조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 대표이사의 퇴직급여를 과다산정(재직기간을 소급 연장)하여 손금산입한 것으로 보아 법인세 등을 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2020-인-7826 선고일 2021.12.20

강행규정인 상법 제388조에 반하여 주주총회 결의 없이 지급된 것으로 법률상 무효로 볼 수 있으며, 당시 청구법인 임금지급체계가 연봉제로 전환되었다고 볼만한 사정도 없으므로 법인세법 시행령 제44조 제1항에 따른 현실적인 퇴직으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[주 문] OOO서장이 2020.5.25. 청구법인에게 한 법인세 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원의 부과처분 및 OOO원을 AAA에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1954.8.16. 설립되어 선박 건조 및 수리업 등을 영위하고 있는 내국법인이고, AAA은 1971.6.1.부터 1984년경까지 청구법인의 상무이사로, 그 후부터 현재까지 청구법인의 대표이사로 재직하고 있다.
  • 나. 청구법인은 2001.2.3.을 퇴사일로 한 AAA의 퇴직금 중간정산에 따라 산정된 OOO원(이하 “종전퇴직금”이라 한다) 상당의 채권과 청구법인의 AAA에 대한 가지급금 OOO원 상당의 채권을 2001.2.6. 대등액 범위에서 상계하는 회계처리를 하고, 종전퇴직금을 손금에 산입하여 2001사업연도 법인세를 신고하였으며, 2001.3.10. 원천세 OOO원(AAA의 퇴직소득세 OOO원 포함)을 원천징수·납부하였다.
  • 다. 이후 청구법인은 2015.12.31. AAA의 근속기간을 입사일인 1971.6.1.부터 기산하여 AAA에게 구 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전) 제44조 제2항 제4호(연봉제 전환에 따른 퇴직급여 정산)에 따른 중간정산 퇴직금으로 OOO원(입사일인 1971.6.1.부터 2011.12.31.까지는 2011년도 임원퇴직금지급규정에 따라 7배수, 2012.1.1.부터 2015.11.30.까지는 2015년도 임원퇴직금지급규정에 따라 3배수를 각 적용, 이하 “쟁점퇴직금”이라 한다)을 지급하고 쟁점퇴직금을 손금에 산입하여 2015사업연도 법인세를 신고하였으며, 2016.1.11. 원천세 OOO원(AAA의 퇴직소득세 OOO원 포함)을 원천징수·납부하였다.
  • 라. 처분청은 2020.2.18.〜2018.3.18. 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 2015.12.31. AAA에게 지급한 퇴직금은 그 산정 기산일을 AAA의 입사일인 1971.6.1.이 아니라 종전퇴직금 지급일인 2001.2.3.로 해야 하므로 쟁점퇴직금 중 2001.2.3.을 기준으로 재산정한 퇴직금 OOO원을 초과하는 OOO원(= OOO원 – OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 법인세법 시행령 제44조 제4항 의 손금불산입 대상 퇴직급여에 해당하는 것으로 보아 2020.5.25. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원, 2017사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 경정‧고지(2015사업연도는 이월결손금 효과로 결손금 차감만 발생하였을 뿐 별도 고지된 세액이 없었고, 이후 2016‧2017사업연도 법인세로 부과되었음)하고, 쟁점금액을 AAA에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 구 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 일부개정 전) 제44조 제1항 및 제2항에 따라 법인이 임원에게 지급한 퇴직금은 ‘현실적 퇴직’의 경우에만 손금으로 인정되므로, 현실적 퇴직 사유가 없음에도 지급한 종전퇴직금은 업무무관 가지급금에 해당한다. 구 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 일부개정 전) 제44조 제1항은 “법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직금은 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다”고 규정하고, 같은 조 제2항은 “현실적인 퇴직에는 법인이 퇴직금을 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다”고 하면서, 제4호에서 “법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 그때까지의 퇴직금을 정산하여 지급한 때”를 현실적인 퇴직에 해당하는 경우로 들고 있다. 한편, 구 법인세법 시행규칙(2005.2.28. 재정경제부령 제420호로 일부개정 전) 제22조 제2항은 “영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직금은 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정(업무무관자금 대여액)에 해당하는 것으로 본다.”고 규정하고 있다. 이에 따라 청구법인이 2001년도 중 지급한 것으로 회계처리한 종전퇴직금이 법인세법상 손금으로 인정되려면, ① 임직원이 현실적으로 퇴직한 경우, 또는 ② 연봉제로 전환함에 따라 퇴직금을 지급하지 아니한 조건으로 그때까지의 퇴직금을 정산하여 지급한 경우로서 사실상 현실적으로 퇴직한 경우로 볼 수 있는 경우에 해당하여야 한다. 그런데 ① AAA은 2001년 중간정산 후에도 중간정산 전 업무를 계속하며, 대표이사로서 연임하여 현재까지 근무하고 있어 현실적으로 퇴직하지 않은 경우임은 분명하고, ② 2001년 종전퇴직금 회계처리 당시 퇴직금 중간정산을 위한 어떠한 절차도 거치지 않았으며(형식요건 흠결), 이후 연봉제로 전환된 사실도 없다는 점에서(내용요건 흠결) 종전퇴직금은 세법상 무효로 평가되어 손금에 산입될 수 없다. 조세심판원은 임원 퇴직금 중간정산을 2차례 이상 실시한 경우 뒤에 적법하게 행해진 중간정산 시 기산일이 언제인지가 문제된 사안에서 i) 앞서 지급한 중간정산 퇴직금이 상법 및 회사의 정관 또는 퇴직급여지급규정에 따라 적법하게 지급된 것인지 여부, ii) 그 임원이 실제 퇴직하였는지 여부, iii) 연봉제로 전환되었다고 볼 수 있는 구체적 사정이 있는지 여부 등을 종합적으로 검토하여 구 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전) 제44조 제2항 제4호의 요건을 갖춘 “현실적인 퇴직”으로 볼 수 있는지를 우선적으로 판단하고, 만일 “현실적인 퇴직”으로 볼 수 없다면 앞서 지급한 중간정산 퇴직금은 무효로 세법상 업무와 관련이 없는 자금을 대여한 것에 불과한바 이후 쟁점조항 요건을 갖춘 중간정산 퇴직금 지급시 그 금액은 앞선 중간정산일 이전의 근속연수를 포함하여 산정되어야 한다는 입장이다. 위와 같은 조세심판원 입장을 본 건에 적용하면 2001년도 중 행해진 퇴직금 중간정산은 무효에 해당하고, 이에 따라 세법상 업무무관가지급금으로 평가되는바, 2015년도 중 구 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부개정 전) 제44조 제2항 제4호의 요건을 모두 갖춘 중간정산 퇴직금은 AAA이 최초 입사한 일자를 기산일로 하여 산정되어야 한다.

