 있었고, 2011년 8월에 현 주주들이 청구법인을 인수하였다. 청구법인은 2011.8.31. 의료폐기물처리업 허가를 득하였으나, 산업공단의 허가 등 제반사정으로 설비공사를 하지 못하여 부득이하게 2013.12.1.부터 2014.11.23.까지 휴업하였으며, 2014.11.24. 폐기물처리업 재개업을 신고하고 수리받은 후 면세사업인 의료폐기물 중간처리업을 영위하기 위한 장비들을 설치하였고, 2014년 1분기부터 2014년 4분기까지 부가가치세 OOO을 환급받았다. 처분청은 2020년 6월 청구법인에 대한 세무조사를 실시하면서 전체 설비를 과세사업에 사용하려던 재화로 보아, 스팀공급과 관련된 과세설비를 제외한 나머지 설비를 2015년 1월에 면세사업에 전용한 것으로 하여 이 건 부가가치세를 과세하였다. 처분청은 부가치세법 제10조에 따라 과세사업으로 취득한 재화를 면세전용된 것으로 보아 최초로 본업을 시작한 2015년 1월에 자가공급한 것으로 하여 이 건 부가가치세를 과세하였고 그 부과제척기간은 2020.7.25.까지 라는 의견이다. 그러나, 쟁점설비는 면세업종을 영위하기 위하여 도입되었고, 해당 설비가 인도된 때가 공급시기이므로 2014년 제2기 부가가치세 확정신고일(2015.1.25.) 다음날부터 기산하여 5년이 되는 2020.1.25.에 부과제척기간이 만료되었으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. 부가치세법 제10조에서 ‘면세전용’이란 과세사업과 관련하여 취득한 재화를 면세사업으로 사용할 때이고, 조세법률의 해석은 특별한 사정이 없는 한 확장해석이 되어서는 안 될 것이므로 조문대로 ‘과세사업과 관련하여 취득한 재화’가 면세로 전용되어야 해당 법률이 적용될 수 있다. 그러나, 청구법인은 2011년 8월에 의료폐기물 설치허가를 받고 쟁점설비를 설치할 때 이미 면세사업자였으므로 해당 시설은 면세전용을 적용하여 부가치세법 제10조를 적용될 여지가 없다. 당초부터 면세사업을 위하여 재화를 취득하였다면 매입세액이 공제되지 않았어야 될 것이나 청구법인이 이를 몰랐다고 해서 자금계획과 가산세에 불이익을 받아서는 아니된다. 청구법인은 현 주주가 인수한 2011년 8월부터 동 의료폐기물 소각처리 전용설비가 완공된 2014년 12월말까지 매출이 전혀 없어 허가받은 의료폐기물 외에 동 설비로 과세매출이 발생할 가능성이 없다는 것을 청구법인과 과세관청이 인지하였다고 보는 것이 합리적이고, 해당 설비가 과세사업과 면세사업 모두 사용될 수 있다는 추측 또한 불가하다. 청구법인의 대표이사가 자필서명할 당시에는 부과제척기간에 대한 개념은 없었고, 면세사업이므로 부가가치세 매입세액이 불공제된다는 세무조사 담당자의 설명만 듣고 이를 인정하였다. 또한, 세무조사 담당자가 면세전용에 대하여 별도의 설명도 없었고, 청구법인의 대표이사도 면세전용에 대한 개념조차 없었으므로, 대표이사 확인서로 면세사업장 및 관련 설비가 과세사업, 면세사업으로 특정 지워지지 않았다고 주장하는 것은 납득하기 어렵다. 처분청은 당초부터 의료폐기물소각처리 이외에 해당 설비로 과세사업을 할 수 있는 증거를 제출하여야 한다.

