쟁점사업은 정부 수행 국가고유사업으로 청구법인이 ◯◯◯로부터 이를 대행·위탁받아 수행한 것이므로 부가가치세 면제대상으로 보이고, 쟁점사업은 청구법인의 독점 수행 사업으로 보이며 부가가치세 실질 부담주체인 과세권자 국가에 과세해도 별다른 실익도 없는 점 등 처분청이 쟁점사업을 예외과세사업으로 보아 부가가치세 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
쟁점사업은 정부 수행 국가고유사업으로 청구법인이 ◯◯◯로부터 이를 대행·위탁받아 수행한 것이므로 부가가치세 면제대상으로 보이고, 쟁점사업은 청구법인의 독점 수행 사업으로 보이며 부가가치세 실질 부담주체인 과세권자 국가에 과세해도 별다른 실익도 없는 점 등 처분청이 쟁점사업을 예외과세사업으로 보아 부가가치세 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
OOO서장이 2020.7.2. 청구법인에게 한 2015년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 쟁점사업은 관련법령에 따라 청구법인만이 수행할 수 있고, 쟁점사업의 위탁자인 OOO 또한 이를(쟁점사업은 민간과의 경쟁이 불가능하여 청구법인만이 할 수 있는 사업) 확인해 주고 있다.
(3) 처분청은 청구법인의 수행사업을 과세ㆍ면세로 구분한 취지는 고려하지 않은 채, 쟁점규정 단서를 단편적으로만 해석하여 쟁점사업을 과세대상이라고 오판하였으며, 쟁점규정 단서를 문리적으로 엄격하게 해석하더라도, “시험・분석・검사・진단사업”은 그 정의와 범위를 명확히 설정하기 어려운 불확정개념에 해당하는바, 입법취지 등을 종합적으로 감안하여 합리적으로 해석하여야 한다.
(4) 설령, 쟁점사업 중 일부 업무의 특정 부분이 예외과세사업에 해당될 수 있는 측면이 있더라도, 그 부분만을 별도로 독립적인 계약을 체결하여 수행한 것이 아니며(물론 대가도 구분ㆍ수령하지 않았을 뿐만 아니라 현실적으로 구분할 수도 없다), 청구법인의 고유 업무 특성상 시험․분석․검사․진단업무는 어느 사업에서나 함께 수행될 수 밖에 없는 불가피한 측면이 있는바, 면세사업에 부수되어 함께 공급된 것으로 봄이 타당하다.
(1) 과세범위는 과세대상을 규정한 세법조항의 문언에 맞게 엄격하게 해석하여야 한다. (가) 쟁점사업은 쟁점규정 단서가 규정한 예외과세사업에 명백히 해당하는바, 명문상 규정된 예외과세사업을 납세편의에 따라 유추ㆍ확장 해석하여 면세범위를 확장할 수 없다. (나) 청구법인은 쟁점규정 단서의 예외과세사업을 불확정개념이라고 주장하나, 법령상 별도의 정의가 없는 경우 일반적으로 받아들여지는 개념이나 사전적 정의에 따라 문리적으로 엄격하게 해석하여야 하는바, “시험․분석․검사․진단”은 사전적 의미로도 그 개념을 충분히 확정할 수 있다.
(2) 설령 청구주장에 따라 민간경합성 측면을 고려하더라도, 쟁점사업이 면세대상에서 제외되어야 함은 마찬가지 결과이다. (가) 쟁점사업은 실질상 과세사업자인 민간기업들도 수행하는 사업으로서, 형식적 측면에서 청구법인만이 쟁점사업을 수행하는 것처럼 보이더라도, 민간경합성이 없다고 볼 수 없다. (나) 청구법인은 쟁점사업의 대부분을 민간업체에 다시 위탁하여 수행하고 있어 실질상 민간업체가 수행한 것과 다를 것이 없고, 재위탁 과정에서 부가가치세도 거래 징수한 것으로 확인된다.