(2) 종전퇴직금은 가지급금 상계를 위해 퇴직금 명목으로 처리한 것일 뿐, 청구인은 현실적인 퇴직을 하거나 연봉제 전환을 하지도 아니하였으므로 퇴직금으로 볼 수 없다. (가) 종전퇴직금 지급 당시 현실적 퇴직이 있었다고 볼 수 없다. 1) AAA은 청구법인 설립일부터 현재까지 계속하여 청구법인에서 근무하였으며, 2001년 중간정산 이후에도 청구법인의 대표이사로서의 역할을 수행하고 있다. 나아가 2001년 중간정산시 AAA이 청구법인에 중간정산을 신청한 사실이 존재하지 아니하고, AAA과 청구법인 간 사이에 연봉제로 전환하기로 하는 계약서 체결 사실 역시 존재하지 아니한다.

2. AAA의 현실적 퇴직 및 그에 따른 퇴직금 지급이 있는 것으로 보기 위해서는, i) 정관에 임원 퇴직금 지급에 관한 규정이 존재하고, ii) 그 정관규정에 따라 그 규정에 정해진 절차(일반적으로 주주총회 결의)를 거쳤어야 하나, 종전퇴직금 중간정산 당시 퇴직금 지급에 관한 관련 절차를 이행한 사실이 없다. 청구법인의 2001년 퇴직금 중간정산시 포괄적‧일반적인 정관 규정 외에 구체적‧세부적인 임원퇴직금지급규정은 존재하지 않았고, 임원의 보수 및 퇴직금에 관하여 청구법인의 정관에는 다음과 같이 규정되어 있었다. OOO 2001년 당시 이루어진 종전퇴직금 중간정산이 적법하려면, 정관상 요구되는 주주총회 결의가 있어야 하는데, 당시 청구법인이 이와 관련된 주주총회를 한 사실이 없다. 나아가 청구법인은 AAA의 중간정산 관련하여 이사회 결의 등의 내부절차를 거친 사실이 없고, AAA 역시 퇴직금 중간정산 신청서 등을 작성한 사실 역시 없다. 이처럼 퇴직금 중간정산을 위한 절차 등 요건을 전혀 거치지 않은 것은 청구법인이 AAA에게 실제로 중간정산을 사유로 한 퇴직금을 지급하기로 한 것이 아니라, 오로지 가지급금을 처리함에 있어서 퇴직금 중간정산이라는 이름(title)만 빌린 것에 불과하기 때문이고, 이것이 청구법인과 AAA의 진정한 의사이다.