(2) 소각로 set 중 폐열(閉熱)보일러는 소각시 발생하는 열을 가두는 설비로서 펌프장치에 의해 물을 공급하여 열을 식혀 대기로 스팀을 방출한다. 즉, 스팀은 소각처리에 대한 폐기물의 성격을 가지고 있고, 현재 스팀배관설비가 없는 의료폐기물소각업체가 대부분이다. 그리고, 이러한 폐기물 형태인 잉여스팀(증기)을 이용하여 스팀공급장치(스팀공급배관시설)로 타회사에 스팀을 공급하는 것이 과세사업으로 분류되는 잉여스팀판매업이다. <표1> 쟁점설비 구성내역 따라서, 폐열보일러 등 소각로 set는 ‘면세사업설비’, 스팀공급배관시설은 ‘과세사업설비’로 명확하게 구분되므로 부가가치세법 10조 의 면세전용 및 같은 법 제41조 공통매입재계산에 해당할 여지는 전혀 없다. 원래부터 면세사업설비(소각설비)와 과세사업설비(스팀배관)가 명확하게 구분되므로 부과제척기간은 2020.1.25.에 만료되었다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청이 2015년 2월 부가가치세 환급을 위한 현장확인시에는 청구법인은 의료폐기물처리업만을 영위하는 면세사업을 영위하는 법인으로 볼 수 없는 상태였고, 당초 매입세액을 공제받은 사업장 및 시설 등도 청구법인의 주장대로 본래 면세사업을 위해 취득한 재화로 단정할 수 없었다. 청구법인이 2013.9.9. 인수될 당시 사업자등록상 주업종은 의료폐기물중간처리업 및 부업종은 소각, 용융로기술개발 및 제작업으로 등록된 과면세 겸영사업자로 하여 2014년 사업장 재·증축시까지는 소각, 용융로기술개발 및 제작업(과세사업)과 의료폐기물처리(면세사업)에 대한 수입금액이 발생하지 않은 상태에서 청구법인은 매입세액 전액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 부가가치세 환급을 위한 현장확인시에는 전체 사업장 및 시설공사가 완공된 직후로 본격적으로 가동되지 않은 상태에서 청구법인이 과·면세사업을 겸영할 예정인 것을 확인하여 의료폐기물 소각로 설비공사부분만 면세부분으로 명확하게 구분하였고, 나머지는 과세사업에 사용 예정인 것으로 보아 위와 같이 환급결정을 하게 된 것이며, 청구법인도 이에 대해 어떠한 이의도 제기하지 않았다. 청구법인은 실제 공장시설이 정상적으로 가동되면서 2015년 제1기 및 제2기에 과ㆍ면세 매출이 아래 <표2>와 같이 발생하였으나, 2015년 10월 이후에는 열스팀 사업부분을 특수관계회사인 ㈜아림에너지에 무상임대하여 사실상 면세법인으로 전환되었다. <표2> 청구법인의 매출현황 이후 청구법인의 열스팀공급 관련 과세매출은 발생하지 않았고 2015.7.14. 작성된 청구법인 내부문건인 이사회회의록을 보더라도 열스팀 생산과 관련된 주요시설은 ‘폐열보일러 및 스팀배관 등’으로 특정되어 있는 것을 확인할 수 있는바, 청구법인 역시 실제로 공장을 가동한 후 열스팀 생산시설은 페열보일러와 공급배관에 국한되는 것임을 스스로 인정한 것이므로 쟁점설비는 면세전용된 것으로 볼 수 있다. 청구법인은 당초 매입세액을 공제받은 쟁점설비를 면세전용하였음을 인정하는 확인서를 제출하였는바, 이러한 확인서의 내용을 부인하고자 하는 경우 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것(대법원 2008.9.25. 선고 2006두8068 판결 외 다수, 같은 뜻임)이다. 만일, 쟁점설비가 면세전용된 것이 아니고 과·면세 사용부분이 명확하지 않은 고정자산를 취득한 것으로 보더라도 겸영사업자인 청구법인은 당초 공제받은 공통매입세액에 대해 부가가치세법 제41조 에 따라 추후 과․면세구분이 명확하게 될 때 납부세액을 재계산하였어야 하는 것이므로 청구주장은 이유 없다.

(2) 청구법인은 이 건 2015년 제1기 부가가치세 과세처분에 대한 국세부과제척기간의 기산일이 신고일의 다음날이므로 이에 따라 기산하면 2020.1.25.에 부과제척기간이 만료되었다고 주장하나, 청구법인이 쟁점설비에 대한 부가가치세를 환급받았던 것과 관련하여 처분청은 청구법인의 매입세액 측면에서 부당환급으로 본 것이 아니라 공급측면(간주공급, 면세전용)에서 과세하였다. 면세전용시기가 간주공급시기이므로 해당 면세전용시기(2015년 제1기, 실제 공장가동시기)에 대한 부가가치세 신고기한의 다음날인 2015.7.26.부터 기산한 부과제척기간 만료일(2020.7.25.) 이전에 청구법인에게 부가가치세를 경정ㆍ고지한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점설비의 사용이 면세전용에 해당하는지 여부

② 부과제척기간(5년)이 경과하였다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2015.1.1. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(포탈)하거나 환급・공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급・공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

• 가. 소득세법 제81조 제3항 제4호
• 나. 법인세법 제76조 제9항 제4호
• 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호 ・제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경 우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호・제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (중략)

⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것) 제12조의3【국세 부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조 제3항 에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

(3) 부가가치세법(2015.1.1. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제10조【재화 공급의 특례】① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

2. 제8항 제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화 제15조 【재화 공급의 특례】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 제38조 【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제41조 【공통매입세액 재계산】 감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. 제57조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장 등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점설비 가운데 잉여열공급배관은 과세사업에 사용되는 설비라는 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙 및 처분청의 심리자료에 따르면 다음과 같다. (가) OOO은 2014.11.24. ‘신규소각로 설치공사의 완료’를 이유로 하여 청구법인의 의료폐기물 중간처분업 재개업을 신고수리하였다. (나) 부가가치세 환급에 대한 현장확인 종결복명서(2015년 2월)를 살펴보면, 청구법인은 의료폐기물처리용역(면세사업)과 의료폐기물을 소각하는 과정에서 발생하는 폐열의 공급(과세사업)을 영위하는 과ㆍ면세 겸영사업자이고, 쟁점설비 매입내역 중 의료폐기물 소각시설은 면세사업과 관련되어 모두 매입세액불공제 대상이나, 청구법인이 과세사업으로 하여 매입세액공제를 신청한 소각로 설비 매입OOO만 불공제처리하였다. (다) 이사회의사록(2015.7.14. 개최)에 따르면 청구법인은 신설법인에게 스팀생산과 공급에 대한 모든 관리와 책임을 부여하고, 대신 그와 관련된 일체의 설비(폐열보일러, 스팀배관 등)를 무상임대하는 것에 대한 찬반을 물어서 이사 전원이 이를 찬성한 것으로 나타난다. (라) 이 건 세무조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다. (마) 청구법인 대표이사 OOO가 2020년 6월 작성한 확인서에 의하면 당초 과세사업(스팀생산)과 관련한 전체 사업설비(고정자산) 취득에 따른 부가가치세 매입세액을 공제(환급)받았으나, 2015년 제1기 과세기간 해당 설비를 가동한 이후 과세사업과 관련한 설비OOO를 제외한 나머지 부분OOO은 면세사업(의료폐기물 소각)에 전용하였다는 내용으로 기재되어 있다. (바) 법인 등기사항전부증명서(2020년 발급)에서 청구법인은 2013.9.10. 의료 폐기물 중간처리업, 잉여 스팀 판매업을 목적사업으로 등록한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①·②에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제10조 제1항 제1호 에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다고 규정하고 있고, 제15조 제1항 제1호에서 재화의 이동이 필요한 경우 재화가 인도되는 때로, 같은 항 제2호에서 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에 재화가 공급되는 시기는 재화가 이용가능하게 되는 때로 규정하고 있는바, 청구법인은 당초부터 면세사업자이므로 쟁점설비는 면세전용될 여지가 없고, 쟁점설비의 공급시기는 쟁점설비가 인도된 때인 2014년 제2기이므로 부과제척기간이 경과하였다고 주장하나, 쟁점설비는 폐기물소각시설에서 생산된 스팀을 외부에 판매할 수 있도록 배관이 연결되어 있어 취득 당시에는 과‧면세 구분이 어려운 것으로 보이는 점, 청구법인은 2014년 쟁점설비를 취득하면서 폐기물소각시설 공사비용을 제외하고는 부가가치세 매입세액을 공제받은 점, 청구법인은 취득 당시인 2014년 제2기에 쟁점설비를 과‧면세사업에 사용한 실적이 없고 2015년 제1기에 과‧면세 사업의 매출실적이 나타나는 점, 청구법인은 2015년 제2기에 쟁점설비 중 과세사업 관련시설을 무상 임대하여 과세사업 매출이 발생하지 아니한 점, 청구법인의 대표이사는 2015년 제1기 과세기간에 쟁점설비를 가동한 이후 과세사업과 관련한 설비를 제외한 나머지 설비는 면세사업에 전용하였다는 확인서를 작성한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점설비 중 면세사업을 위하여 실제 사용한 2015년 제1기에 면세전용한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 또한, 국세 부과제척기간의 기산일은 과세표준 및 세액을 신고하는 국세의 경우 신고기한의 다음날로 규정하고 있는바, 2015년 제1기에 면세전용한 설비의 부과제척기간은 2020.7.25.까지로 보는 것이 합리적이라 할 것이다. 따라서, 2015년 제1기에 쟁점설비 중 면세사업에 사용된 설비OOO를 면세전용된 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.