쟁점매입세액을 비과세사업 또는 면세사업 등에 관련된 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

가. 청구법인은 철도산업발전기본법 및 한국철도시설공단법에 따라 설립된 공공기관으로 철도건설 및 철도시설 관리 등을 사업목적 으로 하고 있고, 일반철도 선로 등을 OOO임대하고 선로사용료를 받는 한편, 일반철도 시설의 유지보수용역을 OOO위탁하고 유지보수비를 지급하고 있는데, 이 때 선 로사용료를 징수함에 있어서 일반철도시설 유지보수비의 70% 상당액은 OOO로부터 받고 나머지 30%는 국가출연금으로 충당하고 있으며, 부가가치세 신고시 유지보수비와 관련하여 수취한 세금계산서에 대하여 선로사용료분은 과세사업에 대응하는 것으로 보아 매출세액에서 공제하는 반면, 구분하여 발행한 국가출연금분 세금계산서는 비과세사업과 관련된 것으로 보아 공제받지 못하는 매입세액으로 신고하였

• 다. 나. 이후 청구법인 은 당초 공제받지 못하는 매입세액으로 신고한 국가 출연금으로 지급한 유지보수비 관련 매입세액 합계 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)도 과세사업인 선로사용료를 위하여 사용된 용역에 관한 것이므로 공제할 수 있는 매입세액에 해당한다고 주장하며 2019.4.24. 이를 환급하여 줄 것으로 요구하는 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 청구법인의 경정청구 내용을 검토한 결과, 쟁점매입세액은 비과세사업 또는 면세사업과 관련하여 지급된 것이므로 공제할 수 없는 매입세액에 해당한다고 보아 2019.11.18. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 철도산업발전기본법에 의하여 OOO선로 등에 관한 사용계약을 체결하고 운행에 적합한 건전한 선로 등을 제공하며 그 대가로 사용료를 지급받고 있는데, 이것이 청구법인이 운용하는 선로 임대차사업의 주된 내용이며 이는 과세사업에 해당한다. 대법원도 선로를 제공하고 그 사용료를 징수하는 사업을 부가가치세 과세사업 이라고 판시하고 있다(대법원 2012.3.15. 선고 2011두27025 판결 참조). 이러한 ‘일반철도선로등사용계약’에 의하면, 청구법인은 과세사업인 선로 임대차사업을 영위함에 있어 선로 등을 안전하고 사용가능한 상태로 제공할 의무가 있고, 이는 선로 등의 사용 제공 사업에 당연히 필요한 필수불가결한 사항이므로, 위 시설의 유지보수비는 사업 관련성이 인정되는 매입세액 공제대상이 분명하다 할 것이다. 한편 처분청은 국가로부터 무상으로 제공받은 출연금은 별도로 비과세사업 또는 면세사업에 관련되는 것으로 보아 쟁점매입세액을 불 공제대상으로 보았으나, 부가가치세법 제38조 제1항 은 매입세액의 공제 여부에 관하여 규정하면서 재원의 출처를 전혀 고려하지 않고 있다. 