청구법인의 쟁점부서는 제품 인·허가 획득을 위한 지원업무를 수행한 것으로 확인되어 연구개발활동에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 세액공제대상이 아니라고 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
청구법인의 쟁점부서는 제품 인·허가 획득을 위한 지원업무를 수행한 것으로 확인되어 연구개발활동에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 세액공제대상이 아니라고 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구법인의 OOO팀(이하 “쟁점부서”라 한다)의 제품 인․허가 획득 지원업무는 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제 적용대상인 연구개발활동에 해당한다. (가) 기초연구진흥 기술개발지원에 관한 법률에서 연구개발활동을 시제품의 설계․제작 및 시험 등 제품의 사업화까지 모든 과정을 포함하도록 규정하고 있고, 대법원 또한 연구개발활동의 범위를 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동까지 포함한다고 판단하였는바, 과학적․기술적 진전을 바탕으로 개발․제작된 제품의 상용화를 위한 인․허가 활동 또한 연구개발활동에 해당한다고 볼 수 있다. (나) 쟁점부서는 의료기기 재품 설계․개발 등 전(全) 주기에 필요한 법적․과학적 규제기준에 근거한 국내․외 인․허가 및 임상시험 업무를 수행하였고, 이를 위해 각 국별 법령에 따른 허가를 획득하기 위한 기술문서를 작성하여 각국 규제당국과 의사소통을 통해 최종적으로 청구법인이 개발한 제품에 대하여 인․허가를 획득하는 업무를 담당하였다. (다) 또한 국세청 예규에 따르면 제품의 상용화 및 개발완료를 위한 필수적인 성능 및 안정성 검사활동을 연구개발활동의 일환으로 해석하였는바, 청구법인이 생산하는 의료기기 제품의 특성상 연구개발완료 및 제품 상용화를 위해서는 국내․외 규제기관의 인․허가를 획득하는 과정이 필수적인 절차인 점을 고려할 때 쟁점부서의 업무도 연구개발활동에 포함된다고 볼 수 있다.
(2) 처분청은 쟁점부서의 업무가 조세특례제한법상 연구개발활동에 해당되지 아니하는 ‘특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정업무’에 해당한다고 보았으나, 쟁점부서의 업무는 연구개발활동의 완료를 위한 필수적인 절차로서 인․허가 획득 지원업무를 수행한 것으로서 기술개발과 연관된 활동이고, 기술개발 자체와 무관하게 해당 기술의 보호 등을 위한 ‘특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정업무’와는 구분되는 것이다. (가) 쟁점부서는 프로젝트 설계단계에서부터 신제품 개발전략 및 계획에 참여하고, 연구개발 전(全)과정에 걸쳐 각 국가별 규제내용이 개발과정에 반영될 수 있도록 모니터링하여 규제사항에 부합하도록 계획을 수정․반영하며, 인․허가 획득에 필요한 안전성 및 유효성 입증자료를 연구개발 전(全) 과정에 걸쳐 수집하여 해당 근거자료를 바탕으로 연구성과의 안정성과 유효성을 규제기관에 입증하는 등의 업무를 수행하고 있는바, 쟁점부서의 업무는 청구법인의 연구개발활동과 무관한 별개의 행정업무에 해당한다고 볼 수 없다. (나) 처분청이 쟁점부서의 업무 중 단순 행정업무에 해당하는 것으로 본 ‘명칭․라벨․유효기간 변경 및 해외 국가 인․허가 정보자료 업데이트․절차정리’ 등의 업무 또한 인․허가를 획득하기 위한 필수적인 활동으로서 쟁점부서가 해외 국가 인․허가의 변경 내용을 파악하여 연구개발활동의 방향성을 수립하는 역할을 담당하였고, 각 국가에서 요구하는 규제 사항 중 명칭․라벨․유효기간 등 이외 항목들이 규제 대상에 해당하지 않는지 관리하여야 적시에 인․허가를 득할 수 있는바, 쟁점부서의 업무는 연구개발활동의 설계부터 완료까지 직접적인 영향을 미쳤으므로 중요한 연구개발활동에 해당한다고 볼 수 있다. (다) 또한 쟁점부서는 의료기기 인․허가, 해외인증, 임상 분야의 법적․과학적 규제기준 전반에 관한 전문성이 필요함을 고려하여 국가공인 자격증인 의료기기 OOO전문자격증을 보유한 부서원으로 구성되어 있고, 청구법인에는 처분청이 쟁점부서의 업무라고 주장하는 ‘특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정업무’를 전담하는 연구지원팀이 별도로 있는바, 처분청의 주장을 받아들이기 어렵다.
