청구법인이 투자한 쟁점파렛트가 쟁점세액공제 대상에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1985.11.1. OOO에서 설립되어 파렛트 등 물류기기의 임대업을 영위하다가, 2017.9.1. 물류사업부문을 인적분할하여 현재는 무형자산(상표권) 및 부동산 임대업을 영위하고 있다.
• 나. 청구법인은 2009년부터 2016년까지 취득한 사업용 자산 파렛트비용과 관련하여,조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제25조 및 제26조에 따른 투자세액공제를 적용받지 못하였다는 이유로, 2020. 3.31. 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였다. <표1> 경정청구 내역(2014〜2017사업연도 법인세 신고분) (단위: 원)

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• 다. 처분청은 2020.6.1. 청구법인의 경정청구 중 ① 규격형 파렛트 취득분에 대한 안전설비투자세액공제는 세액공제대상으로 인정하여 환급결정하였으나, ② 비규격형 파렛트(이하 “쟁점파렛트”라 한다) 취득분에 대한 고용창출투자세액공제(구 임시투자세액공제, 이하 “쟁점세액공제”라 한다)는 쟁점파렛트 취득이 수도권과밀억제권역(이하 “수 도권”이라 한다) 밖의 투자에 해당하지 아니한다고 보아 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 2008년 말에 개정된 조특법 규정의 법문언과 그 입법취지에 비추어, 쟁점파렛트의 투자지역은 사업을 주관하는 장소인 사업장(본점) 소재지가 아니라 자산의 실제 소재지(통상 사용되는 장소)로 판단하여야 한다. 2008년 말 조특법 제130조 및 동법 시행령 제23조가 개정되면서, 종전에 ‘사업장 소재지’를 기준으로 쟁점세액공제의 적용을 배제하던 것이 ‘사업용 자산의 소재지’를 기준으로 그 공제율을 수도권 안과 밖으로 차등적용하는 것으로 변경되었다. 또한 2008년 개정세법 해설에 따르더라도 기업투자활성화를 적극 유도하기 위하여 ‘사업장 소재지’와는 무관하게 ‘그 자산의 소재지’를 기준으로 쟁점세액공제를 적용할 수 있게 변경된 것으로 확인된다. 처분청은 2008년 개정세법 해설에서 전기통신사업자가 설치한 전기통신설비의 경우 ‘당해 설비가 소재하는 곳’을 기준으로 수도권 투자여부를 판단하도록 한 사례는, ‘이동성이 없는 자산’에 대한 투자장소 판단 사례로서 모든 자산에 대해 자산소재지 기준을 일률적으로 적용할 수는 없고, ‘이동성이 있는 자산’의 경우에는 투자장소가 명확한 자산에 한하여 자산소재지 기준을 적용하고 그러하지 않는 자산에 대해서는 사업장 장소인 사업장(본점) 소재지 기준으로 투자장소를 판단하여야 한다는 의견이다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장·유추해석하는 것은 허용되지 않는바, ‘이동 가능성’ 여부에 따라 법령상 근거 없이 자의적으로 사업장 기준을 적용하여야 한다는 처분청 의견은 타당하지 아니하고, 대상 자산의 실질적인 사용 장소(즉, 통상 사용되는 장소)를 확인하여 ‘자산의 소재지’를 판단하고 해당 법률을 적용하는 것이 개정 후 법문언 및 취지에 부합하는 것이다.

(2) 쟁점파렛트는 통상적으로 수도권 밖에서 소재하고 있는 것으로 확인되고 있는바, 이는 쟁점세액공제 적용대상에 해당한다. 처분청은 쟁점파렛트의 경우 이동이 가능하므로 사용 장소가 수도권 밖과 안으로 명확하게 구분되지 않는다는 의견이나, 청구법인의 사업 형태상 쟁점파렛트는 대부분 수도권 밖에 소재한 청구법인의 물류창고 또는 거래처에서 사용되고, 일시적인 물류 이동을 위한 파렛트의 이동이 발생하는 경우 외주업체를 통하여 물류창고로 지체 없이 회수하고 있어, 거래처 적재물의 이동시간과 파렛트 회수시간을 제외하고는 청구법인의 물류센터 및 거래처에 소재할 수밖에 없다. 즉, 연도별로 청구법인이 투자한 쟁점파렛트의 최초 거래처별 출고량과 물류센터별 출고량을 기준으로 수도권 내·외를 구분한 결과, 약 95% 이상이 수도권 외에서 사용되고 있음이 확인되는 점에서도 쟁점세액공제대상에 해당함이 명백하다. 특히, 쟁점파렛트 중 컨테이너는 ① OOO와 OOO, ② OOO OOO와 OOO 사이에서만 사용되고 있으므로 수도권 밖 투자에 해당함이 분명하다.

(3) 처분청에서 제시하고 있는 대법원 판례는 개정 전 법률이 적용되는 사업연도를 대상으로 하거나, 실제 소재지가 수도권 내 위치하는 등 사실관계가 상이한 점에서 본건에 적용할 수 없다. 처분청이 제시한 판례의 경우 심리의 주요 투자대상이 2008년 말 조특법령이 개정되기 이전의 사업연도에 투자된 건설장비를 대상으로 하였기에 개정 전 법률에 따라 사업장 기준으로 판단하였다. 또한 동 판결은 대상 자산의 실제 소재지가 대부분 수도권 내에 위치하여 산업시설 및 기업활동 집중효과가 수도권 내에 존재한다고 판단한 사례인 점에서, 인적·물적시설이 대부분 수도권 밖에 집중되어 있는 본건에 직접 원용할 수 없다.

