당초 부과처분 및 이 사건 부과처분은 모두 이 사건 영업권을 감가상각대상 자산으로 보는지 여부에 따른 판단의 결과로서 동일한 사실관계 하에서 법적 평가만을 달리한 것에 불과하고, 오히려 선행 소송 판결에 따라 이 사건 영업권을 감가상각대상 자산으로 보지 않는다는 판단에 기판력이 발생한 이상 손금산입한 이 사건 영업권의 감가상각비를 손금불산입하는 처분은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 해당 판결에 따른 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청에서 이 사건 부과처분이 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”에 해당된다고 보아 특례제척기간을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 사건 부과처분은 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어진 것으로서 무효이다. 과세관청은 부과제척기간이 만료된 날 이후에는 국세를 부과할 수 없고, 제척기간을 경과하여 한 과세처분은 당연무효가 되는 것이다OOO 처분청은 2020.6.29. 청구법인에게 2010사업연도 법인세를 부과하는 내용의 이 사건 부과처분을 하였으나, 2010사업연도 법인세 신고기한은 그 사업연도 종료일로부터 3개월 내인 2011.3.31.이고, 이 사건 부과처분이 그 신고기한의 다음 날인 2011.4.1.부터 5년이 경과한 이후인 2020.6.29. 이루어졌음은 역수상 명백하므로, 이 사건 부과처분은 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어진 무효의 처분이다.
(2) 이 사건 부과처분은 특례제척기간의 적용대상이 아니다. (가)국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제2항 제1호는 ‘이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우’에는 ‘제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 해당 결정⋅판결에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다’고 규정하여 이른바 특례제척기간을 두고 있다. (나) 이와 관련하여 대법원은 “위 법조항 소정의 ‘당해 판결 등에 따라 필요한 처분’이라 함은 당해 판결 등에 의하여 대상처분이 변동되는 내용에 따라 감액경정하거나 그 처분이 단순히 절차상의 위법사유로 인하여 취소되는 경우에 그 하자를 치유하여 동일한 내용의 처분을 다시 할 수 있는 정도를 의미할 뿐이고, 쟁송과정 중에 과세표준의 증액사유를 발견하였다고 하더라도 이미 부과권의 제척기간이 만료된 이상 당해 판결 등의 내용과는 달리 새로운 처분을 하거나 증액경정처분을 할 수는 없다”고 판시하여OOO, 특례제척기간을 적용하여 종전의 처분보다 납세자에게 더 불이익한 처분을 할 수 없다고 하였다. 특히 대법원은 특정 과세기간에 관한 과세처분에 대하여 행정심판 또는 행정소송 등의 결정 또는 판결이 확정된 이후 그 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 위 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 새로운 과세처분이 이루어진 사안에서, “국세기본법제26조의2 제2항의 당초 입법취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 있어서 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점 … (중략) … 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ‘해당 결정⋅판결’에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 종합하여 보면 … (중략) … 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수 있는 것은 아니다”고 판시하였다OOO 이에 비추어 보면, 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대해서까지 특례제척기간을 적용하여 과세할 수 없는 것이다. 이 사건 부과처분의 경우 선행 소송의 판결에서 다투어진 2009사업연도 법인세 부과처분과 과세기간을 달리하므로 특례제척기간의 적용대상이 아니다. 선행 소송에서는 이 사건 영업권을 이 사건 합병이 있었던 2009사업연도의 익금에 산입할 수 있는지 여부가 문제되었고, 이에 따라 선행 소송에서 2009사업연도 법인세 부과처분의 위법여부만이 다투어졌을 뿐이어서 해당 판결도 2009사업연도 법인세 부과처 분이 위법하다고 판단하였을 뿐이다. 