(1) 청구법인은 의료기기의 경우 국내․외 규제기관의 인․허가를 득해야만 기술개발이 완료되고 개발제품을 상용화할 수 있으므로 쟁점부서의 업무가 연구개발활동에 해당된다고 주장하나 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다. (가) 쟁점부서의 업무는 각 나라의 규제 정보를 수집하고 개발된 제품에 대하여 국내․외 인․허가를 획득하는 것으로서 본질적으로 규제기관 대응 업무인바, 행정업무에 해당한다. (나) 청구법인은 쟁점부서의 업무내용이 연구원들과 연구내용을 공유하여 연구개발 과정에 적용되므로 연구개발활동의 일환이라는 의견이나, 개발된 제품의 인․허가 획득을 위한 각 국별 규제정보를 수집하여 연구원에게 제공하는 활동을 연구개발활동에 해당한다고 보기 어렵다. (다) 또한 인․허가 획득 지원 이외 쟁점부서의 업무는 신(新)의료기술로 평가 받고 보험에 등재하는 것, 규제정보를 수집하고 관계기관에 의견을 제출하는 것 등으로 연구개발활동이 아닌 법률 및 행정업무에 해당한다고 볼 수 있다. (라) 청구법인은 ‘제품 사용화 및 개발완료를 위한 필수적인 성능 및 안전성 시험검사 활동’이 연구개발활동에 해당된다는 국세청 예규에 따라 쟁점부서의 제품 완성을 위한 제품 인․허가 획득활동 또한 연구개발활동에 포함된다는 의견이나, 상기 예규는 성능 및 안전성 시험검사와 관련된 외주 용역비에 대하여 세액공제에 해당된다는 것을 인정한 것이고, 규제정보 수집 및 대응 업무를 연구개발활동에 해된다고 본 것이 아니므로 청구법인의 주장을 인정하기 어렵다.
(2) 청구법인은 쟁점부서의 업무가 의료기기 제조업의 특성상 단순 행정업무와 성격이 다르고 단순 행정업무는 별도의 부서가 수행한다는 의견이나, 조세특례제한법 시행령제8조 제2항 제1호에 따르면 연구개발 및 인력개발을 위한 비용에서 제외되는 항목으로 ‘특허권 의 신청․보호 등 법률 및 행정업무’가 명시되어 있어 쟁점부서의 업무가 본질적으로 법률 및 행정업무에 해당되는 이상 연구개발활동에 해당된다고 볼 수 없다. 특히 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하여야 하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 조세특례제한법 시행령에서 법률과 행정업무에 소요되는 비용을 연구․인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상에서 제외하고 있는 이상 쟁점부서의 인건비는 세액공제 대상이 될 수 없다.
(1) 조세특례제한법(2019.12.31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.
1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.
⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액 (2) 조세특례제한법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액
② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.
2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험
4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동
5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무
6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사ㆍ탐사하는 활동
※ [별표 6] 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 구분
1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. (이하 생략)
(1) 이 건 법인세 신고 및 경정과 관련된 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2014∼2017사업연도 법인세 신고시 쟁점부서를 포함한 연구전담부서의 인건비 등을 조세특례제한법상 연구․인력개발비로 보아 세액공제를 적용하였다. (나) 이후 조사청의 청구법인에 대한 법인세 통합조사결과에 따라 처분청이 청구법인에게 쟁점부서의 인건비를 세액공제에서 제외하여 이 건 법인세 부과처분을 하자 아래 OOO과 같이 쟁점부서의 인건비가 연구개발비에 포함된다고 주장하며 이 건 심판청구를 하였다.
(2) 청구법인이 쟁점부서와 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 쟁점부서는 단순 행정업무가 아닌 전문적인 지식이 요구되는 업무를 수행하였고, 쟁점부서의 구성원은 관련 국가기관 인증 자격증을 취득한 자이다. (나) 청구법인이 쟁점부서가 수행한 업무에 대하여 설명한 상세 내용은 아래 <표3>과 같다.
(3) 처분청은 쟁점부서의 구성원별 담당업무가 아래 OOO와 같이 법률 및 행정업무에 해당한다고 보아 쟁점인건비가 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상이 아니라는 의견이다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점부서에서 발생한 쟁점인건비가 연구․인력개발비 세액공제 대상이라는 의견이나, 조세특례제한법제9조 제5항은 연구개발활동을 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제8조 제2항에서 연구개발활동에 포함되지 아니하는 활동으로 ‘특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정업무’를 규정하고 있으며, 청구법인의 쟁점부서는 제품 인․허가 획득을 위한 지원업무를 수행한 것으로 확인되어 연구개발활동에 해당된다고 보기 어려운 점, 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점부서의 업무가 조세특례제한법상 연구개발활동에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비를 세액공제대상이 아니라고 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.