쟁점계산서를 실물거래없이 발급한 가공계산서로 보아 총수입금액에서 차감할 수 있는지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2020.1.15. 청구인에게 한 2015년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 2015년 OOO에 대한 공급가액 OOO원, OOO에 대한 공급가액 OOO원, OOO에 대한 공급가액 OOO원, 하루에 대한 공급가액 OOO원 및 OOO에 대한 공급가액 OOO원 합계 OOO원의 매출계산서 관련 거래가 실거래인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO에서 OOO이라는 상호로 수산물 도소매업을 영위하던 사업자로, 2015년 중 실물거래없이 OOO(대표자: OOO, OOO)으로부터 수취한 매입계산서 OOO원(이하 “쟁점외금액”이라 한다)을 매출원가에 산입하여 2015년 귀속 종합소득세를 신고하였다.
• 나. OOO세무서장은 OOO에 대한 자료상혐의자 조사를 실시하여 실행위자 OOO을 조세범처벌법위반으로 고발한 후 처분청에게 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 청구인에게 과세자료 해명안내문을 발송하였으나, 청구인이 해명자료를 제출하지 아니하자 쟁점외금액을 매출원가에서 차감하여 2020.1.15. 청구인에게 2015년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.12. 이의신청을 거쳐 2020.7.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인인 주장 청구인이 운영하던 OOO은 전날 거래처로부터 주문받은 물량을 OOO에서 구입하여 OOO 및 OOO 인근 식당 등에 납품하였고, 매출총이익률은 매출액 대비 7% 정도인데, 당시 실제 거래한 금액보다 과다하게 계산서의 발급을 요구하던 식자재 업계 관행 상 아래 OOO과 같이 2015년도 중 거래처인 OOO에 OOO원, OOO 외 3개 거래처(OOO과 합하여 이하 “쟁점거래처”라 한다)에 합계 OOO원, 총합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매출계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 실물거래없이 발급하였으며, 과다발급된 매출로 인한 종합소득세 부담을 줄이기 위해 거래처인 미래수산으로부터 실물거래없이 미리 받아 놓았던 매입계산서를 이용하여 쟁점외금액을 2015년도 종합소득세 신고 시 필요경비에 산입한 것인바, 쟁점외금액을 필요경비에서 제외한 이상 쟁점금액도 총수입금액에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다. OOO 처분청은 청구인이 가공매출과 관련하여 금융증빙, 거래처 확인서 등을 제출하지 못하여 청구주장을 인정할 수 없다는 의견이나, OOO과는 거래자체가 없어 수수료 입금내역 이외에는 제출할 자료가 없고, 그 외 거래처와는 판매(매출처)금전 거래내역에 의해 거래내역이 확인되며, 거래처 확인서를 받기 위해 거래처 주소지로 찾아가 보고 거래처 대표자에게 연락을 시도해 보았으나 현재 거래처 모두가 폐업한 상태로 청구인으로서는 거래처와 연락을 할 방법이 없는 상황이고, 처분청은 매입거래의 경우 청구인이 아무런 증빙자료를 제출하지 못하자 증빙이 없어서 매입사실을 인정할 수 없다고 하면서도, 쟁점계산서의 경우 증빙이 없어서 매출사실을 부인할 수 없다는 의견인바, 이러한 처분청의 의견을 이해하기 어렵다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 OOO이 과일이나 채소류를 거래하는 업체이고 수산물을 거래할 수 있는 시설이 없다고 주장하나, 국세청 전산자료에 의하면 OOO의 주종목은 농산물과 수산물로 확인되고, 처분청의 입장에서는 거래내역 없이 별도의 금융거래만이 존재할 수 있으므로 ‘판매(매출처) 금전거래내역[관리자용]’에 매출처가 없다는 이유만으로 가공거래라고 확정하기는 어려우며, 그 외 업체들의 금융증빙도 미제출되어 가공거래로 확정하기 어려우며, 청구인은 거래처별 전산자료를 제출하였으나, 전산자료는 임의로 작성 및 수정이 가능하므로 명확한 거래사실 여부를 확인할 수 있는 금융증빙 등이 추가로 제출되지 않으면 가공매출의 증빙자료로 보기 어렵고, 과세자료 해명안내 및 이의신청 의견서에 금융 자료를 계속 요구하였으나 OOO과 관련하여 가공매입계산서 수취에 따른 수수료 OOO원의 금융증빙만 제출하고 가공매출업체의 금융증빙은 제출을 하지 아니하였으므로 처분청 입장에서는 거래처의 확인서, 거래내역서 및 대금증빙 등의 객관적인 증빙자료가 부족하여 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점계산서를 실물거래없이 발급한 가공계산서로 보아 총수입금액에서 차감할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 등 (1) 소득세법 제33조 【필요경비 불산입】

① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.

13. 각 과세기간에 지출한 경비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액 (2) 소득세법 제80조 【결정과 경정】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 (3) 소득세법 제163조 【계산서의 작성․발급 등】

① 제168조에 따라 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자가 계산서를 발급할 때에는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이 법에서 "전자계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 부가가치세법제32조 제2항에 따른 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자

2. 제1호 외의 사업자로서 총수입금액등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업자

⑤ 사업자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출·매입처별 합계표(이하 "매출·매입처별 계산서합계표"라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계산서의 합계표는 제출하지 아니할 수 있다.

