쟁점연구개발비에 대한 손금귀속시기를 지출이 확정된 연도로 보아 소급하여 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO에 위치하고 있고, 생명공학기술 및 동물세포대량배양기술을 기반으로 자가면역질환치료제 및 항암제 등으로 사용되는 OOO를 개발․생산하는 것을 목적사업으로 하고 있는 외국인투자기업이다.
• 나. 청구법인은 2013사업연도〜2017사업연도 법인세를 신고하면서, 바이오시밀러 개발과 관련하여 임상1상 개시승인 이전에 발생한 연구개발비OOO(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)을 자산으로 계상하였고, 금융감독원은 2018.9.19.제약ㆍ바이오기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침을 발표하면서 OOO 개발의 임상1상 개시승인 이전에 발생한 연구개발비를 손금으로 처리하도록 하였다.
• 다. 청구법인은 2013사업연도〜2017사업연도에 발생한 쟁점연구개발비를 각 사업연도 손금에 산입하여 법인세 OOO을 환급하고 이월세액공제 OOO을 증액 경정해야한다고 주장하면서, 2019.4.1. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.3.3. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 금융감독원의 지침에 따른 연구개발비 오류수정은 그 실질이 자산의 손상차손 감액 성격이 존재하는 것이 사실이고, 이에 오류수정 실행년도에 자산을 손상차손으로 감액한 것으로 보아 감가상각 시부인과정을 통해 미래에 손금산입하는 것이 일응 타당할 수 있다. 그러나,법인세법에서는 감가상각 대상자산인 연구개발비를 판단함에 있어서 기업회계기준상 연구개발비로 계상했는지 여부를 중요 기준으로 삼고 있는바, 기업회계기준상 과거 자산계상 연구개발비를 오류수정으로 취소한 이상, 기업회계기준상 연구개발비 자산으로 계상한 것으로 볼 수 없으므로 연구개발비 오류수정분은 지출이 확정된 년도에 손금산입되는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 금융감독원의 감독지침에서 회사는 개별 상황에 따라 합리적인 이유를 근거로 새로운 지침과 달리 판단하여 회계처리 할 수 있다고 명시하고 있는 것으로 보아 강제성을 가진 것으로 볼 수 없고, 감독지침의 강제성이 인정되어 과거 연구개발비를 오류수정으로 회계처리하였다 하더라도 이는 감독지침에 따라 연구개발비 자산인식 기준이 강화됨에 따라 연구개발비를 손상차손 처리한 것이다. 청구법인은 당초 자산계상한 OOO 쟁점연구개발비를 무형자산으로 인식하여 왔고 회계감사를 통해 연구개발비의 자산화에 대한 적정성을 확인 받았으며, 과거 계상한 쟁점연구개발비의 자산성에 대한 오류를 주장하는 것이 아니라 새롭게 만들어진 감독기관의 지침을 근거로 과거에 자산으로 계상한 쟁점연구개발비를 비용으로 계상하겠다는 청구주장은 타당하지 않다. 따라서, 과거 계상한 쟁점연구개발비에 대한 오류가 명확하지 않는 상황에서 사후적인 감사인 의견만으로는 자산화된 쟁점연구개발비를 과거 사업연도의 손금으로 용인될 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점연구개발비에 대한 손금귀속시기를 지출이 확정된 연도로 보아 소급하여 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산(이하 이 조에서 "감가상각자산"이라 한다)에 대한 감가상각비를 손비로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 그 계상한 감가상각비를 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. (2) 법인세법 시행령 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제1항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 유형자산 및 무형자산"이란 다음 각 호의 유형자산 및 무형자산(제3항의 자산은 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형자산

• 바. 개발비: 상업적인 생산 또는 사용전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것(산업기술연구조합 육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 생명공학기술 및 동물세포대량배양기술을 기반으로 자가면역질환치료제 및 항암제 등으로 사용되는 OOO를 개발․생산하는 외국인투자기업이다. (나) 청구법인은 2013사업연도〜2017사업연도 법인세를 신고하면서, OOO 개발과 관련하여 임상1상 개시승인 이전에 발생한 쟁점연구개발비OOO를 자산으로 계상하였다. OOO (다) 금융감독원은 2018.9.19.제약ㆍ바이오기업의 연구개발비 회계처리 관련 감독지침을 발표하였고, 주요내용은 아래와 같다. OOO (라) 청구법인은 2013사업연도〜2017사업연도에 발생한 쟁점연구개발비를 각 사업연도 손금에 산입하여 법인세 OOO을 환급하고 이월세액공제 OOO을 증액 경정해야한다고 주장하면서, 2019.4.1. 처분청에 경정청구를 제기하였다. 000

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 자산으로 계상한 쟁점연구개발비를 금융감독원 감독지침에 따라 지출이 확정된 사업연도로 소급하여 손금산입하여야 한다는 주장이나, 청구법인이 근거로 제시한 금융감독원 감독지침은 국제회계기준의 합리적인 해석범위 내에서 감독업무의 구체적 지침을 마련하여 이를 관련 업계와 공유하여 시장의 불확실성을 해소하기 위한 것으로서, 새로운 회계기준이나 기준 해석이 아니고 각 회사는 개별 상황에 따라 합리적인 이유를 근거로 동 지침과 달리 판단하여 회계처리할 수 있는 것으로 나타나고, 청구법인은 쟁점연구개발비를 당초 자산화 요건을 충족한 것으로 보아 무형자산으로 계상하였으며 회계감사를 통해 자산화에 대한 적정성을 확인받았는바, 자산화에 대한 중대하고 명백한 오류나 잘못이 없는 이상 쟁점연구개발비를 금융감독원의 감독지침만으로 소급하여 손금산입하는 것은 타당하지 아니하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.