청구인이 가공거래와 관련하여 신고․납부한 부가가치세를 환급하지 아니한 처분의 당부

OOO은 청구인이 2014년 제1기부터 2015년 제2기까지의 과세기간 동안 신고․납부한 부가가치세 중 세금계산서 부정수수 가산세를 제외한 나머지 세액OOO에 대하여 환급을 거부(부작위)한 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2013.10.21.부터 2016.12.31.까지 OOO에서 OOO라는 상호로 전자부품 수출입업을 영위하였는바, 2014년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 과세기간까지 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 태블릿피씨에 사용되는 LED 28,920,000개를 OOO에 판매한 것으로 매출세금계산서를 발행(이하 태블릿피씨 매출거래를 “쟁점거래”라 하고, 관련 세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)하고 부가가치세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. OOO세무서장은 2017.8.10.∼2017.11.18. 기간 동안 OOO에 대한 세무조사를 실시하여 OOO에 LED를 공급한 것은 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)임에도 불구하고 이를 청구인이 공급한 것처럼 가장하여 쟁점세금계산서를 허위로 발행한 사실을 확인하고, 쟁점거래와 관련된 OOO의 부가가치세 매입세액을 불공제하여 경정․고지하는 한편, 처분청에 청구인에 대한 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 2019.3.21.∼2019.5.5. 기간 동안 청구인에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행된 사실을 확인하고 쟁점세금계산서와 관련된 청구인의 2014년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 매출세액을 전액 감액경정 하였으나, 청구인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 OOO가 선의의 거래당사자로 인정되어 매입세액을 공제받은 점을 이유로 하여 2019.5.17. 청구인이 납부한 부가가치세 중 세금계산서 부정수수 가산세를 제외한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 환급하지 아니하였다.
• 라. 청구인은 처분청의 부작위 처분에 불복하여 2019.8.14. 이의신청을 거쳐 2020.1.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2019.5.15. 처분청으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행되었으므로 쟁점세금계산서와 관련된 청구인의 2014년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 매출세액이 전액 감액경정되었다는 내용의 세무조사결과통지를 수령하였으나, 기납부세액 중 세금계산서 부정수수가산세를 제외한 OOO은 여전히 환급받지 못하고 있다. 국세기본법 제55조 제1항 은 국세기본법또는 세법에 의한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 불복청구를 하여 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고 같은 법 제68조는 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 90일 이내에 청구하도록 규정하고 있는 바, 처분청은 현재까지 부가가치세 환급을 이행하지 아니하고 있으므로 처분청의 부작위로 인하여 위법․부당한 상태가 지속되는 이상 이 건 심판청구는 국세기본법 제68조 에서 규정하는 청구기간 내에 한 적법한 불복청구에 해당한다. (2) 국세기본법 제51조 제1항 은 관할 세무서장은 납세의무자가 국세․가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있다. 국세환급금이란 국세에 관한 과오납금과 환급세액으로 납세의무자에게 반환되어야 할 금액을 말하는데, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하고, 오납액은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고 또는 부과처분이 부존재하거나 당연무효임에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액을 말한다. 