조세심판원 심판청구 양도소득세

청구인은 쟁점주식 양도 당시 소득세법령에 따른 대주주에 해당되지 아니하므로 양도소득세율 10%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2020-전-1091 선고일 2020.05.26

쟁점주식 양도 당시의 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 ‘대통령령으로 정하는 대주주’의 범위를 제3장 전체에서 모두 동일한 의미로 해석하도록 규정하였으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 주권상장법인은 물론 주권비상장법인도 포함하는 것으로 봄이 타당함

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인 OOO 외 17인(세부내역은 <별지> 기재와 같고, 이하 “청구인들”이라 한다)은 비상장 중소기업인 OOO 발행주식 합계 OOO(세부내역은 아래 <표>와 같고, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2016.12.29. 합계 OOO에 각각 양도한 후 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 다목에 따른 20%의 양도소득세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다. <표> 쟁점주식 양도내역 (단위: 주, 원)
  • 나. 이후 2019년 10월 청구인들은 소득세법에서 주권상장법인 대주주만을 규정하고 있으므로 비상장 중소기업의 경우 대주주 여부에 관계없이 양도소득세율 20%가 아니라 10%(소득세법제104조 제1항 제11호 나목)를 적용하여야 한다고 주장하면서 2016년 귀속 양도소득세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 각 제기하였으나, 처분청은 2019.12.9.∼2019.12.23. 기간 중에 이를 각 거부하였다.
  • 다. 청구인들은 이에 불복하여 2020.3.3. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인들 주장

(1) 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 대주주 주식 또는 출자지분의 양도로 발생하는 소득에 대한 과세요건을 규정하고 있는 것으로, 같은 법 시행령 제157조 제4항은 소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 대통령령으로 정하는 대주주를 규정하고 있는 것을 명시하고 있는바, 소득세법규정의 위임을 받은 시행령의 한계상 법률에서 위임받은 주권상장법인에 대한 것으로 해석하여야 할 것이나, 처분청은 소득세법 시행령제157조 제4항에서 “이하 이 장에서 “대주주”라 한다”는 규정을 이유로 ‘이하 이 장에서 사용되는 대주주’의 개념을 주권상장법인 이외에까지 해석하는 것으로 판단하고 있다.

(2) 과세요건과 부과․징수절차를 규정하는 법률은 그 내용이 일의적이고 명확하며 상세하여야 하는 입법상의 원칙인 과세요건 명확주의에 부합하여야 하나, 해당 법문은 주권상장법인 대주주의 과세요건인 소득세법제94조 제1항 제3호 가목의 대주주를 규정하고 있기에 해당 시행령으로 주권비상장법인의 대주주를 규정하는 것은 주권상장법인에 대해 위임받은 시행령의 한계를 벗어난 것으로 보이며, 시행령의 한계를 고려했을 때 청구인들이 주장하는 “주권상장법인의 대통령령으로 정하는 대주주”와 처분청이 주장하는 “대통령령으로 정하는 대주주” 등 두 가지로 해석될 여지가 존재하는 것으로 과세요건 명확주의를 위배하는 것이다.

(3) 이후 해당 법령은 2016.12.20. 소득세법개정을 통하여 주권상장법인과 주권비상장법인의 대주주 개념을 구별하여 도입하면서 대주주의 기준을 달리한 점으로 볼 때에도 2015.12.15. 세율(소득세법제104조)에 대한 개정을 통해 비상장기업의 대주주에게 과세를 확대하는 과정에서 과세요건을 명확히 하지 못한 입법미비로 판단되며, 입법과정에서 세법의 문언해석이 달라질 여지가 존재하고 이에 따라 납부세액이 달라질 수 있는 상황에서 납세자에게 그 납부의무를 지우는 것은 조세법률주의를 위배하는 결과가 된다.

(4) 따라서 주권상장법인과 주권비상장법인의 대주주 개념에 대해 명확히 구별할 수 있는 시점은 2016.12.20. 소득세법개정 이후 이 법 시행일로 보아야 하고, 그 이전에 비상장중소기업의 대주주에 대한 과세는 과세요건 명확주의를 위배한 입법미비로 보아야 하므로 쟁점주식의 양도는 10%의 양도소득세 세율을 적용하여야 하는바, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 2015.12.15. 개정된 소득세법제94조 제1항 제3호 가목에서 “대주주는 이하 이 장에서 ‘대주주’라 한다”고 규정하고 있어 같은 장에 있는 같은 법 제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”와 동일한 것임을 알 수 있고, ‘소유주식의 비율․시가 총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주’라고 하여 같은 법 시행령에 “대주주”의 범위를 위임하고 있으며, 같은 법 시행령 제157조 제4항에서는 소유주식의 비율 및 시가총액에 따라 “대주주”의 범위를 규정하고 있다.

