사실관계를 종합하여 살펴보면 쟁점매입세액은 전부 청구법인의 면세사업과 관련된 매입세액에 해당한다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어려움
사실관계를 종합하여 살펴보면 쟁점매입세액은 전부 청구법인의 면세사업과 관련된 매입세액에 해당한다고 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 항공 종사자의 양성을 위한 전문교육훈련기관으로서 매입한 재화 또는 용역 대부분을 수강생의 교육을 위해 사용하는바 본점 및 다른 지점 직원들에게 공급하는 내부교육에 귀속되는 매입액과 관련된 매입세액은 공제대상이다. (가) 청구법인의 본점OOO은 공항의 관리 및 운영 이에 필요한 주변 지역의 개발사업을 목적으로 하여 설립된 공기업이고, 청구법인은 OOO 소속으로 본점 및 다른 지점 소속 임직원 들에 대한 교육(이하 “내부교육”이라 한다) 외에 항공사 직원 등 외부교육생에 대한 교육(이하 “외부교육”이라 한다) 용역을 제공하고 있다. (나) 청구법인의 본점 및 다른 지점들이 항공사 등에게 제공하는 공항시설임대·공항사용 용역 등은 부가가치세 과세대상이므로 청구법인이 공항의 운영·관리를 위해 본점 직원 등에게 제공하는 내부교육의 궁극적인 효익은 청구법인의 본점 등이 영위하는 과세사업에 귀속되는 것으로 보아야 한다. 따라서, 청구법인이 내부 교육생에 공급한 교육용역과 관련하여 매입한 재화 또는 용역은 과세사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 경우에 해당하므로 매입세액 공제대상이다. (다) 청구법인은 2019년 제1기에 매입한 재화 또는 용역 대부분을 교육용역의 제공을 위해 사용하였으며, 교육에 필요한 재화 또는 용 역은 일반적으로 교육시간에 비례하여 사용된다고 보는 것이 타당하다. 따라서, 청구법인의 2019년 제1기 과세기간 총 매입세액 83백만원중 내부교육 시간에 비례하여 발생한 54백만원 * 은 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액으로 보아 공제되어야 한다.
(2) 만일, 쟁점매입세액 전부를 실지귀속이 구분되지 아니하는 과·면세 공통매입세액에 해당한다고 본다면, 청구법인의 본점 및 다른 지점을 포함한 전 사업장의 공급가액을 기준으로 과세공급가액과 면세공급가액 비율을 산정하여 과세사업과 관련된 매입세액은 공제되어야 한다. (가) 부가가치세법제81조 제1항에서 공통매입세액은 총 공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 기준으로 안분하여 면세사업과 관련된 매입세액을 계산하여 불공제하도록 하고 있다.
1. 부가가치세법에서 총 공급가액과 면세공급가액의 범위에 대하여 구체적으로 규정하고 있지 않아 총 공급가액과 면세공급가액은 사업장 내에서 발생한 공급가액을 기준으로 할 것인지, 혹은 전체 사업장에서 발생한 공급가액을 기준으로 할 것인지에 대한 해석상 이견이 있는데, 조세심판원은 사업장을 운용함으로써 얻는 효용이 비단 그 사업장 안에만 미치는 것이 아니라 법인 전체에 미친다면 법인 전체의 면세공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산함이 타당하다고 결정(조심 2012중1772, 2012.8.23.)한바 있다.
2. 또한, 국세청과 조세심판원은 청구법인과 같이 주사업장 총괄납부 승인을 받은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 사업자의 전사업장의 공급가액을 기준으로 공통매입세액 중 불공제액을 산정하는 것이 타당하다고 해석(조심 2009중1710, 2011.2.14., 국세청 서면인터넷방문상담3침-589, 2007.2.20., 같은 뜻임)한바 있다. (나) 청구법인이 내부 교육생(본점 및 전국 14개 공항 근무자)을 교육하여 발생하는 효용은 과세사업을 영위하는 본점 및 다른 지점사업자 전체에게 영향을 미치므로 청구법인 뿐만 아니라 본점을 비롯한전사업장에서 발생한 공급가액을 기준으로 공통매입세액 중 공제대상 매입세액을 안분계산해야 한다.
