조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니하므로 매입세액 공제대상이라는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2020-전-7790 선고일 2020.12.11

청구법인이 면세사업자로서 택지조성사업을 하는 과정에서 쟁점공사 비용을 지출한 것으로 보이므로 처분청에서 쟁점매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2014.2.24. 개업하여 OOO에서 부동산개발 및 주택 분양업 등을 영위하는 법인사업자로, 2014.3.12. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2016.5.3. OOO으로부터 대지조성사업 사업계획의 승인(착공예정일 2016.6.1., 사용검사 예정일 2018.6.30.)을 받았고, 2017.8.8.OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 대지조성공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 계약을 체결하고 2017.12.31. 쟁점거래처로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 1매를 수취한 후, 2018.1.24. 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 부가가치세 확정신고를 하면서 관련 매입세액 전부를 매입세액 불공제하였다.
  • 나. 이후 청구법인은 2019.9.18. 쟁점공사와 관련된 매입세액 중 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 국민주택을 초과하는 주택 및 상가 건설과 관련한 매입세액으로서 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니하므로 매입세액 공제를 허용하여 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.10.30. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.14. 이의신청을 거쳐 2020.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점공사와 관련한 매입이 발생한 이후 건물이 착공된 바 없고 신축 예정건물의 과면세여부도 불확실(설계도면만 있을 뿐 건축허가 등 없음)하다는 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였으나 이는 다음의 사유로 위법⋅부당하다. (가) 청구법인은 쟁점토지 지상에 부가가치세 과세사업인 국민주택 규모를 초과하는 주택과 제1종근린생활시설(소매점)을 신축⋅분양하는 사업을 원만히 진행 중에 있고, 쟁점매입세액은 청구법인의 과세사업에 관하여 진행된 일련의 과정에서 사용된 용역의 공급에 대한 세액이다. 부가가치세법 제38조 에 따르면 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있고, 쟁점토지에 건축할 주택과 상가의 설계도 등에 의해 신축예정건물 전부가 과세대상임을 명확히 확인할 수 있는바, 토지를 조성하여 건축물을 분양하는 사업과 관련하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분하여 공통매입세액을 안분계산할 수 있고, 설사 예정면적을 구분할 수 없다 하여도 총 매입가액에 대하여 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율로 매입세액을 안분 공제할 수 있는바, 쟁점매입세액이 토지조성과 관련하여 발생한 것이라 하여 매입세액 전부에 대해 공제를 부인한 것은 잘못이다. (나) 또한 ‘예정사용면적’에 따른 공통매입세액의 안분계산의 경우 추후 확정된 수치에 따른 정산을 전제하고 있으므로 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 이 정한 ‘예정공급가액’이나 ‘예정사용면적’은 실제로 공급 또는 사용이 이루어지는 과세기간에 발생할 공급가액이나 제공될 사용면적의 확정치를 의미하는 것이 아니라, 사업자가 부가가치세를 신고할 당시의 사업계획 등을 기초로 향후 발생할 것으로 추정한 공급가액이나 사용면적의 예상치를 의미하는 것이다. 따라서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 부가가치세 신고 당시 시장상황, 사업계획서, 금융기관용 대출제안서 등을 토대로 과세사업과 면세사업에 제공할 것으로 구분하여 추정한 예정면적이 존재한다면, 그것이 객관적이고 합리적이지 않다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 단서가 규정한 ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’에 해당한다고 보아야 하고, 확정된 면세사용면적에 따른 정산은 부가가치세법 시행령 제82조의2 제2호 에 따라 예정면적을 기초로 공제받은 매입세액을 차감하는 방식으로 이루어지므로 당초의 예정면적이 과세기간에 따라 일부 변동되었다고 하여 달리 볼 것도 아닌 것이다(대법원 2015.11.12. 선고 2012두28056 판결, 같은 뜻임).

