중소기업 유예기간이 종료된 일반기업의 수도권과밀억제권역내 시설투자가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상인지 여부

[주 문] OOO세무서장이 2020.3.2. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1999.4.17. OOO, 1층을 본점사업장으로 하고, 전자부품 제조업을 주업종으로 하여 설립된 법인으로, 2014사업연도 법인세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제24조에 따라 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 공제받았다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 정기감사를 실시하여, 일반기업인 청구법인이 2014사업연도에 수도권 과밀억제권역안에서 증설(대체)한 사업용고정자산에 대하여 생산성향상시설 투자세액공제를 받을 수 없음에도 이를 공제받은 사실을 확인한 후, 처분청에 쟁점금액을 세액공제에서 배제하도록 처분지시 하였고, 이에 처분청은 2020.3.2. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 조특법 제24조를 적용하여 공제받은 세액에 대해 2013사업연도부터 중소기업 유예기간이 종료되어 조특법 제130 조(수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제)에 해당한다며 2014사업연도 감면세액(2013사업연도 이월된 감면세액 포함)을 부인하여 이 건 법인세를 부과하였으나, 다음과 같은 이유로 동 부과처분은 부당하다. (1) 청구법인은 OOO에서 1999년 개업하였는데, 개업 당시에는 중소기업이었다가 이후 규모의 확대 등으로 2013사업연도부터 중소기업 유예기간이 종료되었고, 청구법인의 사업장은 조특법 제130조의 대통령령으로 정하는 산업단지인 OOO산업단지 내에 위치하고 있는 사업장이며, 청구법인의 투자내역은 공정(工程) 개선 및 자동화 시설로 조특법 제24조에 정하는 투자에 해당한다.

(2) 조특법 제130조 의 감면배제 요건 및 형식을 보면, 제1항은 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 중소기업의 증설투자와 대체투자에 대한 감면배제를 달리 규정(다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업단지는 제외)하고 있고, 제2항은 중소기업이 아닌 자가 수도권과밀억제권역에서 사업장을 설치하여 사업을 개시한 자에 대한 규제로 규제대상자의 해당 여부를 사업장을 설치하여 개시하는 시점(1990.1.1.전, 1990.1.1.이후)을 기준으로 판단하도록 구분하였는데, 이는 설비투자 확대를 통한 우리 경제의 성장잠재력을 확충하기 위하여 생산성향상시설 투자세액 공제제도의 적용대상을 확대하여 기업의 생산성 혁신을 지원하고자 1990.1.1. 이후 사업장을 설치하여 개시하는 경우에 조세감면이 배제되지 않도록 한 취지이며, 아울러 동 조항은 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 시점을 기준으로 적용대상을 명확히 구분하고 있는데, 제1항에서는 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시한 중소기업을, 제2항에서는 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시한 중소기업이 아닌 자를 규정하고 있으므로 1999년도에 OOO 에서 개업한 중소기업인 청구법인의 경우 감면배제 여부에 대한 판단은 제1항 규정에 따라야 하는 것이다. 이에 따라 청구법인이 조특법 제130조 제1항의 감면배제 기준에 해당하는지 여부를 보면, 조특법 제130조 제1항에서는 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 중소기업이 수도권과밀억제권역에 증설투자시 감면을 배제한다고 규정 (다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업단지는 제외) 되어 있는 데, 청구법인의 경우 증설투자가 아닌 공정개선을 위한 대체투자로 같은 조 제1항의 감면배제 대상이 아니고, 설령 증설투자라 하더라도 청구법인의 공장은 산업입지 및 개발에 의한 산업단지로 조특법 제130조 제1항 단서에 해당하여 감면배제 대상이 아님이 명확하다. 아울러, 조특법 제130조 제2항의 감면배제 기준에 해당하는지 여부를 보면, 조특법 제130조 제2항에서는 중소기업이 아닌 자가 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우, 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산에 대해 감면을 배제하도록 규정하고 있는 데, 감면을 배제할 경우 중소기업 또는 일반기업의 판단시점을 고정자산 취득시점으로 본 것이 아니라 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 당시의 시점으로 보아야 하고, 따라서 1999년에 사업장을 설치하여 사업을 개시한 청구법인의 경우 사업개시 시점에는 중소기업에 해당하므로 비록 규모 확대로 2013년 중소기업에서 제외되었다 하더라도 그 이후 투자한 고정자산에 대해 제2항의 감면배제 조항에도 해당하지 아니한다. (3) 또한, 국세청 유권해석(과세기준자문-2015-법령해석법인-0107, 20 16.1.12.) 에서는 감면을 받아오던 중소기업이 규모의 확대로 중소기업에 해당 하지 않게 된 경우 조특법 제63조 제1항에 따른 감면적용이 가능하다 고 하였고, 기획재정부 유권해석(기획재정부 조세특례제도과-20, 2016.1.6.) 에서도 조특법 제63조 제1항에 따라 감면을 적용받던 중소기업이 규모의 확대로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 같은 법 제63조 제1항에 따른 감면을 적용받을 수 있는 것이라고 해석하고 있는바, 감면을 적용받던 중소기업이 중소기업에 해당되지 아니하는 경우에는 근거 조항을 명확하게 두어 감면을 배제하고 있다. 조특법 제6조에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면, 제63조에 의한 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면 규정을 보면, 각 조의 제11항 및 제6항에서 감면을 적용받은 기업이 중소기업기본법에 따른 중소기업이 아닌 기업과 합병하는 등 대통령령으로 정하는 사유에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 사유 발생일이 속하는 과세연도부터 감면하지 아니한다고 하여(2016.12.20. 신설), 신설 이후 창업분부터는 감면을 미적용하도록 배제조항을 명확하게 두고 있다.

