쟁점예수금을 퇴직급여충당금으로 보고 그 한도초과액을 손금불산입한 처분의 당부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 지방공기업법과 OOO 설치조례가 정하는 바에 따라 도시 및 지역개발사업 등을 통한 시민의 주거생활 안정과 복지향상 및 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 설립된 지방공기업으로서, 주택 및 택지개발사업 등 자체사업과 환경·청소 등 지방자치단체 대행사업을 영위하고 있다.
• 나. OOO국세청장(조사1국)은 청구법인에 대한 법인통합조사(2019.9.3.∼2019.10.22.) 결과,

① 2014∼2018사업연도에 청소사업(생활폐기물 수집·운반) 근로자에게 퇴직금을 지급할 목적으로 계상한 장기예수금(이하 “쟁점예수금”이라 한다)을 퇴직급여충당금으로 보아 한도초과액 OOO원을 손금불산입하고,

② 2016∼2017사업연도에 OOO로부터 교부받은 ‘하 소 친환경 일반산업단지 개발사업’의 보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 익금산입 누락한 것으로 보아 OOO원을 익금산입하고,

③ 2016사업연도에 손금산입한 전기오류수정손실 OOO원을 2014∼2015사업연도 손금으로 보아 재계산하고, 기부금 등 그 외 조사내용을 포함하여 과세자료를 통보하였다.

• 다. 처분청은 이에 따라 2020.1.10. 아래와 같이 청구법인에게 법인세를 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) OOO 소속 각 구청에서는 정년 등 퇴직이 예정되어 있는 대행사업 근로자의 퇴직금을 대행사업비에 포함하여 지급하고 있고, 퇴직이 예정되어 있지 않은 근로자의 퇴직금은 청구법인이 구청으로부터 지급받아 장기예수금으로 계상하였다가 퇴직시 지급하였다. 처분청은 청구법인이 퇴직급여라는 계정과목을 사용하여 장기예수금으로 처리(퇴직급여 / 장기예수금)하였다는 이유로 쟁점예수금을 퇴직급여충당금으로 보았으나, 쟁점예수금은 구청으로부터 퇴직금을 받아서 보관한 것일 뿐이므로 관련 법인세액은 취소되어야 한다.

(2) 쟁점보조금은 기반시설 사업비 외에는 다른 용도로 사용할 수 없도록 되어 있다. 기반시설이란 교통시설, 공간시설, 유통·공급시설, 공공·문화체육시설, 방재시설, 보건위생시설, 환경기초시설이므로 OOO 자산이나, 청구법인이 공사를 하면서 설치를 하면 효율적이므로 청구법인으로 하여금 대행하도록 한 것이다. 설령 기반시설이 청구법인의 자산이라고 하더라도 이는 재고자산이 아닌 유형자산이므로 법인세법 제36조 의 규정에 의해 교부결정시 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상할 수 있으므로 관련 법인세액도 취소되어야 한다.

(3) 퇴직급여충당금은 발생주의에 의해 계상한 금액이고 세무상 확정주의에 따라 그 차이를 조정하는 것이므로 퇴직급여충당금 한도초과액은 손익 귀속시기와 관련된 항목이다. 청구법인은 퇴직급여충당금 한도초과액에 대한 법인세(2016사업연도분)를 납부하였으므로 이를 납부하지 않은 것으로 보아 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(4) 2016사업연도 손금으로 계상한 전기오류수정손실 또한 손익 귀속시기의 차이로 인한 것이므로 처분청이 이를 2014사업연도 및 2015사업연도 손금으로 하여 법인세를 환급하면서 환급가산금을 지급하지 않은 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 퇴직금의 실질적인 지급의무가 지방자치단체에 있다고 주장하나, 지방자치단체와 체결한 위탁계약서의 내용과 같이, 청소사업은 청구법인 책임하에 운영되었고, 근로자의 급여와 퇴직금 등의 지급의무와 근로자에 대한 관계 법령상의 권익 문제도 청구법인의 책임인 것으로 확인되며, 대행사업비를 지급받아 인건비·복리후생비·제세공과금 지급 및 퇴직적립금에도 사용할 수 있도록 되어 있다. 또한 예상하지 못한 퇴직자(중도퇴사자) 발생시 장기예수금에서 퇴직금을 지급한 것으로 확인된다. 청소사업에서 발생한 손익의 귀속주체는 청구법인이고, 그 근로자에 대한 퇴직금의 지급의무도 청구법인에게 있으므로 퇴직금 지급목적으로 계상한 쟁점예수금은 퇴직급여충당금으로 봄이 타당하다.

