[요지] 청구법인은 지급하지 않아도 될 쟁점직무발명보상금을 ○○○에게 지급하기로 하고 그 상당액을 ○○○의 가지급금과 상계하였으므로 청구법인의 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 이미 청구법인이 소유하고 있던 쟁점특허권④ㆍ⑤의 50%지분을 ○○○에게 무상으로 이전하고 이를 다시 현물출자 받은 이유를 청구법인의 부채비율을 낮추기 위해서라고 설명하고 있을 뿐 그 외 경제적 합리성을 인정할 만한 합당한 이유를 제시하고 있지 못한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 쟁점직무발명보상금 및 쟁점현물출자액 상당액 지급에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점특허권과 관련하여 OOO가 개인적으로 지출한 비용이 없는 반면 청구법인 내 부설연구소가 지출한 연구비가 있으므로 쟁점특허권을 OOO가 발명한 것으로 인정할 수 없다는 의견이나, 특허의 출원은 아이디어와 가능성만으로도 가능한 것으로 OOO는 관련 업종에서 40년 간 종사한 전문가로서 쟁점특허권은 혁신적인 아이디어로 OOO가 발명한 것이다. (가) OOO는 대학에서 기계학을 전공하고 1978.11.5. 전공과 밀접한 사업을 하던 OOO에 입사하였고, 1987.4.3. OOO에서 전무로 근무한 후 1991.4.1. 청구법인과 동일한 상호로 사업자를 등록하여 개인사업을 시작하였다. (나) 창업 당시 인맥도 자본도 미약한 상태에서 종업원 2명과 중고기계 2대로 시작하여 오로지 기술력만이 원동력이라는 신념으로 모든 작업과정에서 항상 “왜?”라는 문제의식으로 기술력 향상에 총력을 기울인 것이 나름의 성과를 거두어 점차 외형이 확대되었고 대외 신인도 제고를 위해 1997.1.1. 청구법인으로 전환하여 현재에 이르고 있다. (다) OOO는 40년 간 청구법인과 관련된 업무를 하면서 혁신적인 아이디어와 업무개선을 이루었으며 그 결과 쟁점특허권을 포함하여 OOO를 발명자로 하는 다수의 기술특허와 디자인권을 획득하였다. (라) 우리나라는 중소기업이나 개인의 산업재산권 출원 및 등록 시 발명자 개인의 경험이나 숙련도 및 노하우에 의한 아이템에서 출원 및 등록신청을 하는 경우가 대부분으로 특허법제42조 제2항의 특허출원서에는 발명의 설명ㆍ청구범위를 적은 명세서와 필요한 도면 및 요약서를 첨부토록 되어 있는바, 결국 특허의 출원은 완성된 제품이 없더라도 아이디어와 가능성만으로도 가능한 것이다. (마) 청구법인 내 부설연구소는 2007.4.4. 연구전담요원 5명으로 설립되어 자동차에 들어가는 부품샘플의 테스트와 개선을 중점적으로 연구하고 있는바, 먼저 쟁점특허권②의 경우 부설연구소가 설립되기 전 출원한 것이고, 쟁점특허권③의 경우 특허출원 당시 부설연구소에 재직하던 직원은 입사 3∼4년 차 미만이어서 발명에 아무런 도움이 되지 않았다. (바) 처분청은 당초 쟁점특허권의 권리자가 청구법인으로 되어있었고 취득관련비용을 청구법인이 지급하였으며 취득기간동안 OOO는 청구법인의 대표이사로서 급여를 수령하였으므로 OOO를 쟁점특허권의 단독발명으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 실질적인 발명자가 따로 있는 경우 이를 반영하여 그를 발명자로 등재하였고, 청구법인은 주주총회 결의를 통해 쟁점특허권의 실지 발명자가 OOO임을 명확히 하였으며, 특허법인 OOO도 쟁점특허권의 발명자가 OOO라고 확인한 사실도 있고, 쟁점특허권 등록사항에도 발명자가 OOO임을 명시하고 있으므로 쟁점특허권의 발명자는 OOO이다.
