청구법인이 협력사에 실제 이전한 원료·최종완제의약품의 수량에 단위당 금액을 적용하여 분기별로 지속적으로 쟁점금액을 수령하였다면 청구법인으로서는 현실적으로 실현되었다거나 소득이 발생할 권리의 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정된 현금의 수령이 있었다고 할 것임
청구법인이 협력사에 실제 이전한 원료·최종완제의약품의 수량에 단위당 금액을 적용하여 분기별로 지속적으로 쟁점금액을 수령하였다면 청구법인으로서는 현실적으로 실현되었다거나 소득이 발생할 권리의 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정된 현금의 수령이 있었다고 할 것임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법인세법에서 상품 등을 인도한 날을 손익귀속시기로 규정하는 것은, 해당 시점에 상품 등 판매에 따른 ‘반대급부를 받을 권리’가 ‘확정’되기 때문으로 이러한 권리가 확정 즉, 실현이 가능하다고 인정될 수 있는 상태는 ‘특정한 채권이 성립할 것’, ‘당해 채권에 근거하여 채무자에 대한 구체적 채무이행을 청구할 수 있는 사실이 발생할 것’, ‘채권금액을 합리적으로 계산할 수 있을 것’의 요건이 충족되어야 할 것이다(서울행정법원 2008.8.12. 선고 2007구합38950 판결). (가) 이 건의 손익귀속시기를 판단함에 있어 청구법인과 협력사 간에 체결된 사업협력계약의 본질, 사업협력계약상 권리의무 및 이 건 사업에 따른 모든 수익과 비용을 청구법인과 협력사가 반분하는 손익정산(True-up)의 특성을 고려함이 마땅하다. 사업협력계약상 협력사는 청구법인이 개발․제조한 의약품을 판매하기 위한 거래상대방(고객)이 아니고 해당 의약품을 최종소비자에게 판매하기 위해 계약에 참여한 사업당사자인바, 사업협력계약상 청구법인과 협력사의 의무는 상이하나, 양사 모두 이 건 사업에서 발생하는 모든 비용과 수익을 반분하는 것이 사업 영위의 목적이다. 즉 청구법인의 사업 목적은 협력사에 대한 원료․최종완제의약품 이전에 따른 반대급부로 이전되는 수량에 계약당사자간 합의한 목표공급가격을 곱한 가액을 얻고자 함이 전혀 아니고, 협력사의 사업 목적 역시 원료․최종완제의약품을 독자적으로 판매하여 단독으로 수익을 얻고자 함이 전혀 아닌 바, 애초부터 양사 모두 최종소비자 판매에 따른 이익을 반분하여 얻는 것이 사업협력계약의 본질이다. 따라서 청구법인은 원료․최종완제의약품 이전 이후에도 최종소비자 미판매로 인한 유효기간 경과 재고에 대해 손실위험을 부담하고, 협력사는 원료․최종완제의약품의 형식적 소유권은 이전받으나 배타적 권리(자유로운 사용권, 수익권, 처분권)를 전혀 행사할 수 없다. 청구법인의 원료․최종완제의약품 이전은 협력사의 상업화 의무 이행을 위해 불가피한 것으로서 협력사로의 재고이동(타처보관재고)에 불과하고, 목표공급가격은 단지 원료․최종완제의약품 이전 시점에 청구법인이 일시적으로 수취한 후 다음 분기에 전액 반환하는 자금거래에 해당한다. 이는 비용과 수익을 정산하는 것이 목표공급가격 수수와 무관하게 이루어지는 완전히 별개의 거래임에 비추어 보아도 알 수 있다. (나) 이러한 배경 하에 원료․최종완제의약품 이전에 따른 ‘반대급부’를 살펴보면 계약의 특수성에 따라 일시적으로 수취 및 반환하는 자금인 목표공급가격은 반대급부가 될 수 없고 반대급부는 이 건 사업 목적인 정산상 최종소비자 매출의 50%로 보아야 한다. (다) 상기 반대급부를 받을 권리가 원료․최종완제의약품 이전 시점에 ‘확정’이 되는지를 살펴보면, 원료․최종완제의약품 이전 시점에는 반대급부의 전제가 되는 소비자 매출이 이루어지지 않으므로 특정한 채권이 성립하지 않고, 따라서 그와 관련하여 구체적 채무이행을 청구할 수 있는 사실 또한 발생하지 않으며 그 금액 또한 합리적으로 계산할 수 없다. 