(3) 청구법인은 2019.6.21. 부가가치세법상 사업자로 등록을 하였지만, 사업자등록신청일 이전의 매입세액이라고 하더라도 2019년 제1기 과세기간의 매입세액은 전액 공제되어야 한다. (가) 부가가치세법제39조 제1항 제8호에서는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 불공제하는 매입세액에서 제외한다고 규정하고 있다. 청구법인은 2019년 제1기 부가가치세 과세기간이 경과하기 전인 2019.6.21. 사업자등록을 신청하였으므로 2019년 제1기 과세기간에 매입한 금액은 전부 매입세액 공제대상이다. (나) 청구법인은 1987년에 법인세법상 비영리법인으로 등록하였으나, 본점인 OOO가 2002.1.14. 제정된 OOO법에 의해 영리법인으로 변경되었는바, 별도의 법인이 아닌 지점사업자인 청구법인 역시 본점의 사업형태와 동일하게 영리법인으로 바뀌어야 됐으나 과세관청의 사무 착오로 인하여 변경되지 않았다. 따라서, 청구법인이 부가가치세법상 사업자로 등록한 2019.6.21. 이전에 과세관청의 사무착오로 인해 잘못 부여된 고유번호를 기재하여 교부받은 세금계산서는 정당하다고 보아 매입세액을 공제하여야 한다.
(1) 청구법인은 본점과 독립하여 별개로 사업자등록을 하고 부가가치세가 면세되는 교육 용역만을 제공하는 사업자이므로 쟁점매입세액은 전부 면세사업과 관련하여 발생한 것이어서 매입세액 불공제대상이다. (가) 청구법인은 본사 직원 등을 위해 직무교육을 실시하기도 하나, 이와 별개로 국토교통부, 항공사 등이 의뢰한 외부기관 수탁교육을 수행하고 있는바 청구법인을 본점과 독립하여 독자적인 교육용역을 공급하고 있는 사업자로 보아야 한다. 또한, 청구법인은 국토교통부에서 지정한 교육기관으로서 교육용역을 제공하고 받은 수입은 전부 면세이므로 청구법인이 부담한 매입세액은 모두 면세사업과 관련하여 발생한 것으로 보아 매입세액을 불공제해야 한다. (나) 부가가치세는 부가가치세법 제6조 에 따라 사업장별 과세원칙이 적용된다. 청구법인은 당해 법인이 제공하는 내부교육이 본점에서 발생하는 부가가치세 과세매출에 기여하므로 내부교육과 관련된 부가가치세 매입세액은 공제대상이라고 주장하나, 한 사업자의 복수 사업장들이 행하는 경제적 거래는 어떤 식으로든 그 경제적 효과가 다른 사업장에 직․간접적으로 미칠 수밖에 없어 경제적 효과라는 개념을 도입하게 되면 사업장별 과세라는 부가가치세의 기본 원칙이 붕괴될 수밖에 없으므로 사업장별 과세의 원칙은 그 경제적 효과에 관계없이 해당 개별 사업장이 주체가 되어 공급한 가액과 공급받은 가액을 기준으로 그 사업장의 부가가치세 납세의무를 결정하는 것이 타당(수원지방법원 2013.12.18. 선고 2012구합15440 판결)하다. (다) 청구법인이 청구주장의 근거로 제시한 국세청 예규(법규부가2012-463 2013.1.17.)는 부가가치세법 시행령제8조에 따라 업무총괄장소가 사업장인 전기가스업자에 대한 건으로 청구법인과 같이 개별 사업장이 별도로 있는 경우에는 적용할 수 없다. (라) 청구법인이 2019년 제1기 과세기간에 부담한 매입세액은 모두 시설유지비, 교육 장비, 전기료 등 청구법인의 운영과 관련된 것이므로 청구주장처럼 외부교육과 내부교육으로 구분하여 각각 귀속되는 금액을 산정할 수 없다.
