[요지] 쟁점계약에 따라 국내기업이 지급하는 각종 금원은 별도의 대가관계가 확인되지 아니하는 이상 위와 같이 청구법인이 쟁점계약에 따라 엘지화학에 자신의 생물의약품기술과 관련한 독점적 라이선스 등을 허가하는 대가에 해당한다고 할 것임
[요지] 쟁점계약에 따라 국내기업이 지급하는 각종 금원은 별도의 대가관계가 확인되지 아니하는 이상 위와 같이 청구법인이 쟁점계약에 따라 엘지화학에 자신의 생물의약품기술과 관련한 독점적 라이선스 등을 허가하는 대가에 해당한다고 할 것임
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점계약에서 자신의 원천기술을 활용하여 신약의 연구개발을 주도하고 AAA은 주로 자본을 투입하여 신약의 개발을 경제적으로 뒷받침하다가 신약 개발이 성공할 경우 이를 제조 및 판매하는 역할을 각각 수행하고 있는바, 이러한 역할분담에 비추어 쟁점계약은 AAA이 청구법인으로부터 기술 또는 노하우를 전수받아 직접 신약을 개발하기 위한 것이 아니라 결과물인 신약에 대한 제조 및 판매권을 취득하기 위한 것이다. 쟁점계약은 신약의 연구, 개발 및 판매 단계 전반에 관한 제반 사항을 규정하고 있는데 이 중 쟁점①·②금액은 연구 단계, 쟁점③금액은 개발 단계와 각 관련된 대가이며, 궁극적인 신약의 제조 및 판매권에 대한 대가는 그 개발 성공 이후 별도의 성과지급금 및 로열티 형식으로 지급되도록 정해져 있다. 신약개발을 위해서는 천문학적인 비용이 소요되는데 제약회사가 개발비용을 회수할 수 있도록 보호해 주는 것이 바로 ‘특허권’으로 한번 개발되기만 하면 다른 회사들이 쉽게 복제해낼 수 있는 제약산업의 특성상 신약의 가치는 전적으로 특허권에 의존하고, 노하우만으로는 경제적으로 보호를 받지 못한다. (가) AAA 역시 쟁점계약을 통해 청구법인의 신약에 대한 특허권에 대한 권리를 취득하고자 한 것으로 쟁점계약 전에 이루어진 면밀한 실사 및 장기간의 협상의 결과 AAA은 청구법인의 특허권에 대한 권리들을 부여받는 대신, 상당한 금액의 AAA지역에서의 특허 출원 및 심사, 유지 관련 비용을 모두 부담하기로 하였다. 어떤 소득이 사용료소득에 해당하려면 그 지급자가 상대방으로부터 기술(노하우)을 전수받는 대가이어야 하나 상대방의 기술과 노하우가 체화된 ‘결과물’만 구입한다면 사용료소득이 아닌바, AAA은 청구법인으로부터 노하우를 받더라도 이를 기초로 신약의 연구 및 개발활동을 수행할 기반시설이나 역량을 갖추고 있지 못하고 있어 쟁점계약상으로도 AAA은 자금을 투입할 뿐 실제 연구활동은 전적으로 청구법인이 하도록 약정하였다. (나) 쟁점계약 제9조는 청구법인의 특허권에 대한 양 당사자의 권리‧의무에 관하여 17쪽에 걸쳐 상세히 규정하고 있는바, 제9.1조(c)는 청구법인이 AAA에게 분기별로 신약에 필요한 출원 예정 특허권 정보를 제공하도록 하고, 제9.2조(a) 및 제9.2조(a)(iii)는 AAA은 AAA지역내 신약에 대한 특허권 출원이 있을 때 이를 통제할 수 있는 폭넓은 권한을 가지며, 제9.3조(b)〜(e) 및 제9.4조는 AAA이 AAA지역과 청구법인지역 모두에서 신약에 대한 특허권을 집행 및 방어할 수 있는 권리를 가진다고 규정한 반면, 제7.8조를 보면 복제약품의 경쟁이 있는 지역에서 서로에게 지급되는 로열티는 무려 50% 감소되도록 규정하여 양 당사자는 특허권의 보호를 받지 못하는 제품의 개발에는 관심이 없었음이 드러난다. 처분청은 쟁점계약에 노하우(Know-how)라는 용어가 다수 언급되어 있으므로 쟁점계약의 목적이 청구법인의 노하우라고 주장하나, 보다 근본적으로 특허권에 의한 보호가 필수적인 제약산업의 협업계약에서 ‘노하우’가 언급되는 것은 각자의 지식재산권을 보다 완전하게 보호하기 위한 것으로 예컨대 워드프로그램인 OOO구매시에도 ‘노하우’라는 용어가 등장하나, 이는 Microsoft사의 지식재산권 보호를 위한 규정이지 구매자가 Microsoft사의 노하우를 사용하고 있다고 볼 수는 없으며 그 구입대가를 사용료로 볼 수도 없다. 처분청은 쟁점계약에 따라 구체적으로 어떤 특정한 노하우가 이전되었는지 전혀 제시하지 못하였다. 더욱이 쟁점계약을 보면 오히려 청구법인이 신약과 관련하여 보유한 ‘OOO’(노하우)을 이전하지 않으려는 의도가 명확히 드러나는바, 청구법인은 바이오 분야 소규모 신생기업으로 자신의 기술력을 외국 대기업인 AAA에게 이전할 이유가 없고 쟁점계약도 AAA에게 AAA지역에 대한 ‘신약(협업제품)의 독점 판매권한’을 부여하는 취지이지 청구법인의 원천기술(노하우)을 이전하려는 취지가 전혀 아니다. 쟁점계약 제9.1조에서도 청구법인이 기존에 소유하고 있던 특허권들과 청구법인의 단독 발명에 따른 특허권은 그 소유권이 여전히 청구법인에게 존속한다고 규정하고 있고 제4.13조에서도 청구법인에 파견된 AAA 직원들의 활동 범위를 제약하여 어떠한 기술력도 이전되지 않도록 하였다. (다) 장기계약인 쟁점계약에 따라 지급되는 여러 지급액의 성격은 개별적으로 살펴야 하고 단순히 그 전체를 사용료소득이라고 볼 수 없는 것으로, 처분청 의견과 같이 쟁점계약 명칭에 ‘License’가 포함되어 있고 라이선스 허여 관련조항들이 있다는 이유만으로 쟁점금액을 획일적으로 사용료소득으로 볼 수 없고, 조세심판원 결정례에서도 ‘License Agreement는 소프트웨어와 관련한 여러 거래 형태에서 일반적인 의미로 사용되는 것’이라 판단한 바 있다. 처분청이 제시한 AAA의 국내세무팀 직원의 답변과 관련하여 위 직원은 쟁점계약의 협상이나 체결에는 전혀 관여한 적이 없고, 제약업계에서의 협업이나 라이선스 계약에서의 지급금과 관련된 어떠한 경험이 있거나 체계적인 훈련을 받았다고 보이지도 않으며, 쟁점계약의 동기나 경위, 목적 등에 대하여 이해가 매우 부정확하여 잘못된 세무처리에 이어 사실에 부합하지 않는 답변을 한 것인바, 그 진술을 뒷받침할 어떠한 근거도 제시하지 못하고 있다. 