3. 종전퇴직금은 실제 지급된 적 없이 단순히 회계처리로만 존재한다. 청구법인은 중간정산 형식에 따른 종전퇴직금을 AAA에게 직접 지급하는 대신 대표이사에 대한 가지급금 명목으로 AAA에게 대여한 대여금 채권과 대등액 범위에서 상계하였다. 이러한 사정은 AAA에 대한 종전퇴직금 중간정산이 AAA의 실제 퇴직에 따른 퇴직금이 아니라 AAA에 대한 가지급금과 상계하여 가지급금을 줄이는 것을 주된 목적으로 이루어진 명목상의 행위였음을 알 수 있다. 이처럼 종전퇴직금은 AAA에게 실질적으로 지급된 적 없고, 재무구조 개선을 위해 대표이사에 대한 대여금을 줄일 목적에서 ‘퇴직금 중간정산’이라는 이름만을 빌린 것인 바, 종전퇴직금은 회계처리상으로만 존재할 뿐 그 이상도 이하도 아니다. (나) 2001년 이후 연봉제로 전환되지 아니하였다.

1. 구 법인세법 시행령 제44조 제2항 제4호 (2005.2.19. 대통령령 제18706호로 일부개정 전)는 “임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때”를 현실적인 퇴직에 포함하는 것으로 규정하고 있는바, “연봉제로 전환함”이란 임원의 현실적인 퇴직에 준할 정도로 급여체계 전반에 상당한 변동이 있는 경우로서, 종전의 호봉제나 연공서열제도 등과 달리 1년 단위로 임금총액을 결정하여 이를 분할하여 지급하는 연봉제로 바뀌는 것을 의미한다(부산고등법원 2018.12.21. 선고 2018누22920 판결).

2. 본 건의 경우 종전퇴직금 지급 이후 AAA에 대한 급여지급체계가 연봉제로 전환된 것으로 볼 수 없다.

① 연봉제로 전환되었다고 보기 위해서는 연봉계약서가 작성되어야 하나, 2001년 당시 청구법인과 AAA 사이에 연봉계약서가 작성된 사실이 없다.

② 청구법인의 정관상 임원보수에 관한 규정은 2001년 전후로 변동된 바 없고[청구법인의 종전퇴직금 지급 당시의 정관(2001년)은 2011년 개정되기 전까지 동일하게 유지되었다], 구체적·세부적인 임원퇴직금규정 제정 시점이 2011년이라는 점에 비추어 보더라도 2001년 당시 연봉체계에 상당한 변화가 있었다고 보기 어렵다.

③ 청구법인은 2011년 임원퇴직금규정을 제정하였고, 부칙에서 “제정 전 재임기간에도 적용한다”고 규정하였는데, 이는 청구법인이 2001년 당시의 종전퇴직금을 세법상 적법한 퇴직금 지급으로 보지 않았다는 증거이다. 이상과 같이 2001년 당시 청구법인과 AAA 사이에 퇴직금 중간정산을 조건으로 연봉제 전환이 이루어진 사실이 없는바, 이러한 점에 있어서도 종전퇴직금 지급을 적법한 퇴직금 중간정산으로 볼 수 없다. (다) 그렇다면 종전퇴직금은 첫째, 쟁점조항에 따른 중간정산 퇴직금에 대해 양 당사자 간 합의가 없다는 점에서 민법상 무효이고, 둘째, 퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결의 등을 거치지 않았다는 점에서 상법상 무효이며, 셋째, 연봉제 전환 등 요건을 갖추지 못하여 세법상으로도 무효에 해당하는 바, 2015년도 중 민법과 상법, 그리고 세법 규정을 준수하여 지급한 쟁점퇴직금은 AAA이 최초 청구법인에 입사한 날로부터 기산하여 산정되어야 한다.