따라서 청구인이 거짓 매출세금계산서로 납부한 부가가치세 매출세액은 초과납부액이나 또는 오납액으로 인정되어 국세환급금에 해당한다. 처분청은 청구인이 OOO에 거짓 매출세금계산서를 발행하고 이와 관련하여 부가가치세를 신고․납부한 사실을 인정하고 관련 매출세액을 감액경정 하였음에도 청구인이 기납부한 부가가치세를 환급하지 아니하고 있는바, 이는 오납액․초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 결정일부터 30일 내에 환급하도록 규정하고 있는 국세기본법 제51조 규정을 위반한 것으로 위법하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 국세기본법 제51조 의 오납액과 초과납부액은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 그 국세환급금 결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급금결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니므로 위 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 불복의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원2019.11.26. 선고 2007두4018 판결). 부가가치세법상 환급세액 관련 규정의 내용, 형식 및 입법취지 등에 비추어 보면, 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 부가가치세 법령에 의하여 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세 정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 봄이 타당하므로, 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 행정소송법 제3조 제2호 에 규정된 당사자소송 절차에 따라야 한다(대법원 2013.3.21. 선고 2011다95564 판결). 따라서 청구인에 대한 세무조사결과통지는 청구인의 부가가치세 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분으로 볼 수 없어 불복 대상이 되는 처분에 해당하지 않으므로, 그 취소를 구하는 청구인의 심판청구는 부적법하다. 청구주장을 ‘부가가치세 환급을 이행하지 아니하고 있는 처분청의 부작위’에 대한 위법확인 또는 행정청의 부작위에 대하여 일정한 처분을 하도록 하는 의무이행을 구하는 것으로 선해한다 하더라도 행정심판법 제5조 에서 ‘당사자의 신청에 대한 행정청의 위법 또는 부당한 거부처분이나 부작위에 대하여 일정한 처분을 하도록 하는 행정심판(의무이행심판)’을 명시적으로 인정하고 있는 것과 달리 국세기본법 제56조 는 조세심판절차에 있어 준용대상이 되는 행정심판법 규정을 나열하면서 행정심판법 제5조 를 제외하고 있으므로 조세심판절차에 있어 부작위에 대한 의무이행심판은 허용되지 아니한다. (2) 국세기본법 제15조 는 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다고 규정하고 있다. 따라서 조세소송에 있어서 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법과 관련하여 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생해서라도 납세자가 한 신고 등을 신뢰한 과세관청을 보호할 필요성이 인정되는 경우에는 납세자에 대하여도 적용된다고 할 것이다. 청구인은 쟁점세금계산서를 허위로 발행하고 실제 거래에 의한 것이라 하여 이에 대한 부가가치세를 신고․납부하였고, 처분청은 이에 따라 청구인이 쟁점세금계산서를 실제 거래에 의한 것이라 하여 부가가치세를 신고․납부한 것을 진정한 것이라고 믿고서 쟁점세금계산서를 교부받은 거래상대방인 OOO의 부가가치세 매입세액 공제를 인정하였으며, 그 후 쟁점세금계산서가 허위의 세금계산서로 밝혀졌음에도 OOO는 당초 쟁점세금계산서와 관련하여 공제받은 매입세액을 납부하지 아니함으로써 국고에 손실이 발생하였는바, 청구인이 발행한 쟁점세금계산서를 실제 거래에 의한 것이라 하여 부가가치세를 신고․납부한 것을 진정한 것이라고 믿고서 거래상대방에게 매입세액을 공제하여 준 처분청의 신뢰는 합법성의 원칙을 희생시켜서라도 보호받아야 할 필요성이 인정된다고 할 것이므로, 신의성실의 원칙상 청구인의 부가가치세 환급청구는 받아들일 수 없다고 할 것이다(서울고등법원 2008.5.8. 선고 2007누24045 판결, 같은 취지).