그런데 이 사건 부과처분의 경우 2010사업연도 법인세가 문제되므로 선행 소송에서 다투어진 과세처분과는 과세기간을 달리하여 특례제척기간을 적용할 수 없는 것이다. (다) 또한 처분청은 답변서에서 OOO을 원용하면서 당초 부과처분과 재처분이 동일한 과세단위가 아니더라도 재처분이 허용되는 경우가 있을 수 있다고 주장하였으나, 위 OOO은 항소심에서 취소되었고OOO, 위 항소심 판결이 대법원에서 그대로 유지되었다OOO. 구체적으로 대법원은 최근 “부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아닌바,OOO 선행 확정판결의 대상인 종전 부과처분은 법인인 보성무역과 소외인 사이의 부동산양도거래에 따른 보성무역의 토지 등 양도소득을 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘법인세’인 반면, 이 사건 처분은 개인인 원고와 소외인 사이의 주식양도거래에 따른 원고의 주식양도소득과 양도 자체를 과세대상으로 하고 그 세목이 ‘양도소득세’와 ‘증권거래세’이므로, 이 사건 처분을 선행확정판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분이라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 종전 부과처분과는 다른 새로운 결정이라고 할 것이므로, 이 사건 처분에 대하여는 선행 확정판결에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다”고 판시OOO하여 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세단위 내지 과세기간을 달리하는 경우 이는 새로운 처분에 해당하고, 이러한 경우까지 특례제척기간을 적용하여 과세할 수 없다고 하였다. 이 사건 부과처분과 당초 부과처분의 과세기간은 각 2010사업연도와 2009사업연도이므로 그 과세기간을 달리하는 경우임이 명백하고, 따라서 확정된 선행 소송에서 다투어진 당초 부과처분과 그 과세기간을 달리하는 이 사건 부과처분에까지 특례제척기간을 적용할 수 없음이 명백하다 할 것이다.
(1) 이 사건 영업권에 대한 감가상각비 손금불산입은 영업권 인식이라는 단일한 회계사건에 대한 종속적⋅연속적인 처분이다. 따라서 국세기본법제26조의2 제2항 제1호에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분으로서 영업권 부인에 필연적으로 수반되는 2010∼2014사업연도 감가상각비를 부인하는 처분을 할 수 있다. (가) 처분청은 청구법인이 2009년 합병할 당시 발생한 이 사건 영업권을 세무상 자산으로 보아 익금산입하여 법인세를 부과고지하는 한편, 그에 수반하여 해당 영업권에 대한 2010∼2014사업연도의 감가상각비를 손금산입하여 관련 법인세를 환급결정하였는바, 양 처분은 서로 뗄 수 없는 불가분의 관계에 있을 뿐만 아니라 1개의 회계사건에 대해 연속선상에 밀접하게 놓여 있는 사실상 1개의 동일한 처분이라 할 것이다. 특히 감가상각비는 자산을 전제로 자산에 종속하여 부수적으로 밀접하게 나타나는 항목이고, 영업권과 별개로 독립하여 존재하지 못하므로 자산의 조정이 있으면 이에 대한 감가상각비도 조정해야 하는 것이다. 따라서 2009사업연도에 자산으로 인식한 이 사건 영업권을 부인하는 판결이 확정된 이 사안에서, 해당 영업권에 대한 2010∼2014사업연도의 감가상각비를 부인하는 후속 처분은 비록 판결의 대상이 된 과세기간이 아니더라도 당연히 예정된 불가분의 연속된 필요한 처분이다. (나) 특례제척기간은 일반 부과제척기간이 지났다 하더라도 그로부터 다시 일정기간 과세관청에게 부과권을 행사할 기회를 부여하는 것으로서, 특례제척기간의 적용이 납세의무자에게 유리한 경우에만 가능하다거나 판결이나 결정의 주문만을 기준으로 이루어져야 한다고 볼 만한 근거는 없다OOO. 또한 판결의 대상이 된 과세처분과 재처분이 동일한 과세단위가 아니더라도 이 사건 영업권과 이에 대한 감가상각비와 같이 상당히 밀접한 관련이 있는 경우에는 재결이나 판결에서 후속처분을 예정하고 있는 것으로 볼 수 있다. 아울러 납세자의 법적 안정성보다 공평과세의 요청이 더 강한 경우에는 재처분을 허용할 필요도 있다 할 것이다. 이 사건 영업권에 필연적으로 부수되는 감가상각비는 당연하게 후속처분을 예정하고 있었고, 납세자는 불복과정에서 판결에 따른 후속처분을 충분히 예상할 수 있었으므로 감가상각비를 부인하는 처분은 납세자의 법적 안정성을 해하는 것보다 공평과세 구현에 더 부합한다고 볼 수 있다. 