(3) 처분청 답변에 대한 항변 (가) 처분청은 종전퇴직금 중간정산을 무효로 본다면, 중간정산을 이유로 퇴직금을 수령한 다음 상당기간 경과 후 퇴직하면서 근무기간을 소급하여 퇴직금을 중복지급하고 이에 대해 수정신고만 하는 등의 불합리성이 발생한다고 하면서 종전퇴직금은 유효하고, 따라서 쟁점금액은 과다인건비로서 손금에 해당하지 않는다고 주장하나, 이는 임원에 대한 퇴직금 지급절차를 규정한 상법 제388조 가 강행규정이고 이를 위반하여 지급된 퇴직금은 법률상 무효임을 간과한 부당한 주장이다. 이사의 퇴직금은 상법 제388조 에 따라 정관으로 정하거나 주주총회 결의에 따라 정해져야 하고, 이사의 퇴직금 청구권은 ① 정관에서 규정한 퇴직금규정에 의하거나 ② 주주총회에서 퇴직금 지급결의가 있을 때 비로소 발생하는바, 이러한 절차를 거치지 않고 지급된 퇴직금은 법률상 효력이 없다. 종전퇴직금이 지급된 2001년 당시에는 임원퇴직금 규정이 존재하지 않았고(위 ①요건 불충족), 청구법인은 종전퇴직금 지급을 위한 주주총회결의도 거치지 아니하였던바(위 ②요건 불충족), 종전퇴직금은 강행규정에 위반하여 지급된 것으로서 절대적 무효이다. (나) 처분청은, 청구법인이 스스로 종전퇴직금 지급이 유효함을 전제로 종전퇴직금을 손금에 산입하고 퇴직소득세를 원천징수하여 납부하는 등의 방식으로 업무를 처리해 와 놓고, 이제 와서 형식과 실질이 다르다고 주장하는 것은 신의칙에 반하여 허용될 수 없다고 주장하나, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙 적용은 극히 제한적으로만 인정되어야 한다는 것은 대법원 판례의 확립된 태도인바, 구체적으로 대법원은, “납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다”고 하면서(대법원 1997.3.20. 선고 95누18383 전원합의체 판결), “납세의무자에게 신의성실 원칙을 적용하기 위해서는 ① 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, ② 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, ③ 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야” 하고(대법원 1999.11.26. 선고 98두17968 판결), 나아가 납세의무자의 배신행위를 이유로 한 신의성실의 원칙 적용은 그 배신행위의 정도가 극히 심한 경우가 아니면 허용하여서는 안될 것이라고 일관되게 판시하고 있다(대법원 1997.3.20. 선고 95누18383 전원합의체 판결 등 다수). 처분청은 청구법인이 AAA의 중간정산 이후 퇴직급여충당부채를 설정하지 않은 점, 종전퇴직금을 손금에 산입하여 과세관청에 과세표준을 신고한 점, 대표자 AAA과 함께 중간정산한 직원들이 실제 퇴직하는 경우 중간정산 시점부터 기산한 퇴직금을 지급한 점 등을 근거로 청구법인에게 심한 배신행위가 있다고 주장하나, 이와 같은 행위는 청구법인이 종전퇴직금 지급을 적법행위로 생각하고 그에 따라 세무처리한 것일 뿐 과세관청에 대한 적극적인 배신행위라 볼 수 없다. 대법원은, 과세관청은 납세의무자에 대한 실지조사권을 가지고 있음을 넘어 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 조사의무가 있으며, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임도 부담하고 있음을 고려하여 조사의무 해태 시 납세의무자의 심한 배신행위를 인정하지 않고 있다. 그런데 청구법인은 과세관청의 정당한 세무조사권을 무력화 할 정도의 어떠한 언동이나 행위를 하지 않았고, 과세관청이 2001년 퇴직금 중간정산에 대한 제척기간이 도과하기 이전에 세무조사권을 발동하였다면 청구법인의 종전전퇴직금이 관련 절차를 거치지 않고 지급되었다는 사실을 충분히 인지하고 과세할 수 있었다. 또한 상법 제388조 는 강행규정으로, 강행규정에 반하는 행위에 대하여는 신의성실의 원칙을 적용하여 강행규정에 반하는 행위가 유효하다고 주장할 수 없다. 이를 인정하는 경우 강행규정을 두어 그 행위를 금지한 취지에 반하는 결과가 되기 때문이다. 대법원은, 강행규정에 위반되어 무효임을 알면서 스스로 그러한 법률행위를 한 당사자가 추후 그 행위가 강행규정 위반으로서 무효라고 주장하는 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지가 문제된 사안들에서, 그 행위를 신의칙 위반으로 보아 당사자의 무효주장을 배척한다면 강행법규로 금지하려고 했던 것이 실현되는 결과로 되어 그 입법취지가 몰각된다는 이유로 신의칙 적용을 부정하고 있다(대법원 2004.6.11. 선고 2003다1601 판결 등). 이와 같은 대법원판례의 태도에 비추어 본다면, 강행법규 위반을 이유로 종전퇴직금 지급이 무효임을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 위반되지 않음이 명백하다. (다) 처분청은 대표자 AAA과 함께 중간정산한 직원들의 경우 중간정산 시점부터 기산하여 퇴직금을 지급한 점을 이유로 청구법인의 행위에 모순이 있다고 주장하나, AAA과 함께 퇴직했던 자들은 모두 ‘직원’으로 이들에게는 강행규정인 상법 제388조 가 적용되지 아니한다. 따라서 직원에게 지급된 종전퇴직금은 강행규정을 위반한 것이 아니므로 본 건과 달리 퇴직금 중간정산 이후부터 정산하여 지급하는 것이 타당하다. (라) 처분청은 종전퇴직금이 세법상 업무무관가지급금으로 취급된다고 하여 그 금원의 법률적 성질이 퇴직금에서 가지급금으로 변경되는 것은 아니라면서, 이는 현실에서 유효한 경제행위 및 법률행위인 퇴직금 지급을 세법상 취급과 연관시켜 왜곡한 것으로서 부당하다고 주장하나, 청구법인이 종전퇴직금의 성질이 세법상 업무무관가지급금에 해당한다고 한 것은 종전퇴직금의 세법상 효력이 업무무관가지급금에 해당한다는 것일 뿐, 이것이 법률상 대여금으로 변경되었다고 주장한 것이 아니다. 한편, 쟁점퇴직금은 강행규정에 위반하여 법률상 원인 없이 지급된 것인 바, 유효한 경제행위 및 법률행위로 볼 수 없고 그 법적 성질은 부당이득금에 해당할 뿐 퇴직금으로 볼 수 없다. 대법원도 주주총회 결의 없이 지급한 퇴직금은 부당이득에 해당한다고 판시하고 있다(대법원 2020.4.9. 선고 2018다290436 판결).