(2) 청구법인은 쟁점보조금이 지방자치단체 재산인 기반시설의 사업비이므로 청구법인의 수익사업과 관련이 없다고 주장하나, OOO부터 하소 친환경 일반산업단지 조성사업과 관련하여 쟁점보조금을 지급받고 당기의 산업단지 공사비와 상계한 점, 하소 친환경 일반산업단지 조성사업 관련 지원금 교부 결정통보서를 보면 기업유치, 일자리 창출 및 지역경제 활성화를 도모하기 위하여 청구법인이 추진 중인 산업단지 조성사업의 원활한 사업 추진 및 적정 분양가 산정을 위하여 시비 지원금(쟁점보조금)을 교부한다고 되어 있는 점, 쟁점보조금 근거 법률인 산업입지 및 개발에 관한 법률 제28조 제1항 을 보면, 산업단지개발사업에 필요한 비용은 사업시행자가 부담하되, 국가 또는 지방자치단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산업단지개발사업에 필요한 비용의 일부를 보조할 수 있다고 규정되어 있고, 도로 등 기반시설 설치는 산업단지 계획에 반드시 필요한 것임을 같은 법 제5조 및 시행령 제4조에서 규정하고 있는 점, 2017.10.13. 고시된 하소 친환경 일반산업단지계획 및 토지세목조서 변경 고시를 보면, 사업시행자는 청구법인으로 되어 있고, 자금도 청구법인이 자체 조달하는 것으로 되어 있는 점 등을 감안하면 쟁점보조금이 청구법인의 사업과 관련이 없다고 보기 어렵다. 또한 청구법인은 기반시설이 유형자산으로서 일시상각충당금 설정 대상이라고 주장하나, 쟁점보조금으로 취득한 유형자산을 확인할 수 없고, 쟁점보조금 지원 근거 법률인 산업입지 및 개발에 관한 법률은 일시상각충당금 설정 대상 법률에도 해당하지 않는다.

(3) 쟁점예수금과 관련한 퇴직급여충당금 한도초과액은 손금불산입(소득처분: 유보) 후 실제 퇴직금 지급시 유보금액을 손금산입하는 것이므로 손익 귀속시기와 관련된 항목이 아니다. (4) 국세기본법 제47조의4 제6항 은 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우 실제 신고납부한 날에 당초 신고납부하였어야 할 국세를 납부한 것으로 보도록 규정하고 있고, 동 규정은 실질적으로 해당 세액을 납부한 것임을 감안하여 가산세 부담을 완화하고 환급가산금을 적용하지 않는다는 취지로 2012년 신설된 것이다. 따라서 전기오류수정손실로 손금산입한 것과 관련하여 납부불성실가산세를 부과하지 않았으므로 환급가산금도 지급하지 않는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점예수금을 퇴직급여충당금으로 보고 그 한도초과액을 손금불산입한 처분의 당부

② 쟁점보조금은 청구법인의 사업과 관련이 없고, 관련이 있다고 하더라도 그로 인해 취득한 기반시설은 일시상각충당금(또는 압축기장충당금)으로 손금산입할 수 있는 유형자산에 해당한다는 청구주장의 당부

③ 퇴직급여충당금 한도초과액은 손익 귀속시기의 차이로 발생한 것이므로 납부불성실가산세가 배제되어야 한다는 청구주장의 당부

④ 전기오류수정손실분에 대한 법인세를 환급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제33조(퇴직급여충당금의 손금산입) ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 임원이나 직원의 퇴직급여에 충당하기 위하여 퇴직급여충당금을 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 그 계상한 퇴직급여충당금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 제36조(국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입) ① 내국법인이 보조금 관리에 관한 법률, 지방재정법, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등의 자산(이하 이 조에서 “국고보조금등”이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)을 취득ㆍ개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득ㆍ개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. (2) 법인세법 시행령 제60조(퇴직급여충당금의 손금산입) ① 법 제33조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 퇴직급여의 지급대상이 되는 임원 또는 직원(확정기여형 퇴직연금등이 설정된 자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에게 해당 사업연도에 지급한 총급여액(제44조 제4항 제2호에 따른 총급여액을 말한다)의 100분의 5에 상당하는 금액을 말한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입하는 퇴직급여충당금의 누적액은 해당 사업연도종료일 현재 재직하는 임원 또는 직원의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액과 제44조의2 제4항 제1호의2 각 목의 금액을 더한 금액 중 큰 금액(제44조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다)에 다음 각 호의 비율을 곱한 금액을 한도로 한다.

