이 사건 주식의 시가총액 산정시 담보로 제공된 쟁점주식의 시가총액을 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.12.31. 기준으로 코스닥 상장법인인 주식회사 OOO(이하 “이 사건 법인”이라 한다) 발행주식 438,076주(2016.12.29. 종가기준 시가총액 OOO주당 OOO이하 “이 사건 주식”이라 한다)를 보유하고 있던 중, 2017년에 이 사건 주식 및 추가로 취득한 주식 합계 704,993주를 양도하였고, 2019.6.20. 그 양도차익에 대한 2017년 귀속 양도소득세 OOO신고기한이 지난 후에 신고한 후 무납부하였다.
• 나. 처분청은 직전사업연도 종료일 현재 이 사건 주식의 시가총액이 OOO이상이므로 청구인이 2017년에 양도한 주식은 대주주가 양도한 주식 등으로서 과세대상 양도소득에 해당한다고 보아, 2019.12.2. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO결정⋅고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인이 2016.12.29. 기준으로 보유 중인 이 사건 주식의 시가총액이 OOO이상이라고 보아 청구인을 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제5항 제1호에 따른 대주주에 해당한다고 보았으나, 이 사건 주식 중 148,069주(이하 “쟁점주식”이라 한다)은 청구인이 OOO주식회사(이하 OOO라 한다)로부터 자금을 차용하여 매수하고 위 회사에 담보로 제공한 것으로서, 청구인이 신용거래융자금을 상환기일 내에 상환하지 못하거나 담보금액 총액이 담보유지비율(140%)에 미달하는데도 청구인이 담보제공기간 내에 담보를 추가로 납부하지 못할 경우에는 OOO신용거래약관 제10조 제4항에 따라 미상환 융자금(결제일까지의 이자)을 수량산정기준가격(전일종가 × 종목군별 할인율 × 0.992)으로 나눈 수량만큼 반대매매로 처분해야 하기 때문에 쟁점주식 가운데 적어도 쟁점주식은 OOO실질적 지배하에 놓여있는 것이다. 따라서 실질과세의 원칙상 쟁점주식은 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제5항 제1호에 따른 대주주를 평가함에 있어 시가총액에서 제외되어야 하는 것으로, 그렇다면 2016.12.29. 현재 이 사건 주식 중 쟁점주식을 제외한 나머지 주식의 시가총액은 OOO미만이기 때문에 청구인은 2016년 말 기준 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제5항 제1호에 따른 대주주에 해당하지 않는다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2016년 말 현재 코스닥 상장법인인 이 사건 법인 발행주식 438,076주(이 사건 주식)를 보유하여 2016.12.29. 최종 시세가액 OOO적용한 시가총액은 OOO으로 대주주 요건에 해당되는바, 청구인이 2017년에 양도한 이 사건 법인 발행주식에 대하여 양도소득세를 신고하여야 하고, 청구인이 신고기한이 지난 2019년 6월경 2017년 귀속 이 사건 법인 발행주식의 양도소득세를 신고한 후 무납부하였으므로 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다. 청구인은 쟁점주식의 실질적 지배권이 OOO있으므로 이를 이 사건 주식의 시가총액 계산시 제외하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제157조에서는 코스닥상장법인 주식의 시가총액과 관련하여 연도 말 보유중인 주식의 시가총액을 규정하고 있을 뿐 주식의 취득원인이 현금 또는 신용거래로 인한 것인지 여부를 구분하고 있지 아니하고, 신용거래 주식은 그 소유권이 청구인에게 있어 청구인이 매매 및 주주권 행사 등 소유자로서의 권한을 행사할 수 있는 것이며, 회사는 고객이 약정기한 내 채무를 상환하지 아니하는 경우 등에 해당 주식을 임의로 상환정리를 할 수 있을 뿐이어서 이를 OOO실질적 지배하에 있다고 볼 수 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 이 사건 주식의 시가총액 산정시 OOO담보로 제공된 쟁점주식의 시가총액을 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 2016년말 현재 보유하고 있던 이 사건 주식(코스닥 상장주식)의 2016.12.29. 종가기준 시가총액이 OOO것으로 나타난다. (나) 청구인은 2017년에 이 사건 주식 및 추가로 취득한 주식 중 다음 <표1>과 같이 704,993주를 양도하였고, 2019.6.20. 그 양도차익(선입선출법에 의해 산정)에 대한 2017년 귀속 양도소득세 OOO신고기한이 지난 후에 신고한 후 무납부하였다. <표1> 청구인의 2017년 중 이 사건 법인 발행주식 양도내역 (단위: 주, 원) (다) 처분청은 직전사업연도 종료일 현재 이 사건 주식의 시가총액이 OOO이상이므로 청구인이 2017년에 양도한 주식은 대주주가 양도한 주식 등으로서 과세대상 양도소득에 해당한다고 보아, 2019.12.2. 청구인에게 다음 <표2>와 같이 2017년 귀속 양도소득세 OOO결정⋅고지하였다. <표2> 이 사건 양도소득세 부과내역 (단위: 원) (라) 청구인은 쟁점주식이 2016년말 현재 OOO담보로 제공되어 있었으므로 대주주 해당여부 판단시 쟁점주식을 청구인 보유주식에서 제외하여야 한다고 주장하며 다음과 같은 증빙자료를 제출하였다.