(4) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 판시(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 외 다수)하고 있는데, 결국 청구법인이 조특법 제24조를 적용하여 공제받은 세액은 조특법 제130조(수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제) 규정에 해당하지 않으므로 당초 공제받은 신고내용을 부인하고 감면 배제한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 2004년도 세법개정 전에는 1990년 이후 설치된 사업장에 사용하기 위해 취득한 사업용 고정자산에 대해서는 증설·대체 투자 모두 원칙적으로 감면적용을 배제하였으나, 2004년 세법개정으로 중소기업의 2004년 이후 투자분부터는 수도권과밀억제권내 대체투자에 대하여 지역에 관계없이 모두 투자세액공제를 허용하였고, 1989년 이전에 설치된 사업장 및 1990년 이후 설치 중소기업의 산업단지내 투자의 경우 증설투자에 대한 세액공제를 허용하였는바, 청구법인은 1999.4.17. 개업한 일반기업(중소기업에서 전환)으로 1990년 이후 설치된 사업장에서 사용하기 위해 취득한 사업용 고정자산의 증설투자는 물론 대체 투자도 공제대상이 아니므로 세액공제를 배제한 당초 처분은 정당하

• 다. (2) 조특법 제130조 제2항은 중소기업이 아닌 자가 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산에 대해 감면을 배제하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 감면을 배제할 경우 중소기업 또는 일반기업의 판단시점을 고정자산 취득시점이 아닌 사업장을 설치하여 사업을 개시할 당시의 시점으로 보아야 하므로 1999년 사업개시 당시 중소기업에 해당한 청구법인의 경우 감면배제 대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 2004.12.31.자 조특법 제130조의 개정 전 규정을 보면 “내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치된 사업장을 포함한다)을 이전하여 설치하는 경우 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산은 시설투자 세액공제를 배제한다.”는 규정에서 내국인을 중소기업이 아닌 자로 개정하였는데, 그 개정취지에서 1990년 이후 수도권 과밀억제권역안에서 개업하거나 사업장을 이전 설치한 경우 내국인이 당해 사업장에서 사용하기 위해 취득한 사업용고정자산은 시설투자 세액공제를 배제하였으나, ‘중소기업의 투자를 지원하기 위하여 1990년 이후 설치한 사업장에서 사용하기 위해 2004.1.1. 이후 취득하는 사업용자산(대체투자에 한함)에 대해 세액공제를 허용한다’고 설명하고 있으므로, 이에 따라 개업일이 1990.1.1. 이후 설치된 사업장에 사용하기 위해 취득한 사업용 고정자산에 대해 일반기업은 생산성향상 시설투자 세액공제를 받을 수 없는 것이다. 조특법 제130조에서 1989.12.31. 이전과 1990.1.1. 이후로 구분한 것은 1989.12.31. 이전 설치된 사업장에서 사용하기 위해 취득한 사업용 고정자산에 대해서는 일반·중소기업 모두 대체투자(산업단지 내 증설 투자) 세액공제를 허용하고, 1990.1.1. 이후 설치된 사업장에서 사용하 기 위해 취득한 사업용 고정자산에 대해서는 대체투자나 증설투자 모두 감면배제 하였으나, 이는 2004년 세법개정으로 중소기업이 2004.1.1. 이후 취득하는 사업용자산(대체투자에 한함)에 대해 세액공제를 허용하기 위한 것이고, 아울러, 청구법인이 제시한 국세청 유권해석과 기획재정부 유권해석은 조특법 제63조의 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 적용받던 중소기업이 이전 후에 중소기업에 해당하지 않게 된 경우, 세액감면을 계속 적용받을 수 있다는 사례로 이 건과는 관련이 없다.

