청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트가 조합원입주권 상태였는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 부부인 청구인들은 2009.7.20. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 공동으로 취득(각 2분의1 지분)하고, 2019.12.20. 쟁점아파트의 재건축(2016.8.31. 사용승인)으로 분양받은 OOO(이하 “분양아파트”라 한다)를 양도한 후 쟁점아파트를 10년간 장기보유한 것으로 보아 ‘1세대 1주택 양도에 대한 장기보유특별공제’의 공제율을 80%로 적용하여 2020.2.3. 처분청에 관련 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 이에 대해 검토한 결과, 쟁점아파트의 주택재건축정비사업은 2005.5.16. 사업시행인가를 받아 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었으므로 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 분양아파트의 사용승인일인 2016.8.31.부터 양도일인 2019.12.20.까지로 보아 청구인들에게 수정신고를 권고하였고, 청구인들은 2020.4.17. 처분청에 관련 양도소득세를 수정신고ㆍ납부하였다.
• 다. 이후 청구인들은 쟁점아파트의 조합원입주권 전환시기는 사업시행인가 시점(2005.5.16.)이 아닌 관리처분계획인가 시점(2013.11.18.)이라고 주장하며 2020.4.20. 처분청에 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(각 OOO원)을 환 급해 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.23. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2020.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트는 관리처분계획인가를 받지 못하여 주택상태였으므로 처분청에서 청구인들이 쟁점아파트를 조합원입주권 상태로 취득한 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (1) 청구인들이 2009년에 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트는 2005년에 사업시행인가를 받았으나 관리처분계획인가를 받지 않은 상태였다. 따라서 쟁점아파트는 조합원입주권 상태가 아니었고 청구인들도 입주권이 아닌 주택을 취득한 것이다. 소득세법제95조 제2항은 ‘ 장기보유 특별공제액’이란 같은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 같은 법 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계 산한 금액을 말한다고 규정하고 있는바, 청구인들은 소득세법제95조 제2항에 따라 쟁점 아파트를 주택인 상태로 3년 이상 보유하였고, 청구인들이 양도한 것은 조합원입주권이 아닌 주택이었으므로 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 것은 법적 근거가 없는 처분이다.

(2) 처분청은 도시 및 환경주거정비법(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따른 사업시행인가가 동시에 관리처분인가에도 해당하므로 사업시행인가일인 2005.5.16.에 쟁점아파트가 조합원입주권으로 전환되었다는 의견이나, 도시정비법은 2002.12.30. 제정된 이래 주택재건축사업과 관련하여, 사업시행인가 절차와 관리처분계획인가 절차를 별도로 두고 있으며, 이 건 관련 재건축사업 역시 도시정비법에 따른 재건축사업으로서 사업시행인가일과 관리처분계획인가일이 별도로 존재하는 것이 명백하다. 그럼에도 처분청은 아무런 근거 없이 도시정비법에 따른 2005.5.16.자 사업시행인가가 동시에 관리처분계획인가에도 해당한다는 이유로 처분이 적법하다고 주장하고 있는바, 이는 도시정비법의 체계에 정면으로 반하며, 아무런 법적 근거가 없는 주장이다.

(3) 아울러, 처분청에서 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환되었다며 근거로 제시한 소득세법 시행령제155조 제16항은 조합원이 특정한 조건(주택재건축사업의 경우 사업시행인가일 현재 기존주택을 소유하고 있는 자) 하에 보유중인 조합원입주권을 양도할 경우 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택으로 간주하는 규정일 뿐 ‘종전주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기’에 관한 일반적인 규정이 아니다. 따라서 해당 규정에 따라 주택재건축사업에서의 종전주택이 조합원입주권으로 전환 되는 시기를 ‘도시정비법에 의한 사업시행인가일’로 보는 것은 부당하다. 처분청이 인용한 소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호)에서도 “이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다”고 하여, ‘1세대 1주택 특례적용 여부 판단’ 및 ‘양도차익의 산정’에 관하여만 종전의 규정에 의한다고 규정할 뿐이며, 이를 개정 전 시행령 제155조 또는 제166조에 의해 종전주택이 조합원입주권으로 전환되는 시기를 일반적으로 판단해야 한다는 취지의 규정이 아니다.

• 나. 처분청 의견 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트는 이미 사업시행인가를 받아 조합원입주권으로 전환된 상태였으므로 청구인들이 쟁점아파트를 조합원입주권 상태로 취득한 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(1) 청구인들은 쟁점아파트가 취득 당시에 도시정비법에 따른 관리처분계획인가를 받지 않아 조합원입주권이 아닌 주택상태였다고 주장하나, 쟁점아파트는 2005.5.19. 사업시행인가가 고시되었고 소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호)에서는 “이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있으며, 쟁점아파트는 구 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)제155조 제16항에 따라 도시정비법에 따른 사업시행인가를 받았으므로 청구인들이 쟁점아파트 취득시 쟁점아파트는 조합원입주권 상태였다고 보아야 한다.