5. 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도: 100분의 10

6. 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지의 기간 중에 개시하는 사업연도: 100분의 5

7. 2016년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도: 100분의 0 (3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제5조(산업입지개발지침) ② 산업입지개발지침에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제28조(비용의 부담) ① 산업단지개발사업에 필요한 비용은 사업시행자가 부담한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 산업단지개발사업에 필요한 비용의 일부를 보조할 수 있다. (4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제4조(산업입지개발지침에 포함할 사항) 법 제5조 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

5. 도로·철도 등 기반시설의 설치, 녹지조성비율, 임대산업용지 및 공공주택용지 확보비율, 유치업종 배치계획의 작성기준 등 산업단지개발계획 수립을 위하여 필요한 사항 제40조(분양가격의 결정 등) ① 사업시행자가 개발된 토지 또는 시설등을 법 제38조 제1항에 따라 산업시설용지(복합용지 내에 산업시설을 설치하기 위한 용지를 포함하며, 이하 이 조에서 같다)로 분양하는 경우 그 분양가격은 조성원가로 한다. 다만, 조성된 산업시설용지를 분할하여 분양하는 경우로서 분양촉진 등을 위하여 필요한 경우에는 분양하려는 전체 산업시설용지의 총 조성원가의 범위에서 일부 산업시설용지를 조성원가보다 높거나 낮은 가격으로 분양할 수 있다.

⑨ 제1항 및 제5항에 따른 조성원가는 별표 2에 따른 기준에 따라 산정한 용지비, 용지부담금, 조성비, 기반시설 설치비, 직접인건비, 이주대책비, 판매비, 일반관리비, 자본비용 및 그 밖의 비용을 합산한 금액으로 한다. (5) 국세기본법 제47조의4(납부지연가산세)

⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제47조의3에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고ㆍ초과신고 한 경우에는 그러하지 아니하다. 제52조(국세환급가산금) ① 세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(수탁자)은 2014∼2018사업연도에 OOO 자치구(위탁자)와 사이에 청소사업 위탁계약을 체결하고 자치구 고유사무인 청소사업을 대행하였다. 사업비 정산서 등에 의하면 사업비에는 근로자에 대한 퇴직금과 퇴직적립금이 포함되어 있고, 청구법인은 퇴직적립금 수령시 (차) 퇴직급여 / (대) 장기예수금으로 회계처리한 것으로 나타난다.

(2) 또한 청구법인은 2016∼2017사업연도에 OOO로부터 쟁점보조금을 교부받았으며, OOO의 시비 지원금 교부결정 통보 공문에 의하면 청구법인(사업시행자)이 추진 중인 하소 친환경 일반산업단지 조성사업과 관련하여 원활한 사업 추진 및 적정 분양가 산정을 위하여 시비 지원금을 교부한다고 되어 있다.

(3) 청구법인은 법인세 신고시, ① 퇴직금 지급목적으로 계상한 쟁점예수금을 전액 퇴직급여로 손금산입하였고(2014∼2018사업연도), ② 쟁점보조금을 당기의 산업단지 공사비와 상계하고 작업진행률 계산시 그 공사비를 총공사 예정원가와 투입 공사원가에서 제외하였으며(2016∼2017사업연도), ③ 2014∼2015사업연도의 선납 매출할인 금액을 2016사업연도의 전기오류수정손실로 계상하고 세무조정을 통해 손금산입하였다.

(4) 이에 처분청은 ① 쟁점예수금을 퇴직급여충당금으로 보고 그 한도초과액을 계산하여 손금불산입(유보처분)하고, ② 당기 공사비와 상계한 쟁점보조금을 익금산입하고 그 공사비를 공사원가에 산입하여 계산한 작업진행률로 수입금액과 공사원가를 산정하여 익금 및 손금산입하고, ③ 전기오류수정손실을 2014∼2015사업연도의 손금으로 산입하여 법인세를 경정하였다.