이처럼 원료․최종완제의약품 이전에 따른 반대급부(소비자매출의 50%), 즉 수익에 대한 권리가 ‘확정’되는 것은 최종소비자에 대한 판매시점이지 협력사에 원료․최종완제의약품을 이전하는 시점이 아니므로 법인세법상 ‘인도기준’을 적용할 수는 없다. (라) 한편 ‘반대급부를 받을 권리’는 “재화의 소유에 따른 손실위험과 효익의 이전”이 전제되어야 확정되는 것이다. 일반적인 상품판매의 경우 대부분 법적 소유권 이전이나 재화의 물리적 이전과 동시에 소유에 따른 손실위험과 효익이 이전되는 것이 통상적이나 이 건의 경우, 협력사로 원료․최종완제의약품 이전된 때에 비록 형식상 소유권은 이전되나 이는 관리주체가 변경된다는 의미일 뿐, 청구법인은 그 이후에도 의무 및 최종소비자 미판매 재고에 대한 손실위험을 부담하고(소유에 따른 위험), 소비자 판매에 따른 판매수익(소유에 따른 효익) 역시 얻을 수 있는 반면, 협력사는 이전받은 원료․최종완제의약품에 대해 배타적 권리를 행사하지 못하는 바, 협력사로 원료․최종완제의약품 이전 시점이 아닌, 협력사가 최종소비자에게 원료․최종완제의약품를 판매하는 시점에 비로소 소유에 따른 위험과 효익이 이전된다 할 것이다. (마) 한편, 정산은 목표공급가격 수수와 무관한 별개의 거래이고, 목표공급가격이 다음 분기에 전액 반환된다는 사실관계는 청구법인이 제출한 협-AAA의 확인서에서도 확인이 되는 바, 당해 확인서에는 ‘① 정산의 구성요소는 협력사가 청구법인에 지급해야 하는 수익(순매출액-협력사비용) 및 청구법인의 원료의약품 제조비용일 뿐이고, ② 목표공급가격은 정산에 대한 송장을 발행할 때 협력사에 반환해야 한다. 즉, 목표공급가격은 협력사 원료․최종완제의약품 이전 시점에 협력사가 청구법인에게 지급하는 금액이지만, 협력사에 다시 반환(credited back)되는 것으로서, 이는 최종 완제의약품이 최종소비자에게 판매되었는지 여부와 무관하며 받은 분기의 다음 분기에 반환된다’는 것으로 명확히 기재되어 있다. 즉 목표공급가격은 수취 시점에 이미 해당 시점이 속하는 분기 종료 이후 반환이 확정되어 있고 실제로 전액 반환되는바, 일반적인 상품판매에 대한 대가와는 그 성격이 완전히 다르다. 일반적인 상품판매 대가의 경우 매도인에게 완전히 귀속되는(상품 등의 위험과 효익이 매수인에게 이전되는 것에 대응) 반면, 목표공급가격은 청구법인이 수취하는 동시에 반환의무가 확정되고 실제 반환되므로 상품판매 대가로서 청구법인에게 귀속되지 않는다. (바) 처분청은 목표공급가격은 상품판매에 대한 잠정가액이고 정산을 통해 그러한 잠정가액이 정산되는 것이므로, 원료․최종완제의약품 이전 시점이 손익 귀속시기라는 의견이나, 정산은 목표공급가격과 무관한 완전히 별개의 거래이다. 구체적으로 정산은 ‘최종소비자 매출, 협력사 비용, 청구법인 비용’을 토대로 당사자간 이익정산액을 산출하고 이를 상호 간에 주고받는 과정으로 매 분기마다 이루어지는 반면, 목표공급가격의 수취 및 반환은 ‘협력사에 대한 원료․최종완제의약품 이전’이라는 사건이 발생하는 경우에만 이루어진다. 즉 목표공급가격 수수거래는 이익정산액의 크기와 무관하게 독립적으로 이루어지는 것으로서 목표공급가격의 수취는 협력사로 원료․최종완제의약품 이전을 ‘조건’으로 발생하는 일종의 ‘정지조건부 자금거래’이고 정산은 잠정거래가격을 확정거래가격으로 정산하는 과정이 아닌바, 목표공급가격은 거래가격 내지 협력사 원료․최종완제의약품 이전에 대한 반대급부에 해당할 수 없다. (사) OOO은 이 건 사업구조와 관련한 질의에 대해 “청구법인과 협-AAA는 제품생산부터 마케팅 및 판매를 통한 수익창출 활동의 위험과 효익을 공유하는 약정의 당사자에 해당한다. 따라서 협-AAA는 청구법인이 반제품(원료의약품)을 생산하여 협-AAA에 이전하는 활동과 관련하여 기업회계기준서 제1115호 문단 6의 고객의 정의를 충족하지 않는다고 판단된다”고 회신한 바 있다. 즉 기업회계상으로도 협력사는 청구법인의 고객이 아니므로 협력사에의 원료․최종완제의약품 이전은 상품판매에 해당하지 않는다는 것이다. 