쟁점부동산이 종합부동산세 과세대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2008.9.1. 도시 및 주거환경정비법 제16조 에 따라 설립된 비영리법인으로, OOO를 정비구역으로 하는 ‘OOO 주택재개발정비사업(이하 “쟁점재개발사업”이라 한다)’의 시행자로서 쟁점재개발사업을 수행하고 있다.
• 나. 처분청은 쟁점재개발사업 구역 내에 소재하는 청구법인 소유의 주택 195개호(건물 13,231.84㎡, 토지 14,441.72㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 토지 9필지 595.20㎡(이하 “쟁점토지”라 하고 쟁점주택과 합 하여 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 2019.11.22. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각각 결정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.19. 이의신청을 거쳐 2020.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점부동산은 ‘주택건설사업’이라는 공익적인 목적에 사용되는 것으로서 재산세 및 종합부동산세 비과세대상에 해당하고, 이는 재산세 과세시 주택건설사업자가 동 사업을 보다 효율적으로 수행하기 위하여 소유여부에 관계없이 ‘주택건설사업’이라는 공익적인 목적으로 사용되는 토지를 종합합산과세표준에서 제외하여 예외적으로 저율의 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하여 주는데 그 입법취지가 있는 점(대법원 2012.4.26. 선고 2010두28632 판결 참조)을 고려하면 쟁점부동산은 이 건 종합부동산세 과세기준일 현재 분리과세대상으로 봄이 타당하다.

(1) 쟁점 재개발사업으로 인하여 쟁점주택은 거주자의 이주, 단전 및 단수되어 실질적으로 주택이라 할 수 없다. 쟁점주택은 철거절차를 거치고 있고, OOO구청에서 청구법인 소유주택으로 보아 2019년도 재산세를 부과한 OOO의 경우 3018.4.25. 단전되고 2018.11.16. 단수되는 등 주택으로 재산세가 과세된 240건 중 18건을 제외한 222건은 2019.6.1. 현재 소유권이전, 명도소송, 강제집행, 이주완료, 단전 및 단수가 되었으며, 관할 구청의 요청으로 해당지역 거주자의 민원을 고려하여 블록별로 이 주를 완료한 후 철거를 보류한 상태이며, 이러한 사실은 OOO의 OOO 재개발주택 계약해지 내역서, OOO의 수도요금완납증명서 및 수도계량기 반납내역서 등을 통하여 확인된다. 따라서 쟁점주택 중 222건은 과세기준일 현재 등기부등본상 형식적으로 주택으로 등재되어 있을 뿐 실질적으로는 거주하지 아니할 뿐만 아니라 단전 및 단수되어 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물에 해당하지 아니하므로 실질과세원칙에 따라 주택으로 볼 수 없다. (2) OOO구청장은 쟁점주택이 2019년도 재산세 과세기준일 현재 주택재개발구역 내 철거예정주택이더라도 주택 구조 및 외형이 그대로 유지되고 있고 공부상 철거·멸실된 경우도 아니어서 주택에 해당한다고 보았으나, 청구법인은 OOO의 주거환경정비 기본계획 고시에 따라 OOO구청장으로부터 2010.1.8. 도시 및 주거환경정비법에 따른 시업시행인가를 받아 OOO에서 쟁점재개발사업을 시행하고 있고, 이를 위하여 도시 및 주거환경정비법 제73조 제1항에 따라 협의보상하거나 같은 조 제2항에 따라 수용재결신청에 의하여 판결을 받아 사업구역 내의 철거대상 중 쟁점부동산을 법령에 따라 취득하였으며, 2019.6.1. 현재 재개발사업을 위하여 철거예정이므로 결국 쟁점부동산은 철거되어 목적사업에 사용될 것이다. 지방세법 제109조 제3항 제5호 에서 “행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 및 주택은 재산세를 비과세한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제108조 제3항에서 “법 제109조 제3항 제5호에서 대통령령으로 정하는 것이란 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거 보상계약이 체결된 건축물 또는 주택을 말한다”라고 규정하고 있는바, 주택재개발사업은 공권력에 의하여 일정구역 내의 토지 및 건축물을 정비하는 도시계획사업의 일종으로서 토지의 평면적·입체적 효용을 증진하기 위하여 특정한 구역 내의 토지 및 지상 건축물에 대한 권리를 권리자의 의사에 관계없이 강제적으로 교환·변경하는 공용환권의 방법으로 시행하는 것이므로 법률에 의하여 정해진 시행자만이 이를 시행할 수 있으므로 행정관청의 공권력에 의한 강제 철거에 해당한다(대법원 2007.12.27. 선고 2004다26256 판결 참조). 따라서 쟁점주택은 OOO구청의 재개발 관련 법령에 의한 강제적인 철거명령에 따라 철거철차가 진행되고 있고, OOO 지방토지수용위원회의 2018.9.19. 수용재결 등에 의하여 철거보상계약이 완료되었으므로 과세기준일 현재 재산세를 부과할 수 있는 주택에 해당하지 아니한다.