매입세액 공제 여부에 관한 판단 여지를 줄이기 위하여 ‘불공제대상’을 제한적 열거로 해석하는 것이 대법원 판례의 입장이고, 행정부의 법령해석도 이와 동일한 태도를 취하고 있다(법령해석과-278, 2017.1.13. 참조). 따라서 처분청이 무상출연금이 재원이라는 이유로 매입세액을 불공제하는 것은 법규정 및 판례 등의 태도를 무시하고 법에 없는 새로운 판단기준을 추가하는 것으로 위법하다. 따라서 부가가치세법은 전단계세액공제 방식을 통하여 사업자의 ‘자기 생산 부가가치’에 대하여만 과세가 이루어지도록 하고 있는데, 무상 출연금이라는 이유만으로 매입세액공제가 부정된다면 자기 생산 부가가치가 아닌 부분에 대하여도 과세를 허용하는 결과를 초래한다. 또한 처분청은 전체비용 중 30%의 재원이 정부출연금이라는 점에 착안하여 정부출연금 부분이 하나의 독립된 ‘비과세사업’ 내지 ‘면세사업’이고 여기에는 매출이 없기에 그에 상응하는 매입세액공제도 없다는 논리를 내세우고 있는데, 이러한 논리는 청구법인과 OOO사이에 체결된 계약관계를 완전히 무시한 채 자의적으로 법률관계를 재구성하는 것이다. 즉 처분청은 ‘청구법인이 OOO선로 등을 임대하여 사용료를 징수하고(=매출) 임대인으로서의 목적물 제공의무를 이행하기 위하여 용역비를 지출(=매입)하는 구조’를 인식함에 있어 그것이 당사자 간의 진정한 의사에 따른 계약관계임에도 이를 무시하고 오로지 국가보조금이 지급되는 부분만을 떼어내어 이를 재구성한 것이고, 이는 ‘보조금을 받을 때 매출로 신고하지 아니하였으니 매입도 없어야 마땅하다’는 당위를 전제로 한 데서 기인한 것으로 보인다. 따라서 매입세액공제 여부의 판단기준을 ‘사업 관련성’이 아닌 ‘용역 관련성’ 내지 ‘재원 관련성’으로 변경하여 쟁점매입세액을 불공제대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 다음과 같은 사유 등에 비추어 볼 때 쟁점매입세액은 비과세사업 또는 면세사업과 관련된 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제할 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 부가가치세법에서는 저소득층의 생활을 보호하고자 국민의 기초생활 유지에 필수적인 여객운수용역에 대해서는 부가가치세를 면제하고 있는바, 일반철도에 의한 여객운송용역은 부가가치세를 면제하는 기초생활필수용역에 해당하고, 청구법인의 설립목적은 “국민의 교통편의를 증진하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하는 것”으로 OOO국민(특히 저소득층)에게 저렴하게 운송용역을 제공할 수 있도록 OOO원가부담을 줄여주기 위한 공익적 목적에서 정부방침에 따라 일반철도 선로사용료를 원가 수준에도 미치지 못하는 수준으로 책정하고 있다.