이에 따라 청구법인은 원료․최종완제의약품 이전 시점에 목표공급가격을 수익으로 인식하지 않고, 최종소비자 판매시점에 판매대금(50%)을 수익으로 인식하고 있다. 국세기본법제20조, 법인세법제43조에 따른 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 일반적으로 공정·타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수도 있다고 해석함이 타당하다는 대법원 판례에 비추어 볼 때, 이 건 역시 기업회계기준상의 수익인식 기준을 채택하여 ‘최종소비자 판매시점’을 귀속시기로 볼 수 있다. (아) 기획재정부와 국세청은 의류 제조법인, 대리점사업자, 최종소비자간의 거래구조에 있어, 유권해석을 통해 “대리점사업자가 제품을 최종소비자에게 판매하는 시점이 법인세법 시행령제68조 제1항 제1호의 ‘그 상품 등을 인도한 날’에 해당하여 판매손익 등의 귀속시기”라고 회신한 바 있고, 현행 법인세법집행기준에도 동일한 내용이 규정되어 있는데, 이는 귀속시기로서 권리의 ‘확정’에 대해 ‘거래의 실질에 근거하여 경제적 효익과 위험의 실현 여부’를 하나의 판단기준으로 본 것이다. 상기 유권해석 및 법인세법집행기준의 법리에 비추어 이 건 역시 최종소비자 판매시점에 경제적 효익과 위험이 이전되므로 당해 시점을 손익귀속시기로 보아야 한다. (자) 국세기본법제14조 제2항 실질과세의 원칙은 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하는데 주된 목적이 있다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결). 청구법인이 원료․최종완제의약품 이전시 수취하는 목표공급가격은 당해 목표공급가격에 대응되는 최종 완제의약품이 최종소비자에게 판매되는 시점까지 청구법인에 유보되지 않고 전액 반환되는 담세력이 없는 금원이다. 그럼에도 불구하고 계약 형식만으로 단지 원료․최종완제의약품을 이전하고 목표공급가격을 수령한다는 점을 이유로 이를 상품판매에 대한 대가로 보아 과세를 하게 되면, 납세자는 소득이 없음에도 세금만 납부해야 하는 경우가 발생하고 이는 실질과세의 원칙 및 소득이 없는 곳에 과세하지 못한다는 (법인)소득세의 대원칙에 반하는 현저히 불합리·부당한 과세라 할 것이다.
(2) 권리의무확정주의에서 ‘확정’, 즉 과세대상이 되는 특정 소득이 발생하였다고 보기 위해서는, 소득이 현실적으로 실현된 것까지는 필요 없다 하더라도, 적어도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 한다. 따라서 설령 원료․최종완제의약품 이전시점이 법인세법상 소득의 귀속시기라 하더라도, 이때 익금으로 인식하여야 할 금액은 같은 때 발생한 소득, 즉 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정된 권리의 가액이 되어야 하므로 이는 사업협력계약 및 이 건 사업구조를 기준으로 판단해야 한다. (가) 사업협력계약상 양사는 이 건 사업에서 발생하는 수익과 비용을 반분하는 것이 목적이고 이는 정산을 통해 예외 없이 실행되므로, 청구법인의 원료․최종완제의약품 제조비용 중 50%는 발생과 동시에 이를 협력사로부터 수령하게 될 권리 또한 발생된다. (나) 위 발생한 권리가 원료․최종완제의약품 이전 시점에 확정되기 위해서는 우선 인도주의가 적용되기 위한 전제인 협력사에 대한 ‘인도’가 있어야 하므로, 결국 협력사로 원료·최종완제의약품 이전 시점이 인도기준에 따른 익금의 귀속시기에 해당한다면, 이 때 익금으로 귀속될 소득은 ‘협력사에 인도된 원료․최종완제의약품 제조비용의 50%’로 보아야 한다. (다) 이와 달리 자금거래에 불과하고 수령과 동시에 반환이 확정되는 등 그 소득이 발생할 권리가 실현가능성 측면에서 성숙·확정되었다 할 수 없는 목표공급가격 수취액은 적어도 협력사로 원료․최종완제의약품 이전 시점의 익금가액으로 볼 수 없다.