(3) 지방세기본법 제22조 에서 “세무공무원이 지방세의 과세표 준과 세액을 조사·결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행이 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 것이면 존중하여야 하나, 지방세관계법에서 다른 규정을 두고 있는 경우에는 그 법에서 정하는 바에 따른다”고 규정하고 있고, ‘기업회계기준 문단 10.13’에서 새 건물을 신축하기 위하여 기존건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우 기존건물의 철거 관련 비용에서 철거된 건물의 부산물을 판매하여 수취한 금액을 차감한 가액은 토지의 취득원가에 산입하도록 규정되어 있는바, 쟁점주택은 새 건물을 신축하기 위하여 기존건물이 있는 토지를 취득하고 그 건물을 철거하는 경우에 해당하므로 지방세기본법 제22조 에 따른 토지로서 재산세 과세대상 주택이나 건축물로 볼 수 없다. (4) 지방세법 제106조 제1항 제3호 에서 분리과세대상 토지는 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지라고 규정하면서 사목에서 “국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지”가 이에 해당한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제7항에서 지방세법 제106조 제1항 제3호 사목에서 ‘대통령령으로 정하는 토지’라 함은 다음 각 호 에서 정하는 토지를 말한다고 규정하면서 제7호에서 주택법에 따라 주택건설사업자등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지가 이에 해당한다고 규정하고 있다. 또한 행정안전부는 주택법 제16조 제2항 에 따른 주택건설사업의 승인을 얻고자 하는 자는 해당주택 건설대지의 소유권을 확보하도록 하고 있고, 같은 조 제7항 및 제9항에 따르면 사업계획승인일부터 2년 이내에 공사에 착수하지 아니하면 승인이 취소되는 점 등을 고려할 때 같은 법에 따른 주택건설사업의 사업주체가 사업부지의 소유권을 확보하여 자신의 위험부담 아래 주택건설사업을 진행하는 이상 자신의 사업계획에 따라 해당 토지를 주택건설사업 부지로 제공하면 충분한 것이지, 반듯이 재산세 부과기준일까지 철거공사, 건축공사 등의 착공이 이루어져야만 주택건설사업에 공여되는 것이라고 보기는 어렵다고 해석하고 있다(지방세운영-2091, 2008.11.10. 등 참조). 따라서 청구법인은 도시 및 주거환경정비법 제25조 제1항 제1 호에 따른 주택재개발정비사업의 사업시행자로서 같은 법 제50조 제1항 및 제57조 제1항에 따라 사업계획승인을 받아 쟁점부동산을 주택건설 사업에 제공하여 목적사업에 사용하고 있으므로 분리과세대상으로 봄이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점주택 등이 세대원이 퇴거한 후 폐쇄조치되어 주택으로서의 사용가치를 상실하여 재산세 과세대상으로 볼 수 없으므로 종합부동산세 과세대상에도 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인이 제시한 증빙 등에 비추어 재산세 및 종합부동산세 과세기준일 현재 쟁점주택이 훼손되거나 멸실된 상태에 이르렀는지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하고, 종합부동산세가 감면되기 위해서는 먼저 재산세가 감면되어야 할 것이지 재산세 부과처분을 다투지 아니하고 종합부동산세만을 다툴 수 없는데, 재산세의 과세권한을 가진 OOO구청장은 쟁점주택을 ‘주택’으로 보아 재산세를 부과하였고 현재까지도 그러한 재산세 부과처분을 취소하거나 변경한 사실이 없는 것으로 확인되 므로 이 건 처분은 정당하다. (1) 종합부동산세는 부동산 보유자에 대하여 1차로 부동산 소재지 관할 시ㆍ군ㆍ구에서 재산세를 부과하고 2차로 전국에 소재한 각 유 형별 과세대상재산을 인별로 합산한 가액이 각 유형별 과세기준금액 을 초과하는 경우 세액을 결정․고지하도록 하고 있는바, 종합부동 산 세법 제6조 제1항 및 제2항 등은 종합부동산세의 비과세 및 감면 등에 관하여 직접 규정하고 있지 않고 재산세 감면규정을 종합부동산세를 부과함에 있어서도 준용하도록 하고 있으므로 종합부동산세가 감면되기 위해서는 먼저 재산세가 감면되어야 할 것이지 재산세 부과처분을 다투지 아니하고 종합부동산세만을 다툴 수는 없다. 따라서 종합부동산세 과세대상 토지의 분류는 지방세법을 따르고 있으므로 쟁점주택 등이 별도합산과세대상인지 여부는 청구법인과 재산세 과세관청이 다투어야 할 사항이고, 쟁점주택 등에 대한 재산세 분류가 경정되지 아니한 상황에서 재산세 분류에 따라 처분청이 청구법인에게 한 이 건 종합부동산세 처분은 정당하다.