(2) 청구법인이 일반철도 선로 등 임대와 관련하여 수취하는 선로사용료 수입은 유지보수비의 70%에 불과하여 부족한 유지보수비의 30%는 국가로부터 출연금을 받아 지급하고 있다. 이에 반하여 고속철도 선로 등 대여로 받는 선로사용료 수입은 고속철도 유지보수비에 건설부채를 상환하기 위한 금액이 합산된 금액으로 OOO고속철도 영업수입의 31%로 책정하고 있다. 청구법인은 일반철도 선로임대를 고속철도와 동일하게 부동산임대업으로 보아 유지보수비와 상계하는 부분에 대해서 세금계산서를 수수하여 부가가치세를 신고하고 일반선로 임대사업 전체를 과세사업이라고 주장하나, 일반선로 임대사업은 청구법인의 정관에서 규정하는 본래의 사업목적 범위 내에서 OOO로부터 실비에도 미치지 못하는 사용료를 받는데, 그 부분에 대한 세금계산서를 발행하였다 하여 동 사업 전체를 과세사업으로 분류할 수는 없다. 즉, 청구법인은 일반철도 선로임대료를 공익적 목적에서 실비에도 미치지 못하는 금액으로 책정하고 있는데, 통상의 거래라면 임대목적물에 투입되는 원가인 유지 보수비에 이익을 가산하여 책정하여야 함에도 거래 전부터 이미 손실이 예정되어 있고 동 손실을 국고 지원으로 보전한다는 사실 자체가 일반선로 임대사업을 용역의 공급으로 볼 수 없는 이유이다. (3) 국가기관인 철도청이 청구법인과 OOO분리되면서 청구법인은 과거 철도청이 해오던 선로 등 철도시설의 건설 및 관리에 관한 업무를 국토교통부로부터 위임받아 대행하고 있고, 일반선로 임대료에 관한 모든 승인 및 결정은 국토교통부에서 하고 있으므로, 사실상 국가가 이 건 선로임대사업을 수행하고 있다고 보아야 한다. 이는 청구법인이 2009년부터 2012년까지 OOO선로사용계약만을 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았음에도 OOO로부터 세금계산서를 발급받아 공제받았고, 과세관청이 이를 사실과 다른 세금계산 서로 보아 과세한 것에 대하여 대법원은 청구법인과 국가를 동일인으로 보아 정당한 세금계산서로 인정한 사실(대법원 2016.5.12. 선고 2016두30187 판결)을 통하여도 알 수 있다. (4) 청구법인은 일반 선로 임대에 대하여 원가(유지보수비)에도 미치지 못하는 수준으로 선로사용료로 받고 있어서 일반철도 선로 등 시설을 유지하기 어려운 상황이므로 그 부족분을 국가로부터 출연금을 받아 충당하고 있는데, 이는 OOO공익서비스를 제공함에 있어 정상적인 대가에 현저히 미달하는 금액을 수령함에 따라 자체적으로 공익서비스 제공을 이행하기 어려워 국가로부터 공익서비스보상금이라는 명목으로 국가보조금을 받는 경우와 동일하다. OOO2008.6.26. 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하였는데, 그 내용은 OOO노인, 장애인, 국가유공자에 대한 철도운임 감면, 공익목적을 위하여 철도서비스를 계속하여야 하는 노선의 운영 및 국가의 특수 목적 수행을 위한 특별동차 운영 등을 제공하고, 국가는 OOO이에 대한 공익서비스비용을 지급한다는 것으로, 법원은 공익서비스가 비과세사업에 해당한다는 사실 자체는 부인하지 아니하였으나, 합리적인 안분계산방법을 적용 하여 공통매입세액을 안분하여야 한다고 판시하였고(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결), 철도산업발전기본법 제31조 및 같은 법 시행령 제36조 제2항 제6호에서도 철도시설 사용료를 징수함에 있어 철도의 사회경제적 편익과 다른 교통수단과의 형평성 등이 고려되어야 하고, 선로 등의 사용료를 정하는 때에 철도관리의 효율성 및 공익성을 고려할 수 있다고 규정하고 있다. 따라서 청구법인이 일반철도 선로 등을 대여하고 사용료를 받는 것은 비과세사업에 해당하므로 쟁점매입세액을 비과세사업 등과 관련된 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액을 비과세사업 또는 면세사업 등에 관련된 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조[재화공급의 특례] ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

