이 건 법원의 조정을 변경계약으로 보아 쟁점공사의 공급시기를 달리 적용하기에는 그 근거가 부족하다 할 것이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
이 건 법원의 조정을 변경계약으로 보아 쟁점공사의 공급시기를 달리 적용하기에는 그 근거가 부족하다 할 것이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법원의 조정조서 내용에 의하면 계약금을 받기로 한 날(당초 공사는 계약금 약정이 없기에 공사대금의 82%는 지급이 확정된 계약금으로 볼 수 있음)의 다음날부터 용역제공완료 예정일(2020.12.30.)까지의 기간이 6개월 이상에 해당하고, 잔여공사의 대가를 3회 이상 분할하여 지급하는 것으로 합의하였으므로 부가가치세법 시행규칙 제20조 에 따라 쟁점공사는 중간지급조건부에 의한 용역의 공급요건에 부합한다. 따라서 법원의 조정으로 인하여 쟁점공사계약은 당초 단기공사계약에서 중간지급조건부계약으로 변경된 것으로 보아야 한다. (2) 부가가치세법 집행기준15-28-5 제4항에서 당초 계약이 중간지급조건부에 해당하지 아니하였으나, 당사자 간에 중간지급조건부계약으로 변경한 경우 계약변경 이전에 지급한 계약금은 변경계약일을, 변경계약일 이후에는 변경된 계약에 의하여 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 각각 공급시기로 한다고 규정하고 있고, 이 때 ‘계약변경 이전에 지급한 계약금’에는 계약변경일 현재 지급한 금액뿐만 아니라 지급하여야 할 금액(미지급 확정액)도 포함되며, 위 집행기준 후단의 ‘변경계약일 이후에는 변경된 계약에 의하여 대가의 각 부분을 받기로 한 때’란 그 변경계약 이후 새로이 지급시기가 도래하는 것은 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 본다고 해석하여야 한다.
(3) 청구법인의 경우와 같이 계약변경일 이전에 지급하여야 할 금액은 확정되었으나 그 지급의무가 있는 거래상대방의 자금 사정 등의 원인으로 계약변경일 현재 미지급된 금액이 있는 경우에는 통상적인 변경계약에서는 그 변경계약에 따라 향후 받을 금액과 그 지급시기만 약정하는 것이지 변경계약 이전에 지급이 확정된 금액은 변경계약서에 별도로 약정하지 아니하므로 ‘변경계약일 이전에 지급이 확정된 금액’의 공급시기를 변경계약일로 보지 아니한다면 공급시기를 정할 수 없는 모순이 발생한다. 즉, ‘계약변경 이전에 지급한 계약금’에는 계약변경일 현재 지급할 금액이 확정되어 지급한 금액뿐만 아니라 지급하여야 할 금액까지 포함한다고 보아야 한다. 따라서 당초 용역의 공급계약이 중간지급조건부에 해당하지 아니하였으나, 당사자 간에 계약조건을 변경하여 중간지급조건부 계약으로 변경한 경우 계약변경 이전에 지급한 계약금은 변경계약일을, 변경계약일 이후에는 변경된 계약에 의하여 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 각각 공급시기로 보아야 하므로 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.