(1) 청구법인은 협력사와의 사업협력계약이 원료․최종완제의약품의 최종소비자에 대한 판매를 통해 수익을 창출하는 공동사업으로 ‘최종소비자에 판매된 때’에 그 수익에 대한 권리가 확정된다고 주장하나, (가) 청구법인과 협-AAA간의 사업협력계약을 살펴보면 ① 청구법인과 협-AAA간의 공동사업 내지 출자 여부가 명시되어 있지 않고, ② 공동운영위원회는 의사결정 권한이 없는 자문기구로 관련비용을 각자 부담하고 있으며, ③ 청구법인은 원료의약품의 개발 및 제조에 대한 독점적인 권리를 보유하고, 협-AAA는 원료의약품과 최종 완제의약품에 대한 상업화와 완제의약품 제조에 대한 독점적인 권리를 보유하며, ④ 청구법인은 원료·최종완제의약품 개발, 제조 및 그에 대한 모든 규제에 대하여, 협-AAA는 원료․최종완제의약품의 상업화 및 그에 관한 모든 규제에 대하여 각자 단독책임을 지고, ⑤ 협-AAA는 최종 완제의약품의 상표 생성, 개발, 선정, 승인 등 상표에 관한 권리를 보유하며, ⑥ 청구법인과 협-AAA는 독립계약자로 두 당사자의 관계는 합자회사, 합작투자회사 또는 대리기관을 구성하지 않는다고 정하고 있다. 협-BBB와의 사업협력계약 역시 ① 청구법인과 협-BBB간의 공동사업 내지 출자여부가 명시되어 있지 않고, ② 공동운영위원회는 의사결정 권한이 없는 자문기구로 관련비용을 각자 부담하며, 수요 및 운영계획팀은 검토역할만 할 뿐 별도 승인권한이 없으며, ③ 청구법인은 원료․최종완제의약품의 개발, 제조 및 그에 대한 모든 규제에 대하여, 협-BBB는 원료·최종완제의약품의 상업화 및 그에 관한 모든 규제에 대하여 각자 단독책임을 지고, ④ 협-BBB는 최종 완제의약품을 상업화하고 부착하는 상표의 창작, 개발, 선정 및 승인 등 상표에 관한 책임을 지며, ⑤ 청구법인과 협-BBB는 독립적인 계약자로 두 당사자의 관계는 파트너십, 합작투자 또는 대리인 관계를 구성하지 않는다고 정하고 있어 청구법인과 협력사는 각각 사업주체로 보일뿐 공동사업을 영위한다고 볼 수 없다. (나) 쟁점금액과 관련하여, 협-AAA와의 사업협력계약에서는 청구법인이 원료의약품을 협-AAA가 지정하는 운송인에게 인도할 때 원료의약품이 협-AAA에 인도되고 그 소유권·손실 위험도 함께 인도되며 협-AAA는 원료의약품 운송일부터 60일 이내와 원료의약품에 대한 송장 인수 후 30일 중 늦은 날까지 청구법인이 인도한 원료의약품에 대한 쟁점금액을 지급하는 것으로 정하고 있다. 협-BBB와의 사업협력계약에서도 청구법인이 최종 완제의약품을 제조시설, 협-BBB가 지정하는 운송선에 배송함으로써 최종 완제의약품 배송이 이행된 것으로 간주되고 그 최종 완제의약품에 관한 권리·손실의 위험도 협-BBB에게 이전되고 협-BBB는 완제의약품 배송일부터 60일 이내와 그 송장배송일부터 30일 중 늦은 날까지 청구법인이 인도한 최종 완제의약품에 대한 쟁점금액을 지급하는 것으로 정하고 있다. (다) 따라서, 청구법인과 협력사간의 사업은 공동사업이 아니라 청구법인이 생산한 원료·최종완제의약품을 협력사에 공급하는 일반적인 재화의 공급거래로 보는 것이 타당하므로 그 익금 귀속시기는 제품의 인도일로 보아야 하고, 청구법인과 협력사간의 사업협력계약은 청구법인은 원료·최종완제의약품을 생산하여 협력사에 공급하면서 수익을 창출하고, 협-AAA는 공급받은 원료의약품을 원료로 하여 최종 완제의약품을 생산·판매하여 수익을 창출하며 협-BBB는 공급받은 최종 완제의약품을 판매하여 수익을 창출하면서 공급한 원료·최종완제의약품 가격을 협력사가 최종소비자에 판매한 매출액에 연동하여 산정하고 사후 정산하는 것에 불과한 것이다.
(2) 쟁점금액의 산정시 적용되는 목표공급가격은 청구법인과 협력사간의 상호합의된 가격으로 자금정산시 쟁점금액을 반환하는 것은 일종의 자금거래에 해당하는 것에 불과하고, 원료·최종완제의약품의 인도조건과 쟁점금액의 지급의무에 있어 사업협력계약상 그 중간정산액을 반환할 의무를 발생시킨다는 취지의 문구는 없는 반면 오히려 청구법인이 원료의약품의 인도를 지체할 경우 중간정산액 지급을 유예할 수 있다고 정하고 있는 것에 비추어 원료·최종완제의약품의 인도조건과 쟁점금액의 지급의무는 동시 이행관계에 있는 것으로 볼 수 있고 이는 익금의 귀속시기 판단에 있어 권리의무확정주의를 채택하고 있는 법인세법의 관점에도 부합하는 것이다. 또한 중간정산액을 결정하는 요소는 쟁점예비금액과 관련한 제조원가가 아닌 청구법인과 협력사들간의 합의결정된 목표공급가격과 관련한 쟁점금액 자체로 추후 정산시 쟁점금액과 실제 판매금액의 차이를 사후조정하여 청구법인의 수익을 결정하는 사실관계에는 변화가 없고, 이후 합의된 정산방식에 따라 추가지급 또는 수수하는 금액은 정산이 확정되는 시기에 손익으로 계상 가능하므로 청구법인 주장과 같이 정산시 쟁점금액을 모두 반환하기 때문에 쟁점금액이 원료·최종완제의약품의 거래가격이 될 수 없다는 주장은 이유 없다.