(2) 비과세․감면․공제요건에 관한 것은 과세요건에 관한 규정과 별도로 존재하므로 그에 대한 납세자의 주장은 과세요건의 규정에 관한 단순한 부인에 그치는 것이 아니라 별도로 존재하는 규정에 해당한다는 주장이므로 그 요건을 충족한다는 점에 대한 입증책임이 납세자에게 있다고 보아야 한다.

(3) 청구법인이 제출한 단전․단수 현황명세서, 전기계약해지 문서 등으로는 쟁점주택 중 어느 것이 이 건 종합부동산세 과세기준일 이전에 세대원이 퇴거․이주하여 단전․단수 및 출입문 봉쇄 등 폐쇄조치가 이루어진 것인지 구체적으로 입증되지 아니하고, 그 내용도 폐전일이 과세기준일 이후인 주택이 30건에 달하므로 쟁점주택 중에 재산세 과세대상인 주택에 해당하지 아니하는 것이 포함되어 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2018서1071, 2019.4.9. 참조).

• 가. 쟁점 쟁점부동산이 종합부동산세 과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세 제6조[비과세 등] ① 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세․과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. 제7조[납세의무자] 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제11조[과세방법] 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조[납세의무자] ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자 (2) 지방세법 제104조[정의] 재산세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “토지”란 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.

3. “주택”이란 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택을 말한다. 이 경우 토지와 건축물의 범위에서 주택은 제외한다. 제109조[비과세] ③ 다음 각 호에 따른 재산(제13조 제5항에 따른 과세대상은 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산(제3호 및 제5호의 재산은 제외한다) 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.

5. 행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 또는 주택(건축법 제2조 제1항 제2호 에 따른 건축물 부분으로 한정한다)으로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 조세특례제한법 제104조의19[주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

3. 도시 및 주거환경정비법 제24조 부터 제28조까지 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세자 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야한다.

(4) 도시 및 주거환경정비법 제25조[재개발사업․재건축사업의 시행자] ① 재개발사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 시행할 수 있다.

1. 조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장․군수 등, 토지주택공사 등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행하는 방법