(2) 쟁점특허권의 실질적인 소유권은 청구법인이 아닌 OOO에게 있었으나 청구법인의 대외적 신인도와 대출심사 등을 위해 그 명의를 청구법인 앞으로 해둔 것이고 청구법인은 현물출자 등을 통해 청구법인의 부채비율을 낮추고자 명의를 OOO 앞으로 변경한 것이므로 쟁점특허권의 소유권을 변경한 합리적인 이유가 있다. (가) 청구법인은 쟁점특허권을 포함한 OOO가 발명한 특허권을 청구법인의 명의로 등록하였는데 이는 청구법인이 벤처기업인증을 받거나 금융기관 대출심사 또는 회사가치평가 시 더 많은 가점을 받기 위함이었고 쟁점특허권의 실질적인 소유권은 OOO에게 있었다. (나) 청구법인은 2008년 금융위기 이후 부채비율이 급격하게 증가하면서 금융대출을 연장하기 어려운 상황에 직면하였고 한국발명진흥회의 정부과제 설명회를 통해 지식재산권으로 증자가 가능하다는 사실을 알게 되었다. (다) 이에 특허청 산하 한국발명진흥회에 쟁점특허권의 가치평가를 의뢰하였으나 한국발명진흥회로부터 쟁점특허권의 경우 발명자가 별도로 있어 발명자와 법인이 공동으로 평가를 요청하는 경우에만 현물출자가 가능하다는 의견을 듣고 청구법인 주주의 동의를 얻어 쟁점특허권의 소유지분을 변경하였는바, 만약 청구법인이 많은 어려움을 겪고 있는 상황에서 대표이사에게 아무런 이유 없이 거액의 자금을 지급하였다면 청구법인의 다른 주주들이 반발하였을 것은 자명하다. (라) 소유지분을 변동한 쟁점특허권 외 특허권의 경우에도 한국발명진흥회의 요청에 따라 그 소유지분을 변경하였으나 특허의 존속기간이 짧고 청구법인의 매출과 직접적 관련이 없어 가치평가금액이 적은 관계로 보상을 진행하지 아니하였으며 이에 다시 주주총회를 통해 명의를 변경하였다.
(3) 직무발명보상제도는 특허권의 귀속이 누구인가를 묻지 않고 발명자에게 보상금을 지급하는 제도로 쟁점직무발명보상금은 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 실제 발명자인 OOO에게 청구법인의 사내직무발명보상규정에 따라 지급하였으므로 이를 청구법인이 법인자금을 부당하게 유출하였다고 볼 수 없다.
(4) 청구법인이 특허권으로 계상한 쟁점현물출자액 상당액은 OOO가 실질적으로 발명한 쟁점특허권④ㆍ⑤를 정당한 절차에 따라 현물출자받은 것이므로 이를 청구법인이 법인자금을 부당하게 유출하였다고 볼 수 없다.
(5) 처분청은 청구법인이 직무발명보상제도와 특허권의 현물출자를 통하여 법인의 자금을 부당하게 유출하였다는 의견이나, 청구법인은 누구나 볼 수 있는 특허청 홈페이지를 통해서 특허청 산하 한국발명진흥회의 조언을 받아 직무발명 및 현물출자를 진행하였다. 해당 홈페이지에는 특허에 관련한 평가의 소상한 방법과 현물출자에 대한 가이드라인까지 자세히 안내가 되어 있으며, 직무발명보상제도에 대한 내용도 상세히 나열되어 있는바, 청구법인은 당 회사의 경쟁력을 올리는 동시에 재무적인 어려움을 해결하기 위하여 해당 제도를 활용한 것이지 청구법인 자금의 부당한 유출은 절대 없었다.