(1) 청구법인이 쟁점거래처와 체결한 쟁점공사계약은 단기용역계약으로 부가가치세법 제16조 제1항 제1호 에 따라 “역무의 제공이 완료되는 때”를 그 공급시기로 보아야 하나, 현장확인일까지 쟁점공사의 용역이 완료되지 아니한 것으로 확인되고, 청구법인은 당초 체결된 쟁점공사계약에 대하여 ‘변경계약서’를 별도로 작성한 사실이 없다. 한편 청구법인은 처분청이 2018년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래처로부터 공급시기를 달리하여 수취한 세금계산서와 관련한 매입세액을 불공제한 처분에 대하여 2019.6.3. 심판청구(조심 2019전2264)를 제기하였는데, 당시 청구법인은 쟁점거래처와 체결된 당초 쟁점공사계약이 변경된 사실이 없고 쟁점공사계약에 대한 효력상 하자가 없는 한 용역의 공급시기는 용역의 제공이 완료되는 날로 보아야 한다고 주장하였고, 조세심판원은 이에 대하여 2019.12.11. 인용으로 결정하였음에도 이 건 심판청구에 이르러서는 당초 주장과 달리 쟁점거래처와의 합의에 기초한 2019.10.21. 법원의 조정을 계약조건의 변경으로 보아 용역의 공급시기를 달리 적용하여야 한다고 주장하고 있다. 청구법인과 쟁점거래처의 합의에 기초한 법원 조정조서의 내용을 살펴보면, 쟁점거래처는 당초 공사대금 또는 추가적 공사대금 지출에 대한 다툼이 아니라 당초 약정한 공사대금 중 소송 제기시까지 지급받지 못한 대금의 지급(지급명령)을 청구하였고, 이에 청구법인은 공사용역의 미완료에 따른 손해 등 상호 이해관계를 조정한 것으로 확인된다. 즉, 쟁점거래처는 2018.9.13 청구법인을 상대로 쟁점공사계약(OOO부가가치세 포함)에 따라 2018.4.13.까지 공사를 완료하였음에도 청구법인이 OOO제외한 OOO미지급함에 따라 이를 지급할 것을 청구한 것이고, 법원은 당해 미지급액에 대한 지급을 명령한 것이다. 청구주장과 같이 법원의 쟁점지급명령으로 인하여 쟁점거래처가 청구법인으로부터 지급받아야 할 공사대금이 확정되었다면 쟁점거래처는 공사대금 OOO공급가액으로 하여 세금계산서를 교부하여야 하고, 이후 청구법인이 이의를 제기하여 법원의 조정결정에 따라 당초 용역의 공급이 조정된 경우 이는 수정세금계산서의 발급 사유에 해당하므로, 판결이 있는 날을 작성일로 하여 수정세금계산서를 발급하여야 한다. 따라서 당사자 간의 합의에 의하여 법원의 조정결정을 받는 경우에는 공사계약이 변경된 것으로 보기보다는 당초 발급한 세금계산서상 공급가액을 차감 또는 추가하여 수정세금계산서를 발급함이 타당하다.
(2) 청구법인은 이 건 법원의 조정결정으로 인하여 쟁점공사계약이 단기용역계약에서 중간지급조건부계약으로 변경되었다고 주장하나, 중간지급조건부에 의한 용역의 공급은 계약금을 받기로 한 날의 다음날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로 계약금, 중도금 및 잔금 등이 최소한 3회 이상 분할하여 지급되어야 하고 그 지급일자 및 금액 등이 구체적으로 명시되어야 하는데, 당초 공사계약서에는 계약금 등에 관한 지급일자와 지급액을 약정하지 아니하여 지급사실을 확인할 수 없고, 쟁점세금계산서에도 지급일자와 금액이 구체적으로 확정되어 있지 아니하여 중간지급조건부계약으로 변경되었다고 볼 수 없다. 또한 청구주장과 같이 당사자 간에 계약조건을 변경하여 중간지급조건부계약으로 변경된 경우에 해당한다면 계약변경일 이전에 청구법인이 이미 지급한 금액 상당액에 대하여 계약변경일을 공급시기로 하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것이지 당초 쟁점공사계약에서 계약금에 대한 약정이 없다고 하여 법원조정일에 확정된 공사금액인 OOO(82%)을 계약금으로 보아 세금계산서를 교부받을 수는 없다. 중간지급조건부에 의한 용역의 공급으로 변경되었다면 조정조서의 내용과 같이 쟁점거래처가 미완료한 잔여공사를 2019.11.30.까지 시공완료하고 당사자간 공사대금 OOO(부가가치세 포함)의 지급과 무관하게 관련 세금계산서를 수수하여야 함에도 그러한 사실이 없는 것으로 확인되는 등 이 건 법원의 조정은 단순히 당사자간 이해관계에 대한 합의에 불과할 뿐 공사계약의 변경으로 확대해석할 수 없다. 따라서 법원의 조정결정 이후 쟁점거래처가 공사를 진행하지 아니하여 현재까지 공사가 완료되지 않았다면 청구법인은 공사대금을 지급할 의무가 없고, 쟁점거래처는 역무를 완성할 의무가 있는데 용역의 제공이 완료되지 아니하였다면 공사대금을 청구할 수 없으므로 쟁점세금계산서의 교부는 적정하지 아니하다.