오히려 AAA은 청구법인의 원천기술 및 관련 특허권을 보고 쟁점계약에 이르게 된 것으로 청구법인의 특허권 및 AAA지역에서의 독점적 라이선스의 중요성에 대하여 충분히 인지하였을 것이다. 처분청에서 단 한명의 실무 직원의 진술밖에 내세우지 못한 데 반해, 청구법인은 대표이사 및 법률고문, CFO 및 aaa 교수의 진술로써 AAA의 원천징수 처리의 부당성을 구체적으로 주장하고 입증하였으므로 그 신빙성이 훨씬 높다. 특허출원 되기 전의 비공개 기술정보인 항암제의 개발기술이 법인세법제93조 제9호 나목의 “노하우”에 해당한다고 본 OOO법원 2008.11.27. 선고 OOO판결은 관련 기술의 특허권이 존재하지 않던 사안으로서 이 건과는 차이가 있고, 이 사건에서는 쟁점계약상 청구법인의 노하우가 이전되지 않도록 명시하였다는 점에서도 차이가 있다. OECD 모델조세조약 주석서 제12조 10.1문단에 의하면 독점판매권에 대한 대가 역시 사용료소득이 아닌 사업소득으로 보아야 한다고 제시하고 있으므로 위 판결의 선고 무렵 추가된 위 OECD 주석서의 내용 역시 고려될 필요가 있다. 처분청이 언급한 OOO달러 이상의 사용료는 이 건 심판청구에서 다투고 있는 쟁점금액과는 무관할 뿐 아니라, 쟁점계약상 가능한 모든 시나리오가 충족되었을 경우 설정해 둔 가장 최대치의 금액으로 현실적으로 달성 불가능한 금액이다. 즉 계약상 개발 및 규제 관련 마일스톤 및 상업적 마일스톤 지급금은 각각 OOO물질에 대한 개발이 완료된 후 AAA지역에서의 개발 및 규제활동이 이루어져야만 지급되거나, 더 나아가 신약이 연간 매출액 OOO달러, OOO달러 또는 OOO달러를 달성하는 경우 비로소 지급되는 금액으로서, 중도 실패확률이 매우 높은 신약개발 사업의 특성상 장래의 예상가능한 금액으로 볼 수 없다. 처분청은 청구법인이 AAA에 의해 원천징수된 세금을 포괄손익계산서상 비용으로 인식하여 공제받았다고 주장하나, 이미 원천징수가 된 이상 이를 비용처리한 것은 너무나 당연하고, 경정청구 및 이 건 심판청구가 제기된 사실만 보더라도 청구법인이 원천징수 자체의 적법성을 인정한 것이 아님을 알 수 있다.
(2) 쟁점계약 제7.1조는 쟁점계약 체결 후 지급하는 OOO달러 중 쟁점①금액에 대하여 ‘AAA에 그 결과가 보고될 협업 제품과 직접 관련된 청구법인의 연구 및/또는 개발 비용으로 지급할 것임을 인정한다’고 규정하고 제7.3조는 청구법인과 AAA이 신약 개발에 소요되는 연구·시험비용 등을 분배한다고 규정하여 쟁점①금액을 쟁점계약에 따라 AAA이 분담할 연구·개발비의 선급으로 명시하고 있고 그 연구결과는 이후 청구법인이 AAA에 보고하도록 규정하고 있다. (가) 청구법인이 OOO 증권거래위원회에 공시한 분기별 재무정보 공시자료에 따르면 청구법인은 쟁점①·②금액을 ‘연구·개발계약부채’(일종의 선수금)로 처리하였는데, 쟁점①·②금액 모두를 ‘라이선스 및 그 밖의 권리의 대가’로 기재한 것은 ‘계약상 수개의 이행의무가 서로 밀접하게 연관되어 불가분의 관계에 있으면 단일한 항목으로 회계처리’하도록 한 OOO 회계기준에 따라 청구법인의 AAA에 대한 라이선스 허여 및 연구‧개발용역 제공의무는 함께 존재하지 않으면 의미가 없어 이를 불가분의 하나의 이행의무로 봄이 타당하다고 판단하였기 때문으로 청구법인의 회계처리 역시 쟁점①금액을 연구·개발비의 선급으로 보아 이루어졌다. (나) 국세청의 유권해석 역시 일관되게 공동연구·개발비용의 정산은 국내원천소득이 아니라고 판단한 바 있다.
(3) 위와 같이 쟁점계약은 청구법인의 특허권의 보호를 받는 신약의 개발‧상업화를 위해 체결된 것으로 노하우는 쟁점계약의 핵심요소가 아니므로 쟁점②금액 역시 청구법인이 보유한 특허권에 대한 대가이지 노하우에 대한 대가가 아니다. (가) 이에 청구법인의 특허권은 대부분 해외에 등록되어 있으므로 쟁점②금액은 국내 미등록 특허권에 대한 대가라 할 것인데, 이와 관련하여 청구법인은 쟁점②금액이 국내 미등록 특허권에 대한 대가라는 증거로서 쟁점계약 당시 청구법인의 특허권 목록인 부록 A를 증거로 제출한 바 있고, 위 부록 A에 기재된 청구법인의 특허권 OOO개 중 그 존속기간이 만료된 OOO개를 제외한 OOO개 중 OOO개만이 한국에 출원된 것이고 나머지는 OOO, OOO, OOO 등 해외에 출원된 것으로 한국에 출원된 특허권의 비율에 해당하는 금액은 경정청구시 제외하였다. (나) 국내 미등록 특허권에 대한 대가는 OOO조세조약상 국내원천소득이 아니라는 것이 확립된 대법원의 입장으로, OOO조세조약 제6조 제3항은 특허권 사용료에 대하여 ‘어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’는 사용지주의를 규정하고 있는데 특허권 속지주의 원칙에 따르면 특허권의 ‘사용’은 등록된 국가에서만 가능하므로 외국에서만 등록한 특허권은 국내에서 사용될 수 없으므로 국내원천소득이 아니다. (다) 더욱이 대법원은 위 판례에서 ‘특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계 없이 국내에서 사용된 것’으로 보도록 한 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 법인세법제93조 제9호 단서규정의 신설에도 불구하고 OOO조세조약의 해석상 여전히 국내 미등록 특허권의 사용료 등은 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판시한 바 있다. 반면 처분청은 국내 미등록 특허권의 사용료를 국내원천소득으로 판단한 조세심판원 결정례를 제시하고 있으나, 이는 확립된 위 대법원 판례의 입장에 반하는 것이다.