(4) 수도권 내 투자에 대한 조세감면 배제의 입법취지에 비추어 보아도, 투자자산이 통상적으로 사용되는 장소(실제 소재지)를 기준으로 수도권 내 투자여부를 판단하여야 한다. 쟁점파렛트의 투자지역 및 소재지는 수도권 밖인 청구법인의 물류창고 및 청구법인으로부터 파렛트를 임차하여 사용한 거래처에 해당하는데, 설령 해당 거래처의 제품 이동을 위해 파렛트가 수도권 내로 이동이 된다고 하더라도, 청구법인은 파렛트 관리업무를 위탁한 외주업체를 통하여 이동된 파렛트를 지체 없이 물류창고로 회수하고 있어 ‘일시적’인 이동만 발생하고 있다. 조특법 제130조의 입법취지는 수도권 안의 투자로 인하여 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하는데 있다. 이러한 취지를 고려하여 조세심판원에서는 ① 이동가능성이 있는 해상건설장비가 일시적으로 해외에서 사용되더라도 통상적으로 수도권이 아닌 해상건설현장에서 사용된 사례와 ② 수도권이 아닌 지역 항구 또는 해외운송에서 사용되는 선박의 사례에서 모두 수도권 내 사업시설의 집중 등을 유발하지 않는다는 취지에서 ‘본점이 수도권임에도’ 자산이 통상적으로 사용되는 장소(실제 소재지)를 기준으로 판단하였다. 따라서 이 건의 경우 물류센터(수도권 밖 소재)를 기점으로 쟁점파렛트의 구매, 배송, 회수, 관리 활동 등이 이루어지고 있는 점에서 수도권 내 산업시설 및 기업활동의 집중효과가 없다고 할 것인바, 위 조특법 제130조 입법취지에 의할 때, 쟁점파렛트 투자지역은 수도권 밖에 해당하므로 쟁점세액공제대상으로 봄이 타당하다고 할 것이다.

(5) 추가주장 (가) 대법원 판결들은 건설기계 임대업에 대한 사례로서 본건과 매우 유사하므로 자산의 실소재지가 아닌, 영업활동을 실제로 수행한 본점 사업장(수도권)이 투자지역에 해당한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

1. 건설기계 임대업의 성격이 일정한 장소에 설치되어 고정되는 것이 아니라, 이동이 가능하다는 점에서 쟁점파렛트 역시 동일하다는 의견에 대하여 처분청에서 사업장 기준의 근거로 제시하고 있는 대법원 판결은 모두 건설기계의 과밀억제권역 내 투자 여부를 다툰 사례로서, 대법원은 “건설업ㆍ운수업에서 사용되는 건설기계나 자동차 등과 같은 기계류의 경우” 그 사업용 자산을 사용하기 위한 사업장이 과밀억제권역 안에 소재하는 경우를 의미한다고 판결하고 있다. 해당 대법원 판결은 대부분 2008년 말에 과밀억제권역 투자 여부를 사용지 기준으로 개정하기 전의 사례일 뿐만 아니라 해당 판결에서 언급하고 있는 “건설기계나 자동차 등과 같은 기계류”라 함은 일반적인 사업용 자산(조특법 시행규칙」제3조)을 모두 통칭하는 것이 아니라 건설업을 영위하는 법인에 대해서만 예외적으로 투자세액공제를 허용하는 불도저, 지게차 등의 기계장비(지방세법 시행규칙제3조)와 같은 차량운반구 성격의 자산만을 의미하는 것이고, 이는 해당 판결에서 쟁점이 되었던 건설업체의 건설기계 외에 운수업만을 특정하면서 자동차까지만을 추가로 판시하고 있음에서도 확인할 수 있다. 이러한 대법원 판결의 취지는, 행정해석례에서 건설기계와 같은 차량운반구 성격이 아닌 자산들에 대해서 사업장 기준이 아닌 소재지 기준으로 해석하고 있음에서도 확인할 수 있다. 따라서, 설령 투자한 자산이 이동 가능한 자산인지 여부에 따라 사업장 기준을 적용할지 또는 소재지 기준을 적용할지 판단해야 한다는 처분청 의견이 타당하다고 가정하더라도, 이 때 이동 가능한 자산이라 함은 “건설기계나 자동차 등과 같은 기계류” 즉, 바퀴나 원동기 등이 달려 있어 해당 자산 자체로 이동이 가능하고 이동을 해야만 사업에 공하는 차량운반구 성격의 자산으로 한정하는 것이 대법원 판결에 부합하는 것이다.

2. 쟁점대법원판결에서 자산이 어디에 소재하고 있는지 여부를 따져 판단한 것은 아니라는 의견에 대하여 쟁점대법원판결에서는 조특법 개정 이후인 2009년이 해당 사업연도(2007년∼2009년)에 포함되어 있었으나, 건설기계의 3분의2 이상이 수도권 내 현장에 설치되어 있어 2009년만을 별도로 자산 소재지 기준으로 주장하는 것이 오히려 불리하여 납세자가 수도권 외에 위치한 본점사업장 기준으로 주장한 특별한 사정이 존재한다. 즉, 법원에서 원고의 건설기계가 현재 어느 장소에 소재하고 있는지, 수도권 안에 얼마의 비율이 소재하고 있는지 등에 대한 사실관계를 구체적으로 언급하지 않았던 사유는 납세자가 자신에게 불리한 해당 사실관계를 인지하고 사업장 실소재지가 아닌 본점 사업장을 투자지역이라고 주장하여 사건의 쟁점을 어떤 사업장이 주된 사업활동을 수행한 사업장인지 여부로 가져갔기 때문이며, 해당 조특법이 개정된 2009년 이후에는 자산의 실소재지로 투자지역을 판단하는 것이 관련 법령 및 개정세법 해설, 전심례 등에서 명백하게 확인되고 있다.

3. 청구법인의 물류창고 내에 소재한 쟁점파렛트는 대여되기 이전의 것으로서 “파렛트 임대업에 직접 사용되지 않는 것”이므로 청구법인의 물류창고 소재지를 투자지역으로 볼 수 없다는 의견에 대하여 쟁점대법원판결에서 쟁점이 된 대기상태의 건설 기계는 계속적으로 영업활동에 사용되고 있지 아니한 운휴자산에 해당함이 명백하기 때문에 해당 기계가 소재하는 소재지를 투자지역으로 볼 수 없다고 판단한 것인 반면, 본건 쟁점파렛트는 기본적으로 거래처로 출고되어 파렛트 임대업에 사용되고 있고 일시적으로 이동이 발생하는 경우 지체없이 주변의 청구법인 물류창고로 회수 및 관리되고 있다가 바로 거래처로 다시 출고되는 영업 형태를 띠고 있는바, 쟁점파렛트의 투자지역은 청구법인의 물류창고 소재지가 아니라 청구법인의 거래처 소재지(거래처의 공장이나 창고 등으로서 수도권 외)로서 해당 지역에서 파렛트 임대업에 사용되고 있음(즉, 쟁점파렛트가 거래처 소재지에 있는 경우 파렛트 임대매출이 지속적으로 발생)이 명백하다. (나) 조세심판원 선결정례에서 “일정한 장소에 설치되어 고정된 것이 아닌 사업용 자산의 경우, 그 소재지를 투자지역으로 판단하기 위해서는 ① 해당 사업용 자산의 성격이 수도권 안으로 이동되어 사용될 ‘가능성’이 없고, ② 수도권 안에서 사용된 실적, 매출이 없는 경우에 해당하여야 한다.”고 보았다는 처분청 의견은 사실과 다르다.