(1) 청구법인은 보유하고 있던 쟁점특허권 지분의 50%를 아무런 대가를 받지 않고 OOO 앞으로 소유권을 이전하였다가 직무발명보상금과 현물출자 명목으로 다시 그 소유권을 이전받았다. (가) 쟁점특허권의 등록원부에 의하면 쟁점특허권은 등록시점부터 청구법인이 그 권리를 보유하고 있었고, 쟁점특허권 특허등록대행용역의 대가도 청구법인이 지급한 사실이 확인된다. (나) 청구법인은 2016.8.24. 임시주주총회를 거쳐 2016.10.4. 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ④ㆍ⑤ 지분 50%의 소유권을 OOO 앞으로 이전하였으나 이에 대한 대가를 수수한 사실은 확인되지 않는다. (다) 청구법인의 감사보고서에 의하면 청구법인은 2016사업연도에 OOO로부터 쟁점직무발명보상금 상당액에 특허권을 취득하였고, 2017사업연도에 OOO로부터 쟁점현물출자액 상당액에 특허권을 현물출자받은 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 쟁점특허권 외 3건의 특허권도 2016.10.4. 그 지분의 50%를 OOO에게 무상양도한 후 2017.8.30. 다시 청구법인 앞으로 소유권을 변경한 사실이 확인된다.
(2) 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점직무발명보상금은 발명진흥법을 위배하여 지급한 것으로 정당한 직무발명보상금이라고 볼 수 없다. (가) 발명진흥법제15조 제1항은 “종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.”고 규정하고 있으나, 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 경우 그 등록시점부터 청구법인이 권리를 소유하다가 쟁점직무발명보상금을 지급하기 전 쟁점특허권①ㆍ②의 소유권을 OOO 앞으로 이전한 뒤 다시 청구법인 앞으로 변경한 것으로 미루어 OOO는 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③을 계약이나 근무규정에 따라 청구법인에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에 해당하지 아니한다. (나) 또한 감사청은 처분청에 대한 종합감사기간 동안 청구법인에게 직무발명보상규정 등을 제출할 것을 요구하였으나, 청구법인은 이에 대하여 구체적인 답변이나 서류제출이 없다가 과세전적부심사청구 과정에서야 직무발명보상규정과 직무발명심의위원회 회의록을 제출하였는데, 청구법인의 직무발명심의위원회 위원장은 청구법인의 OOO이고 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 발명자는 OOO임에도 불구하고 쟁점직무발명보상금에 대한 지급승인을 위한 2016.12.27.자 직무발명심의위원회 회의록에는 직무발명심의위원회 위원장이 OOO이 아니라 OOO로, 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 발명자가 OOO가 아니라 OOO으로 기재된 점, 같은 날 개최된 청구법인의 임시주주총회와 개최일시 및 장소가 중복인 점 등으로 볼 때 해당 서류를 신뢰할 수 없어 청구법인에 직무발명보상제도가 존재하였는지도 불분명하다. (다) 따라서 쟁점직무발명보상금의 지급은 청구법인을 사실상 지배하고 있는 OOO가 직무발명보상금 비과세 축소를 내용으로 하는 법률 개정을 앞두고 이를 악용하여 법인자금을 유출한 것으로 발명진흥법제15조의 형식적ㆍ실체적 요건을 결여하여 이를 정당한 것으로 볼 수 없다.
(3) 쟁점특허권은 OOO의 단독발명으로 볼 수 없다. (가) 특허법제33조 제1항은 “발명을 한 자 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1호는 “발명이란 자연법칙을 이용하여 기술적 사상을 고도로 창작한 것을 말한다.”고 규정하고 있으므로 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다고 할 것이다(대법원 2014.11.13. 선고 2011다77313, 77320 판결 등 참조). (나) 그러나 청구법인이 제출한 자료의 내용만으로는 OOO가 쟁점특허권과 관련하여 구체적으로 어떤 연구개발 활동을 수행하였는지 확인되지 않고, 기술적인 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 인정할만한 입증자료의 제시도 부족하며 쟁점특허권 관련으로 OOO가 개인적으로 부담한 비용의 증명서류도 제출되지 아니하였으므로 쟁점특허권은 OOO 개인이 혼자 모두 발명하였다기보다는 청구법인이 발명하였다고 보는 것이 합리적이다. (다) 또한 청구법인은 OOO가 청구법인 내 부설연구소를 설립하기 전과 개인사업체를 운영할 당시에 다수의 특허권을 획득한 사실이 있다고 주장하나, 특허청의 특허등록내역을 조회하여 보아도 청구법인의 개업 전인 1997년 이전에 OOO가 단독으로 특허권을 등록한 사실은 확인되지 않고, 청구법인은 2007.4.4. 부설연구소를 설립한 이후 2017사업연도까지 누적하여 OOO의 연구 및 인력개발비를 지출한 사실도 확인된다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 쟁점특허권①～③에 대하여 쟁점직무발명보상금을 대표이사에게 지급함으로써 법인자금을 부당하게 유출하였다고 보아 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 쟁점특허권④․⑤ 지분 50%를 대표이사 명의로 변경한 후 이를 다시 현물출자 받음으로써 법인자금을 부당하게 유출하였다고 보아 과세한 처분의 당부
(1) 국세기본법(2020.6.9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것) 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
(3) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. (이하 생략)
9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우
② 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (이하 생략) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액. (이하 생략)
(4) 특허법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 제33조【특허를 받을 수 있는 자】① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. (이하 생략)
(5) 발명진흥법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 특허법, 실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조【직무발명】① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정
2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정 제15조【직무발명에 대한 보상】① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.
② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.
⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다. 다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
(6) 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률 제23조【기술의 현물출자 등에 대한 특례】① 기술을 기업에 현물출자하려는 자가 기술진흥원 또는 제35조에 따른 기술평가기관(이하 “기술진흥원등”이라 한다)의 평가를 받은 경우 그 평가 내용은 상법제299조의2 또는 제422조에 따라 공인된 감정인이 감정한 것으로 본다.
(7) 상법 제422조【현물출자의 검사】① 현물출자를 하는 자가 있는 경우에는 이사는 제416조 제4호의 사항을 조사하게 하기 위하여 검사인의 선임을 법원에 청구하여야 한다. 이 경우 공인된 감정인의 감정으로 검사인의 조사에 갈음할 수 있다.
③ 법원은 검사인의 조사보고서 또는 감정인 감정결과를 심사하여 제1항의 사항을 부당하다고 인정한 때에는 이를 변경하여 이사와 현물출자를 한 자에게 통고할 수 있다.
(8) 민법 제162조【채권, 재산권의 소멸시효】① 채권은 10년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다. 제166조【소멸시효의 기산점】① 소멸시효는 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행한다.
(1) 쟁점특허권의 특허등록원부 및 특허정보검색 인명정보의 주요 내용은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인은 2016.10.4. 쟁점특허권①․②․④․⑤ 지분의 50%를 OOO에게 무상으로 이전하였으며 아래 ＜표2＞에 기재된 권리재이전일에 OOO에게 무상으로 이전된 쟁점특허권의 지분이 청구법인 앞으로 다시 이전된 사실이 확인된다. OOO(2) 처분청이 제출한 청구법인의 세금계산서에 의하면, 청구법인은 아래 ＜표3＞과 같이 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ④의 출원수수료 명목으로 세금계산서를 교부받은 사실이 확인된다. OOO (3) 처분청이 제출한 청구법인의 연구 및 인력개발비 지출내역에 의하면, 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 2007.4.4. 부설연구소를 설립한 이후 2017사업연도까지 OOO의 연구 및 인력개발비를 지출한 사실이 확인된다. OOO
(4) 청구법인은 쟁점특허권이 새로운 기술발명과 같은 원천특허가 아니라 기존 제조방법의 개선에 관한 개량발명이므로 해당 기술분야에 종사하는 자가 아이디어나 기술사상만으로 충분히 창작할 수 있다고 주장하면서 쟁점특허권에 관한 설명자료를 제출하였다.
