감면소득을 산정함에 있어 병원에 실제 판매된 가격이 아닌 대리점 납품가를 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
감면소득을 산정함에 있어 병원에 실제 판매된 가격이 아닌 대리점 납품가를 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 청구법인에게 2020.3.23. 한 2014사업연도 법인세 OOO원 및 2021.3.30. 한 2015사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 처분은 법률이 정하는 감면소득 금액의 일부를 아무런 법적근거 없이 제외한 것으로서 위법하다. (가) 조특법 제63조의2 제2항 제1호는 감면소득으로 “공장에서 발생하는 소득”이라고 규정하고 있다. 이와 관련하여 ‘공장’에 관하여는 제조장을 의미한다는 시행령 규정을 두고 있는 반면[ 조세특례제한법 시행령(2014.9.11. 대통령령 제25590호로 일부개정 전, 이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제54조 제1항], ‘소득’과 관련하여서는 법률이나 시행령에서 감면대상 소득의 범위를 별도로 규정하거나 제한하지 않으므로, 위 조문에서의 소득은 법인세법상 소득의 개념에 따라 해석하여야 한다. 따라서 조특법 제63조의2 제2항의 ‘그 공장에서 발생하는 소득’은 해당 제조장에서 발생하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액이 되는바, 이 건에서는 OOO공장이라는 제조장에서 발생한 익금에서 손금을 공제한 금액이 감면소득이 된다. 즉, OOO공장에서 생산된 제품을 판매하여 얻은 금액이 익금이 되고 해당 제품의 생산 및 판매에 소요된 금액이 손금이 되므로, 당연히 OOO공장에서 생산된 제품의 매출액은 전부 감면소득 계산에 포함되어야 한다. (나) 처분청은 청구법인이 OOO공장 생산제품을 OOO공장을 경유하여 수도권 내 종합병원에 납품한 거래에 대해, ‘OOO공장과 OOO공장 간 거래’ 및 ‘OOO공장과 종합병원 간 거래’라는 2단계 거래로 임의로 분리한 다음, OOO공장 제품의 거래가격은 실제로 병원에 판매된 가격이 아닌 OOO공장이 대리점에게 납품한 가격이라고 간주하여 OOO공장의 매출액을 조정하였다. 그러나 처분청이 거래의 실질과 달리 재구성한 위와 같은 2단계 거래는 실제로 존재하지 않을 뿐만 아니라 각 단계별로 새로운 부가가치가 창출되었다고 볼 수도 없는바, 처분청이 주장하는 거래가격을 적용할만한 아무런 근거가 없다.
1. 청구법인은 OOO공장 생산제품 중 수도권 내 종합병원에 납품하는 제품은 우선 OOO공장으로 운반한 다음 OOO공장에서 생산한 제품과 함께 병원에 납품하였다. 이때 OOO공장에서 OOO공장으로 운반되는 제품에 대해서는 매출원가를 공급가액으로 한 세금계산서를 발행하였다. 청구법인이 OOO공장 생산 제품 일부를 OOO공장으로 운반한 것은 물류비용의 절감 및 거래처 납품의 편의 등을 위한 조치에 불과하고, 이에 대하여 세금계산서를 발행한 것은 법인 단위 과세를 채택하고 있는 법인세법과 달리 사업장 단위 과세를 채택하고 있는 부가가치세법에 따른 것일 뿐, OOO공장과 OOO공장 사이에 해당 제품에 대한 별도 거래가 있었던 것은 아니다. 즉, OOO공장에서 생산한 제품을 OOO공장으로 운반하였다가 수도권 내 개별 거래처에 함께 납품한 것은 OOO공장과 OOO공장에서 개별적으로 납품하는 것보다 물류비용이 절감될 뿐 아니라, 거래처인 종합병원 입장에서도 청구법인이 생산한 제품을 한 번에 주문하고 일괄하여 공급받으면서 세금계산서를 역발행하는 것이 효율적이고 편리하기 때문이며, 다만 부가가치세법상으로는 타인에게 직접 판매할 목적으로 한 사업장에서 다른 사업장으로 반출할 경우 공급으로 의제되기 때문에 세금계산서를 발행한 것일 뿐(부가가치세법 제10조 제3항, 2014년 당시 청구법인은 사업자 단위과세 제도나 주사업장 총괄납부 제도를 적용하지 않았다), OOO공장과 OOO공장간 별도의 거래가 있었던 것은 아니다.
2. 처분청은 OOO공장에서 OOO공장으로 운송된 제품이 OOO공장에서 함께 포장(묶음)된다고 주장하나, OOO공장에서 종합병원으로 직접 납품되는 경우와 OOO공장을 거쳐서 납품되는 경우에 있어서 추가로 별도의 공정을 거치거나 부가가치가 추가되는 것은 아니며, 단지 물류비의 절감을 (개별 배송 대신 일괄 배송을 하여) 가져오는 것에 불과하므로 당연히 감면소득의 계산에는 전혀 영향이 없다. OOO공장에서 생산한 제품 일부가 물류적으로 OOO공장을 거쳐 납품되었다 하여 OOO공장 생산 제품에서 발생한 익금을 일부 제외하거나 조정할 법률상 근거도 없다. 청구법인은 OOO공장으로 생산기능을 이전하기 전부터 ① 수도권 내 종합병원에는 제품을 직접 납품하고, ② 수도권 외 지역에는 대리점에 납품하였으며, OOO공장을 이전한 후에도 동일한 방식으로 제품을 판매하여 왔다. 즉 OOO공장 생산제품 중 일부는 청구법인이 수도권 내 종합병원에 직접 납품하고, 일부는 대리점에 납품하였으며, 이는 OOO공장에서 생산되는 제품도 마찬가지이다. (다) 제조를 통해 생산된 제품의 매출액은 당연히 제조업 소득에 포함되며, 제조와 판매 단계를 구분하여 그 일부를 제조업 소득에서 제외할 수 없다. 처분청은 청구법인이 OOO공장에서 생산한 제품을 OOO공장으로 운반한 후 수도권 내 종합병원에 판매한 것과 관련하여, 제조업 소득은 OOO공장에서 OOO공장으로 판매한 소득에 국한되며, OOO공장에서 종합병원에 판매한 부분은 본사의 도‧소매업 활동에 의한 추가소득이므로 옥천소득의 감면소득으로 반영할 수 없다고 주장한다. 그러나, 제조업이라는 것은 제조장을 설치하여 새로운 생산품을 생산하여 판매하는 영업을 의미하는 것으로 당연히 판매까지의 과정을 포함한다[국세청 용어사전 ‘제조업(製造業; manufacturing)’ 참조]. 선례도 자기제조 제품판매는 제조업에 해당한다고 하였고(부가22601-664, 1990.5.29.), 제조업의 주된 영업활동에서 직접 발생하는 소득이 제조업 소득이라고 하였다(감심-2004-0067, 2004.8.12.). 위와 같이 제조업은 본질상 생산 제품의 외부 판매를 전제하므로, 생산된 제품으로 인한 외부 매출은 제조업 소득에 당연히 포함되는 것이다. 제품의 단순한 물리적 이동을 이유로 제조의 단계와 판매의 단계를 임의로 구분하여 제조업 소득을 산정하는 것은 제조업의 개념에 부합하지 아니하는 것이다. 이 사건 사실관계의 실질은 청구법인이 OOO공장에서 생산된 제품을 수도권 내 종합병원에 판매한 것이다. 청구법인은 위 과정에서 물류비용의 절감 및 납품의 편의를 위해 OOO공장 제품을 OOO공장에 운반하였다가 함께 납품한 것일 뿐, 청구법인의 OOO공장에서 OOO공장에게 제품을 판매한 것이 아니다. 