(4) OOO조세조약 제6조 제6호는 인적 용역소득과 관련하여 ‘그러한 용역이 어느 체약국 내에서 수행되는 범위에 한하여 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’고 규정하고 있어 ‘용역이 국내에서 이루어진 경우’에만 국내원천소득에 해당한다 할 것인데, 쟁점③금액은 쟁점계약 제7.5(a)(i)항에 따라 OOO화합물에 대한 OOO 식품의약국에 대한 청구법인의 임상시험용신약 신청·접수가 완수되었을 때 AAA이 지급하기로 약정된 금액으로, 성과를 달성함에 대한 추가 보상이므로 사용료소득이 아닌 용역대가임이 분명하다. 이는 인적용역소득으로서 법인세법제93조 제6호에 따라 원칙적으로 이러한 인적 용역은 국내에서 제공된 경우에 한하여 국내원천소득이 되므로 쟁점③금액은 국내원천소득이 아니다. (가) OOO물질은 쟁점계약상 첫 번째 협업물질로서 방대한 전임상 연구·개발의 결과 청구법인은 2019.4.15. OOO 식품의약국에 임상시험용신약 허가를 위한 약 OOO쪽 분량의 신청서를 제출하였고 이를 따른 OOO의 제작 및 비임상시험은 전부 OOO에서 이루어졌으며, 임상시험용신약 신청서의 제출에 앞서 OOO 식품의약국과 사전에 긴밀한 협의가 필요하여 청구법인은 논의를 거쳐 지침을 받아 실험을 수행한 바, 이러한 성과 달성을 위한 모든 활동은 청구법인에 의하여 해외(주로 OOO)에서 이루어졌다. (나) 청구법인은 쟁점③금액을 수령하기 위한 인적용역, 즉 방대한 연구·개발 활동의 존재를 입증하기 위하여 OOO관련 화합물에 대한 임상시험용신약 신청서 목차, 청구법인 대표자의 진술서 및 OOO관련 화합물에 대한 임상시험용약 신청을 위한 용역에 소요된 OOO달러를 초과하는 막대한 비용에 대한 증빙 등을 제출하여 청구법인의 OOO에서의 인적용역 제공사실을 입증한 바 있다. (다) 설령 청구법인의 인적용역 제공과정에서 스스로의 노하우가 사용된다고 하더라도 AAA에 대한 노하우의 ‘이전’이 없는 이상 이건 용역 성과지급금을 노하우의 대가로 볼 수 없는 것으로, 예를 들어 인테리어 업체가 나름의 인테리어 노하우를 가지고 용역을 제공할 수는 있으나 그렇다고 인테리어 업체에 지급하는 대가를 사용료소득(노하우에 대한 대가)으로 볼 수는 없는 것이다.
(1) 법인세법제93조 제8호와 OOO조세조약 제14조 제4항 a목에 비추어 내국법인이 외국법인의 산업상·상업상․과학상의 지식․경험에 관한 정보 또는 노하우 등과 같은 권리·자산 또는 정보를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급함으로서 발생한 외국법인의 소득은 ‘국내원천 사용료소득’에 해당한다 할 것이다. (가) 대법원은 ‘계약문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우 법률행위의 해석 방법’에 관하여, “문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적과 당사자의 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다”고 판시하고 있는바, 쟁점계약 전문(Recitals)에서 위 계약의 목적을 ‘AAA이 청구법인으로부터 독점 라이선스를 취득하고 청구법인은 AAA에 독점 라이선스를 허여함에 있다’고 규정하고 있는데, 쟁점계약 제2.1조(a)은 청구법인이 AAA에 허여한 독점 라이선스의 대상을 ‘회사 기술(Company Technology)’로 명시하고 있고 쟁점계약 제1.70조 및 제1.108조는 위 ‘회사 기술’을 청구법인의 노하우(Know-how)와 특허권으로 규정하고 있으므로 이러한 쟁점계약의 문언만 보더라도 쟁점계약의 대상․목적은 청구법인의 노하우 등이 분명하므로 그 반대급부인 쟁점금액을 국내원천 사용료소득으로 봄이 타당하다. (나) 청구법인은 AAA과의 쟁점계약을 체결하고 자신이 소유하고 있는 노하우 등을 AAA에 허여하는 대가로 약 OOO달러의 사용료를 받기로 하였고 이에 따라 쟁점금액을 받았는데. 청구법인은 쟁점계약상 몇몇 규정들을 임의로 해석하면서 이미 받은 사용료소득인 쟁점금액에 대하여 쟁점①금액은 AAA이 분담할 연구·개발비의 선급금, 쟁점②금액은 국내 미등록 특허에 대한 대가 및 쟁점③금액은 외국에서 제공된 인적용역에 대한 대가라 구분한 뒤 어느 것도 국내원천 사용료소득에 해당하지 않는다는 주장을 하고 있다. 