1. 해당 사업용 자산의 성격이 수도권 안으로 이동되어 사용될 ‘가능성’이 없어야 한다는 의견에 대하여 2009년 조특법 개정 당시, 기획재정부 개정세법 해설 사례에서 언급하고 있는 ‘전기통신설비’의 경우 얼마든지 이동 설치가 가능한 자산으로서, 소재지를 투자지역으로 판단하기 위해서는 수도권 안으로 이동되어 사용될 ‘가능성’이 없어야 함을 요건으로 한다는 처분청의 의견은 법률적 근거가 전혀 없는 자의적인 해석에 불과하다. 또한, 이동이 가능한 해상구조물설비를 국외(투자세액공제 제외지역)와 국내에서 모두 사용한 것으로 확인된 건에 대하여 통상 사용되는 장소 기준으로 세액공제 대상이라고 판단한 조세심판원 선결정례와도 전혀 상반되는 주장으로 타당하지 않다. 처분청은 쟁점파렛트는 수도권 밖에 설치되어 고정되는 것이 아니라, ‘임대차계약의 상대방 및 내용에 따라’ 언제든지 수도권 안으로 이동되어 사업에 사용될 가능성을 가지고 있기 때문에 실제 소재지를 투자지역으로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나 현행 조특법령에서는 투자세액공제를 적용함에 있어 2이상의 사업에 공통으로 사용되는 자산은 해당 자산의 사용시간,ᆞ 사용정도를 비교하여 그 사용비율이 큰 사업의 사업용자산으로 보도록 하는 규정을 두고 있고(조특법 시행령 제23조 제6항, 조특법 시행규칙 제4조), 유권해석 또한 2이상의 업종에 공통으로 사용되는 투자자산은 그 주된 사용 용도에 따라 공제대상 업종을 판정하도록 해석하고 있다. 이는 경제적 실질 관점에서 자산의 주된 사용 현황에 따라 투자세액공제를 적용하기 위한 취지로 이해될 수 있는바, 쟁점파렛트의 ‘이동가능성’을 기준으로 판단할 것이 아니라 쟁점파렛트 전체 투자금액에 대하여 통상적으로 사용되는 장소 기준으로 투자세액공제 대상 여부를 판단하는 것이 다수 조세심판원 선결정례의 결정 취지에도 부합한다.

2. 사업용 자산과 관련하여 수도권 안에서 사용된 실적이나 매출이 없는 경우여야 한다는 의견에 대하여 조세심판원 결정례에서도 수도권 내에만 본점 사업장이 있어 매출발생 및 주요 임직원이 모두 본점에 소재함에도 불구하고 자산의 실제 소재지 기준으로 판단하였고, 투자세액공제 대상이 아닌 지역(국외 등)에서 일시적으로 사용하더라도 ‘통상적으로 사용되는 장소 기준’으로 판단하였던 점에서 처분청의 의견은 타당하지 않다. 따라서, 수도권 안에서 실적이나 매출이 발생하였는지 여부와 무관하게, 자산이 실제 소재하는 장소(통상적으로 사용되는 장소)를 기준으로 투자지역을 판단하여야 하고, 이것이 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고자 제정된 본 법률의 취지에 부합하는 것이다. (다) 청구법인의 수도권 안에 소재한 거래처와의 임대계약을 통한 매출액이 전체 파렛트 임대매출액의 30∼40%를 차지하고 있는 점에서, 쟁점파렛트의 상당 부분이 수도권 안에서 청구법인의 사업(파렛트 임대업)에 사용된다는 처분청의 의견은 사실과 전혀 다르다. 처분청은 청구법인의 매출세금계산서합계표에 기재된 거래처(파렛트 임대매출처)의 사업장 소재지를 기준으로 수도권 안/밖으로 분류한 후, 쟁점파렛트의 임대매출 중 30% 이상이 수도권 안에서 이루어진다고 주장하고 있다. 하지만, 처분청이 사용한 데이터를 분석한 결과, 이는 사실과 전혀 다름을 확인할 수 있다. 쟁점파렛트 임대매출이 발생한 거래처의 본점은 수도권 안에 소재한 것이 확인되나, 청구법인의 쟁점파렛트가 실제 이동한 장소는 대부분 수도권 밖이라는 사실이 쟁점파렛트 소재지를 관리하는 전산을 통해 확인되고 있다. 이러한 사실은 거래처가 사업자단위과세를 적용받아 본점사업장으로 일괄 세금계산서를 교부받고 신고하는 경우에 해당하거나 본점에서 세금계산서를 교부받았으나 거래처의 공장이나 창고가 수도권 밖에 위치하여 쟁점파렛트의 실질적인 이동은 수도권 밖으로 이루어진 경우 등에 해당되는 것으로 명확하게 확인된다. 즉, 쟁점파렛트의 이동처가 수도권 안이 아님에도, 거래처의 본점 소재지가 수도권 안에 위치한다는 사실만으로, 청구법인의 임대매출의 상당부분이 수도권 안에서 이루어지고 있다는 주장은 구체적 사실관계를 파악하지 않은 데에 따른 판단으로서 사실과 다르다. 2017사업연도 매출세금계산서 합계표 중, 처분청이 ‘수도권 안’이라고 분류한 공급가액 OOO원을 모집단으로 하여 분석한 결과, 이 중에서 수도권 밖 지역으로 임대(이동)한 파렛트의 비중(공급수량 기준)이 무려 OOO%에 달하고, 여기에 처분청이 ‘수도권 밖’으로 분류한 매출액을 추가로 고려할 경우, 2017년 청구법인의 전체 파렛트 임대 매출액 중 수도권 밖으로 임대되는 파렛트의 비중이 약 OOO%를 상회하는바, 쟁점파렛트의 상당부분은 수도권 밖에서 청구법인의 사업에 사용되는 것으로 봄이 명백하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점파렛트의 투자지역은 2008년 12월 개정된 조특법 문언 및 입법취지에 따라 자산의 실제 소재지인 물류센터가 아닌 사업을 주관하는 장소인 사업장(본점) 소재지로 판단하여야 한다. 청구법인은 수도권 안에 사업장을 둔 법인으로서, 2009.1.1. 이후 사업용자산을 새로이 취득하는 경우에는 조특법 제130조 및 제26조, 동법 시행령 제23조에 따라 쟁점세액공제대상에 해당하지 않는다. 2008년 12월 개정된 조특법 제130조는 수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제 조항 중 제26조를 삭제하는 대신, 투자자산의 투자지역을 기준으로 쟁점세액공제대상 여부를 판단하도록 조특법 시행령 제23조를 개정하였다. 즉 조특법 제130조와 동법 시행령 제23조의 개정 취지는 기업의 투자활성화를 유도하기 위해 수도권 안에 사업장을 둔 법인이 수도권 안에 투자하는 경우에는 조세감면을 배제하고, 수도권 밖에 투자하는 경우에만 세액공제를 허용하겠다는 의미로 판단된다.