  • 나. 처분청 의견 (1) 쟁점퇴직금은 변칙적으로 정산한 과다인건비로서 법인세법 제19조 제2항 의 “일반적으로 인정되는 통상적인 비용”으로 볼 수 없다. 만약 퇴직금을 중간정산을 한 이후 근무기간을 소급하여 재차 퇴직금을 지급할 수 있다고 가정한다면 중간정산을 사유로 퇴직금을 수령한 후 상당기간이 경과한 시점에 퇴직(중간정산 포함)하면서 근무기간을 소급하여 고액의 퇴직금을 중복지급하고, 제척기간 이내 사업연도만 당초 중간정산 퇴직금에 대하여 세무조정을 하여 수정신고를 하면 되는 등의 불합리가 발생한다. 또한 급여 상승으로 인한 평균임금증가 등으로 추후 지급될 퇴직금 산정금액이 변동되므로 청구법인과 같이 대표자이자 지배주주인 자는 얼마든지 다시 관련 사규 개정 등을 이용하여 기왕에 지급한 중간정산퇴직금의 효력을 상실하게 할 수 있는 문제점이 있다.

(2) 청구법인은 종전퇴직금이 퇴직금중간정산이라는 형식만 취했을 뿐 상법과 세법 등 관련 법령에서 요구하는 어떠한 절차도 거치지 않았다고 주장하나, 이는 청구법인 스스로 취한 형식과 실질이 다르다는 주장으로 신의칙에 반하여 허용될 수 없고 내재적 한계가 있다고 봄이 타당하며, 법해석상 일정한 제한을 두지 않는다면 법적안정성이 심히 훼손될 수밖에 없다. 청구법인은 2001년 대표이사 AAA의 퇴직금 중간정산 이후 AAA에 대한 퇴직급여충당부채를 설정하지 아니하였음이 법인결산서 및 감사보고서에서 확인되고, 2001년 AAA과 같이 퇴직금 중간정산을 한 다른 근로자들의 경우 중간정산시점을 기산일로 하여 퇴직금을 정산하였으며, 2001.2.3. 종전퇴직금을 손금에 산입하고 과세표준을 OOO원으로 하여 2001년 귀속분 AAA의 퇴직소득세를 원천징수‧납부하는 등 청구법인 스스로 쟁점퇴직금이 정당하게 지급되었음을 전제로 행위하여 왔는바, 2010년 이전 사업연도의 국세 부과제척기간이 도과한 2015년에 이르러서야 쟁점퇴직금이 적법한 절차를 거치지 아니하여 업무무관가지급금이라고 주장하는 것은 과세권이 청구법인의 모순된 행위에 의하여 부당하게 박탈당하는 결과를 초래하게 된다.