① 청구법인이 사업협력계약에 따라 협력사와 각 분기별로 수익․비용을 각 50:50으로 분배하면서, 청구법인이 생산한 원료․완제의약품을 협력사에 인도하고 수령하였다가 그 다음분기에 반환하는 쟁점금액의 귀속시기가 언제인지 여부
② 쟁점금액 귀속시기를 해외협력사에 원료·최종완제의약품이 인도된 때로 보더라도 쟁점금액이 아닌 위 계약에 따라 청구법인이 해외협력사에 청구가능한 금액을 익금산입하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인이 영위하는 OOO와 관련한 사업은 아래와 같은 과정을 거쳐 이루어지고 있다. (가) 연구개발: 청구법인이 기존 바이오신약과 효능․효과 등에서 동등성을 가지면서 상용화가 가능한 정도의 항체단백질을 발현하는 고발현 세포주를 개발하고, 이를 대량 배양하여 항체단백질을 생산한 후 이를 분리․정제하여 원료의약품을 생산하며 이후 이를 시중 유통이 가능한 형태로 제형 및 용기에 담은 완제의약품으로 생산한다. (나) 허가전 생산: 청구법인은 위 제조공정 일체를 해외 의약품전문위탁생산업체(이하 “위탁생산업체”라 한다)에 위탁하는데, 청구법인이 연구개발한 배양공정기술, 정제공정기술, 완제의약품 제조기술을 국외 위탁생산업체에 전수하여 OOO가 생산되도록 하고 있는바, 구체적으로는 OOO에 소재하는 위탁생산업체에서 원료의약품을 생산한 후 OOO 및 OOO에 소재하는 위탁생산업체로 배송하여 완제의약품을 생산하고 이를 OOO에 소재하는 위탁생산업체에 배송하여 포장하는 최종 완제의약품으로 생산하는 구조로, 청구법인은 시험생산단계와 허가후 제조단계 모두에 있어 위탁생산업체의 산정, 생산계획·공급량 결정 및 생산지시 및 문제발생시 관리 등을 담당하고 있다. (다) 임상시험, 판매허가 승인: 청구법인이 제작한 임상시험용 완제의약품은 해외 전문임상전문연구기관의 임상시험을 거친 후 각 판매예정지역을 관할하는 허가당국의 승인을 거쳐 각 승인의 효력이 미치는 지역에서 판매되는데, 사업협력계약에 따라 청구법인이 생산에 대한 모든 기술을 보유하고 판매허가를 받으므로 최종소비자에게 판매되는 최종 완제의약품의 판매허가권자는 청구법인이고, 협력사는 유통과 판매의 역할만을 담당한다. (라) 상업화 생산․판매: 판매허가가 완료된 완제의약품은 협력사를 통해 전 세계 최종소비자에게 유통·판매되는데, 협-AAA의 경우, 청구법인이 위탁생산업체를 통해 원료의약품을 생산하여 협-AAA에 이전하면 협-AAA가 이를 통해 완제의약품을 생산한 후 최종 완제의약품으로 포장하여 자신의 각국 판매처를 통해 최종소비자에 판매하고, 협-BBB의 경우, 청구법인이 위탁생산업체를 통해 원료․완제·최종 완제의약품을 생산하여 협-BBB에 이전하면 협-BBB가 이를 자신의 각국 판매처를 통해 최종소비자에게 판매하는바, 청구법인의 원료·최종완제의약품을 생산한 후 최종소비자 판매시점까지는 통상 1년 이상 소요되고, 사업협력계약상 6개월분의 안전재고를 요구하여 생산된 후 판매까지는 상당기간이 소요된다. (마) 판매 및 판매후 관리: 최종 완제의약품의 판매 후 안정성 모니터링과 관련하여, 각종 이상반응 또는 부작용 발생시 청구법인은 판매허가권자로서 허가·보건당국에 대한 법적 보고의무 및 손해배상 책임을 부담하고 안정성과 관련된 데이터베이스를 구축·관리한다. 기간경과 및 유용성 실효로 인해 판매되지 않거나 반품되어 발생한 손실에 대하여는 사업협력계약에 따라 청구법인과 협력사가 50:50으로 부담한다.