(2) 청구인들은 이 건 경정청구시 최초의 사업시행인가(2005.5.16.)는 무효이고 사업시행변경인가(OOO구 고시 제2013-100호, 2013.8.26.)에 따른 관리처분계획인가(2013.11.18.)를 최초의 관리처분인가로 주장하나, 해당 사업시행변경인가에는 “우리 구로부터 2005.5.16. 사업시행인가를 득한 OOO 주택재건축정비사업과 관련하여 조합으로부터 사업시행(변경)인가 신청이 있어 도시정비법 제28조 제1항 의 규정에 의거 인가한다”는 문구가 있으므로 최초의 사업시행인가(2005.5.16.)는 유효한 사업시행인가이다.

(3) 아울러 쟁점아파트 관련 OOO 주택재건축정비사업 공사완료고시(OOO구 고시 제2016-84호)에서도 “OOO구고시 제2005-47호(2005.5.19)로 사업시행인가 고시된 재건축조합의 공사완료를 고시한다”는 내용이 명시되어 있으므로 최초의 사업시행인가(2005.5.16.)는 유효한 사업시행인가이고 위 고시에서는 사업기간을 2005년 5월부터 2016년 8월까지로 명시하고 있다.

(4) 따라서 청구인들이 쟁점아파트 취득시 쟁점아파트는 관리처분계획인가를 받지 못하였으므로 조합원입주권이 아니라는 청구인들의 주장은 이유가 없어 소득세법제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제액은 분양아파트의 사용승인일인 2016.8.31.부터 2019.12.20.까지를 보유기간으로 하여 산출하여야 한다.

• 가. 쟁점 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시 쟁점아파트가 조합원입주권 상태였는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점아파트의 매매계약서와 부동산등기부등본에 의하면, 청구인들은 2009.6.15. 매도인 AAA로부터 쟁점아파트를 OOO원에 매수하는 계약을 체결하여 2009.7.20. 소유권이전등기를 경료하였고, 2012.9.17. OOO재건축주택조합에 쟁점아파트 지분전부를 신탁한 것으로 나타난다. (나) 분양아파트의 매매계약서에 의하면, 청구인들은 2019.10.30. 매도인 BBB에게 분양아파트를 OOO원에 매도하는 계약(잔금일 2019.12.20.)을 체결한 것으로 나타난다. (다) 쟁점아파트의 재건축사업 진행과정은 아래 OOO과 같다. (라) 청구인들은 이 건 경정청구시 최초 관리처분계획인가일(2010.8.24.)이 아닌, 1차 사업시행변경인가일(2013.8.23.)에 따른 1차 관리처분계획변경인가일(2013.11.18.)을 조합원입주권 전환의 기산점으로 하여 보유기간을 산정하고 이에 따라 계산한 세액으로 경정을 청구한 것으로 나타난다. (마) 쟁점아파트의 최초 사업시행인가고시(OOO구고시 제2005-47호, 2005.5.19.)에 의하면, 쟁점아파트의 재건축정비사업인가일은 2005.5.16.이고, 정비사업 명칭은 ‘OOO 주택재건축정비사업’이며, 사업내용은 OOO에 지상 20〜30층 아파트 16개동 및 부대시설을 건축한다는 내용이 나타난다. (바) 쟁점아파트의 1차 관리처분계획변경인가고시(OOO구고시 제2013-100호, 2013.8.26.)에 의하면, 쟁점아파트의 최초 사업시행인가(2005.5.16.)와 관련하여 조합으로부터 사업시행변경인가 신청(변경사유: 특별건축구역지정 및 법적상한용적률 확정에 따른 건축계획 변경)이 있어 인가하고 고시한다는 내용이 나타난다. (사) 쟁점아파트의 주택재건축정비사업공사완료고시(OOO구고시 제2016-84호, 2016.9.1.)에 의하면, 쟁점아파트의 최초 사업시행인가(2005.5.16.)로 고시된 주택재건축정비사업이 준공(준공인가일 2016.8.30.)되어 고시한다는 내용이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인들은 쟁점아파트가 취득 당시 관리처분계획인가를 받지 못하여 주택상태였으므로 처분청에서 청구인들이 쟁점아파트를 조합원입주권 상태로 취득한 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 구 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것)제155조 제16항에서는 조합원입주권의 전환기준을 주택재개발사업은 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업은 사업시행인가일로 구분하고 있다가 이후 개정된 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것)제155조 제16항에서 주택재개발사업과 주택재건축사업의 구분 없이 관리처분계획의 인가일로 통일된 점, OOO구고시(제2005-47호, 2005.5.19.)에서 쟁점아파트는 2005.5.16. 도시정비법에 따른 사업시행인가를 받은 것으로 확인되고, 소득세법 시행령부칙(2005.5.31. 제18850호)에서 “이 영 시행 전에 도시정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청에서 청구인들이 쟁점아파트를 취득할 당시에 쟁점아파트는 주택이 아닌 조합원입주권으로 전환된 상태였다고 보아 장기보유특별공제가 적용되는 보유기간을 분양아파트의 사용승인일인 2016.8.31.부터 양도일인 2019.12.20.까지로 하여 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지>

(1) 소득세법 제95조【양도소득금액】② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) 제155조【1세대1주택의 특례】⑯도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. (3) 소득세법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) 제155조【1세대1주택의 특례】⑯도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 부 칙 <대통령령 제18850호, 2005.5.31.>

④ 【주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치】이 영 시행 전에 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. (4) 소득세법 시행령(2018.2.9. 대통령령 제28627호로 개정된 것) 제166조【양도차익의 산정】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

• 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
• 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간