쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 종합부동산세 등을 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장 이 2019.11.28. 청구법인에게 한 2019년 귀속 종합부동산세 OOO 및 농어촌특별세 OOO의 각 부과처분은 OOO 토지 중 청구법인의 자동차운송사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적을 별도합산과세대상으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1978.11.1. OOO에서 사업자등록을 하고 시내버스 운송업을 영위하던 법인으로, 2018.12.10. OOO 토지 4,540㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)로 사업장소재지를 이전하고 OOO시장에게 여객자동차운송 사업계획변경인가(차고지변경인가)를 신청하였으나, OOO시장은 인근 주민들의 민원발생을 이유로 2019.1.2. 차고지 변경을 불인가하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.24. 중앙행정심판위원회에 행정심판을 제기하였다.
• 나. 처분청은 2019년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2019.6.1. 현재 쟁점토지가 그 면허ㆍ등록조건에 따라 사용하는 차고지용 토지에 해당하지 아니하여 종합합산과세대상 토지인 것으로 보아 2019.11.28. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.5. 이의신청을 거쳐 2020.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO시장의 차고지 변경인가 거부처분은 2019.12.17. OOO행정심판위원회의 결정에 따라 취소되었고, 처분청이 OOO시장에게 의뢰한 이의신청 심리 관련 자료 협조 요청에 의하여 차고지 변경의 효력일은 당초 변경인가신청 접수일인 2018.12.10.임이 확인되므로 효력발생일을 기준으로 종합합산과세대상토지인지 여부를 판단하여야 하고, 국세기본법제14조 제2항에서 국세부과와 세법적용에 있어 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 및 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 차고지 변경 신청시부터 쟁점토지를 실제 차고지로 사용해 왔으므로 실질과세 원칙에 의하여 쟁점토지 중 자동차운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적(61 × 36㎡ × 1.5 = 3,294㎡)을 별도합산과세대상 차고지용 토지로 보아 과세함이 타당하므로, 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 보아 한 이 건 부과처분은 부당하다. 처분청은 청구법인이 2019년도 재산세에 대하여 불복을 제기하지 아니하였으므로 이 건 종합부동산세 부과처분이 정당하다는 의견이나, 2019년도 재산세가 부과된 2019년 9월 당시에는 변경인가 거부처분에 대한 행정심판이 진행중이었고, 행정심판 결과 변경인가가 수리된 2020년 1월에는 재산세의 불복청구기한이 이미 도과하여 재산세에 대하여 불복청구를 하지 못하였을 뿐, 청구법인이 재산세 과세를 수용한 것은 아니다.
• 나. 처분청 의견 여객자동차 운수사업법에 따른 사업계획변경인가를 받지 않고 무단으로 차고지를 이전하여 행정처분을 받아 면허받은 내용과 달리 차고지를 사용한 경우 자신의 면허조건에 따라 사용하였다고 보기 어려워 별도합산과세대상 토지라고 구분할 수 없는 것(OOO행정법원 2011구합29533, 2011.11.18. 기각 참조)이고, 토지를 사실상 차고용 토지로 이용하였다고 하여도 지방자치단체장이지방세법에 따라 종합합산과세대상 토지로 분류하여 재산세를 과세하였다면 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것(조심 2011서939, 2011.6.17. 참조)인바, 별도합산과세대상토지인지 여부의 판단기준은 사실상 주차장 용도로 사용하였는지와 관련 없이, 면허등록조건에 따라 차고지 용도로 사용하였는지 여부라고 보아야 할 것이고, 청구법인은 여객자동차 운수사업법에 따른 사업계획 변경인가를 받지 아니하고 무단으로 차고지를 쟁점토지로 이전한 점, 이후 행정심판을 통해 쟁점토지에 대한 차고지 사용 인가를 2020.1.6. 