(2) 철도산업발전기본법 제19조[관리청] ① 철도의 관리청은 국토교통부장관으로 한다.

② 국토교통부장관은 이 법과 그 밖의 철도에 관한 법률에 규정된 철도시설의 건설 및 관리 등에 관한 그의 업무의 일부를 대통령령이 정하는 바에 의하여 제20조 제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단으로 하여금 대행하게 할 수 있다. 이 경우 대행하는 업무의 범위ㆍ권한의 내용 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제20조 제3항의 규정에 의하여 설립되는 한국철도시설공단은 제2항의 규정에 의하여 국토교통부장관의 업무를 대행하는 경우에 그 대행하는 범위 안에서 이 법과 그 밖의 철도에 관한 법률의 적용에 있어서는 그 철도의 관리청으로 본다. 제31조[철도시설 사용료] ① 철도시설을 사용하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관리청의 허가를 받거나 철도시설관리자와 시설사용계약을 체결하거나 그 시설사용계약을 체결한 자(이하 "시설사용계약자"라 한다)의 승낙을 얻어 사용할 수 있다.

② 철도시설관리자 또는 시설사용계약자는 제1항의 규정에 의하여 철도시설을 사용하는 자로부터 사용료를 징수할 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 사용료의 전부 또는 일부를 면제할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의한 철도시설 사용료를 징수함에 있어 철도의 사회경제적 편익과 다른 교통수단과의 형평성 등이 고려되어야 한다. (3) 철도산업발전기본법 시행령 제36조[선로 등의 사용료] ② 철도시설관리자는 제1항 각 호 외의 부분 본문의 규정에 의하여 선로 등의 사용료를 정하는 때에는 다음 각 호의 사항을 고려할 수 있다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 당초 공제받지 못하는 매입세액으로 신고한 쟁점매입세액도 과세사업인 선로사용료를 위하여 사용된 용역에 대한 것이므로 공제할 수 있는 매입세액에 해당한다고 주장하며 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점매입세액은 비과세사업 또는 면세사업과 관련하여 지급된 것이므로 공제할 수 없는 매입세액에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다. <표1> 이 건 경정청구 내역 (단위: 원)

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위하여 그 집행조직으로서 철도산업발전기본법 제20조 제3항 및 한국철도시설공단법에 따라 철도청 및 OOO의 관련 조직을 통․폐합하여 2003.12.31. 설립된 공공기관으로, 철도건설 및 철도시설 관리 등의 사업을 영위하고 있으며, 동 사업을 영위하기 위하여 아래 <표2>와 같은 방법으로 그 재원을 조달하고 있다. <표2> 사업별 재원조달 방법 (나) 청구법인은 한국철도시설공단법 제17조 제1항 제1호를 근거로 정부 등으로부터 수령하는 출연금을 아래 <표3>과 같이 회계처리하고 있다. <표3> 청구법인의 출연금 회계처리 내역 (다) 청구법인의 수입은 다음과 같이 과세매출, 면세매출, 영세율매출 및 비과세매출로 구분된다. 1) 과세매출에는 선로 등 사용료(선로사용료, 점용료)와 수탁사업비가 있는데, 선로사용료는 OOO로부터 선로 사용의 대가로 징수하는 사용료로 일반철도 선로사용료와 고속철도 선로사용료가 있고, 점용료는 역시설, 유휴부지 등 국유재산을 철도공사, 지방자치단체 및 사업자 등에게 임대하고 받는 임대료를 말하며, 수탁사업비는 지방자치단체, OOO등의 위탁으로 지하차도, 환승통로 등을 건설하여 주는 용역제공에 대한 대가이다.

2. 면세매출은 고속·일반철도(시설자산 포함) 건설용역에 대한 대가로, 동 용역은 고속철도를 건설한 후 국가에 무상 이관하고 그 관리권을 설정받거나 국고를 재원으로 고속철도 및 일반철도를 건설한 후 이를 국가에 이관하는 방법으로 이루어지고 있다.

3. 영세율매출은 도시철도(시설자산 포함) 건설용역에 대한 대가로, 주로 지방자치단체, OOO등의 위탁으로 건설하는 경우 해당 수탁사업비를 말한다.