(2) 쟁점공사는 이 사건 주택분양사업에 필요한 대지조성사업의 착수에서 주택과 상가의 사용승인에 이르기까지 일련의 단계에 필요한 용역으로서 청구법인이 영위한 주택분양사업의 전반적인 업무에 관련된 것이므로 쟁점공사에 관한 매입세액 전부를 토지에 관련된 매입세액으로 보는 것은 부당하다. 쟁점공사와 관련한 매입세액이 토지 관련 매입에 해당하는지는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 하는 것으로, 쟁점공사 중 토공은 토지의 형질변경에 수반되는 성토 및 절토에 대한 비용으로서 매입세액 불공제 대상임에는 이견이 없다. 그러나 옹벽공사, 포장공사, 법면보호공사, 배수공사, 오수공사, 조경공사, 부대비용, 간접노무비 등은 구축물 관련 공사비에 해당하므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다. (가) 옹벽공사(구조물공사 OOO원)는 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물 공사 관련 매입액으로 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않아 부가치세 공제대상 매입세액에 해당한다. 옹벽공사(구조물공사)는 자연석 석축공사 OOO 공사로, 건물을 건축할 수 없는 경사가 심한 임야에 평탄화 작업을 한 후 그 지상에 건물을 신축하는 것이어서 건축물의 안전을 위해서는 옹벽은 건물신축에 필수불가결한 공사로 매우 중요하고, 공사가액이나 건축규모 등을 고려할 때 구축물에 해당한다. 옹벽공사는 공사이후에도 계속적인 사후관리가 필요한 감가상각 대상자산인 구축물로서 청구법인은 이를 건축법 및 관련 법규에 적합하게 시공한 후 2019.10.29. 건축허가 신고시 공작물축조신고를 마쳤고, 소유자 및 관리자로서 공작물축조신고필증을 발급받은 날부터 3년마다 공작물의 유지․관리 점검표에 따라 공작물의 유지․관리 상태를 점검하고 그 결과를 OOO시에 제출하여야 할 의무가 있다. 이는 토지 위에 정착한 토목설비로서 토지의 취득원가를 구성하는 비용이 아닌 별도의 감가상각의 대상이 되는 구축물 공사에 해당하므로 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다. (나) 포장공사(OOO원)는 도로 공사비로 회사가 유지⋅관리하는 감가상각자산에 해당하므로 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니한다. 포장공사는 콘크리트포장, 잔디붙임, 보도용 콘크리트블록포장, 차선도색으로 비용이 구성되어 있고, 단지내 일반도로 관련 포장공사로 해당 도로는 대지조성 당시에는 공사차량과 인부들의 출입을 위한 것이며, 주택 등의 건설과 주택 완공 후에는 주민과 차량의 출입을 위한 도로이다. 국세청 부가가치세 집행기준 39-80-1 토지 관련 매입세액의 범위의 제1항 제7호에서는 “과세사업을 하기 위한 사업계획 승인 또는 인․허가 조건으로 사업장 인근에 진입도로를 건설하여 지방자치단체에 무상으로 귀속시킨 경우 진입도로 건설비용 관련 매입세액”이라고 명시하고 있는데, 당해 도로는 단지 내 도로로서 지방자치단체에 무상으로 귀속시키는 대상이 아니고, 당해 지역은 건축법 제3조 에 따른 대지와 도로의 관계 적용 제외 지역으로 건물의 준공 및 사용 승인이 되면 대지와 도로의 지적분할을 완료하여 토지지목변경을 하게 되며, 도로는 주택단지내 소유자의 공동소유로서 개인별 재산이 되는 것이고, 법인세법 시행규칙 제15조 제3항 [별표5]에 따른 감가상각자산인 구축물(포장도로)에 해당하므로 쟁점공사 중 포장공사 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액에 포함되지 아니한다. (다) 법면보호공사(OOO원)인 씨드스프레이는 법면 굴착 후 씨드기계파종 녹화 공법으로 종자, 비료, 피복, 영양제, 침식방지 안정제 등을 살포기 탱크내에서 과학적으로 혼합한 후 초고압 펌프로 살포하여 녹화하는 공법으로 경사면 보호와 조경을 위한 것으로, 내용연수가 영구적이지 아니하고 계속 관리․보수 유지를 하여야 하므로 감가상각자산인 구축물에 해당한다. 