(3) 청구법인 퇴직금지급규정을 보면, 2011.6.2. 작성된 회사정관 제44조 제2항에는 “퇴직금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 직원퇴직금 지급규정에 의한다”라고 되어 있고, 청구법인은 2011.12.15. 작성된 임시주주총회의사록에서 임원퇴직금 지급을 “직원퇴직금 지급규정에 의한다”에서 “임원퇴직금 지급규정에 의한다”로 변경한 것이 확인되는바, 청구법인은 2011.12.15.자 임시주주총회를 통한 정관변경 전에는 임원퇴직금 지급을 직원퇴직금 지급규정에 따라 행하여 왔음을 알 수 있는데, 2001년에 대표자 AAA과 함께 중간정산한 직원들이 실제 퇴직하는 경우에 중간정산시점부터 기산하여 퇴직금을 지급하였다. 따라서, 청구법인이 명시적으로 표명하지는 않았지만 퇴직금 중간정산 이후에는 퇴직금 중간정산일 이후부터 새로이 기산하는 것으로 퇴직금 제도를 운영하였음을 알 수 있다. 2015.11.25.자 임시주주총회 이후 작성된 임원퇴직금 지급규정 부칙 제2조는 “이 규정은 본 규정의 시행이전의 근속기간에 대해서도 소급적용한다”라고 규정하고 있다. 이와 유사한 퇴직금 지급규정에 대하여 최근 법원은 이러한 규정이 임원의 퇴직금을 산정하기 위한 유일한 사규로서 적용하겠다는 취지에 불과할 뿐, 기 지급한 중간정산 퇴직금의 효과를 부인하고 항상 임원의 최초 취임일을 기산일로 삼아 근속연수를 산출한다는 취지로 해석할 수는 없다고 판단한바 있다(수원지방법원 2019구합60425, 2019.11.21.). (4) 법인세법 시행규칙 제22조 제2항 은 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여는 해당 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 법인세법 시행령 제53조 제1항 의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액으로 본다고 규정하고 있으나, 이는 법인세법상 퇴직금 중간정산 요건을 위배한 것에 대한 손금산입을 일시적으로 제한하는 것일 뿐, 이를 근거로 실제 기업과 직원 간에 중간정산ㆍ지급된 금원의 법률적 성격이 퇴직금에서 가지급금으로 변경되는 것이 아니다(조심 2018중1947, 2018.10.15.). 따라서 종전퇴직금의 중간정산일을 무시하고 쟁점퇴직금의 기산점을 대표자의 입사일로 한 것은 2016년도 세법개정(2016년부터 연봉제 전환을 요건으로 한 임원퇴직금 중간정산 불가)을 앞두고 법인의 누적된 고액의 가지급금을 없애기 위하여 과다한 퇴직금을 설정하기 위한 방편에 지나지 않으며, 이에 대한 논거로 과세관청의 사후적 제재인 업무무관가지급금이라는 논리를 내세우는 것은 현실에서 유효한 경제행위 및 법률행위인 퇴직금지급을 세법상의 취급과 연관시켜 왜곡한 것으로 해석상 타당하지 않다. (5) 법인세법 시행령 제44조 제2항 제3호 는 현실적인 퇴직으로 근로자퇴직급여 보장법 제8조 제2항 에 따라 퇴직금을 중간정산하여 지급하는 경우를 포함하되 중간정산시점부터 새로이 근무연수를 기산한 경우로 한정하였고, 같은 항 제4호는 중간정산시점부터 새로이 근무연수를 기산하는 경우로 한정하는 명문상 규정은 없으나 향후 퇴직금을 지급하지 아니한다는 조건으로 퇴직금 중간정산이 가능하다고 보기 때문에 퇴직금 관련 기산일 규정은 삽입할 이유가 없다고 해석하는 것이 타당하다. 또한, 최근 법원은 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호 에서 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다고 규정하고 있는데, 이는 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급한 경우에는 임원 퇴직시 근속연수 기산일을 과거 퇴직금 지급일로 삼아야 하고, 과거 퇴직금 지급일 이전으로 근속연수 기산일을 소급하여 임원 퇴직금을 산정할 수 없다는 점을 전제로 한 것이라고 해석하였다(수원지방법원 2019.11.21. 선고 2019구합60425 판결). 따라서, 법인세법에서는 중간정산 요건 위배로 중간정산 퇴직금이 업무무관가지급금으로 취급되는 것과 별개로 기본적으로 적법한 퇴직금 산정은 중간정산일 이후부터 기산하여야만 손금에 산입하도록 규정하고 있는 것이다.

(6) 청구법인은 종전퇴직금이 상법과 세법 등 관련 법령에서 요구하는 절차를 준수하지 않았다는 것을 이유를 들어, 직전퇴직금이 구 법인세법 시행령 제44조 에 따라 세법상 업무무관가지급금이라는 주장을 하며, 2011년부터 2015년까지 인정이자 및 지급이자 손금불산입 세무조정을 하여 법인세를 수정신고하였다. 그러나 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제1호 에 따라 원천세의 수정신고기간은 원천징수세액의 법정납부기한 다음날로부터 5년이 적용되는 것으로 2001년 지급한 퇴직금이 업무무관가지급금이라는 주장은 부과제척기간이 도과되어 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인이 대표이사의 퇴직급여를 과다산정(재직기간을 소급 연장)하여 손금산입한 것으로 보아 법인세 등을 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지1> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 대표이사에 대한 가지급금 처리를 위해 2001.2.3. 대표이사 AAA에 대하여 퇴직금 중간정산 형식을 빌어 금원을 지급하기로 하고, 그에 따라 산정된 종전퇴직금(OOO원) 상당의 채권을 수동채권으로, 청구법인의 AAA에 대한 가지급금 OOO원 상당의 채권을 자동채권으로 하여 이를 대등액 범위에서 상계하는 회계처리를 하였다고 하면서 청구법인의 “2001년 퇴직금 처리 전표”를 제출하였다.

(2) 청구법인은 2001년 중간정산 당시 청구법인에는 “이사 및 감사의 보수 및 퇴직금은 주주총회의 결의로서 이를 정한다”는 일반적인 정관 규정 외에 중간정산 퇴직금 지급을 위한 규정은 물론 별도의 임원퇴직금 지급규정이 존재하지 않았다고 하면서 청구법인의 “2001년 정관(2001.3.2.)”을 제출하였다.