1. 제3항에 따라 계산서를 발급받은 수입자는 그 계산서의 매입처별 합계표

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2015년 중 OOO으로부터 실물거래 없이 매입계산서를 수취한 쟁점외금액(OOO원)을 종합소득세 계산 시 필요경비에 산입하여 종합소득세를 신고하였고, 처분청은 조사 결과 해당 매입거래를 가공거래로 확정하고 필요경비를 부인하여 종합소득세를 부과하였으며, 쟁점외금액이 가공매입인 사실에 대하여 양측의 다툼이 없다. (나) 청구인은 2015.4.13.∼2018.1.31. 기간 동안 수산물 도소매업을 영위하던 사업자로, 2015년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 손익계산서의 주요내용은 아래와 같다. OOO (다) 당초신고 내용과 쟁점외금액을 필요경비부인한 처분청 경정내용, 쟁점외금액(가공매입)과 청구인이 주장하는 가공매출을 모두 반영할 경우 2015년 매출총이익률을 비교하면 아래 OOO과 같고, 청구인은 업계(수산물 도매업) 평균 마진율을 7%로 주장하며, 처분청이 제시한 업종별 평균 매출총이익률은 10.14%로 나타난다. OOO (라) 청구인이 제출한 가공매출 내역은 위 OOO과 같고, 청구인의 신고내용에 의하면 청구인은 OOO, OOO에는 2015년에만, 나머지 3개 업체에는 2015년과 2016년에 각각 매출계산서를 발급한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 OOO의 대표자는 직접적인 거래당사자가 아니고, 나머지 거래처의 대표자와는 연락이 두절된 상태이므로 거래사실확인서 등을 받을 수 없다고 주장하고, 국세청 전산망 조회자료에 의하면 쟁점거래처는 아래 OOO와 같이 심판청구일 현재 모두 폐업상태인 것으로 나타난다. OOO (바) 청구인은 OOO이 농산물만을 취급하는 업체로 청구인과는 거래한 사실이 없다고 주장하고, 처분청은 국세청 전산망 조회자료에 의하면 OOO은 청구인 이외 수산물 도매사업자인 OOO로부터 2015년에 매입계산서(OOO원)를 수취한 사실이 있다는 의견이다. (사) 청구인은 OOO에게 실물거래 없이 매출계산서 OOO원을 발급하여주고 수수료로 OOO원을 받았다고 주장하서 ‘계좌별거래명세표’를 제출하였고, 동 거래명세표에 의하면 2015.10.1. ‘OOO’으로부터 OOO원이 입금된 사실이 확인되며, 해당 계좌는 국세청에 신고한 사업용계좌(OOO은행)가 아닌 것으로 나타난다. (아) 청구인은 OOO을 제외한 쟁점거래처와의 실거래 증빙자료로 청구인이 전산으로 작성한 ‘판매(매출처)금전거래[관리자용]’을 제출하였고, 해당 판매 금전거래 내역에는 청구인이 2015년 중 OOO(92건), OOO(47건), OOO(90건), OOO(33건) 등과 한 매출거래의 거래일자와 판매금액, 수금액 및 수금일자 등이 상세하게 기재되어 있고 거래처별 연간 판매금액의 합계는 위 OOO의 ‘판매(매출처) 금전거래내역’의 금액과 같으며, 수금은 주로 현금으로 이루어 졌기 때문에 금융거래내역의 제출은 어렵다고 주장한다.

(2) 청구인은 2020.11.17. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 처분청이 쟁점거래처를 조사하면 가공매출 사실을 확인할 수 있음에도 쟁점거래처에 대한 조사를 실시하지 아니한채 가공매출 사실을 부인하는 것은 부당하고, 당초 연락이 되지 않았던 OOO 대표자 OOO을 어렵게 수소문하여 거래사실이 없었다는 내용의 확인서를 수취하였다는 취지로 의견을 진술하였으며, OOO원 상당의 계산서를 상품거래없이 발급받았고 이에 대해 수수료 명목으로 청구인에게 OOO원을 지급한 사실을 확인한다는 내용의 OOO의 확인서 및 OOO의 신분증 사본을 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 금융거래내역 등 객관적인 증빙자료가 제출되지 아니하여 가공거래를 인정할 수 없다는 의견이나, 청구인으로부터 실물거래 없이 계산서를 수취하였다는 취지의 OOO 대표자 OOO의 확인서가 제출된 점, 청구인이 제출한 ‘판매(매출처) 금전거래내역’에 거래금액, 당일 미수금액 및 수금액 등이 거래일자별로 상세히 기재되어 있어 청구인이 동 거래명세서 등을 소급하여 작성한 것으로 보이지 않는 점, 실제 재화의 공급 및 자금거래가 발생하지 아니한 가공거래임을 주장하는 상황에서 청구인에게 금융증빙 등 거래증빙의 제출을 요구하는 것은 상식에 부합하지 아니하고, 심리일 현재 쟁점거래처 모두가 폐업상태인 점에 비추어 나머지 거래처로부터 가공거래사실확인서 등의 수취하기 어렵다는 청구주장에 신빙성이 있는 점, 처분청은 가공매입 관련 과세자료를 통보받아 해명안내 후 이 건 과세처분을 하였고, 청구인이 가공매출을 주장하는 상황에서 거래상대방인 쟁점거래처에 대한 추가적인 확인을 실시하지 아니한 채 쟁점계산서를 적법한 계산서로 확정한 것으로 나타나는 점, 가공매입금액을 필요경비에서 제외하는 경우 청구인의 매출총이익률이 동종업계의 업종별 평균 매출총이익률의 180% 수준으로 과다하게 계산되는 점 등에 비추어 거래와 관련한 금융증빙 등이 없다고 하여 청구인이 실제 거래에 따라 쟁점계산서를 발행하였다고 단정하기 어려운 측면이 있으므로, 처분청이 쟁점거래처로부터 금융증빙을 포함한 거래관련 증빙을 확인하는 등 청구인과 쟁점거래처 간에 쟁점계산서가 실제 거래에 따라 수수되었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.