(3) 쟁점사업이 면세사업에 부수되어 수행되므로, 이를 과세대상으로 보면 청구법인을 면세단체로 규정한 취지 자체가 무의미하게 된다는 청구주장은, 청구법인은 각 사업단위별로 독립적으로 매년 OOO와 위탁(대행)계약을 체결(매년 230∼300여개)하는데, 쟁점사업도 각 독립단위별로 체결ㆍ수행되고 있어 부수용역으로 보기 어렵다.
(4) 한편, 쟁점사업을 통한 청구법인의 수입은 전체 수입금액의 OOO%에 불과한바, 예외적인 과세사업으로 보기에도 충분하다.
(1) 처분청이 제시한 과세근거 등 자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 환경개선을 목적으로 국가ㆍ지방자치단체, 민간 등으로부터 환경시설설치 또는 관련 연구용역 등을 대행ㆍ위탁받아 수행하면서 각 사업별로 위탁자 등으로부터 사업비와 수수료 등을 지급받고 있으며, 설립연혁은 아래와 같다. OOO (나) 쟁점규정의 도입시기 및 쟁점사업에 대한 청구법인의 신고현황은 아래와 같다. OOO (다) 쟁점사업은 15개 사업으로 모두 시험․분석․검사․진단과 관련된 것들이라며, 사업명을 아래와 같이 제시하였다. OOO (라) 쟁점규정 단서의 해석에 대한 처분청의 의견은 아래와 같다. OOO (마) 설령 민간경합 여부를 과세기준으로 삼더라도, 쟁점 사업은 청구법인과 민간이 함께 수행하므로 민간경합성이 있다고 주장하면서, 다음 사항들을 근거로 제시하였다. OOO (바) 처분청은 민간경합성의 의미를 공급되는 용역의 성질이나 본질로 판단하여야 한다며, 2006년 ｢부가가치세법 시행령｣ 제38조 개정 사항 및 취지(국세청발간 개정세법해설 인용)를 제시하였다. OOO (사) 쟁점사업은 그 자체로 독립적 계약단위로 매년 계속ㆍ반복적으로 위탁(대행)계약이 체결되어 수행되므로 다른 면세사업에 부수되어 수행하는 사업이 아니고, 청구법인이 매년 체결하는 230∼300여개의 독립 사업 중 15개에 불과하여 그 비중도 매우 낮다며, 아래 <표>를 제시하였다. OOO
(2) 이에 대해 청구법인이 제시한 자료 등 주요내용은 다음과 같다. (가) 쟁점규정 단서의 해석에 대한 기본입장은 아래와 같다. OOO (나) OOO이 발간한 “2011개정세법 해설(355쪽)”을 보면, 쟁점규정 단서는 민간과의 형평을 고려하여 도입되었음을 알 수 있다며, 관련 자료를 제시하였다. OOO (다) 청구법인을 부가가치세 면세단체에 추가해 달라는 입법건의에 대하여 당시 OOO는 민간과의 경쟁이 예상되는 업무는 사실관계를 검토한 후 면세 적용대상에서 제외하여야 한다고 청구법인에게 회신하였고, 이에 청구법인은 각 사업별로 민간과의 경쟁여부를 표시하여 제출한바 있다. (라) OOO는 관련법령에 따라 청구법인에게 쟁점사업을 대행․위탁하여야 할 뿐만 아니라, 쟁점사업은 청구법인에게만 위탁하여야 하므로 민간과 경쟁관계에 있지 않다고 회신하였다며 관련 법령과 OOO 회신문을 제시하였다. (마) OOO의 위탁규정 및 회신은 단순한 절차에 불과할 뿐, 실질은 민간기업도 쟁점사업을 영위하고 있다는 처분청 의견에 대하여, 청구법인은 처분청이 민간경합의 의미를 오해하고 있다면서, 어린이집에 대한 석면안전진단 사례를 아래와 같이 제시하였다. OOO (바) 청구법인은 면세사업체로서 대부분의 사업은 면세로 신고하되, 예외적으로 일부(민간과의 경합이 있다고 판단되는 경우)만 과세사업으로 신고하였다며, 과세ㆍ면세사업 신고비율(2020년 기준)을 아래 <표>와 같이 제시하였다. OOO