(2) 2009.1.1. 이후 사업용자산의 투자지역 판단 시 ① 투자자산이 이동가능성이 없어 사용되는 장소의 구분이 명확한 경우에는 그 사용장소를 기준으로, ② 투자자산이 이동이 가능하여 사용되는 장소의 구분이 명확하지 않은 경우에는 업무를 총괄하는 장소(본점)를 기준으로 판단하여야 한다. 2008년 12월 개정된 조특법 시행령 제23조는 쟁점세액공제대상을 “수도권 밖에 있는 사업용 자산에 대한 투자”라고 규정하고 있는바, 이를 문리해석하면 투자의 대상이 되는 사업용 자산이 수도권 밖에 소재하는 경우에만 공제대상으로 한다는 의미이다. 이러한 해석에 따를 경우, 투자한 사업용 자산이 창고, 하치장과 같이 투자한 장소에 고정되어 있어 이동이 불가능한 경우에는 투자자산의 소재지를 기준으로 투자 장소를 판단함에 문제가 없으나, 건설중기, 기계장치, 파렛트와 같이 이동이 가능한 자산은 투자 장소를 확정할 수 없으므로 투자자산이 소재한 장소를 기준으로 투자 장소를 결정하는 것은 합리적이지 않다.

(3) 청구법인이 투자지역 판단기준으로 제시한 사례는 이동성이 없는 자산에 대한 것으로서 본건에 원용될 수 없다. 청구법인은 2008년 12월 조특법 개정 시 예시된 전기통신설비 사례가 사업장 소재지와 무관하게 해당 사업용 자산의 소재지를 기준으로 판단하도록 변경되었음을 명확하게 보여주는 예시라고 주장한다. 그러나 전기통신설비와 같이 한번 설치되면 같은 장소에 고정되어 있는 경우에 대해 기존의 해석 및 판례는 일관되게 자산이 소재하는 장소를 기준으로 투자 장소를 판단하여 왔는바, 해당 예시사례는 투자자산이 일정 시점에 어디에 소재하는지를 기준으로 투자 장소를 판단하도록 변경한 것으로 보기 어렵고 오히려 설치에 의해 해당 장소에 고정되는 자산이나 이동성 있는 자산 중 선박과 같이 사용되는 장소가 명확한 자산에 대해서는 자산이 소재한 장소를 투자 장소로 할 수 있음을 명확히 한 것으로 봄이 타당하다. (4) ‘사업용 투자자산의 이동성’의 의미는 건설기계나 자동차 등과 같이 자산 자체에 바퀴나 원동기가 달려 있어 해당 자산 자체로 이동이 가능한 것 이외에 일정 장소에 고정·설치되지 않고 사용되는 것을 의미하는 것으로 해석함이 타당하다. 건설기계 대여업의 경우, 영업활동을 실제수행(업무총괄)한 사업장이 기준 사업장이 되는 것이고, 매출현황, 업무편성, 조직구조 등에 비추어 실질적으로 주요한 부분을 수행하는 사업장이 이에 해당한다. 화물운송주선업에서 사용되는 컨테이너와 같은 고정자산의 경우, 컨테이너가 주로 수도권 밖에 있는 부산항 내지 해외에서 사용된다 하더라도 그 업무를 주관하는 사업장을 기준으로 투자지역을 판단하여야 하고, 선박의 경우에는 보유선박이 주로 해외운송이나 부산항에서 사용되므로 사업용 자산이 사용되는 장소를 기준으로 판단하였다). 또한 국세청 유권해석에도 ‘ 사업용자산의 이동성’ 여부에 따라, 이동성이 없는 자산(창고, 하치장, 전기통신설비)은 투자한 고정자산의 소재지를 기준으로 투자 장소를 판단하고, 이동성이 있는 자산(건설장비, 준설선)은 사업을 주관하는 장소 또는 업무를 총괄하는 장소를 기준으로 투자지역을 판단하도록 하였다. 결국 대법원 판례, 조세심판원 결정례, 국세청 유권해석 등을 종합하면, 이동성이 있는 자산으로서 투자지역이 명확하게 구분되는 경우(수도권 안에서 사용될 여지가 없고 수도권 밖에서만 사용가능한 전기통신설비, 선박 등)에는 ‘투자자산의 소재지’를 기준으로 판단하고, 투자지역이 명확하게 구분되지 않는 경우(이동 가능하여 일정 장소에 고정되지 않는 자산, 컨테이너, 건설장비, 타워크레인 등)에는 사업을 주관하면서 일체의 기업활동을 수행하는 ‘사업장 소재지(본점)’를 기준으로 판단함이 타당하다. <표2> 관련 대법원 판례, 조세심판원 결정례, 국세청 유권해석

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(5) 위 (4)에 따르면, 쟁점파렛트에 대한 투자지역은 청구법인의 사업장(본점)인 수도권으로 보아야 한다. 청구법인의 경우 수익창출을 위한 일체의 업무를 주관하는 장소인 ‘본점’에서는 임직원 모두가 근무하며 인사업무, 회계업무, 매출이 발생하기 위한 영업활동, 파렛트 입출고·보관관리 등 물류센터에 대한 통제활동 등 모든 기업활동이 이루어지고 있다. 반면, 청구법인이 투자지역으로 주장하는 ‘물류센터’는 위탁관리용역계약에 따라 청구법인의 자회사인 BBB 주식회사(이하 ‘자회사“라 한다)에서 운영 중인바, 동 센터는 청구법인이 운영하는부가가치세법상 사업장이 아니고 쟁점파렛트의 이동을 위한 일시적인 장소로 이용되므로 투자지역으로 볼 수 없다. 쟁점세액공제는 청구법인의 사업에 사용하는 자산에 대한 투자세액공제를 적용하는 것이므로 청구법인이 아닌 거래처(매출처)의 소재지를 기준으로 판단하는 것은 타당하지 않다. 청구법인의 경우 모든 인적자원 및 기업활동이 수도권에 집중되어 있는바, 청구법인에게 쟁점세액공제를 허용하는 것은 조특법 제130조 및 동법 시행령 제23조의 개정 취지에도 부합되지 않는다.