실제로 청구법인이 OOO공장의 제품을 OOO공장에 운반하지 않고 직접 종합병원에 판매하는 것도 가능하고, 현재의 거래 관계와 비교하여 실질에서 달라지는 점도 없다. 다만 OOO공장 제품과 OOO공장 제품을 따로 납품하게 되어 청구법인의 물류비용이 다소 증가하고 납품 받는 종합병원의 업무 처리가 번거롭게 될 뿐이다. 그런데, 청구법인이 그와 같이 OOO공장의 제품을 직접 종합병원에 판매하였다면 처분청은 애당초 이 사건 처분을 하지 아니하였을 것이다. 처분청은 실상, 청구법인이 OOO공장의 생산 제품을 OOO공장으로 운반한 후 판매하는 과정에서 제품의 ‘물리적인 이동’에 주목하여 이 사건 처분을 하고는, 처분의 정당성을 주장하기 위해 제조된 제품을 ‘판매’하는 것은 도‧소매업이므로 제조업에 포함될 수 없다는 무리한 주장을 하는 것이다. 애초에 제조업소득의 제조 단계와 판매 단계를 구분하는 것은 불가능하다. 엄격히 따진다면 제조는 비용만 발생할 것이고, 판매는 매출만 발생할 것이기 때문이다. 따라서 제조업 소득이라는 것은 당연히 생산된 제품의 판매를 전제로 할 수 밖에 없는데, 처분청의 주장에 의하면 제품을 그 생산이 이루어진 공장 밖으로 물리적인 이동을 한 차례 하였을 때로 제조업 소득은 제한되어야 하며 그 이후 이동은 도‧소매업이라는 것인바, 이는 실질에 반할 뿐 아니라 모든 제조업 영위 사업자가 도‧소매업을 같이 영위하다는 불합리한 결론에 이르게 된다. 이는 통계청의 업종 분류는 물론 세법상 기존 해석에도 반하며, 조세특례제한법상 제조업에 대한 감면소득 산정도 제조업(협의) 소득과 도‧소매업 소득을 구분해야 하므로 기존 해석 및 관행에 정면으로 반하는 결론에 도달하는 모순을 초래하게 된다. (라) 제조업을 영위하는 법인의 본사가 판매지원 활동을 수행하는 것은 당연하며, 본사의 비용은 공통비용으로서 이미 감면소득 산정 시 적정하게 반영(공제)되어 있다. 처분청은 OOO공장 경유 후 수도권 내 종합병원에 판매한 부분은 본사의 도‧소매업 활동에 의한 것이므로 OOO공장 제품의 수도권 내 매출액은 ‘공통익금’으로 안분의 대상으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 위에서 본 바와 같이 제조업은 본질상 생산된 제품의 판매가 전제되어 있는 것이므로 영업조직의 판매지원 활동이 수반되는 것은 지극히 당연하며, 청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로 본사에서 청구법인이 생산한 제품을 판매하기 위한 활동을 하는 것은 제조업의 주된 영업활동인 것이지 제조업과 별개의 도‧소매업 영위로는 볼 수 없다. 나아가 청구법인은 OOO공장의 감면소득 계산시 본사에서 발생한 비용 중 OOO공장과 직접 대응되는 비용은 직접비용으로 전부 차감하였고, 감면‧비감면 사업부문의 공통비용(마케팅, 영업비용 등의 판매관리비 포함)은 매출액 비율대로 안분하여 차감하였는바, 본사의 지원 기능에 소요된 비용은 이미 OOO공장 감면소득 계산 시 적정하게 공제되어 있다. 제조업을 영위하는 기업이라면 생산조직과 영업조직을 모두 갖고 있을 것인바, 처분청 주장은 생산조직은 제조업으로, 영업조직은 도‧소매업으로 구분되어야 한다는 것과 마찬가지이다. 또한 본사의 영업활동을 이유로 도‧소매의 별도의 거래 단계를 상정한다면 모든 제조업 회사는 1차적으로 영업활동이 기여하지 않는 내부거래 후 본사의 영업활동에 의해 2차적으로 외부거래를 하는 2단계 거래를 하고 있다는 지극히 부당한 결론에 이르게 된다. 특히 처분청은 감면소득을 대리점 판매 가격을 적용하여 산정하였는데 제조업을 영위하는 본사의 지원활동을 별도의 대리점과 동일시 할 수도 없다. (마) 청구법인이 제조업 외에 도‧소매업을 영위하고는 있으나 OOO공장 제품 매출과는 전혀 성격이 다르다. 처분청은 청구법인의 법인등기부등본상 목적사업으로 ‘의료용품 및 의료용품 도‧소매업’을 기재하고 있으므로 제조업 외에 도‧소매업을 영위하고 있으며, 본사의 도‧소매업 활동을 통해 OOO공장 생산 제품과 관련하여 새로운 부가가치를 창출하는 것이라고 주장하나, 청구법인이 직접 제조하지 않고 제3자로부터 매입하여 판매한 상품은 대부분 건전지, 식염수 등과 같은 소모품 및 의료용 부자재로 OOO공장 제품과는 전혀 성격이 다르고, 이를 주력 품목으로 상시적으로 공급하는 것도 아니며 매출처의 필요에 따라 요청이 있을 때마다 공급해 온 것이다. 실제로도 2014년 상품매출은 OOO원(매출비중 4.5%)이고 이후 지속적으로 감소하여 2020년 상품매출은 OOO원(매출비중 0.9%)에 불과하다.
(2) 처분청 답변에 대한 항변 (가) 이 건 처분은 OOO공장 생산 제품 중 OOO공장을 거쳐 수도권 지역의 종합병원에 납품된 제품에 대해, 병원에 실제 판매된 가격이 아닌 대리점 납품가를 적용하여 OOO공장의 매출액을 재산정한 것이다. 즉 처분청은 청구법인이 OOO공장 생산 제품을 OOO공장으로 운반한 후 소비자에게 납품한 거래를 OOO공장과 OOO공장, OOO공장과 소비자의 2단계 거래로 재구성하고, OOO공장과 OOO공장의 거래가액을 대리점 납품가로 적용하여 매출액을 조정한 것이다. 이러한 처분이 적법하려면, 사실관계 측면에서 OOO공장과 OOO공장간 별도의 거래가 있다고 볼 수 있는 경우여야 할 것이고, 무엇보다 거래를 재구성하고 매출액을 조정하는 것에 대한 법률상 근거가 있어야 하나 처분청은 이 사건 처분의 법률상 근거를 전혀 답변하지 못하고 있다. 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호 는 해당 공장의 제조업 소득을 감면소득으로 규정하고 있으므로, OOO공장에서 생산된 제품으로 발생한 매출액은 전부 감면소득 계산에 포함되어야 하며, 그 일부를 배제하거나 조정할 법률상 근거가 전혀 없다. 나아가, 위 규정의 취지는 공장의 수도권 외 지역으로의 이전을 장려하여 수도권 외 지역의 고용창출 및 경제활성화를 도모하기 위한 것으로, 수도권 외 지역으로 이전한 공장의 제조업 소득이라면 감면의 혜택을 부여하는 것이 규정의 취지 및 목적에도 부합하며, 해당 공장에서 생산된 제품임에도 타 지역으로 이동 후 판매되었다 하여 감면대상 소득의 일부를 감액하는 것은 규정의 취지와도 부합하지 않는다. (나) 감면‧비감면사업간 이익률 차이가 매출액 조정의 근거가 될 수 없다.
1. 처분청은 청구법인의 감면사업(OOO공장)의 소득률은 OOO인 반면, 비감면사업(OOO공장)의 소득률은 OOO에 불과하므로 청구법인이 해당 차이에 합리적인 근거가 있음을 입증하여야 하며, 이 사건 처분으로 거래단가를 조정하면 위 소득률의 차이가 감소하므로 보다 적정하다고 주장한다.