(2) 청구법인과 협력사는 위 OOO 사업과 관련하여 사업협력계약을 체결하고 있는데, 청구법인과 협력사간의 이익정산과 목표공급가격에 따른 쟁점금액 지급과 관련한 부분을 제외한 나머지의 주요한 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 사업협력계약의 주요내용 OOO 사업협력계약은 ➀ 공동운영위원회(Joint Steering Committee)를 구성하여 OOO의 개발, 제조, 상업화에 이르는 전 과정을 위 위원회가 감독하고, ➁ 협업관리자(Alliance Manager)를 임명하여 당사자간의 상호교류를 감독하며, ➂ 수요·운영계획팀(Demand and Operations Planning Team)을 설치하여 상업적 공급 관련 사안에 대한 자문역할을 수행하도록 하고 있는바, 이와 관련하여 청구법인은 협력사와 이 건 사업구조를 공동으로 운영하고 있고 협력사에 원료·최종완제의약품을 이전한 후에도 최종 소비자에게 판매에 이르는 사업구조에 있어 지속적인 역할을 수행하고 있다는 주장이고, 처분청은 위 공동운영위원회는 의사결정 권한이 없는 자문기구로 관련비용을 각자 부담하고 수요·운영계획팀도 검토역할만 할 뿐 별도 승인권한이 없는 등 청구법인과 협력사는 독립적 계약자이지 공동사업을 영위한다고 볼 수 없다는 의견이다.
(3) 청구법인이 생산한 원료의약품을 협-AAA에, 최종 완제의약품을 협-BBB에 이전하는 수량에, 전전년도 7.1.∼전년도 6.30. 중 이루어진 거래를 기준으로 아래 <표2>와 같은 방식으로 전년도에 결정한 목표공급가액을 곱한 금액인 쟁점금액을 협력사가 청구법인에게 지급(원료·최종완제의약품 이전후 60일 또는 송장발행 후 30일 중 늦은 날까지)하고 있고, 위 쟁점금액에 대하여 청구법인은 협-AAA의 경우 분기 종료 후 75일과 이익정산 계산완료 후 15일 중 늦은 날에, 협-BBB의 경우 이익정산 계산 완료후 30일 이내에 전액 반환하는데 이는 아래 이익정산 송장에서 차감하는 형태로 이루어지고 있다. <표2> 목표공급가격 산정방식 목표공급가격 = 순매출액) – 당기순이익 2) × 50%
• 협력사의 판매비용 4) 총판매량
1. 순매출: 협력사의 매출액, 단, 매출액에서 차감되는 매출할인․에누리 등은 제외되고, 대손상각비와 운반비 등에 대해 매출액의 2%로 간주하여 차감한다.
2. 당기순이익: 순매출액 – 청구법인 비용(제조비용) 3)
• 협력사의 판매비용 4)
3. 청구법인 비용(제조비용): 협-AAA의 경우 총제조원가인 위탁생산비, 품질검사비, 재료비, 상각비 중 무형자산 상각비를 제외하고 청구가능하다. 협-BBB의 경우 총제조원가 구성은 협-AAA와 동일하나 유·무형자산 상각비를 제외하고 청구가능하다.
4. 협력사의 판매비용: 판매/마케팅 비용 등 상업화비용[단, 감가상각비, 지원부문(인사, 재무 등 관련비용) 제외] 및 완제․최종 완제의료품 가공비(협-AAA에 한한다)
(4) 2015〜2019년 중 협-AAA의 경우에 있어 단위당 쟁점금액(TSP)의 산정내역·산정방식 등은 아래 <표3>과 같다. <표3> 단위당 쟁점금액의 산정내역·산정방식 등 (단위: 그램당 미화달러) OOO
1. 최초 TSP: 협력사에 최초 이전시 시장판매 자료가 없어 사업협력계약상 TSP 산출식을 적용할 수 없으므로, 사업협력계약에 따라 시장 출시 다음해까지는 임의로 합의된 최초 TSP를 적용한다.