(6) 추가의견 (가) 이미 대법원과 조세심판원은 본건과 같은 쟁점에 대해, 해당 사업용 자산을 통한 영업활동을 실제로 수행하는 장소(본사 등)를 기준으로 투자지역을 판단하고 있는바, 본건의 경우 다음과 같은 이유로 영업활동을 실제로 수행한 본사가 투자지역으로 판단되어야 한다.

1. 첫째, 쟁점대법원판결 사안은 건설기계 임대업이 문제되었던 사안으로서, ① 해당 사업이 ‘임대업’이라는 점, ② 사업용 자산의 성격이 일정한 장소에 설치되어 고정되는 것이 아니라, 이동이 가능하다는 점에 비추어, 파렛트 임대업이 문제된 본건과 매우 유사하다.

2. 둘째, 쟁점대법원판결에 따르면, 건설기계의 보관 및 정비를 위한 시설인 주기장 내의 건설기계는 대여되기 이전에 보관 또는 정비 중인 운휴 상태의 것으로서, 당해 사업에 직접 사용되는 것이 아니므로, 영업활동에 실제로 활용되지 않은 채 대기 중인 건설기계가 위치한 사업장을 임시투자세액공제 대상 여부를 판단하는 기준으로 삼는 것은 타당하지 않다고 판단하고 있다. 그런데, 본건에서도 마찬가지로 쟁점파렛트의 보관 및 정비를 위한 시설인 물류창고에 소재한 파렛트는 대여되기 이전의 것으로서 파렛트 임대업에 ‘직접 사용되지 않는 것’이므로, 물류창고가 수도권 밖에 위치하고 있다고 하더라도, 그 소재지를 투자지역으로 볼 수 없다. 더욱이 청구법인의 물류창고는 별도의 지점으로 설치하여 운영하고 있는 것도 아니고, 물류창고에서 별도의 매출이 발생한 사실도 없다.

3. 셋째, 법원은 매출현황, 업무편성, 조직구조 등을 고려하여 투자지역을 판단하여야 한다고 판시하였는바, 본건의 경우 ① 청구법인의 대부분의 인력인 약 OOO명 정도가 수도권 안에 위치한 본사에서 근무하고 있다는 점, ② 회사를 운영하는 주요 임원이나 간부 및 직원들의 근무 장소 역시 본사라는 점, ③ 물류창고의 보관 및 관리 업무 역시 본사의 지시 하에 이루어진다는 점, ④ 파렛트 임대차계약 및 구매계약은 모두 본사 명의로 이루어진다는 점, ⑤ 매출세금계산서 역시 OOO% 본사 명의로 발행된다는 점 등을 고려할 때, 청구법인이 파렛트 ‘임대업’을 영위하고 있는 주된 장소 즉, 실제 영업활동과 이에 따른 매출이 주로 발생하는 등 사업의 실질적이고 주요한 부분을 수행하고 있는 곳인 본사를 투자지역이라고 보는 것이 타당하다. (나) 쟁점대법원판결과 관련된 청구법인 주장에 대한 반박

1. 사업연도가 상이하다는 주장에 대하여 청구법인은 쟁점대법원판결 사안의 경우 사업연도가 2007년부터 2009년으로서, 조특법의 개정에 따라 (개정 전 사업연도인) 2007년 및 2008년과 (개정 후 사업연도인) 2009사업연도에 적용되는 임시투자세액공제에 관한 예외 조항이 상이함에도 불구하고, 법원이 이를 구분하여 판단하지 않았으므로, 사업연도가 2009년부터인 본 사안에 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 이는 타당하지 않다. 앞서 ‘대법원의 판단 내용’에서 확인되는 바와 같이, 법원은 분명하게 2007년 및 2008년과 2009년 사업연도를 구분하여 관계법령의 규정을 확인한 후, 해당 사건의 쟁점을 ‘이 사건 투자가 임시투자세액공제의 배제 또는 축소사유에 해당하는지 여부’로 판단하였고, 그에 따라 위와 같은 판결을 내리고 있다. 따라서 쟁점대법원판결은 사업연도가 개정 후 사업연도인 2009년부터인 본건에 직접 적용될 수 있는 사안이다.

2. 주요 판단 근거가 다르다는 주장에 대하여 청구법인은 본건의 경우 개정 후 조특법 제26조 및 같은 법 시행령 제23조가 적용되어야 하는 것인데, 쟁점대법원판결 사안의 경우 개정 전 조특법 제130조를 주요 판단 근거로 하여 결론을 내린 것이므로, 본건에 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 타당하지 않다. 우선 쟁점대법원판결 사안에서 법원은 개정 전 조특법 제130조를 주요 판단 근거로 삼고 있지 않았다. 앞서 살펴본 바와 같이 법원은 2007년 및 2008년과 2009년 사업연도를 구분하여 관계법령의 규정을 확인한 후, 쟁점을 정리하고, 그러한 임시투자세액공제에 관한 예외 조항의 개정에도 불구하고, 결국 해당 조항의 입법 취지는 동일하다는 판단 하에 그 입법 취지를 주요 판단 근거로 삼아 위와 같은 판결을 내리고 있다. 따라서 쟁점대법원판결은 본건에도 직접 적용될 수 있는 사안이다.

