조세심판원 심판청구 종합부동산세

쟁점토지 중 재산세 경감부분은 분리과세로 종합부동산세 과세대상이 아니고, 그 외는 재산세 경감비율 상당을 감면하여야 한다는 주장의 당부

사건번호 조심-2020-인-0774 선고일 2020.05.11

지방세법 제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 이를 분리과세대상으로 보도록 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인들은 학교법인의 부속병원을 설치·운영하고 있고, 청구법인들은 소유하고 있는 토지 중 일부 수익사업 등을 위한 용도로 사용하는 면적을 제외한 <별지2> 기재와 같은 부분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 의료업에 직접 사용하고 있다.
  • 나. 쟁점토지의 각 물건지 관할 지방자치단체장은지방세특례제한법제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) 내지 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)에 따라 재산세를 50% 감면(과세표준에서 차감)하여 2019년도 재산세를 고지하였다.
  • 다. 처분청은 쟁점토지에 대한 위 재산세 감면규정을 준용하여 청구법인들에게 <별지3>과 같이 2019년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 결정·고지하였다.
  • 라. 청구법인들은 이에 불복하여 <별지3> 기재와 같이 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인들 주장 (1)지방세법제106조 제1항에서 재산세 과세대상 토지를 종합합산·별도합산·분리과세대상으로 각각 분류하도록 규정하고 있으므로 재산세 과세대상 토지 중 재산세가 경감되는 부분의 토지 역시 위 규정에 따른 종합합산·별도합산·분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 하고,지방세법제106조 제1항에서지방세법또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여는 종합합산과세대상(지방세법제106조 제1항 제1호 단서 나목)이나 별도합산과세대상(지방세법제106조 제1항 제2호 단서)으로도 보지 않는다고 각각 규정하고 있으므로 재산세가 경감되는 부분이지방세법제106조 제1항 제3호 등에서 명시적으로 분리과세대상으로 규정되어 있지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된지방세법제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 할 것(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결, 같은 뜻임)이다. (2) 지방세법제106조 제1항 제1호 나목 및 제2호 단서(이하 “쟁점 규정”이라 한다)에서 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지의 경우 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상이 아니라고 명백히 규정하고 있는 이상, 지방세특례제한법에 따라 재산세가 경감되는 비율에 해당하는 토지의 부분은 분리과세대상에 포섭되는 것으로 해석될 수밖에 없으므로 이 부분은종합부동산세법제11조 및 제12조에 따라 종합부동산세 과세대상에서 제외되어야 하고, 그 외 부분의 토지에 대한 종합부동산세는종합부동산세법제6조 제1항 및 제3항에 따라 재산세 감면비율 상당액을 감면하여 처분청이 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분을 감액경정하여야 한다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행 세목이고, 처분청은 지방자치단체장들이 쟁점토지에 대하여 한 지방세법제106조 제1항에 따른 재산세 과세대상의 구분에 따라 종합부동산세를 부과한 것이므로 쟁점토지에 대하여 부과된 재산세가 청구주장과 같이 경정되지 않는 이상, 이 건 종합부동산세에 대한 심판청구는 기각되어야 한다.

(2) 만일 이 건 청구주장을 받아들일 경우,지방세특례제한법에 따른 재산세 50% 경감대상 토지를 예로 들면, 그 절반은 재산세 분리과세대상 토지로 보아 종합부동산세 과세대상에서 제외되고, 나머지 절반의 토지에 대하여는 그 부분에 대한 종합부동산세를 50% 감면(공시가격에서 50%를 공제)하게 되어 해당 토지에 대한 종합부동산세의 75%를 경감받게 되는바, 이는 조세특례규정에 대한 엄격해석의 원칙에 위배된다 할 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지 중 재산세 경감비율에 상당하는 부분은 재산세 분리과세대상에 해당하여 종합부동산세 과세대상이 아니고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지4> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점규정과 관련한지방세법의 입법연혁을 살펴보면, 쟁점규정은 1989.6.1. 처음으로지방세법에 신설되었고, 이후 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되면서지방세법에 규정되었으며, 2005.1.5. 전까지쟁점규정이 “종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다”고 규정되어 있었으나, 2005.1.5. 부터 이를 “종합 또는 별도합산과세대상 토지로 보지 않는다”라고 규정되었다.

(2) 2018년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 지방세법령에 따른 재산세과세대상 구분은지방세법제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있으며,지방세법상 쟁점토지와 같이 의료업에 직접 사용하는 토지는 분리과세대상으로 열거되어 있지 않다. (3)종합부동산세법제6조 제1항은지방세특례제한법또는조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제1항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다고 규정하고 있으며,종합부동산세법제11조는 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고 규정하고 있다.

(4) 최근 개정된지방세법(2019.12.3., 법률 제16663호로 개정된 것)의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 기재되어 있는데, 국회 행정안전위원회 검토보고서, 회의록, 입법이유서 등의 주요 내용은 다음과 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 종합부동산세법제11조에서 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하도록 규정되어 있고, 종합부동산세법 제6조 제1항에서지방세특례제한법또는조세특례제한법 에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용하도록 규정하고 있는 점, 지방세법제106조는 재산세 과세대상인 토지를 종합합산, 별도합산 및 분리과세대상으로 구분하고, 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외하고는 모두 종합합산과세대상으로 구분하도록 규정하고 있으며, 다만 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 위의 분리과세대상은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로서 그 대상은 지방세법제106조 및 같은 법 시행령 제102조에 한정적으로 규정되어 있는 점(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임), 지방세법제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 이를 분리과세대상으로 보도록 규정하고 있지 아니한 점, 2019.12.3. 지방세법이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 입법이유서 등에 나타나는 점 등에 비추어 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분이 분리과세대상에 포섭된다는 전제하에서 그 부분을 종합부동산세 과세대상에서 제외하고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다 (조심 2019서895, 2020.1.23., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 청구법인들 및 처분청 내역 <별지2> 청구법인별 쟁점토지 내역 <별지3> 청구법인별 부과내역 등 (단위: 원) <별지4> 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제6조【비과세 등】(1)지방세특례제한법또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다. (2)지방세특례제한법제4조에 따른 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

(3) 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다. 제11조【과세방법】토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여지방세법제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 제12조【납세의무자】(1) 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(2) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조 【과세대상의 구분 등】(1) 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

  • 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
  • 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

  • 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
  • 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 다. 철거·멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야
  • 다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 라. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
  • 아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 제113조 【 세율적용 】(1) 토지에 대한 재산세는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세율을 적용한다.

1. 종합합산과세대상: 납세의무자가 소유하고 있는 해당 지방자치단체 관할구역에 있는 종합합산과세대상이 되는 토지의 가액을 모두 합한 금액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 가목의 세율을 적용한다.

2. 별도합산과세대상: 납세의무자가 소유하고 있는 해당 지방자치단체 관할구역에 있는 별도합산과세대상이 되는 토지의 가액을 모두 합한 금액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 나목의 세율을 적용한다.

3. 분리과세대상: 분리과세대상이 되는 해당 토지의 가액을 과세표준으로 하여 제111조 제1항 제1호 다목의 세율을 적용한다.

(3) 지방세특례제한법 제38조 【 의료법인 등에 대한 과세특례 】(1) 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는지방세법제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10을 경감하는 것을 말한다), 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다. 제41조 【학교 및 외국교육기관에 대한 면제】(7) 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조 에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)