1. OOO발급한 청구인의 잔고증명서 및 보유유가증권상세명세서에는 청구인이 2016.12.31. 현재 OOO계좌에 보유하고 있는 이 사건 법인 발행주식 250,207주 중 148,069주(쟁점주식)가 일반담보융자를 통해 취득된 것으로 나타난다.

2. OOO신용거래약관(2019.11.25. 시행)에는 “신용거래융자”를 증권시장에서의 매매거래를 위하여 고객에게 매수대금을 빌려주는 것을 말한다고 정의하고, “담보”를 회사OOO가 고객에게 신용공여하면서 그 채무의 이행을 확보하기 위하여 인출제한, 질권(채무자가 돈을 갚을 때까지 채권자가 담보물을 보유할 수 있고, 채무자가 돈을 갚지 않을 때에는 그 담보물을 사용하여 우선적으로 변제를 받을 수 있는 권리를 말한다) 취득, 보관 등의 조치를 취할 수 있는 대상이 되는 증권 등을 말한다고 정의하고 있으며, 회사는 신용거래융자에 있어서 매수한 증권등을 담보로 제공받고 고객에게 상환요구를 하여 상환기일 내에 상환되지 아니하였을 때에는 그 다음 영업일에 담보물을 처분하여 채권회수에 사용할 수 있다고 규정되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 2016년말 현재 쟁점주식의 실질적 지배권이 OOO에게 있으므로 대주주 해당여부 판단시 쟁점주식의 시가총액을 제외하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 1)은 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율⋅시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등의 양도로 발생하는 소득을 양도소득으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제157조 제4항 및 제5항에서 주주 1인 및 기타주주가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 시가총액이 OOO이상인 경우(코스닥시장상장법인의 주식등을 2018.3.31.까지 양도하는 경우) 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다고 규정하고 있는바, 대주주 해당여부를 판정하는 기준을 해당 주주가 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 시가총액(코스닥시장상장법인의 주식등을 2018.3.31.까지 양도하는 경우 OOO이상)을 기준으로 판정하는 것으로 규정하고 있을 뿐 그 취득원인이 현금 또는 신용거래로 인한 것인지 여부를 구분하고 있지 아니하고, OOO신용거래약관에 따르면 “신용거래융자”를 증권시장에서의 매매거래를 위하여 고객에게 “매수대금을 빌려주는 것”을 말한다고 정의하고, 회사OOO고객에게 신용을 공여하면서 그 채무의 이행을 확보하기 위하여 고객이 매수한 증권에 대한 인출제한⋅담보권(질권) 설정⋅보관 등의 조치를 취할 수 있도록 약정하고 있을 뿐이어서, 신용거래융자를 통해 취득한 주식이라 하더라도 그 소유권은 고객에게 있고 회사OOO이에 대한 담보권만을 설정하고 있는 것으로 보이므로 청구인이 신용거래융자를 통해 쟁점주식을 취득하였다 하여도 이에 대한 매매 및 주주권 행사 등 소유자로서의 권한을 행사할 수 있는 실질적 소유자에 해당한다 할 것이다. 따라서 처분청에서 청구인이 2016년말 쟁점주식을 포함한 이 사건 주식을 소유하고 있어 이 사건 법인의 대주주에 해당하는 것으로 보아 청구인이 2017년에 양도한 주식에 대한 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정되기 전의 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

1. 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등

2. 1)에 따른 대주주에 해당하지 아니하는 자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 주식등

• 나. 주권비상장법인의 주식등

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우에 해당 주식등

1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액

2. 해당 법인이 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부개정되기 전의 것) 제157조(주권상장법인 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제167조의8에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 조 및 제167조의8에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 1 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

• 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자
• 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 제1호 에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액(이하 이 조 및 제167조의8에서 "시가총액"이라 한다)이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

• 가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 25억원
• 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원
• 다. 2020년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 10억원

⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주주 1인 및 기타주주의 소유주식의 비율 또는 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 본다. 이 경우 소유주식의 비율이 직전 사업연도 종료일 현재에는 그 기준에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 그 기준에 해당하게 되는 경우에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 대주주에 포함한다.