3. 사업용 자산의 소재지에 관한 주장에 대하여 청구법인은 쟁점대법원판결 사안의 경우 사업용 자산인 건설기계의 2/3 이상이 수도권 안에 소재하는 반면, 본건의 경우 사업용 자산인 쟁점파렛트의 약 OOO%가 수도권 밖에 소재하므로, 본 건에 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 타당하지 않다. 우선 쟁점대법원판결의 판단 이유 중 어디에서도 법원은 원고의 건설기계가 현재 어느 장소에 소재하고 있는지, 수도권 안에 얼마의 비율이 소재하고 있는지 등에 대하여 전혀 판단하거나 판시한 바가 없다. 그리고 설령 그러한 점이 사실이라 하더라도, 실제 영업활동과 이에 따른 매출이 주로 발생하는 등 사업의 실질적이고 주요한 부분을 수행하고 있는 곳인 본사를 투자지역으로 본다는 쟁점대법원판결의 취지에 비추어 본다면, 위 사실관계가 법원의 결론에 영향을 미치지는 않았을 것이다. 이와 같이 청구법인의 주장은 지극히 주관적인 추측에 불과한 것인바, 법원의 판단에 전혀 영향을 미친 바가 없는 일부 사실관계의 상이를 이유로 쟁점대법원판결이 적용될 수 없다고 주장하는 것은 타당하지 않다. (다) 조세심판원 선결정례에서도 해당 사업용 자산의 성격을 고려하여 투자지역을 판단하고 있다. 조세심판원은 최근 해상화물운송업에 사용하기 위하여 선박을 취득한 사안에 대하여 투자지역을 판단함에 있어, “쟁점‘선박’은 ‘기계 장치’ 등과 다르게 청구법인의 본점이 소재한 수도권 안으로 이동되어 사용될 것을 상정하기 어렵다.”는 점을 고려하여 투자지역을 판단하였고, 건설업에 사용하기 위하여 해상구조물설비를 설치한 사안에 대하여 투자지역을 판단함에 있어, “쟁점설비는 상시 정박 장소가 해상이고, 자산의 구조와 형태 등으로 보아 청구법인의 사업장이 있는 수도권으로 이동할 수 없고, 청구법인은 쟁점 설비로 수도권에서 공사한 실적과 매출이 없다.”는 점을 고려하여 투자지역을 판단하였다. 조세심판원의 이와 같은 판단 기준에 따른다면, 일정한 장소에 설치되어 고정된 것이 아닌 사업용 자산의 경우, 그 소재지를 투자지역으로 판단하기 위해서는, ① 해당 사업용 자산의 성격이 수도권 안으로 이동되어 사용될 ‘가능성’이 없고, ② 수도권 안에서 사용된 실적이나 매출이 없는 경우에 해당하여야 한다. 그러나 청구법인이 파렛트 임대업에 사용하기 위하여 취득한 쟁점 파렛트는 그 자산의 성격상 일정한 장소에 설치되어 고정되는 것이 아니고, 임대차계약의 상대방 및 내용에 따라 언제든지 청구법인이 소재한 수도권 안으로 이동되어 사용될 수 있다. 뿐만 아니라, 청구법인의 파렛트 ‘임대업’을 통한 매출은 전부 수도권 안에 소재한 본사에서 발생하고, 심지어 전체 매출액의 OOO%는 수도권 안에 소재한 거래처와의 임대계약을 통하여 발생하고 있다. 따라서 조세심판원의 선결정례에 따른 판단 기준에 의하더라도, 본 건에 있어 투자지역은 영업활동을 실제로 수행한 사업장으로 판단하는 것이 타당하다고 할 것이다. (라) 기타 청구법인 주장에 대한 반박

1. 쟁점파렛트는 통상 수도권 밖에 소재하며 사용되므로 세액공제대상이 된다는 청구주장은 타당하지 않다. 위에서 살펴본 바와 같이, 사업용 자산이 일정한 장소에 설치되어 고정되는 것이 아닌 경우, 그 소재지를 투자지역으로 판단하기 위해서는 해당 사업용 자산의 성격이 ‘수도권 안’으로 이동되어 사업에 사용될 ‘가능성’이 사실상 없는 경우에 해당하여야 한다. 본건에서 쟁점파렛트는 수도권 밖에 설치되어 고정되는 것이 아니라, ‘임대차계약의 상대방 및 내용에 따라’ 언제든지 수도권 안으로 이동되어 사업에 사용될 가능성을 가지고 있다. 쟁점파렛트 임대차 계약서에서 확인되는 바와 같이, 쟁점파렛트는 ‘이용자가 지정한 장소’, ‘이용자의 구내 또는 유통장소’ 등에 따라 언제든지 수도권 안으로 이동될 수 있고, 계약서상 별도로 임차인의 이용 지역을 제한하는 규정도 없다. 한편, 만약 이러한 경우까지 임시투자세액공제를 허용하게 된다면, ① 하나의 사업용 자산인 파렛트의 취득에 대해 임대차계약의 내용에 따라, 한 과세연도 내에서 수도권 안에서 사용된 시기와 밖에서 사용된 시기가 분할되어 공제 여부가 나뉘는 결과가 초래될 수 있고, ② 한 과세연도 내에서 수도권 밖에서 사용된 사실이 인정되어 공제가 인정되었는데, 그 다음 과세연도부터는 수도권 안에서 사용될 수도 있게 되는바, 이러한 결과는 조세행정을 사실상 불가능하게 할 뿐만 아니라, 임시투자세액공제 조항의 입법취지에도 명백히 반하는 것이다. 대법원 판결과 조세심판원의 결정 역시 이러한 점을 고려하여, 일정한 장소에 설치되어 고정된 것이 아닌 사업용 자산의 경우, ① 수도권 안으로 이동되어 사용될 가능성이 사실상 없는 선박, 해상구조물설비에 대하여는 그 자산의 소재지를 투자지역으로 판단하였고, ② 수도권 안으로 이동되어 사용될 가능성이 있는 건설기계에 대하여는 영업활동을 실제로 수행한 사업장을 투자지역으로 판단하였다.

2. 쟁점파렛트의 대부분이 수도권 밖에 소재하며 사용되고 있다는 청구주장은 타당하지 않다.