(3) 쟁점공사계약에 대한 공급시기가 도래하여 세금계산서를 적법하게 교부받은 경우라면 매입세액공제가 가능할 것이나, 청구법인이 당초 심판청구시 주장한 바와 같이 쟁점공사가 완료되지 아니하였고, 당초 공사계약의 공급시기(용역의 제공이 완료되는 때) 전에 교부받은 쟁점세금계산서에 대하여 그 대가를 전혀 지급하지 아니한 것으로 확인되므로 당해 용역과 관련된 매입세액은 공제할 수 없다. 또한, 충청북도 충주시가 청구법인을 상대로 제기한 사용·수익허가 취소소송 및 쟁점거래처가 청구법인을 상대로 부가가치세 환급금반환청구채권을 포함한 채권을 압류한 사실(청주지방법원 충주지원 2019타채8600) 등에 비추어 청구법인은 관련 공사대금에 포함된 부가가치세에 대한 실질적인 지급 없이 단지 국가로부터 매입세액공제에 따른 부가가치세를 환급받기 위한 의도로 이 건 심판청구를 제기한 것으로 볼 수밖에 없다.
(1) 부가가치세법 제11조[용역의 공급] ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것
② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제16조[용역의 공급시기] ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제17조[재화 및 용역의 공급시기의 특례] ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조[할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우 ※ 부가가치세법 시행규칙 제20조[중간지급조건부 용역의 공급] 영 제29조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우
(1) 청구법인은 2019.10.21. 이 건 법원의 조정성립으로 인하여 쟁점공사가 ‘단기공사’에서 ‘중간지급조건부공사’로 변경됨에 따라 조정성립일이 속하는 2019년 10월 공사대금의 지급이 확정된 것으로 보아 2019년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서와 관련한 매입세액의 환급을 신청하였으나, 처분청은 현장확인을 실시한 결과 쟁점공사에 대한 변경계약이 별도로 체결된 사실이 없을 뿐만 아니라 공사용역의 제공이 완료되지 아니한 사실을 확인하여 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 아래 <표1>과 같이 청구법인의 2019년 제2기 부가가치세 OOO대한 환급신청을 거부하였다. <표1> 이 건 처분 내역 (단위: 원)
(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 2018.2.20. 쟁점거래처와 체결한 쟁점공사계약의 주요 내용은 다음과 같다. (나) 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서의 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 세금계산서 수취내역 (단위: 원) (다) 처분청은 청구법인이 2019년 제2기 부가가치세 확정신고시 조기환급을 신청함에 따라 현장확인을 실시한 후 청구법인에게 다음과 같은 내용의 ‘현지확인 결과통지서’를 발송한 것으로 나타난다. (라) 쟁점거래처는 2018.9.6. 청구법인을 상대로 공사대금 지급청구소송(부산지방법원 동부지원 2018차전41032)을 제기하였고, 법원은 이에 대하여 2018.9.13. 청구법인에게 청구금액의 지급을 명령하였는바, 동 지급명령서의 주요 내용은 다음과 같다. (마) 청구법인은 2019.5.20. 쟁점거래처를 상대로 위 쟁점지급명령에 대하여 잔여공사가 최종적으로 완료되지 아니하여 전체공사대금 중 약 20%(약 OOO공급가액)는 지급할 수 없다고 주장하며 쟁점소송을 제기하였고, 그 결과 2019.10.21. 