(3) 청구법인은 2011.12.15.에서야 임시주주총회 결의로 정관을 변경하여 임원퇴직금 지급규정을 제정하였고, 임원퇴직금 지급규정의 주요 내용은 “대표이사가 35년 이상 재직 시 지급배수를 7배수로 하고, 동 규정 시행 이전부터 재임한 임원의 경우 재임기간을 통산하여 소급 적용하는 것(제5조 제2항, 부칙 제1조 제2항)”이라고 하면서 청구법인의 “2011년도 임시주주총회의사록(2011.12.15.)”, “2011년도 임원퇴직금 지급규정”(<별지2>)을 제출하였다. (4) 청구법인은 2015.11.25. 임원퇴직금지급규정을 개정하여 2012.1.1. 이후 대표이사의 퇴직금의 지급배수를 3배수로 변경하였다고 하면서 청구법인의 “2015년도 임원퇴직금 지급규정” (<별지3>) 을 제출하였다.

(5) 처분청이 제출한 “과세증빙 자료정리내역”에는 다음과 같은 내용의 처분청 조사 결과가 기재되어 있다. (가) 청구법인은 2001년 3월말 감사보고서에서 “대표이사는 당기중 연봉제 전환에 의한 퇴직금 중간정산으로 당기말 퇴직금 소요액이 없음”으로 기재하고 있다(<별지4>). (나) 청구법인은 2001년 중간정산 후 대표자 AAA을 퇴직금지급대상자에서 제외하여 <별지5>와 같이 퇴직금추계액을 계산하였고 동 금액은 법인결산서 및 감사보고서에서 확인된다. (다) 2011년에 열린 임시주주총회의사록에 의하면 2011년 임원퇴직금지급을 “직원퇴직금 지급규정에 의한다”에서 “임원퇴직금 지급규정에 의한다”로 변경한 것으로 확인된다. <2011년 임시주주총회의사록(퇴직금)> OOO (라) 2011.6.2. 작성된 회사정관에 의하면 “이사의 퇴직금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 직원퇴직금 지급규정에 의한다”라고 규정한 것으로 확인된다. <2011.6.2. 작성된 회사정관> OOO

(6) 처분청은 청구법인이 2001년 AAA과 같이 퇴직금 중간정산을 한 다른 근로자들의 경우 중간정산시점을 기산일로 하여 퇴직금을 정산하였다고 하면서 청구법인의 근로자 BBB, CCC, DDD, EEE의 국세청 내부 퇴직소득지급명세서 전산자료를 제출하였고, 이에 대하여 청구법인은 AAA과 함께 퇴직했던 자들은 모두 ‘직원’으로 이들에게는 강행규정인 상법 제388조 가 적용되지 아니하고, 따라서 직원에게 지급된 종전퇴직금은 강행규정을 위반한 것이 아니므로 AAA과 달리 퇴직금 중간정산 이후부터 정산하여 지급하는 것이 타당하다는 주장이다.

(7) 처분청이 제출한 청구법인의 “2015사업연도 감사보고서 주석”에는 청구법인의 2015사업연도 퇴직급여충당부채 관련 내용이 다음과 같이 기재되어 있다. OOO ※ 처분청이 제출한 청구법인의 “2016사업연도 감사보고서 주석”에도 위와 동일한 취지의 내용이 기재되어 있음