(3) 청구법인의 전체 수입금액 중 면세제외 사업금액의 비중에 대한 양측의 이견을 정리하면 다음과 같다. OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업에 대하여 쟁점규정 단서가 규정한 예외과세사업으로서 그와 관련된 용역은 부가가치세 과세대상에 해당한다는 의견이나, 쟁점사업은 정부(OOO)가 수행하여야 할 국가고유사업 등으로, 청구법인이 OOO로부터 이를 대행․위탁받아 수행한 것이므로 원칙적으로 ｢부가가치세법｣ 제26조 제1항 제19호 (국가 등이 공급하는 재화․용역에 대한 부가가치세 면세)와 ｢조세특례제한법｣ 제106조 제1항 제6호 (정부업무대행단체가 공급하는 재화․용역에 대한 면세)에 따른 부가가치세 면제대상 등에 해당하는 것으로 보이고, 이러한 점은 쟁점사업의 실질적인 주관부처인 OOO가 그 회신문에서 명확히 밝히고 있는 점, 만약 국가 등이 공급하는 재화․용역이 부가가치세가 과세되는 민간공급 재화․용역과 경쟁하는 경우라면, 민간이 공급하는 재화․용역이 불리해지지 않도록 국가 등이 공급하는 재화․용역에 대하여도 예외적으로 부가가치세를 과세하는 것으로 정할 수 있는데, 현재 상황 하에서 쟁점사업은 청구법인만이 독점적으로 수행하는 사업에 해당하므로, 이를 부가가치세 면세사업으로 본다 하더라도 특별히 민간이 불리해진다고 보기 어려운 점, 처분청의 의견과는 달리, 민간이 공급하는 용역의 성격 중 일부가 쟁점사업과 유사하다고 하여, 동일한 조건에서 동일하게 공급되는 용역으로서 서로 경합하는 상황이라고 단정할 수는 없겠고, OOO의 회신에 따르면 오히려 쟁점사업의 경우 민간이 쟁점사업을 직접 수행하는 것 자체가 어려워 보이는 점, 쟁점사업에 대한 부가가치세를 실질적으로 부담하는 주체는 청구법인이 아니라 과세권자인 국가(OOO)로, 청구법인과 OOO가 쟁점사업에 대한 대행․위탁계약을 체결할 때, 부가가치세에 관한 규정이 없었을 뿐만 아니라 실제 거래징수도 하지 않은 이상, 이에 대하여 과세하더라도 특별히 실익이 있다고 보기도 어려운 점, 부가가치세는 각 거래단계별로 독립적으로 과세․면세 여부를 판단하므로, 청구법인이 쟁점사업을 민간에 재차 위탁하여 이를 수행하고 있다고 하여 이를 달리 볼 것은 아닌 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사업을 예외과세사업으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 따라 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 부가가치세법 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.
1. 우정사업 운영에 관한 특례법에 따른 우정사업조직이 제공하는 다음 각 목의 용역
2. 철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역
3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.
6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (4) 조세특례제한법 시행령 제106조(부가가치세의 면제)
⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
47. 한국환경공단법에 따른 한국환경공단
⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제45조 제1호 에도 불구하고 적용한다.
1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업
2. ｢부가가치세법 시행령｣ 제3조 제2항 에 규정된 사업
4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업
6. 유원지ㆍ테마파크운영업
(5) 조세특례제한법 시행규칙 제48조(부가가치세의 면제 등) ① 영 제106조 제8항 각 호 외의 부분 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. <별표 10> 단체명 면세사업
47. ｢한국환경공단법｣에 따른 한국환경공단 ｢한국환경공단법｣ 제17조 에 따른 사업 중 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업. 다만, 시험ㆍ분석ㆍ검사ㆍ진단사업, 폐비닐처리사업, 압수폐기물자원화사업은 제외한다. (6) 한국환경공단법 제17조(사업) ① 공단은 다음 각 호의 사업을 한다.