(2) 따라서 “대주주”란 단지 소유주식의 비율 및 시가총액에 따라 범위가 정해지는 것일 뿐, 문언해석상 주권상장법인과 주권상장법인이 아닌 경우 모두를 포함하는 것으로 해석하여야 한다.

(3) 또한, 조세심판원에서 동일한 사례의 심판청구사건에 대하여 동일한 취지로 결정한 사례가 다수 있고(조심 2018중4963, 2019.2.1. 외 다수, 같은 뜻임), 대법원도 비상장법인의 “대주주”에 대해 상장법인의 “대주주”와 동일한 것으로 해석한 판례(대법원 2019.2.28. 선고 2018두62683 판결)가 있으며, 국세청이 발간한 『2016년 개정세법 해설』에서도 중소기업 대주주의 경우에는 2016.1.1. 이후 양도분부터 20%의 세율을 적용한다고 명시하고 있다.

(4) 이와 같이 2015.12.15. 개정된 소득세법제104조 제1항 제11호 나목의 “대주주”는 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 그 범위를 대통령령에 위임하고 있는 “대주주”와 동일한 것으로 보아야 하는바, 위 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 ‘주권상장법인의 주식 등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것’이라고 규정하고 있으므로, 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 처분청이 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업 주식은 20%의 양도소득세율 적용대상이라고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인은 쟁점주식(비상장 중소기업 발행주식) 양도 당시 소득세법령에 따른 ‘대주주’에 해당되지 아니하므로 양도소득세율 10%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
  • 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

  • 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30
  • 나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다) 양도소득 과세표준의 100분의 10
  • 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 (2) 소득세법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 개정된 것) 제157조(증권예탁증권 및 대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이장에서 "소유주식의 비율"이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. (후단 생략)

  • 가. 주주 1인 및 그와 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 에 따른 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 "주주 1인등"이라 한다)의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자 1) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자
  • 나. 주주 1인등의 소유주식 비율의 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대가 아닌 경우: 다음의 어느 하나에 해당하는 자

1. 직계존비속 2) 국세기본법 시행령제1조의2 제1항 제3호 또는 제4호에 해당하는 자 3) 국세기본법 시행령제1조의2 제3항 제1호에 해당하는 자

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 25억원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2016.12.29. 쟁점주식을 1주당 OOO에 양도한 사실, 쟁점주식 발행법인인 OOO가 중소기업기본법상 ‘중소기업’에 해당하고, ‘비상장법인’이라는 점, 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도(2015년) 종료일 현재 청구인들의 소유주식 비율(지분율)이 1% 이상이라는 점에 대하여는 청구인들과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 소득세법제104조 제1항 제11호 나목은 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였다가 2015.12.15. 개정되면서 중소기업 주식 중 “대주주가 아닌 자가 양도하는 경우”에 한하여 10%의 양도소득세 세율이 적용되는 것으로 규정하였고, 이와 관련하여 소득세법제94조 제1항 제3호 가목은 양도소득의 범위에 대하여 규정하면서 2015.12.15. 개정 전․후 모두 “주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율․시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것”이라고 하여 “대주주”에 대하여 규정하면서 “제3장 거주자의 양도소득에 대한 납세의무”에서 사용하고 있는 “대주주”는 모두 위 제94조 제1항 제3호 가목의 “대주주”와 동일한 의미로 사용하는 것으로 규정하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점주식 양도 당시의 소득세법에서 주권상장법인 대주주만을 규정하고 있으므로 비상장법인으로서 중소기업 주식인 쟁점주식의 경우 대주주 여부에 관계없이 20%가 아니라 10%(소득세법제104조 제1항 제11호 나목)의 양도소득세율을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점주식 양도 당시의 소득세법(2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된 것) 제94조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령(2016.3.31. 대통령령 제27074호로 개정된 것) 제157조 제4항에서 ‘대통령령으로 정하는 대주주’의 범위를 제3장 전체에서 모두 동일한 의미로 해석하도록 규정하였으므로 문언해석상 동 규정의 “대주주”는 주권상장법인은 물론 주권비상장법인도 포함하는 것으로 봄이 타당하다(조심 2018서2404, 2018.8.21. 외 다수, 같은 뜻임). 따라서 처분청이 쟁점주식의 양도에 대하여 소득세법제104조 제1항 제11호 다목에 의한 20% 양도소득세율 적용대상이라고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)