청구법인은 쟁점건물 공사 당시 과세사업자 신분이었던 점, 청구법인이 쟁점건물을 면세사업에 사용하는 것이 확인되는 때에 처분청이 과세권을 행사할 수 있어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
청구법인은 쟁점건물 공사 당시 과세사업자 신분이었던 점, 청구법인이 쟁점건물을 면세사업에 사용하는 것이 확인되는 때에 처분청이 과세권을 행사할 수 있어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO세무서장이 2020.6.11. 청구법인에게 한 부가가치세 2017년 제2기분 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 과세사업자로, 쟁점건물을 면세사업에 사용한 사실이 없으므로 쟁점매입세액은 공제되어야 한다. (가) 축산법에 따르면 사업자는 관할 시장으로부터 축산업허가증을 교부받아야만 축산업을 영위할 수 있으나, 청구법인은 현재 해당 요건을 충족하지 못하여 축산업을 영위할 수 있는 자격이 없으므로 과세사업자로 취급되어야 한다. 조세특례제한법 제7조 에서도 중소기업 특별세액감면을 적용하는 업종(축산업 등)에 있어서 축산업을 영위하기 위한 전 단계의 경우에는 감면적용을 인정하지 않는다. (나) 과세사업자가 취득한 매입자산을 면세사업에 전용한 때는 부가가치세법에 따라 과세할 수 있는바, 쟁점매입세액을 전부 불공제하는 것은 부당하다. 부가가치세법에서 사업자가 과세사업에 사용할 건물을 신축하고 매입세액을 공제받은 후, 해당 건물을 자기의 면세사업에 사용하는 경우에는 부가가치세법 제10조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제66조에 따라 공급가액을 계산하여 부가가치세를 납부하게 되는바, 현재 과세사업자인 청구법인이 향후 면세사업을 영위하게 된다면 위 절차에 따라 기존에 환급받은 매입세액을 납부하면 된다. (다) 처분청은 청구법인의 정관상 면세사업의 목적이 맹백하므로 쟁점건물을 면세사업에 사용한 것으로 보아야 한다는 의견이나, 과․면세 사업 영위 여부는 실제로 관련 매출이 과세사업에 해당하는지, 면세사업에 해당하는지에 따라 판단하여야 하는 것이지 단순히 정관의 목적사업만을 가지고 판단하는 것은 타당하지 아니하다. (라) 처분청은 쟁점건물에 대한 건축허가처분 취소소송의 결과 최종적으로 청구법인이 쟁점건물을 직접 경영하는 것이 불가능하게 될 경우 국세기본법 제45조의2 제2항 1호 에 따라 후발적 경정청구의 절차에 따라 쟁점매입세액을 환급받으면 된다는 의견이나, 서울고등법원이 2020.12.23. 쟁점건물의 건축허가를 취소하는 판결을 선고하였고, 상고심이 진행되고 있어 언제 최종 확정될지 불분명하며, 후발적 경정청구의 사유에 해당하는지도 확실치 않다는 점을 감안하면 쟁점매입세액을 환급해주지 않는 것은 청구법인에게 너무나 가혹한 처사이다. (마) 처분청은 축산업허가증 발급 전에는 청구법인을 과세사업자로 본다는 공적 견해를 표명하였으므로 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다. 부가가치세법상 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 세무서장에게 신청서를 제출함으로써 성립하는 것이 원칙이나(대법원 1988.3.8. 선고 87누156 판결 참조), 처분청은 청구법인의 면세사업자등록 신청에 대하여 과세사업자로 등록하였으므로 공적 견해표명이 있는 것으로 볼 수 있다.
(2) 이 건은 청구법인이 정당한 이유 없이 납세의무를 위반한 것이 아니라 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 경우에 해당하므로 가산세는 면제되어야 한다. 청구법인은 스스로를 과세사업자로 분류하여 쟁점매입세액을 공제하였고, 달리 납세의무를 게을리한 사실이 없으므로 세법해석상 견해의 대립이 있는 경우에 해당한다.