따라서 쟁점공사 중 법면보호공사 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니한다. (라) 배수공사(OOO원)는 건물 침수 방지를 위하여 빗물 등의 배수를 원활하게 하는 시설 설치와 관련한 공사로, 산마루측구에 배수가 원활하도록 균일하게 플륨관을 설치하고 이음부에 누수가 발행되지 않도록 시공(흄관부설 및 접합)하는 공사 등이 포함되고, 조세심판원에서도 배수관과 관련하여 집배수 등을 위하여 옹벽이나 시설물 주변에 설치하는 콘크리트 등 재질의 구조물로서 토지와 일체를 이루거나 토지를 개량하는 역할을 한다고 하기 보다는 토지와 별도의 역할을 하면서 감가상각 대상 자산이 되는 구축물로 봄이 타당하다(조심 2014중1236, 2014.7.4., 같은 뜻임)고 결정한 바 있으므로, 쟁점공사 중 배수공사 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니한다. (마) 오수공사(OOO원)는 OOO 오수관 등을 설치하는 공사로, 회사가 계속하여 유지⋅관리해야 하는 것이므로, 이는 구축물로서 과세사업을 하기 위한 매입세액에 해당한다. (바) 조경공사(OOO원)는 소나무외 7종의 식재로 조경공사를 한 것으로, 조경공사 관련 매입세액에 대하여는 국세청 부가가치세 집행기준 39-80-1 제2항 제1호(공장 또는 건물을 신축하면서 건축물 주변에 조경공사를 하여 정원을 만든 경우 해당 공사 관련 매입세액)에서 토지 관련 매입세액으로 보지 않는다고 명시하고 있다. (사) 부대공사(OOO원)는 차선 규제봉, 보안등 설치, 미끄럼방지 포장, 제설함과 반사경 설치 및 교통 표지판 등에 대한 공사로, 구축물 등 감가상각자산에 해당하므로 토지관련 매입세액에 해당하지 아니한다. (아) 간접노무비외 OOO은 간접노무비⋅이윤⋅일반관리비⋅산재보험료⋅전기공사비 등 공통매입세액으로, 구축물 등의 직접공사 비율로 안분하였으며, 건물이 준공된 후 확정된 면적으로 재계산을 하여 정산할 여지가 있다고 하더라도 관련 매입세액은 공제하는 매입세액에 해당하며, 전기공사 및 기장수수료 관련 매입세액은 전액 공제하여야 할 매입세액에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점토지는 등기부등본상 지목이 임야로서 건축물을 신축할 수 없는 상태이므로, 쟁점토지 지상에 주택단지를 조성하기 위해서는 임야를 주택부지로 바꾸는 대지조성공사가 선행되어야 하며, 대지조성을 위한 옹벽공사 등은 토지의 형질변경을 위해 필수적인 것이다. 따라서 쟁점공사는 지목의 변경을 수반하여 토지의 가치를 현실적으로 증가시키므로 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당한다. 또한 청구법인은 2017년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점매입세액을 전부 토지의 자본적 지출 관련 매입세액으로 보아 공제하지 아니하는 매입세액으로 신고하였고, 2017⋅2018사업연도 표준대차대조표상 토지를 재고자산(용지)으로 신고하였으므로 당초 공사 목적이 ‘토지’ 분양이었음을 알 수 있다. 따라서 쟁점공사와 관련된 쟁점매입세액 전부를 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니하므로 매입세액 공제대상이라는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014.2.24. 개업하여 OOO에서 부동산개발 및 주택 분양업 등을 영위하는 법인사업자이다. (나) 청구법인은 2014.3.12. 쟁점토지를 취득한 후 그 지상에 단독주택 OOO세대를 건축하기 위하여 2016.5.3. 주택법제15조에 따라 OOO으로부터 대지조성사업 사업계획 승인(착공예정일 2016.6.1., 사용검사 예정일 2018.6.30., 총 사업비 OOO원)을 받았다. <표1> 사업계획승인서 (다) 청구법인이 쟁점토지에 대지조성공사를 진행한 내역은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2017.8.8. 쟁점거래처와 쟁점토지(임야 10,974㎡)에 2017년 9월(착공)부터 2018년 2월(준공)까지 단독주택 용지 6,726㎡, 주민공동시설 227㎡, 도로부지 4,021㎡를 조성하는 내용의 대지조성공사 용역(쟁점공사) 계약을 체결하고, 도급금액을OOO원(부가가치세 별도)으로 하였으며, 공사 세부내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 공사내역서 총괄표

2. 포장공사는 단지내 도로(차도 및 인도) 설치를 위한 콘크리트⋅보도용 콘크리트블록 포장, 차선도색 등 공사, 구조물공사(옹벽공사)는 쟁점토지에 조경석 등으로 옹벽을 쌓는 공사, 법면보호공사(씨드스프레이)는 법면 굴착 후 경사면 보호와 조경을 위해 그 경사면에 종자, 비료, 영양제 등을 살포하는 공사, 배수공사는 산마루 측구에 배수가 원활하도록 플륨관을 설치하고 집수정⋅빗물받이⋅사각수로관⋅우수맨홀 등을 시공하는 공사, 오수공사는 오수맨홀, 오수받이, 오수주철뚜껑, 오수관 등을 설치⋅시공하는 공사, 조경공사는 소나무 등 나무를 식재하는 공사, 부대공사는 차선 규제봉⋅보안등 설치, 제설함과 반사경 설치, 교통 표지판 등을 시공하는 공사, 간접노무비는 위 공사와 관련한 간접노무비, 이윤, 일반관리비, 산재보험료, 전기공사비 등으로서, 청구법인은 위 공사 중 구조물공사와 관련하여 2019.12.27. OOO시장에게 공작물[옹벽(석축쌓기) 높이 3m × 길이 70m] 축조 신고를 하였다.