2. 그러나, OOO공장과 OOO공장은 근본적으로 생산품목에 차이가 있으며 제품의 판매가격은 물론 공장의 위치 등 생산 환경이나 작업자의 숙련도에 따른 제품의 원가도 다르므로, 애초에 각 공장의 소득률이 같거나 유사하여야만 소득구분이 적정하다고 볼 근거가 없고, 따라서 처분청 주장은 그 전제부터 잘못되었다.
3. 생산품목에 따른 이익률 차이를 간략히 설명하면, 청구법인은 OOO 류, OOO 류 외에도 기타 OOO, OOO, 그 외의 제품(기타류)도 생산하여 왔는데, 청구법인이 자체 개발한 OOO 류, OOO 류가 매출총이익률이 상대적으로 높은(원가율이 낮은) 주력제품 군이며, 그 외 제품군은 매출총이익률이 낮다. <제품군별 매출총이익률(매출원가율) 비교(2014년도)>
4. 위 도표는 2014년 전체를 기준으로 각 제품군별 매출액 등을 구분한 것으로, 청구법인은 위 주력제품 군OOO의 판매량이 급증하여 OOO공장만으로는 생산가능 물량이 부족해지자 주력 제품군 중 하나를 별도로 생산할 공장을 설립하기로 하고, 생산 및 물류에 유리한 입지로 OOO공장 부지를 선정한 후 향후 물류를 고려한 제품의 특성(크기‧무게), 생산 공정의 복잡성(OOO류 생산공정의 난이도가 낮고 작업자의 숙련도가 덜 요구됨) 등을 고려하여 OOO 류 생산라인을 OOO공장에 별도 구축하기로 결정한 것이다[OOO공장 설립 당시 OOO 류OOO)가 OOO 류(OOO)에 비하여 단위 중량과 부피가 크고 무거워 OOO 류 대신 OOO 류를 이전할 경우 대리점 근접효과가 커지므로(OOO 대비 OOO이 지리적 접근성이 높음) 운송비가 최소 7.5배 감소되는 것으로 검토되었다].
5. 이에 따라 OOO공장에서는 매출총이익률이 높은 OOO만, OOO공장에서는 매출총이익률이 낮은 제품군을 포함한 나머지를 전부 생산하고 있는바, OOO공장의 이익률이 높은 것은 당연하다. 애초에 매출 및 매출원가에 차이가 있으므로, 감면‧비감면부문간 소득률 차이를 이유로 청구법인의 구분경리에 문제가 있는 듯 지적하는 것은 타당하지 아니하다.
6. 무엇보다, 감면사업과 비감면사업의 소득률에 차이가 있더라도, 이러한 차이를 근거로 감면사업의 매출액을 조정할 법률상 근거가 없다. (다) 처분청은 청구법인의 구분경리를 신뢰할 수 없다고 주장하나, 청구법인은 관련 법령에 따라 적정하게 구분경리 하였고, 실제 청구법인의 회계 프로그램상 사업장별 코드가 별도로 부여되어 있어 사업장별로 계정과목이 명확히 구분되어 관리되며, 이에 따라 사업장별로 별도의 재무제표가 작성되고 있다.
1. 조특법은 감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 구분하여 경리하여야 한다고 하고, 그 방법은 법인세법의 규정을 준용하도록 규정하고 있다(조특법 제143조, 조특법 시행령 제136조). 법인세법령 및 기본통칙은 법인세가 감면되는 사업과 기타사업을 겸영하는 법인의 개별손익‧공통손익의 계산에 관하여, 매출액은 개별익금으로, 매출원가 등 감면사업에 직접 관련하여 발생한 비용은 개별손금으로, 공통으로 발생되는 비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 각 구분하도록 하고 있고, 공통손금은 원칙적으로 각 사업의 매출액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다(법인세법 제113조, 법인세법 시행령 제156조, 법인세법 시행규칙 제75조, 제76조 제6항, 기본통칙 113-156…6).
2. 이에 청구법인은 OOO공장에서 생산한 제품의 매출액은 감면사업의 개별익금으로, 해당 제품의 매출원가 등 직접 관련한 비용은 개별손금으로, 공통비용이나 귀속이 불분명한 비용은 공통손금으로 각 구분하고, 공통손금은 감면사업과 비감면사업의 매출액 비율대로 안분하여 계산하였는바, 청구법인은 법령이 정하는 방법에 따라 적정하게 구분경리하였다.
3. 본래 개별익금 및 개별손금은 구분경리에 따라 구분되고 공통손금은 매출액 비율에 따라 구분계산(안분)하는 것이며, 청구법인은 부서별로 분류된 코드에 따라 사업장별로 적법하게 구분경리 하고 있다. 또한, 이 사건 처분은 청구법인의 구분경리를 바탕으로 매출액만을 재조정한 것인바, 처분청의 주장은 스스로의 처분과도 모순된 것이다.
4. 처분청은 청구법인이 사업장이 다름에도 동일한 계정명칭을 사용한다며 문제삼고 있으나, 법인세법령 및 기본통칙은 구분경리에 관하여 개별손익‧공통손익을 구분하도록 규정할 뿐 어떠한 계정명칭을 사용하여야 하는지, 각 사업장 별로 다른 계정명칭을 사용하여야 하는지에 관하여는 정하고 있지 않다(법인세법 제113조, 법인세법 시행령 제156조, 법인세법 시행규칙 제75조, 제76조 제6항, 기본통칙 113-156…6). 계정과목은 기업회계기준에 따라 구분하여 사용하여야 하고, 구분경리는 사업장별로 자산·부채 또는 손익을 구분할 수 있도록 장부를 작성(구분기장)하면 되는 것이다. 실제로도 사업장별, 혹은 감면사업‧비감면사업별로 계정과목의 명칭 자체를 다르게 사용하는 사례는 찾을 수도 없을 것이다. 처분청은 법령에 근거가 없고 회계기준 및 실무와도 맞지 않는 주장을 하고 있다. (라) 처분청은 ① 청구법인이 OOO공장에서 생산한 제품을 OOO공장으로 이동하여 보관하다가 함께 포장하여 생산공장이 명확히 구분되지 않는 형태로 일괄 납품하였고, ② 본점 사업자번호로 종합병원에 세금계산서를 발급하면서 생산공장별로 감면‧비감면 품목을 명확히 구별할 수 없도록 기재하였고, ③ 청구법인이 제출한 총계정별원장에도 청구법인의 회계담당자가 아니면 파악하기 어렵게 기재되어 있다고 하면서, 청구법인의 구분경리를 신뢰하기 어렵다는 취지로 주장하나, 이는 전부 사실과 다르거나 타당하지 아니하다.
1. 우선 ① 청구법인의 각 공장에서는 제품이 개별포장되어 생산된 후 그대로 판매되며 이는 대리점 또는 종합병원에 납품하는 경우 모두 동일하고, OOO공장에서 OOO공장 생산제품을 함께 포장하는 과정은 아예 존재하지 아니한다. 따라서 OOO공장 생산제품을 함께 포장하여 생산공장이 명확히 구분되지 않는다는 처분청의 주장은 전혀 사실이 아니다.
2. 또한, ② 처분청은 청구법인이 종합병원에 발급한 세금계산서에 생산공장별로 감면‧비감면 품목의 기재가 불분명하다고도 지적하나, 해당 세금계산서는 병원으로부터 역발행 받은 것으로, 세금계산서 외에 거래명세서에 의해서 모든 품목과 수량 등을 구체적으로 확인할 수 있다. 청구법인의 생산 제품은 소모성 품목으로, 병의원의 요구에 따라 매우 다양한 규격으로 생산되고, 현재 청구법인이 생산하는 제품은 총 OOO 품목, 취급하는 상품은 총 OOO 품목에 달한다. 따라서 병원에 납품시 개별 품목과 수량을 세금계산서에 전부 기재할 수 없으므로 대표 품목을 기재하고, 상세 항목은 거래명세서에 기재하고 있는바, 구체적인 품목 및 수량을 거래명세서로 충분히 확인할 수 있다.