1. 환경오염방지·환경개선 및 자원순환(자원의 절약과 재활용 촉진에 관한 법률제2조제1호에 따른 자원순환을 말한다. 이하 같다) 촉진을 통한 자원생산성 향상 등을 위한 정책의 연구, 개발 및 지원
2. 재활용 가능자원 관련 물류시설, 폐기물에너지화시설, 폐기물재활용단지 및 연구시설 등 환경복합시설의 설치·운영
3. 환경기술 및 환경산업 지원법에 따른 환경시설(이하 “환경시설”이라 한다)의 점검·진단·검사·설치·운영 및 기술지원
4. 환경산업의 육성, 환경시설의 설치, 환경기술의 개발 등 환경개선사업에 필요한 자금의 융자
5. 폐기물의 발생 억제, 부산물·폐기물의 순환이용(재사용·재생이용·재활용 등을 말한다), 폐기물의 친환경적 처리를 위한 사업
6. 대기·수질·소음·실내공기질 등을 측정하기 위한 환경측정망 및 관제센터의 설치·운영
7. 토양·지하수 환경의 조사·평가·검증·인증·정화 사업 및 관리
8. 환경유해인자(화학물질을 포함한다)의 검사·분석, 유해성시험, 위해성평가 및 관리
9. 환경 관련 국제협약 대응 및 환경시설 설치·운영 등 국제협력사업
10. 수변구역 매수토지관리·생태복원, 비점오염원 관리 및 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 제21조의4에 따른 완충저류시설 설치
11. 재활용산업의 육성지원, 재활용제품의 수요촉진, 제품의 자원 순환성 평가 및 개발사업의 자원순환성 고려의 지원 등 자원순환 촉진을 위한 사업
12. 기후변화대응을 위한 온실가스 감축사업과 국가나 지방자치단체의 온실가스 정책지원 사업
13. 국가나 지방자치단체가 위탁하는 수도시설 설치, 운영·관리 및 진단·지원
14. 녹색기술·녹색산업 집적지 및 단지 조성·운영
15. 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따른 환경분야 사업의 평가·협상, 총사업비 검증 및 이에 수반되는 공사비와 설계의 경제성 검토 등 지원. 다만, 사회기반시설에 대한 민간투자법 제23조 에 따른 공공투자관리센터에서 수행하는 사업은 제외한다.
16. 석면피해 구제·예방 및 석면안전관리 사업
18. 국가나 지방자치단체가 압수·몰수한 물품의 운송·보관, 폐기·자원화 및 공매
19. 환경분야 지식·정보수집, 교육·홍보, 국내외 협력 및 각급 기관에 대한 지원
20. 공익상 그 수행이 필요하거나 공단의 설립목적을 달성하기 위하여 필요한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
21. 제1호부터 제20호까지의 사업을 위한 조사·측량, 시험·연구, 통계관리, 정보화, 기술용역, 설계 및 공사의 관리·감독·감리
22. 환경오염방지 및 폐자원의 효율적 이용 등에 관한 대국민홍보 및 교육
23. 다른 법령에 따라 공단이 수행할 수 있는 사업
24. 그 밖에 공단의 설립목적을 달성하기 위하여 필요하다고 환경부장관이 인정하는 사업
25. 제1호부터 제24호까지의 사업에 딸린 업무로서 정관으로 정하는 사항
② 공단은 국가나 지방자치단체 또는 그 밖의 자로부터 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이나 그 밖의 환경개선 및 자원순환 촉진사업을 위탁받아 시행할 수 있다.
붙임과 같음