이러한 청구법인 주장과 이 건 심판청구는 AAA으로부터 쟁점금액을 받으면서 원천징수당한 법인세에 대한 환급뿐만 아니라 장래에 받게 될 약 OOO달러 이상의 사용료에 대한 법인세 원천징수를 회피하기 위한 목적이 아닌지 하는 의심이 강하게 들고 이러한 청구법인 주장이 인용될 경우, 내국법인이 외국법인에 지급하는 거액의 사용료소득에 대하여 소득의 원천지국인 우리나라가 과세권을 행사할 수 없는 불합리한 상황에 놓이게 된다. (다) 쟁점계약의 당사자인 AAA도 쟁점금액을 국내원천 사용료소득으로 보아 그 지급시 법인세·지방소득세를 원천징수한 바, AAA 세무담당자는 쟁점계약을 체결한 경위에 대하여 ‘AAA이 신약 개발을 위해 확보하지 못한 원천기술을 청구법인으로부터 도입했기 때문에 청구법인이 보유하고 있는 면역항암제의 핵심 신기술 도입에 대한 대가로 쟁점금액을 지급한 것’이라고 진술한 바 있어 계약의 상대방인 AAA도 쟁점금액을 국내원천 사용료소득으로 인식․전제 아래 쟁점계약을 체결하였음을 의미한다. 이에 대해 청구법인은 AAA의 세무담당자는 쟁점계약의 체결에 관여하지 않았기 때문에 그 진술내용이 부정확하다고 주장하나, 해당 직원은 쟁점계약의 내용 등을 토대로 AAA이 청구법인에 지급한 쟁점금액이 국내원천 사용료소득에 해당하는지 판단하고 실제 원천징수업무를 담당한 실무자로서 그 누구보다 쟁점금액의 성격에 대하여 잘 알고 있고, 나아가 AAA 세무담당자의 진술서 중 쟁점계약을 체결한 경위, 계약의 주요 내용, 제7.1조에 쟁점①금액과 관련한 문구를 삽입한 이유 등은 위 세무담당자가 쟁점계약의 체결과정에 직접 참여한 AAA 연구원에게 확인한 후 진술한 내용이다. (라) 청구법인 역시 OOO 증권거래위원회에 2019.3.31. 및 2019.9.30. 공시한 분기별 재무정보 공시자료에서 ‘쟁점계약에 따라 AAA에 허여된 라이선스 및 그 밖의 권리의 대가로 AAA은 미화 OOO달러의 지분투자와 OOO달러의 선급금을 지급할 것’이라고 적시하고 있고, 청구법인이 OOO 증권거래위원회에 2018.12.31. 공시한 연도별 재무정보 공시자료와 2019.3.31. 공시한 분기별 재무정보 공시자료에서도 ‘선급금 미화 OOO달러 중 OOO달러(AAA이 원천징수한 법인세 OOO달러와 지방소득세 OOO달러의 합계액)를 포괄손익계산서상 비용(국외 원천징수세액)으로 인식하여 공제받은 사실도 확인되므로 이에 비추어 청구법인 스스로도 쟁점금액이 국내원천 사용료소득으로 법인세법과 OOO조세조약에 따라 적법하게 원천징수 되어 왔음을 잘 보여준다고 할 것이다.
(2) 청구법인은 쟁점계약 제7.1조를 들어 쟁점①금액은 AAA이 분담할 연구·개발비의 선급금이라고 주장하나, 쟁점계약 제7.1조는 사적 자치의 원칙에 따라 청구법인이 받은 쟁점①금액의 사용처를 명시한 것에 불과할 뿐 원가분담약정 규정이 아니므로 이를 근거로 쟁점①금액을 AAA이 분담할 연구·개발비의 선급금으로 볼 수는 없다. 국제조세조정에 관한 법률(이하 “국조법”이라 한다) 제6조의2 제1항은 원가분담약정에 관하여 ‘거주자가 국외특수관계인과 무형자산을 공동으로 개발 또는 확보하기 위하여 사전에 체결하는 원가․비용․위험의 분담에 대한 약정’으로 정의하고 있고, 같은 법 시행령 제14조의3 제1항은 기대편익의 변동으로 인한 사후조정과 관련하여, 기준이 되는 기대편익으로 ‘원가의 절감, 무형자산의 활용으로 인한 매출액, 영업이익, 사용량, 생산량 또는 판매량의 증가를 들고 있으며, OECD 이전가격 과세지침에서도 ‘원가분담약정에 따른 총 기여(비용) 중 각 참여자의 비율적 지분은 그 약정에 따른 총 기대편익 중 그 참여자의 비율적 지분과 일치’하여야 하고(문단 8.5, 8.13.), 원가분담약정에서 기대되는 편익은 예상되는 추가적으로 발생하는 소득과 절감된 비용에 기초하여 산정될 수 있다(문단 8.19.)고 제시한 점 등에 비추어 적법한 원가분담약정으로 인정되기 위해서는 적어도 ① 거주자가 국외특수관계인과 체결한 것이고 ② 각 참여자의 기대편익이 결정되어 있을 것을 충족되어야만 할 것이다. (가) 쟁점계약은 아무런 특수관계 없는 청구법인과 AAA 사이에 체결된 것으로 거주자가 국외특수관계인과 체결한 것을 요건으로 하는 위 규정상 원가분담약정으로 볼 수 없고 쟁점계약 어디에서도 각 참여자의 기대편익에 대한 근거규정을 두고 있지 않을 뿐만 아니라 오히려 쟁점계약 4.1조에 따르면 모든 연구 활동의 1차적 책임은 전적으로 청구법인에게 있어 쟁점①금액은 청구법인과 AAA의 공동 연구·개발비에 대한 AAA의 분담액으로 볼 수도 없다. (나) 쟁점계약의 당사자인 AAA도 쟁점계약 제7.1조에 해당 문구를 삽입한 이유에 대하여 쟁점①금액이 공동 연구·개발비 중 AAA이 부담해야 할 금액을 명시한 것이 아니라 특정 용도로만 사용된다는 제약 조건을 명시한 것이라고 확인한 바 있다. 또한 쟁점①금액을 지급한 AAA은 2018회계연도에 대한 감사보고서에서 쟁점계약을 ‘기술도입계약’이라고 공시하였을 뿐 ‘원가분담약정’이라 인식하지 않았다.