(5) 주택법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “주택”이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다. (6) 지방세법 시행령 제108조[비과세] ③ 법 제109조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택(건축법제2조 제1항 제2 호에 따른 건축물 부분으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)을 말한다. 이 경우 건축물 또는 주택의 일부분을 철거하는 때에는 그 철거하는 부분으로 한정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같 은 사실이 확인된다. (가) 국세청의 국세통합시스템에 따르면, 청구법인은 개업일을 2008.9.1.로 하고 주업태 및 주업종을 건설업/주택신축판매업으로 하여 사업자등록을 한 비영리법인이고, 쟁점부동산은 쟁점재개발사업구역 내 기존건축물 등으로, 2019.6.1. 현재 철거예정이고 관리처분계획인가일 (2017.11.13.) 이후 이주, 단전 및 단수가 되었으나, 그 구조 및 외형이 유지되고 있을 뿐만 아니라 공부상 철거 또는 멸실된 경우가 아니라는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (나) 청구법인은 2008.9.1. 도시 및 주거환경정비법 제16조 및 같은 법 시행규칙 제7조에 의하여 OOO구청장으로부터 아래 OOO과 같이 정비사업조합 설립을 인가받은 것으로 나타난다. OOO (다) OOO구청장은 2010.1.8. 도시 및 주거환경정비법 제28조 에 따라 다음과 같이 쟁점재개발사업 사업시행인가를 고시한 것으로 나타난다. OOO (라) OOO구청장이 2017.11.13. 도시 및 주거환경정비법 제49조 제2항 에 따라 쟁점재개발사업과 관련하여 인가한 관리처분계획의 내용을 정리하면 아래 OOO와 같다. OOO (마) 쟁점재개발사업의 진행경과를 정리하면 아래 OOO과 같다. OOO (바) 지방세법 시행령 제108조 제3항 에서 재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 국토교통부의 건축행정시스템에 의하면 청구법인은 2019.9.24. 쟁점부동산에 대하여 철거․멸실신고를 신청하여 2019.9.27. 허가를 받은 것으로 조회된다. (사) 청구법인이 2020.7.3. OOO구청에 ‘종합부동산세 부당과세에 대한 청원서를 포함한 진정서’라는 제목으로 진정민원(접수번호: OOO)을 제기함에 따라 위 구청장은 쟁점부동산에 대한 재산세 부과의 적정 여부를 검토하여 2020.7.9. 다음과 같이 회신(세무1과-12708)한 것으로 나타난다. OOO (아) 그 밖에 청구법인은 쟁점주택은 이 건 과세기준일 이전에 이미 단전․단수되었을 뿐만 아니라 이주가 완료되었으므로 주택법상 주택으로 볼 수 없다고 주장하며 수용재결서(2018.9.19.), 수용재결에 따른 대금공탁금 명세서, 쟁점주택 단전․단수 현황자료, OOO의 전기계약 해지문서(2020.2.12.) 및 OOO의 상수도폐전확인서(2020.2.5.) 등을 제시하고 있다.

(2) 한편 행정안전부의 재개발구역의 철거예정주택에 관한 재산세 부과지침은 다음과 같이 변경되었다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, OOO 주택재개발정비사업의 사업시행자인 청구법인은 쟁점주택 등은 이 건 과세기준일 현재 등기부등본상 형식적으로 주택으로 등재되어 있을 뿐 실질적으로는 철거명령에 따라 철거절차가 진행되고 있고 수용재결 등에 의하여 철거보상계약이 완료되었으므로 종합부동산세 과세대상으로 볼 수 없다고 주장하나, 지방세법 제109조 제3항 제5호 와 같은 법 시행령 제108조 제3항은 당해 연도 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 소유자에 대한 재산세를 비과세하기 위한 조항으로, 당해 건축물의 소유권이 소유자로부터 사업시행자 등으로 이전된 건축물에 대한 재산세를 비과세하기 위한 규정이 아닌 점(조심 2018서1071 2019.4.9., 같은 뜻임), 행정안전부는 감사원의 권고를 받아들여 2018.1.2. 취득일 또는 재산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 주택 재개발․재건축에 따른 관리 처분계획이 인가되어 입주자가 퇴거하였다 하더라도 건축물대장상 주택으로 등재되어 있고 주택의 구조 및 외형이 그대로 유지되고 있는 경우에는 주택으로 보아 취득세 및 재산세를 부과하도록 하는 지침(지방세운영과-1)을 지방자치단체에 시달하였고, 지방자치단체는 2018년도부터 주택의 경우 거주여부에 관계없이 공부상 등재 현황에 따라 재산세 등을 부과하고 있는바, 쟁점주택 등은 쟁점재개발사업구역 내 기존건축물로서, 2019.6.1. 현재 철거예정이고 관리처분계획인가일(2017.11.13.) 이후에 이주, 단전 및 단수가 되었다 하더라도 그 구조 및 외형이 유지되고 있으며 공부상 철거 또는 멸실되지 아니한 것으로 나타나는 점, 그 밖에 종합부동산세법 제7조 및 제12조에 따르면 종합부동산세는 지방세인 재산세를 기초로 과세되는 후행 세목으로 재산세와 동일하게 과세대상 토지를 분류하고 있는데, 관할 지방자치단체장인 OOO구청장 이 쟁점부동산을 종합합산과세대상으로 분류하여 재산세를 부과하였고, 이에 대하여 청구법인이 불복을 제기한 사실이 없는 점 등에 비추어 쟁점부동산을 종합부동산세 과세대상으로 볼 수 없다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.