• 가) 구 조특법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제23조 제1항은 쟁점세액공제의 대상이 되는 투자에 대해 “사업용 자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자”라고 규정하고 있는바, 이는 사업용 자산을 취득하는 사업자가 그 자산을 ‘자신의’ 사업에 사용하기 위한 투자를 의미한다. 그렇다면, 설령 청구법인의 주장에 따르더라도, 사업용 자산의 소재지를 판단함에 있어서는 사업용 자산을 취득한 사업자가 이를 ‘자신의 사업에 사용’함에 있어 그 자산이 어디에 소재하는지를 기준으로 판단하여야 할 것이지, 그 이후의 사정은 고려할 대상이 아니라 할 것이다. 따라서 청구법인은 파렛트 임대업에 사용하기 위하여 쟁점파렛트를 취득하였는바, 자신의 사업인 파렛트 ‘임대업’이 아닌, 임대 이후의 사정, 즉 임차인이 임차한 파렛트를 어디에서 어떻게 사용하였는지 여부(즉 수도권 밖에서 사용하였는지 여부)는 전혀 고려할 대상이 아니라 할 것이다. 오히려, 청구법인 자신의 사업인 파렛트 임대업의 내용이라 볼 수 있는 임대계약을 통한 매출액 및 임대차 계약의 상대방에 대하여 살펴보면, 앞서 본 바와 같이 수도권 안에 소재한 거래처와의 임대계약을 통한 매출액이 전체 매출액의 OOO%에 달하고 있음이 확인되는바, 청구법인의 주장과 달리 쟁점파렛트의 상당 부분이 수도권 안에서 ‘청구법인의 사업(파렛트 임대업)에 사용’되고 있다고 보는 것이 타당하다. <표3> 청구법인의 매출세금계산서 합계표 (단위: %, 원)

○○○

• 나) 또한 청구법인은 쟁점파렛트가 주로 수도권 밖에 위치하는 물류창고에 보관되고 있고, 그 물류창고에서 파렛트 임대업이 이루어지므로 그 곳을 투자지역으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 살펴본 쟁점대법원판결에 따르면, 쟁점파렛트의 보관 및 정비를 위한 시설인 물류창고에 소재한 파렛트는 대여되기 이전의 것으로서 파렛트 ‘임대업에 직접 사용되지 않는 것’이므로, 물류창고가 수도권 밖에 위치하고 있다고 하더라도 그 소재지를 투자지역으로 볼 수 없다. 또한 청구법인의 물류창고는 별도의 지점으로서 설치하여 운영되고 있는 것도 아니고, 별도의 매출이 발생하는 것도 아니며, 법적으로 별개인 법인과 용역계약을 체결하여 본사의 지시 하에 운영된다는 점 등을 고려하면, 해당 물류창고를 청구법인의 파렛트 임대업이 실질적으로 이루어지는 사업장으로 볼 수도 없다.

3. 청구주장에 의한다면, 조세행정상 사후관리가 사실상 불가능한 결과가 초래된다. 조특법 제146조는 쟁점세액공제를 받은 자가 투자완료일부터 2년이 지나기 전에 해당 자산을 처분한 경우에는 해당 자산에 대한 세액공제액을 추징하도록 규정하고 있다. 본건의 경우 청구법인은 쟁점파렛트가 분실 또는 파손될 경우 이를 고정자산 매각으로 인한 수익으로 처리하고 있는바, 만약 청구주장대로 쟁점파렛트에 대한 쟁점세액공제가 인정된다면, 과세관청은 위 규정에 따라 해당 부분에 대한 세액을 추징하여야 한다. 그런데, ① 청구법인의 사업 내용이 파렛트 ‘임대업’이라는 점, ② 사업용 자산(파렛트)의 성격이 일정한 장소에 설치되어 고정되는 것이 아니라 이동이 가능하다는 점, ③ 사업용 자산의 수량이 매우 많고 분실 또는 파손의 위험이 크다는 점 등을 고려하면, 과세관청으로서는 쟁점세액공제가 인정된 특정 쟁점파렛트가 투자완료일부터 2년 내에 분실 또는 파손되었는지 여부를 일일이 사후관리하여야 하는데, 이는 사실상 불가능하다고 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점파렛트가 쟁점세액공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것) 제26조【임시투자세액공제】① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한하며, 이하 이 항에서 같다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2003년 7월 1일부터 2004년 12월 31일까지 투자한 금액에 대하여는 투자금액의 100분의 15에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 제130조【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제】① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년 이후 중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호・제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호・제2호 및 제25조(같은 조 제1항 제7호 및 제9호는 제외하며, 1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우에 한한다)를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1-1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제130조【수도권 과밀억제권역안의 투자에 대한 조세감면배제】①1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 영위하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년 이후 중소기업등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 소재하는 당해 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비 및 대통령령이 정하는 정보통신장비를 제외한다)으로서 대통령령이 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대하여는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호·제2호, 제25조(같은 조 제1항 제7호 및 제9호를 제외하며, 1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우에 한한다) 및 제26조(1990년 이후 중소기업등이 투자한 경우에 한한다)의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 산업단지 또는 공업지역안에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1-2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제26조【고용창출투자세액공제】① 내국인이 2011년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정된 것) 제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 투자"란 종자 및 묘목생산업,…(중략)…,물류산업,…(중략)…,노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2009년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자를 말한다.

② 법 제26조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 율"이란 다음 각 호에 해당하는 율을 말한다.

1. 사업용자산이 수도권과밀억제권역에 있는 경우: 100분의 3

2. 사업용자산이 수도권과밀억제권역 밖에 있는 경우: 100분의 10 (2-1) 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항 본문에서 "대통령 령이 정하는 투자"란 광업, 제조업,…(중략)…,물류산업,…(중략)…,노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2008년 12월 31일까지 기획재정부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위한 투자를 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다. (2-2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) 제23조【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항 본문에서 "대통령 령이 정하는 투자"란 광업, 제조업,…(중략)…,물류산업,…(중략)…,노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업 또는 뉴스제공업을 영위하는 내국인이 2008년 12월 31일까지 기획재정부령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에 대한 투자만 해당한다)를 말한다. (2-3) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제23조【고용창출투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 "대통령령 으로 정하는 투자"란 농업, 축산업,…(중략)…,물류산업,…(중략)…,노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에 대한 투자만 해당한다)를 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2008.12.31. 기획재정부령 제48호로 개정된 것) 제14조【임시투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】영 제23조 제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이라 함은 제3조의 규정에 의한 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. (단서 생략)

2. 도매업·소매업 또는 물류산업을 영위하는 자가 당해사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설 유통산업합리화시설 (제14조 관련) 구 분 적용범위

한국산업규격에 의하여 제정된 일관수송용 평파렛트 (3-1) 조세특례제한법 시행규칙(2011.4.7. 기획재정부령 제204호로 개정된 것) 제14조【고용창출투자세액공제 대상 사업용자산의 범위】영 제23조제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 사업용자산"이란 제3조에 따른 사업용자산과 다음 각 호의 자산을 말한다. (단서 생략)