(5) 한편 개정세법 해설책자(2012)에 의하면 정부(기획재정부)는 납세자가 손익 귀속시기를 위반하여 국세를 신고납부한 경우에는 실질적으로 해당 세액을 납부한 것을 감안하여 다음과 같이 국세기본법 제47조의4 제6항 을 개정한 것으로 나타난다. 종전 개정 ▢ 손익 귀속시기를 위반하여

① 과세기간분 국세를

② 과세기간분 국세로 신고납부시

① 과세기간분(과소납부)：납부불성실가산세 부과

② 과세기간분(초과납부)：환급 및 환급가산금 가산

○ 실제 납부일(②)에 ①과세기간분 국세를 자진납부한 것으로 간주 * 당초 과세기간(①)보다 먼저 납부(②) → ①과세기간분에 대한 납부불성실가산세 및 ②과세기간분에 대한 환급 및 환급가산금 모두 적용하지 않음 ** 당초 과세기간(①)보다 늦게 납부(②) → ①과세기간분에 대한 납부불성실가산세는 실제 납부일까지 부과하고 ②과세기간분에 대한 환급 및 환급가산금은 적용하지 않음

• 단, 부당 무신고ㆍ과소신고에 해당되는 경우는 간주 제외

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점예수금은 예수금일 뿐 청소사업 근로자에 대한 퇴직금 지급의무는 OOO 자치구에 있다고 주장하나, 법정퇴직금의 지급의무는 사용자에게 있고, 청소사업에 종사하는 근로자는 청구법인의 근로자이므로 청구법인(수탁자)이 퇴직금과 퇴직적립금이 포함된 대행사업비를 OOO 자치구(위탁자)로부터 지급받아 집행하였다는 사정만으로 퇴직금 지급의무자를 달리 볼 이유는 없는 점, 쟁점예수금은 청소사업 근로자의 퇴직급여에 충당하기 위하여 계상된 것이고 청구법인도 이를 퇴직급여로 회계처리한 점 등 을 감안하면 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점

② 에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점보조금은 청구법인의 사업과 관련이 없고, 관련이 있다고 하더라도 그로 인해 취득한 기반시설은 일시상각충당금(또는 압축기장충당금)으로 손금산입할 수 있는 유형자산에 해당한다고 주장하나, 산업입지 및 개발에 관한 법률 제28조 에 의하면 산업단지개발사업에 필요한 비용은 사업시행자가 부담하되, 국가 또는 지방자치단체는 필요한 비용의 일부를 보조할 수 있다고 규정되어 있고, 이에 따라 OOO는 하소 친환경 일반산업단지 조성사업의 시행자인 청구법인에게 쟁점보조금을 교부한 것이므로 쟁점보조금이 청구법인의 사업과 관련이 없다고 볼 수는 없고, 청구법인이 쟁점보조금으로 유형자산을 취득한 사실도 달리 확인되지 아니하므로 이 주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 그 다음으로 쟁점

③ 에 대하여 살피건대, 청구법인은 퇴직급여충당금 한도초과액은 손익 귀속시기의 차이로 발생한 것이므로 납부불성실가산세가 배제되어야 한다고 주장하나, 장기예수금과 관련한 퇴직급여충당금 한도초과액은 손금불산입 유보처분 후, 실제 퇴직금 지급시 손금불산입한 유보금액을 조정(손금산입)하는 것이므로 손익 귀속차이로 인한 세무조정으로 볼 수 없고, 청구법인은 장기예수금과 관련한 퇴직급여충당금 손금산입액을 다른 사업연도에 신고한 사실도 없으므로 이 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다. (라) 마지막으로 쟁점

④ 에 대하여 살피건대, 청구법인은 전기오류수정손실분에 대한 법인세를 환급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 처분은 부당하다고 주장하나, 국세기본법 제47조의4 제6항 의 개정 취지는 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 그에 대한 세액을 경정할 때 납부지연가산세율이 환급가산금율보다 높기 때문에 납부불성실가산세 부담을 완화하기 위하여 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 보고, 그 대신 환급가산금도 적용하지 않겠다는 것이며, 이에 따라 처분청은 전기오류수정손실분에 대하여 납부불성실가산세와 환급가산금을 모두 배제하였으므로 이는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.