4. 그 외 수입은 비과세수입으로, 지방자치단체, OOO 등의 위탁으로 건설하는 철도시설이 국가에 귀속되는 경우 해당 수탁사업비와 청구법인이 한국철도시설공단법 제17조 제1항 제1호에 따라 정부 등으로부터 받는 출연금이 이에 해당한다. (라) 청구법인은 철도시설관리자로서 일반철도 선로 등을 철도공사에 임대하고 그 사용료를 받는 한편, 일반철도 시설의 유지보수를 철도공사에 위탁하고 그 유지보수비를 지급하고 있는데, 다음과 같이 일반철도 선로 등 사용료는 전체 유지보수비의 70%를 지급받고 있고, 유지보수비 지급시 70%는 선로사용료와 상계하고 30%에 대하여는 국가출연금을 재원으로 지급하고 있으며, 유지보수비 관련 세금계산서는 선로사용료분과 국가출연금분으로 구분하여 각각 수수한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 OOO다음과 같이 ‘일반철도 선로 등 사용계약’을 체결하고 받는 선로사용료 수입이 유지보수비의 70% 수준이라서 부족한 30%를 국가로부터 출연금을 받아 지급하고 있으며, 동 선로사용료 수입에 대하여는 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였으나, 선로사용료의 부족징수로 인한 손실을 보전하기 위하여 국토교통부로부터 받은 국가출연금은 부가가치세법 제29조 제5항 제4호에 규정된 “재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”에 해당하는 것으로 보아 과세표준에서 제외하였으며, 일반철도 유지보수용역의 공급과 관련하여 OOO로부터 발급받은 세금계산서 중 선로사용료분은 과세매출과 직접 관련된 것으로 보아 전액 매출세액에서 공제하고, 국가출연금분 은 모두 불공제한 것으로 나타나는바, 사업연도별 일반철도의 유지보수비 및 선로사용료 수수현황은 아래 <표4>와 같다. <표4> 일반철도의 유지보수비 및 선로사용료 수수현황 (단위: 억원) (바) 반면, 청구법인이 OOO다음과 같이 ‘고속철도 선로 등 사용계약’을 체결하고 수취하는 선로사용료 수입은 고속철도의 유지 보수비에 건설부채를 상환하기 위한 금액이 합산된 것으로, OOO 고속철도 영업수입의 31%로 책정하고 있는데, 일반철도와 달리 고속 철도 선로사용료 수입은 그 유지보수비보다 많아서 국가로부터 별도로 출연금을 받지 아니하며, 동 선로사용료 수입에 대하여는 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였고, 고속철도의 선로유지보수를 OOO위탁하고 그 대가를 지급하면서 세금계산서를 발급받아 관련 매입세액을 모두 매출세액에서 공제하고 있는바, 사업연도별 고속철도의 유지보수비 및 선로사용료 수수현황은 아래 <표5>와 같다. <표5> 고속철도의 유지보수비 및 선로사용료 수수현황 (단위: 억원) (사) 청 구법인은 아래 <표6>과 같이 OOO로부터 공익적 목적 에서 실비에도 미치는 못하는 수준으로 일반철도의 선로임대료를 받고 있는데, 2014년～2018년 동안 동 사용료의 원가부족액은 OOO달하는 것으로 나타난다. <표6> 일반철도 선로사용료의 원가부족액 현황 (단위: 억원)

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO제공하는 유지보수용역은 과세매출인 선로임대사업의 반대급부로서 발생하는 용역에 해당하고, 과세매출을 위하여 사용되는 용역의 공급의 경우 재원조달 방법과 관계없이 관련 매입세액을 공제함이 타당하다고 주장하나, 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조 사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다(대법원 2001.10.9. 선고 2000두369 판결 등 참조). 청구법인은 고속철도와는 달리 일반철도 선로 등 임대에 대하여는 원가(유지보수비)에도 미치지 못하는 금액을 그 사용료로 받고 있어서 일반철도 선로 등 시설을 유지하기 어려운 상황이라 국가로부터 출연금을 받고 있는데, 이는 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금으로 볼 수 있으므로 이 건 국가출연금은 부가가치세법 제29조 제5항 제4 호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하고, 그 결과 이 건 국가출연금에 상응하는 유지보수비 관련 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 또는 제7호에서 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출 또는 면세사업 등에 관련된 매입세액에 해당하여 공제할 수 없는 점, 청구법인은 OOO로부터 받는 일반철도 선로사용료는 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고하였으나, 선로사용료의 부족징수로 인한 손실을 보전하기 위하여 국토교통부로부터 받은 출연금은 과세표준에서 제외하였는데, 이는 청구법인 스스로도 정부출연금 해당분 매출세액의 발생 근거를 공익목적의 국고보조금으로 인정한 것으로 보이고, 정부출연금 해당분이 사업과 관련 없는 국고보조금에 해당하는 이상 당해 용역을 수행하기 위하여 필수적으로 지 출한 유지보수비에 대하여는 매입세액공제를 받을 수 없는 것으로 봄이 합리적인 점, 그 밖에 청구법인이 일반철도 유지보수용역의 공급과 관련하여 OOO로부터 발급받은 매입세금계산서를 선로사용료분 (유지보수비의 70%)과 국가출연금분(유지보수비의 30%)으로 구분하여 각각 수수한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점매입세액은 과세표준에 포함되지 아니하는 국고 보조금에 상응하는 것으로서 공제할 수 있는 매입세액에 해당하지 아니한다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하는 것이 타당하다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.