받은 점을 종합하여 볼 때, 종합부동산세 과세기준일인 2019.6.1. 당시 청구법인이 쟁점토지를 면허 조건에 따라 차고지로 사용하였다고 보기 어려워 쟁점토지는 별도합산과세대상토지에 해당하지 아니한다고 할 것이며, 아울러 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로 지방자치단체장이 쟁점토지를 종합합산과세대상토지로 구분하여 청구법인에게 재산세를 부과하였고, 이에 대하여 불복청구를 제기한 사실이 없는바, 종합합산과세대상토지로 구분하여 종합부동산세를 부과한 처분에는 잘못이 없는 것(조심 2019서1305, 2019.6.28. 참조)이므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 종합부동산세 등을 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제5조【과세구분 및 세액】② 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 제14조 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 토지분 종합합산세액과 동조 제4항 내지 제6항의 규정에 의한 토지분 별도합산세액을 합한 금액으로 한다. 제11조【과세방법】 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조【납세의무자】① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

(2) 지방 세법 제106조【과세대상의 구분 등】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산 과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 (3) 지방세법 시행령 제101조【별도합산과세대상 토지의 범위】③ 법 제106조 제1항 제2호 나목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 여객자동차 운수사업법 또는 화물자동차 운수사업법에 따라 여객자동차운송사업 또는 화물자동차 운송사업의 면허ㆍ등록 또는 자동차대여사업의 등록을 받은 자가 그 면허ㆍ등록조건에 따라 사용하는 차고용 토지로서 자동차운송 또는 대여사업의 최저보유차고면적기준의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지

(4) 행정심판법 제49조【재결의 기속력 등】① 심판청구를 인용하는 재결은 피청구인과 그 밖의 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 재결에 의하여 취소되거나 무효 또는 부존재로 확인되는 처분이 당사자의 신청을 거부하는 것을 내용으로 하는 경우에는 그 처분을 한 행정청은 재결의 취지에 따라 다시 이전의 신청에 대한 처분을 하여야 한다.

③ 당사자의 신청을 거부하거나 부작위로 방치한 처분의 이행을 명하는 재결이 있으면 행정청은 지체 없이 이전의 신청에 대하여 재결의 취지에 따라 처분을 하여야 한다.

④ 신청에 따른 처분이 절차의 위법 또는 부당을 이유로 재결로써 취소된 경우에는 제2항을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2007.6.29.여객자동차 운수사업법제4조 제1항에 따라 OOO시장으로부터 여객자동차운송사업 면허를 받아 여객자동차 운송사업을 영위하고 있는 법인으로, 2018.12.10. OOO시장에게 주사무소와 차고지를 변경하는 내용의 여객자동차 운송사업계획 변경인가를 신청하였으나, OOO시장은 2019.1.2. 차고지 변경에 대하여는 불인가를 통보하고 2019.1.16. 주사무소는 변경인가를 통보하였고, 이에 따라 주사무소 건물에 대한 건축허가를 득하여 2019.12.26. 주사무소 건물 등기를 마치고 이후 계속하여 청구법인의 주사무소로 사용하고 있다고 주장하면서 여객자동차 운송사업면허증(2019.1.16. 주사무소를 변경하였다 는 내용임), 쟁점토지 지상건물 등기부등본(소유권보존등기일 2019.12.26.)을 제출하였고, 과세기준일인 2019.6.1. 현재 청구법인이 쟁점토지를 차고지용 토지로 실제 사용한 사실에 대하여는 양측의 다툼이 없다. (나) OOO행정심판위원회 재결서(2019-1313), 여객자동차운송사업면허증에 의하면, 청구법인은 2019.1.24. 차고지 변경 불인가 처분에 대하여 2019.1.24. OOO행정심판위원회에 행정심판을 청구하였고, 2019.12.17. ‘여객자동차 운송사업계획 변경인가 거부처분 취소재결’을 받았으며, OOO시장은 2020.1.6. 변경인가를 수리하고 2020.1.7. 