(8) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 2015.12.31. AAA에게 지급한 퇴직금은 그 산정 기산일을 AAA의 입사일인 1971.6.1.이 아니라 종전퇴직금 지급일인 2001.2.3.로 해야 하므로 쟁점퇴직금 중 2001.2.3.을 기준으로 재산정한 퇴직금을 초과하는 쟁점금액을 법인세법상 손금불산입 대상 퇴직급여에 해당하는 것으로 보아 과세하였으나, 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제1항에서 법인이 지급하는 퇴직급여는 임원 또는 사용인이 현실적인 퇴직을 하는 경우에 한하여 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 현실적인 퇴직으로 보는 사유(연봉제 전환 등)를 열거하고 있으며, 같은 법 시행규칙(2005.2.28. 재정경제부령 제420호로 일부개정 전) 제22조 제2항에서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여를 그 임원 등이 현실적으로 퇴직할 때까지 업무무관가지급금으로 보도록 규정하고 있는바, ① AAA은 2001년 중간정산 후에도 중간정산 전 업무를 계속하며 대표이사로서 연임하여 현재까지 근무하고 있으므로 현실적으로 퇴직하지 않은 경우에 해당하고, ② 2001년 당시 정관상 임원 퇴직금에 관한 규정에서 거치도록 한 “주주총회결의” 절차를 거친 증빙이 없으므로 종전퇴직금 지급행위는 강행규정인 상법 제388조 에 반하여 주주총회 결의 없이 지급된 것으로 법률상 무효로 볼 수 있으며, ③ 당시 청구법인 임금지급체계가 연봉제로 전환되었다고 볼만한 사정도 없으므로 법인세법 시행령 제44조 제1항 에 따른 현실적인 퇴직으로 보기 어려운 점, 법인이 대표이사에게 현실적인 퇴직이 아닌 임의의 퇴직금 중간정산을 통해 법인자금을 유출하는 것에 대해서는 업무무관가지급금에 대한 세법상 경정(그 상당액의 손금불산입, 인정이자의 익금산입 등)을 하여야 하는 것이지 그 유출자금을 퇴직금으로 보아 법인세법상 손금불산입 퇴직금을 재계산을 하는 것은 세법해석상 무리가 있어 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점금액을 법인세법상 손금불산입 대상 퇴직급여에 해당하는 것으로 보아 법인세를 과세하고 쟁점금액을 AAA에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 한편, 처분청은 청구법인이 퇴직금을 중간정산을 한 이후 근무기간을 소급하여 재차 퇴직금을 지급할 수 있다고 주장하는 것은 스스로 취한 형식과 실질이 다르다는 주장으로서 신의칙에 반하여 허용될 수 없다는 의견이나, 납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 것이어야 할 것인바(대법원 2006.1.26. 선고 2005두6300 판결, 같은 뜻임), 조세법률주의에 의하여 합법성이 강하게 작용하는 조세 실체법에 대한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생하여서라도 구체적 신뢰보호의 필요성이 인정되는 경우에 한하여 허용된다고 할 것이고, 과세관청은 실지조사권을 가지고 있을 뿐만 아니라 경우에 따라서 그 실질을 조사하여 과세하여야 할 의무가 있으며 과세처분의 적법성에 대한 증명책임도 부담하고 있는 점 등에 비추어 보면 납세자의 신의칙 위반은 신중하게 적용되어야 할 것으로 보이는 점, 강행법규에 위반한 자가 스스로 그 무효를 주장하는 것이 신의칙에 위반되는 권리의 행사라는 이유로 그 주장을 배척한다면 이는 오히려 강행법규에 의하여 배제하려는 결과를 실현시키는 셈이 되어 입법취지를 몰각하게 되는바, 달리 특별한 사정이 없는 한 그와 같은 주장은 신의칙에 반하는 것이라고 할 수 없다고 할 것이고(대법원 2004.6.11. 선고 2003다1601 판결), 따라서 종전퇴직금 중간정산이 강행법규에 위반되어 절차적으로 무효라는 주장을 신의칙 위반이라는 이유로 배척하기는 어렵다고 할 것인 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점퇴직금 손금산입이 신의칙에 반한다는 처분청 의견은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령

(1) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정 전) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

(2) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부개정 전) 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 인건비

제44조(퇴직급여의 손금불산입) ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법 제2조 제5호 의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 “현실적인 퇴직”이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

1. 법인의 사용인이 당해 법인의 임원으로 취임한 때

2. 법인의 임원 또는 사용인이 그 법인의 조직변경ㆍ합병ㆍ분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직한 때

3. 근로자퇴직급여 보장법 제8조제2항 에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때

5. 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유로 그 때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)

③ 법인이 임원(지배주주등 및 지배주주등과 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자는 제외한다) 또는 사용인에게 해당 법인과 제87조에 따른 특수관계인인 법인에 근무한 기간을 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 해당 퇴직급여상당액을 각 법인별로 안분하여 손금에 산입한다. 이 경우 해당 임원 또는 사용인이 마지막으로 근무한 법인은 해당 퇴직급여에 대한 소득세법에 따른 원천징수 및 지급명세서의 제출을 일괄하여 이행할 수 있다.

④ 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액

2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[ 소득세법 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.

⑤ 제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다. (3) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 일부개정된 것) 제44조(퇴직급여의 손금불산입) ② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.

4. 삭제 <2015.2.3.> 부칙 <대통령령 제26068호, 2015.2.3.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제164조의 개정 규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제44조 제2항 제4호의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (4) 법인세법 시행규칙(2005.2.28. 재정경제부령 제420호로 일부개정 전) 제22조(현실적인 퇴직의 범위등) ② 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직금은 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다. ※ 법인세법 시행령(2000.2.7. 대통령령 제16703호로 일부개정 전) 제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다.

(5) 상법 제388조(이사의 보수) 이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다. <별지2> 청구법인의 2011년도 임원퇴직금 지급규정 OOO <별지3> 청구법인의 2015년도 임원퇴직금 지급규정 OOO <별지4> 2001년 감사보고서 일부(퇴직금) OOO <별지5> (단위: 천원) OOO *회사내부적으로 대표자를 포함한 퇴직급여 추계액 명세서를 따로 관리하였고 대표자 AAA의 퇴직금추계액은 당초 중간정산일의 다음날인 2001.2.4.부터 기산함

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)