3. 마지막으로, ③ 청구법인은 OOO(OOO가 개발하여 과거 OOO도 사용하였던 OOO 프로그램으로 원가 적합성이 높음)라는 프로그램을 사용하여 회계처리를 해 오고 있는데, 위 프로그램상 부서별 코드가 별도로 부여되어 있어(전표 작성자의 ID별로 부서가 설정되어 있고 전표 작성시 부서는 필수 입력값임) 사업장별로 계정과목이 명확히 구분되어 관리된다. (마) 처분청은 OOO공장 제품에 대한 OOO공장 매출단가와 OOO공장 매출단가가 최대 OOO 이상 차이가 난다고 주장하나, OOO공장으로 이전하기 전 OOO공장에서 OOO 류 품목을 생산하였을 당시와 OOO공장 이전 후 품목별 단가를 비교하여 보더라도, 시간에 따른 일반적인 가격 변동이 있었을 뿐 75%에 달하는 단가의 상승은 없었다. 또한 청구법인은 실제 소비자인 병‧의원의 요구에 맞춘 제품을 생산하고 합리적인 수준의 소비자 판매 단가를 결정하여 직접 판매하고 있으며, 건강보험심사평가원이 일부 품목의 판매 단가를 직접 결정하기도 하는바, 청구법인 제품의 정상가격은 병‧의원에 판매되는 가격이다. 다만 수도권 외 지역에 넓게 분포하는 다수 병‧의원에 대하여는 청구법인이 직접 납품하지 않고 대리점을 통하여 공급하는 것으로서, 대리점으로부터 공급받는 병‧의원도 정상 가격인 위 판매 단가의 적용을 받는다. 따라서 청구법인이 병‧의원 납품단가 그대로 대리점에 공급하면 대리점은 청구법인 제품을 취급할 이유가 없는 바, 청구법인은 품목에 따라 병‧의원 판매가격보다 낮은 단가를 적용하여 대리점에 공급하고 있으며, 이는 OOO공장으로 이전하기 전과 동일하다. (바) 처분청은 OOO공장이 OOO공장의 제조라인 일부를 이전한 것이므로, 공장 전부의 이전이 아니어서 지방이전법인감면 적용대상이 아니며, 따라서 처분청이 감면은 인정하되 감면소득을 일부 조정한 것은 청구법인에게 유리한 처분으로서 정당하다는 취지로 주장한다. 그러나 동일 부지 내에 공장이 있더라도 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 제조공정이 서로 무관한 제품을 생산하여 구분경리가 가능한 경우에는 각각 다른 감면을 적용받을 수 있는 별도의 사업에 해당하는 바(조세특례제한법 기본통칙 127-0…2), 대상조문의 적용에 있어서도 한 제품만을 생산하는 독립된 공장시설을 완전히 이전하면 ‘공장시설의 전부이전’에 해당한다(조세특례제한법 기본통칙 63-0…1). 청구법인의 경우 제품별로 생산라인을 별도로 설치하여 가동하였고, 특히 OOO 류 생산라인은 아예 지번도 다른 별도의 단독 건물로 구분되어 있었다. 그러다가, OOO 류 생산라인을 OOO공장으로 완전히 이전하고, 기존OOO 류 생산라인을 가동하던 공장건물은 비워져 더 이상 조업이 불가능한 상태에 있는바, 대상조문 감면의 적용대상임에 의문의 여지가 없다. (사) 청구법인은 OOO공장 생산 제품이 단순히 OOO공장으로 운반되어 판매된 것일 뿐, 추가 가공 등 부가가치가 더해지는 과정이 없고, 추가적인 포장 과정조차 없다고 설명한 바 있으나, 이에 대해 처분청은 청구법인의 실무자가 ‘파레트 단위로 판매하며, OOO공장 제품과 OOO공장 제품을 파레트에 올려서 테이프로 감는 방식으로 묶음 포장’한다고 설명하였다고 하면서 현실적으로 테이프로 감지 않고는 운송도 어렵다고 주장한다. 그러나 ‘파레트’는 지게차를 이용하여 보관하거나 차량에 상‧하차 할 때 편의를 위해 사용하는 상판일 뿐이며, 제품의 포장 또는 판매 단위가 아니다. 파레트 위의 제품이 상‧하차 시 낙하하지 않도록 랩핑(비닐랩)을 하는 경우가 있을 뿐이며, 랩핑은 단순 고정하는 역할일 뿐 판매를 위한 포장이 아니다. 청구법인의 제품은 이미 각 공장에서 상자 포장까지 마쳐진 상태로 생산되며, 판매시까지 해당 상자 포장 이외에 추가적인 포장은 이루어지지 않는다.
(1) 법인세 감면규정은 엄격하게 해석되어야 하고, 공장에서 발생한 소득은 ‘제조업 소득’으로 한정되어야 한다. (가) 수도권 밖으로 공장을 이전하는 기업에 대한 세액감면규정의 도입취지와 감면소득의 범위는 과세의 공평과 세수의 확보를 위하여 엄격하게 해석해야 되는 점을 고려할 때, 청구법인의 수도권 본사 영업활동에 따른 소득은 ‘수도권의 인구집중 억제’와 ‘지역간 균형발전을 도모하는데 전혀 기여하지 않은 소득이므로 감면소득 산정시 제외되어야 한다. 1) 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제1호 는 ‘법인의 공장을 수도권 밖으로 이전하는 경우 그 공장에서 발생하는 소득에 대하여 법인세를 감면한다’라고 규정하고 있는바, 이는 수도권에 집중된 산업시설을 지방으로 이전하여 수도권의 인구집중 억제와 지역간 균형발전을 도모하기 위한 조세지원책으로, 수도권에 소재하는 법인의 공장을 지방으로 이전하도록 유도함으로써 수도권 과밀화에 따른 부작용을 해소하고 수도권 기능의 지방 분산을 통한 지역 간의 균형발전을 도모하기 위하여 법인의 공장을 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 감면의 혜택을 부여하고 있고, 조세특례제한법 제1조 가 ‘이 법은 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.’라고 규정한 점에 비추어, 위와 같은 감면소득의 범위는 과세의 공평과 세수의 확보를 위하여 엄격히 해석되어야 한다(OOO판결).
2. 따라서 이 사건에서의 조특법 문언 역시 ‘공장에서 발생한 제조업 소득으로 한정’하여 해석하여야 할 것이며, 이와 달리 공장에서 발생한 제조업 관련 소득에서 더 나아가 그 제조한 물건을 본사로 이동시켜 본사 영업본부 임직원의 영업활동을 통해 즉, ‘도·소매업 영위에 따라 발생한 추가적인 소득’까지 합산시켜 그 전부를 ‘공장에서 발생하는 소득’에 해당된다고 해석하는 것은 ‘법문언을 넘어선 확장해석’에 해당하여 허용될 수 없다.
3. 청구법인은, OOO공장에서 제조한 제품을 수도권 내 종합병원에 판매하고 있고, 이는 ① OOO공장에서의 제조활동과 ② 수도권 본사에 소속된 영업조직의 판매지원 활동이 ‘함께’ 이루어져 전체적으로 하나의 소득을 창출하는 경우에 해당한다. 이 때 전체 소득 중 ① 수도권 밖에 있는 OOO공장에서 제조한 제품에서 발생하는 소득과 ② 수도권 본사의 영업조직을 통해 발생하는 소득은 ‘구분되어 계산’되어야 한다.