1. 코스닥시장상장법인[대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 다음 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우

• 가. 2018년 3월 31일까지 주식등을 양도하는 경우: 20억원
• 나. 2018년 4월 1일부터 2020년 3월 31일까지의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우: 15억원
• 다. 2020년 4월 1일 이후 주식등을 양도하는 경우: 10억원

2. 코넥스시장상장법인[ 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제11조 제2항 에 따른 코넥스시장(이하 "코넥스시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인을 말한다]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율이 100분의 4 이상이거나 시가총액이 10억원 이상인 경우

3. 삭제 <2017. 2. 3.>

⑥ 제4항 제2호 및 제5항에 따른 시가총액은 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액으로 한다. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 따른다.

⑦ 제4항 및 제6항을 적용할 때 피합병법인의 주주가 합병에 따라 합병법인의 신주를 교부받아 그 주식을 합병등기일이 속하는 사업연도에 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황에 따른다.

⑧ 제4항 및 제6항을 적용할 때 분할법인의 주주가 분할에 따라 분할신설법인의 신주를 교부받아 그 주식을 설립등기일이 속하는 사업연도에 양도하거나 분할법인의 주식을 분할등기일이 속하는 사업연도에 분할등기일 이후 양도하는 경우 대주주의 범위 등에 관하여는 해당 분할 전 법인의 분할등기일 현재의 주식보유 현황에 따른다.

⑨ 주주가 일정기간 후에 같은 종류로서 같은 양의 주식등을 반환받는 조건으로 주식등을 대여하는 경우 주식등을 대여한 날부터 반환받은 날까지의 기간 동안 그 주식등은 대여자의 주식등으로 보아 제4항 및 제6항을 적용한다.

⑩ 거주자가 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 사모집합투자기구를 통하여 법인의 주식등을 취득하는 경우 그 주식등(사모집합투자기구의 투자비율로 안분하여 계산한 분으로 한정한다)은 해당 거주자의 소유로 보아 제4항 및 제6항을 적용한다.

(4) 민법 제329조(동산질권의 내용) 동산질권자는 채권의 담보로 채무자 또는 제삼자가 제공한 동산을 점유하고 그 동산에 대하여 다른 채권자보다 자기채권의 우선변제를 받을 권리가 있다. 제345조(권리질권의 목적) 질권은 재산권을 그 목적으로 할 수 있다. 그러나 부동산의 사용, 수익을 목적으로 하는 권리는 그러하지 아니하다. 제346조(권리질권의 설정방법) 권리질권의 설정은 법률에 다른 규정이 없으면 그 권리의 양도에 관한 방법에 의하여야 한다. 제352조(질권설정자의 권리처분제한) 질권설정자는 질권자의 동의없이 질권의 목적된 권리를 소멸하게 하거나 질권자의 이익을 해하는 변경을 할 수 없다. 제353조(질권의 목적이 된 채권의 실행방법) ① 질권자는 질권의 목적이 된 채권을 직접 청구할 수 있다.

② 채권의 목적물이 금전인 때에는 질권자는 자기채권의 한도에서 직접 청구할 수 있다.

③ 전항의 채권의 변제기가 질권자의 채권의 변제기보다 먼저 도래한 때에는 질권자는 제삼채무자에 대하여 그 변제금액의 공탁을 청구할 수 있다. 이 경우에 질권은 그 공탁금에 존재한다.

④ 채권의 목적물이 금전 이외의 물건인 때에는 질권자는 그 변제를 받은 물건에 대하여 질권을 행사할 수 있다. 제354조(동전) 질권자는 전조의 규정에 의하는 외에 민사집행법에 정한 집행방법에 의하여 질권을 실행할 수 있다.

(5) 상법 제338조(주식의 입질) ① 주식을 질권의 목적으로 하는 때에는 주권을 질권자에게 교부하여야 한다.

② 질권자는 계속하여 주권을 점유하지 아니하면 그 질권으로써 제삼자에게 대항하지 못한다.