• 가. 쟁점

① 국세환급금의 결정 또는 거부처분을 본안심리 대상으로 볼 수 있는지 여부

② 청구인이 위장거래와 관련하여 신고․납부한 부가가치세를 환급하지 아니한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제51조[국세환급금의 충당과 환급] ① 세무서장은 납세의무자가 국세 및 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다. 제54조[국세환급금의 소멸시효] ① 납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다. 이 경우 국세환급금과 국세환급가산금을 과세처분의 취소 또는 무효확인청구의 소 등 행정소송으로 청구한 경우 시효의 중단에 관하여 민법 제168조 제1호 에 따른 청구를 한 것으로 본다.

③ 제1항의 소멸시효는 세무서장이 납세자의 환급청구를 촉구하기 위하여 납세자에게 하는 환급청구의 안내ㆍ통지 등으로 인하여 중단되지 아니한다. 제55조[불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.(단서 생략) 제56조[다른 법률과의 관계] ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 행정심판법 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 "위원회"는 "국세심사위원회", "조세심판관회의" 또는 "조세심판관합동회의"로 본다. 제61조[청구기간] ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제7항에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있다. (2) 국세기본법 시행령 제43조의3[국세환급가산금] ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 국세환급가산금 기산일"이란 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음 날로 한다.

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정(제5호에 해당하는 경우는 제외한다)하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세의 각 납부일로 하며, 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2013.10.21.부터 2016.12.31.까지 OOO에서 OOO라는 상호로 전자부품 수출입업을 영위하였는바, 2014년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 과세기간까지 OOO에 공급가액 OOO원 상당의 쟁점세금계산서를 발행하고 부가가치세 OOO원을 신고․납부하였다.

(2) OOO세무서장은 2017.8.10.∼2017.11.18. 기간 동안 OOO에 대한 세무조사를 실시하여 OOO에 LED를 공급한 것은 OOO임에도 불구하고 이를 청구인이 공급한 것처럼 가장하여 쟁점세금계산서를 허위로 발행한 사실을 확인하고, 쟁점거래와 관련된 OOO의 부가가치세 매입세액을 불공제하여 경정․고지하는 한편, 처분청에 청구인에 대한 과세자료를 통보하였다.

(3) 처분청은 2019.3.21.∼2019.5.5. 기간 동안 청구인에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행된 사실을 확인하고 쟁점세금계산서와 관련된 청구인의 2014년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 매출세액을 전액 감액경정 하였다. 조사종결보고서에 의하면, ‘청구인은 OOO에 실제 재화의 공급 없이 허위의 세금계산서를 발행한 것이므로 전액 가공거래로 확정’한다고 기재되어 있다. 구체적 내용은 다음과 같다.

(4) 당초 OOO세무서장은 청구인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 OOO의 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정․고지하였으나, 과세전적부심사에서 OOO는 선의의 거래당사자로 인정되어 매입세액을 공제받은 것으로 확인된다. 구체적 내용은 다음과 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 조세심판제도는 국세기본법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자에 대하여 그 처분의 취소변경이나 필요한 처분을 하도록 함으로써 위법 부당한 조세행정활동으로부터 납세자의 권익을 보호하는데 그 취지가 있는바, 국세기본법 제51조 등에서 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액 중 과․오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하고 환급가산금을 가산하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있음에도 이는 항고소송의 대상이 될 수 없다는 대법원 판례의 입장을 취하여 조세심판으로 다룰 수 없도록 하는 것은 국세 등의 환급과 관련하여 국가에게 의무를 부여하고 있는 위 국세기본법 관련 규정이 국가에게 재량을 허용한 것처럼 해석될 소지가 있어 불합리하므로, 국세환급금의 결정 또는 거부처분은 본안심리의 대상으로 보아 심리하여야 하는 것(국심 1992서209, 1993.3.4. 같은 뜻임)으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 발행한 쟁점세금계산서 및 청구인이 부가가치세를 신고․납부한 것을 진정한 것이라고 믿고서 거래상대방에게 매입세액을 공제하여 준 처분청의 신뢰는 합법성의 원칙을 희생시켜서라도 보호받아야 할 필요성이 인정된다고 할 것이므로, 신의성실의 원칙상 청구인의 부가가치세 환급청구는 받아들일 수 없다는 의견이다. 그러나 처분청은 청구인에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행된 사실을 확인하고 쟁점세금계산서와 관련된 청구인의 2014년 제1기부터 2015년 제2기 부가가치세 매출세액을 전액 감액경정한 점, 부가가치세의 부과대상은 재화 또는 용역의 공급이므로 재화 또는 용역의 공급 없이 발급하는 세금계산서의 경우에는 당초부터 부가가치세 납세의무가 성립하지 아니하는 점, 국세기본법제51조 제1항은 “세무서장은 납세의무자가 국세 등으로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액 또는 초과하여 납부한 금액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.”고 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 청구인에게 환급하지 아니한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.