따라서 이 사건 영업권에 종속되고 연속되어 밀접하게 관련된 감가상각비를 부인하는 처분은 국세기본법제26조의2 제2항 제1호에 따른 판결이 확정된 날로부터 1년 이내에 행할 수 있는 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”으로서 잘못이 없다. (다) 위법 또는 부당한 처분이 불복의 대상이므로 기간 손익을 조정하는 과정에서 환급이 발생한 사업연도는 소송대상에 해당하지 않게 되고, 소송이 장기화되면 부과제척기간이 경과되어 국세 부과권을 행사할 수 없어 조세채권을 일실하는 불합리한 현상이 발생하게 된다. 영업권과 이에 종속된 감가상각비는 동시에 발생할 수밖에 없는데, 이번 경우와 같이 고지결정이 발생한 과세기간만 특례제척기간을 적용하고 환급결정된 과세기간에 대하여는 일반제척기간을 적용한다면 이는 과세관청에게 일방적으로 가혹할 뿐만 아니라 과세형평도 저해하게 된다.
(2) 청구법인은 “판결 등의 내용과는 달리 새로운 처분을 하거나 증액경정처분을 할 수 없다”는 대법원 판결OOO을 들어 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하나, 해당 판결은 부동산 양도에 따른 양도소득세 계산방식에 따라 당초 부과한 세액을 증액하여 경정처분할 수 없다는 것이고, 이 건은 2009사업연도에 자산으로 인식한 이 사건 영업권을 부인하라는 판결이 확정됨에 따라 경정결정이나 그 밖의 필요한 처분으로 이 사건 영업권에 대한 2010∼2014사업연도의 감가상각비를 부인하는 후속처분을 한 것일 뿐이어서 새로운 처분을 하거나 당초 부과한 세액을 증액경정한 것이 아니다. 또한 청구법인은 “판결의 대상이 되지 않은 과세기간에 대한 처분을 새로운 처분”으로 보아야 한다고 하나OOO, 이는 소득의 귀속시기가 잘못되었다는 이유로 과세처분을 취소한 판결이 확정된 경우에 있어 그 소득을 본래 귀속되어야 할 과세기간에 귀속시키는 새로운 처분을 할 수 없다는 내용의 판결인데 비해, 이 건은 판결에 따라 선행처분을 취소한 후, 자산⋅부채 또는 손익의 귀속시기 차이 등을 이유로 다른 사업연도에 대하여 종전에는 없었던 새로운 처분을 하겠다는 것이 아니라 동일한 과세대상인 이 사건 영업권에 대하여 판결로 인한 경정결정 또는 그 밖에 필요한 처분을 하는 것이다.
(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정되기 전의 것) 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우
⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.
(2) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 부칙 <법률 제14382호, 2016.12.20.> 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제59조의2 제1항의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 제8조(국세부과의 제척기간에 관한 경과조치) ① 이 법 시행 전에 제26조의2 제2항 제1호에 따른 결정이나 판결이 확정된 경우 또는 제26조의2 제1항에 따른 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제1호의2의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.
(3) 법인세법(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것) 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 條에서 "償却範圍額"이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
② 제1항의 규정에 의한 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산으로 한다.
③ 제1항의 규정에 의하여 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (4) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
② 감가상각자산은 다음 각 호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
1. 사업에 사용하지 아니하는 것(유휴설비를 제외한다)
3. 시간의 경과에 따라 그 가치가 감소되지 아니하는 것
③ 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건 등으로 매입한 고정자산의 경우 법인이 당해 고정자산의 가액 전액을 자산으로 계상하고 사업에 사용하는 경우에는 그 대금의 청산 또는 소유권의 이전여부에 관계없이 이를 감가상각자산에 포함한다.