법원의 조정내용에 양측이 합의하였는데, 당해 조정조서(부산지방법원 동부지원 2019가합103552)의 주요 내용은 다음과 같다. (바) 청구법인은 2018.12.31. 쟁점거래처로부터 수취한 공급가액 OOO상당의 세금계산서에 대한 매입세액을 처분청이 불공제함에 따라 2019.6.3. 심판청구(조심 2019전2264)를 제기하였고, 이에 대하여 우리 원은 2019.12.11. 인용으로 결정한 것으로 나타나는바, 당해 결정서 중 판단내용은 다음과 같다. (사) 쟁점거래처는 2019.12.6. 청구법인이 처분청에 대하여 가지는 부가가치세 환급금 반환청구채권 중 청구금액에 달할 때까지의 금액(쟁점지급명령에 기한 청구금액 및 집행비용 등의 합계액)에 대한 채권에 대하여 압류를 신청하였고, 법원은 2019.12.9. 이를 인용한 것으로 나타난다(청주지방법원 충주지원 2019타채8600). (아) 충청북도 충주시가 청구법인의 공유재산 및 물품관리법 위반을 사유로 OOO사업과 관련한 사용․수익허가를 취소함에 따라 청구법인은 이에 불복하여 행정소송을 제기하였으나, 법원이 2020.5.28. 이를 기각함에 따라 청구법인은 위 사업과 관련한 부지를 사용할 수 없음은 물론 영업행위를 할 수 없게 되었고, 현재 항소심을 진행하고 있는 것으로 나타난다. (자) 그 밖에 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 이 건 심판청구일 현재까지 미지급한 공사대금을 추가로 지급하거나 쟁점거래처가 미시공한 잔여공정을 완료한 사실은 확인되지 아니한다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 법원의 조정으로 인하여 쟁점공사는 단기계약에서 중간지급조건부계약으로 변경되었으므로 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하나, 이 건 조정조서의 내용에 따르면 쟁점거래처는 당초 쟁점공사계약에 따른 공사대금을 지급받지 못하여 청구법인에게 이에 대한 지급을 청구한 것이고, 청구법인은 쟁점거래처가 미시공한 잔여공정에 대한 시공을 완료할 것을 조건으로 미지급한 공사대금을 지급하기로 합의한 내용만 확인될 뿐 쟁점공사계약의 변경계약으로 볼 수 있는 내용은 포함되어 있지 아니하며, 당사자 간에 합의가 있었는지 여부도 객관적으로 확인되지 아니하여 변경계약서 작성이 없었음에도 불구하고 이 건 법원의 조정 자체를 쟁점계약의 변경으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 당초 제기한 심판청구사건(조심 2019전2264, 2019.12.11.)에서, 청구법인은 쟁점공사는 단기공사계약이므로 원칙상 역무의 제공이 완료된 때가 공급시기라고 주장한 것으로 나타나고, 우리 원도 쟁점공사가 완료되지 아니하였을 뿐만 아니라 당초 체결된 쟁점공사계약이 변경되거나 그 밖에 공사계약의 효력상 하자가 없다고 보아 쟁점공사를 단기용역계약에 따른 거래로 판단하였으며, 동 결정 이후 사실관계가 변경되거나 추가된 사실이 없음에도 청구법인은 당초 주장을 변경하여 쟁점공사를 중간지급조건부계약이라고 주장하고 있어 청구주장에 신빙성이 부족한 점, 청구법인은 당초 심판청구사건에서 선발행세금계산서로 인정받은 공급대가 OOO상당의 세금계산서와 관련한 공사대금 외에는 쟁점공사와 관련하여 추가적인 공사대금 지급 없이 쟁점세금계산서만 수취한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 법원의 조정을 변경계약으로 보아 쟁점공사의 공급시기를 달리 적용하기에는 그 근거가 부족하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.