(1) 청구법인이 과세사업자라 하더라도 쟁점건물을 과세사업에 사용하였다고 볼 수 없고, 청구법인의 매입세액 전부를 공제하여야 한다고 보기 어렵다. (가) 사업자등록은 부가가치세 업무의 효율적 운영을 위하여 납세의무자의 사업에 관한 사항을 세무관서의 공부에 등재하는 절차일 뿐, 사업자등록증의 발급이 해당 사업자에게 특정사업을 허용하는 것이라고 보기 어렵다. (나) 납세의무자는 과․면세 사업의 구분 및 매입세액 공제대상 여부 등을 세법에 따라 판단하여 거래의 실질에 맞게 신고하여야 하며, 일반과세자의 부가가치세 신고서에서도 과세사업 관련 과세표준 및 면세사업 수입금액 등을 구분하여 신고할 수 있도록 되어 있다. (다) 청구법인이 작성하여 제출한 사업자등록신청서 및 포천시의 건축허가통보내역 등의 관련 자료를 살펴보면 청구법인이 쟁점건물을 면세사업에 사용할 것임이 명백히 확인된다. (라) 건축허가처분 취소소송의 결과 청구법인이 쟁점건물을 직접 경영하는 것이 불가능하게 되는 경우 청구법인은 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따라 쟁점매입세액의 환급을 청구할 수 있다. (마) 2017년 제2기부터 2019년 제1기까지 청구법인에게 부가가치세를 환급한 것은 청구법인의 신고에 의하여 확정된 국세환급금을 부가가치세법 제59조 제1항 에 따라 환급한 것일 뿐, 환급신고의 적정 여부에 대하여 과세관청이 공적견해를 표명한 것이 아니므로 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 아니한다.
(2) 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 확인되지 아니하므로 가산세를 부과한 처분은 적법하다.
① 쟁점매입세액을 면세사업 관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부
② 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 여부
(1) 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.
1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제43조(면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례) 사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. 제59조(환급) ① 납세지 관할 세무서장은 각 과세기간별로 그 과세기간에 대한 환급세액을 확정신고한 사업자에게 그 확정신고기한이 지난 후 30일 이내(제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 15일 이내)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. (2) 부가가치세법 시행령 제66조(감가상각자산 자가공급 등의 공급가액 계산) ② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.
공급가액 = 해당 재화의 취득가액 × (1 - 5/100 × 경과된 과세기간 수)
(3) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
(4) 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.
(1) 청구법인은 2017년 제1기부터 2019년 제2기 과세기간 동안 아래 <표1>과 같이 부가가치세를 신고하고 환급받은 것으로 확인된다.
(2) 처분청은 2020.6.11. 아래 <표2>와 같이 2017년 제1기부터 2019년 제2기 과세기간 동안 청구법인이 환급받은 쟁점매입세액 합계 OOO원을 청구법인에게 경정․고지하였다.
(3) 청구법인은 2017.9.29. 처분청에 주종목 양돈, 주업태 축산업, 부가가치세 과세사업 여부는 면세사업으로 하여 사업자등록을 신청하였고, 처분청은 2017.10.11. 과세사업자로 하여 사업자등록증을 발급한 것으로 확인된다.
(4) 청구법인의 정관 및 등기사항전부증명서에 의하면, 아래 <표3>과 같은 사업목적이 확인된다.
(5) 쟁점건물에 대한 건축허가는 OOO이 2018.4.23. 포천시장으로부터 받았고, 2018.5.18. 청구법인으로 건축주가 변경되었다.
(6) 쟁점건물 인근 주민인 OOO시장을 피고로 하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 위반하였다는 등의 이유로 쟁점건물의 건축허가의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 원심OOO 판결)에서 원고 승소 판결이 선고되어 피고(OOO시장)가 2021.1.14. 상고를 제기하였으나, 원고 OOO이 2021.4.16. 소취하한 것으로 확인된다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 정관 등에서 청구법인이 면세사업을 영위할 것이 확인되므로 쟁점매입세액을 불공제한 이 건 처분이 적법하다는 의견이나, 청구법인의 정관에서 확인되는 사업목적만을 가지고 쟁점건물이 면세사업에 사용될 것이라고 단정하기는 어려워 보이는 점, 청구법인은 쟁점건물 공사 당시 축산업 허가를 받지 못한 상태였으며 쟁점건물에 대한 건축허가 취소소송도 제기되어 쟁점건물을 어떠한 사업에 사용할지가 명백하다고 보기 어려운 반면, 과세사업자 신분이었던 점, 청구법인이 쟁점건물을 면세사업에 사용하는 것이 확인되는 때에 처분청이 부가가치세법 제10조 및 제40조 등에 따라 과세권을 행사할 수 있어 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 필요성이 없으므로 그 심리를 생략한다). 4 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.