차고지 변경을 사유로 여객자동차 운송사업면허증을 재발급한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 쟁점토지의 연접 토지가 이미 다른 버스회사의 차고지로 이용되고 있는 상황이었으므로 민원발생을 전혀 예측할 수 없었고, 또한 민원을 이유로 여객자동차 운송사업계획 변경인가를 거부한다는 규정이 없으며, 청구법인은 차고지를 무단점유하여 임의 사용 한 것이 아니고여객자동차 운송사업법에 의해 자동차 관련 시설 건축 및 차고지 조성 후 사용한 것으로 쟁점토지로 차고지 변경 신청 당시부터 계속하여 차고지로 사용하고 있었다고 주장하면서 차고지 전경사진을 제출하였다. (라) 처분청 이의신청시 OOO시장이 처분청에게 회신한 “이의신청심리관련 자료협조 요청에 따른 회신” 공문(<별지> 참조)에 의하면, 청구법인이 2020.1.6. OOO시장으로부터 받은 여객자동차 운송사업계획 변경인가 수리에 따른 차고지 변경의 효력 개시일자는 당초 변경인가 접수일인 2018.12.10.로 확인된다. (마) 2019년 토지에 대한 재산세 정기과세내역서 및 OOO구청장의 회신공문에 의하면, OOO구청장은 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 2019년도 재산세를 부과하였고, 2020년도 재산세는 쟁점토지를 별도합산과세대상으로 보아 과세할 예정인 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 면허 내용과 달리 운송사업계획 변경인가 없이 쟁점토지를 차고용으로 사용하여 별도합산과세대상으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 2018.12.10. OOO시장에게 차고지를 변경하는 내용의 여객자동차 운송사업계획 변경인가를 신청하고 신청내용에 따라 차고지를 이전하였으나, OOO시장이 2019.1.2. 불인가를 통보하였고, OOO행정심판위원회는 2019.12.17. 여객자동차 운송사업계획 변경인가 거부처분을 취소하도록 결정한 것으로 확인되는 점, OOO시장은 동 취소재결에 따라 2020.1.6. 변경인가를 수리하고 2020.1.7. 차고지 변경을 사유로 여객자동차 운송사업면허증을 재발급하였으며, 처분청의 “이의신청심리관련 자료협조 요청”에 따라 2020.1.6.자 여객자동차 운송사업계획 변경인가 수리에 따른 차고지 변경의 효력개시일자는 당초 변경인가 접수일인 2018.12.10.임을 확인한 점, 여객자동차운송 사업계획변경인가를 거부한 변경인가 거부처분 자체가 나중에 행정쟁송절차에 의하여 이미 취소되었다면, 그 변경인가 거부처분은 그 처분시에 소급하여 효력을 잃게 되고, 청구법인은 쟁점토지를 면허ㆍ등록 조건에 따라 적법하게 차고용 토지로 사용하였음이 추후에 확정되었다고 봄이 타당할 것이고, 그 변경인가 거부처분이 단지 장래에 향하여서만 효력을 잃게 된다고 볼 근거가 없는 점(대법원 1993.6.25. 선고 93도277 판결, 대법원 2006.6.16. 선고 2005다28990 등 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 2019년 재산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 쟁점토지를 여객자동차 운수사업법에 따라 여객자동차운송사업의 면허ㆍ등록조건에 따라 차고용 토지로 사용한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다. 또한 처분청은 선행세목인 재산세 과세자료에 경정이 없는 이상, 후행세목인 종합부동산세만을 경정하기 어렵다는 의견이나, 이 건의 경우 행정심판이 진행되는 중 지방자치단체가 재산세를 부과한 경우로서 행정심판에 따라 변경인가 거부처분의 취소가 결정될 당시 이미 재산세의 불복기간인 90일이 도과하여 납세자로서는 재산세에 대하여 불복청구를 제기할 수 없는 부득이한 상황인 것으로 확인되는 점, 재산세 경정 여부에도 불구하고 종합부동산세 부과처분의 적법 여부를 판단할 수 있는 것(조심 2011서910, 2011.6.20. 등 같은 뜻임)인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지가 2019년 재산세 과세기준일(2019.6.1.) 현재 지방세법제106조 제1항 제2호 나목 및 같은 법 시행령 제101조 제3항 제1호에 따른 별도합산과세대상 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 한 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.