(5) 청구법인은 쟁점특허권의 발명자가 OOO라는 근거로 아래와 같은 서류를 제출하였다. (가) 청구법인이 제출한 특허법인 OOO 변리사 OOO의 2019.7.23.자 의견서에 의하면, OOO은 쟁점특허권①ㆍ⑤의 출원 당시 이를 대리하기 위해 청구법인을 직접 방문하여 OOO로부터 직접 기술설명을 청취하였고, 당시의 기술설명은 발명자로서의 지위에 부합되며 특허출원에 모자람이 없는 정도였으며 이후 OOO이 작성한 특허출원명세서를 직접 검토하여 보완 내지 수정의견을 제시한 것도 OOO라는 이유 등으로 쟁점특허권①ㆍ⑤의 진정발명자는 OOO임이 명백하다고 판단한 사실이 확인된다. (나) 청구법인이 제출한 OOO 변리사 OOO의 2019.8.2.자 의견서에 의하면, OOO은 위 OOO의 2019.7.23.자 의견서와 같은 이유로 쟁점특허권②ㆍ④의 진정발명자는 OOO임이 명백하다고 판단한 사실이 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③ㆍ④의 연구노트를 제출하였다. (라) 청구법인이 제출한 청구법인의 특허보유현황의 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같고, 그 중 일부의 디자인권 및 특허권에 대하여 OOO가 작성한 연구메모를 제출하였다. OOO (6) 청구법인의 2016.8.10.자 이사회 의사록과 2016.8.24.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 청구법인은 2016.8.10. 이사회를 개최하여 2016.8.24. 임시주주총회를 개최하기로 의결하였고, 2016.8.24. 임시주주총회를 개최하여 아래와 같이 청구법인이 소유한 쟁점특허권의 50%지분을 OOO에게 이전하기로 하였다. OOO (7) 청구법인의 2016.9.30.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 청구법인은 2016.9.30. 임시주주총회를 개최하여 직무발명보상제도를 도입하기로 하고 직무발명보상제도 심의위원회를 구성하기로 의결하였다.
(8) 청구법인의 2016.10.25.자 직무발명심의위원회 회의록에 의하면, 청구법인은 6인의 위원과 2인의 자문위원을 직무발명심의위원회 위원을 위촉하고, OOO을 위원장으로 임명하였으며, 직무발명심의위원회는 발명진흥회에서 배포한 ‘표준 규정집 및 세칙적용’을 청구법인의 직무발명보상규정 및 세칙으로 제정하기로 의결하였다.
(9) 청구법인의 직무발명보상규정과 직무발명보상금 산정기준세칙의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (10) 청구법인은 2016.11.4. 전 직원에게 직무발명보상제도가 실시됨에 따라 전 임직원은 발명신고서, 발명내용설명서, OOO을 준비하여 발명에 관한 신고가 가능함을 공지하였고, OOO는 2016.11.18. 청구법인에 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 발명사실을 신고한 사실이 확인된다.
(11) 청구법인이 제출한 2016.12.6.자 직무발명심의위원회 회의록에 의하면, 청구법인의 직무발명심의위원회는 출석위원 전원의 찬성으로 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 발명이 직무발명에 해당한다고 승인하고, 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 평가를 OOO 감정평가법인에 의뢰하기로 결의하였으며, OOO 감정평가법인의 무형자산 평가보고서에 의하면, OOO 감정평가법인은 2016.12.26. 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 가치를 2016.12.1. 기준 OOO으로 평가한 사실이 확인된다.
(12) 청구법인이 제출한 2016.12.27.자 직무발명심의위원회 회의록에 의하면, 청구법인의 직무발명심의위원회는 아래와 같이 쟁점특허권①ㆍ②ㆍ③의 감정평가액 OOO을 승인한 후 OOO에게 쟁점직무발명보상금 OOO을 지급하기로 결의한 사실이 확인된다. OOO (13) 청구법인의 2016.12.28.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 청구법인은 2016.12.28. 임시주주총회를 개최하여 아래와 같이 쟁점직무발명보상금 상당액을 OOO의 가지급금과 상계하기로 의결한 사실이 확인된다. OOO (14) 청구법인이 제출한 한국발명진흥회의 2016.12.21.자 특허기술 가치평가서에 의하면, 한국발명진흥회는 2016.12.21. 쟁점특허권④ㆍ⑤의 가치를 2016.11.1. 기준 OOO으로 평가한 사실이 확인된다.