④ 제1항 제2호 가목의 영업권중 합병 또는 분할의 경우 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 계상한 영업권은 합병법인 또는 분할신설법인(분할합병의 경우에 한한다)이 피합병법인 또는 분할법인(소멸한 분할합병의 상대방법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인 또는 분할법인의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 이를 감가상각자산으로 한다.
(1) 청구법인은 2009.6.25. 자동차용 전기·전자제품 제조업 등을 영위하는 OOO을 흡수합병하고 2009.6.30. 합병등기를 마쳤다.
(2) 청구법인은 이 사건 합병 과정에서 합병신주를 발행하여 피합병법인인 OOO의 주주에게 합병대가로 교부하였고, 이후 합병신주 발행가액OOO과 OOO의 순자산 공정가액OOO의 차액 OOO을 회계장부에 영업권(이 사건 영업권)으로 계상한 후, 해당 영업권이 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 ‘영업권’에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 영업권의 가액을 손금산입(△유보)하고, 동일한 금액을 손금불산입(기타)하여 법인세를 신고하였다.
(3) 이에 대하여 처분청은 이 사건 영업권이 법인세법 시행령 제24조 제4항 에 따른 영업권으로서 감가상각자산에 해당한다고 보아 위 영업권을 합병평가차익으로 익금에 산입하고 이에 대한 감가상각비를 손금에 산입하여 2015.3.9. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지(당초 부과처분)하면서, 청구법인이 손금불산입하였던 2010∼2014사업연도의 위 영업권에 대한 감가상각비를 손금에 산입하여 2010∼2014사업연도 법인세 합계 OOO을 환급하였다OOO.
(4) 청구법인이 2017.12.20. 당초 부과처분의 취소를 구하며 제기한 소송에서 조사청의 대리인이 OOO에 제출한 참고서면(2019년 10월)의 주요내용은 아래 <표4>와 같다.
(5) 선행 소송에서 대법원은 2020.3.12. “이 사건 영업권은 결합회계준칙에 따른 것으로 보일 뿐, 청구법인이 피합병법인의 상호 거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기는 어려우며, 달리 인정할 만한 증거가 없으므로 이 사건 영업권을 법인세법 시행령 제24조 제4항 에서 감가상각자산으로 규정하고 있는 세무상 영업권으로 보기 어렵다”OOO고 판결하여 같은 날 확정되었고, 해당 판결문에는 이 사건 영업권을 감가상각자산으로 보지 아니하는 사유와 관련하여 “⑦ 청구법인이 이 사건 처분 이전에 회계상 영업권인 이 사건 영업권을 익금불산입하고 추후 그 상각액을 손금불산입하는 방식과, 이 사건 처분의 과세논리인 회계상 영업권을 그대로 세법상 영업권인 감가상각자산으로 보아 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금으로 인정함으로써 법인세를 먼저 과세한 후 여러 사업연도에 걸쳐 위 영업권에 대한 감가상각비 상당액을 손금으로 처리하는 방식 사이에는, 익금과 손금의 귀속시기의 차이에 따른 가산세 추가징수나 적정할인율에 따른 이자 상당액에 해당하는 실질적 세수의 차이 발생 등의 문제만이 존재할 뿐, 다른 조건이 동일하다면 그 자체로 해당 조세의 총액이 달라지지는 않고, ⑧ 이 사건 영업권의 세법상 영업권 해당 여부에 관한 이 사건 처분이 취소되는 판결이 확정될 경우, 처분청은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 및 같은 항 제1호의2의 규정에 따라 이 사건 처분에 따른 원고의 경정청구에 따라 2011 내지 2014 사업연도와 관련하여 환급한 법인세액 부분을 다시 돌려받을 수 있도록 경정결정 등을 할 수 있다고 볼 여지가 있다”는 사유 등을 밝히고 있다.