2. 산출 TSP: [차년도 예상 시장매출 + 예상 청구법인 비용 – 예상 협-AAA 비용] × 50%] /원료의약품 그램(최종완제의약품 판매수량을 만들기 위해 필요한 유효 그램을 추정하여 적용한다) 쟁점금액 산정방식과 관련하여 청구법인은 협-AAA의 경우, 액체 상태(그램)의 원료의약품을 협력사에 이전하나 최종 시장판매는 병입된 상태(개수)로 이루어지므로 단위당 쟁점금액 산정시 예상 판매개수를 그램으로 환산적용하여야 하고, 원료의약품의 이전·추가가공을 거쳐 최종완제의약품으로 판매되기까지 최소 1년 이상 소요되므로 사업협력계약상 산출식의 ‘차년도 예상매출액’은 해당연도에 공급되는 원료의약품(그램)과 무관하며, 이익정산액과 쟁점금액은 산정방식만 유사할 뿐 별개의 거래로 금액적으로도 상관관계가 없고 바이오의약품은 다음 공정 투입을 위한 대기 시간 등을 고려하면, 산업의 특성상 제조기간이 약 2〜3년 소요되어 재고 부담이 상당하므로 원료의약품 등의 협력사 이전은 단순한 재고의 이동임에도 이를 과세하는 것은 산업 특성을 고려하지 않은 처분이라고 주장한다. 이에 처분청은 청구법인과 협력사간의 사업협력계약상 쟁점금액(TSP) 산정방식은 적용대상기간 차이만 있을 뿐 이익정산 방식과 동일한데, 협-AAA의 경우 쟁점금액은 계산기간의 순매출액, 세전수입, 협-AAA 비용, 총판매수량을 예상하여 청구법인 수익을 계산하되, 직전기간 수율을 적용하여 예상실적의 신뢰성을 보완하였고, 이익정산은 정산기간(분기)별로 협-AAA와 청구법인의 이익을 산출비교하여 이익차액을 반분하는 형식으로 산출되고 있어 쟁점금액과는 산정방식 차이가 없고 협-BBB 역시 쟁점금액는 직전년 7.1.부터 당해연도 6.30.까지의 실적으로 계산하여 당해연도 8.1.부터 적용하고 이익정산은 연간정산방식으로 협-BBB와 청구법인의 이익을 산출 비교하여 이익차액을 반분하는 형식으로 산출되고 있어 쟁점금액과의 산정방식에 차이가 없다는 의견이다.
(5) 청구법인과 협력사는 분기별로 이익을 50:50으로 동일하게 정산을 하고 있는데, 분기별로 최종소비자 매출액에서 청구법인이 생산한 의약품 제조원가 중 청구가능원가와 협-AAA가 생산한 완제․최종 완제의약품의 제조원가 및 협력사의 최종 완제의약품 판매비용을 차감하여 손익을 확정하고 이 중 50%를 청구법인의 손익으로 하면서, 위 쟁점금액을 차감하여 자금을 정산하고 있다. <표4> 청구법인이 수령할 정산이익의 산정방식 정산이익 = (최종 소비자 매출 – 청구법인의 제조원가 중 청구가능원가 – 협력사 제조․판매비용) × 50% * 사업협력계약에는 ‘협력사의 손익에서 청구법인의 손익을 차감하는 방식’으로 산정하는 것으로 기재하고 있다. 청구법인은 특정 분기 중 협력사에 물품을 공급하고 지급받은 쟁점금액의 반환과 관련하여 2019년 제4분기(쟁점금액: 미화 OOO달러)를 예시로 하여, 청구법인이 수취할 금액[같은 분기에 이루어진 협력사의 소비자 매출(2019년 제1기 이전 공급분) 중 청구법인에 귀속될 부분(총매출 중 50%)과 청구법인의 비용 부분(제조원가의 50%)]에서 청구법인이 지급할 금액[협력사의 비용 부분(판매관리비 등의 50%)]을 차감한 이익정산차액은 아래 <표5>와 같고, 위 2019년 제4분기 이익정산액에서 같은 분기에 지급받아 반환할 쟁점금액을 차감한 미화 OOO달러를 수수한다고 주장하면서 청구법인 회계원장, 인보이스, 자금수수와 관련하여 은행에 신고한 ‘지급등방법 신고서’ 등을 제출하였다. <표5> 청구법인의 2019년 제4분기 이익정산액 OOO
(6) 청구법인은 협-AAA가 2020.9.16. 작성하여 청구법인에게 발신한 확인서(영문)를 제출한바, 이를 번역한 그 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 협-AAA가 청구법인에게 발신한 문서 OOO
(7) 청구법인은 쟁점금액을 수령한 때 이를 부채인 ‘선수수익’으로 계상(매출원가 미인식)하였다가, 협력사가 최종 완제의약품을 최종소비자에 판매한 때에 매출로 계상(매출원가 인식)하고 있는 반면, 법인세 신고시에는 쟁점금액을 수령한 때 이를 익금에 산입하였다가, 협력사가 최종 완제의약품을 최종소비자에 판매한 때에 같은 금액을 추인하는 세무조정을 하고 있다. 청구법인과 협력사 중 협-AAA가 쟁점금액 등과 관련하여 한 회계처리는 아래 <표7>과 같고, 쟁점금액 등과 관련하여 청구법인의 감사보고서에 첨부된 재무제표의 주석은 아래 <표8>과 같다. <표7> 청구법인과 협력사(협-AAA)의 회계처리 OOO * 협력사가 실제 사용하고 있는 계정명은 ‘미수금: Collaboration Asset’, ‘미지급비용: Collaboration Liability’ 및 ‘협력이익=Collaboration Profit’이다. <표8> 청구법인의 재무제표상 주석 내용 OOO
(8) 청구법인은 위 회계처리와 관련하여 2018.10.18. 원료․완제의약품의 판매수익 인식시점과 관련하여 OOO에 질의하여 아래 <표9>와 같이 2018.12.27. 회신(‘제약사 제품 판매수익 인식시점 질의’)을 받았다. <표9> 원료·완제의약품의 판매수익 인식시점에 대한 OOO의 회신내용 OOO
