법인으로 보는 단체로 승인통지를 받은 이후 그 승인취소통지를 받은 사실이 없으므로 쟁점토지 양도 당시 법인으로 보는 단체로 보아야 하는 점 등에비추어 ‘법인으로 보는 단체’로 승인통지를 받은 날부터 그 승인취소통지를 받기 전까지는 법인으로 보는 단체에 해당한다
법인으로 보는 단체로 승인통지를 받은 이후 그 승인취소통지를 받은 사실이 없으므로 쟁점토지 양도 당시 법인으로 보는 단체로 보아야 하는 점 등에비추어 ‘법인으로 보는 단체’로 승인통지를 받은 날부터 그 승인취소통지를 받기 전까지는 법인으로 보는 단체에 해당한다
OOO세무서장이 2019.12.18. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
(2) 쟁점토지는 OOO 두 선생의 후손들이 OOO의 유지관리를 위하여 출연하여 1931년 이래 OOO의 기본재산으로 관리하면서 그 수익으로 OOO의 유지관리 및 춘추향사 비용으로 충당하고 있을 뿐 그 수익을 구성원에게 분배하고 있지 아니므로OOO 공익을 목적으로 출연한 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것으로 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 따라 “당연히 법인으로 보는 단체”에 해당된다 할 것이다.
(3) 또한 쟁점토지는 OOO 취득하여 OOO 15,074㎡로 환산등록된 임야로서 취득 이래 계속하여 OOO의 부속토지로 사용한 토지이므로 청구인이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 토지에 해당한다 할 것이므로 법인세법 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 과세제외 대상으로 봄이 타당하다.
(1) OOO 처분청으로부터 2014.1.8. 법인으로 보는 단체로 승인을 받고 2014.2.20. 폐업하였으나, 국세기본법 제13조 제3항 의 규정에 따라 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법상 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없으므로 2017.12.31.까지 법인으로 보는 단체로 보아야 한다고 주장하나, 위 규정은 세무서장의 승인을 받아 실제 법인격을 갖고 승인받은 고유사업을 계속ㆍ반복적으로 영위하는 단체들에게 적용되는 것으로 아래 <표>와 같이 신규 등록 후 단 이틀 만에 폐업신고를 하고 즉시 간이사업자로 변경한 청구인에게는 적용할 수 없다 할 것이다. <표> 청구인의 사업등록 이력
(2) 위 <표>에서 보는 바와 같이 OOO 처분청으로부터 2014.1.8. 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 2014.1.10. 폐업신고하고, 2014.1.11. 간이과세자로 다시 등록한 것으로 보아 OOO의 2014.1.8.자 법인으로 보는 단체 승인신청은 착오에 의한 것으로 보이는바, 이러한 착오신청에 의한 법인으로 보는 단체의 승인까지 국세기본법 제13조 제3항 이 적용될 여지는 없다 할 것이고, 비록 처분청이 OOO에 대하여 법인으로 보는 단체로 고유번호를 부여하였다 하더라도 OOO은 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 후 양도소득세 조사시까지 비영리법인으로서 어떠한 의무도 이행한 사실이 없을 뿐만 아니라 폐업신고 후 곧바로 부동산 임대업자로 사업자 등록하여 개인사업자로 그 지위를 행사하였으므로 쟁점토지를 양도할 때까지 법인으로 보는 단체로서의 법인격을 유지하였다는 청구인의 주장은 설득력이 없다 할 것이다.
(3) 또한 처분청에서 OOO이 국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 당연히 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하였는지 확인하기 위하여 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 토지정보과 및 문화예술과에 유선으로 확인한 바에 의하면 OOO 문화재로서 지정ㆍ관리할 뿐 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체에 해당하지 아니한다고 회신한 사실이 있으므로 OOO은 국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 당연히 법인으로 보는 단체에도 해당되지 않는다 할 것이다.
(4) 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 중과세율을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다 할 것이다. (가) OOO은 법인으로 보는 단체가 아닌 1거주자로 보는 단체로서 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 나목(임야 소재지에 거주하는 자가 소유하는 임야)의 요건을 충족하지 못하여 비사업용토지에 해당하고(서면4팀-3106, 2007.10.30.), 설령 OOO 법인으로 보는 단체로 본다 하더라도 쟁점토지를 OOO 고유목적 사업에 직접 사용하지 아니하여 이 또한 비사업용토지에 해당한다(대법원 1997.11.14. 선고 97누9338 판결 참조)할 것이다. (나) OOO 고유목적사업은 후학을 양성하고 OOO에게 제사지내며 유교적 향촌질서를 유지하는 기능을 목적으로 하는 것으로 청구인은 처분청의 세무조사시 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하였다고 주장하면서도 이와 관련된 증빙을 제시하지 못하고 있고, 또한 쟁점토지는 문화재보호법 제13조 및 OOO조례에 의하여 문화재로 지정된OOO에서 반경 300m안에 있는 현상변경허가구역 중 제7구역에 위치하고 있어 문화재보호법에 의한 보호구역도 아닐 뿐만 아니라 처분청이OOO에 출장하여 확인한 바에 의하더라도 OOO 문화재보호법상 문화재 보호구역도 아니어서 높이 OOO의 건물신축 및 기존건물의 개ㆍ보수도 특별한 절차 없이 가능한 구역이라고 확인해 준 사실에서도 쟁점토지가 고유목적사업용 토지가 될 수 없다 할 것이다.
