쟁점부동산이 일괄양도된 것으로 보아 총양도가액을 필지별 기준시가로 안분계산한 양도가액을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2017.9.29. OOO 전 589㎡(이하 “쟁점농지”라 한다), OOO 대지 1,011㎡(이하 “쟁점대지”라 하고, “쟁점농지”와 합하여 “쟁점토지”라 한다) 및 그 지상의 건물 158.4㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 각각 별도 매매계약을 체결하여 양도하였고, 아래 <표1>과 같이 동 매매계약서상 각 필지별 양도가액 합계 OOO, 취득가액 합계 OOO을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다. <표1> 쟁점부동산 양도소득세 예정신고 내역 (단위: ㎡, 원/㎡, 원)
• 나. 처분청은 2019.10.10.～2019.10.29. 기간 동안 쟁점부동산 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점부동산 양도는 하나의 거래로서소득세법제100조 제3항 규정의 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보아 아래 <표2>와 같이 쟁점토지 각 필지별 양도가액을 공시지가에 따라 안분계산한 가액을 양도가액으로 적용(쟁점건물은 청구인 신고가액 그대로 인정)하여 2019.12.20. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다. <표2> 쟁점토지 필지별 양도가액 재산정 내역 (단위: 원, %)
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지와 쟁점대지는 별도의 재산으로서 매수자와 지목별로 매매가액 협상 과정을 거쳐 각각 매매계약서를 따로 작성하였고,부동산등기법에 따라 각기 거래에 따른 등기를 하였는데도 쟁점부동산을 하나의 거래에 의해 일괄양도한 것으로 보아소득세법제100조 제3항을 적용, 기준시가에 따라 안분계산한 양도가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 2017.9.15. 같은 날 동일한 양수인 2명에게 연접한 쟁점토지를 양도한 사실이 확인되는데, 쟁점토지 총 양도가액을 각 필지별 기준시가로 안분계산한 양도가액 대비 매매계약서상 쟁점농지는 자경농지에 대한 감면적용을 많이 받기 위해 297.19% 높게 책정하는 한편, 쟁점대지는 75.88%로 오히려 기준시가보다 낮은 양도가액을 책정한 것으로 보이는 점, 쟁점농지의 경우 양도일 이전에 농지전용허가를 득하였다고는 하나 기준시가 대비 3배 정도로 과다하게 양도가액이 책정된 것으로 보이는 점, 쟁점토지는 같은 날 동일인에게 양도하였음에도 필지별로 매매계약서를 따로 작성하였다는 사유만으로 이를 별개의 거래로 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지 양도를 하나의 거래로 보아 각 필지별 기준시가 비율로 안분계산하여 산정된 양도가액을 기준으로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산이 일괄양도된 것으로 보아 총양도가액을 필지별 기준시가로 안분계산한 양도가액을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

(2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구인의 2017년 귀속 양도소득세 예정신고 및 처분청 경정결의서의 주요내용은 다음과 같다. (단위: 원) (나) 조사종결보고서의 주요내용은 다음과 같다.

(2) 청구인이 제시한 심리자료는 다음과 같다. (가) 쟁점농지와 쟁점대지 양도는 각각 독립된 별개의 거래라고 주장하며 별도 작성된 매매계약서 2부 사본, 각 필지별 등기사항전부증명서를 각 제시하였는데, 2개 매매계약서상 계약체결일(2017.9.15.), 잔금지급일(2017.9.29.), 매수인(OOO 각 지분 2분의 1)이 같고, 각 필지별 양도가액은 <표1>과 같다. (나) OOO 농지전용협의대장을 제시하였는데, 청구인은 쟁점농지상에 2000.6.1. 주차장 시설(총면적 198㎡)을 착공하여 2000.7.30. 준공한 것으로 되어 있고, OOO 허가과 농지관리팀 전산자료에 의하면 2000.6.22. 농지전용부담금 OOO을 수납한 사실이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지와 쟁점대지 양도는 각각 별도 매매계약서를 작성하는 등 독립된 거래라서소득세법제100조 제3항 규정을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구인은 쟁점토지를 같은 날 동일인에게 양도하였고, 쟁점부동산은 모두 연접되어 있는 등 쟁점토지는 일괄양도한 것으로 보아야 할 것인 점, <표2>와 같이 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 신고시 적용한 각 필지별 양도가액이 각 필지별 기준시가비율대로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 것으로 나타나 이는 쟁점토지 각 필지별 가액 구분이 불분명한 때에 해당되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이소득세법제100조 제3항 규정을 적용하여 쟁점토지 총양도가액을 각 필지별 기준시가 비율대로 안분계산한 가액을 양도가액으로 하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.