(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 하는 것이다(대법원 1984.3.13. 선고 83누720 판결 등 같은 뜻), 이에법인세법제40조 제1항에서 정한 이른바 권리의무확정주의와 더불어 같은 조 제2항은 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하면서 같은 법 시행령 제68조 제1항 제1호는 상품 등의 판매에 대하여 그 ‘상품 등을 인도한 날’을 익금의 귀속시기로 정하고 있다. 청구법인과 협력사는 이 건 사업으로부터 발생한 정산이익을 50: 50으로 정산하면서, 그러한 정산 이전에 청구법인과 협력사가 전전년과 전년에 있었던 거래결과 등을 기준으로 산정한 목표공급가격에 청구법인이 협력사에 이전한 원료·최종완제의약품의 수량을 곱하여 산정된 쟁점금액을 청구법인이 수령하고 있다. 이에 비추어 위 목표공급가격이란 사실상 과거에 청구법인과 협력사간에 이루어졌던 정산이익 산정에 근거하여 청구법인이 이 건 각 사업연도에 OOO 사업으로부터 발생할 정산이익 중 일부를 추정한 결과라고 할 것이고, 청구법인이 협력사에 실제 이전한 원료·최종완제의약품의 수량에 단위당 금액을 적용하여 분기별로 지속적으로 쟁점금액을 수령하였다면 청구법인으로서는 현실적으로 실현되었다거나 소득이 발생할 권리의 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정된 현금의 수령이 있었다고 할 것이다. 또한 쟁점금액이 1분기 후에 반환되고 실제 청구법인이 최종적으로 얻게 될 정산이익은 청구법인과 협력사간의 정산을 거쳐 확정되며 그 이후 청구법인이 의약품 관련법령에 따른 보고·관리의무를 이행하거나 미판매 재고에 대한 위험부담 중 공동부담한다는 등의 사정이 있다고 하더라도, 사업협력계약상 청구법인은 협력사에 원료·최종완제의약품을 인도함으로써 대부분의 의무를 다하게 되는 것으로 보인다. 따라서 쟁점금액과 관련한 익금의 귀속시기를 법인세법제40조 제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제1호에 따른 익금의 귀속시기인 ‘상품 등을 인도한 날’ 즉, 청구법인이 협력사에 원료·최종완제의약품을 인도하는 때가 속하는 사업연도로 보는 것이 타당하고, 이러한 판단이 이 건 거래에 이르게 된 계기, 그 거래과정에서의 및 양 당사자의 권리·의무 등에 비추어 지극히 불합리하거나 권리의무확정주의에 반한다고 보기는 어렵다고 판단된다. 이어서 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①과 같이 쟁점금액과 관련한 익금은 청구법인이 협력사에 원료·최종완제의약품을 인도한 때가 속하는 사업연도라 할 것이고, 이후 최종적으로 확정된 정산이익에 따라 쟁점금액 중 일부가 반환될 가능성이 있다고 하더라도 이는 그러한 정산이 이루어진 때가 속하는 사업연도의 익금에서 조정하면 족하다고 할 것이다. 따라서 청구법인이 이 건 거래를 통해 익금에 산입할 금액은 협력사에 원료·최종완제의약품을 인도함에 따라 수령한 쟁점금액 전액이라 할 것이지, 쟁점금액 중 일부가 추후 반환될 개연성이 있다고 하여 쟁점금액에서 반환될 개연성이 없는 금액만을 별도로 구분하여 익금에 산입하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별표> 이 건 경정청구 내용 OOO <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
1. 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매: 그 상품 등을 인도한 날
2. 상품 등의 시용판매: 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.
3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.
4. 자산의 위탁매매：수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날
5. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장에서 같은 법 제393조 제1항에 따른 증권시장업무규정에 따라 보통거래방식으로 한 유가증권의 매매: 매매계약을 체결한 날
⑦ 제1항 제1호의 규정에 의한 인도한 날의 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 법인세법 시행규칙 제33조(인도한 날의 범위) 영 제68조 제1항 제1호의 규정에 의한 상품등을 인도한 날의 판정을 함에 있어서 다음 각호의 경우에는 당해 호에 규정된 날로 한다.
1. 납품계약 또는 수탁가공계약에 의하여 물품을 납품하거나 가공하는 경우에는 당해물품을 계약상 인도하여야 할 장소에 보관한 날. 다만, 계약에 따라 검사를 거쳐 인수 및 인도가 확정되는 물품의 경우에는 당해검사가 완료된 날로 한다.
2. 물품을 수출하는 경우에는 수출물품을 계약상 인도하여야 할 장소에 보관한 날
(4) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.