4. 그 이유는, 감면소득의 대상이 되는 ‘공장에서 발생하는 소득’의 산정은 법 규정의 취지를 고려하여 ‘수도권 밖으로 이전한 공장에서 발생하는 소득으로 한정’하여 감면의 혜택을 주어야 하는데, 청구법인의 수도권 본사의 영업활동에 따른 소득과 같이 수도권 인구집중 억제와 지역간 균형발전의 도모에 하등의 기여를 하지 않는 소득에 대해서는 감면의 혜택을 주어서는 안되기 때문이다.
5. 만약, ‘공장에서 발생하는 소득’에 청구법인의 수도권 본사의 영업활동에 따른 소득까지 포함시킬 경우에는, 감면사업에서 발생하는 소득이 과다하게 책정되어 청구법인은 부당하게 세금을 많이 감면받게 되는 결과를 초래하게 되는데, 이는 ① 수도권 밖으로 공장이전에 따른 세액감면 규정의 도입취지를 몰각시킬 뿐만 아니라, ② 청구법인에게 부당한 특혜를 주어 공평한 세수 확보가 이루어지지 않으며, ③ 나아가, 성실하게 납세의무를 다하는 대다수의 납세의무자들에게 조세의 부담을 전가시키는 결과를 야기하게 된다. (나) OOO공장에서 OOO공장을 통해 판매된 매출은 ‘공통익금’이며, OOO공장에서 발생된 감면소득의 산정은 ‘독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가’로 계산되어야 한다.
1. 청구법인의 ① 법인등기부등본상 목적사업에는 제조업과 도·소매업이 구분하여 기재되어 있고, ② 조직도상으로도 OOO공장과 별도로 구분된 영업본부가 있는바, OOO공장에서 OOO공장을 통해 수도권 병원으로 판매한 매출은 OOO공장에서 발생한 제조업 소득과 OOO공장의 영업기능을 통해 수도권 병원으로 판매한 도·소매업 소득이 합산되어 있는 ‘공통익금’으로 OOO공장에서 발생한 감면소득을 산정함에 있어 이를 안분하는 것이 타당하다.
2. 조특법 제143조 제1항 및 동법 시행령 제136조 제1항은, 감면사업에 관한 구분경리를 위하여 법인세법 제113조 를 준용하도록 하고 있고, 이에 따라 감면사업에 대한 구분경리에 대해 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 은 공통익금에 대한 안분기준을 정하고 있는바, 이에 따르면 공통익금은 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산을 하도록 규정하고 있으며, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 단서는 위 방법을 적용할 수 없거나 적용이 불가능한 경우에는 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산을 하도록 규정하고 있으나, 국세청장이 고시한 내용은 없는 것으로 보인다.
3. 다만, 이러한 국세청장이 고시한 내용이 없더라도, 대법원 판례에 의하면 ‘합리적인 방법’으로 계산할 수 있고(OOO 판결), 과거 국세청은 OOO공장에서 제조한 제품을 본점인 OOO공장으로 운반하여 수도권 병의원에 판매하는 경우와 같은 사례에서, 감면대상이 되는 ‘공장에서 발생한 소득’ 의 계산은 ‘독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용되는 시가’에 의하여 계산한 금액이라고 해석하였다(OOO).
4. 따라서, 이 사건에서 법인세 감면대상 매출액을 계산함에 있어, 청구법인이 OOO공장에서 제조한 물품을 OOO공장을 경유하여 수도권에 소재한 병의원에 판매한 매출액을 기준으로 법인세 감면소득을 계산한다면, OOO공장이 아닌 수도권 본점에서 이루어지는 도·소매업 활동에 따른 추가적인 소득까지 포함하여 감면소득을 계산하게 되는바, 이는 지방으로 공장이전함에 따라 공장에서 발생한 소득에 한해서만 법인세 감면혜택을 부과하는 조특법 제63조의2의 법문언과 취지에도 반하여 청구법인이 부당하게 세금을 많이 감면받게 되는 결과를 야기하므로, 독립된 사업자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용되는 시가인 ‘도매업자인 제3자에 판매한 대리점 판매가’라는 계산방법으로 안분하여 OOO공장에서 발생한 소득을 계산함이 타당하다. (다) 청구법인은 구분경리에 관한 규정을 위반하였다.
1. 조특법 제143조 및 동법 시행령 제136조는, 조특법에 따라 세액을 감면받는 내국법인이 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 과세소득과 세액의 정확한 계산을 위하여 법인세법에서 규정하고 있는 구분경리에 관한 규정을 준용하도록 규정하고 있으며, 이에 따라 법인세법 제113조 제1항, 동법 시행령 제156조 제1항, 동법 시행규칙 제75조 제1항은 자산·부채 및 손익을 감면사업에 속하는 것과 기타사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하라고 규정하고 있다.
2. 또한, 법인세법 시행규칙 제75조 제2항, 제76조 제6항 및 제7항도, 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 공통손익은 아래 표와 같이 구분계산하라고 규정하고 있고, 다만, 공통손익의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액)이 없는 경우나 기타의 사유로 아래 표 내용을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있다.
3. 따라서, 감면사업과 비감면사업을 겸영하는 청구법인의 경우, 위와 같은 규정들에 따라 감면사업인 OOO공장에서 발생한 손익 및 자산 등과 기타사업인 OOO공장에서 발생한 손익 및 자산 등을 별도로 구분하여 구분경리하여야 한다. 즉, OOO공장과 OOO공장을 별도의 사업장으로 보아 위와 같은 규정들에 의하여, 매출액과 매출원가 등 손익항목을 개별익금, 공통익금, 개별손금, 공통손금 등으로 구분하여 감면소득 금액을 산출해야 하며, 자산·부채 등을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분경리하여야 할 것이다.
4. 그런데, 청구법인이 제출한 총 계정별원장에 의하면 OOO공장과 OOO공장의 손익 등이 별도로 구분되어 있지 않으며, 감면·비감면 품목이 세금계산서 등 관련 증빙에 의하여 명확히 확인되지 않아 청구법인은 위와 같은 구분경리에 관한 법인세법 관련 규정들을 위반하였는바, 청구법인이 OOO공장에서 OOO공장을 통해 판매된 매출전체를 감면소득금액으로 계상하면 감면소득금액이 과대계상되므로, 처분청은 앞서 밝힌 바와 같은 ‘합리적인 방식’, 즉 OOO공장과 OOO공장을 통해 판매된 매출을 ‘공통익금’으로 보고, ‘독립된 당사자간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가’인 ‘도매업자인 제3자에 판매한 대리점 판매가’로 OOO공장에서 발생된 감면소득을 산정하여 이를 안분하는 방법으로 청구법인이 감면받을 법인세를 재계산한 것이다.
5. 청구법인은 병원 등에 공급하는 의료기기 제조업을 영위하면서 수도권인 OOO공장을 둔 상태로 2014년 OOO공장 신설을 통해 일부 제품생산라인만 지방으로 이전하였다. 그 결과 OOO공장 제조 품목(감면)과 OOO공장 제조 품목(비감면)이 동시에 존재할 뿐 아니라, 본사 영업부를 통해 수도권내 병원 판매시에는 OOO공장 생산 제품을 OOO공장에 운반하여 창고에 보관하다가 감면이 적용되지 않는 OOO공장 생산 제품들과 묶음으로 일괄 납품하는 거래 형태로 운영하였다. 따라서 청구법인이 영위하는 같은 제조업 소득이라도 이러한 감면·비감면 제품이 혼재된 거래형태를 기반으로 쟁점 감면을 적용받기 위해서는 지방이전공장에 대한 구분경리가 엄격하게 이루어져야 하며, 감면소득 계산이 적정함을 입증할 책임은 청구법인에게 있다.
6. 청구법인이 감면소득 계산이 과다하게 된 점을 인정하여 수정신고서를 제출한 점을 볼 때 당초 법인세 신고시부터 OOO공장 신설에 따른 구분경리가 적절하게 이루어지지 않은 점이 명백하다.