① 청구인이 법인으로 보는 단체에 해당하는지 여부
② -1 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부
② -2 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하는지 여부
(1) OOO 2014.1.8. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 이견이 없는 것으로 확인된다.
(2) 청구인은OOO로 지정되었다는 사실을 입증하는 자료로 인터넷 검색자료를, OOO이 구성원에게 수익을 분배하지 아니한다는 사실을 입증하는 자료로OOO의 정관 및 임원현황 자료를 제출하였다.
(3) 처분청이 제출한 법인으로 보는 단체로서의 OOO 사업자등록증을 보면 법인명은 OOO, 개업연월일은 2014.1.1., 업종은 부동산업, 사업자등록증 교부일은 2014.1.9.로 확인되고, 청구인(OOO)이 2014.2.20.자 처분청에 제출한 사업자등록 폐업신고에 의하면 폐업일자는 2014.1.10., 폐업사유는 ‘면세적용’으로 확인되며, 2014.2.20. 간이과세자로 등록한 사업자등록증에는 개업일이 2014.1.11., 업종은 부동산임대업, 사업장소재지는 OOO로 나타난다.
(4) OOO 쟁점토지와 관련하여 2020.1.29.자 처분청에 회신한 ‘문화재 지정구역 지정 이력사항 회신’ 공문에 의하면 OOO과 같이 회신한 내용이 나타난다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법 제13조 및 같은 법 시행령 제8조 등에서 그 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 등 일정 요건을 갖춘 법인 아닌 단체가 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 경우 법인으로 보고, 승인을 얻은 단체가 위 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다고 하면서 법인으로 보는 단체의 승인취소는 승인취소통지서에 의한다고 규정하고 있고, 행정청이 행한 행정행위의 의미를 해석함에 있어서는 행정행위 또는 그 전제가 된 상대방 당사자의 신청행위 등의 문언 내용과 함께 행정행위의 목적, 행정행위가 행하여진 경위, 당사자들의 이해관계 등을 종합적으로 참작하여야 할 것(대법원 2013.7.12. 선고 2012두20571 판결, 같은 뜻임)인바, OOO 2014.1.8. 법인으로 보는 단체로 승인통지를 받은 이후 그 승인취소통지를 받은 사실이 없으므로 쟁점토지를 양도한 2016.9.26. 현재 법인으로 보는 단체로 보아야 하는 점(조심 2014중4837, 2014.12.9. 참조), 쟁점토지의 양도 당시 OOO 실체가 처분청에서 법인으로 보는 단체로 승인한 이후 쟁점토지를 양도할 때까지 변함없이 지속되어 온 것으로 보이는 점, OOO 쟁점토지를 포함한 기본재산에서 발생한 수익을 OOO의 유지관리 및 춘추향사 비용으로 사용하는 등 그 수익을 구성원에 배분한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 ‘법인으로 보는 단체’로 승인통지를 받은 날부터 그 승인취소통지를 받기 전까지는 법인으로 보는 단체에 해당한다 할 것이므로 처분청에서 OOO 법인세법을 적용하여 법인세를 과세(비과세요건 해당시 비과세)하거나 기 신고․납부한 양도소득세에 대하여 경정청구하는 것 등은 별론으로 하더라도 OOO 법인 아닌 단체(1거주자)임을 전제로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②-1과 쟁점②-2에 대하여 살피건대, 쟁점①을 인용하였으므로 심리할 실익이 없어 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> (1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령 제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인 등) ① 법 제13조제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조제2항 에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (3) 법인세법 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 소득세법 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.
④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세법 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항 에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.
⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다.
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.
⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령 제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제92조의6(임야의 범위 등) ④법 제55조의2 제2항 제2호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
5. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 지방세법 시행령 제22조 에 따른 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야
(5) 지방세법시행령 제22조(비영리사업자의 범위) 법 제11조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”란 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
(6) 소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.