(3) 위와 같이 쟁점계약의 목적물인 청구법인의 기술은 청구법인의 노하우와 특허권을 의미하므로 그 반대급부로 지급된 쟁점②금액은 국내원천 사용료소득에 해당한다고 할 것으로 청구법인도 이건 심판청구에서 쟁점②금액이 청구법인의 사용료소득에 해당한다고 전제하고 있는바, 쟁점②금액의 지급근거규정인 쟁점계약 제7.1조에서는 ‘AAA은 효력발생일 후 60일 내에 환불 및 공제불능한 일시불 조건으로 미화 OOO달러의 선불 지급액을 청구법인에게 지급한다. AAA은 청구법인이 상기 선불 지급액 중 OOO달러를 AAA에 그 결과가 보고될 협업 제품과 직접 관련된 연구 및 개발 비용으로 지급할 것임을 인정한다’고 명기되어 있을 뿐, 청구법인의 주장과 같이 OOO달러가 국내 미등록 특허의 대가로 지급된다는 내용이 전혀 기재되어 있지 아니한다. (가) 오히려 AAA은 위와 같이 2018.12.20. 쟁점계약에 따라 청구법인에 지급한 쟁점①·②금액 모두가 청구법인이 보유하고 있는 원천기술 도입과 관련한 노하우(know-how)의 사용 대가로 지급된 것이라 확인하고 있고, AAA은 쟁점계약 제7.1조(2)에서 ‘AAA은 청구법인이 쟁점①·②금액 중 미화 OOO달러를 AAA에 그 결과가 보고될 협업 제품과 직접 관련된 연구 및 개발 비용으로 지급할 것임을 인정한다’고 규정한 이유에 대하여 ‘쟁점①금액을 연구개발비용(실비정산 등)으로 사용됨을 명시한 것이 아니라 전체 계약금은 청구법인이 보유한 면역항암제 기술을 활용한 항암 치료법 확보 목적으로만 사용된다는 제약 조건을 명시한 것’이라고 진술하고 있어 위 계약조항이 ‘쟁점②금액이 국내 미등록 특허에 대한 대가임을 뒷받침하는 근거’라는 청구법인 주장과도 배치된다. (나) 무엇보다도 청구법인은 쟁점②금액이 국내 미등록 특허 사용 대가라고 주장할 뿐 쟁점계약과 관련한 특허권 등록 현황, 수 등을 제시하지 못하고 있으므로 그에 대한 불이익은 청구법인이 부담하여야 할 것이다. (다) 또한 쟁점②금액이 국내 미등록 특허권의 사용료에 해당한다고 하더라도 이를 국내원천소득으로 판단한 조세심판원 결정례에 비추어 이 건 처분은 적법하다.
(4) 쟁점계약 제7.5조(a)(ⅰ)(3)을 보면, 청구법인은 OOO화합물에 대해 OOO 식품의약국에 임상시험용신약 신청을 완료하고 허가를 받으면 AAA으로부터 쟁점③금액을 받기로 되어 있고, 쟁점계약 제4.5조(a)은 OOO화합물과 관련하여 OOO에서 임상시험용신약 신청을 완수하기 위한 모든 연구비용은 청구법인이 부담하고 AAA은 아무런 부담도 하지 않는다고 규정하고 있는바, 위 쟁점계약 제4.5조(a)과 제7.5조(a)(ⅰ) 내용을 종합해 보면 쟁점③금액은 청구법인이 AAA에 특정한 용역을 제공하고 받은 대가가 아니라 임상시험용신약 신청 및 허가라는 일정 조건이 충족할 때 AAA으로부터 받게 되는 사용료에 해당한다. (가) OECD 모델조세조약 주석서 제12조 문단 8.3에서 ‘지급금은 매우 광범위한 의미가 있는데, 이는 지급금의 개념이 계약이나 관습에 따른 방식으로 자금을 채권자의 처분에 맡길 의무의 이행을 의미하기 때문’이라고 제시하고 있다. (나) 쟁점계약의 당사자인 AAA 역시 쟁점③금액의 본질에 대하여 ‘OOO 식품의약국에서 임상 시험 진행 승인을 받기 위해서 청구법인이 보유하고 있는 면역 항암제 신기술 데이터를 사용했기 때문에 이 또한 노하우(know-how)에 대한 사용대가로 보아 법인세를 원천징수하였다’고 진술하여, 이를 청구법인이 임상시험용신약 신청 및 허가를 위해 보유하고 있던 면역 항암제 신기술 데이터를 사용한 대가, 즉 노하우의 사용대가라고 분명히 밝힌 바 있다. (다) 청구법인은 OOO화합물의 임상시험용신약 신청 및 관련 연구·개발 활동이 OOO에서 이루어졌기 때문에 쟁점③금액이 국외에서 제공된 인적용역에 대한 대가라고 주장하나, 청구법인은 AAA에 구체적으로 어떠한 용역을 제공하고 쟁점③금액을 받았다는 것인지와 관련하여 투입한 비용, 청구법인의 이윤 등 용역대가 산정근거를 제시하지 못하고 있는 점에 비추어 쟁점③금액은 청구법인이 임상시험용신약 신청을 포함한 연구·개발 활동을 통해 축적한 노하우 등을 AAA에 허여하고 그 대가로 사용료를 받는 것이지 OOO에서 AAA에 특정 용역을 제공하고 용역대가를 받는 것이 결코 아니라 할 것이다.
(5) 지방세기본법제34조 제2항 제1호에 의하면 특별징수하는 지방소득세의 납세의무가 성립하는 때는 과세표준이 되는 소득에 대하여 법인세를 원천징수하는 때로 규정되어 있고, 지방세법제103조의29 및 제103조의52에 따라 법인세를 원천징수하는 경우 원천징수하는 법인세의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 하며, 그 밖의 외국법인에 대한 특별징수 또는 징수 특례에 관하여 이 법에서 정하지 아니한 사항은 법인세법을 준용하는 등 법인세법에 따른 원천징수의무자를 법인지방소득세의 특별징수의무자로 하도록 규정하고 있다. 한편, 국내원천소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 대하여는 지방세법 제9절 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세에서 규정하는 것을 제외하고는 지방세법제6절 및 법인세법제97조를 준용하고 있고, 지방세법제103조의25 제3항에 의하면 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는법인세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 이에 따라 지방소득세(특별징수)는 법인세법에 따라 원천징수하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 것으로 그 과세표준이 되는 법인세 부과처분이 권한 있는 기관에 의하여 결정 또는 경정이 있기 전까지는 유효한 것이고, 국세인 법인세의 부과처분이 결정 또는 경정한 사실이 확인되지 않는 이상 경정청구거부처분에 대한 심판청구는 기각되어야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 AAA으로부터 2018.12.20. 쟁점①·②금액을, 2019.6.24. 쟁점③금액을 지급받았고, 이에 대하여 AAA은 이를 국내원천사용료소득으로 보고 OOO조세조약에 따른 제한세율을 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 원천징수·납부하였다. ＜표1＞ 청구법인이 지급받은 쟁점금액 및 원천징수세액 (단위: 미화 달러, 원)