3. 청구법인은 2017.12.31. 쟁점거래처로부터 공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원의 매입세금계산서 1매를 수취한 후, 2018.1.24. 2017년 제2기 과세기간의 부가가치세 확정신고를 하면서 쟁점매입세액 전부를 공제하지 아니하는 매입세액으로 신고하였다. (라) 청구법인은 2017⋅2018사업연도 재무제표(표준대차대조표)에 쟁점토지를 전부 재고자산(용지)으로 신고하였다가 2019사업연도에 쟁점토지 취득가액과 쟁점공사비 등 공사비를 구분하여 쟁점토지를 재고자산(용지, OOO원)으로, 쟁점공사비 등을 미완성공사(주택외, OOO원)로 구분하였다. <표3> 표준대차대조표 (마) 청구법인은 2019.7.16. OOO와 쟁점토지 중 건축면적 96.0㎡에 철근콘크리트구조 근린생활시설 OOO개동(연면적의 합계 96.0㎡)에 대한 설계용역을 도급하는 내용의 “OOO신축공사 설계용역” 계약[계약금액 OOO원(공급가액)/ OOO]을 체결한 후, 2019.9.18. 쟁점매입세액을 국민주택규모를 초과하는 주택 및 상가의 건설과 관련한 매입세액으로 보아야 한다는 이유로 처분청에 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다. <표4> 청구법인의 쟁점매입세액 계산내역 (바) OOO시장은 청구법인의 사업계획변경을 이유로 한 대지조성사업계획 승인 취소 요청에 따라 2019.10.24. 대지조성사업계획을 승인 취소하였고, 청구법인은 2019.10.29. 건축법에 의한 건축신고(공동주택 9호)를 하였으며, OOO시장은 2019.12.27. 아래 <표5>와 같이 총 대지면적을OOO 9,191㎡, 건축물 연면적을 1,369.47㎡로 하여 건축허가를 하였다. <표5> 건축허가 현황(OOO, 임야) (사) 청구법인은 쟁점토지를 필지별로 구분한 후 지상에 국민주택 규모를 초과하는 단독주택(또는 상가)을 건축하여 토지와 건물을 함께 분양하기로 계약하였다며 부동산(건물, 토지) 분양계약서를 제출하였고, 그 주요내용은 아래와 같다. <표6> 부동산(건물, 토지) 분양 계약서 주요내용(발췌) (아) 쟁점토지 지상에 국민주택 규모를 초과하는 주택 또는 근린생활시설을 건축하기 위하여 건축물의 공사에 착공한 사실은 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법제39조 제1항 제7호는 면세사업 등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제80조는 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액을, 제3호에서 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 규정하고 있는바, 면세재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’으로서 이를 매출세액에서 공제할 수 없고, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 ‘토지에 관련된 매입세액’으로서 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 청구법인은 쟁점매입세액이 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물에 해당하는 공사 관련 매입세액으로서 매입세액 공제대상이라고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지 지상에 단독주택OOO를 건축하고자 OOO시장으로부터 대지조성사업계획 승인을 받아 쟁점공사를 통해 택지를 조성한 사실만 인정될 뿐 실제 국민주택 규모를 초과하는 주택 및 근린생활시설 건축사업에 대한 허가를 받거나 본설계를 통해 해당 건축물의 건축에 착공한 사실이 없어 청구법인으로서는 언제든 대지조성을 통해 가치가 상승한 대지만을 분양할 수 있어 보이는 점, 청구법인이 당초 2017⋅2018사업연도 재무제표(표준대차대조표)에 쟁점토지를 전부 재고자산(용지)으로 계상하고 2017년 제2기 과세기간의 부가가치세 확정신고를 하면서 스스로 쟁점매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 신고하는 등 면세재화인 토지를 재고자산으로 취득하여 공급하는 면세사업자로 보이는 점, 청구법인이 임야인 토지를 취득한 후 이를 택지로 조성하는 과정에서 쟁점공사를 통해 건축한 옹벽, 도로 등을 구축물 등으로 구분하여 등재한 사실이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 면세사업자로서 택지조성사업을 하는 과정에서 쟁점공사 비용을 지출한 것으로 보인다. 따라서 쟁점매입세액은 면세사업자가 부담한 면세사업등과 관련된 매입세액 또는 택지의 조성 등에 관련된 매입세액으로서 토지와 관련된 매입세액이라 할 것이므로 처분청에서 쟁점매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)