1. 처분청은 법인세 감면규정을 엄격하게 해석해야 된다는 법리에 따라 공장에서 발생한 소득을 산정함에 있어 도·소매업에 따른 소득을 배제하고 ‘제조업 소득’으로 한정한 것인바, 이는 ‘조특법 제63조의2 제2항 제1호 법문언에 근거’한 것이며, 법원은 조특법 규정 감면소득의 계산방법에 관하여 명시적으로 규정하고 있지 아니한 경우 과세관청은 ’합리적인 방법‘으로 이를 계산할 수 있다고 판시(OOO 판결)하였고 이에 따라 처분청은 ‘도매업자인 제3자에 판매한 시가인 대리점 판매가를 기준’으로 공장소득의 범위를 계산한 것이기에, 처분청의 처분에 법적근거가 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.
2. 나아가, 법인세 감면대상이 되는 소득의 범위는 법인세법상 소득의 개념이 아니라 ‘조특법 등의 감면소득에 관한 문구와 법의 취지’에 따라 감면대상이 되는 소득의 범위를 제한해야 하는바, 청구법인이 이 사건에 대하여 법인세법 소득의 개념을 따라야 한다는 것을 전제로 OOO공장에서 생산한 제품을 판매하여 얻은 금액이 익금이 되고 해당 제품의 생산 및 판매에 소요된 금액이 손금이 되어 OOO공장에서 생산되는 제품의 매출액이 전부 감면소득 계산에 포함되어야 한다고 주장하는 것은 타당하지 아니하다.
3. 지방이전공장에서 생산된 제품이면 지방이전법인감면을 적용받아야 한다는 청구법인의 주장은 단순히 장소적 범위만을 고려한 주장일 뿐, 지방의 감면공장과 수도권의 비감면 공장을 운영하는 경우 ‘구분경리’에 따른 감면소득 계산을 엄격하게 해야 한다는 감면의 기본 전제를 간과한 것이다. 지방이전공장에서 발생하는 소득에 대해서만 적용되는 지방이전법인감면세액의 정확한 계산을 위해서는 법인세법 제113조 및 조특법 제143조에 따라 ‘구분경리’를 해야 하며, 구분경리의 방법으로는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있다.
4. 청구법인은 조특법 제63조의2 제2항 제1호가 “공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생한 소득”으로 규정하고 있기 때문에, OOO공장이라는 장소적 범위를 한정하여 당해 공장에서 생산된 제품이면 감면을 적용하는 것이 조세법률주의 원칙상 법문대로 해석하는 것에 부합한다고 주장하나, 지방이전법인감면의 취지나 목적에 비추어 지방이전공장을 형식적으로 신설하여 감면을 부당하게 적용받는 것을 방지하기 위하여 정확한 사실관계에 근거하여 구분계산을 엄격하게 적용해야 하는 것은 당연한 논리이다. (마) 처분청이 거래 실질과 달리 OOO공장과 OOO공장이 실제 거래가 있는 것처럼 2단계로 재구성하였다는 청구법인 주장에 대하여
1. 지방이전법인감면의 본질적인 토대가 지방이전공장에 대한 엄격한 ‘구분경리’에 있기 때문에 청구법인이 임의로 과대계상한 감면소득을 처분청에서 거래 실질에 맞춰 재계산한 것이다. 청구법인은 경기도 고양시 본사에 영업본부와 OOO공장을 두고 있고, OOO공장만 지방에 설치하여 운영하고 있으며, 2014년 6월부터 OOO공장을 가동하기 전까지는 OOO공장에서 OOO공장으로 생산라인을 이전한 제품을 같이 제조해왔다. 수정신고서를 제출하기 전 당초 기준으로 OOO공장 생산제품의 판매내역 살펴보면, 감면사업 매출액 합계 OOO원(ⓛOOO공장에서 도매업자에게 판매된 금액 OOO원, ②OOO공장으로 이동하여 수도권내 병의원 등으로 판매된 금액 OOO원)에서 개별손금 및 공통손금(매출액 기준 안분)을 차감한 감면 소득금액은 OOO원으로 감면사업 소득률은 34.9%이다. 한편 청구법인의 OOO공장 매출액 OOO원에서 개별손금 및 공통손금(매출액 기준 안분)을 차감한 소득금액 OOO원을 기준으로 산출한 비감면사업 소득률은 OOO이다. 이와 같이 지방이전공장(OOO공장)의 감면사업 소득률이 수도권 공장(OOO공장)의 비감면사업 소득률보다 2배 이상 높다는 점은 의료용품 제조업에서 통상적이라고 보기 어려우므로, 청구법인이 소득률 차이에 합리적인 근거가 있음을 입증해야 할 사항이다. 본건 과세처분에 따라 OOO공장 제품의 본사 판매분 매출액을 도매업자 거래단가로 조정하여 경정하면 OOO공장의 감면사업 소득률이 아래 [표3]과 같이 당초 OOO에서 OOO가 되므로, 청구법인의 인적‧물적자원 등 주요기능이 본사에 부수된 OOO공장에 집중되었다는 점을 고려할 때 보다 적정하다고 할 수 있다.
2. 청구법인은 일부 품목만을 지방이전공장을 통해 제조하면서 본사 영업에 따른 수도권 병원 판매분은 지방이전하기 전 해당 품목의 생산을 담당하던 OOO공장으로 제품을 이동하여 창고에 보관하다가 함께 포장함으로써 생산공장이 명확히 구분되지 않는 형태로 일괄 납품하였을 뿐 아니라, 본점 사업자번호로 병의원에 세금계산서 발급시에도 ‘OOO 외 21건’과 같이 생산공장별로 감면·비감면 품목을 명확히 구별할 수 없도록 불분명하게 기재하였다. 또한 청구법인이 제출한 총계정별원장에도 부서명(코드)상으로만 “○○과OOO”으로 표기되어 있을 뿐 동일한 계정을 사용함으로써 청구법인의 회계담당자가 아니면 파악하기 어렵게 되어있어, 지방이전공장을 별도 법인인 것처럼 엄격하게 구분하여 회계처리 등을 적용하였다고 보기 어렵다. 따라서 실제로 지방이전공장을 신설하기 전과 다를 바 없이 내부적으로 운영한 경우로서 최초 연도 감면율이 100%에 이르는 쟁점 감면의 취지를 고려하여 봤을 때 청구법인이 당초 신고한 조세감면의 신뢰성이 낮다고 할 것이다.
3. 청구법인은 OOO공장과 OOO공장 사이에 별도의 거래가 있었던 것은 아니며, 거래처인 병원의 편의 등 목적으로 OOO공장을 경유해서 일괄 납품한 것이라고 주장하나, 감면대상 OOO공장 제조 물품이 비감면대상 OOO공장으로 반출되었기 때문에 내부거래로 이동한 품목에 대한 가액을 정확하게 평가하여 OOO공장의 감면소득을 산출하는 것이 실질과세 측면에서 타당하다. 따라서 동일품목에 대하여 OOO공장을 경유하여 수도권 병의원에 판매한 매출액을 도매업자인 제3자에 판매한 시가인 대리점 판매가를 기준으로 재산정한 것은 ‘독립된 사업자간의 통상거래 조건에 따라 매매할 경우 적용하는 가격’을 적용하여 지방이전에 따른 OOO공장의 감면소득을 정확하게 계산하기 위한 것이므로 정당하다.