○○○ 청구법인은 2019.12.26. 등에 이 건 심판청구 취지와 동일한 내용으로 쟁점금액에 대한 경정청구를 제기하였으나 2020.7.9. 등에 처분청은 이를 거부하였고, 쟁점②금액과 관련하여 경정청구된 세액은 쟁점계약 체결 당시 그 부록에 기재된 청구법인의 특허권 OOO건에서 만료된 OOO건을 제외한 OOO건 중 한국에 출원된 OOO건을 제외하고 다른 국가에 출원된 OOO건에 관련된 것이다. 쟁점계약에 따라 AAA이 청구법인에 지급할 금액으로 처분청이 제시한 것은 아래 ＜표2＞와 같은바, 청구법인은 이에 쟁점계약에 따라 지급되는 각 금액의 소득구분은 그 성격에 따라 개별적으로 구분되어야 한다는 주장이고, 처분청은 쟁점계약에 따라 지급되는 금액은 청구법인이 AAA에 노하우 등을 허여하고 받은 대가라는 의견이다. ＜표2＞ 쟁점계약에 따라 청구법인이 지급받게 될 금액
○○○
(2) 쟁점계약에 따라 지급된 쟁점금액 중 쟁점①·②금액은 쟁점계약 제7.1조, 쟁점③금액은 제7.5조에 따른 것인데 그 내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점계약 중 제7.1조 및 제7.5조의 내용
○○○
(3) 청구법인은 쟁점계약에 따라 청구법인과 AAA은 공동연구개발의 위험과 효익을 공유하면서 그 결과물에 대하여 양사가 독점적·배타적 권리를 소유하므로 쟁점계약은 공동연구·개발에 대한 원가분담약정에 해당한다고 주장하면서, 쟁점계약 제4.1조, 제4.6조, 제4.10조, 제4.11조 및 제9.1조를 제시한 바 그 내용은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 쟁점계약 중 제4.1조, 제4.6조, 제4.10조, 제4.11조 및 제9.1조
○○○ 청구법인은 쟁점계약을 통해 AAA이 얻고자 한 것은 노하우가 아니라 쟁점계약에 따라 창출될 특허권이라고 주장하면서 쟁점계약 제2.6조와 제9조 중 일부를 제시한 바 그 내용은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점계약 제2.6조와 제9조 중 일부
○○○ 또한 쟁점계약 체결에도 불구하고 청구법인의 기존 특허권은 여전히 청구법인에게 존속되어 청구법인의 원천기술이 AAA에 이전되는 것이 아니고 청구법인에 파견된 AAA 직원들 역시 청구법인의 연구와 정보에 접근할 수 없다고 주장하면서 쟁점계약 제9조, 제4.13.조를 제시한 바 그 내용은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 쟁점계약 제9조, 제4.13조 중 일부
○○○
(4) 처분청은 쟁점계약에 따라 AAA이 청구법인으로부터 독점 라이선스를 취득하고 청구법인은 AAA에 독점 라이선스를 허여하여 쟁점계약의 목적과 대상은 청구법인의 노하우이고 쟁점금액은 그 반대급부라는 의견으로, 쟁점계약 전문, 제2.1조, 제1.70조 및 제1.108조를 제시한바 그 내용은 아래 ＜표7＞과 같고, 처분청은 쟁점계약에는 모든 연구활동의 일차적 책임을 전적으로 청구법인에게 있다고 규정하고 있어 쟁점①금액이 청구법인과 AAA의 공동 연구개발비에 대한 AAA의 분담액으로 볼 수 없고, 쟁점계약 제7.1조는 쟁점①금액의 사용처를 정한 것에 불과하다는 의견으로 쟁점계약 제4.1조를 제시한 바 그 내용은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표7＞ 쟁점계약의 전문, 제2.1조, 제1.70조 및 제1.108조
○○○ ＜표8＞ 쟁점계약 제4.1.조
○○○ 또한 처분청은 쟁점계약 제7.5조에 따른 마일스톤 지급과 관련하여 그 연구목적인 OOO관련 화합물에 대한 임상시험용약물 신청을 위한 모든 연구비용 역시 청구법인이 부담하는 것으로 이를 청구법인이 AAA에 용역을 제공하고 받은 대가가 아니라는 의견으로 쟁점계약 제4.5조를 제시한 바 그 내용은 아래 ＜표9＞와 같다. ＜표9＞ 쟁점계약 제4.5조
○○○
(5) 청구법인은 쟁점계약과 관련하여, 청구법인 대표자 bbb의 진술서를 제출한바, 그 진술내용에 비추어 쟁점계약을 통해 AAA이 종국적으로 얻고자 하는 것은 특허권이 보장된 신약의 판매권리이지 AAA은 청구법인의 기술이나 노하우에 접근조차 할 수 없다는 주장으로 그 진술서 중 일부는 아래 ＜표10＞과 같고, 청구법인의 수석 부사장이자 법률고문인 ccc의 진술서도 제출한 바, 청구법인은 그 진술내용에 비추어 쟁점계약을 통해 AAA이 얻고자 한 것은 청구법인의 추후 등록될 특허권에 대한 특정권리이지 노하우의 전달이 아니라고 주장하는바, 그 진술서 중 일부는 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표10＞ 청구법인 대표자 bbb의 진술서 중 일부
○○○ ＜표11＞ 청구법인 수석 부사장 ccc의 진술서
○○○ 청구법인은 신약개발사업의 개요, 특허권의 중요성 및 쟁점금액의 성격 등에 대하여 OOO대학교 OOO대학 aaa 교수의 전문가 의견서를 제시한 바, 그 중 일부는 아래 ＜표12＞와 같다. ＜표12＞ aaa 교수의 전문가 의견서
○○○
(6) 청구법인은 쟁점계약에 따라 연구개발 중인 OOO물질과 관련하여 OOO식품의약국에 2019.4.15. 제출한 임상시험용신약 신청서의 목차를 제출하였는데, 청구법인은 이러한 신청서의 제출과정 전이라도 OOO식품의약국과의 사전 미팅을 실시하였고 OOO식품의약국로부터 제공 받은 구체적인 지침에 따라 지속적으로 실행을 수행하였다고 제시하였으며, 이러한 임상시험용신약 신청과 관련하여 청구법인 직원들과 아웃소싱을 통해 업무를 수행하면서 지출된 비용과 관련한 청구법인 재무책임자 ddd의 진술서와 2017년〜2019년 5월까지의 청구법인의 회계시스템에 기록된 관련 비용기록을 제출한 바, 재무책임자 ddd의 진술서는 아래 ＜표13＞과 같다. ＜표13＞ 청구법인 재무책임자 ddd의 진술서
○○○ 청구법인은 아래 처분청이 제시한 eee의 진술서에 대하여 쟁점계약 체결과정에서 자신들과 접촉한 AAA 직원 명단과 전자메일 내용을 제출하며 쟁점계약에 대한 지식이 없는 자로부터의 진술이라고 주장하고 있다.