• 가. 쟁 점 중소기업 유예기간이 종료된 일반기업의 수도권과밀억제 권역내 시설투자가 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공 제 대상인지 여부
• 나. 관련 법률 조세특례제한법 제24조 【생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제】① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설 제130조【수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제】① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권 과밀억제권역안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년 이후 중소기업 등"이라 한다)이 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호・제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호・제2호, 제25조(동조 제1항 제2호 및 제7호를 제외하며, 1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다) 및 제26조(1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우에 한한다)의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역 안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 중소기업이 아닌 자가 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전하여 설치하는 경우 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털 방송장비를 제외한다)에 대하여는 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호・제2호, 제25조(동조 제1항 제2호 및 제7호를 제외한다) 및 제26조의 규정을 적용하지 아니한다. 제130조(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) [ 수 도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제](개정 2002.12.11.) ① 내국인이 1990년 1월 1일 이후 수도권 과밀억제권역안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치된 사업장을 포함한다)을 이전하여 설치하는 경우 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비를 제외한다)에 대하여는 제5조 제1항 제1호・제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호・제2호, 제25조(동조 제1항 제2호 및 제7호를 제외한다), 제26조 및 제94조의 규정을 적용하지 아니한다.

② 1989년 12월 31일이전부터 수도권 과밀억제권역안에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인이 수도권 과밀억제권역안에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호・제2호, 제11조 제2항 제3호 및 제24조 제1항 제1호・제2호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 1999.4.17. OOO을 본점사업장으로 하고, 전자부품 제조업을 주업종으로 하여 중소기업으로 설립되었다가, 2013사업연도부터 규모 확대로 중소기업 유예기간이 종료되어 일반법인으로 전환된 것으로 나타난다.

(2) 기획재정부가 발간한 2003년 간추린 개정세법 해설자료에 의하면, 조특법 제130조의 수도권과밀억제권역 내 투자세액공제 적용 배제 규정을 아래 <표>와 같이 개정하면서 그 개정취지를 중소기업의 투자를 지원하기 위하여 1990년 이후 설치사업장이라고 하더라도 과밀억제를 유도하는 증설투자는 계속 적용 배제하되, 기존시설을 단순히 대체하는 투자에 대해서는 세액공제를 적용하고, 근로복지 및 환경개선을 위한 시설(예: 장애인편의시설, 직장보육시설)은 수도권과밀을 유발하지 않는 시설이므로 세액공제를 허용하기 위함에 있다고 하고 있다. <표> 수도권과밀억제권역內 투자세액공제 확대(법§130, 영§124))

(3) 청구법인이 2014사업연도에 한 이 건 생산성향상시설 투자가 대체투자라는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 1990.1.1. 이후 중소기업으로 설립된 사실은 있으나, 2013년부터는 중소기업 유예기간이 종료되어 일반기업으로 전환되었고, 전환 이후 이 건 생산성향상 설비투자를 하였으므로 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제를 배제한 것은 정당하다는 의견이나, 청구법인은 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권내에 새로 설립된 법인으로 설립 당시에는 중소기업으로 설립되었고, 본점 사업장은 산업단지인 OOO 내에 위치하고 있으며, 투자내역은 공정(工程) 개선 및 자동화 시설로 이 건 생산성향상시설 투자는 조특법 제24조에 정하는 투자에 해당하는 점, 청구법인은 설립 당시부터 일반기업이 아니라 규모 확대 등으로 중소기업 유예기간이 종료됨에 따라 일반기업으로 전환된 사실에서 설립 당시부터 일반기업이었던 법인과 동일하게 과세취급을 하는 것은 형평성에도 어긋나므로 설립 당시 중소기업으로서 감면을 적용받던 법인이 규모 확대로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 대체투자나 산업단지 또는 공업지역 안에서의 증설투자에 해당하는 경우, 감면을 적용받도록 하는 것이 합리적인 점, 생산성향상시설투자세액 공제는 생산성향상시설투자에 대해서는 원칙적으로 세액공제를 해주겠다는 것이고, 수도권과밀억제권역에 있는 것은 개별적으로 배제규정을 두어 이를 제한하겠다는 것인데, 수도권과밀억제권역에서 세액공제를 배제하는 취지가 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전 사업장을 이전하여 수도권과밀을 유발하는 경우 세액공제를 배제하겠다는 것이므로, 설립당시 중소기업으로 이미 세액공제가 허용되었던 청구법인의 경우 유예기간 종료로 일반기업으로 전환되었다 하더라도 이 건 대체투자로 인해 새롭게 과밀을 유발할 요인은 없어 세액공제를 적용하는 것이 법률 개정취지에 부합한다고 보이는 점, 조특법 제130조 제2항에서는 중소기업이 아닌 자가 1990.1.1. 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산에 대해 감면을 배제하도록 규정하고 있는데, 문언해석상 감면배제에 있어 중소기업 또는 일반기업의 판단은 고정자산 취득시점이 아닌 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 때를 기준으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 청구법인이 2014년에 대체투자로 취득한 고정자산 관련 쟁점금액에 대하여 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제를 적용함이 타당하다고 보이므로 처분청의 이 건 법인세 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.