(6) 처분청은 2020.3.12. 당초 부과처분을 취소하는 판결이 확정됨에 따라 2020.6.29. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 환급하는 한편, 2010∼2014사업연도의 손금에 산입하였던 감가상각비 합계 OOO을 다시 손금불산입하여 2020.6.18. 청구법인에게 아래 <표5>와 같이 2010∼2014사업연도 법인세 합계 OOO을 경정⋅고지하였다.
(7) 2016.12.20. 법률 제14382호로 개정된 국세기본법제26조의2 제2항 제1호의2(신설)은 ‘제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우에는 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년’이 지나기 전까지는 다른 과세기간에 대해서도 경정결정이나 그 밖의 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있고, 해당 규정은 2017.1.1. 시행되었으나, 개정 규정 시행 전에 제26조의2 제1항 제1호에 따른 결정이나 판결이 확정된 경우 또는 제26조의2 제1항에 따른 제척기간이 만료된 경우에는 제26조의2 제2항 제1호의2 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있어 이 사건 법인세 부과처분(2010사업연도)의 경우 개정된 국세기본법제26조의2 제2항 제1호의2(신설)의 시행일(2017.1.1.) 이전에 국세부과의 제척기간이 만료되어 해당 신설규정의 적용대상에 해당하지 아니한다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 부과처분은 국세부과제척기간 5년을 경과하여 이루어졌고, 국세기본법제26조의2 제2항 제1호에서 정한 특례제척기간을 적용할 수 없다고 주장하나, 처분청은 당초 부과처분시 이 사건 영업권을 법인세법 시행령제24조 제4항에 따른 감가상각자산으로 보아 영업권 가액을 2009사업연도에 익금산입하고, 이에 대한 감가상각비를 손금산입하여 2009사업연도 법인세를 증액경정하면서 동시에 2010사업연도 법인세를 감액경정(환급)하였다가, 선행 소송 판결에서 이 사건 영업권을 감가상각자산이 아닌 것으로 보아 2009사업연도 법인세를 취소하도록 하자 이 사건 영업권을 익금불산입하고 동 영업권의 감가상각비를 다시 손금불산입하여 이 사건 부과처분을 하였는바, 이를 당해 판결이나 결정에 따르지 아니하고 과세기간이나 납세자 등을 달리하여 새로운 결정이나 증액경정결정을 한 경우에 해당한다고 보기 어려운 점, 당초 부과처분 및 이 사건 부과처분은 모두 이 사건 영업권을 감가상각대상 자산으로 보는지 여부에 따른 판단의 결과로서 동일한 사실관계 하에서 법적 평가만을 달리한 것에 불과하고, 오히려 선행 소송 판결에 따라 이 사건 영업권을 감가상각대상 자산으로 보지 않는다는 판단에 기판력이 발생한 이상 손금산입한 이 사건 영업권의 감가상각비를 손금불산입하는 처분은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 의 해당 판결에 따른 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 당초 부과처분에 불복하여 제기한 선행 소송에서 법원은 당초 부과처분을 취소하면서 그 이유 부분에 “이 사건 영업권을 익금불산입하고 추후 그 상각액을 손금불산입하는 방식과, 영업권을 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금으로 인정하여 법인세를 먼저 과세한 후 여러 사업연도에 걸쳐 영업권에 대한 감가상각비 상당액을 손금으로 처리하는 방식 사이에는, 익금과 손금의 귀속시기의 차이에 따른 가산세 추가징수나 적정할인율에 따른 이자 상당액에 해당하는 실질적 세수의 차이 발생 등의 문제만이 존재할 뿐, 다른 조건이 동일하다면 그 자체로 해당 조세의 총액이 달라지지는 않는다는 점”을 설시하였는바, 감가상각비는 자산을 전제로 존재하는 항목이므로 이 사건 영업권을 감가상각대상자산이 아닌 것으로 판단할 경우 그 영업권에 대한 감가상각비를 손금불산입할 수 있음을 예정하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 이 사건 부과처분이 국세기본법제26조의2 제2항 제1호의 “경정결정이나 그 밖에 필요한 처분”에 해당된다고 보아 특례제척기간을 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.