(2) 만일, 청구법인이 부담한 매입세액을 전부 과·면세 공통매입세액에 해당하는 것으로 본다고 하더라도 부가가치세법 시행령 제81조 에 따라 각 사업장별 총 공급가액에서 과세공급가액 및 면세공급가액이 차지하는 비율을 기준으로 안분계산하여야 하는데, 청구법인은 과세공급가액이 0원이므로 공제대상 매입세액은 없다. (가) 청구법인은 매입세액 중 교육시간을 기준으로 내부교육에 실제 귀속되는 금액을 산정할 수 없다고 한다면, 해당 매입세액을 전부 공통매입세액으로 보아 청구법인 뿐만 아니라 청구법인과 연관된 모든 사업자(본점 및 전국에 있는 14개 공항)의 과세 공급가액과 면세 공급가액을 합산하여 공제대상 매입세액을 안분계산해야 한다고 주장하나, 청구법인으로부터 교육받은 내부교육생이 본점과 지점의 모든 매출발생에 기여하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 청구주장대로 불공제 매입세액을 산정할 경우 면세공급가액 비율이 0.45%이어서 쟁점매입세액이 전액 공제되는 결과를 초래한다. (나) 부가가치세법 시행령제81조 제3항에서 한국철도공사와 전기·통신사업자만 예외적으로 공통매입세액을 사업장별 공급가액이 아닌 전사업장의 공급가액을 기준으로 안분할 수 있도록 하고 있는바, 법령에서 전사업장을 기초로 공통매입세액을 안분할 수 있도록 규정하고 있는 경우가 아니면 사업장별 과세의 원칙을 적용해야 한다. (다) 주사업장 총괄납부승인제도는 단지 부가가치세액의 납부 또는 환급만을 주된 사업장에서 총괄하여 처리하게 하는 제도이므로 청구법인의 본점이 주사업장 총괄납부를 승인받은 사업자라고 하더라도 개별사업장의 매입세액이나 매출세액의 계산에는 영향이 없다.
(3) 청구법인이부가가치세법상 사업자로 등록을 하기 전에 비영리법인의 고유번호로 교부받은 세금계산서는 청구법인과 별개의 사업자가 수취한 세금계산서이므로 해당 세금계산서와 관련된 매입세액 75백만원을 청구법인의 것으로 보아 매입세액공제를 적용할 수 없다. (가) 청구법인은 1987년 3월에 비영리법인으로 법인세법상 사업자등록을 한 후, 청구법인의 본점이 2002년 3월 비영리법인을 폐업하고 영리법인으로 사업자등록을 한 이후에도 계속 비영리법인 상태를 유지하여 오다가 2019.6.21.에 이르러서야 비영리법인을 폐업하고, 부가가치세법상 사업자로 등록하였다. 따라서, 청구주장과 같이 과세관청의 잘못으로 인해 청구법인이 비영리법인의 고유번호를 기재하여 세금계산서를 교부받은 것은 아니다. (나) 청구법인과 2019.6.21. 이전에 비영리법인 고유번호로 세금계산서를 교부받은 법인을 별개의 사업자로 보아야 하므로 타사업자가 교부받은 세금계산서상 매입세액을 청구법인의 것으로 하여 매입세액공제를 적용받을 수 없다.
① (주위적) 2019년 제1기 총 매입세액 중 내부교육 시간에 비례하여 발생한 OOO은 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액이므로 공제되어야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적) 쟁점매입세액을 전부 공통매입세액으로 보아 전사업장의 공급가액을 기준으로 안분계산해야 한다는 청구주장의 당부
③ 청구법인이 부가가치치세법상 사업자로 등록하기 전에 비영리법인의 고유번호를 기재하여 교부받은 세금계산서의 매입세액이 공제대상인지 여부
(1) 부가가치세법 제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.
② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제12조(용역 공급의 특례) ① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 아니하고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액
8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 제51조(주사업장 총괄 납부) ① 사업장이 둘 이상인 사업자(사업장이 하나이나 추가로 사업장을 개설하려는 사업자를 포함한다)가 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장의 관할 세무서장에게 주사업장 총괄 납부를 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부할 세액을 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제8조(사업장) ① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다
10. 한국철도공사법에 따른 한국철도공사가 경영하는 사업: 사업에 관한 업무를 총괄하는 자소
12. 전기사업법에 따른 전기판매사업자가 기획재정부령으로 정 하는 전기요금 통합청구의 방법으로 요금을 청구하는 전기판매사업: 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소 제36조(면세하는 교육 용역의 범위) ① 법 제26조 제1항 제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고 된 학교, 학원, 강습소, 훈련원, 교습소 또는 그 밖의 비영리단체 제81조(공통매입세액 안분계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총 공급가액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총 공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
③ 제1항을 적용할 때 전기통신사업법에 따른 전기통신사업자 및 한국철도공사법에 따른 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 계산식에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산할 수 있다. 면세사업 등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 전 사업장의 면세공급가액 전 사업장의 총 공급가액
(1) 청구법인의 사업자등록내역, 2019년 제1기 부가가치세 수입금액 신고내역 및 교부받은 세금계산서 내역 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 1987.3.24. 법인세법에 따라 비영리법인으로 등록한 후 법인고유번호를 부여받았으며, 2019.6.21. 부가가치세법상 사업자로 등록신청하였다. <표2> 청구법인의 사업자등록 변경내역 (나) 청구법인은 국토교통부로부터 항공종사자 전문교육기관으로 지정받은 법인으로 내부교육생[본점 및 다른 지점(국내 공항)의 직원] 및 외부교육생(항공사 직원)에게 교육용역을 제공하고 있고, 내부교육생에게는 별도의 대가를 받지 않으며, 외부교육생으로부터 지급받은 대가는 전부 면세수입으로 신고하고 있다. <표3> 2019년 제1기 과세기간 수입금액 신고내역 (다) 청구법인이 2019년 제1기에 교부받은 세금계산서상 주요 매입내역OOO은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구법인의 주요 매입내역
(2) 청구법인의 본점인 OOO는 OOO에 주사무소가 있고, 분사무소로 청구법인을 두고 있으며 법인등기부등본의 주요 기재 내용은 다음과 같다.
(3) 청구법인의 본점은 2013.7.1.부터 주사업장 총괄납부를 적용받아 각 지점사업장의 부가가치세를 통합하여 납부하고 있다.
(4) 청구법인은 2019년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액 전부를 불공제대상 매입세액으로 신고하였다가 2019.11.20. 아래와 같이 경정청구를 제기하였다.
(5) 처분청은 2020.1.23. 청구법인의 경정청구에 대해 거부통지를 하였는데, 경정청구 검토조서의 주요 내용은 다음과 같다.
(6) 청구법인이 제출한 처분청의 답변에 대한 주요 항변 내용은 다음과 같다. (가) 부가가치세 과세사업과 관련된 매입세액은 사업장별 한계를 두지 아니하고, 실질에 따라 그 사업에 관련된 것이면 당연히 공제를 해야 한다. 사업장별 과세원칙은 물리적인 과세의 장소적 단위로서 해석되는 것이지, 부가가치세 매입세액을 각 사업장별로 구분하여 공제되어야 한다는 원칙이 아니므로 각 사업장에서 발생한 매입세액이 본사 사업을 위하여 사용 소비된 경우에는 당연 공제대상이 되는 직접 매입세액에 해당한다. (나) 처분청은 부가가치세법 시행령제8조에서 열거한 사업장(한국철도공사, 전기·통신사업자)에서 발생한 공통매입세액에 한하여 여러 사업장의 공급가액 합계액 비율로 안분계산할 수 있다는 의견이나, 국세청은 해당 조항에서 열거되지 않은 사업장(수질검사소)에서 발생한 공통매입세액에 대해서도 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 안분계산하는 것이 타당하다고 결정한바 있고, 조세심판원 역시 물류센터에서 발생한 공통매입세액에 대해 동일한 취지로 결정한바 있다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 부가가치세법제38조 및 제39조에서 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 면세사업 등에 관련된 매입세액은 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 내부교육과 관련하여 발생한 매입세액은 청구법인의 본점 등이 영위하는 과세사업에 귀속되므로 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 청구법인은 내부교육생에게 제공하는 용역에 대해서는 별도의 대가를 수취하지 아니하고, 외부교육생으로부터 발생한 수입금액을 전부 면세로 신고한 점, 청구법인은 본점과 독립하여 사업자등록을 하고 위탁훈련을 의뢰한 외부교육생들에게 교육용역을 제공하는 사업을 영위하고 있으며, 쟁점매입세액은 전기요금, 건물 공사비용 등 대부분 청구법인의 시설관리 및 운영과 관련된 것인바 쟁점매입세액은 본점 등과 구분된 별개의 사업자인 청구법인에게만 귀속되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 전부 청구법인의 면세사업과 관련된 매입세액에 해당한다고 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점매입세액을 전부 매입세액 불공제대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 쟁점②와 쟁점③은 앞서 살펴본바와 같이 쟁점매입세액이 전부 매입세액 불공제 대상으로 판단됨에 따라 심리실익이 없어 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.