(7) 이 건 경정청구의 처리과정에서 세무공무원(OOO국세청 국제거래조사국 소속)은 AAA 국내세무팀에서 법인세 원천징수 업무를 담당하는 책임 eee과 진술서를 작성한바, eee은 쟁점계약은 ‘AAA과 청구법인간의 전략적 파트너십을 통해 혁신 항암치료법을 확보하기 위한 것으로, 쟁점계약에 따라 지급되는 금액은 청구법인이 보유한 면역항암제 기술을 활용한 글로벌 신약 확보를 위한 것으로 쟁점금액은 AAA이 청구법인이 보유한 면역 항암제 핵심 신기술 도입에 대한 대가로 사용료소득에 해당하여 원천징수하였다’고 진술한바, 그 진술서의 내용은 아래 ＜표14＞와 같다. ＜표14＞ AAA 세무담당직원 eee의 진술서
○○○
(8) 청구법인이 OOO 증권거래위원회에 2019.3.31. 공시한 분기별 재무정보 공시자료 등에 따르면 청구법인은 쟁점①·②금액을 아래 ＜표15＞와 같이 부채계정에 ‘연구개발계약부채’로 계상하였고, 그 주석 중 ‘8. 수익인식’에는 위 회계처리와 관련하여 아래 ＜표16＞과 같이 ‘쟁점계약에 따라 의무를 이행할 때까지 수익 인식을 미래 기간으로 이연하여야 하므로 해당 미결제약정과 관련된 OOO달러의 선불 지급금을 지급받은 즉시 계약부채로 인식’하였고, ‘쟁점계약에 따라 AAA에 허여된 라이선스 및 그 밖의 권리의 대가로 AAA이 OOO달러의 환불 불가능한 선불 지급금을 지급한다’고 기재되어 있으며, 청구법인은 쟁점계약에 따라 지급받은 쟁점금액과 관련하여 AAA으로부터 원천징수된 세액인 OOO달러에 대하여 포괄손익계산서상 ‘원천징수세액’으로 공제하였다. ＜표15＞ 쟁점금액에 대한 청구법인의 회계처리 (단위: 미화 달러)
○○○ ＜표16＞ 청구법인의 분기별 재무정보 공시자료 중 주석
○○○
(9) AAA의 2018회계연도 사업보고서 중 일부는 아래 ＜표17＞과 같고, 같은 회계연도에 대한 감사보고서 주석에는 AAA은 아래 ＜표18＞과 같이 ‘제3자로부터 기술도입계약을 체결하면서 지급한 계약금 등의 지출은 무형자산으로 인식하고 있다’고 기재되어 있고, 이와 관련하여 AAA eee는 쟁점계약에 따라 지급된 쟁점금액 역시 이에 따라 회계처리하였다고 진술한 바 있다. ＜표17＞ AAA의 사업보고서 중 일부
○○○ ＜표18＞ AAA의 감사보고서 중 주석
○○○
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 법인세법제93조 제8호는 외국법인의 국내원천소득으로서의 사용료 소득에 관하여 ‘학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리’와 ‘산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우’를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득으로 규정하고 있다. 또한 OOO조세조약 제14조 제4항 제2호는 사용료에 대하여 ‘문학. 예술. 과학작품의 저작권 또는 영화필름. 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’으로 규정하고 있다. (나) 쟁점계약은 생물의약품에 대한 특정 특허, 노하우 및 데이터를 소유 또는 지배하는 청구법인과 생물의약품 개발 및 제조 처리에 관한 독점 기술을 소유 또는 지배하는 AAA간의 계약으로, 그 주된 내용은 청구법인이 개발한 협업 화합물과 협업 제품에 대한 기술에 대하여 청구법인이 AAA으로 하여금 AAA지역 내에서 화합물 및 제품을 사용,연구, 개발, 제조 및 상업화 등을 할 수 있는 독점적 라이선스 등을 허가하는 것(쟁점계약 제2.1조 등)이라 보이는바, 이러한 쟁점계약에 따라 AAA이 지급하는 각종 금원은 별도의 대가관계가 확인되지 아니하는 이상(예를 들어 쟁점계약상 지분투자) 위와 같이 청구법인이 쟁점계약에 따라 AAA에 자신의 생물의약품기술과 관련한 독점적 라이선스 등을 허가하는 대가에 해당한다고 할 것이고 그러한 전제 하에서 쟁점금액이 청구법인의 국내 원천소득에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것으로 보인다. (다) 이에 쟁점①금액은 쟁점계약 제7.1조에 따라 ‘환불 및 공제불능한 일시불 조건으로 선불 지급되는 OOO달러’ 중 ‘AAA에 그 결과가 보고될 협업 제품과 직접 관련된 청구법인의 연구 및/또는 개발비용으로 지급할 것임을 인정’하는 금액이나, 쟁점계약 제4.1조에 따라 청구법인은 ‘모든 지역에서 각 협업 화합물에 대한 임상시험용신약 신청을 완수하는데 요구되는 모든 연구를 수행할 일차적 책임을 부담’하고 ‘최소 분기별로 그 진행상황과 각 연구 계획에 따라 생성된 데이터를 AAA에 서면으로 공개할 의무’를 가지므로 청구법인이 쟁점①금액을 지급받았다고 하여 쟁점계약에 따라 따로 구분되는 별도의 연구개발의무를 부담하는 것으로 보이지는 아니하는 점, 청구법인 역시 쟁점①·②금액을 하나의 연구개발계약채무로 인식하였을 뿐이어서 쟁점①금액이 쟁점계약 전반에 따라 청구법인이 부담할 의무와 구분될 정도의 별도의 대가관계의 일환으로서 수취한 것이라 보기는 어려운 점, AAA 역시 쟁점계약의 위 조항에 그러한 문구를 삽입한 이유에 대하여 쟁점①금액이 연구개발비용(실비정산 등)으로 사용됨을 명시한 것이 아니라 쟁점①·②금액이 청구법인이 보유한 면역항암제 기술을 활용한 항암 치료법 확보 목적으로만 사용된다는 제약 조건을 명시한 것이라고 답변한 점 등에 비추어 쟁점①금액이 AAA이 분담할 연구개발비의 선급금으로 청구법인의 국내 원천소득이 아니라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 보인다. (라) 위 (다)에서 살펴본 바와 더불어, 청구법인은 쟁점②금액이 쟁점계약 체결 이전에 청구법인이 보유한 기존 특허권에 대한 사용대가에 해당한다고 주장하나, 쟁점계약 제7.1조에는 쟁점②금액이 ‘환불 및 공제불능한 일시불 조건’이라고 정하고 있을 뿐 이를 달리 기존 특허권 등의 사용대가로 규정하고 있지 아니한 점, 청구법인이 AAA과의 쟁점계약에 따른 협업 화합물과 협업 제품의 개발과정에서 청구법인의 기존 특허권 등을 기초하더라도 쟁점②금액은 위 쟁점①금액과 같이 추후 쟁점계약에 따라 개발되어 AAA에게 허가될 독점적 라이선스 등에 대한 대가이지 이를 청구법인의 기존 특허권 등의 사용대가라고 보기는 어려운 점, 설령 쟁점②금액이 청구법인의 기존 특허권, 특히 국내에 미등록된 특허권의 사용대가라고 하더라도 OOO조세조약 제6조 제3항에서 ‘사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점, 법인세법제93조 제8호에서 ‘해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점②금액이 청구법인의 국내 원천소득이 아니라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 보인다. (마) 쟁점계약 제7.5조(a)에서 청구법인의 OOO프로그램 등의 진척에 따라 쟁점③금액이 지급되었다고 하나, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점계약에 따라 청구법인은 협업 화합물 및 협업 