2. 도매업·소매업 또는 물류산업을 영위하는 자가 당해사업에 직접 사용하는 사업용자산으로서 별표 3의 유통산업합리화시설 유통산업합리화시설 (제14조 관련) 구 분 적용범위

한국산업규격에 의하여 제정된 일관수송용 평파렛트

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 연혁 및 영업활동 등은 다음과 같다. (가) 청구법인은 1985.11.1. 설립되어 CCC 주식회사라는 상호로 파렛트 등 물류기기와 기타운반기기의 임대업을 영위하다가, 2017.9.1. 파렛트 판매·임대업, 운송대행업, 물류대행업 및 이에 부수되는 사업부문을 인적분할하여 CCC 주식회사를 설립하였고, 분할존속법인의 회사명을 DDD 주식회사로 변경하여 무형자산(상표권) 및 부동산 임대업을 영위하고 있다. (나) 청구법인의 본점은 OOO에 소재하나, 임대용 파렛트 물류비용의 절감 등을 위하여 파렛트 수요처를 기준으로 수도권 밖인 OOO시, OOO시, OOO시 등 전국의 주요 보관 거점 인 물류센터를 통하여 공급하고 있다. (다) 청구법인은 물류센터 운영을 위해 청구법인의 자회사와 위탁관리용역계약을 체결하였는데, 본점은 파렛트 계약체결, 주문, 입출고 및 보관·관리 지시 등의 영업활동을 하고, 물류센터는 본점의 지시에 따라 파렛트 입고·출고·회수·보관 업무를 수행하고 있다.

(2) 청구법인의 이 건 경정청구 경위 및 처분청의 거부내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2009년부터 2016년까지 쟁점파렛트를 취득하였음에도 법인세 신고 시 쟁점세액공제보다 공제율이 낮은 세액공제를 신청하거나 세액공제를 신청하지 아니하였고, 이에 쟁점파렛트 취득분에 대해 조특법 제26조에 근거하여 2014사업연도부터 2017사업연도에 쟁점세액공제를 이월공제 하여 해당 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. (나) 처분청은 ① 2009년 취득분에 대하여는 수도권 안의 투자로 보아 OOO%의 공제율을 적용하고(기공제받은 중소기업특별세액공제와 공제율이 동일하여 추가로 환급할 금액 없음), ② 2010년부터 2016년까지 취득분에 대하여는 수도권 밖의 투자에 해당하지 않는 것으로 보아 쟁점세액공제대상에 해당하지 않음을 사유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다. <표4> 쟁점세액공제 관련 경정청구 내역 (단위: %, 원)

○○○

(3) 쟁점세액공제와 관련된 조특법령 개정 연혁은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점세액공제 관련 조특법령 개정 연혁(2008년 12월 전후)

○○○

(4) 청구법인이 제출한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점세액공제와 관련하여 ‘사업용 자산의 소재지’를 기준으로 공제율을 수도권 안과 밖으로 차등적용하는 것으로 조특법이 개정되었다고 주장하였는바, 그 근거로 제시한 “2008년 간추린 개정세법(기획재정부 2009.6.)”의 관련 내용은 다음과 같다.

○○○ (나) 청구법인은 처분청에서 근거로 제시한 쟁점대법원판결과 본건 사례는 기초사실이 달라 원용할 수 없다고 주장하면서, 아래 <표6>을 제시하였다. <표6> 제시된 대법원 판례와 본건과의 차이점

○○○ (다) 청구법인과 자회사가 쟁점파렛트의 회수 및 재고관리 등의 업무를 위탁하는 용역계약을 체결함에 따라 자회사는 동 용역을 수행하기 위하여 청구법인의 물류센터를 임차하였는바, 청구법인은 동 사실을 입증하기 위해 청구법인과 자회사 간의 물류센터 임대차계약서 및 물류기기 관리용역 위탁계약서 등을 제시하였다. (라) 쟁점파렛트의 수도권 안·밖에 따른 ① 최초 거래처별 출고량및 ② 물류센터별 출고량은 아래 <표7>·<표8>과 같다. <표7> 최초 거래처별 쟁점파렛트 출고량 및 비율 (단위: 만 매)

○○○ <표8> 물류센터의 위치에 따른 파렛트 출고량 및 비율 (단위: 매)

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 투자자가 영위하는 사업이 건설기계 대여업, 파렛트 임대업 등이라면, 투자를 통하여 취득한 건설기계, 물류용 파렛트 등을 대여함으로써 그 영업활동인 대여업·임대업을 실제로 수행한 사업장이 쟁점세액공제 대상 여부를 판단하는 기준 사업장에 해당하는 것인바, 청구법인은 파렛트 등 물류기기 임대업을 영위하는 법인으로, 본점에서 임직원 모두가 근무하며 인사·회계업무, 매출이 발생하기 위한 영업활동, 쟁점파렛트 입출고·보관관리 및 물류센터에 대한 통제활동 등을 하고 있고, 청구법인이 투자지역으로 주장하는 물류센터(수도권 밖 소재)는 위탁관리용역계약에 따라 청구법인의 자회사에서 운영하고 있는 점 등 청구법인의 매출현황, 업무 편성, 조직 구조 등에 비추어 서울 본점이 투자를 통하여 취득한 쟁점파렛트 등을 대여함으로써 그 영업활동인 임대업을 실제로 수행한 사업장이라 할 것이므로, 이 건 쟁점파렛트 취득분은 쟁점세액공제 대상에서 제외되는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다. (나) 한편, 청구법인은 쟁점파렛트가 통상적으로 수도권 밖에서 임대되어 사용되고 있다는 점을 들어 쟁점파렛트를 사용하는 주된 사업장이 수도권 밖이라고 주장하나, 쟁점파렛트 자체의 소재지 또는 사용지를 기준으로 쟁점세액공제 대상인지를 판단하는 것이 아닐 뿐만 아니라, 쟁점파렛트는 임대차계약의 상대방 및 내용에 따라 언제든지 수도권 내로 이동되어 사업에 사용될 가능성이 있는 자산으로서, 쟁점세액공제 신청 당시 쟁점파렛트 자체의 소재지를 기준으로 쟁점세액공제를 판단할 수도 없는 점, 투자자산이 수도권 내로 이동될 가능성이 전혀 없어 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중될 우려가 없는 경우와는 달리, 이동가능한 자산인 쟁점파렛트에 대한 쟁점세액공제를 허용할 경우 사후관리(조특법 제146조) 가 사실상 불가능할 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.