(15) 청구법인의 2016.12.12.자 이사회 의사록과 2016.12.27.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 청구법인은 2016.12.12. 이사회를 개최하여 2016.12.27. 임시주주총회를 개최하기로 의결하였고, 2016.12.27. 오전 10시 임시주주총회를 개최하여 아래와 같이 한국발명진흥회의 쟁점특허권④ㆍ⑤ 평가보고서 상 평가금액과, OOO가 보유한 쟁점특허권④ㆍ⑤의 지분을 현물출자받는 것으로 하는 사용계획을 승인하였다. OOO (16) 청구법인의 2017.4.3.자 이사회 의사록과 2017.4.17.자 임시주주총회 의사록에 의하면, 청구법인은 2017.4.3. 이사회를 개최하여 2017.4.17. 임시주주총회를 개최하기로 의결하였고, 2017.4.17. 임시주주총회를 개최하여 아래와 같이 OOO가 소유한 쟁점특허권④ㆍ⑤의 50% 지분을 현물출자받기로 의결한 사실이 확인된다. OOO(17) 처분청이 제출한 주식청약서, 주식인도증, 현물출자 재산인도증에 의하면, OOO는 본인이 소유한 쟁점특허권④ㆍ⑤의 50% 지분을 현물출자하고 청구법인은 현물출자한 재산의 가격을 OOO으로 하여 OOO에게 보통주 90,939주(1주당 발행가액 OOO)을 교부한 사실이 확인된다.
(18) 청구법인이 제출한 OOO지방법원 충주지원 2017비합3 인가서(2017.5.15.자)에 의하면, OOO지방법원 충주지원은 2017.5.15. 한국발명진흥회의 쟁점특허권④ㆍ⑤에 대한 현물출자증명에 관한 특허기술 가치평가서를 인가한 사실이 확인된다.
(19) 처분청이 제출한 청구법인의 2017사업연도 주식등변동상황명세서의 주요 내용은 아래 ＜표6＞과 같다. OOO(20) 처분청이 제출한 결의서에 의하면, 처분청은 아래 ＜표7＞과 같이 청구법인의 각 사업연도의 소득금액을 조정한 사실이 확인된다. OOO(21) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해서 살피건대, 청구법인은 OOO가 쟁점특허권을 발명하였고, 사내 직무발명보상규정에 따라 정당하게 쟁점직무발명보상금을 지급하였다고 주장하나, 청구법인은 2007.4.4. 사내 부설연구소를 설립하여 연구개발비를 지출하고 있는 반면, OOO가 쟁점특허권의 발명과 관련하여 지출한 비용은 확인할 수 없고, 청구법인이 제출한 연구노트와 연구메모에 의하더라도 OOO가 쟁점특허권의 기술적 과제를 해결하기 위하여 어떠한 수단과 방법을 제공하고 구체적인 조언․지도를 하였는지 확인하기 어려우므로 청구법인이 제출한 증거들만으로는 OOO를 쟁점특허권의 실제 발명자라고 인정하기에 부족한 점, OOO를 쟁점특허권의 실제 발명자라고 보기 어려운 이상 청구법인은 지급하지 않아도 될 쟁점직무발명보상금을 OOO에게 지급하기로 하고 그 상당액을 OOO의 가지급금과 상계하였으므로 OOO에게 경제적 합리성이 결여된 부당한 특혜를 제공하여 청구법인의 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 처분청이 청구법인의 쟁점직무발명보상금 지급을 법인자금의 부당유출로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대해서 살피건대, 법인세법제52조의 부당행위계산 부인규정은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위인지 여부에 따라 판단하여야 하는바(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 참조), 청구법인은 청구법인의 부채비율을 낮추고자 OOO가 발명한 쟁점특허권④․⑤의 명의를 OOO 앞으로 변경한 후 이를 다시 현물출자 받은 것에 경제적 합리성이 있다고 주장하나, 앞서 판단한 바와 같은 이유로 OOO를 쟁점특허권④․⑤의 실제 발명자라고 인정하기에 부족한 점, 청구법인은 이미 청구법인이 소유하고 있던 쟁점특허권④ㆍ⑤의 50%지분을 OOO에게 무상으로 이전하고 이를 다시 현물출자 받은 이유를 청구법인의 부채비율을 낮추기 위해서라고 설명하고 있을 뿐 그 외 경제적 합리성을 인정할 만한 합당한 이유를 제시하고 있지 못한 점 등을 종합하면 처분청이 청구법인의 행위를 경제적 합리성을 결여하여 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.