(2) 청구법인 항변에 대한 답변 (가) 청구법인은 처분청이 마치 OOO공장과 OOO공장 간 물류 이동을 별도의 거래로 보고, 이를 이유로 감면소득을 조정하였다고 주장하나, 이는 과세 논리를 잘못 이해한 데에서 비롯된 것이다. 처분청은 ‘OOO공장에서 생산한 제품’은 OOO공장에서 매출한 것이던 OOO공장에서 매출한 것이던 모두 감면의 대상으로 삼았고, 다만 OOO공장의 매출액이 합리적인 사유 없이 과대계상된 것으로 보아 매출단가를 합리적인 가격으로 조정하였을 뿐이다. (나) 청구법인의 신고 매출액을 부인하고, OOO공장의 대리점 납품가를 실제 매출단가로 본 근거는 ① 조특법 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 법인은 구분하여야 할 사업별로 자산‧부채 및 손익을 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 하는 것이나, 청구법인이 제출한 총계정별원장상 감면·비감면 품목은 동일한 계정을 사용하고 있어 적정한 구분경리가 이루어졌다고 보기 어려운 점, ② 청구법인이 OOO공장을 통해 매출한 감면‧비감면 품목이 세금계산서 등 관련 증빙에 의하여 명확히 확인되고 있지 않으며, OOO공장 제품에 대한 OOO공장 매출단가와 OOO공장 매출단가가 최대 OOO 이상 차이가 나고, 청구법인의 감면사업 소득률과 비감면사업 소득률의 차이가 2배 이상 차이가 나는 등 청구법인이 신고한 OOO공장 매출단가를 그대로 신뢰하기 어려운 사정이 존재하는 점 등에 비추어 청구법인이 신고한 OOO공장 매출액은 부인되어야 한다. (다) 비과세·면세 요건에 관한 증명책임은 어디까지나 납세자 측에 있는 점에 비추어 볼 때(OOO 판결 등 참조), OOO공장의 매출단가가 OOO공장의 매출단가에 비해 현저히 높은 가격으로 매출한 것에 합리적인 이유가 있음을 청구법인이 입증하여야 할 것임에도, 청구법인은 물류비용 절감과 거래의 편의를 위하여 OOO공장 제품을 OOO공장을 통해 매출하였다고만 할 뿐 물류비용 절감에도 불구하고 위와 같이 동일한 제품의 매출단가에 현격한 차이가 발생하는 이유에 대해서는 합리적인 근거를 제시하지 못하고 있고, 이에 따라 처분청은 동일한 제품의 판매단가인 OOO공장의 매출단가를 적용하여 감면세액을 재산정하였던바, 이러한 방법 자체를 불합리하다고 볼 수 없음은 명백하다. (라) 청구법인은 공장시설 전부를 이전한 경우에 해당하지 아니하므로 애초부터 이 사건 면제 조항의 적용대상이 아니다.
1. 수도권 안에 산업시설 및 기업활동의 집중을 억제하고, 수도권 안에 소재하는 기업의 지방이전을 유도함과 아울러 지방산업의 경영 여건 향상을 지원하기 위하여, 조특법 제63조의2 제1항, 제2항은 ‘공장시설의 전부’ 또는 ‘본사’를 수도권 밖으로 ‘이전’하여 사업을 개시하는 경우 그 공장에서 발생하는 소득에 대하여 법인세 감면의 해택을 부여하고 있다. 2) 따라서 이 건 감면조항인 조특법 제63조의2 제1항은 그 법문의 요건대로 공장시설의 ‘전부’를 수도권 밖으로 이전한 경우에만 적용될 것이지 공장시설의 ‘일부’만 수도권 밖으로 이전한 경우에는 적용될 수 없다.
3. 청구법인은 OOO공장을 운영하다 OOO공장을 신설하고 OOO공장의 제조라인 일부를 OOO공장으로 이전하였다. 다시 말해 청구법인은 고양 공장시설 ‘전부’를 옥천으로 ‘이전’한 것이 아니라 공장시설의 일부만을 이전하였다. 결국 청구법인은 애초부터 이 사건 감면조항의 적용 대상에도 해당되지 않았던 것이다.
4. 그렇다면, OOO공장 생산 제품이 감면의 대상임을 전제로 감면소득만을 조정한 이 사건 처분은 원고들에게 오히려 유리한 처분이었던 것임을 알 수 있는바, 이러한 점에 비추어 보더라도 이 사건 처분은 그대로 유지되어야 할 것이다. (마) 청구법인은 처분청이 실제 단가가 아닌 다른 단가를 적용하여 매출액을 조정하는 것이 법률상 근거가 있는지가 쟁점이고, 이에 대하여 처분청이 답변을 하지 못하고 있다고 주장하나, OOO 판결은 과세관청이 이전 후 공장에서 발생하는 소득 전부에 대하여 조세특례제한법 제60조 의 감면 적용을 부인하고 감면 적용대상 소득을 이전 전 공장에서 발생한 매출액과 이전 후 공장에서 발생한 매출액을 안분한 비율로 제한한 사안에서, 감면규정 적용대상 소득의 액수를 산정하는 것이 그 방법 자체로 불합리하거나 달리 그 액수가 과소 산정되었음을 인정할 증거가 없다면 그러한 감면대상 제한은 적법하며, 이에 따라 처분청이 이전 전 공장 매출액과 이전 후 공장 매출액을 안분한 비율로 감면 적용대상 소득을 산정한 것은 적법하다고 판시한 바 있다. 이 건의 경우 청구법인은 본점(OOO공장)에서 OOO공장 제품과 OOO공장 제품을 수도권 병원 등에 일괄 공급하기로 계약하고 OOO공장 제품을 OOO공장으로 운송한 후 OOO공장 제품과 OOO공장 제품을 파레트 단위로 포장(테이프 등으로 감는 방식)하여 일괄 공급하였고, 이에 따라 처분청은 동일한 제품의 판매단가인 OOO공장의 매출단가를 적용하여 감면세액을 재산정하였던 바, 이러한 방법 자체를 불합리하다고 볼 수 없음은 명백하다. (바) 청구법인은 당초 OOO공장에서 제품별로 생산라인을 별도로 설치, 가동하였고, OOO 류 생산라인은 별도의 단독 건물로 구분되어 있다고 주장하며 지적도를 제출하였으나, 청구법인이 제출하고 있는 위 지적도는 공적으로 확인된 내용이 아니며, 처분청이 세무조사 등을 통해 객관적으로 확인한 내용이 아니다. 또한 청구법인은 그 밖에 OOO류 생산공장이 별도로 설치, 가동되었다는 점에 대한 자료를 제출하지 못하고 있는 점에 비추어 위 주장은 받아들이기 어렵다. (사) 청구법인은 OOO류 생산라인을 OOO공장으로 완전히 이전하고 기존 공장건물은 비워져 더 이상 조업이 불가능한 상태에 있다고 주장하나, 조특법 시행령 제60조의2 제4항 제1호는 ‘조특법 제63조의2 제1항 제2호에 따라 세액감면을 적용받기 위해서는 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권안의 공장을 양도하거나, 수도권과밀억제권역에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것’을 요구하고 있다. 그런데 청구법인은 OOO공장 이전 이후 현재까지도 기존 공장을 양도하였다거나 기존 공장시설을 철거한 사실이 없고, 청구법인은 기존 공장건물이 비워져 더 이상 조업이 불가능하다고 주장하며 현장사진을 제출하였으나, 청구법인이 제출한 사진만으로 폐쇄 사실을 확인하기 어려우며, 상식적으로 법인의 공장건물을 철거하거나 임대하지도 아니한 채 6년 이상을 비워두었다는 것도 납득하기 어려운 점에 비추어 위 주장을 받아들이기 어렵다. 이 같은 사실에 비추어 본다면, 설령 청구법인의 주장대로 별도의 생산라인이 OOO공장으로 이전하였다고 보더라도, 청구법인은 조특법 시행령 제60조의2 제4항 제1호에 따른 세액감면의 요건을 갖추지 못하였으므로 여전히 감면대상에 해당하지 아니한다.
(1) OOO청장은 2019.3.11.〜2019.3.28. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 <별지2>와 같이 시정사항을 통보하였다.
(2) 처분청이 제출한 청구법인의 법인세 수정신고 검토서 내용은 <별지3>과 같다.