제품과 관련한 생물의약품기술을 개발할 의무가 있고 이후 그러한 기술이 완성되면 청구법인이 AAA으로 하여금 AAA지역 내에서 화합물 및 제품을 사용, 연구, 개발, 제조 및 상업화 등을 할 수 있는 독점적 라이선스 등을 허가하는 바, 이러한 사정에 비추어 쟁점③금액은 AAA이 최종적으로 얻게 될 협업 화합물 및 협업 제품에 대한 독점적 라이선스 등의 대가의 일부로 보이는 점, 위 관련 기술의 신속한 개발을 희망하는 AAA이 청구법인의 연구개발을 독려하는 방식으로 그 대금 지급시기를 정한 것에 불과할 뿐 각 마일스톤별로 지급조건만을 분리하여 그 지급조건에 상당하는 인적 용역의 제공대가라고 따로 보기는 어렵다고 보인다. (바) 따라서 청구법인이 AAA으로부터 지급받은 쟁점금액이 청구법인의 국내원천소득에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분청의 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여, 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별표＞ 이 건 경정청구 및 거부처분 내용
- 가. 원천징수분 법인세 (단위: 원)
○○○
- 나. 원천징수분 특별징수 지방소득세 (단위: 원)
○○○ ＜별지＞ 관련 법령
(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것) 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.
6. 국내원천 인적용역소득: 국내에서 대통령령으로 정하는 인적용역을 제공함으로써 발생하는 소득(국외에서 제공하는 인적용역 중 대통령령으로 정하는 인적용역을 제공함으로써 발생하는 소득이 조세조약에 따라 국내에서 발생하는 것으로 간주되는 소득을 포함한다). 이 경우 그 인적용역을 제공받는 자가 인적용역의 제공과 관련하여 항공료 등 대통령령으로 정하는 비용을 부담하는 경우에는 그 비용을 제외한 금액을 말한다.
8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.
- 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
- 나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우 제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례) ①외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그 지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.
(2) 법인세법 시행령 제132조(국내원천소득의 범위) ⑥ 법 제93조 제6호 전단에서 "대통령령으로 정하는 인적용역"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용역을 말하고, "국외에서 제공하는 인적용역 중 대통령령으로 정하는 인적용역"이란 제4호에 해당하는 용역을 말한다.
4. 과학기술·경영관리 기타 분야에 관한 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 당해 지식 또는 기능을 활용하여 제공하는 용역
(3) 국제조세조정에 관한 법률 제6조의2(정상원가분담액 등에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거주자가 국외특수관계인과 무형자산을 공동으로 개발 또는 확보(이하 이 조에서 “공동개발”이라 한다)하기 위하여 사전에 원가·비용·위험(이하 이 조에서 “원가등”이라 한다)의 분담에 대한 약정을 체결하고 이에 따라 공동개발하는 경우 거주자의 원가등의 분담액이 정상원가분담액보다 적거나 많을 때에는 정상원가분담액을 기준으로 거주자의 원가등의 분담액을 조정하여 거주자의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. (4)국제조세조정에 관한 법률 시행령 제14조의2(무형자산을 공동개발하기 위한 정상원가분담액 등의 산정 등) ① 법 제6조의2 제1항에서 "무형자산"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
- 가. 특허법에 따른 특허권
- 나. 실용신안법에 따른 실용신안권
- 다. 디자인보호법에 따른 디자인권
- 라. 상표법에 따른 상표권 또는 서비스표권
- 마. 저작권법에 따른 저작권
2. 그 밖에 설계, 모형 및 노하우 등 무형의 자산으로서 그 자체로 사용되거나 다른 사람에게 이전 또는 사용을 허락할 수 있는 것
② 법 제6조의2 제1항에서 "정상원가분담액"이라 함은 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 원가·비용 및 위험부담(이하 "원가등"이라 한다)의 분담에 대한 약정에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 분담액으로서 무형자산의 개발을 위한 원가등을 그 무형자산에 대한 기대편익에 비례하여 배분한 금액을 말한다. 다만, 정상원가분담액에는 무형자산의 사용대가와 분담액 차입시 발생하는 지급이자를 제외한다.
③ 정상원가분담액은 정상원가분담액에 대한 약정을 체결하고 원가등을 분담한 경우에 한하여 거주자의 과세소득금액 계산시 이를 손금으로 산입한다. 제14조의3(기대편익의 범위 및 산정방법) ①법 제6조의2 제2항에 따른 기대편익은 무형자산으로부터 기대되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 편익으로 한다.
1. 원가의 절감 2.무형자산의 활용으로 인한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것의 증가
- 가. 매출액
- 나. 영업이익
- 다. 사용량, 생산량 또는 판매량
(5) 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.
(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.
(6) 피고용인으로서 또는 독립적 자격으로서 노무 또는 개인적 용역의 수행에 대하여 또는 타인의 개인적 용역을 제공한 것에 대하여 개인이 받는 소득과 법인의 피고용인 또는 기타의 자의 개인적 용역을 제공한 것에 대하여 법인이 받는 소득은 그러한 용역이 어느 체약국 내에서 수행되는 범위에 한하여 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.
(3) 일방 체약국의 거주자인 사용료 수취인이 타방 체약국내에서 고정사업장을 가지며 또한 동 사용료를 발생시키는 권리 또는 재산이 동 고정사업장과 실질적으로 관련되어 있는 경우에는, 상기 (1)항 및 (2)항이 적용되지 아니한다. 그러한 경우에는, 제8조(사업소득) (6) (a)항이 적용된다.
(7) 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학. 예술. 과학작품의 저작권 또는 영화필름. 라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금.