(3) 청구법인이 제출한 청구법인의 OOO공장 이전 전‧후의 OOO류 평균 판매단가 변동내역(OOO공장 이전 전‧후 매출이 계속 발생했던 품번을 기준으로 집계)은 <별지4>와 같다.
(4) 청구법인이 제출한 청구법인의 2014사업연도 OOO공장(감면) 및 OOO공장(비감면)의 매출액 및 매출원가는 <별지5>와 같다.
(5) 청구법인은 쟁점설명기일에 “청구법인이 OOO공장 이전 이후 현재까지도 기존 공장을 양도하였다거나 기존 공장시설을 철거한 사실이 없으므로 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제4항 제1호 의 세액감면요건을 갖추지 못하였다는 처분청 의견에 대한 청구법인의 입장”을 묻는 질의에 대하여 <별지6>과 같은 내용으로 회신하였다.
(6) 청구법인은 OOO공장 이전 전‧후 OOO공장 생산제품의 대리점을 통한 매출과 OOO공장을 통한 매출의 비율을 다음과 같이 제출하였다.
(7) 청구법인은 ① OOO공장 신축 전 제품별로 생산라인을 별도로 설치하여 가동하였고, 특히 OOO 류 생산라인은 아예 지번도 다른 별도의 단독 건물로 구분되어 상당히 떨어져 있고 도로로 구분되어 위치하고 있었다고 주장하면서 OOO공장 소재지의 “지적도”를 제출하였고, ② 기존 OOO 류 생산라인을 가동하던 OOO공장 건물은 비워져 더 이상 조업이 불가능한 상태이므로 지방이전법인감면 적용대상임에 의문의 여지가 없다고 하면서 실내가 비어 있는 모습의 “건물 현장사진”을 제출하였다.
(8) 청구법인은 OOO공장 생산 제품이 단순히 OOO공장으로 운반되어 판매된 것일 뿐 추가 포장 과정이 없고, 파레트 위의 제품을 랩핑하는 것은 상‧하차시 낙하하지 않도록 단순 고정하는 역할일 뿐 판매를 위한 포장이 아니라고 주장하면서 제품을 파레트 위에 쌓아 놓은 모습의 현장사진을 제출하였다.
(9) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO공장에서 OOO공장을 통해 판매된 매출은 공통익금이므로 전체 소득 중 수도권 밖에 있는 OOO공장에서 제조한 제품에서 발생하는 소득과 수도권 본사의 영업조직을 통해 발생하는 소득은 ‘구분되어 계산’되어야 하고, OOO공장에서 발생한 감면소득의 산정은 ‘독립된 사업자 간에 통상의 거래조건에 따라 매매할 경우 적용하는 시가’로 계산되어야 한다고 하면서 OOO공장에서 수도권 외 대리점에 납품한 가격을 시가로 보아 감면소득을 재산정하여 이 건 법인세를 과세하였으나, 처분청은 청구법인의 조직도만을 제출하였을 뿐 OOO공장 제품의 판매와 관련하여 OOO공장에서 이루어지는 도‧소매업 활동의 구체적인 내용을 제시하지 못하는 점, OOO공장을 통하여 수도권 내 종합병원에 납품한 가격과 OOO공장에서 비수도권 대리점에 납품한 가격은 각각 그 유통과정의 차이로 정해진 별개의 가격으로 볼 수 있는바, 감면소득을 산정함에 있어 이 중 어느 하나를 시가로 보아 그 차액을 감면소득에서 배제하는 것은 적절하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구법인의 OOO공장에서 수도권 병원에 직접 납품하는 경우를 가정하여 볼 때 OOO공장에서 수도권 외 대리점에 납품하는 가격을 일반적인 시가로 단정하기도 어려운 점, 청구법인이 제출한 제품군별 매출총이익률 비교 내역에 의하면 감면‧비감면 사업간 이익률 차이는 생산품목에 따른 차이로 보이므로 이를 과세근거로 삼기는 어려워 보이는 점, 청구법인이 제출한 계정별원장 등에 의하면 부서별 코드가 별도로 부여되어 있는 등 청구법인이 조특법에 따른 구분경리를 하지 아니하였다고 단정하기 어려운 점, 감면대상 품목이 OOO공장 이전 후 OOO공장에서 생산된 사실이 없고, 종래 OOO 생산라인을 전부 철거하여 OOO공장으로 이전한 후 기존 OOO 생산라인이 위치하였던 공장건물은 완전히 비워져 조업이 불가능한 상태로 유지되었다는 청구법인의 주장에 대하여 처분청이 구체적인 반론 및 근거를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 감면소득을 산정함에 있어 병원에 실제 판매된 가격이 아닌 대리점 납품가를 적용하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 일부개정 전) 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.
④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.
1. 삭제 <2008. 12. 26.>
2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 “임원”이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우
⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조 제2항ㆍ제4항ㆍ제6항 또는 제61조제3항ㆍ제5항ㆍ제6항을 준용한다.
⑥ 지방이전법인(공장을 이전한 경우만 해당한다)이 소유(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우를 포함한다)한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지로서 공장 이전일 현재 지방세법 제106조 제1항 제3호 가목이 적용되는 토지는 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 지방세법 제106조 제1항 제3호 가목을 적용하는 토지로 본다. 다만, 공장을 이전하여 사업을 개시한 후 그 사업을 폐업한 이후에는 그러하지 아니하다.
⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.
1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우
3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우
5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우
6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우
⑧ 제2항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.
⑨ 제6항에 따라 이전한 날부터 5년간 이전 전 공장용 건축물의 부속토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제3호 가목을 적용받은 지방이전법인이 제7항 제1호부터 제3호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 재산세액 및 종합부동산세액과 이자 상당 가산액을 추징한다.
⑩ 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.
⑪ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제143조(구분경리) ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2014.9.11. 대통령령 제25590호로 일부개정 전) 제54조(공장의 범위등) ① 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2에서 “공장”이라 함은 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. 제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ④ 법 제63조의2 제1항 제2호에 따라 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.
1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것
2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2014년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2014년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2017년 12월 31일까지 사업을 개시할 것
3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것
4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2014년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2014년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2017년 12월 31일까지 사업을 개시할 것 제136조(구분경리) ① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조 의 규정을 준용한다.
(3) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정 전) 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
② 자본시장과 금융투자업에 관한 법률의 적용을 받는 법인은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신탁재산에 귀속되는 소득과 그 밖의 소득을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.
1. 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간
2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간
④ 내국법인이 분할합병하는 경우 분할신설법인등은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 분할법인등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.
1. 제46조의4 제2항에 따라 분할법인등의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 이월결손금을 공제받는 기간
2. 그 밖의 경우: 분할 후 5년간
⑤ 연결모법인이 다른 내국법인(합병등기일 현재 연결법인이 아닌 경우만 해당한다)을 합병(연결모법인을 분할합병의 상대방 법인으로 하는 분할합병을 포함한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인(분할법인을 포함한다)으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
1. 합병등기일 현재 제76조의13 제1항 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제76조의13 제3항 제2호에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간
2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령(2014.9.26. 대통령령 제25640호로 일부개정 전) 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
② 법 제113조 제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다. (5) 법인세법 시행규칙(2014.10.31. 기획재정부령 제439호로 일부개정 전) 제75조(구분경리의 범위) ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.
② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다. 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. <개정 2005.2.28.>
⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다.
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. <별지2> OOO청장의 처분청에 대한 종합감사 시정사항 통보 <별지3> 처분청이 제출한 청구법인의 법인세 수정신고 검토서 내용 <별지4> 구법인의 OOO공장 이전 전‧후의 OOO류 평균 판매단가 변동내역(OOO공장 이전 전‧후 매출이 계속 발생했던 품번을 기준으로 집계) <별지5> <별지6>
결정 내용은 붙임과 같습니다.